宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值

目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing, mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法，收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料，按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准，比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ²=7.575,P=0.015;χ²=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准，mNGS诊断髋/膝关节结核的...     

二代测序技术对活动性结核病患者的诊断价值

评价二代测序技术在活动性结核病患者中的诊断价值。     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

宏基因组二代测序和GeneXpert MTB/RIF对结核病诊断价值的Meta分析

目的:通过Meta分析比较宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)和GeneXpert MTB/RIF(简称“Xpert”)对结核病的诊断效能。方法:系统检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of Science、中国知网(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、万方和维普数据库自建库至2022年7月5日公开发表的关于mNGS与Xpert对结核病诊断准确性的文献。根据预先制定的纳入与排除标准,由2名研究者独立进行文献筛选、数据提取、偏倚风险和适用性评价,并对两种技术的诊断效能进行统计分析。结果:最终纳入12篇文献共1344例患者资料。Meta分析结果显示,mNGS诊断结核病的合并敏感度、合并特异度、合并诊断比值比及AUC值分别为63.4%、99.8%、58.6和0.931,Xpert分别为50.3%、99.9%、23.8和0.860,两者并联诊断(mNGS+Xpert)分别为68.7%、99.8%、91.2和0.978。同时,mNGS对脑脊液组及其他肺外或多部位标本组的检测...     

宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值的Meta分析

目的 评价宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值。方法 通过计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网、万方、维普等数据库。中文检索词:宏基因组二代测序、二代测序、结核、结核性脑膜炎;英文检索词:metagenomic next-generation sequencing、mNGS、next-generation sequencing、tuberculosis、tuberculous meningitis、tuberculosis meningitis。收集从建库至2021年4月30日发表的宏基因组二代测序技术应用于脑脊液检测诊断结核性脑膜炎的相关文献,由2名研究者独立进行文献检索、筛选、数据提取,质量评价。以MetaDisc 1.4 软件进行Meta分析。结果 检索出628篇文献,依据纳入和排除标准最终纳入7篇文献,包含477例患者,其中结核性脑膜炎患者231例。Meta分析结果显示,宏基因组二代测序技术检测脑脊液诊断结核性脑膜炎的汇总敏感度为62.0%(95%CI: 55.0%~68.0%)、汇总特异度为97.0%(95%CI: 94.0%~99.0%)、汇总阳性似然比为10.57(95%CI:4.84~23.11)、汇总阴性似然比为0.41(95%CI:0.27~0.60)、汇总诊断OR值为21.39(95%CI:10.18~44.95)、汇总受试者工作特征曲线下面积为0.956。结论 宏基因组应用于脑脊液检测对结核性脑膜炎具有较高的诊断价值,可作为快速诊断结核性脑膜炎的有效方法。     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

宏基因二代测序技术在异基因造血干细胞移植后结核分枝杆菌感染中的应用

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在异基因造血干细胞移植后结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis, MTB)感染中的应用。方法:收集2018年1月至2020年5月采用mNGS诊断的11例异基因造血干细胞移植后MTB感染患者的临床资料,回顾性分析患者的临床特征及治疗转归。结果:11例患者中男6例,女5例;中位年龄45(28～56)岁;结核类型主要为肺结核(9例,81.8%),另外结核性脑膜炎和结核菌血症各1例;移植后并发MTB感染的中位时间为4.1(1.1～12.1)个月。临床表现：以发热和呼吸道症状最常见,其中发热7例,呼吸道症状8例,1例结核性脑膜炎患者表现为发热、头痛和癫痫。实验室检查：11例患者中3例(27.3%)涂片抗酸染色阳性(2例肺泡灌洗液,1例脑脊液);9例(81.8%)外周血T-SPOT阳性;5例(45.5%)Xpert阳性(4例肺泡灌洗液,1例脑脊液);1例(9.1%)外周血MTB-PCR阳性。通过mNGS均检测出MTB序列数(1～154)。影像学表现：肺...     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

宏基因组二代测序在儿童布鲁氏菌脑炎诊治中的应用价值探索北大核心CSCD

目的探索脑脊液宏基因组二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)在中枢神经系统布鲁氏菌感染中的诊治价值。方法收集2020年11月至2021年2月山东大学附属儿童医院住院并临床疑诊为中枢神经系统布鲁氏菌感染的2例患者的临床资料分析儿童中枢神经系统布鲁氏菌感染的临床、实验室检查结果的特点,探索mNGS在布鲁氏菌脑炎临床诊治中的应用。结果2例患者均有羊接触史,均为急性起病伴发热,1例头晕,1例颈肩部疼痛伴有呕吐。影像学检查表现为半卵圆中心受累。脑脊液常规白细胞计数升高,以单核细胞为主,蛋白质水平增加,葡萄糖水平降低。脑脊液mNGS检测出布鲁氏菌的核酸序列数为(175~389)条,覆盖度为(0.05~0.11)%。结论脑脊液mNGS能够辅助中枢神经系统布鲁氏菌感染的临床诊断,有利于患者的及时诊疗。     

宏基因组二代测序在肺部感染患者病原微生物检测中的应用价值分析

目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)在肺部感染性疾病诊断中的应用价值.方法 选取2019年8月至2020年5月广西医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科收治的肺部感染患者60例作为研究对象,采集患者肺泡灌洗液标本并进行病原微生物mNGS与常规涂片+培养检测,评估mNGS的临床应用价值.结果 纳入研究的60例患者中,进...     

