SUB1在肝癌患者中的预后价值

目的 利用TCGA及Oncomine数据库,分析SUB1在肝癌组织中的表达水平;评价SUB1在肝癌患者中的预后价值;利用基因集富集分析（GSEA）及及基因集变异分析（GSVA）分析受SUB1影响的细胞通路。方法 下载TCGA的肝癌队列RNA-seq数据,通过质量控制及标准化后分析其在肝癌组织及癌旁的表达变化,进一步在Oncomine数据库中进行分析验证;根据SUB1中位数表达量将TCGA数据库肝癌队列患者分为高表达及低表达两组,进行总生存（OS）分析及无复发生存（RFS）分析;GSEA及GSVA方法用于分析受SUB1调控的细胞通路。结果 SUB1在肝癌组织中的表达高于癌旁组织,P<0.0001;高表达SUB1的肝癌患者OS及RFS均低于低表达SUB1的肝癌患者;高表达SUB1可激活细胞周期、DNA复制等细胞通路。结论 SUB1在肝癌组织中高表达, SUB1可以作为肝癌患者总体生存和无病生存的预后因素。SUB1高表达激活了DNA复制及细胞周期等细胞通路。     

肝细胞癌组织中CYP27A1的表达及其临床意义

目的:探讨CYP27A1在肝细胞癌(HCC)组织中的表达及其临床意义。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,利用R软件采用Wilcoxon秩和检验、配对资料Wilcoxon符号秩检验比较CYP27A1在肝细胞癌和正常肝组织中的表达情况。采用Kaplan-Meier分析及Cox回归分析评估CYP27A1和生存率之间的相关性并探索HCC独立危险因素。采用基因富集分析(GSEA)结合蛋白互作网络进行CYP27A1的生物学功能研究。结果:CYP27A1在肝癌组织中的表达显著低于正常肝组织(P<0.01);CYP27A1表达水平与HCC患者临床分期显著相关,临床分期越高,CYP27A1表达越低(P<0.01);CYP27A1低表达与HCC患者不良预后相关,并且是影响HCC患者预后的独立危险因素(P均<0.05);CYP27A1低表达样本富集到细胞周期、粘着力、胞吞作用、基因复制等功能及ErbB信号通路和p53信号通路。结论:CYP27A1表达与HCC临床分期及预后相关,可能成为临床诊治HCC的生物标志物。     

CCNB1在原发性肝癌中的表达及临床意义

目的 探究细胞周期蛋白B1（CyclinB1,CCNB1）在原发性肝癌中的表达及临床意义。方法 从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载正常肝组织和肝癌组织中的CCNB1 mRNA二代测序数据及相应的临床病理资料,比较CCNB1 mRNA在肝癌及正常肝组织中的表达差异,同 时分析其表达水平与肝癌患者临床病理学特征及预后的关系,采用Cox回归法分析影响肝癌预后的危险 因素,利用生物信息学方法进行CCNB1共表达基因的GO和KECC富集分析。结果 CCNB1 mRNA在肝 癌组织中表达量明显高于正常肝组织（P＜0.001）;CCNB1 mRNA高表达与肝癌患者种族（P=0.005）、甲胎 蛋白（AFP）表达水平（P＜0.0001）、病理分级（P＜0.0001）、血管侵袭（P＜0.0001）等显著相关,CCNB1 mRNA高表达组肝癌患者总生存期（overall survival,OS）（P=0.0015）和无病生存期（disease-free survival, DFS）（P=0.0004）短于 CCNB1 mRNA低表达组,差异有统计学意义。CCNB1 mRNA表达水平是影响肝癌 患者OS（HR 1.544,95%CI 1.052～2.266,P=0.027）和 DFS（HR 1.793,95%CI 1.277～2.517,P=0.001）的 独立危险因素。富集分析提示CCNB1共表达基因主要富集于细胞增殖、细胞周期、有丝分裂细胞周期的 G1/S转换、有丝分裂细胞周期的G2/M转换等功能及细胞周期调控、p53信号通路等通路。结论 CCNB1 在原发性肝癌组织中表达上调,其异常表达水平可能成为潜在的评估肝癌患者预后的生物标志物。     

