一起海陆边境城市新型冠状病毒肺炎疫情暴发溯源调查

目的 分析2021年12月广西海陆边境城市（D市）一起新型冠状病毒肺炎（新冠肺炎）疫情暴发的流行特征及溯源过程,为今后类似疫情应急处置及科学溯源提供科学依据。方法 按照《新型冠状病毒感染的肺炎病例流行病学调查方案（第八版）》对病例开展流行病学调查,用实时荧光定量(RT-PCR)法对标本进行新冠病毒核酸检测,阳性标本进行新冠病毒全基因组二代测序和系统发育分析。采用R4.1.3统计软件进行数据统计分析。结果 本次疫情累计感染病例20例,波及6个家庭,平均潜伏期（4.6±2.2） d。获得19例病例新冠病毒基因组有效序列,与武汉参考株（NC＿045512）序列相比,本起疫情病例新冠病毒基因组序列存在35～36个核苷酸突变位点,属于德尔塔（VOC/Delta）变异株（AY.57进化分支）,新冠病毒刺突（S）蛋白均存在相同的11个氨基酸突变位点,与全球新冠病毒基因组数据库（GISAID）中邻国上传的2条新冠病毒基因组序列高度同源。结论 本起疫情是一起由渔民外出作业接触邻国境外人员感染导致本地社区传播,今后应加强边境村民管理和边境流行株监测,尽早发现并处置疫情。     

2021年宁夏回族自治区聚集性新型冠状病毒肺炎疫情分子流行病学分析

目的 分析2021年10月宁夏回族自治区（宁夏）新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情的分子流行病学特征,为完善防控措施提供科学依据。方法 收集2021年10月17日至11月6日宁夏COVID-19确诊病例的发病时间、病例分布、人群特征、基因测序结果等信息,进行描述性分析。结果 宁夏2021年10月聚集性疫情共确诊COVID-19病例44例,本轮疫情有2个独立的传播链,平均代间距约4 d,潜伏期中位数为5.3 d(1.1～8.0 d),最多已传代至3代;获得43例COVID-19病例的全基因组序列,结果表明本起疫情是由VOC/Delta变异株（B.1.617.2进化分支）感染,同武汉参考株（NC＿045512）序列相比,43例病例新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组序列存在45～50个核苷酸突变位点;SARS-CoV-2刺突（S）蛋白存在12个氨基酸突变位点。结论 Delta毒株导致的疫情呈现出病毒载量高,潜伏期短,传播能力强的特点,境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测。     

江苏省2013至2015年人H7N9流感病毒的分子特征

摘要：目的：探讨江苏省2013至2015年人源H7N9禽流感病毒的分子特征。 方法：从全球禽流感共享数据库(GISAID)中下载江苏省2013至2015年上传的人感染H7N9禽流感病毒株(37株)和禽源性H7N9病毒株(7株)的全基因序列,用MEGA 6.0软件分析人感染H7N9禽流感病毒HA、NA、M及PB2等基因的分子遗传特征、关键氨基酸位点的改变情况,并构建HA和NA的系统进化树。 结果：江苏省内人源和禽源H7N9禽流感毒株与参考株相比较,HA蛋白的差异均较小,其同源性分别为97.2%～100%和98.2%～100%;NA蛋白之间的差异也较小,其同源性分〖JP2〗别为99.8%～100%和99.9%～100%;人源与禽源H7N9病毒HA或NA之间的同源性分别为98.5%～100%和99.8%～100%。人源和禽源H7N9毒株的HA蛋白均发生G186V和D225G变异,44株发生Q226L变异,4株出现A134V变异,但HA的裂解位点均未发生改变。2013年1株NA蛋白出现R294K耐药位点的变异。PB2蛋白分析显示：所有毒株均发现L89V变异,其中人源H7N9毒株中,26株发现E627K变异,5株发现D701N变异。所有毒株的M2蛋白均发生S31N变异。 结论：江苏省2013-2015年人感染H7N9流感病毒与禽源性H7N9毒株的氨基酸序列高度同源,关键氨基酸位点的变异与人感染该病毒密切相关,应加强人源和禽源H7N9病毒的分子监测。     

