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1.
丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因2的克隆化研究 总被引:6,自引:2,他引:4
目的 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformcs)筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)反式激活新型靶基因,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCVNS3蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-NS3转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCvNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被NS3蛋白反式激活,故命名为NS3TP2,在GenBank中注册,注册号为AYll6970。NS3TP2基因的编码序列全长为1299个核苷酸(nt),编码产物由432个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白,而抑制性消减杂交(SSH)是一种鉴定、分离组织细胞中选择性表达基因的技术。通过这种技术,发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为进一步研究HCVNS3蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。 相似文献
2.
丙型肝炎病毒非结构蛋白HS5A反式激活基因HS5ATP6的克隆化研究 总被引:1,自引:1,他引:1
目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因。方法 以HCVNS5A表达质粒PcDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的KOZ2ak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列。结果 从HePG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,命名为NS5ATP6,在GenBatk中注册,注册号为AF529367。Ns5ATP6基因的编码序列全长为1572个核苷酸(nt),编码产物由524个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP6的筛选与克隆,为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。 相似文献
3.
丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP9的克隆化研究 总被引:2,自引:1,他引:2
目的 筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因,研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制。方法 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术,以HCV NS5A表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列数据库的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列。从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,命名为NS5ATP9,在GenBank中注册,注册号为AF529370。结果 Ns5ATP9基因的编码序列全长为336个核苷酸(nt),编码产物由111个氨基酸残基(aa)组成,并成功的克隆化。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP9的筛选与克隆,为进一步研究HcvNs5A反式激活作用的分子生物学机制开辟了新的研究方向。 相似文献
4.
乙型肝炎病毒前-S1蛋白反式激活蛋白3基因的克隆化研究 总被引:1,自引:0,他引:1
目的应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)前-S1蛋白(Pre-S1)反式激活新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制。方法以HBV前-S1蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-PreS1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HBV前-S1反式激活作用的新的靶基因。结果对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT—PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被前-S1蛋白反式激活,故命名为前-S1反式激活蛋白3(PSITP3),已在GenBank中注册,注册号:AY446274。PSITP3基因的编码序列全长为1173个核苷酸(nt),编码产物由390个氨基酸残基(aa)组成。结论HBV前-S1蛋白在HBV进入宿主细胞的过程中起着重要的作用,最近的研究表明前-S1蛋白还具有反式激活的作用,上调宿主细胞某些基因的表达,从而改变宿主正常的免疫应答水平,引起病变。HBV前-S1反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HBV前-S1蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。 相似文献
5.
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)F蛋白反式激活新型靶基因,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制.方法:以HCV F蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-F转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析.应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCV F蛋白反式激活作用的新的靶基因.结果:对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被F蛋白反式激活,故命名为F蛋白反式激活蛋白2(HCV FTP2),已在GenBank中注册,注册号:AY740522.HCV FTP2基因的编码序列全长为177个核苷酸(nt),编码产物由58个氨基酸残基(aa)组成.结论:HCV F蛋白在病毒的自然感染过程中有明显的表达,最近的研究表明蛋白还具有反式激活的作用,上调宿主细胞某些基因的表达,可能参与HCV致癌.HCV F反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HCV F蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定了基础. 相似文献
6.
目的 应用抑制性消减杂交 (SSH)技术及生物信息学 (bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒 (HBV)前 S1蛋白(pre S1)反式激活新型靶基因 ,进一步阐明HBV感染相关性疾病的发病机制。方法 以HBV前 S1蛋白表达质粒pcDNA3 .1(-) PreSl转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 .1(-)为平行对照 ,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术 ,结合生物信息学技术 ,克隆HBV前 Sl反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明 ,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录多聚酶链反应 (RT PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列 ,并测序证实 ,因其可以被前 S1蛋白反式激活 ,故命名为前Sl反式激活蛋白 1(PSlTPl) ,已在GenBank中注册 ,注册号 :AY42 6672。PSlTPl基因的编码序列全长为64 2个核苷酸 (nt) ,编码产物由 2 13个氨基酸残基 (aa)组成。结论 HBV前 Sl蛋白在HBV进入宿主细胞的过程中起着重要的作用 ,最近的研究表明前 Sl蛋白还具有反式激活的作用 ,上调宿主细胞某些基因的表达 ,从而改变宿主正常的应答水平 ,引起病变。HBV前 Sl反式激活新靶基因的发现 ,为进一步研究HBV前 Sl蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础 相似文献
7.
丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因11的克隆化研究 总被引:7,自引:3,他引:4
目的 为了探索丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因,我们应用基因芯片技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系H叩G2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV—H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTN-3011质粒DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增,获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定,构建真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5A。以pcDNA3.1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术,结合生物信息学技术(bioinformatics),克隆HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5A,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PCDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2后提取总RNA,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因,命名为NS5AWll,新基因的编码基因序列全长为1257个核苷酸(nt),编码产物由418个氨基酸残基(aa)。结论 HCVNS5A是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。基因芯片技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS5A反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为阐明HCVNS5A蛋白的反式激活作用及其机制,开辟了新的研究方向。 相似文献
8.