谷胱甘肽过氧化物酶1在肝癌组织中的表达及其意义的生物信息学分析

目的:通过生物信息学的方法分析谷胱甘肽过氧化物酶1(GPX1)在肝癌组织中的表达及意义。方法:从Ualcan数据库获取正常肝组织及原发性肝癌组织GPX1表达数据,在LinkedOmics中检索GPX1的共表达基因,并通过GO富集分析、KEGG通路分析确定这些基因的参与的生物学过程及功能,利用STRING数据库分析相关基因编码蛋白的互作网络。最后利用GEPIA数据库分析GPX1表达与肝癌患者预后的关系。结果:与正常肝组织比较,不同分期(IV期除外)、不同年龄患者肝癌组织中GPX1表达水平均明显升高,且男性肝癌患者肝癌组织中GPX1表达明显高于女性患者(均P0.05)。GPX1共表达基因主要参与基因转录、翻译、蛋白泛素化、蛋白质磺酰化、mRNA稳定性调节、蛋白酶体复合体、线粒体翻译等分子生物学过程,并参与TGF-β、mTOR、WNT、MAPK、HIF-1α、NF-κB、VEGF、Notch等信号通路及各种癌症疾病通路。10个肝癌相关基因编码的蛋白与GPX1所编码的蛋白存在互作关系。GPX1高表达患者的总生存率、无病生存率均明显低于GPX1低表达患者(P=0.048、P=0.035)。结论:GPX1在肝癌组织中高表达,且与肝癌的发生、发展及预后密切相关,可以作为肝癌筛选、预后预测的标志物之一。     

特异性蛋白1在原发性肝癌中的表达及临床意义

目的探究特异性蛋白1(SP1)在肝癌组织中的表达及其与相关临床特征的关联, 分析其在肝癌中的诊断和预后价值。方法选取华中科技大学同济医学院附属武汉中心医院2017年1月至2019年1月期间30例住院接受手术切除的肝细胞肝癌患者的癌和对应癌旁组织标本, 其中男28例、女2例, 年龄(48.0±7.3)岁。采用免疫组织化学方法(IHC)检测SP1的表达。从高通量基因表达数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌患者的基因表达数据以及临床信息, 以分析SP1在癌和癌旁组织中的差异表达。利用受试者工作特征曲线(ROC)评估SP1区分肝癌和正常组织的能力。根据SP1表达中位数, 将患者分为高表达组(181例)和低表达组(181例), 并进行Kaplan-Meier生存分析。利用基因集富集分析(GSEA)研究SP1调控的潜在分子机制。结果 IHC显示SP1在肝癌组织中的阳性表达率明显高于癌旁组织[80%(24/30)比40%(12/30), χ2=8.403, P<0.01]。对TCGA和GEO数据集分析显示SP1的表达水平与肝癌分化程度相关(r=0.197, P<0...     

基于生物信息学分析构建铁死亡基因的肝癌预后评估模型

目的探讨铁死亡基因(FRGs)和肝癌预后的关系, 构建FRGs的肝癌预后评估模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)及国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库下载肝癌的转录组及临床数据, 应用R和Perl软件对数据进行分析整理。TCGA肝癌数据集中, 采用Wilcoxon检验获取肝癌和正常组织差异表达的FRGs, 单因素Cox回归和最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)分析挑选与生存相关的基因并构建肝癌预后模型。根据模型评分将患者分为高低评分两组, Wilcoxon检验获取两组间的差异表达基因(DEGs), 并对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析, 同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)探究预后差异的可能机制。在ICGC肝癌数据集中验证模型的可靠性。生存数据比较采用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验, 独立t检验比较高低评分组间的免疫细胞浸润。结果对比肝癌和癌旁组织, 从292个FRGs中, 筛选8个(AURKA、LOX、FOXM1、G6PD、MAPT、SLC7A11、NQO1和STMN1)与肝癌患者总生存时间(OS)显著相关...     

