沙门菌中第一类整合子的鉴定及特性分析

目的　基于整合子在细菌耐药机制中的重要作用 ,对来自正常人体内耐药沙门菌的整合子分布及其结构特征进行分析。方法　应用PCR方法 ,设计第一类整合酶基因intI1和耐药基因盒的特异性引物 ,用PCR方法检测整合子阳性菌株并对其整合的耐药基因进行测序和序列分析。结果　发现 1株S .hadar和 3株S .tshiongwe为第一类整合酶阳性菌株。耐药基因盒进行扩增的结果 ,从 2株中分别得到 10 0 9bp的扩增产物。 1株得到 16 6 4bp的扩增产物。 1株菌得到 10 0 9bp和 16 6 4bp的扩增产物。序列分析结果表明 ,10 0 9bp的扩增产物为携带aadA2 ,对氨基糖苷类抗生素药物壮观霉素、链霉素产生耐药的基因盒 ;16 6 4bp为携带aadA5和dfr17,对氨基糖苷类抗生素药物壮观霉素、链霉素和磺胺类药物甲氧氨苄嘧啶产生耐药的基因盒。结论　首次揭示了健康人携带由整合子介导的耐药菌这一现象 ,提示我们要从基因水平上监测细菌的耐药情况     

采用简并引物克隆葎草花粉过敏原全长同源cDNA

目的：建立一套稳定可靠的方法，对过敏原性物种中的过敏原同源基因进行快速克隆。方法：在分析生物信息数据库中积累的大量过敏原序列同源性的基础上，设计简并引物，基于高质量Lǘ草花粉RNA，逆转录合成cDNA。采用Touchdown方式在cDNA池中进行选择性PCR扩增。同时借助梯度PCR程序，对引物扩增的简并性作进一步强化，并结合RACE技术获取全长cDNA．进而对Lǘ草花粉中的过敏原同源基因进行克隆。结果：成功地获得3个全长cDNA克隆。序列分析显示．这些基因与已知过敏原的基因序列相似性高达79％-85％，初步认定其为泛过敏原肌球蛋白抑制蛋白(profilin)的同源基因。对比RACE技术获得的相应基因的全长序列发现，这些序列在引物结合处与简并引物序列之间存在4个碱基的差异，提示采用Touchdown方式的梯度PCR程序．可使引物的简并性得到进一步扩展。结论：简并引物与Touchdown梯度PCR相结合的方法．能够对以Lǘ草为代表的基因组未曾深入研究的物种中的过敏原同源基因进行有效克隆.     

利用表型筛选法测定整合子对耐药性基因盒的整合频率

目的 建立一种利用表型筛选的方法来测定整合子对耐药性基因盒的整合频率. 方法 将整合子和aadA2耐药性基因盒克隆到同一质粒pACYCl84的不同位点,该重组质粒和高表达整合酶的重组质粒分别转化大肠杆菌BL21(DE3),挑选阳性克隆过夜培养后,取适量菌液涂布含有链霉素的LB琼脂平板,同时取适量菌液涂布不含链霉素的LB琼脂平板,过夜培养后计数菌落个数,用以计算整合频率.同时以链霉素平板上的阳性克隆为模板,进行PCR扩增.对扩增产物切胶回收纯化,然后进行测序,以确定aadA2耐药性基因盒整合位点. 结果 在大肠杆菌BL21(DE3)宿主中,整合子对aadA2耐药性基因盒的整合频率为1.1×103,主要的整合位点为attI. 结论 该系统可以用于整合子对基因盒捕获频率的测定.     

医院泛耐药鲍曼不动杆菌对碳青霉烯抗生素的耐药机制

目的 探讨医院泛耐药鲍曼不动杆菌对碳青霉烯抗生素的耐药机制.方法 应用PCR方法对2010年12月至2012年3月期间本院从临床痰标本中分离的36株泛耐药鲍曼不动杆菌进行碳青霉烯酶IMP、OXA23基因和整合子基因检测;提取细菌膜蛋白行SDS-PAGE电泳分析其组成.结果 36株泛耐药鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶OXA23基因扩增均为阳性;14株碳青霉烯酶IMP基因扩增阳性,22株阴性.12株整合子PCR产物约1200 bp,10株约3000 bp,14株整合子PCR产物约3500 bp.与碳青霉烯抗生素敏感鲍曼不动杆菌膜蛋白比较,22株泛耐药鲍曼不动杆菌存在相对分子质量为25 000、36 000的膜蛋白缺失.结论 医院泛耐药鲍曼不动杆菌耐碳青霉烯抗生素机制与产IMP、OXA23碳青霉烯酶及膜蛋白缺失有关.     

