大鼠MIP3基因的电子克隆和特性分析

210 .seq是一个在大鼠心肌缺血预适应中表达上调的表达序列标签 (expressedsequencetag ,EST) ,用GENSCAN预测、Blast(Basiclocalalignmentsearchtool)比对、序列拼接、多序列比对等生物信息学方法克隆了该EST代表的大鼠MIP3基因的cDNA序列。大鼠MIP3基因的开放阅读框为 1332bp ,起始密码子前同一相位存在一个终止密码子 ,起始密码子邻近的序列符合Kozak规则 ;推测编码 4 4 3个氨基酸 ,与小鼠和人的MIP3基因or tholog的同源性很高 ,但是与数据库中其它蛋白质的同源性不高。TMpred分析显示该多肽有一个跨膜区域 ,氨基端位于膜内。Motifscan分析仅发现一个脯氨酸富集区域。以上结果显示MIP3基因是一个功能未知的新基因     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的 对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosoma japonicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法 将插入于pTriplEx2质粒上的cDNA进行测序，测序结果经BLAS Tn程序搜索，发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit，elF2α)基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2质粒上的5′端测序引物相匹配的PCR下游引物，从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上，并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索；用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果 发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因，核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87％和79％，编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论 用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因，编码eIF2α亚基，全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

大鼠神经元Arnt2基因cDNA序列的分析

目的 克隆并分析神经元凋亡差异表达5号EST全长cDNA。方法 以大鼠大脑Marathon Ready cDNA为模板，采用SMART RACE技术克隆神经元凋亡差异表达5号EST全长cDNA，产物亚克隆刘pGEM-T easy质粒载体后进行序列测定以及同源性分析。结果 经过3次5’RACE扩增，得到的5号EST cDNA长度为5663bp，其中包含1个2136bp的完整的开放读码框序列，与已知大鼠基因芳香烃受体核转位因子2（Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator2，Arnt2）完全同源：该cDNA 3’瑞非编码区长达3323bp，包含3个AATAAA加尾信号和1个由12个腺嘌呤核苷酸组成的polyA序列。结论 5号EST目标基因为大鼠基因Arnt2，该基因3’端完整的非编码区cDNA序列为首次报道。神经元凋亡差异表达基因Arnt2的克隆鉴定为深入研究小脑颗粒神经元低钾性凋亡机制奠定了基础。     

Molecular cloning and characterization of NAG-7: a novel gene downregulated i n human nasopharyngeal carcinoma

目的　分离位于染色体 3p2 4 2 6区域中鼻咽癌新的抑瘤基因。方法　在染色体 3p2 4 2 6鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterogosity ,LOH)高频区 ,用RT PCR及Northern杂交检测了2 0个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE 1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达水平 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE 1中表达下调的EST在 19例鼻咽癌活检组织中的表达进行了检测。用cDNA文库筛选方法获得其全长cDNA序列 ,对该序列进行了初步分析。结果　获得一个位于染色体 3p2 5 3的新基因 ,命名为NAG 7基因。该基因在 2 6 3% (5 19)的鼻咽癌活检组织中表达下调。它全长 16 6 7bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 94个氨基酸的碱性蛋白质 ,分子量为 110 2 3 87道尔顿 ,预测为一跨膜蛋白质。它含有一蛋白激酶C磷酸化位点和肉豆蔻基位点。迄今为止 ,NAG 7基因序列在基因库中未见任何同源性基因。结论　NAG 7基因是一个在鼻咽癌中表达下调的新基因 ,它的改变可能参与了鼻咽癌的发生发展     

日本血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基全长cDNA的克隆与功能分析

目的对用表达序列标签(EST)策略从日本血吸虫(Schistosomajaponicum)尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行全长cDNA克隆及功能预测。方法将插入于pTriplEx2 质粒上的cDNA进行测序,测序结果经BLASTn程序搜索,发现该插入cDNA序列与曼氏血吸虫真核生物翻译起始因子2α亚基(eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit, eIF2α) 基因高度同源。根据该EST序列设计与pTriplEx2 质粒上的5'端测序引物相匹配的PCR下游引物,从该cDNA文库中扩出包含eIF2α全长ORF的cDNA片段。将PCR产物纯化后克隆到pGEM-T载体上,并对此克隆进行测序得到其全长cDNA序列。用NCBI 站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索;用blast two sequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较。同时用网上分析软件进行基序和保守区域的搜索。结果发现一个与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源的日本血吸虫新基因,核苷酸与氨基酸水平的同一性分别为87%和79%,编码由327个氨基酸组成的蛋白序列。结论用EST策略筛选到一个日本血吸虫新基因,编码eIF2α亚基,全长编码序列与曼氏血吸虫eIF2α亚基mRNA高度同源。     