乙型肝炎病毒前-S1蛋白反式激活蛋白1基因的克隆化研究 总被引:4,自引:0,他引:4
目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)前-S1蛋白(pre-S1)反式激活新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关性疾病的发病机制。方法 以HBV前-S1蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-PreSl转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HBV前-S1反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被前-S1蛋白反式激活,故命名为前S1反式激活蛋白1(PSITP1),已在GenBank中注册,注册号:AY426672。PSITP1基因的编码序列全长为642个核苷酸(nt),编码产物由213个氨基酸残基(aa)组成。结论 HBV前-S1蛋白在HBV进入宿主细胞的过程中起着重要的作用,最近的研究表明前-S1蛋白还具有反式激活的作用,上调宿主细胞某些基因的表达,从而改变宿主正常的应答水平,引起病变。HBV前-S1反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HBV前-S1蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。 相似文献
9.
目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建丙型肝炎病毒(HCV)NS5ATP13蛋白反式激活相关基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HCV NS5ATP13蛋白反式激活靶基因。方法 以HCV NS5ATP13表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5ATPl3转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照;制备转染后的细胞裂解液,从中提取mRNA并合成cDNA,经RsaⅠ酶切后将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR后进行测序及同源性分析。结果 成功构建人HCV-NS5ATPl3蛋白反式激活相关基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到102个白色克隆,进行菌落PCR分析,其中96个均得到100~1000bp插入片段。挑取40个插入片段测序分析,其中2个cDNA片段为未知序列,通过生物信息学分析获得其全长序列,已被GenBank收录,另有34个为已知功能序列。结论成功筛选出2个新的cDNA序列,并获得其全长序列,可能为HCV NS5ATPl3蛋白反式激活相关靶基因。 相似文献
10.
目的应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶(DNA Polymerase)逆转录酶(RT)反式调节新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制.方法以HBV DNA聚合酶逆转录酶表达质粒pcDNA3.1(-)-RT转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析.并应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆RT反式调节作用的新的靶基因.结果对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被HBV DNA聚合酶逆转录酶反式调节,故命名为DNA多聚酶反式调节蛋白1(DNA PTP1),已在GenBank中注册,注册号AY450389.DNAPTP1基因的编码序列全长为435个核苷酸(nt),编码产物由144个氨基酸残基(aa)组成.结论逆转录酶反式调节新靶基因DNAPTPl的发现,为进一步研究RT蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础. 相似文献
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丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因6的克隆化研究 总被引:5,自引:1,他引:5
目的 丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCVNS3病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因,我们应用微矩阵(microarray)技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的PBRTM-3011质粒DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增,获得的HCVNS3编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定,构建真核表达载体PcDNA3.1(-)-NS3。以pcDNA3.1(-)-NS3转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术,结合生物信息学技术(bioinformatics),克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体PcDNA3.1(-)-NS3,经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PcDNA3.1(-)-NS3转染HepG2后提取总RNA,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS3反式激活的新型靶基因,命名为NS3TP6,新基因的编码基因序列全长为414个核苷酸(nt),编码产物由138个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。微矩阵技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因,并成功克隆其中的NS3TP6,为阐明HcvNs3蛋白的反式激活作用及其机制,开辟了新的研究方向。 相似文献
12.
乙型肝炎病毒DNA聚合酶逆转录酶蛋白反式调节基因1的克隆化研究 总被引:5,自引:0,他引:5
目的 应用抑制性消减杂交 (SSH)技术及生物信息学 (bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒 (HBV)DNA聚合酶(DNAPolymerase)逆转录酶 (RT)区蛋白的反式调节新型靶基因 ,进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制。方法 以HBVDNA聚合酶RT基因的表达质粒pcDNA3 1( -) RT转染HepG2细胞 ,以空载体pcDNA3 1( -)为平行对照 ,提取mRNA并进行SSH分析。并应用分子生物学技术 ,结合生物信息学技术 ,克隆RT反式调节作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明 ,其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA ,以逆转录多聚酶链反应 (RT PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列 ,并测序证实 ,因其可以被HBVDNA聚合酶逆转录酶RT反式激活 ,故命名为DNA多聚酶反式激活蛋白 1(DNAPTP1) ,已在GenBank中注册 ,注册号 :AY45 0 3 89。DNAPTP1基因的编码序列全长为 43 5个核苷酸 (nt) ,编码产物由 14 4个氨基酸残基 (aa)组成。结论 HBVDNA聚合酶逆转录酶RT在HBV进入宿主细胞的过程中起着重要的作用 ,最近的研究表明RT蛋白还具有反式激活的作用 ,上调宿主细胞某些基因的表达 ,从而改变宿主正常的免疫应答水平 ,引起病变。逆转录酶RT反式激活新靶基因的发现 ,为进一步研究RT蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗 相似文献
13.
丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因NS5ATP13的克隆化研究 总被引:1,自引:1,他引:0
目的 应用微矩阵(microauray)技术,结合生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)的反式激活基因,阐明授性HCV感染、肝纤维化及肝细胞癌(HCC)的等相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTM-3011质粒DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增,获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定,构建真核表达载体PcDNA3.1(-)-NS5A。以pcDNA3.1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCVKDA反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5A,经过限制性内切酶作图分析和核苔酸序列分析证实正确无误。以PcDMA3.1(-)-NS5A转染HepG2后提取总MA,逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因,命名为NS5ATP13,在GenBank中登录,登录号为D21262。Ns5ATP13基因的编码序列全长为2103个核苷酸(nt),编码产物由700个氨基酸残基(aa)组成。结论 丙型肝炎病毒NS5A基因产物具有显著的反式激活作用。微短阵技术是分析基因表达谱变化的自动化和高通量技术。应用这些技术,发现了HCVKDA反式激活作用的新的靶基因,将为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制及HCV相关疾病发病机制奠定基础。 相似文献