泛耐药鲍曼不动杆菌整合子Ⅰ和ISCR1结构及基因分型研究

目的研究从临床分离的鲍曼不动杆菌的整合子Ⅰ和ISCR1的分布及结构情况,并对其进行基因分型。方法分离自临床的57株鲍曼不动杆菌,PCR检测整合酶Ⅰ、整合子Ⅰ、ISCR1以及ISCR1可变区,PCR产物进行限制性片段长度多态性（RFLP）分型并进行测序分析可变区携带的耐药基因盒,ERIC-PCR进行基因分型。结果 49株整合酶I阳性,其中47株整合子I扩增阳性,RFLP分为2型,测序结果为aacA4-catB8-aadA1和drf17-aadA5。3株ISCR1以及ISCR1可变区扩增均阳性,可变区经RFLP分为1型,测序结果为orf513-qnrA1-ampR-qacEdeltal,ISCR1阳性菌整合子I均阳性,经ERIC-PCR检测将57株鲍曼不动杆菌分为27个基因型。结论Ⅰ类整合子广泛存在于鲍曼不动杆菌中,ISCRI携带率较低,氨基糖苷类、甲氧苄啶类和β-内酰胺类耐药基因盒较常见,ERIC-PCR可用于临床鲍曼不动杆菌的分子流行病学研究。     

恶性疟原虫FCC—1／HN株环子孢子蛋白基因分枝杆菌——大肠杆穿梭表达重组质粒的构建及序列测定

本文对恶性疟原虫环子孢子蛋白(circumsporozoiteprotein,CSP)基因片段进行克隆和序列测定。根据恶性疟原虫837株基因编码序列设计合成一对引物,采用PCR技术从恶性疟原虫FCC-1/HN株基因组DNA中特异扩增CSP基因片段的Ⅰ区、中央重复区、重复区后可变区和Ⅱ区;经纯化的扩增产物用BamHⅠ和KpnⅠ双酶切后,定向克隆入大肠杆菌——分枝杆菌穿梭表达质粒,转化感受态大肠杆菌DH5α,重组克隆经抗性筛选和快速凝胶电泳鉴定,再经PCR和酶切鉴定,并对重组子进行序列测定。结果表明从恶性疟原虫FCC-1／HN株基因组DNA中可特异扩增出约1171bp的基因片段,阳性重组质粒经双酶切和PCR鉴定与预期的结果一致,序列测定表明所克隆的基因和编码环子孢子抗原的基因片段相符。     

TORCH与优生：V．PCR方法检测人类细小病毒B19

查点PCR方法可以用来检测人类细小病毒B19(B19)DNA。利用特异性引物扩增得到B19片段，对第一轮扩增产物进行DNA印迹及限制性内切酶盈谱分析．证明该产物是B19 DNA的特异顺序。本文同时还利甩地高辛标记寡核苷酸探针与PCR产物杂交，可以检测少至lfg的B19 DNA。甩此套式PCR方法对7例临床畸胎的组织标本检测，发现2例为B19 DNA阳性。作者以为，此方法适用于快速、灵敏、特异地临床检测B19 DNA。     

PCR结合单酶切对戊型肝炎病毒进行基因分型的研究

目的　建立PCR结合单酶切对戊型肝炎病毒(HEV)进行基因分型的方法,并将其应用于HEV基因型分布的研究。方法　采用简并引物扩增1～4型HEVORF1片段,1、2型HEVPCR产物为2 75、2 6 9bp ,3、4型PCR产物为317、314bp ,分别应用NaeⅠ、NotⅠ消化两种长度的PCR产物,根据酶切结果区分4种基因型。结果　采用此方法对4种基因型的HEV标准株分型,结果与预期一致;4 3份HEVIgM阳性的临床标本中,19份PCR阳性,分型结果均为4型HEV。结论　此方法可以快速简便地区分HEV 4种基因型。南京地区散发戊型肝炎大多由4型HEV所致。     

