基于网络药理学探讨葛根黄芩黄连汤治疗2型糖尿病的机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术共同探讨葛根黄芩黄连汤（GHHT）对2型糖尿病及其并发症的治疗机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选葛根、黄芩、黄连、甘草4味中药所含的活性成分。利用GeneCards数据库搜索与2型糖尿病相关的蛋白靶点;利用Pharmmapper平台,预测GHHT所含活性成分所作用的人类蛋白靶点。分析二者靶点的重复情况,并将重复靶点进行靶点蛋白相互作用（PPI）分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点的网络图。通过Enrichr平台对关键基因作用的靶向细胞进行富集分析。结果 筛选得到活性成分101种,相关靶点155种,与2型糖尿病相关靶点500种,共有26种靶点重复。结论 GHHT可通过调节胰岛素分泌水平、改善胰岛素抵抗等机制治疗2型糖尿病;并通过调节转化生长因子β(TGF-β)/转化生长因子β受体1(TGFβR1)改善糖尿病肾病;通过调节血管内皮生长因子（VEGF）/血管内皮生长因子受体（KDR）通路改善糖尿病视网膜病变和糖尿病血管并发症。     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学的熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎作用机制的初步探究

目的:对熟地黄环烯醚萜类成分治疗类风湿性关节炎(RA)的多成分、多靶点、多途径的作用机制进行初步探 究。方法:通过文献查找和TCMSP数据库筛选出候选成分，利用PubChem数据库、TTD数据库和DrugBank数据库筛选出各 成分所作用的并与RA相关的靶点，再将靶点信息导入David数据库，得到重要靶点和通路信息。最后使用 Cytoscape3.7.0软件对筛选后的成分、靶点和通路建立网络图。结果:由网络图的分析报告得知肿瘤坏死因子（TNF） 、白细胞介素（IL）-1β、IL-6和核因子-κB（NF-κB）抑制蛋白-α（IκBα）是熟地黄环烯醚萜类成分作用的关键 靶点；NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡是其产生抗RA活性的主要通路；说明熟地黄环 烯醚萜类成分的“多成分-多靶点-多通路”的作用机制。结论:熟地黄环烯醚萜成分主要是通过细胞因子和细胞调节 发挥抗RA活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨瓜蒌皮注射液治疗冠心病的作用机制

[目的]通过网络药理学及分子对接的方法,探究瓜蒌皮注射液治疗冠心病的分子机制。[方法]首先通过查阅文献汇总瓜蒌皮注射液中的主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissADME数据库筛选其活性成分并预测其作用靶点,与在GeneCards数据库、OMIM数据库中获取的冠心病的相关靶点交集获得核心靶点;其次通过String数据库构建靶点蛋白互作网络,转换格式导入Cytoscape3.7.2软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并分析关键靶点蛋白与活性成分;然后通过Metascape数据库对靶点基因进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后通过AutoDock Vina软件将活性成分与核心靶点进行分子对接来对网络药理学预测的准确性进行虚拟验证。[结果]研究获得瓜蒌皮注射液治疗冠心病的可能相关活性成分10个,核心靶点7个。瓜蒌皮注射液的活性成分可能通过调控蛋白激酶B抗体（AKT1）、表皮生长因子受体（EGFR）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、半胱氨酸蛋白酶3(CA...     

GC-MS、UPLC-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学探讨地锦草药效物质基础及其抗炎作用机制

目的 采用色谱联用技术分析地锦草主要成分,并联合网络药理学预测其抗炎作用的潜在靶点和信号通路,阐明地锦草治疗炎症的作用机制。方法 通过GC-MS、UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析地锦草的化学成分,借助中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology, TCMSP）、地锦草相关文献筛选地锦草活性成分;采用SwissTargetPrediction数据库预测靶点,采用GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取地锦草相关治疗靶点,将成分靶点和疾病靶点取交集,获得交集靶点;凭借STRING 11.5数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络,并筛选核心靶点。采用DAVID 6.8进行GO注释和KEGG通路富集分析,构建“化合物-靶点-通路”网络。结果 GC-MS、UPLC-QTOF-MS/MS分别鉴定出50、76种成分,筛选出地锦草抗炎的12个活性成分及214个成分靶点;根据数据库筛选得到...     

