散发性结直肠癌4号染色体等位基因杂合缺失的研究

目的 通过在4号染色体寻找杂合缺失区域，为定位、筛选高频杂合缺失区存在的散发性结直肠癌相关肿瘤抑制基因提供依据。方法 20个荧光标记的微卫星引物与83例结、直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应。微卫星的平均遗传距离是10．4里摩（cm01）。产物进行电泳、扫描及杂合缺失分析，并与临床、病理因素进行相关性检验。结果 短臂（4p）、长臂（4q）的平均杂合缺失率为24．25％、28．56％，可见3个最小的高频缺失区域（Region）：R1：在D4S405和D4s3013（4p14—15．2）之间；R2：在D4s3000和D4s2915位点之间（4q12—21．1）；R3：在D4S407和IMS2939位点之间（4q25—31．1）。D4S1534位点与肝脏转移有关（P〈0．05），其余位点与临床病理因素均无显著相关（P〉0．05）。结论 4号染色体的3个高频杂合缺失区域4p14—15．2、4q12—21．1、4q25—31．1存在散发性结直肠癌发生、发展相关的肿瘤抑制基因。     

散发性结直肠癌染色体4p15等位基因杂合缺失的精细定位研究

目的通过在染色体4p15精细定位高频杂合缺失区域的范围．为筛选高频杂合缺失区内存在的散发性结直肠癌相关肿瘤抑制基因提供依据。方法7个荧光标记的微卫星引物与83例散发性结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应。微卫星之间的的平均遗传距离是1．02cM（centi—Morgon，里摩）。产物进行电泳、扫描及杂合缺失分析，并与临床、病理因素进行相关性检验。结果染色体4p15的平均杂合缺失率为21，34％，最高的是D4S3103位点（35．62％）；最低的是D4S2933位点（12．50％）。可能的肿瘤抑制基因的范围在D4S3017-D4S2933之间约1．7cM的遗传距离内，该区域内有PPARGC1A和GBA3两个基因。D4S1546位点杂合缺失与肿瘤直径显著相关（P〈0．05），其余位点与临床病理因索均无显著相关（P〉0．05）。结论染色体4p15精细定位后高频杂合缺失区域的范围限定在D4S3017-D4S2933之间约1．7cM的范围内。该区域内PPARGC1A和GBA3两个基因可能是散发性结直肠癌相关的肿瘤抑制基因。     

散发性结肠直肠癌肿瘤分化及转移相关基因杂合缺失分析

目的：探讨散发性结肠直肠癌患者2号染色体上可能的肿瘤转移相关基因位点。方法：以2号染色体上30个不同荧光标记的高度多态性微卫星引物对83例散发性结肠直肠癌患者基因组DNA扩增相应的微卫星位点,用ABI PRISM 377测序仪进行基因扫描,检测各位点杂合缺失率,比较与肿瘤分期、分化的关系。结果：24个位点获得有效数据,平均遗传距离为11厘摩（cM),杂合缺失率平均为15．16％,较高的有2个们点：D2S206（2q33-37)的32．08％和D2S364（2q24.2)、31．03％,其余位点的杂合缺失率均小于20．00％;D2S142（2q24.1)、D2S126（2q35)、D2S2211（2q24.2)、D2S305（2q23.3)的杂合缺失率随着肿瘤恶性程度的增加而增高,后2个位点间的缺失有相关性。结论：已知几个错配修复基因位点附近的微卫星位点并无高频杂合缺失发生,D2S2305（2q23.3)到D2S2211（2q24.2)之间区域为整体性缺失,此区域和D2S142（2q24.1)、D2S126（2q35)2个位点与肿瘤的恶性程度相关,提示存在未知的肿瘤分化和转换相关基因的可能。     

散发性结直肠癌1号染色体等位基因杂合缺失精细定位研究

目的抑癌基因的杂合缺失（LOH）被认为是结直肠癌形成的通路之一。本实验通过对1号染色体1p36．33～36．31、1q31．1～32、1区域进行杂合缺失精细定位分析，以发现更精确的高频杂合缺失区域。方法在1p36．33～36．31、1q31．1～32．1区域分别选择7个、6个荧光标记微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应（PCR）反应。产物在电泳后进行LOH分析。LOH结果与临床病理参数之间的关系比较采用X^2检验。结果1p36．33～36．31区域平均杂合缺失率是31．47％，以D1S243位点最高，为47．22％（34／72），最低是D1S1347，为7．35％（5／68）。存在两个高频杂合缺失区域：D1S243位点（1p36．33）以及D1S468-D1S2660区域（1p36．32～36．31）。1q31．1～32．1区域平均杂合缺失率是22．98％，以D1S2622位点最高，为36．73％（18／49），最低是D1S412，为16．42％（11／67）。更精确的缺失范围定位在D1S413和D1S2622之间（1q31．3—32．1），大约2cm的遗传距离范围内。1p36．33～36．31、1q31．1～32．1区域各位点的杂合缺失率与性别、年龄、肿瘤大小、生长方式以及Dukes分期无显著相关。提示该区域上的杂合缺失现象普遍存在于各种类型的散发性结直肠癌中。结论1号染色体上存在3个高频杂合缺失区域，D1S243位点（1cm）、D1S468和D1S2660位点之间（3cm）以及D1S413和D1S2622之间（2cm），提示在这些区域存在与结直肠癌相关的抑癌基因。     