弓形虫依钙蛋白激酶Calpain—like基因的克隆及表达

目的克隆弓形虫RH株Calpain—like基因片段，构建原核表达载体，诱导表达Calpain-like基因重组蛋白。方法收集、纯化弓形虫RH株速殖子，提取总RNA，在设计合成的引物中引入SalI和EcoRI酶切位点。应用FIT—PCR扩增弓形虫RH株Calpain—like基因片段，插入pGEM—T载体，提取重组质粒，双酶切获得目的基因，亚克隆到原核表达质粒pET32a，重组子经双酶切、PCR和DNA序列分析鉴定，转化大肠杆菌BL21并以IPTG诱导表达。结果从弓形虫RH株速殖子eDNA中扩增出316bp的Calpain-like基因片段；含pET32a／Calpain—like的重组质粒在宿主菌经诱导后，获得与预期分子量相符的表达产物。结论成功地克隆和表达弓形虫RH株Calpain—like基因，弓形虫Calpain—like基因的克隆表达为进一步筛选弓形虫疫苗候选分子和治疗药物的靶位提供了研究基础。     

革兰阴性菌qnrA基因介导的喹诺酮耐药分子机制研究

目的了解革兰阴性菌质粒介导qmA耐药基因的发生率、分子遗传学背景及其阳性株的耐药谱。方法收集2004年4月-2006年4月对萘啶酸耐药的临床分离无重复株共629株，采用特异引物PCR结合测序进行qnrA阳性株的识别，表型确认试验结合PCR检测识别产ESBL或AmpC酶的qnrA阳性株，Kirby-Bauer法和Etest法进行qnrA阳性株的药敏检测，质粒接合转移及Southem杂交检测进行qmA基因的质粒定位，PCR策略克隆携带qnrA基因整合子基因结构并进行引物步移测序。结果qnrA阳性株的总检出率为1.9％（12／629）。菌种分布为肺炎克雷伯菌2．2％（3／138），阴沟肠杆菌17．1％（6／35），产气肠杆菌9．1％（1／11），枸橼酸杆菌属12．5％（1／8），沙门菌属14．3％（1／7）。qnrA基因定位在80～180kb大小质粒上的su／1型Ⅰ类整合子基因结构中。其中4株菌qnrA基因定位在整合子In37上，另外8株菌qnrA基因定位在一种新型的整合子InX上。所有qnrA阳性株均产ESBL，并具有可转移多重耐药的特征。结论广东地区喹诺酮抗菌药耐药株中存在着质粒介导的耐药机制，但发生率较低；其耐药基因qnrA的水平传播能力有可能导致细菌耐药性的播散。     

鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗生素的耐药分析及基因型研究

目的分析20株鲍曼不动杆菌对耐碳青霉烯类抗生素的耐药性及对碳青霉烯酶基因的研究。方法用API鉴定条进行细菌鉴定及K-B法进行药敏试验,用碳青霉烯酶4种基因的特异性引物进行聚合酶链反应（PCR）扩增和基因型的测序分析,并通过网上Genbank进行比对以确定编码酶基因的类型。结果 20株鲍曼不动杆菌对左旋氧氟沙星、丁胺卡那霉素、多粘菌素B的耐药率分别为50%、25%、4%。其它抗生素的耐药率均在90%以上。携带D类碳青霉烯酶OXA-23基因有17株（85%）,携带OXA-51基因有15株（75%）,OXA-24、OXA-58基因引物PCR扩增为阴性,随机各抽取3株OXA-23基因阳性株进行测序后通过在网上Genbank比对发现与OXA-23标准株99%同源,OXA-51基因阳性株与OXA-51标准株98%同源。结论本院耐碳青霉烯类抗生素的鲍曼不动杆菌对多粘菌素B的耐药率最低,其次是丁胺卡那霉素,以携带OXA-23型碳青霉烯酶基因为主,应引起临床高度重视,防止在院内广泛传播。     

恶性疟原虫FCC-1／HN株EBA-175基因特异序列的克隆及其鉴定

根据恶性疟原虫红细胞结合抗原EBA-175基因编码序列设计并合成一对引物，通过聚合群链反应(PCR)技术对恶性疟原虫FCC-1／HN株的EBA-175基因进行扩增，用HindⅢ和BarnHⅠ同时消化扩增产物，定向克隆PCDN3载体，转化至感受态大肠杆菌TG1，经抗性筛选和质粒大小快速凝胶电泳鉴定初步获得重组克隆，再经PCR鉴定和HindⅢ／BarnHⅠ酶切鉴定，证实所得的重组克隆含有编码恶性疟原虫FCC-1／HN株EBA-175基因部分序列。     