基于生物信息学的肝细胞癌组织miR-1180表达与临床意义分析

目的:通过生物信息学数据分析探讨肝细胞癌(HCC)组织中miR-1180的表达及其临床意义。方法:下载GEO(Gene Expression Omnibus)和TCGA(The Cancer Genome Atlas)相关数据集,比较HCC组织和癌旁组织中miR-1180表达量,并分析miR-1180表达量与肝癌患者临床病理特征及预后之间的相关性。利用生物信息学方法对mi R-1180的靶基因进行预测及功能富集分析,并结合预后分析结果筛选miR-1180关键靶基因。结果:mi R-1180在HCC组织中较癌旁组织高表达,且对于HCC具有良好的诊断效能(AUC0.8,均P0.05);miR-1180的表达量与患者年龄、肿瘤家族史、肿瘤分化程度以及AFP等指标明显有关(均P0.05)。生存分析表明HCC组织中miR-1180高表达是影响HCC患者预后的独立危险因素(P0.05)。富集分析提示miR-1180的靶基因主要富集于脂质代谢、细胞迁移、转录调控等功能和脂肪酸降解等通路。PPARGC1A、ALDH2、SARDH、HMGCS2、ESR1、ETS2等为miR-1180关键靶基因,在HCC组织中均表达下调(均P0.05),且相对低表达者预后较差(均P0.05)。结论:mi R-1180在HCC组织中表达升高,其可能作为一种促癌miRNA参与HCC的发生、发展,并具有成为HCC诊断标志物、预后指标及治疗靶点的潜在应用价值。     

基于生物信息学的CDK1在肺腺癌中的表达及其意义

目的通过生物信息学方法分析细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)在肺腺癌中的表达及其临床意义。方法基于癌症基因组图谱计划(TCGA)中肺腺癌患者基因表达数据分析CDK1在肺腺癌组织和正常肺组织差异表达情况,使用UALCAN分析肺腺癌中CDK1基因在不同角度下的表达差异。利用Kaplan-Meier Plotter进行肺腺癌中CDK1基因高低表达组不同情况下的生存分析。基于TCGA中肺腺癌临床数据进行CDK1表达量与总生存期的相关性Cox分析。对临床病例中与CDK1表达相关的基因序列进行基因富集分析。经STRING获取CDK1来自智人的蛋白相互作用网络。获取CDK1相关基因蛋白,通过在线网站GEPIA进行相关分析。结果基于对TCGA基因表达数据分析可知CDK1在肺腺癌中表达高于正常肺组织。通过UALCAN分析发现CDK1高表达与吸烟可能有一定的相关性。生存分析提示当CDK1基因高表达时,肺腺癌患者预后较差。将CDK1的表达量与总生存期进行单因素和多因素Cox回归分析示,CDK1高表达是肺腺癌患者生存期的独立危险因素(P=0.00)。进行基因富集分析可知CDK1高表达与DNA复制、细胞周期、癌症通路、p53信号通路密切相关。结论CDK1可能是一种潜在的肺腺癌预后相关的分子标志物。此外,DNA复制、细胞周期、癌症通路、p53信号通路可能与肺腺癌中的CDK1调节有关。     