昆明市2009～2013年 B 型流感病毒血凝素及耐药基因分析

目的：研究B型流感病毒HA、NA全基因序列,为流感防控提供支持。方法从云南省疾病预防控制中心流感实验室分离毒株中挑选代表株进行H A和N A全基因序列分析。结果发现Bv型毒株和标准株比有K129N、K80R、K48E的变异,其中K129N在120环区域,除2009年分离株外,其他Bv株均有75位点的变异。By毒株HA基因相同突变位点比较多,如N116K、S150I、N165Y、S229D、D196N等,云南分离株都有D196N的变异位点,增加了糖基化位点的可能性。研究发现所有的NA基因没有发生耐药性基因的突变,同源性相对比较高,但有基因重组毒株生成。结论云南分离株B型流感病毒突变位点多,并且有重组毒株生成,说明加强监测耐药株的重要性。     

北京市首例发热伴血小板减少综合征本土病例的病原学特征研究

目的 对北京市首例发热伴血小板减少综合征（SFTS）本土病例进行病原学特征研究。方法 对患者样本进行病毒分离、全基因测序，与不同基因型的发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）进行同源性比较和遗传进化分析，并且对基因进行重组重配分析和氨基酸突变位点分析。结果 从患者血液标本中分离到病毒，将其命名为BJ001-2021。该毒株的L、M片段与河南省的17-China＿Henan-72株最为接近，S片段与来自山东省的SD2013-094最为接近，遗传进化分析结果显示BJ001-2021与HB29、SD24等同属于B基因型,无基因重配重组事件，但发现一些氨基酸突变位点。结论 北京市首例本土SFTS病例由SFTSV的B基因型引起，未发生基因组的重组重配。     

2017-2019年广州市禽类市场H9N2禽流感病毒全基因组遗传进化特征分析

目的对H9N2禽流感病毒分离株进行全基因进化特征分析,为禽流感的防控提供研究数据。方法对24株2017-2019年广州市禽类市场H9N2禽流感毒株进行测序,通过生物信息学软件,分析全基因组遗传进化特点。结果24株H9N2病毒核苷酸同源性为86.20%~100.00%,核苷酸进化距离为0.00~1.54,其中HA基因的核苷酸和氨基酸进化距离变化最大,其次为PB2基因。遗传进化分析显示,所有毒株各基因在系统发生树上聚为一簇,属于G57基因型。分子特征分析显示,所有毒株属于低致病性禽流感病毒,在HA蛋白受体结合位点均发生Q226L突变,提示H9N2更容易识别人源受体。在HA-N166D、PB2-L89V/292V、PB1-I368V、L473V、PA-K356R、S409N、M1-N30D、T215A、NS1-P42S等致病性相关位点上,大部分毒株发生致病性增强突变。耐药性上,所有毒株对神经氨酸酶抑制剂敏感,对烷胺类药物耐药。结论2017-2019年期间广州市禽类市场H9N2禽流感病毒为G57基因型,该基因型病毒普遍发生与人受体结合能力增强的稳定变异,且大部分毒株发生致病性增强的突变,需加强监测。     