散发性结直肠癌22q13区域杂合缺失的精细定位分析

目的在染色体高频杂合缺失区22q13精细定位，以筛查可能与结直肠癌相关的肿瘤抑制基因。方法荧光标记的微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行PCR反应。产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳、扫描以及杂合缺失分析。其结果与临床病理因素进行相关性检验。结果8个位点平均杂合缺失率为35．6％。发现两个高频缺失区域：一个在D22S1171和D22S274之间，约2．7厘摩（cM）；另一个在D22S1160和D22S1149位点之间，约1．8cM。D22S1171位点与肿瘤发生部位显著相关（P=0．020）；D22S114位点与肝转移显著相关（P=0．008）；D22S1160位点与淋巴结转移显著相关（P=0．016）；其余位点与临床病理因素无显著相关性（P〉0．05）。筛选发现ARHGAP8基因和PPARA基因可能是肿瘤抑制基因。结论散发性结直肠癌22q13区域存在两个高频杂合缺失区，分别约2．7cM及1．8cM。ARHGAP8基因和PPARA基因可能是22q13区域与散发性结直肠癌相关的肿瘤抑制基因。     

散发性结直肠癌1号染色体1q31.1-32.1区域等位基因杂合缺失精细定位研究

目的 对染色体1q31.1-32.1区域进行杂合缺失(LOH)精细定位分析,探讨更为精确的高频LOH区域并筛选可能与结直肠癌相关的抑癌基因.方法 在1q31.1-32.1区域选择6对微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应(PCR).产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳,以GeneScan 3.1和Genotyper 2.1软件进行扫描以及LOH分析.LOH结果与临床病理参数之间的关系比较采用χ2检验.结果 1q 31.1-32.1区域平均LOH率是22.98%.以D1S2622位点最高,为36.73%(18/49),最低是D1S412,为16.42%(11/67).结果 显示,更精确的缺失范围定位应该在D1S413和D1S2622之间(1q 31.3-32.1),约2 cM的遗传距离范围内.该区域各位点的LOH率与性别、年龄、肿瘤大小、生长方式以及肿瘤Dukes分期无明显相关.结论 将1q31.1-32.1区域高频等位基因缺失精细定位于D1S413和D1S2622位点之间,遗传学距离约2cM的区域内,提示在该区域存在与结直肠癌发生发展相关的抑癌基因.     

结直肠癌缺失基因201单核苷酸多态性与结直肠癌的相关性研究

结直肠癌缺失基因（DCC）因位于结直肠癌高频杂合缺失区域18q21而被认为是抑癌基因。重组腺病毒携带DCC基因转染多种癌细胞株均发现其能诱发凋亡。研究表明，DCC能与netrin-1结合共同介导轴突细胞间的黏附和分化，并在结直肠癌中发现netrin-1的异常表达。鉴于DCC基因序列中168位的单核苷酸多态性引起的氨基酸替换与恶性肿瘤淋巴转移相关联，     

散发性结直肠癌染色体7q21-22区杂合性缺失精细定位

目的 研究散发性结直肠癌7号染色体杂合性缺失,对7q21-22区精细定位,寻找新的结直肠癌抑癌基因.方法 采用15对微卫星DNA标记7号染色体,在高频杂合缺失区另取5对微卫星标记对83例结直肠癌病例的肿瘤和正常组织进行PCR反应.PCR产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳3 h,以GeneScan3.1和Genotyper 2.1软件进行基因分型.结果 在7号染色体上发现1个高频杂合缺失区即7q21-22区.对该区再用5对微卫星标记引物行精细定位,界定了1个跨越D7S657、D7S646位点精细的高频杂合缺失区域.结论 通过精细杂合缺失作图的研究,在7号染色体发现了1个跨越D7S657、D7S646位点的精细杂合缺失区,该区很可能存在1个或多个与结直肠癌相关的新的抑癌基因.     