营养不良相关因素及代谢相关通路对结直肠癌患者预后的影响

探讨营养不良的相关因素及代谢相关通路对结直肠癌患者预后的影响。选择我院146例结直肠癌患者,采用一般资料调查表、患者自评营养状况主观评估表(PG-SGA)对结直肠癌患者的营养状况进行现况调查,并对其影响因素进行分析。同时采用癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中包含完整m RNA和预后数据的367例结直肠癌患者,利用基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)确定代谢相关通路的富集分数,并对代谢相关通路进行预后分析。单因素和多因素logistic回归显示,年龄、临床分期、既往史、BMI指数、低蛋白血症、总蛋白缺乏是结直肠癌患者营养不良的危险因素(OR1,P0.05),也是影响结直肠癌患者预后的危险因素;代谢相关通路的预后分析表明,糖代谢过程中的半乳糖代谢通路、脂肪代谢过程中的脂肪酸代谢通路以及蛋白质代谢过程中的色氨酸代谢通路的富集程度越高,结直肠癌患者的预后越好(P0.05)。年龄、临床分期、既往史、BMI指数、低蛋白血症、总蛋白缺乏是造成结直肠癌患者营养不良及较差预后的重要危险因素;半乳糖代谢通路、脂肪酸代谢通路和色氨酸代谢通路的激活可以提高结直肠癌患者的生存率。     

结直肠癌预后分子标志物WNT10B及WNT家族对结直肠癌的影响

目的:探讨WNT10B对结直肠癌预后的影响和分子机制以及WNT家族对结直肠癌进展的影响。方法:采用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)中结直肠癌与癌旁47对样本的m RNA表达数据分析WNT家族差异表达基因,对差异基因501例结直肠癌样本进行总生存期和无复发生存期的生存分析,并对预后有影响的基因进行年龄、性别、临床分期的多因素校正预后分析及临床病理特征的相关性分析,最后进行基因富集分析(GSEA)确定分子通路。结果:WNT家族中的WNT2、WNT2B、WNT3、WNT5A、WNT5B、WNT6、WNT9A、WNT10A、WNT10B和WNT16共10个基因在癌与癌旁组织差异有统计学意义(P0.01),其中WNT5A和WNT10B对于总生存期有显著影响(P0.05),WNT10A和WNT10B对于无复发生存期有显著影响(P0.01);WNT10B校正年龄、性别、临床分期之后,对总生存期(P=0.003)和无复发生存期(P=0.08)影响仍然有统计学意义;WNT10B表达水平与患者肿瘤大小、淋巴结转移有关(P0.05),与其他临床病理特征无关(P0.05);神经活性的配体-受体相互作用信号通路和细胞黏附分子通路可能是WNT10B影响结直肠癌预后的重要分子通路。结论:WNT家族对于结直肠癌的进展有重要的影响,其中WNT10B对于总生存期和无复发生存期影响显著,可以作为结直肠癌诊断和预后的分子标志物。     

富含亮氨酸重复序列和免疫球蛋白样结构域1(LRIG1)基因在非小细胞肺癌中的表达、信号通路及其与预后的关系

目的:探讨富含亮氨酸重复序列和免疫球蛋白样结构域1(LRIG1)基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的表达、相关信号通路及其与患者预后的关系。方法:依靠癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析LRIG1 基因mRNA 在NSCLC 患者癌组织和癌旁组织中的表达水平;依靠蛋白相互作用(STRING)数据库构建LRIG1 蛋白- 蛋白相互作用网络,并对相关蛋白功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路进行富集。同时分析比较LRIG1 基因表达与NSCLC 患者总生存期和无疾病进展生存期的关系。选取手术治疗的96 例NSCLC 患者,采用免疫组织化学法检测LRIG1 蛋白在癌组织和癌旁组织中的表达,对数据库分析结果进行验证。结果:LRIG1 基因在癌旁正常组织中表达水平较高,而在癌组织中表达较低;与LRIG1 蛋白相互作用较为紧密的10 蛋白相互作用网络富集显著(P <0.001);共表达分析显示, L- 型电压依赖性钙离子通道α1D 亚基(CACNA1D)基因与LRIG1 基因正向共表达最为明显(r =0.51, P <0.05),而G 蛋白信号转导调节因子20(RGS20)基因与LRIG1 基因负向共表达最为明显(r =–0.49, P <0.05);LRIG1 基因生物学过程、细胞成分和分子功能主要分别富集于表皮生长因子受体信号通路的负调控、胞质囊泡部和磷脂酰肌醇-4,5- 二磷酸3-激酶活性等;LRIG1基因主要富集于癌症中的蛋白多糖、内吞作用、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇-3 激酶/ 蛋白激酶B(PI3K-AKT) 信号通路、Ras 相关蛋白1(RAP1) 信号通路、癌症的途径和ras 等肿瘤相关信号通路;LRIG1 基因mRNA 高表组患者的总生存期高于低表达组[(风险比(HR)=0.74,P <0.05)],而两组的无疾病进展生存期差异无统计学意义(HR=1.0,P =0.97);LRIG1 蛋白在NSCLC 癌旁组织的阳性表达率显著高于癌组织(P <0.05)。LRIG1 蛋白高表达与NSCLC 患者临床分期、肿瘤大小及纵膈淋巴结转移有关(P <0.05)。结论:LRIG1 基因在NSCLC 癌组织中低表达,并与患者肿瘤大小、淋巴结转移及总生存期有关。     