HBsAg阴性、HBV DNA阳性献血者病毒感染特征研究

目的了解上海地区献血人群中血清HBsAg阴性、HBV DNA阳性感染的流行率、病毒血清学和分子生物学特点。方法选取HBsAg阴性、核酸筛查确认为HBV DNA阳性的献血者血清标本,采用酶联免疫法（ELISA）检测病毒血清标志物抗-HBc和抗-HBs;PCR扩增HBV S区基因片段,对扩增后的产物进行测序分析后,将产物序列与Genbank中HBV序列进行Blast比对,获得标本HBV毒株的基因型;采用DNAMAN软件进行蛋白表达分析,确定标本毒株的血清型,并与Genbank中野生型HBV序列进行比较,获得S区基因编码蛋白突变情况。结果上海地区HBsAg阴性献血人群HBV DNA阳性感染率约为0.045%。18例HBsAg阴性、HBV DNA阳性标本血清病毒载量均低于200IU/ml,且大部分低于20IU/ml;其中14例（77.8%）病毒血清标志物为抗-HBc和/或抗-HBs阳性。18例样本全部为B和C基因型,主要为adw和adr血清型。14例血清抗-HBc和/或抗-HBs阳性样本中,13例样本发生了S蛋白氨基酸突变,其中8例B基因型较多发生Q101K/H、M103T/I、F134L、D144A突变,5例C基因型较多发生S114T/A、T118K/R、K141T、S143T突变;4例血清阴性样本中,均未发生S区蛋白位点突变。结论上海地区献血者存在HBsAg阴性、HBV DNA阳性感染者,其血清病毒载量低,感染病毒全部为B和C基因型,主要为adw和adr血清型;其中大部分为隐匿性HBV感染,少数可能为窗口期感染;隐匿性HBV感染病毒多发生S蛋白氨基酸位点突变。     

苏州市人感染H7N9禽流感聚集性疫情调查分析

目的调查分析苏州市两起家庭聚集性人感染H7N9禽流感疫情流行病学及病原学特征,为该地区人感染H7N9病毒疫情防控提供科学依据。方法采集聚集性疫情中H7N9病例及其密切接触者咽拭子标本,同时收集流行病学及临床资料,应用实时荧光-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测流感病毒及H7N9亚型的特异性基因,对H7N9阳性标本进行病毒分离并测序,比对分析H7N9病毒血凝素基因变异状况。结果第一起聚集性疫情中2例H7N9病例被成功救治。而第二起聚集性疫情中的1例H7N9死亡,另1例存活。两起疫情中的其他密切接触者无发病报告。H7N9病毒的受体结合位点没有发生变异。引起这两起人感染H7N9禽流感聚集性疫情的病毒血凝素切割位点的氨基酸序列为PEIPKGR↓GLF。耐药位点E120G、R153K、H276Y及R294K未发生改变。结论 H7N9病毒在有血缘关系的近亲属之间可能更容易传播,对于H7N9患者应加强院感防控,防止密切接触者感染。目前,H7N9病毒仅具有有限的人传人能力,尚不能在人际间持续传播,第二起聚集性疫情中的H7N9病毒血凝素基因序列高度同源且仍对奥司他韦等神经氨酸酶抑制剂敏感。     

310例接受拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者HBV RT区全长测序及结果分析

目的对接受拉米夫定(LAM)治疗慢性乙型肝炎(CHB)患者HBV P基因RT区全长测序并分析结果。方法选择接受拉米夫定治疗6个月以上的慢性乙型肝炎患者310例,收集LAM治疗后患者的血清,采用直接PCR产物基因测序法对HBV RT区碱基进行测序,后对测序数据用Chromas 223软件进行分析,找出HBV P基因RT区基因的变异位点和相应的氨基酸,进一步分析HBV耐药突变模式。结果 1)310例患者出现位点变异的有135例(43.5%),变异位点24个;2)基础变异位点和频率:rtM204 v/I 111例(82.20%),rtS213T 8例(5.92%),rtC256S 4例(2.96%),3位点差异有统计学意义(P0.05);3)变异模式和频率:rtM204I 39例(28.89%),rtM204V+rtL108M 25例(18.51%),rtM204V+rt204I+rtL180M 11例(8.15%),rtM204I+rtL180M 6例(4.44%),rtM204V+rtL180M+rtV173L/M 5例(3.70%),rtS213T 5例(3.70%),rtM204V+rtL180M+rtV207M/L/I 4例(2.96%),rtM204V 4例(2.96%)等;4)rtM204V还可伴随rtT184 I/S/M、rtA181T、rtC256S、rtS213T、rtL229V等位点变异。结论拉米夫定长期治疗可引起主要耐药位点rtM204 v/I突变,并常有rtL180M、rtV173L、rtS213T、rtC256S、rtV207M/L等一系列补偿性耐药位点伴随;单位点突变除rtM204I一种外,还存在rtS213T、rtM204V等突变模式;联合突变模式多数包含rtM204位点,但也存在rtS213T+rtL187I、rtC256S+rtF221Y等突变模式。     

