多芯片联合药物靶点基因探讨骨关节炎患者滑膜中生物标志物和治疗靶点

目的：探索骨关节炎滑膜组织中的差异基因和相关通路,寻找骨关节炎的关键基因,阐明骨关节炎的发病机制。方法：从GEO数据库中收集4个相关数据集,分别是GSE1919、GSE32317、GSE41038和GSE82107,包括37个骨关节炎滑膜组织样本和16个正常滑膜组织样本,鉴定出差异表达基因（DEGs）。对这些DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用Cytoscape软件构建DEGs的蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选Degree前10位的基因。通过Drugbank数据库筛选获准的用于治疗骨关节炎的药物,Drug Gene Interaction数据库挖掘这些药物的靶基因。利用微生信在线作图工具将药物靶基因和PPI Degree前10位的基因取交集,获得药物靶基因与PPI Degree前10位基因相同的基因靶点。最后,再利用定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）对临床样本检测评估关键基因的基因表达量。结果：总共鉴定出68个DEGs,包括29个上调的DEGs(MRC2、CDH11、HK3等)和39个下调的DEGs(ADH1B、APOD、ADIPOQ等)。其功能主要富集在皮...     

基于生物信息学胰腺腺癌关键基因的筛选及支持向量机诊断模型的构建

背景与目的：胰腺癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,其主要病理类型为胰腺腺癌（PAAD）,因早期诊断困难且缺乏有效的治疗措施,故预后极差。因此,寻找PAAD的诊治新靶标具有重要意义。本研究通过生物信息学方法筛选与PAAD诊断和预后相关的关键基因,构建分类PAAD样本和正常样本的支持向量机（SVM）模型,以期为PAAD的诊治及机制研究提供依据。 方法：从基因表达数据库（GEO）中下载3个芯片数据（GSE28735、GSE62165、GSE62452）,应用R语言的Limma包筛选出PAAD组织和正常组织间的差异表达基因（DEGs）。利用STRING数据库对DEGs进行GO和KEGG通路富集分析。再以STRING数据库构建DEGs的蛋白互作网络（PPI）,利用Cytoscape软件进行可视化编辑,并通过MCODE插件进行关键子网络分析。使用R语言的survival包筛选PPI和关键子网络中与预后相关的关键节点,将其上传至Metascape进行功能富集分析。利用R语言caret包中递归式特征消除（RFE）算法筛选关键节点中的最优特征基因,在GEPIA数据库中验证最优特征基因的表达差异,随后通过R语言的e1071包构建最优特征基因的SVM模型,并在3个芯片数据中借助R语言的pROC包对该模型进行验证。在TCGA数据库中,用R语言的survminer包筛选出最优特征基因中与PAAD预后相关的基因作为关键基因。 结果：共筛选出257个DEGs,包括168个上调基因和89个下调基因。GO分析结果表明DEGs主要参与细胞外基质的组成、细胞黏附、丝氨酸肽酶活性等生物学过程。KEGG分析显示,DEGs主要富集于蛋白质的消化和吸收、胰腺的分泌、黏着斑、PI3K-Akt信号通路。生存分析筛选出14个关键节点同时在GSE28735和GSE62452中与预后相关（均P<0.05）,这些基因在肿瘤侵犯和肿瘤发生中发挥一定作用。RFE筛选出8个最优特征基因：LAMA3、FN1、ITGA3、MET、PLAU、CENPF、MMP14、OAS2;GEPIA数据库验证发现这8个最优特征基因在PAAD组织中明显上调（均P<0.01）;这些基因构建的SVM模型在3个芯片数据中ROC曲线的AUC依次为0.898、1.000、0.905。TCGA数据库验证发现LAMA3、ITGA3、MET、PLAU、CENPF及OAS2的上调与PAAD预后不良有关（均P<0.05）。 结论：关键基因LAMA3、ITGA3、MET、PLAU、CENPF及OAS2可能成为PAAD诊治的新靶点;基于8个最优特征基因构建的SVM模型可有效诊断PAAD。     

骨关节炎软骨细胞衰老潜在生物标志物的筛选

[目的]采用生物信息分析学方法,筛选骨关节炎（osteoarthritis, OA）软骨细胞衰老潜在生物标志物,为揭示OA的发生机制及探索新的治疗方法提供理论依据。[方法]从基因表达综合数据库（gene expression omnibus, GEO）获取OA软骨组织数据集,使用RStudio软件筛选出差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,并进行富集分析,再将DEGs与SenMayo衰老基因集取交集获得Hub基因,并进行验证,最后用miRNet在线平台及Cytoscape软件构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)网络。[结果]数据集GSE169077和GSE114007经差异分析并取交集后共得到DEGs 272个;对DEGs行基因本体论（Gene Ontology, GO）分析,发现其主要富集在细胞外基质组织、细胞外结构组织等条目中;行京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）分析,发现其主要富集在PI3K-A...     

