EvaGreen实时荧光定量PCR检测猪细小病毒方法的建立

目的 建立以EvaGreen为染料的实时荧光定量PCR检测猪细小病毒(PPV)的方法,为血液制品中病毒去除效果的工艺验证提供高效准确的技术平台.方法 根据PPV的VP2基因保守序列,设计并合成引物.对目的片段进行PCR扩增,将扩增的PPV病毒VP2基因片段克隆入PMD19-T载体,重组质粒PMD19-T-VP2经测序鉴定正确后,作为标准品模板,用于标准曲线的绘制和该实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性检测的材料.结果 应用重组质粒PMD19-T-VP2制作的荧光定量PCR扩增曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系;该方法检测灵敏度的下限能达到102copies/μl;与其他DNA病毒和同种属的细小病毒无明显的交叉反应;连续重复检测高、中、低浓度样品,批内批间变异系数小,重复性好.结论 以EvaGreen为染料的实时荧光定量PCR检测PPV的方法提高了检测灵敏度,缩短了工艺验证的时间.     

乙型肝炎病毒核酸的实时荧光定量PCR检测及其临床意义

目的建立实时荧光定量PCR(rea l-tim e fluorescence quan titative PCR,RFQ-PCR)检测HBV-DNA含量的方法,探讨其在乙型肝炎预防、诊断、治疗及判断病情等方面的临床应用价值。方法在HBV S基因高保守区设计了特异性的引物和探针,利用T aqM an探针的基本原理,PCR扩增目的片段并实时检测产物的荧光强度,根据标准品建立的标准曲线,由软件自动计算出待测样本中HBV-DNA的准确含量。结果220例临床样本的检测结果显示,乙肝大三阳患者HBV-DNA阳性率(98.8%)显著高于其它各组(P<0.01),病毒平均含量为7.52±0.43 cop ies/m l;小三阳患者HBV-DNA阳性率低于大三阳组(P<0.01),但平均病毒含量与大三阳组无差异(P>0.05),高达7.41±0.26 cop ies/m l;单独HB sA g阳性和单独HB sA b阳性组HBV-DNA阳性率分别为56.4%,19.2%,平均病毒含量分别为5.35±0.32 cop ies/m l,4.02±0.31 cop ies/m l;80例献血员血清仍有3例HBV-DNA阳性,其病毒含量低于其它各组。结论RFQ-PCR检测HBV-DNA含量比EL ISA法具有更好的灵敏度和特异性,能准确反映HBV在体内的复制情况,对临床上抗病毒药物的选择和判断疾病的预后意义重大。     

人类Gfi1基因SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立测定人类Gfi1mRNA表达量的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,为进一步研究新基因的功能奠定基础.方法 以Gfi1基因为靶基因设计引物.构建携带GficDNA的质粒plox-Gfi1,经过纯化,质粒浓度测定,拷贝数的计算及10倍的梯度稀释制备标准品.应用ABI stepone PCR仪对Cfi1mRNA进行实时荧光定量PCR检测,建立标准曲线和熔解曲线.结果 建立了Cfi1mRNA表达的实时荧光定量PCR方法,本法线性范围为6.36×102～6.36×108copies/μl,线性相关系数y2为0.996,熔解曲线为单峰,Tm值为(89.98±0.22)℃,标准品的循环阈值批内变异系数和批间变异系数分别为1.35%～3.61%和1.49%～3.42%.结论 本研究建立的Gfi1mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法速度快,灵敏度高,特异性强,重复性及稳定性好,可用于Gfi1基因的定量检测.     

实时荧光定量PCR的研究进展及其应用

多聚酶链反应飞速的发展使其成为了分子生物学实验室重要的工具，实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR）以其敏感性高、重复性好、速度快和污染少使PCR技术又向前迈进了一步。本文对real-time Q-PCR技术的原理、五种主要的荧光化学及定量方法作一介绍，同时也讨论了此技术存在的不足，并对其目前在研究领域中主要的应用进行了概述。     

实时荧光定量PCR非特异性分析

聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)因灵敏度高、操作简便在各个领域得到了广泛的应用。然而,伴随其高灵敏度存在的非特异性问题在一定程度上限制了其应用。不同于普通检测方法,该技术的非特异性问题主要由可以指数扩增的引物二聚体(primer dimer,PD)引起。对此,引物设计时使用的中部同序引物对可以从根本上避免PD的产生,从而解决由其引起的非特异性问题。该文从PCR的发展和本质、PCR非特异性产生的原因和应对策略等方面作一总结及分析。     