基于网络药理学和GEO数据研究三七、黄芪和丹参防治缺血性脑卒中作用机制

目的 基于网络药理学和GEO数据研究中药三七、黄芪、丹参防治缺血性脑卒中作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选得到三七、黄芪、丹参中活性成分以及潜在靶点,在OMIM和Genecards数据库中检索获取缺血性脑卒中疾病相关靶点,用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-作用靶点”以及“疾病-中药-活性成分-作用靶点”网络图。将三七、黄芪、丹参有效成分靶点与缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）疾病靶点交集后所得相关靶点蛋白通过STRING平台以及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络和潜在核心靶蛋白。利用DAVID平台对潜在核心靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。同时结合GEO数据集对核心靶蛋白进行验证。结果 中药三七中活性成分为13个,黄芪活性成分为21个,丹参活性成分为65个。三七、黄芪、丹参活性成分在IS中的潜在作用靶蛋白160个,其中筛选得到潜在核心靶蛋白8个。核心蛋白在GO富集和KFGG通路富集中涉及脂多糖介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控蛋白磷酸酶、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等...     

基于网络药理学对三才封髓丹组方治疗复发性口腔溃疡的作用机制研究

目的：研究三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的网络药理学作用机制。方法：利用TCMSP、BATMAN数据库预测和筛选出三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的潜在靶点,采用CTD和DisGeNET数据库对口腔溃疡相关基因和靶标筛选,并与前面数据库筛选的靶标整合,缩小范围。基于Cytoscape插件对获得的靶点蛋白进行GO富集分析和KEGG通路注释,绘制蛋白相互作用网络和“活性成分-靶点-信号通路”网络图确定组方的作用机制。结果：组方中71个活性成分被筛选出。通过交叉验证55个靶蛋白显著富集28条GO功能术语中,最后划分为8个类别功能。靶蛋白主要通过JAK-STAT信号通路、细胞因子-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等通路作用。基于草药-成分-靶蛋白-通路构建网络药理学网络,最终构建网络共122个节点,363条关系对,其中化学成分节点27个,靶蛋白节点73个,通路相关靶蛋白节点35个,通路节点17个。结论：本研究结果初步预测了三才封髓丹治疗复发性口腔溃疡的主要活性成分、靶点和相关通路,为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗心肌纤维化的活性成分及作用机制。方法 从中药系统药理学分析平台获取丹参-葛根药对活性成分和作用靶点,通过GeneCards数据库获取心肌纤维化的相关靶点,使用Venny 2.1软件获取两者共同靶点;运用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建共同靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络并进行拓扑学分析;采用ClusterProfiler R功能包对共同靶点进行基因本体(GO)功能和KEGG通路富集分析;最后使用Cytoscape 3.7.1软件构建“活性成分-靶点-通路”网络并分析。结果 筛选得到丹参-葛根药对候选活性成分30个,活性成分和心肌纤维化共同靶点41个。共同靶点PPI网络的平均点度值为19.7,平均介数为19.1,度值和介数均超过平均值的靶点共有14个。KEGG显著富集到73条通路,其中与心肌纤维化相关的通路有6条。“活性成分-靶点-通路”网络显示,丹参中的木犀草素、丹参酮IIA和葛根中的葛根素、β-谷甾醇等活性成分通过共同调控脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、血流剪切力与动脉粥样硬化、缺氧诱导因子-...     

芍药甘草汤治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的网络药理学研究

运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度（OB）、类药性（DL）、半衰期（HL）筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点，运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络，利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点，运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图（PPI），通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分，作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应，以减少雄激素的合成，发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草素治疗乙型病毒性肝炎的作用机制*

目的: 通过网络药理学方法系统化探究紫草素治疗乙型病毒性肝炎的功效网络,并用分子对接技术进行验证。方法: 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶标分析网站(Pharm Mapper)获取紫草素的有效化合物及作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、基因疾病关联数据库(DisGeNET)、毒性与基因比较数据库(CTD)获取乙型病毒性肝炎的疾病靶点,经靶点映射获取紫草素与乙肝的共同作用靶点,通过STRING数据库获取靶点之间的关系信息,应用Cytoscape 3.8.2做可视化处理,并通过R语言进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用AutoDockTools完成分子对接。结果: 共获得AKT丝氨酸/苏氨酸激酶 1 (AKT1)、血清白蛋白(ALB)以及非受体酪氨酸激酶(原癌基因SRC),丝裂原活化蛋白激酶1 (MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)等63个作用靶点,经GO富集分析得到1 779个生物学过程、41个细胞组分、108个分子功能,经KEGG富集分析得到79条相关通路,其中主要与PI3K/Akt通路密切相关。分子对接显示靶蛋白与主要化学成分结合能较强,结合力好。结论: 紫草素以多靶点、多通路的特点实现抗乙肝的作用,为后期实验验证提供依据。     