散发性结直肠癌中SMAD4基因的突变

目的观察SMAD4基因在散发性结直肠癌中的突变，并探讨其对散发性结直肠癌发生发展的意义。方法对本院83例散发性结直肠癌患者，应用聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR—SSCP）分析癌组织中SMAD4基因各外显子的突变情况，基因突变率与临床病理参数间采用，检验；应用多态性微卫星标记研究SMAD4基因所在18q21区的杂合性缺失。结果SMAD4基因在83例散发性结肠癌的患者中共有9例发生突变，平均突变率为10．8％。经Χ^2检验SMAD4基因突变率在肿瘤的Dukes分期及有无远处转移间差异有统计学意义（P〈0．05），而与肿瘤的分化程度、发生部位及患者的性别差异无统计学意义（P〉0．05）。18q21区的杂合性缺失率为62．71％，其中发生突变的9例均存在18q21区的杂合性缺失。结论SMAD4基因的突变可能介导了散发性结直肠癌后期的发生发展。     

广西散发性结直肠癌DCC基因突变的研究

目的观察广西散发性结直肠癌DCC基因突变情况，并分析其与临床病理资料之间关系。方法应用常规酚、氯仿法提取73例散发性结直肠癌组织及相应正常黏膜组织的DNA。采用PCR—SSCP结合直接测序的方法检测DCC基因第4、28、29号外显子突变的情况。结果73例散发性结直肠癌患者中，18例201密码子表现为纯合突变型，7例201密码子表现为野生型，48例表现为杂合突变型。另有1例突变发生在第4内含子上。第28、29号外显子未发现突变。结论DCC基因突变与患者的性别、年龄、肿瘤发生的部位、浸润深度、组织病理、淋巴结转移、Dukes分期无关。     

中国人群1号染色体长臂散发性结直肠癌相关抑癌基因筛选

目的 筛选与中国人群的结直肠癌发生相关的抑癌基因.方法 构建包含1号染色体长臂高频杂合缺失区域的基因芯片,对19例结直肠癌标本进行表达谱分析,并与临床病理特征加以统计学分析,筛选该区域与结直肠癌相关的未知抑癌基因.结果 通过数据库检索,我们挑选了25个基因进行相关基因筛选.发现CSRP1、LMOD1、PPP1R12B和CFHL3 4个基因表达显著下调,分别在15、16、16、16例肿瘤组织中表达下调,其中下调比例超过2倍的例数分别为11、11、14、10例.统计学分析发现这4个基因表达与临床病理特征之间无相关.通过生物信息学分析,推测CSRP1基因可能是与结直肠癌发生相关的抑癌基因.结论 表达谱芯片以及生物信息学分析表明CSRP1基因可能是结直肠癌发生相关的抑癌基因.     

散发性结直肠癌染色体20q11-13区杂合性缺失精细定位

目的 研究散发性结直肠癌20号染色体杂合性缺失情况,并对20q11-13区进行精细定位.方法 收集1998年至1999年上海市第一人民医院83例结直肠癌患者的肿瘤组织和对应的正常黏膜组织,采用10个微卫星标记的引物对20号染色体进行杂合性缺失分析,在20q11-13区域另取10个微卫星标记的引物并对标本进行PCR分析.以Genescan 3.1和Genotyper 2.1软件进行基因分型和精确定位.结果 在20号染色体上发现一个高频杂合性缺失区即20q11-13区.进一步的精细定位,界定了两个高频杂合性缺失区:20q11.2、20q12,并在该杂合性缺失区发现了抑癌基因E2F1、PMP24和MAFB.结论 20号染色体有两个高频精细杂合性缺失区,该区很可能存在一个或多个与结直肠癌相关的新的抑癌基因.     

Genetic Alterations in Gallbladder Carcinoma

Gallbladder carcinoma is an aggressive cancer associated with a poor prognosis. Unfortunately, the precise molecular mechanisms of development and progression of this highly malignant tumor remain unknown. It is still unclear whether loss of heterozygosity (LOH) plays a significant role in gallbladder carcinogenesis, but recent studies have found a high incidence of LOH at several chromosomes in gallbladder carcinoma. In particular, LOH on chromosomes 1p, 3p, 5p, 8p, 9p, 9q, 13q, 16q, and 17p has been highlighted and LOH on 3p, 9p, 13q, 16q, and 17p has been detected in preneoplastic lesions and in the early phase of gallbladder carcinoma during multistep carcinogenesis. The proto-oncogene, K-ras, is the best known genetic alteration in several human neoplasms, including gallbladder carcinoma. The accumulation of these genetic changes leads to a disruption in cell-cycle regulation and also continuous cell proliferation. We present an overview of K-ras alteration and LOH at several chromosome loci in gallbladder carcinoma. Further studies of the molecular mechanism in gallbladder carcinoma and the delineation of the genetic influence involved should promote our understanding of gallbladder carcinogenesis.     