实时荧光定量PCR检测大鼠VEGF mRNA方法的建立及初步应用

目的建立大鼠血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor,VEGF）实时荧光定量PCR检测方法,对健康大鼠不同组织中VEGF mRNA水平进行检测分析。方法跨内含子设计引物和TaqMan探针,扩增片段TA克隆入pGEM-T载体,制成标准品,分析其特异性、灵敏性和重复性;提取健康大鼠不同部位组织（肺、心、肝脏、肾脏、脑、胃、肠和颌下腺）总RNA,分析其VEGF mRNA表达水平。结果测序及电泳条带证实PCR反应的特异性,批内CV为2.0%～6.7%,批间CV值为3.5%～10.6%,r〉0.99;肺组织中VEGF mRNA表达最高,与其他任意组相比差异均具有统计学意义（P〈0.05）,其它各组织间差异无统计学意义。结论本研究成功建立了检测大鼠VEGF mRNA的实时荧光定量PCR方法,具有高灵敏、高特异、高重复性的特点;健康大鼠不同部位组织中VEGF mRNA的表达水平分析为以后研究疾病大鼠模型表达水平奠定了基础。     

实时荧光定量PCR的研究进展及其应用

多聚酶链反应飞速的发展使其成为了分子生物学实验室重要的工具 ,实时荧光定量PCR(real timequantitativePCR)技术以其敏感性高、重复性好、速度快和污染少使PCR技术又向前迈进了一步。本文对real timeQ PCR技术的原理、五种主要的荧光化学及定量方法作一介绍 ,同时也讨论了此技术存在的不足 ,并对其目前在研究领域中主要的应用进行了概述。     

实时荧光定量PCR检测RAGE mRNA方法的建立及初步应用

目的 建立实时荧光定量PCR(RTFQ-PCR)检测人晚期糖基化终末产物受体(RAGE)mRNA的方法并研究其在食管癌组织中的表达.方法 根据Genebank提供的序列在RAGE基因外显子5和6之间设计引物,应用SYBR Green Ⅰ荧光染料,建立检测RAGE mRNA的RTFQ-PCR方法,并对其线性、特异性、灵敏度及重复性进行评价;根据标准曲线计算出食管癌及配对远端正常组织中RAGE mRNA含量,并以RAGE mRNA和18S rRNA含量的比值作为评价RAGE mRNA表达水平指标.结果 线性范围为5.0×103～5.0×109copies/ml,相关系数为-0.98,批内变异系数(CV)为0.63%～8.71%,批间CV为1.52%～12.38%.食管癌及配对远端正常组织RAGE mRNA与18S rRNA浓度的对数比值(-x±s)分别为0.638±0.068和0.334±0.329(P＜0.005),提示食管癌组织RAGE表达上调.结论 RTFQ-PCR检测RAGE mRNA的方法具有灵敏、特异、重复性好等优点,RAGE mRNA表达水平与食管癌存在一定相关性.     

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测DNA甲基化方法的建立

近期，表观遗传学与肿瘤发生关系的研究日益增多。DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，并已成为肿瘤早期诊断的研究热点。甲基化特异性PCR（MSP）是检测DNA甲基化的常用方法之一，该方法灵敏度和特异度高，但操作繁琐，难以自动化。TaqMan荧光定量PCR法，即Methylight在MSP的基础上设计1条TaqMan探针，该方法的准确性和检测的灵敏度都很高。然而，因需要设计合成特异的探针而使其的应用受限，而且TaqMan探针昂贵。本研究建立SYBRGreenⅠ荧光定量PCR（FQ—PCR）检测DNA甲基化的方法，通过临床标本检测和对比试验，以证明其与Methylight的检测效能，以便为DNA甲基化检测的临床应用提供工具。     

双重荧光定量PCR检测西尼罗病毒和基孔肯雅病毒

摘要：目的：建立同时检测西尼罗病毒（WNV）、基孔肯雅病毒（CHIKV）的双重荧光定量PCR法,为临床疑似病例的诊断提供依据。 方法：分别针对WNV CAP基因、CHIKV E1基因保守区设计特异性引物和TaqMan探针,建立并优化双重荧光定量PCR反应体系,评价方法的特异性和灵敏度。 结果：建立的双重荧光定量PCR可同时检测WNV、CHIKV核酸,标准曲线相关系数（r）分别达0.999、0.998,灵敏度达10 copies/μL,具有良好的特异性。 结论：建立了同时检测WNV、CHIKV的双重荧光定量PCR法,但尚需临床进一步验证。     