基于网络药理学与分子对接的蒺藜皂苷D抗肺纤维化的作用机制研究*

目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。     

基于网络药理学的侯氏黑散抗缺血性脑卒中机制研究

目的 应用网络药理学方法分析侯氏黑散抗脑缺血的核心组分及分子机制。方法 通过侯氏黑散活性成分筛选、成分靶点和疾病靶点挖掘,建立并分析“成分-靶点”网络得到药效成分及药效靶点。构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,找出潜在信号通路。结果 筛选得到了侯氏黑散抗脑缺血的5个有效成分:β-谷甾醇、隐品碱、原阿片碱、豆甾醇、山姜素;22个药效靶点:雌激素受体1(estrogen receptor, ESR1)、雄激素受体(androgen receptor, AR)、前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase 2, PTGS2)、凝血酶原2(prothrombin, F2)、内皮型一氧化氮合酶(nitric oxide synthase, endothelial, NOS3)等。基于PPI网络,侯氏黑散抗脑缺血的靶点显著富集于流体剪切应力通路、晚期糖基化终产物-晚期糖基化终产物受体(advanced glycation end products/receptor for advanced glycation end products, AGE-RAGE)通路、缺氧诱导因子1-α/血管内皮生长因子(hypoxia inducible factor1-α/vascular endothelial growth factor, HIF1-α/VEGF)通路等。结论 侯氏黑散抗脑缺血损伤主要通过影响炎性反应、血管新生、氧化应激等方面发挥作用,与多条信号通路存在直接或间接关系,具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的网络药理学分析

目的:基于网络药理学探讨香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:利用数据库收集香青兰提取物和溃疡性结肠炎的靶基因,通过蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks, PPI)网络分析以及中心网络拓扑筛选,对靶基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)通路富集分析。结果:通过检索数据库共获得172个香青兰提取物活性成分治疗溃疡性结肠炎的潜在靶点,同时,利用PPI网络分析筛选出了关键治疗基因,并对蛋白质群进行了生物学功能注释,此外,KEGG通路富集分析表明香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎时涉及消化、免疫系统反应和炎症反应的多条相关通路。结论:香青兰提取物中的活性成分具有多种生物学功能,可作用于多条炎症、免疫及癌症相关通路,具有多成分、多靶点协同作用的特点。     

基于网络药理学探析独活治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的:以网络药理学为基础,探析独活治疗强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的作用机制。方法:利用中药系统药理学技术平台检索独活的化学成分,利用Swiss Target Prediction数据库搜索得到独活的预测靶点,再利用Gene Cards数据库来获取AS相关靶点,映射AS相关靶点及独活的预测靶点,最终获得独活治疗AS的预测靶点。利用Cytoscape软件,生成独活治疗AS的蛋白与蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络。利用DAVID网站进行KEGG通路分析,利用systems Dock网站把预测靶标与之对应的成分进行分子对接。结果:独活的活性化合物有9种,筛选出独活可能与AS相关的关键靶点共67个,包括淋巴细胞毒素α、Dickkopf-1蛋白、Toll样受体4、硬化蛋白等。通过KEGG通路分析得到97条相关通路,结合既往文献研究,筛选出治疗AS的可能通路为12条,主要分为以下4类:(1)免疫相关通路:Toll样受体信号通路、NF-κB、NOD样受体信号通路、肠道免疫通路、T细胞受体信号通路;(2)炎症相关通路:脂肪因子通路、JAK/STAT通路;(3)骨代谢相关通路:Wnt/β-catenin信号通路、TNF通路、破骨细胞分化、类固醇激素的合成;(4)延缓纤维化相关通路:HIF-1α通路、HIF-2α通路。结论:独活通过多靶点、多通路治疗AS,可能在免疫相关通路、炎症相关通路、骨代谢相关通路、延缓纤维化相关通路方面发挥作用。     

基于网络药理学分析灯盏乙素治疗动脉粥样硬化的分子机制和体内验证

  目的  基于网络药理学分析灯盏乙素（Scutellarin） 治疗动脉粥样硬化（atherosclerosis,AS） 潜在的分子生物学机制。  方法  通过PubChem数据库进行灯盏乙素潜在的靶点预测,运用Disgenet,CeneCards筛选与AS关联的靶基因,利用Cytoscape 3.9.0建立疾病-靶点-成份可视化网络,使用String构建蛋白互作网络图,利用David数据库进行GO及KECG的网络构建。另外,高脂喂养复制APOE-/-小鼠AS模型, 用不同浓度的灯盏乙素灌胃治疗,利用RT-PCR方法验证筛选所得核心通路的表达变化。  结果   （1）网络药理学预测结果:灯盏乙素治疗AS的核心靶点共有肿瘤坏死因子-α （TNF-α）,AKT丝氨酸/苏氨酸激酶（AKT serine/threonine kinase,MAPK）,低密度脂蛋白受体（Low density lipoprotein receptor）,载脂蛋白E（apolipoprotein E,APOE）等共106个。灯盏乙素调控PI3K/AKT信号通路（hsa04151）、Ras信号通路（hsa04014）、MAPK信号通路（hsa04010）（P < 0.05）等涉及细胞的增殖,炎症反应,氧化应激,及细胞凋亡等生物学过程来治疗AS;（2） 体内实验验证的结果:和模型组相比,灯盏乙素组呈浓度依耐性地下调PI3K、AKT、mTOR和Bcl-2 的mRNA表达,上调Bax和Caspase-3的mRNA表达,（ P < 0.05）。另外,和模型组相比,灯盏乙素则呈浓度依耐性地下调小鼠血清TNF-α和IL-1β的含量（ P < 0.05）。  结论  经过网络药理学筛选和RT-PCR验证,灯盏乙素通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制APOE-/-小鼠AS模型炎症反应,促进细胞凋亡而治疗AS。     