激活素A受体Ⅰ型在胃癌组织的表达及其临床意义

目的探究激活素A受体Ⅰ型(ACVR1)在胃癌中的表达、预后预测价值及临床意义。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载375例胃癌转录组数据、32例正常胃组织转录组数据及临床相关参数, 利用Wilcoxon秩和检验分析ACVR1 mRNA的表达差异, 采用卡方检验分析ACVR1表达量与临床病理特征的相关性。通过基因表达交互网站(GEPIA)及单多因素回归分析胃癌患者预后影响因素。其中, 采用Cox回归模型进行单因素和多因素分析。同时, 通过R语言分析ACVR1基因的相关通路, 探索其在胃癌中的潜在机制。结果 ACVR1在胃癌组织中的mRNA表达量显著高于正常组织[4.673(4.247, 5.087)比3.699(3.332, 4.426), Z=16.6, P<0.01], 其表达量与肿瘤浸润深度呈正相关(χ2=11.521, P<0.01);TCGA数据库分析显示胃癌组织中ACVR1高表达患者预后差(LogrankP<0.01);多因素分析结果显示ACVR1表达(风险比=1.639, 95%可信区间:1.102～2.436, P<0.05)是影响胃癌预后...     

EPS15在原发性肝细胞癌组织中的表达与临床意义

目的探讨表皮生长因子受体蛋白酪氨酸激酶底物15(epidermal growth factor receptor protein tyrosine kinase substrate15,EPS15)在原发性肝细胞癌(肝癌)中的表达与其临床意义。方法采用组织芯片和免疫组化方法分析EPS15在肝癌组织中的表达。通过网络在线生存期分析软件(Kaplan-Meier plotter)统计分析癌症基因组图谱(TCGA)中EPS15表达对肝癌患者预后的影响。结果 EPS15在肝癌细胞中表达水平高于正常肝细胞,差异有统计学意义P0.05;通过TCGA分析发现,EPS15的高表达与肝癌患者预后不良有关,差异有统计学意义P0.05。结论 EPS15在人肝癌组织中高表达,其高表达与癌症患者的预后不良成正相关。     

