用基因芯片研究异丙酚麻醉大鼠丘脑基因表达谱

目的:运用基因芯片研究异丙酚麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化. 方法:SD大鼠12只,随机分为对照组和异丙酚组,每组6只. 对照组、异丙酚组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg异丙酚. 1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交;杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其作初步功能分析. 结果:1323条待测基因中,异丙酚麻醉后221条基因差异表达,上调表达80条,下调表达141条,其中差异表达超过两倍的为53条. 差异性表达的基因功能可分为离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等. 结论:异丙酚麻醉可诱导大鼠丘脑众多基因的差异表达,基因芯片是研究全麻机制的有效方法.     

大鼠心肌梗死急性期缺血交界区基因表达谱特征

目的 研究心肌梗死前后心梗交界区的基因表达谱差异,寻找保护性基因和损伤相关基因,从而为研究心肌梗死的分子机制与治疗提供依据。方法 结扎大鼠冠状动脉左前降支复制心肌梗死动物模型,应用基因芯片技术研究心肌梗死24小时后心肌梗死交界区基因表达谱的变化特征。结果 冠状动脉结扎所致心肌梗死,在模型／假手术梗死交界区基因表达谱的研究中共筛选出190条差异表达基因,其中下调89条,上调101条。涉及已知功能的12类基因,主要与能量代谢、信号转导、物质运输等途径相关。结论 急性心肌梗死后表现出多环节的功能失调,存在多条途径对相关基因表达进行调控。     

大鼠溃疡性结肠炎相关基因表达谱研究

溃疡性结肠炎(UC)发病涉及免疫系统、环境、以及尚未确定的慢性肠道炎症易感基因之间的相互作用,尚未确切阐明发病机制。国外已有应用基因芯片研究UC的相关报道,本课题组从动物实验方面对实验性溃疡性结肠炎大鼠相关基因表达谱进行了研究,以期探讨溃疡性结肠炎差异基因与其发病的内在机制。     

大鼠退变颈椎间盘组织基因表达谱的研究

目的 :研究正常和退变模型大鼠颈椎间盘的基因表达谱 ,分析大鼠颈椎间盘基因表达水平的变化 ,用于指导诊断和治疗。 方法 :建立动静力失衡性大鼠颈椎间盘退变模型 ,从造模后 5个月对照组和模型组大鼠颈椎间盘中抽提 m RNA ,经逆转录分别用 cy3、cy5荧光标记 ,获得两组动物椎间盘 c DNA的探针 ,再与 5 12 c DNA基因表达谱芯片杂交 ,结果由激光扫描仪扫描并用软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析、聚类分析。结果 :共筛选出 18条表达有差异的基因 ,11条基因表达量明显下降 (ratio<0 .4 ) ,其中细胞信号转导类有 4条 ;7条基因表达量明显上升 (ratio>2 .5 )。这些基因在颈椎间盘退变的表达模式与其他的报道类似。 结论 :退变大鼠椎间盘基因表达的调节发生变化 ,细胞内外的信号转导参与了椎间盘退变过程     

应用基因芯片研究针刺对亚急性衰老大鼠蛋白质合成相关基因表达的影响

目的：应用基因芯片研究针刺对亚急性衰老大鼠蛋白质合成相关基因表达的影响，初步探讨针刺延缓衰老的基因表机理。方法：将成年健康雄性大鼠随机分为正常组、模型组与针刺组。模型组每日皮下注射10％D-半乳糖0、5ml，正常对组注射相同体积的生理盐水，针刺组在注射D-半乳糖造模的同时予以每周针刺涌泉穴6天，进行延缓衰老治疗。7周后同处死动物，摘取肝脏提取mRNA，随机选用2305条鼠cDNA制备成表达谱芯片。分别用Cy3和Cy5两种荧光物质标记肝织cDNA，并制备成探针与表达谱芯片进行杂交，通过计算机扫描后进行数据分析。结果：针刺对衰老大鼠37条基因的表有显著调节，其中蛋白质合成相关基因5条。结论：针刺能够调节衰老过程中与蛋白质合成相关基因的表达量，调节机体蛋质的含量与组成比例，起到改善机体功能状态延缓衰老的作用。     

雨蛙肽诱导的急性胰腺炎小鼠基因表达谱研究

基因芯片是一种新兴的生物技术，以大规模、高通量方式同时检测成千上万个基因在某种生理和病理条件下的表达变化，是研究表达差异基因与病变间关系的重要手段。本研究首次应用基因芯片技术分析雨蛙肽诱导的小鼠急性胰腺炎(acute pancreatitis，AP)以及正常小鼠血白细胞基因表达谱，旨在探讨雨蛙肽诱导的小鼠AP的相关基因。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

帕金森病患者尾状核中基因表达谱的研究

帕金森病是一种神经系统退行性疾病．患者黑质多巴胺能神经元大量死亡。导致纹状体多巴胺含量显著下降,基底节运动调节环路紊乱,从而产生运动障碍,目前,帕金森病的病因仍然不清,很可能受到遗传和环境因素的双重影响。尾状核是基底节纹状体功能单元中一个重要的组成部分,它接受     