基于网络药理学探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制

目的 运用网络药理学研究方法探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制。方法 在中药系统药理学分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中药分子机制的生物信息学分析网络（Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM）等数据平台筛选哮喘宁颗粒的主要有效成分与靶点;并通过相关疾病靶点数据库检索心理应激哮喘的相关靶点;通过韦恩图得到哮喘宁颗粒与心理应激哮喘之共同靶点,利用Cytoscape 3.7.2建立"药物-成分-靶点"作用网络,然后使用STRING数据库进行化合物-疾病共同靶点的蛋白互作分析（protein-protein interaction,PPI）,运用Cytoscape 3.7.2的插件MCODE、cytohubba及拓扑运算后筛选关键靶点;利用David数据库进行基因本体（Gene Ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析。结果 筛选出哮喘宁颗粒39个主要有效成分和121个交集预测靶点,心理应激哮喘靶点1 063个;通过韦恩图得到共同靶点72个,继用cytohubba插件及拓扑运算得到重要基因,通过MCODE筛选出基因互作模块,从而得到MAPK1、MAPK8、TNF、VEGFA、EGF、PTGS2、JUN、IL-6等交集靶点;通过GO和KEGG富集分析得知这些靶点涉及信号转导、细胞增生正调控、MAPK信号通路激活等生物学过程,神经活性配体受体相互作用、TNF、NOD样受体、Toll样受体、钙离子、T细胞受体、PI3K-Akt等信号通路。结论 哮喘宁颗粒可能通过多种有效成分作用于神经机制、免疫炎性反应、细胞增生等方面以综合调节"神经-内分泌-免疫"网络,从而防治心理应激哮喘。     

基于网络药理学研究六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性的机制

  目的  通过网络药理学分析六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的靶点和信号通路,并探讨其作用机制。  方法  从中药网络药理学数据和分析平台(TCMSP)搜索六君子汤6味中药的化学成分,并筛选出可能活性成分;在Swiss Target Prediction数据库查询活性成分的对应靶点;使用DrugBank、TTD和OMIM数据库收集AMD的疾病靶点;Venny分析得到活性成分和疾病的共同靶点;从String数据库获取共同靶点的蛋白相互作用信息,使用Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络和活性成分-靶点相互作用网络;通过David数据库进行共同靶点基因功能GO和KEGG通路富集分析;采用SD大鼠制备含药血清,通过ARPE-19细胞,验证六君子汤对关键信号通路的影响。  结果  获得六君子汤活性成分154个、对应靶点934个,AMD疾病靶点266个,两者共同靶点92个;蛋白相互作用网络分析得到37个主要靶点,活性成分-靶点网络分析获得39个关键活性成分;GO分析获得277个生物过程条目,主要富集在转录因子结合、丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白质磷酸化、蛋白激酶C活性、蛋白激酶活性、蛋白脱乙酰酶活性、蛋白自磷酸化、肽-丝氨酸磷酸化、NAD依赖的组蛋白脱乙酰酶活性、MAP激酶活性等。KEGG通路分析产生107个条目,主要富集在VEGF信号通路、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、NOD样受体信号通路、催乳素信号通路、神经营养素信号通路、MAPK信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等;六君子汤对氧化损伤ARPE-19细胞有保护作用,能下调VEGF、AKT、ERK1/2及p38蛋白表达。  结论  六君子汤是通过多组分、多途径、多靶点发挥治疗AMD的作用,潜在机制是影响细胞增殖和迁移、细胞凋亡、血管形成、炎症过程。      

基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制

[目的]基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗登革热的分子机制.[方法]收集文献报道的热毒宁注射液活性成分,并通过瑞士靶点预测(SwissTargetPrediction)数据库预测上述成分的作用靶点;通过人类基因数据库(GeneCards)、人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)、比较毒理学数据库...