新型冠状病毒刺突糖蛋白氨基酸序列特征分析

目的探讨我国大陆新型冠状病毒(SARS-CoV-2)刺突糖蛋白(S)的分子特征,为特效药物和疫苗的研发提供参考依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)和GenBank数据库收集2019年12月至2020年3月27日我国大陆255株新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的S蛋白基因序列,利用MEGA6.0软件分析S蛋白氨基酸序列的分子变异特征。结果 255株SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列处于系统进化树的同一分支,同源性为96.8%～100%;bat-coronavirus-RaTG13病毒的S蛋白序列与255株SARS-CoV-2的氨基酸同源性为86.6%～93.4%。S蛋白6个关键位点和受体结合域(RBD)的3个关键位点均未发生变异,但4株病毒S蛋白的RBD域发生个别氨基酸突变。结论中国大陆SARS-CoV-2 S蛋白的氨基酸序列同源性较高,但仍需密切监测其分子特征。     

2021年青海省一起职业暴露引起的新型冠状病毒肺炎聚集性疫情流行病学调查

目的 分析2021年10月17日至11月2日青海省西宁市一起职业暴露引起的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集性疫情,探讨职业人群在COVID-19防护中存在的问题。方法 按照《新型冠状病毒肺炎防控方案（第八版）》的要求,开展流行病学调查及现场处置工作,采集病例、密切接触者和次密切接触者咽拭子标本,用反转录–聚合酶链式反应法进行核酸检测,使用高通量测序技术对部分确诊病例咽拭子样本进行基因测序。结果 本次疫情涉及病例11例,其中3例为家庭聚集性,8例为医护人员,女性9例;男性2例。共传3代,平均潜伏期为3.18 d,发病地点主要集中在办公室区域,共同使用电话、电脑等办公用品是本次疫情的高危行为,病例首发症状以咳嗽为主（10例,90.97%）。现场流调人员脱防护服时不规范以及防水靴套设计不科学,成为本次职业暴露的最主要风险点。本次疫情中新型冠状病毒基因序列属于VOC/Delta变异株。结论 本起疫情主要为职业暴露,建议流行病学现场防护服穿脱时指定专人监督和评估,建议改良防水靴套脚踝处设计,进入过现场的工作人员应减少与其他工作人员接触。     

基于真实世界数据奥密克戎BA.5.2变异株传播动力学参数估算

目的 利用湖北省荆州市2起由奥密克戎BA.5.2变异株引起的局部疫情数据，估算奥密克戎BA.5.2变异株的传播动力学参数，为认识奥密克戎BA.5.2变异株传播能力提供科学依据。方法 采用自行设计表格收集2起疫情中感染关系明确的感染者与被感染者的感染时间、发病时间及首次核酸阳性采样时间等数据。对获得数据分别拟合对数正态分布、伽马分布和伽马分布计算潜伏期、世代间隔(GT)、代际间隔(SI)。分别采用指数增长模型(EG)和极大似然估计法(ML)计算基本再生数(R0)，取R²较大者作为R0估算值。结果 荆州市2起疫情中，疫情A为外市来荆人员在荆州市进行社交活动引起，主要通过同住、同餐、同娱乐和同工作传播，为常见社交传播情形；疫情B涉及人群聚集的批发市场，首发病例进入后停留3 h后随即离开，在农贸市场快速传播并外溢至同住人员，为人群密集场所传播情形。2起疫情共计纳入感染者与被感染者39对52例的数据用于潜伏期、GT和SI估算。潜伏期中位数为2.52 d(44例，1.32～4.84 d),SI中位数为2.13 d(37例，1.63～2.64 d),GT中位数为1.91 d(2...     