基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变（IDD）相关的差异表达基因（DEG）,寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编（GEO）数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征（ROC）曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。     

基于生物信息学探讨骨质疏松与肥胖的关系

目的通过生物信息学技术方法探讨骨质疏松症与肥胖的相互关系。方法分别以骨质疏松及肥胖为关键词在相关疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG)中筛选相关基因,去重整合后将两组预测靶点进行映射得到关键靶点,通过STRING网站获得靶点PPI互相作用网络,根据degree值筛选出核心靶点并通过DAVID数据库进行GO富集分析以及KEGG通路分析。结果通过相关疾病数据库搜索筛选与骨质疏松症和肥胖相关靶点分别为336个和398个,映射出关键靶点56个,以degree≥13筛选出核心靶点15个并导入DAVID数据库获得31项GO富集结果(P0.05)及55条KEGG信号通路(P0.05)。结论 AKT1、IL6、LEP、TNF等核心靶点作用于TNF通路、HIF-1通路、脂肪细胞因子通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗信号通路、AMPK信号通路、Fox O信号通路等同时对骨质疏松及肥胖起到调控作用,两种复杂代谢性疾病虽然各自包含众多作用靶点,但仍在分子机制上有着密切联系。应用生物信息学具有较高的置信度和参考价值,为探索疾病间关系提供了新方向与新思路。     

乳腺癌新辅助化疗前后肿瘤相关巨噬细胞相关基因变化的生物信息学分析

背景与目的 乳腺癌是全球女性发病率最高的恶性肿瘤,化疗是乳腺癌最重要的治疗方式之一,最近的研究表明,化疗可能通过增强肿瘤微环境中的抗肿瘤免疫力来发挥抗肿瘤效应。因此,本研究通过生物信息学分析明确乳腺癌患者新辅助化疗（NAC）前后肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及相关基因的变化,评估NAC对乳腺癌患者免疫影响。方法 GEO数据库输入“Breast Cancer”,“TAMs”,“Chemotherapy”进行检索,选择人乳腺癌组织的GSE134600数据集进行分析。通过R包（limma函数）筛选乳腺癌患者NAC前后组织样本中差异表达基因（DEGs）。对所有DEGs进行GO功能富集和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件对DEGs进行蛋白互作网络可视化,并筛选关键核心基因,通过cBioPortal对10个关键基因进行突变分析。使用R包（CIBERSORT）对GSE134600数据中的免疫细胞分布及相关性进行评估。结果 鉴定出751个乳腺癌NAC前后DEGs（409个上调基因和342个下调基因）。通过GO富集分析DEGs的生物过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）。在BP中主要富集在I型干扰素（IFN-I）信号通路/病毒应答与防御和病毒生命周期方面;在CC中主要富集在细胞膜的外在成分和细胞膜的细胞质侧方面;在MF中主要富集在细胞因子受体结合、双链RNA结合和脂肽结合方面。KEGG通路富集分析中,DEGs主要富集在甲型H1N1流感、麻疹、丙型肝炎、冠状病毒病COVID-19、NF-κB信号通路、EBV病毒感染、NOD样受体信号通路和阿米巴病信号通路。通过CytoHubba插件筛选出乳腺癌NAC前后TAMs相互作用程度最高的前10个关键基因：IFIT1、ISG15、MX1、MX2、IRF7、RSAD2、IFIT3、IFI35、IFI6、IFITM1。多组学分析发现IFIT1、MX1和MX2主要发生缺失突变,IFIT1主要发生基因深度删除,而MX1和MX2主要发生基因扩增。NAC后乳腺癌组织中M0巨噬细胞、CD8⁺T细胞及M2巨噬细胞含量减少,M0巨噬细胞与记忆性B细胞成正相关（r=0.64）,与未活化的CD4⁺记忆性T细胞呈负相关（r=-0.66）。结论 所发现的乳腺癌患者NAC前后TAMs相关的DEGs与干扰素信号通路密切相关,提示干扰素信号通路在NAC可能通过改变TAMs而发挥重要作用。同时NAC前后M0巨噬细胞发生明显改变,提示化疗可能通过改变M0巨噬细胞分布及免疫功能调节对肿瘤的免疫应答。     