基于TCGA数据库分析SCAMP3在肝细胞癌的表达及预后情况

目的分析载体膜蛋白3(SCAMP3)在肝细胞癌中的表达和对预后的影响以及基因集富集分析。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析SCAMP3表达和预后。收集2021年1月期间丽水市中心医院4例肝细胞癌患者的癌组织及癌旁组织检测SCAMP3的表达。基于TCGA数据, 单因素和多因素Cox回归分析SCAMP3表示与肝细胞癌患者预后关系。利用基因集富集分析探索SCAMP3的生物学作用。结果 TCGA数据库中, 肝细胞癌组织中SCAMP3表达高于正常肝组织, 差异有统计学意义(Z=-8.38, P<0.001)。基于SCAMP3表达的中位数将患者分为低表达组(n=185)和高表达组(n=185), SCAMP3高表达患者总体生存率更低。手术切除的4例肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织, 癌组织中SCAMP3 mRNA、蛋白相对表达均高于癌旁组织, 差异均有统计学意义(t=8.55、6.24, 均P<0.001)。多因素Cox回归分析, SCAMP3表达越高, 死亡风险越高(HR=1.466, 95%CI:1.143～1.881, P<0.001)。基因集富集分析在SCAMP3高...     

TIA1在膀胱癌中的表达及对膀胱癌发生发展和预后的影响

目的 探讨T淋巴细胞内抗原1(TIA1)基因在膀胱癌中的表达情况及对膀胱癌发生发展和生存预后的影响。方法 基于TCGA数据库,使用Kaplan-Meier曲线和ROC曲线分析TIA1基因表达与膀胱癌生存预后的关系和诊断价值。采用秩和检验分析TIA1表达与临床特征的关联。单因素和多因素Cox回归分析TIA1及临床特征预测膀胱癌(BLCA)患者预后的可能,并构建诺模图预测BLCA患者的无进展生存率。基因集富集分析(GSEA)用于探索TIA1在膀胱癌中的潜在作用机制。免疫蛋白印迹实验(WB)验证TIA1蛋白在膀胱癌和癌旁组织中的表达差异。结果 生存分析表明TAI1高表达组的总生存率(P=0.00135)、无进展生存率(P=0.00154)和无疾病生存率(P=0.00116)均高于低表达组。TIA1在低龄组(≤60岁)中表达明显高于高龄组(P=0.007),解剖分期和T分期越高,TIA1表达越低(P0.01)。COX回归分析表明TIA1(P=0.047)、年龄(P0.001)、解剖分期(P0.001)是BLCA患者的独立预后因素。诺模图的C指数等于0.661(0.619～0.704),提示该模型具有较好的预测能力。GSEA分析表明TIA1富集在“KEGG-Bladder cancer”和“KEGG-natural killer cell-mediated cytotoxicity”相关的通路。WB实验证明TIA1蛋白在BLCA组织中的表达也低于癌旁组织。结论 TIA1基因在膀胱癌组织中表达下调,可能是BLCA发生发展的独立预后因素,用TIA1基因表达水平、年龄、临床分期共同构建的预后模型对BLCA患者无进展生存有较好的预测能力。     

前列腺癌组织中酪氨酸硫酸化转移酶1(TPST1)的表达水平及临床意义

目的分析酪氨酸硫酸化转移酶1(TPST1)在前列腺癌(PCa)组织中的表达情况,并探讨其与前列腺癌患者临床病理特征和预后的关系。方法在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库收集499例前列腺癌患者,分析TPST1 mRNA与PCa患者临床病理特征及预后的关系;采用免疫组织化学SP法检测前列腺组织芯片(TMA)中TPST1蛋白的表达,并分析其与PCa患者临床病理特征的关系。结果 TCGA数据库结果显示TPST1表达量与年龄具有显著相关性(P<0.05),与血清PSA、Gleason评分、临床T分期、淋巴结转移和远处转移相关性没有统计学意义(P>0.05);免疫组化结果显示,PCa癌组织中TPST1蛋白的高表达率为78.0%(39/50),明显高于非前列腺癌组织的46.67%(14/30),差异有统计学意义(P<0.05);TPST1的TMA分析结果显示,TPST1蛋白表达量与年龄、肿瘤分级、Gleason评分、临床T分期、淋巴结转移以及远处转移相关性没有统计学意义(P>0.05);TCGA数据库样本的Kaplan-Meier生存分析结果显示TPST1 mRNA高表达组的无生化复发生存情况和无病生存情况差于低表达组,差异有统计学意义(P<0.05);COX单因素和多因素分析结果显示,TPST1不是影响PCa患者生存预后的独立危险因素。结论 TPST1在PCa癌组织中呈高表达,TPST1高表达提示预后差,但其与PCa患者临床分期、淋巴结转移无明显相关性,不是影响PCa患者生存预后的独立危险因素。     