登革病毒TaqManMGB实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立登革病毒TaqMan实时荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床。方法根据1～4型登革病毒3’端非编码区的一段高度保守序列,设计一套型通用的引物和TaqManMGB探针,以4个血清型登革病毒标准株为标准,以日本乙脑病毒和丙肝病毒作阴性对照,以包含登革病毒2型标准株（DENV-2NGC株）3’非编码区349bD片段的质粒DNA作标准品,对引物和TaqManMGB探针的特异性、灵敏度进行分析,从而建立登革病毒实时荧光定量PCR检测方法。用该法对登革病毒野毒株和10份登革病毒患者血清进行检测。结果TaqMan实时荧光定量PCR检测的1～4型登革病毒标准株及野毒株均为阳性,日本乙脑病毒和丙肝病毒均为阴性;检测灵敏度可达到每反应2个基因拷贝;检测的10份登革患者血清样本中,8份检测结果为阳性。结论TaqManMGB实时荧光定量PCR方法是一个快速、特异性强、敏感性高的检测登革病毒的方法,适用于登革病毒的临床早期诊断。     

Development and application of a TaqMan-based real-time PCR assay for specifically detecting feline astrovirus

Feline astrovirus (FeAstV), an enteric RNA virus of recent concern that is associated with diarrheal illness in cats, has been described in several countries throughout the world. However, no scientific and sensitive diagnostic method against FeAstV was reported up to now. Here, we developed a specific, sensitive and repeatable TaqMan fluorescence quantitative PCR (qPCR) assay to investigate the prevalence of FeAstV in domestic cats from China, especially low copy numbers in clinical sample. Specific assay showed that no cross-reactivity was observed with other non-FeAstV cat-derivied pathogens, suggesting this method was highly specific for FeAstV. The lowest detection limit of this assay was 3.52 copies/μl, and 1000-times more sensitive than conventional PCR. Intra- and inter-assay variability was less than 1.72%, means a high degree of repeatability. A total of 578 clinical fecal samples were collected from northeast China, and were tested for FeAstV using our developed qPCR assay. 105 samples were positive for FeAstV with an overall prevalence of 18.17%. Moreover, a higher positive rate was found in cats with diarrhea (32.26%, 80/248) than that in asymptomatic cats (7.58%, 25/330), further demonstrating that FeAstV infection was associated with diarrhea in cats. In brief, our developed assay showed high specificity, sensitivity, reproducibility for detecting FeAstV, and can be used for clinical diagnosis and epidemiological investigation of FeAstV.     

希特林蛋白缺乏症实时荧光PCR解链曲线快速基因分型的建立与应用

目的 建立一种基于实时荧光PCR解链曲线技术的希特林蛋白缺乏症基因的快速分型方法 .方法 以SLC25A13基因c.851-854delGTAT、c.1638-1660dup23、IVS6+5G>A等常见突变为靶点,设计特异性引物及探针,建立基于实时荧光PCR解链曲线分析的希特林蛋白缺乏症快速基因分型方法 ;盲法编号后...     

实时荧光定量PCR检测血清miR-375表达及临床应用

目的建立ploy(A)聚合酶加尾的SYBR GreenⅠ实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测血清miR-375,并进行临床初步应用。方法用Trizol试剂提取血清总RNA。miR-375ploy(A)聚合酶加尾逆转录获得cDNA,进行SYBR GreenⅠ实时定量PCR扩增检测。制作C.elegans-miR-39模拟物浓度梯度稀释的标准曲线,绝对定量血清中miR-375的表达水平。结果该方法能定量检测血清miR-375表达水平,熔解曲线呈单峰,PCR扩增产物特异,在103~106 copy/μL范围内有良好的线性关系(r2=0.997),并且检测重复性好。糖尿病患者血清中miR-375表达水平明显高于健康体检者,差异有统计学意义(P0.05)。结论所建立的ploy(A)聚合酶加尾SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR能敏感、特异地检测血清中miR-375的表达水平,为下一步临床应用研究奠定了方法学基础。     

荧光定量PCR检测358例乙型肝炎病毒DNA结果分析

目的用荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)定量检测血清中乙型肝炎病毒的数量以研究其临床价值.方法采用一种完全闭管式的PCR和荧光探针杂交技术相结合的实时检测定量PCR方法来检测358份临床血清标本.结果123份HBsAg,HBeAg,HBcAb阳性的标本,阳性率为96.7%(120例),平均拷贝数为1.8×108/ml;108份HBsAg,HBeAg,HBcAb阳性的标本其阳性率为39.8%(43例),平均拷贝数为6.6×105/ml;11份HBsAg,HBcAb阳性的标本,其阳性率为36.4%(4例),平均拷贝数为5.7×105/ml.结论FQ-PCR能够准确定量及有效避免假阳性.FQ-PCR可以真实反应HBV的感染和复制情况,对乙型肝炎的诊断,治疗方案的选择和疗效观察有较大的指导意义.     