胆囊结石病家系9号染色体基因定位研究

目的研究胆囊结石病基因在9号染色体的位置。方法用微卫星位点为遗传标记对12个胆囊结石病家系进行基因组扫描,用非参数分析软件GENEHUNTER和参数分析软件BATCHLINK进行连锁分析,寻找9号染色体上与胆囊结石病连锁的位点及区域。结果D9S1682的LOD值207,NPL值192,P=004。进行分层分析发现,血液甘油三酯升高组D9S1682的LOD值由207上升到240。结论9号染色体上存在胆囊结石病基因位点,该位点可能和伴高甘油三酯血症胆囊结石病有关。     

Genetic alterations in normal epithelium of colorectal cancer patients may be a useful indicator for subsequent metachronous tumor development

Background We attempted to identify areas of microsatellite alterations specific to histologically normal colorectal epithelium and to clarify the correlations among those molecular events and clinicopathologic features. Methods We conducted a prospective observation study on 51 colorectal cancer patients. Preoperative blood and microdissected histologically normal colorectal epithelium and neoplastic tissues were collected. Microsatellite analyses with seven microsatellite loci were performed to examine the genetic potential of individual tumors and histologically normal colorectal epithelium. Results In the sporadic colorectal cancer group, p53 LOH in the neoplastic epithelium had a significant correlation with the maximum tumor diameter and the preoperative serum cancer antigen 19-9 level, but not with the depth of invasion of the primary tumor. Among the patients who had p53 LOH in the histologically normal colorectal epithelium, four additional tumors were discovered within 30 months after curative surgery. For those patients, microsatellite alterations in normal colorectal epithelium were more sensitive than tumor markers. Conclusions For accurate LOH analysis, nonmalignant lymphocytes from blood should be used as the appropriate normal DNA sample. Focusing on the identification of high-risk patients for microsatellite alterations in histologically normal colorectal epithelium can be a useful indicator of subsequent metachronous tumor development after colorectal surgery.     

Allelic imbalance in hereditary and sporadic prostate cancer

BACKGROUND: In this study, we evaluate the pattern of allelic imbalance (AI) in both sporadic prostate cancer (SPC) and hereditary prostate cancer (HPC) at loci that frequently show allelic imbalance in sporadic prostate cancer, or are believed to have a putative role in the disease. METHODS: DNA obtained from 35 sporadic tumors and 46 hereditary tumors were tested for AI, by using a panel of 35 microsatellite markers. RESULTS: Chromosomal regions that display high frequencies of AI (>or=30%) in HPC include 1q, 5q, 7q, 8p, 13q, 16q, 17q, 18q, and 20q. In SPC, high frequencies of AI were found at 5q, 7q, 8p, 10q, 13q. Main differences (delta >or= 20%) in AI between HPC and SPC were at 1q, 10q, 17q, 18q, and 20q. CONCLUSION: AI at the prostate cancer susceptibility loci HPC1, PCaP, and HPC20 was seen more often in HPC compared with SPC. It appears that there are marked differences in the pattern of AI between sporadic and hereditary PCa.     

Infrequent alteration of the DPC4 tumor suppressor gene in renal cell carcinoma

The aim of this study was to investigate the alterations in the DPC4 tumor suppressor gene in renal cell carcinoma (RCC). The study included 32 tumor specimens from Croatian patients with a diagnosis of RCC. Loss of heterozygosity (LOH) was investigated using three specific oligonucleotide primers for the three DPC4 polymorphic markers. Our investigation of mutations in the DPC4 gene was focused on exons 2, 8, 10 and 11. These exons belong to the mad homology domains 1 (exon 2) and 2 (exons 8–11). The presence of previously documented mutation in exons 2 (codon 100), 8 (codon 358), 10 (codon 412), and 11 (codon 493) was investigated by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis, as a first screening method. Finally, the study was extended to search for any other type of mutation in the four selected exons by single strand conformation polymorphism (SSCP) assay. To increase heterozygosity, all 32 tumor specimens were tested with primers for three polymorphic markers. A total of 30 (94%) were heterozygous (informative). LOH at any of these markers was only revealed in four (13%) of the 30 informative samples. No tumor samples were positive for mutation in the four investigated exons analyzed by RFLP. In addition, no samples showed other types of mutation in denaturing conditions. Genetic alterations were shown only in a minority of patients, probably because mutation analysis of the DPC4 gene has only been partially covered by our work. It seems that exon 2 (belonging to the MH1 domain) and exons 8, 10, 11 (belonging to the MH2 domain) are not altered in RCC. This investigation must be extended on other exons of DPC4 for a better understanding a role of this gene in renal cell carcinoma.