BCAN基因在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的以基因表达数据集资料为研究对象,分析BCAN基因在肾透明细胞癌中的表达情况以及对患者预后的影响。方法在Oncomine数据库中挖掘BCAN在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达情况。从TCGA数据库中获取ccRCC患者临床资料和目的基因的表达信息并进行统计分析。利用GEO数据库中GSE73731数据集的ccRCC样本进行基因富集分析。利用String数据库分析与BCAN相关的蛋白。结果BCAN低表达组的ccRCC患者在病理分期及T分期方面低于高表达组(P<0.001;P=0.001);N分期及M分期差异无统计学意义(P>0.05)。BCAN低表达组患者的总生存期优于高表达组(P=0.033)。BCAN基因高表达组的样本主要富集在KRAS信号通路。结论BCAN可以通过多种途径来促进肿瘤细胞的侵袭能力,有望成为ccRCC不良预后的重要生物标志物之一。     

肝癌相关基因表达谱分析及TOP2A表达的临床意义

[摘 要] 目的 探讨肝细胞性肝癌（HCC）相关基因的差异表达、富集通路和蛋白互作网络,分析差异表达基因与HCC预后的关系。方法分析TCGA数据库中HCC相关RNAseq数据,筛选差异表达基因,明确基因富集的GO和KEGG通路,构建蛋白互作网络,找到核心蛋白,通过生存分析,明确核心基因与HCC预后的关系。结果 通过纳入标准筛选268个差异表达基因,显著富集在GO：mitotic nuclear division （P＜0.001）,cell division（P＜0.001）和negative regulation of growth（P＜0.001）及KEGG通路（hsa04110:Cell cycle） （P＜0.001）,均与细胞分裂与增殖密切相关。通过构建蛋白互作网络,筛选核心基因TOP2A,并在临床样本中得到验证（P＜0.001）。生存分析显示,TOP2A的表达量与总体生存时间显著负相关（P=0.002）。结论TCGA高通量数据分析是筛选肿瘤预后靶点的有效途径,TOP2A的高表达是肝细胞性肝癌预后的不良因素。     

TCP1在肝细胞癌中的表达及预后价值

探讨T复合体1(TCP1)在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及临床意义。选取癌症基因组图谱(TCGA)数据库来源的HCC组织作为在线数据库研究对象,选取2018年5月—2019年5月新疆医科大学第一附属医院收治的53例HCC患者为临床研究对象,利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析TCP1基因在HCC中的表达水平并用免疫组织化学方法进行鉴定,并分析TCP1的表达与HCC临床病理特征的关系及与患者预后的相关性。使用肿瘤免疫评估资源(TIMER)2.0数据库对不同表达的TCP1与免疫细胞浸润的相关性进行分析。TCGA数据库来源HCC肿瘤组织中TCP1的表达显著高于正常组织,临床来源的HCC组织中TCP1的免疫组织化学表达得分显著高于正常肝组织(6.32±1.24比0.54±0.18,t=21.533,P<0.001)。免疫浸润分析结果显示TCP1与Th和Th2浸润正相关(r=0.390和0.384,P<0.001)。GO/KEGG分析表明与TCP1共表达的基因在RNA定位、蛋白质定位等基因功能上发生富集,并且主要参与了细胞周期通路。预后生存分析结果显示,TCGA数据库来源和临床来源的HCC患者,TCP1低表达组的总生存率均明显高于TCP1高表达组(P<0.001)。TCP1在HCC组织中表达上调,可以作为HCC有价值的预后标志物。