颈椎后纵韧带骨化症的手术选择

颈椎后纵韧带骨化症（ossification of posterior longitudinal ligament,OPLL）是一种多基因遗传性全身疾病的特定表现,因此经常伴发颈椎前纵韧带骨化症、黄韧带骨化症,甚至其他大关节周围的韧带骨化。OPLL一般进展缓慢,目前没有办法抑制它的持续发展。OPLL的另一个特点是由于病情多数缓慢进展,往往出现明显症状的时候脊髓神经已经受压很长时间,变扁甚至萎缩。     

应力对颈椎后纵韧带骨化患者颈椎后纵韧带成纤维细胞蛋白表达的影响

目的:寻找应力刺激前后颈椎后纵韧带骨化(OPLL)患者颈椎后纵韧带成纤维细胞表达差异的蛋白,探讨OPLL的发生机制。方法:从3例行颈前路减压融合内固定术的OPLL患者术中切取后纵韧带组织,清除硬化骨组织后采用组织块培养法培养成纤维细胞,采用机械应力装置对接种于Flexercell板的细胞施加10%、0.5Hz的机械应力,持续加载24h,以同样接种于Flexercell板未施加机械应力的细胞为对照组。提取细胞的总蛋白,采用双向差异凝胶电泳(DIGE)及MALDI-TOF/TOF质谱技术筛选并鉴定表达差异的蛋白,查阅相关文献资料,分析了解其功能特点及其在OPLL发展进程中的可能作用。结果:经过筛选和质谱分析共获得15个具有统计学意义的表达差异蛋白点,其中14个在应力刺激后的后纵韧带细胞中表达下调,1个表达上调。主要是代谢酶类、翻译相关蛋白、细胞骨架蛋白等相关的蛋白,查阅相关文献资料后提示4个表达差异的蛋白与骨化密切相关。结论:机械牵张应力可诱导颈椎后纵韧带成纤维细胞多个与骨化相关的蛋白发生差异性表达,其可能与OPLL发生有关。     

肾移植术后BK病毒相关性肾病核心基因及免疫微环境的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法分析肾移植术后BK病毒相关性肾病(BKVAN)的核心基因及其与浸润的免疫细胞相关性。 方法从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库下载BKVAN相关数据集GSE75693和GSE72925,BK病毒(BKV)血症相关数据集GSE47199。合并GSE75693和GSE72925后筛选差异表达基因(DEGs),然后进行基因本体生物过程(GOBP)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络进一步筛选核心基因。使用CIBERSORT进行免疫浸润分析,然后计算差异的免疫细胞和核心基因的相关性。最后,在GSE47199数据集筛选BKV血症和BKVAN共同的核心基因,使用基因集富集分析(GSEA)鉴定共同的核心基因分别在BKVAN和BKV血症中的生物过程。所有统计分析及可视化均基于R语言(4.0.2)。P<0.05为差异有统计学意义。 结果在合并数据中共筛选出175个上调及70个下调DEGs。在PPI网络中,通过5种方法交集得到9个核心基因,核心基因主要富集在免疫细胞活化与功能相关的进程;在KEGG分析中,核心基因主要富集在病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体间相互作用、细胞因子-细胞因子受体间相互作用以及趋化因子信号通路等。免疫浸润分析表明PTPRC、CCL5、TYROBP、CXCL10、CD2和CXCL9与BKVAN中浸润的免疫细胞相关。CD2是BKVAN和BKV血症的共同核心基因。 结论通过生物信息学方法筛选出BKVAN的核心基因,其中PTPRC、CCL5、TYROBP、CXCL10、CD2和CXCL9与BKVAN中浸润的免疫细胞相关,CD2是BKVAN和BKV血症的共同核心基因,这些标志物为肾移植术后BKVAN的诊治提供依据。     

原发性骨质疏松症相关核心基因的生物信息学分析

目的 分析与原发性骨质疏松症(osteoporosis, OP)发病相关的差异表达基因,筛选OP治疗潜在药物靶点。方法 从公共基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)下载OP相关芯片数据,利用R软件对数据进行标准化处理后,筛选差异基因,对差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析、蛋白相互作用网络(protein-protein interaction, PPI)分析和核心基因的筛选。结果 共筛选出差异基因569个,其中下调基因562个,上调基因7个。同时差异基因GO分析,主要富集为前体mRNA内含子结合、核体、组蛋白修饰、mRNA 3’端加工和调控结合等,而KEGG分析主要涉及的是泛素介导蛋白水解信号通路(hsa04120)。PPI网络分析共有517个节点和363条连线。Cytoscape软件根据PPI分析数据筛选出了TCEB1、CUL2、KBTBD6、KBTBD7、ASB8、KLHL42、ASB5、FBXO11、ANAPC10、CDC23这10个核心基因,这些核心基因在OP患者股骨头组织的间充质干细胞中全部表达下调。结论 筛选出的差异基因和相关信号...     