宏基因组二代测序在结核性胸膜炎中的诊断价值

<正>目前结核病疫情仍未得到有效控制，其中印度、印度尼西亚、中国是新发结核最多的3个国家^[1]，约1/3的结核杆菌感染表现为结核性胸膜炎^[2]。我国结核性胸膜炎引起的胸腔积液约占胸腔积液所有类型的45%～55%^[3]。结核性胸膜炎确诊主要依赖胸膜或胸腔积液病原学检查结果和病理表现^[4-5]，胸腔穿刺及胸腔镜下病理活检阳性率分别为54%～63%和66%^[6]，但临床实践中胸膜活检操作难度大、对医师及设备要求高，限制了胸膜活检的应用。而由于胸腔积液的少菌性，病原学检查结果常为阴性，阳性率仅为15%～46%^[7]，且耗时长。目前临床诊断主要综合临床表现和胸腔积液细胞学及生化检查结果，本文就结核性胸膜炎患者的临床资料进行前瞻性分析，探索宏基因组二代测序(m NGS)在结核性胸膜炎中的诊断价值。     

宏基因组二代测序技术在艾滋病合并肺诺卡菌病诊断中的应用（附1例报告）

宏基因组二代测序技术（mNGS）可对感染标本直接进行高通量测序,为复杂性感染提供快速精准诊断。本文分析1例艾滋病（AIDS）合并肺诺卡菌病患者临床表现及诊疗经过,探讨mNGS在诊断中的应用情况,为AIDS合并诺卡菌感染的诊治提供经验思路。患者入院时按常规临床症状、实验室检查等资料初始误诊为细菌性肺炎、肺结核,后结合mNGS诊断为肺诺卡菌感染,经经验性应用复方磺胺甲(口恶)唑联合阿米卡星抗诺卡菌治疗好转出院。该病例提示在免疫缺陷合并感染的患者中,应用mNGS进行病原体检测可指导感染性疾病诊断。     

宏基因组二代测序技术在免疫功能低下肺部感染患者诊断中的应用研究进展

恶性血液病、实体器官移植、先天性免疫缺陷、艾滋病等免疫功能低下患者肺部感染常见，其中大部分患者会发展成重症感染而导致急性呼吸衰竭、脓毒血症等，预后较差。免疫功能低下患者的病原菌谱及病原体种类与免疫功能正常患者在很大程度上有所不同，多数为机会性病原体与混合性感染为主。因此，早期精准诊断病原体对于治疗和改善临床预后具有决定性作用。宏基因组二代测序（mNGS）是一种可同时独立无偏移检测数千至上亿基因片段的检测技术，以快速及准确的优势在病原体检测诊断中广泛应用。mNGS在免疫功能低下合并肺部感染患者的诊断中具有巨大的潜力，在未来可能成为补充常规诊断方法的宝贵工具。     

宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎一例

<正>鹦鹉热衣原体作为一种革兰氏阴性、胞内寄生的病原体,通常在鹦鹉及鸽子中被发现。由于鹦鹉热的低发病率及无特异性的临床表现,其发生易被忽视。而且目前所存在的传统检测方法检出鹦鹉热衣原体病原体较为困难,然而宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)作为一种新型宏基因组二代测序方法,具有快速、准确、全面检测的优势。     

宏基因组二代测序在间质性肺病伴感染患者中的应用

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法:本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法,选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测,分为mNGS组( n＝...     

宏基因组的二代测序技术在初治失败社区获得性肺炎患者病原菌检测中的应用价值

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在初治失败社区获得性肺炎(CAP)患者病原菌检测中的应用价值。方法回顾分析2019年5月1日至2020年12月31日安徽医科大学第四附属医院呼吸与危重症医学科收治初治失败CAP患者87例,统计其病原菌分布情况,并比较mNGS与传统检测方法对初治失败CAP病原菌诊断差异。结果 87例初治失败CAP患者中,非重症CAP患者75例,重症CAP患者12例。在75例非重症CAP患者分离到的31种微生物中,细菌感染最常见,其次为结核,再次为真菌、病毒;在12例重症CAP患者分离到的14种微生物中,真菌感染最常见,其次为非典型病原体。mNGS检测出病原菌的阳性率为(85.06%),高于传统检测方法(8.04%)。差异有统计学意义(P0.05)。结论 mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,为初治失败CAP患者提供了快速准确的病原菌检测方法,有助于更早识别病原体和指导用药,提高临床诊治水平。     

应用宏基因组二代测序方法确诊的Q热心内膜炎一例

Q热心内膜炎的致病菌为贝纳特柯克斯体,其存在临床诊断困难且治疗疗程长的问题,目前血清学抗体滴度检测仍是Q热心内膜炎主要诊疗手段。本文报道1例应用宏基因组二代测序方法协助确诊病例,但在如何精确治疗时间,评价治疗效果方面仍存在困惑,期待更多证据为这类患者制定更为精确的治疗方案。