多株幽门螺杆菌肽脱甲酰基酶基因克隆及序列比较

目的为开发以幽门螺杆菌(Hp)肽脱甲酰基酶为靶位的新药，首先考察该基因的保守性。方法从我国不同地区分离、选择多株Hp，培养并提取细菌DNA，设计特异引物以PCR方法扩增其肽脱甲酰基酶基因(def)，并克隆到pGEM T-Easy载体中，转化大肠杆菌，提取质粒鉴定重组质粒并测序。结果经序列比较，发现def基因有高度保守性，在重要的基序点未发生变异。结论本研究为以肽脱甲酰基酶作为靶位筛选药物提供了依据。     

牙龈卟啉单胞菌prtH基因分布与多态性研究

目的　分析牙龈卟啉单胞菌 (P .gingivalis)prtH基因的遗传多态性 ,从而了解细菌变异与其对牙周致病作用的相关性。方法　以PCR技术从牙周炎患者口腔中分离的P .gingivalis进行prtH基因扩增 ;采用斑点杂交法 ,以生物素标记prtH基因为探针 ,与以引物B进行PCR扩增为阳性的P .gingivalis基因组DNA杂交 ;对PCR产物进行AluⅠ限制性酶切和DNA测序分析。结果　以prtH基因A、B引物对 14 0株临床分离株进行PCR扩增 ,分别在 76例 (引物A)和 117例 (引物B)出现阳性扩增产物 ,阳性率分别为 5 4 .2 %、84 %。对 34例引物B扩增阳性的P .gingivalisDNA进行点杂交检测 ,阳性吻合率为 82 .4 %。与GenBank中菌株ATCC332 77(U15 2 82 )和W83(L2 74 83)的prtH基因序列相比 ,5株P .gingivalisPCR扩增产物的测序存在着缺失和点突变。结论　在慢性牙周炎患者临床P .gingivalis分离菌株中存在着prtH基因的遗传多态性 ,本实验建立了具有高度敏感性和特异性的PCR检测方法     

降钙素基因相关肽表达载体的构建

背景：为研究降钙素基因相关肽基因治疗在骨质疏松中的应用,首先要建立高效的降钙素基因相关肽基因载体。 目的：构建降钙素基因相关肽真核表达载体pBaBb-puro-CGRP。 方法：设计引物并通过PCR扩增出降钙素基因相关肽,酶切后用T4 DNA连接酶将其与pBaBb-puro进行连接,经过转化、阳性克隆筛选后,进行酶切和测序鉴定。 结果与结论：经PCR扩增获得了含430 bp的降钙素基因相关肽基因编码序列,经过酶切、连接、转化后,挑选10个菌落进行PCR检测,筛查到8个菌落含有重组质粒,进一步行酶切和测序鉴定,结果与理论预期完全相符。提示实验成功构建了pBaBb-puro-CGRP真核表达载体。     

肺炎克雷伯菌AmpC酶检测及抗生素选择

目的 调查济宁市第一人民医院肺炎克雷伯菌质粒介导AmpC酶表型及其对常用抗生素的耐药性,为临床用药提供依据。方法 收集2017年1月~7月济宁市第一人民医院临床分离的非重复肺炎克雷伯菌97株,应用头孢西丁纸片扩散法进行肺炎克雷伯菌AmpC酶表型初筛,对初筛阳性菌用多重PCR方法检测质粒介导AmpC酶基因,分析其耐药情况。结果 97株肺炎克雷伯菌中共筛选出40株对头孢西丁不敏感菌株,经多重PCR扩增,有7株AmpC酶阳性,检出率为7.22%（7/97）,均为DHA型。产质粒介导AmpC酶菌株仅对亚胺培南敏感（100.00%）。结论 济宁市第一人民医院产质粒介导AmpC酶肺炎克雷伯菌发生率相对较低,以DHA型基因为主,治疗应首选碳青霉烯类抗菌药物。     