广西钦州市一起由奥密克戎BA.2变异株引起的新型冠状病毒肺炎本土疫情流行病学特征

目的 分析广西钦州市一起本地聚集性新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的调查处置过程和流行病学特征,为今后的COVID-19疫情防控工作提供参考。方法 收集本起疫情病例流行病学和临床表现信息、实验室检测结果和专题分析报告,采用描述性流行病学方法进行分析。结果 本起COVID-19疫情自2022年3月12—24日共持续13 d,报告感染者97例。男性49例,女性48例;年龄中位数M(P₂₅,P₇₅)为32岁(17,44.5);无症状感染者79例,确诊病例18例。潜伏期中位数为3 d,潜隐期中位数为2 d。共排查出密接3 841人,61人转为感染者,密接续发率1.59%。明确家庭内传播的疫情共8起,家庭续发率为65%(95%CI:20%～100%);涉及3起大规模聚集性疫情：娱乐会所包厢内聚集、婚礼聚餐、新居宴聚餐,罹患率分别为63.64%、9.38%、12.16%。疫情首先在娱乐会所包厢内暴发,最长的传播链至少传至5代。病毒基因测序显示为奥密克戎BA.2变异株。结论 通过对一起新型冠状病毒奥密克戎BA.2变异株引起的聚集性疫情分析发现,早期...     

甘肃省人感染H7N9禽流感病毒基因组对比分析

目的 分析甘肃省发现的人感染H7N9禽流感病毒序列,对比高致病性禽流感(HPAI)和低致病性禽流感(LPAI)H7N9病毒的基因变异及分子进化特征,为疾病预防控制提供参考.方法 对甘肃省2017年以来发现的人感染H7N9禽流感病毒进行基因组对比,并使用MEGA 7.0等软件分析其全基因组特征.结果 6例人感染H7N9病...     

2022年浙江省春季新型冠状病毒感染本土聚集性疫情流行病学特征分析

目的 分析自2022年3月以来浙江省本土新型冠状病毒感染（新冠）聚集性疫情流行病学特征。方法 收集2022年3月3日至5月8日浙江省本土新冠聚集性疫情的流行病学调查资料,采用描述性流行病学方法进行分析。结果 262起疫情波及11个市的71个县（市、区）,累计报告确诊病例668例,无症状感染者866例。局部空间自相关分析显示,嘉善县、平湖市、海宁市、临平区、余杭区、拱墅区、上城区和婺城区存在热点聚集性。本次疫情由上海市输入并导致关联疫情占72.90%;50例以上规模疫情持续时间为7～15 d,10 d左右控制动态基本再生数（Rt）<1。结论 本轮疫情主要发生在嘉兴市和杭州市,大部分是外省输入病例引起的关联疫情;疫情R t控制在1以下的时间越早,规模越小,疫情持续时间越短。     

一起经航空器境外输入的新型冠状病毒肺炎聚集性疫情的调查处置

  目的  调查广东省广州市一起与航空器有关的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）聚集性疫情,探讨病例感染来源。  方法  以广州市某入境航班报告的COVID-19病例为研究对象,采用回顾性调查方法,使用统一调查表,以现场和电话调查相结合的方式对航班累计报告的病例进行线索追踪和个案调查,通过回顾性队列研究探索可能的感染危险因素。  结果   该航班共有乘客211人,机组人员14人,累计报告COVID-19确诊病例和无症状感染者31例,均为乘客,发病率为14.69%（31/211）,其中确诊病例11例,无症状感染者20例。 病例以GC公司员工为主23例（74.19%）。 回顾性队列研究提示和外国人接触频率高、与感染者同住是本次疫情病例发病的危险因素,其中接触频率高的人员感染风险是接触频率低或不接触人员的6倍左右,与感染者同住人员的感染风险是不和感染者同住人员的11倍左右［risk ratio（RR）=11.500,95% 置信区间（95%CI）为1.835～72.069］。  结论   在本次事件中,报告病例在境外国家感染后通过乘同一航班输入我国广州市的可能性高,因共同暴露于同一航班而感染的可能性低,但在乘坐航空器期间仍需做好个人防护以有效降低因航空器共同暴露传播的风险。     

