基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的 对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法 利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA 4.0进行相关数据分析,并构建邻接（NJ）树。利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果 羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228 bp,二者种内平均K2P（Kimura-2-parameter）遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开;比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。     

基于ITS2序列蒙药甘草DNA分子鉴定研究

目的应用DNA条形码技术准确、快速鉴定蒙药材甘草。方法采用试剂盒法提取药材的基因组DNA,PCR扩增其核糖体DNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)并进行双向测序,应用CodonCode Aligner17.0对测序峰图进行校对拼接,比较ITS2序列的GC含量,采用MEGA 5.0计算种内遗传距离,并得到峰图和二级结构。结果甘草药材的ITS2序列长度为223 bp,种内无变异,平均K2P遗传距离为0,GC含量53%,建立其二级结构和峰图。结论 ITS2基因序列可以鉴定蒙药材甘草,为该蒙药的分子鉴定提供方法。     

DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定

目的 采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法 对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列（ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH）进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果 除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK＋rbcL的鉴定成功率（BLAST1法）分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。     

丹参及鼠尾草属植物的rDNA ITS序列分析

目的研究丹参ITS片段遗传多样性,分析该片段在丹参药材DNA分子鉴别和鼠尾草属植物系统学研究中的意义。方法用一对引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后用双脱氧终止法测序。结果获得核糖体DNA中ITS和5.8SrDNA完整序列,13个鼠尾草属植物ITS1与ITS2序列的长度分别为222～224bp、220～223bp。鼠尾草属植物种间ITS1序列差异百分率为0～12.16%,ITS2序列的差异百分率为0.5%～13.51%;丹参种内ITS1序列的差异百分率为0～0.9%,ITS2序列的差异百分率为0～0.5%;鼠尾草属各类群与外类群的差异百分率ITS1序列为16.07%～20.27%,ITS2序列为15.91%～20.27%。用邻接法(NJ)根据ITS1与ITS2序列数据建立系统发生树。结论两段序列在丹参种内保守,在属间有较大的差异,与外类群的差异最大,可作为中药丹参分子鉴定的标记,而鼠尾草属植物的系统发生关系尚须进一步研究。     

9种柴胡属植物的核糖体ITS序列及其在药材鉴定中的应用

目的 研究9种柴胡属药用植物rDNA ITS序列的差异和规律,寻找可准确鉴定柴胡类药材的分子性状。方法 PCR扩增ITS序列,测序,DNAssist version 2．2软件进行序列比对,并计算同源性。结果 柴胡属植物ITS序列与外类群ITS序列比对同源性均小于75％,序列间两两比对同源性均大于88％,同种植物则大于99％。结论 ITS序列作为柴胡类药材鉴定依据具有一定实用性和可靠性。     

基于DNA条形码（ITS2）的绞股蓝与其混伪品的分子鉴定方法分析

目的探讨基于ITS2序列的绞股蓝与其混伪品鉴定的新方法。方法从GenBank中下载绞股蓝及其混伪品的ITS2序列,用软件MEGA4.0等进行相关数据分析,通过ITS2数据库预测ITS2二级结构,并用最大简约法构建系统发育树。结果绞股蓝与其混伪品的ITS2序列存在差异,其二级结构在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异,绞股蓝最大种内K2P遗传距离远远小于其与混伪品的最小种间K2P遗传距离,构建的系统发育树显示绞股蓝与其混伪品可明显分开。结论基于DNA条形码的ITS2序列为绞股蓝及其混伪品的准确、简便鉴定提供了新的分子鉴定方法。     

蒙药香青兰DNA条形码分子鉴定研究

目的建立蒙药香青兰的ITS2基因序列的DNA条形码分子鉴定方法。方法取样品10份应用ITS2基因序列DNA条形码分子鉴定方法进行PCR扩增以及测定相关序列,在此基础上运用DNAMEAN和CodonCode Aligner17.0等软件进行相关分析。结果 ITS2序列长度168bp,遗传距离(K2P)为0、G+C含量66.51%以及相应的二级结构和峰图。结论 ITS2基因序列分析为香青兰DNA条形码研究奠定基础。     