微小按蚊复合体Rdna-ITS2序列差异及遗传多态性研究

本研究对我国微小按蚊广西、云南、海南 6个地理株和越南Caonguen株rDNA ITS2PCR扩增片段和序列差异作分析 ,获得基因片段总长为 5 6 1bp～ 5 6 3bp ,发现地理株间ITS2序列差异程度不同 ,分析表明元江株为微小按蚊C型 ;其余 6个地理株为A型。应用限制性内切酶Sau96Ⅰ对微小按蚊复合体rDNA ITS2PCR扩增片段作酶切分型 ,结果同样显示两型差异 ,从而简化微小按蚊复合体分类方法     

扩增抗体重链可变区的一个高效方法

从杂交瘤细胞或脾细胞中扩增抗体可变区，是构建单链抗体（Single-chain Fv fragment，ScFv）、克隆单克隆抗体和研究抗原与抗体相互作用的关键一步。而抗体可变区（Variable regions，Fv）高度变异，扩增相对困难，至今仍是一个难点，有待解决。我们在构建ScFv过程中，发现2株杂交瘤细胞用普通方法难于扩增出抗体重链可变区（Heavy—chain variable region，VH）抗体。于是提出了一种多序列比对和简并引物设计算法，并加以实现，设计出通用的鼠源性抗体VH引物；应用上述引物，采用反向多聚酶链反应（Reversepopymerase chain reaction，reversePCR）方法——3’RACE和5’RACE法，准确地扩增出2株杂交瘤细胞的VH基因。该算法很好地解决了引物特异性和最小化问题，具有简单、实现容易的特点，可用于基因家族中未知基因克隆和文库构建中的引物设计。与反向PCR方法结合，提高了难扩增的未知基因的成功率。     

质粒介导KPC-2型碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌儿童分离株耐药基因研究

目的 研究碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌临床儿童分离株的耐药特点及分子流行病学特征.方法 收集温州医学院附属第二医院2010年7月-2011年6月从儿童标本中分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌12株,所有菌株为非重复菌株,菌种鉴定采用全自动微生物分析仪.改良的Hodge试验筛选产碳青霉烯酶阳性菌株,采用PCR法检测KPC、IMP、bla(s)、VIM、SPM和整合酶基因,测序确定基因型.对菌株进行质粒结合试验、质粒消除试验检测质粒的转移性.脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析耐药菌株的同源性.结果 12株耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星、环丙沙星、左氧氟沙星、复方磺胺甲噁唑的敏感率分别为8.3％、41.7％、58.3％、8.3％、8.3％、33.3％;12株菌均携带有KPC-2基因,且同时携带有TEM-1和SHV型β-内酰胺酶基因,其中SHV-11-like和SHV-1 2-like各6株;11株携带CTX-M型基因,其中4株为CTX-M-14-like基因,6株CTX-M-15-like基因;2株携带有OXA-10型基因,1株携带有PER-1基因.未检出NDM-1、GIM、SPM、SIM、VIM型碳青霉烯酶基因.12株均为Ⅰ类整合酶基因(int1)阳性.2株通过接合试验把质粒传递给受体菌EC600.所有接合子blaTEM-1基因阳性、超广谱β-内酰胺酶(ESBL)基因阳性及对亚胺培南、庆大霉素、阿米卡星、妥布霉素和头孢噻肟耐药,接合子ESBL基因型与供菌一致.2株菌经质粒消除后对亚胺培南的MIC值均有较大程度降低,消除后KPC-2基因扩增为阴性.12株KPC-2基因阳性菌株经PFGE分成5个基因型,主要为B型和C型.结论 KPC-2型碳青霉烯酶基因已经在儿童肺炎克雷伯菌中播散,常伴随携带多种类型的ESBL基因和Ⅰ类整合酶基因,部分耐药基因可通过质粒播散.     

DNA甲基化检测方法

DNA甲基化是真核细胞基因组重要修饰方式之一，参与基因的表达调控。目前，DNA化检测的方法主要有：酶切、限制性酶切－KPCR（restriction enzyme PCR）、甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MS PCR）、Southern印迹亚硫酸盐测序（bisulifite DNA sequencing）、为性高效液相色谱（denature high-performance liquid chromatography,DHPLC）、甲基化敏感的单核苷酸引物延伸（methylation-sensitive single nucleotide primer extensio,MS-SNuPE）、PCR荧光为性曲线分析（PCR and fluorescence melting cureve analysis）、亚硫酸盐PCR－SSCP（bisulfite-PCR-SSCP）、COBRA（combined bisulfite restriction analysis）和MethLight。