氯胺酮对大鼠丘脑一氧化氮合酶活性和一氧化氮含量的影响

目的：观察不同剂量的氯胺酮对大鼠丘脑一氧化氮合酶（NOS）和一氧化氮（NO）含量的影响。方法：Sprague Dawley(SD)大鼠32只,雌雄不限,体重200－300g。随机分为四组（n=8):组I为对照组,给予生理盐水10ml/kg腹腔注射;组Ⅱ、组Ⅲ和组Ⅳ分别给予氯胺酮35ml/kg,100ml/kg和200ml/kg。组I和组Ⅱ在用药后5min后断头取材,组Ⅲ和组Ⅳ在大鼠翻正反射消失后立即断头取材。在低温操作箱内生理盐水冰面上取脑,以分光光度法测定NOS活性和NO量,Lawry法测蛋白含量。结果：大鼠腹腔注射氯胺酮35ml/kg后,其丘脑的NOS活性和NO量与对照组相比均无明显变化（P＞0．05）而腹腔注射氯胺酮100ml/kg和200ml/kg后,NOS活性明显降低,分别较对照组降低了44．3％和40％（P＜0．05）和P＜0．01）,NO量也明显减少,分别较对照组减少了42．9％和47．1％（P＜0．05）或（P＜0．01）;且这两组的NOS活性和NO量也明显低于氯胺酮35ml/kg组,NOS活性分别降低了47．3％和43．2％（P＜0．01）,NOS量降低了47．4％和51．3％（P＜0．01）;此两组之间相比较,丘脑的NOS活性和NO量无统计学意义（P＞0．05）。结论：NO在氯胺酮的中枢作用机制中可能发挥重要作用。     

电磁脉冲诱导大鼠左心室肌组织基因表达谱的变化

目的:用基因芯片技术研究电磁脉冲(electromagnetic pulse,EMP)辐照对大鼠左心室肌组织的生物效应。方法:10只雄性同窝SD大鼠随机分为辐照组与正常对照组2组,每组5只。在锥形平板GTEM小室内对辐照组大鼠进行EMP辐照,EMP辐照参数为:场强200 k V·m-1,脉冲前沿3.5 ns,脉宽14 ns,重复频率1 Hz;正常对照组进行假辐照。辐照后18 h取大鼠左心室肌,提取RNA,经反转录后用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组动物来源c DNA探针,c DNA探针与基因表达谱芯片进行杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果:筛选出差异表达基因108条,表达增强的有51条,其中功能已知或部分已知的11条,占22%;表达减弱的有57条,其中功能已知或部分已知的15条,占26%。差异表达基因主要涉及代谢、神经递质、肌肉收缩、凋亡、应激等方面。其中蛋白激酶C、热休克蛋白70、辅酶Q10、亚甲基四氢叶酸脱氢酶、5-羟色胺受体2C、锌指蛋白10、干扰素γ、雄激素调节蛋白、雌激素调节蛋白等可能在EMP对大鼠心脏生物学效应方面起重要作用。结论:EMP辐照可诱导大鼠左心室肌组织多个基因特异性表达。     

基因芯片技术筛选大鼠ARDS差异表达基因的研究

目的 用全基因表达谱芯片技术筛选大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的差异表达基因并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制.方法 分别从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片(涵盖27044转录本,代表22012个基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析.随机选择3个差异表达基因,用荧光定量KT-PCR.验证.结果 芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个.其中,代谢相关基因上调的有1个,下调的有34个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个.结论 全基因表达谱芯片技术是筛选AR.DS差异表达基因的有效方法,用该法筛选出一些差异表达基因,为初步阐明ARDS的发病机制奠定了基础.     

人参多糖对K562细胞基因表达谱的影响

目的 利用基因表达谱芯片研究人参多糖对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响。方法 人参多糖处理K562细胞48 h后,分别提取给药组和对照组K562细胞总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用2种不同的荧光染料Cy3和Cy5进行线性扩增标记,与Illumina全基因组表达谱基因芯片杂交,采用生物信息学方法分析人参多糖处理后K562细胞基因表达谱的改变。结果 共发现差异基因306个,其中上调基因220个,下调基因86个,并对其进行生物学功能分类。结论 诱导肿瘤细胞分化是多基因作用的综合结果,筛选的基因对研究肿瘤发生、发展与逆转分化,以及寻找潜在的抗肿瘤药物作用靶点可能有意义。     

前列腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片,研究前列腺癌差异表达基因的功能及调控网络.方法 采用GEO数据库中获取的前列腺癌基因表达谱芯片数据,利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R软件包进行数据挖掘及生物信息学分析.结合生物信息学工具DAVID、GeneMANIA对差异表达基因及其调控网络进行分析.结果 共筛选出前列腺癌与癌旁组织差异表达基因56个,表达上调15个,表达下调41个,前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因被富集到不同的子集.其中cav1、slc16a2、cav2、slc16a5、magi2、ptrf、pdlim5、lmod1、abcc6等9个基因被富集到"细胞功能"分类下的"细胞膜组分"子集中,其中cav1、cav2、ptrf影响细胞膜内陷囊状结构的功能,可能在前列腺癌发生发展中发挥重要作用.结论 前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因之间存在复杂的调控网络,生物信息学可以从中提取有效信息,为前列腺癌分子机制研究提供思路及数据基础.     