基于ITS2序列的建泽泻及其混伪品鉴定研究

目的?利用ITS2条形码鉴别建泽泻及其混伪品。方法?提取28份建泽泻及其混伪品基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank,同时从GenBank下载泽泻科植物及其混伪品10种17条ITS2序列,对提交与下载的45条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统进化树直观反映鉴定结果。结果?建泽泻、川泽泻ITS2序列长度均为311?bp,存在1个变异位点;建泽泻与泽泻科泽泻属物种距离较近,与泽泻科其他属及其混伪品之间遗传距离较远;NJ树结果显示建泽泻及其混伪品均可明显区分,表现出良好的单系性。结论?ITS2序列作为DNA条形码可以准确快捷地鉴别建泽泻及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了新的技术手段。      

紫堇属植物生物碱类化学成分与药理作用

紫堇属植物分布广泛,且多种作为药用,其所含有的生物碱类化学成分主要为异喹啉类生物碱。本属植物及其提取物具有抗心律失常、抗菌、保肝等药理活性,深入研究后可开发为天然药物。     

葫芦科植物通用DNA条形码的筛选

目的 评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法 使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcoding gap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance 方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。     

北苍术种子DNA条形码研究及序列特征分析

目的 基于DNA条形码技术对北苍术种子进行鉴定研究及序列特征分析,探讨北苍术种子DNA条形码技术鉴定的可行性。方法 收集北苍术种子12份,利用体视显微镜观察北苍术的外观形态特征;通过DNA提取、聚合酶链式反应(PCR)和双向测序获得其ITS2和psbA-trnH序列;利用CodonCode Aligner V9.0.1对其峰图质量进行评价,使用MEGA-X进行多序列比对和变异位点分析。结果 北苍术种子的DNA提取、PCR扩增和测序成功率均为100%,且取得良好的测序结果;分别各获得12条北苍术种子的ITS2序列和psbA-trnH序列,其中获得的ITS2序列仅存在2个插入/缺失位点,psbA-trnH序列包含3个变异位点和4个单倍型,表明不同产地的北苍术种子种内变异相对较小。结论 基于ITS2序列和psbA-trnH序列的DNA条形码研究和序列分析,为北苍术种子的物种鉴定和遗传多样性研究提供了参考。     

乌头属5种植物ITS2和psbA-trnH鉴别适用性研究

【目的】基于传统分类鉴定,对乌头属5种植物显柱乌头系的长喙乌头Aconitum georgei H. F. Comber和石膏山乌头Aconitum rockii var. fengii(W. T. Wang)W. T. Wang、蔓乌头系的瓜叶乌头Aconitum hemsleyanum E. Pritzel和玉龙乌头Aconitum stapfianum Handel-Mazzetti、兴安乌头系的中甸乌头Aconitum piepunense Handel-Mazzetti的ITS2区和psbA-trnH的鉴别适用性进行考察。【方法】以ITS2F/ITS2R和psbA/trnH为引物,对5种乌头进行PCR扩增、ITS2和psbA-trnH的序列特征分析、系统发育树构建。【结果】ITS2位点可准确鉴定显柱乌头系的长喙乌头和石膏山乌头以及蔓乌头系的玉龙乌头,而不适用于鉴别蔓乌头系的瓜叶乌头和兴安乌头系的中甸乌头;psbA-trnH位点不适用于本研究中的5种乌头鉴别。【结论】ITS2和psbA-trnH鉴别乌头属植物均具有一定的局限性,二者对乌头属植物的鉴别适用性不同。     

基于ITS序列的紫芝分子鉴定

目的 建立基于ITS序列的紫芝分子鉴定方法.方法 分析20株灵芝属菌株ITS序列,设计紫芝的特异性引物.结果 用此引物对20株灵芝属菌株的DNA进行扩增,只有2株紫芝菌株有目的扩增条带.结论 设计的特异性引物有很高的专属性,能高度特异地鉴定紫芝菌株.     