肝癌相关基因表达谱分析及TOP2A表达的临床意义

[摘 要] 目的 探讨肝细胞性肝癌（HCC）相关基因的差异表达、富集通路和蛋白互作网络,分析差异表达基因与HCC预后的关系。方法分析TCGA数据库中HCC相关RNAseq数据,筛选差异表达基因,明确基因富集的GO和KEGG通路,构建蛋白互作网络,找到核心蛋白,通过生存分析,明确核心基因与HCC预后的关系。结果 通过纳入标准筛选268个差异表达基因,显著富集在GO：mitotic nuclear division （P＜0.001）,cell division（P＜0.001）和negative regulation of growth（P＜0.001）及KEGG通路（hsa04110:Cell cycle） （P＜0.001）,均与细胞分裂与增殖密切相关。通过构建蛋白互作网络,筛选核心基因TOP2A,并在临床样本中得到验证（P＜0.001）。生存分析显示,TOP2A的表达量与总体生存时间显著负相关（P=0.002）。结论TCGA高通量数据分析是筛选肿瘤预后靶点的有效途径,TOP2A的高表达是肝细胞性肝癌预后的不良因素。     

胃癌枢纽基因的筛选和预后分析

目的:运用生物信息学方法探讨胃癌的预测指标和治疗靶点,并分析其与预后的关系。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载3个微阵列数据集(GSE13911、GSE33651、GSE79973),运用GEO2R筛选出胃癌样本与正常组织样本间的差异表达基因,通过基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异基因进行功能和通路注释,同时使用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI),筛选出枢纽基因,结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的枢纽基因进行预后分析。结果:共筛选出135个差异表达基因,其中68个上调,67个下调。GO分析结果表明差异表达基因主要参与信号转导、钙离子结合、细胞外外泌体等生物学过程。KEGG分析显示差异基因主要富集的通路包括PI3K/Akt信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑。经PPI分析筛选得出COL1A1、COL1A2、COL4A1、FN1、THBS1、CD44、COL2A1、COL4A2、CXCL8、COL5A1为枢纽基因,生存分析显示除THBS1的上调,其余基因的差异表达均影响胃癌患者的总体生存率。结论:所筛选的枢纽基因的异常表达可能参与胃癌的发生发展过程,与胃癌患者的预后密切相关,可以作为潜在的预测指标和治疗靶点为胃癌的进一步研究提供依据。     

颈椎后纵韧带骨化症病因的研究进展

颈椎后纵韧带骨化症（ossification of the posterior longitudinal ligament，OPLL）是指颈椎后纵韧带病理性异位骨化，导致脊髓和神经根慢性压迫的一种疾病。该病在日本发病率较高，故也被称作日本人病。OPLL是一种由基因及环境等多因素相互作用导致的复杂疾病，目前发病机制不明。     

结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

目的筛选与结直肠癌（CRC）中奥沙利铂（OXA）耐药性相关的基因和通路。 方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行基因本体论（Go）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。 结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。 结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。     

遗传因素在后纵韧带骨化症发生机制中的作用

后纵韧带骨化症（ossification of the posterior longitudinal ligament,OPLL）是指脊柱后纵韧带发生异位骨化,骨化物压迫脊髓和神经根后出现神经功能损害症状的疾病.该病常见于颈椎,在亚洲中老年人群中高发,男性多见,可与其他脊柱退行性病变并存[1].目前认为OPLL是由多种因素共同引起,如遗传、代谢异常及机械应力刺激等.本文就OPLL遗传基因研究做一归纳,并阐述了在机械应力环境下易感基因对OPLL发病的影响;此外,本文又简述了微RNA（microRNA, miRNA）在调节OPLL易感基因成骨表达方面的研究进展,以便探讨遗传因素（OPLL易感基因及miRNA）在OPLL发生机制中的作用.     