荧光定量PCR检测358例乙型肝炎病毒DNA结果分析

目的用荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)定量检测血清中乙型肝炎病毒的数量以研究其临床价值。方法采用一种完全闭管式的PCR和荧光探针杂交技术相结合的实时检测定量PCR方法来检测358份临床血清标本。结果123份HBsAg,HBeAg,HBcAb阳性的标本,阳性率为96.7%(120例),平均拷贝数为1.8×108/ml;108份HBsAg,HBeAg,HBcAb阳性的标本其阳性率为39.8%(43例),平均拷贝数为6.6×105/ml;11份HBsAg,HBcAb阳性的标本,其阳性率为36.4%(4例),平均拷贝数为5.7×105/ml。结论FQ-PCR能够准确定量及有效避免假阳性。FQ-PCR可以真实反应HBV的感染和复制情况,对乙型肝炎的诊断,治疗方案的选择和疗效观察有较大的指导意义。     

百日咳杆菌荧光定量PCR检测方法的建立和应用

目的 建立快速、准确、特异的定量检测百日咳杆菌的方法,并进行临床应用研究.方法 根据百日咳杆菌IS481基因序列,设计并合成引物和荧光探针,建立百日咳杆菌荧光定量PCR检测方法,并对方法的特异度、重复性和灵敏度进行评价,检测百日咳疑似患者咽拭子225份和健康者咽拭子30份.结果 该方法的标准曲线显示模板浓度在102～108拷贝/μl线性范围与其循环阈值(Ct)具有较好的线性关系,相关系数(r)为0.998,最小检出量为102拷贝.特异度较好,灵敏度较高,重复性实验结果显示在同一时间检测高低浓度阳性克隆质粒(2×107与3×103拷贝/μ1)10次,连续检测5次,变异系数(CV)为5.78%～16.7%.在不同时间检测高低浓度阳性克隆质粒(2×107与3×103拷贝/μl),连续7次,CV为8.25%～14.9%.经检测,疑似患者的咽拭子有41份样本为阳性,30份健康人咽拭子均为阴性.结论 由于本实验建立的荧光定量PCR方法快速、灵敏度高、特异度好,适合临床实验室进行临床标本的百日咳杆菌的定量检测,有较大的应用前景.     

国产HCV核酸扩增荧光定量试剂盒的溯源与单位统一的研究

目的确定中国SFDA批准上市销售的国产HCV RNA扩增荧光定量试剂的量值X(copies/ml,lg)与标准物质的参考值Y(IU/ml,lg)之间的换算公式.方法用人AB型血清将WHO第二代HCV RNA国际标准品(编号:96/798)配制成不同浓度的样本7份,7份标准品的浓度分别为100 000、50 000、25 000、10 000、5 000、2 500、1 000 IU/ml.采用国内3种HCV RNA荧光定量试剂的2个不同的批次检测这7份不同浓度范围的标准品,每个批次重复测定4次.检测方法采用实时荧光定量PCR.结果 HCV RNA荧光定量试剂盒的量值X与标准品参考值Y之间的关系,试剂A:Y=0.902 0 X+0.284 9,R2=0.953 3,P＜0.01,n=56;试剂B:Y=0.875 7 X+0.562 4,R2=0.956 5,P＜0.01,n=56;试剂C:Y=0.843 8 X+0.560 5,R2=0.945 8,P＜0.01,n=56.结论 3种试剂的量值与标准品参考值之间的换算公式不同,提示3种试剂的量值应进行更严格的溯源.3种试剂的换算公式能将其量值初步标准化,使不同试剂的量值之间具有可比性,为HCV感染的临床诊断和治疗监测初步提供统一的HCV RNA载量检测标准.     

实时定量逆转录PCR测定EB病毒DNA负荷的临床应用

EB病毒(EBV)是1964年由Epstein和Barr在对非洲Burkitt淋巴瘤来源的瘤细胞进行体外培养时发现的。全球估计EBV成人感染率高达90％以上。已有的证据证明EBV感染可引起传染性单核细胞增多症和器官移植及艾滋病感染等免疫功能降低后的淋巴增生性疾病(lymphoproliferative disease，LPD)。此外，还发现EBV与一些疾病，如淋巴瘤、鼻