绵枣儿核核糖体DNA ITS序列扩增的研究

采用通用引物扩增绵枣儿核核糖体DNA ITS序列,未得到目的条带.根据引物设计原则自行设计12个引物,其中只有使用引物对PA3、D(ITS3),PA4、D(ITS3),PA4、DO2扩增得到绵枣儿核核糖体DNA ITS序列.     

DNA条形码技术用于肉制品基因鉴定

【目的】 针对当今社会越来越严重的假肉事件,建立一种快速、特异性强的基因鉴定方法,实现对猪、牛、羊、马、鸡、犬、鼠等常见肉类和加工熟食肉制品的鉴定。 【方法】 利用DNA条形码原理,用Genedoc软件多序列比对猪、牛、羊、马、鸡、犬以及鼠等常见肉源动物线粒体基因,寻找能够特异性区分各物种和亚种的基因片段。针对DNA序列,利用Primer Premier 6.0设计特异性引物,考虑到加工的熟肉制品DNA存在降解,引物设计时PCR产物大小限定在350 bp以下。随机混合2~3种肉类DNA,采用多重PCR方法扩增,检测引物的特异性。利用PCR方法,稀释DNA模板以10、1、0.1、0.01 ng进行PCR扩增,检测PCR的灵敏度。在羊肉中按10%、5%、1%比例混入猪肉,取100 mg混合肉,提取DNA并用猪肉引物进行PCR扩增,评价样品检测的灵敏度。以熟肉包、泡椒凤爪、香肠、牛肉粒、鸡肉派等深加工肉为原料,检测上述PCR方法的适用性。 【结果】 通过序列比对,选择线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)作为受检基因, COⅠ基因1 680~1 710 bp区域有极高的物种特异性,例如水牛和奶牛、山羊和绵羊在该DNA区域的差异碱基有5~7个。以该区域为PCR下游引物,分别针对每个物种设定上游引物,建立了七种动物源性成分的DNA条形码。DNA条形码区域为COⅠ基因1 200~1 710bp的序列,其中猪、水牛、山羊、马、鸡、犬、鼠7种动物的PCR产物大小分别为103、313、157、120、251、119和128 bp。对于大小接近的PCR产物,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法检测。结果表明利用COⅠ基因,通过混合模板、混合引物进行交叉PCR,均能特异性检测相应肉类。DNA模板的灵敏度可达0.01 ng,肉制品中1%的假肉(猪肉,1 mg)可被检出,熟肉的基因鉴定也是阳性。 【结论】 利用COⅠ基因1 200~1 710 bp区域,可以较好的区分不同肉类物种。该PCR方法特异性强、灵敏度高,所需检材微量,方法不受添加剂和高温加工等干扰,快捷准确,可作为肉制品中动物源性成分的鉴定方法进行推广。     

线粒体nad 1内含子2序列在石斛属植物分子鉴定中的应用

目的在兰科石斛属药用植物鉴定中应用新的分子标记。方法扩增并测定9种石斛属植物线粒体中NADH脱氢酶亚基1编码基因(nad 1)内含子2(in tron 2)的全长序列。结果比对后的nad 1 in tron 2序列长872bp,其中有17个变异位点,可以鉴别除粉花石斛D end robium lodd ig esii以外的8种植物。结论线粒体nad 1 in tron2序列可以作为一种新的分子标记用于石斛属植物的鉴定。     

天山棱子芹的DNA条形码分子鉴定

目的 应用DNA条形码技术对采集的天山棱子芹样本基原进行分子鉴定.方法 提取样品总DNA并以ITS2扩增序列为主,psbA-trnH扩增序列为参考,对天山棱子芹样本DNA进行扩增,通过琼脂糖凝胶电泳检测总DNA及引物扩增结果,并进行测序.将两引物扩增成功并测序后的序列导入美国国立生物技术信息中心(national ce...