miR-26b-5p通过下调MKNK2/eIF4E信号通路抑制胰腺癌细胞的增殖及侵袭

目的：筛选胰腺癌（PC）侵袭相关微小RNA(miRNA,miR),验证其生物学功能和调控的信号通路,为胰腺癌的诊治提供新的分子标志物和靶点。方法：通过基因表达综合数据库（GEO）的miRNA表达谱数据集GSE71533和GSE85589,分析miR-26b-5p的差异表达;利用癌症基因组图谱数据库（TCGA）,分析miR-26b-5p对PC患者总生存率的影响。采用TargetScan数据库识别miR-26b-5p的靶基因集。通过细胞功能实验,验证miR-26b-5p对PANC-1细胞增殖、迁移和侵袭的影响。利用基因本体（GO）和KEGG通路富集分析,揭示miR-26b-5p靶基因的功能,并通过蛋白印迹（Western blotting）实验验证miR-26b-5p靶向的信号通路。结果：在GSE71533和GSE85589数据集,相对于正常组织和对照组血浆,miR-26b-5p在PC组织和PC患者血浆明显低表达（9.65±0.10 vs 10.18±0.07,P <0.001;0.67±0.18 vs 0.79±0.24,P=0.017）。TCGA-胰腺癌生存分析结果显示,miR-...     

机械牵张应力对骨化颈椎后纵韧带成纤维细胞的影响

目的探讨机械牵张应力对体外培养的颈椎后纵韧带骨化症（OPLL）患者颈椎韧带成纤维细胞的影响。方法对2012年1月至2013年12月 OPLL 与颈椎外伤但无后纵韧带骨化（非OPLL）患者（各15例）行前路颈椎手术治疗,术中取韧带标本。采用组织块培养法进行细胞体外培养,免疫细胞化学及免疫荧光技术检测胞质波形蛋白。采用 Flexercell 4000细胞加载培养系统分别对两组患者第3代细胞进行机械牵张应力加载,逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）方法检测两组成纤维细胞应力刺激前及刺激后12、24 h 成骨特异性指标骨钙素、碱性磷酸酶与Ⅰ型胶原 mRNA 表达。结果免疫细胞化学及免疫荧光检测显示胞质波形蛋白呈阳性表达。OPLL组后纵韧带成纤维细胞经机械牵张应力刺激12 h后,骨钙素、碱性磷酸酶及Ⅰ型胶原 mRNA 表达明显升高,应力刺激前后差异具有统计学意义;而非OPLL组应力刺激前后骨钙素、碱性磷酸酶及Ⅰ型胶原 mRNA 表达无明显变化。结论机械牵张应力可促使OPLL患者后纵韧带成纤维细胞骨钙素、碱性磷酸酶及Ⅰ型胶原mRNA表达增加,促进其骨化,其在OPLL进展中发挥重要作用。     

PARP1表达在预测结直肠癌总体生存中的作用

目的 探讨PARP1的表达水平与结直肠癌预后的关系。方法 从基因表达综合数据库（GEO）和癌症基因图谱（TCGA）数据库下载PARP1基因的RNA-Seq数据,使用R软件绘制散点图并分析PARP1在结直肠癌和癌旁组织中的表达水平,将PARP1分为高、低表达组并进行生存分析、亚组生存分析和GSEA基因富集分析,筛选与PARP1相关的基因并进行GO、KEGG富集分析,鉴定与PARP1共表达的基因。结果 在GSE184093、GSE100179、GSE44076、GSE110225和TCGA数据集中,PARP1在肿瘤样本中的mRNA表达显著高于其在非肿瘤样本中的表达（P<0.05）;以6.93作为阈值,分为PARP1高、低表达组,PARP1高表达组患者的总体生存期（OS）、无病生存期（DFS）、疾病特异性生存期（DSS）和无进展生存期（PFS）较PARP1低表达组显著缩短（P<0.05）。在结直肠癌和癌旁组织中共筛出差异表达基因2629个,其中有765个基因与PARP1显著相关,GO分析显示PARP1相关基因与DNA聚合酶结合、组蛋白激酶活性、血小板衍生生长因子结合、卡哈尔体蛋白定位、端粒蛋白定位等有关;KEGG分析显示PARP1相关基因与DNA复制、细胞周期、错配修复等通路有关。结论 PARP1在结肠癌中表达上调,并与结直肠癌患者不良预后有关。     

下肢静脉性溃疡差异表达基因挖掘及目标基因筛选

目的 通过生物信息学方法挖掘下肢静脉性溃疡(VLU)的差异表达基因(DEGs),并进一步探究该疾病的分子机制、预测早期诊断标志物以及治疗靶点.方法 从基因表达综合(GEO)数据库中下载VLU表达谱芯片,使用R语言软件分析VLU与正常皮肤愈合炎性期的DEGs,对其进行基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析并获得通路...