新基因RS1在辐射损伤小鼠的组织表达谱研究

目的 探讨新基因RS1在辐射损伤小鼠的组织表达谱情况，为RS1的克隆和功能研究提供更多的线索。方法 利用半定量RT—PCR的方法研究RS1在辐射损伤小鼠肠上皮、肝、肾、脾脏的表达情况，利用原位杂交的方法观察RS1在辐射损伤小鼠肝、肾、脾脏和心肌的表达情况。结果 RS1在辐射损伤小鼠除在肠上皮表达以外，在。肾、肝、脾等多处表达，其中脾脏和。肾脏的表达较高。结论 RS1具有广泛的组织表达谱。可以利用肾脏和肝脏来源的，RS1表达丰度高的总RNA为模板进行全长cDNA克隆。     

浆细胞发育基因表达谱的建立及部分基因表达的调控

目的研究浆细胞发育过程中基因表达的改变及其调控.方法应用基因芯片和RT-PCR的方法研究成熟B淋巴细胞到浆细胞发育过程中基因表达的变化.结果建立了浆细胞发育的基因表达谱,证实在浆细胞发育阶段一些重要的B细胞抗原受体(BCR)信号转导相关分子,包括Igα、Igβ、Lyn、Syk、BLNK、SWAP-70、SHP-1的表达显著下降.转录因子BSAP可能同这些分子表达的调控相关.结论在浆细胞发育阶段一些重要的BCR信号转导相关分子的表达显著下降.     

两型星形胶质细胞基因表达谱差异的初步观察

目的:研究不同型别星形胶质细胞的基因表达谱,比较1型和2型星形胶质细胞基因表达谱之间的差异,以进一步研究两者的生物学特性及其功能。方法:原代培养新生SD大鼠大脑皮质混合胶质细胞,经振荡和差速消化纯化培养1型星形胶质细胞(T1A)和2型星形胶质细胞(T2A);应用基因芯片技术获取T1A和T2A的基因表达谱,并对两者的基因表达谱进行初步分析。结果:基因芯片上检测点4096个,共有差异表达基因267条,其中113条在T1A中高表达,154条在T2A中高表达。结论:本实验获得大鼠大脑T1A和T2A的基因表达谱,首次报道267条存在于T1A和T2A之间的差异表达基因。     

鼻咽癌变过程中基因表达的cDNA阵列研究

目的 :比较研究鼻咽癌变过程中不同阶段鼻咽上皮组织基因表达谱的差异 ,观察鼻咽癌发生中多个基因的作用 ,寻找与鼻咽癌变相关的基因。方法 :用二亚硝基哌嗪 (N ,N’Dinitrosopiperazine ,DNP)诱导大鼠鼻咽癌 ,获取癌变过程中单纯增生、异型增生和癌组织 ,提取总RNA后逆转录标记成cDNA探针 ,与 5 88个基因的AtlasTM RatcDNAExpressionArray杂交 ,灰度扫描杂交信号及统计分析差异。结果 :在鼻咽癌组织中 ,PDGFB ,M6 P IGFR2 ,ErbB3EGF等瘤基因抑瘤基因、CCNE ,CCND3等细胞周期调节基因以及NF κB ,JNK转录因子和细胞信号转导等基因表达升高。鼻咽异型增生组织表达升高的基因较癌组织少 ,有prothymosin alpha,Cu ZnSOD1 ,MAPK1 等基因表达升高 ,但较鼻咽单纯性增生组织高表达基因多 ;鼻咽上皮组织单纯性增生仅有个别基因表达升高 ,大部分基因表达与正常鼻咽组织基因表达无明显差异。结论 :多个基因的表达变化在鼻咽癌变过程中起作用 ,随癌变进程基因逐步高表达     

大鼠胰腺发育功能相关基因表达谱的分析

目的研究大鼠胰腺胚胎发育不同阶段的基因表达谱,对比其功能相关基因随大鼠胰腺发育的变化。方法采用显微分离及提取技术获得胚胎发育不同阶段胰腺组织并提取RNA,采用高密度寡核苷酸芯片(Affemetrix芯片)对胚胎发育至第12.5天、15.5天、18.5天胚胎胰腺和成年胰腺进行基因转录水平分析,用生物信息学方法分析具体基因的表达情况。结果胰腺的生物学功能尤其β细胞功能相关基因insulin RNA、amylopsin RNA、GLUT-2RNA等在胚胎第15.5及18.5天显著高表达。结论胚胎第15.5～18.5天直至出生是胰腺功能完善和成熟的阶段,这个时期以细胞功能成熟为主。