2017-2020年江西省境外输入性恶性疟原虫的抗药性基因多态性研究

目的 了解2017—2020年江西省境外输入性恶性疟原虫的抗药性情况,为临床用药提供技术支撑。方法 收集2017—2020年江西省输入性恶性疟病例的血液样本,采用巢式PCR方法,对样本抗药性基因进行扩增并测序。结果 共收集到输入性恶性疟病例血液样本85份,均为非洲输入。测序分析得出,恶性疟原虫氯喹抗性转运蛋白基因和多药抗性基因1突变比例较低,为16.67%(14/84)和1.18%(1/85),而二氢叶酸还原酶基因突变比例很高,为96.39%(80/83),未发现Kelch螺旋体蛋白基因的突变。结论 近几年江西省境外输入性恶性疟病例均来自非洲,且恶性疟原虫对氯喹的抗药性较低,可以结合临床实验,考虑用氯喹联合其他药物治疗非洲输入恶性疟病例的可能方案;对乙胺嘧啶抗药性较高,未发现青蒿素抗性株,但因为近2年受新型冠状病毒感染疫情影响,样本量少,不能排除江西省无青蒿素抗性株,需继续监测。     

我国早期新型冠状病毒肺炎疫情传染病动力学模型分析

  目的   利用传染病动力学模型模拟我国早期新型冠状病毒肺炎的传播过程,分析和评估相关防控措施对疫情的影响。  方法  以2019年12月2日至2020年4月8日中国疾病预防控制中心传染病报告系统上报新型冠状病毒肺炎疫情数据为依据,建立动力学模型对疫情发展进行模拟分析。  结果  我国实施的交通管制措施,使R₀从疫情发展初期的4.82［95%可信区间（CrI）:4.81～4.83］降低到1.13（95% CrI:1.11～1.16）,新型冠状病毒感染者集中隔离和大规模核酸筛查等措施使R₀进一步降低到0.31（95% CrI:0.30～0.32）,模型估计得到无症状感染者的检出率为54.7%（95% CrI:45.7%～65.3%）。 保持防控措施实施的时间点不变,将无症状感染者检出率提高至75%、95%,分别能够避免新增3.4%、5.6%的感染者。 保持无症状感染者检出率不变,将防控措施实施的时间点整体前移1周、2周,分别能够避免新增78.2%、95.3%的感染者。  结论  交通管控措施显著降低了新型冠状病毒的传播速度。对感染者的集中隔离和大规模核酸筛查消除了病毒在人群中的传播。 我国实施的大规模核酸检测能够发现一半以上隐匿的无症状感染者。 相对于提高无症状感染者的检出率,防控措施的尽早实施能够避免更多的新增感染。     

2020年贵州省新型冠状病毒肺炎疫情特征分析

  目的  分析2020年贵州省新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例流行病学特征,为制定防控措施和策略提供依据。  方法  收集2020年贵州省报告的COVID-19病例信息,采用描述性流行病学方法,对病例的三间分布、感染来源及疫情特征等进行分析。  结果  2020年1月22日至12月31日,全省累计报告COVID-19病例173例,死亡2例,病死率为1.16%。 其中确诊病例147例（84.97%）,无症状感染者26例（15.03%）;重症病例31例（21.09%）;本地病例84例（48.55%）、境内输入病例87例（50.29%）、境外输入病例2例（1.16%）。 疫情曲线呈双峰型,两个高峰间隔7 d,第1个发病高峰以境内输入病例为主,第2个发病高峰以本地病例为主。 全省9个（100%）市/州44个（50%）县（区）均有病例报告,主要分布在贵阳市、毕节市及遵义市（占全省总病例的70.70%）。 男、女性别比为1.06∶1;各年龄组均有病例报告,年龄中位数为37岁。 82例（47.40%）病例是通过密切接触者主动筛查发现,55例（31.79%）是通过主动就诊发现,36例（20.81%）是通过对湖北省武汉市来黔等重点人员主动筛查发现。 暴露因素以密切接触者（42.77%）和武汉市旅居史人员（38.73%）为主。 29起聚集性疫情均为家庭聚集病例。  结论  贵州省COVID-19病例以境内输入及密切接触感染为主。 对疫情重点地区人员及密切接触者等重点人员的早期排查、集中隔离管理及对发热病例的监测是早发现和防止疫情传播的关键。