日本血吸虫尾蚴（中国大陆株）表达序列标签的获取及同源性分析

目的：了解日本血吸虫尾蚴cDNA文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据。方法：日本血吸虫尾蚴cDNA文库中的噬菌体侵入大肠杆菌BM25．8后环化成质粒。筛选出转入质粒的菌株。提取质粒DNA,用质粒上的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签（EST0。通过BLASTx及BLASTn公共数据库经编辑分析的EST序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新EST序列,以编写好的程序和E-mail方式递交,以获得GenBank登录号,通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析。结果与结论：在测出的58个EST中有3个核苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有2个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有7个EST的蛋白质序列与其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有27个EST的蛋白质核苷酸序列同源性都很低。     

大鼠小脑颗粒神经元凋亡相关的差异表达基因ARNT2的克隆

[目的]研究凋亡与非凋亡大鼠小脑颗粒神经元(cerebellar granule neuron,CGN)细胞中基因表达的差异,克隆出与大鼠CGN凋亡相关的基因.[方法]用荧光差异显示聚合酶链反应(florescent differential display polymerase chain reaction,FDD PCR)从低钾诱导的大鼠CGN凋亡模型中筛选出差异表达序列标签(expressed sequence tag,EST),反向Northern blot杂交进一步验证后,用cDNA 5′末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA 5′Ends,5′RACE)克隆差异表达EST的目标基因,用RT-PCR及Western blot进一步验证目标基因mRNA 及蛋白质水平的表达差异.[结果]用FDD PCR筛选出5号差异表达EST,经反向Northern blot验证后,用5′RACE法成功地克隆到5号EST完整开放阅码框,序列同源性分析证实为大鼠基因ARNT2,RT-PCR及Western blot证实低钾诱导后ARNT2mRNA与蛋白质水平的表达均显著地上调,统计学分析显示差异有显著性(P<0.001).[结论]ARNT2在低钾诱导的大鼠凋亡CGN中表达上调,提示ARNT2与CGN凋亡相关并在该过程中发挥重要作用.     

新基因MIP2的克隆和特性分析

目的 克隆1个大鼠心肌缺血-再灌诱导表达上调的新基因MIP2,并分析其相关特性.方法 采用生物信息学方法.克隆了1个大鼠心肌缺血-再灌诱导表达上调的新基因MIP2,分析了新基因的若干特性:采用PCB从cDNA文库中克隆MIP2的开放阅读框.结果 MIP2定位于大鼠染色体1q42.12,含14个外显子和13个内含子,开放阅读框(ORF)为1 497 bp,编码498个氨基酸.在其编码蛋白的N-端含1个CTLH结构域.C-端有5个WD重复序列;MIP2的开放阅读框经测序证实与预测的完全一样;多组织膜RNA印迹证实了MIP2转录本的存在,且显示该基因在心与骨骼肌表达最高.其次是脾和睾丸,在其他组织表达较低或无表达.结论 成功克隆了1个大鼠心肌缺血一再灌诱导表迭上调的新基因MIP2.     

高凝状态大鼠肝脏差异表达基因反向消减cDNA文库的初筛

且的对本室构建的高凝状态(PTS)大鼠肝脏差异表达基因反向消减cDNA文库进行初步筛选。方法用巢式PCR扩增法制备“正向”和“反向”消减cDNA探针;采用差异筛选方法,用这两种探针对PTS大鼠肝脏差异表达基因反向消减cDNA文库进行筛选;将获得的阳性克隆cDNA进行序列分析;并与GenBank DNA数据库(non—redundant,and non—mouse and non—human EST entries)中的DNA序列进行同源性分析。结果差异筛选获得5个阳性克隆,序列测定及同源性分析表明,其中2个克隆很可能是GenBank DNA数据库中尚没有的新基因或DNA序列,另外3个克隆很可能代表GenBank DNA数据库中已有的基因或DNA序列。结论大鼠肝脏5个PTS相关基因序列、尤其是其中2个GenBank中尚没有的新基因或新DNA序列的发现,为深入探讨PTS发生的分子机制及肝脏在PTS发生中的作用打下了坚实的基础。     

抗日本血吸虫病天然分子疫苗免疫猪血清筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库结果分析

目的通过天然分子疫苗免疫猪血清作为探针筛选日本血吸虫尾蚴cDNA文库,应用表达序列标签获得日本血吸虫新基因.方法制备天然分子免疫猪血清,将筛选的尾蚴cDNA文库中大肠杆菌XL1-Blue侵入大肠杆菌BM25.8后环化成质粒,筛选出已转入质粒的菌株.提取质粒DNA,进行测序,得到一个表达序列标签(EST).通过NCBI网站的BLASTx及BLASTn公共数据库,编辑分析EST序列并进行同源性比较.结果从26个克隆样品中筛选出8个阳性克隆,其中有一个新基因(GenBank登录号DQ097517),该基因全长861 bp,有完整的阅读框架,与蜜蜂(Apis mellifera)SMC3蛋白编码的mRNA基因序列同源性最高.结论疫苗免疫猪血清可作为筛选日本血吸虫新基因的有效探针,新发现1个日本血吸虫相关基因.     

日本血吸虫表达序列标签的获取和分析

目的 运用表达序列标签(expressed sequence tag，EST)技术，从日本血吸虫成虫cDNA文库中分离、鉴定和分析表达基因序列，为日本血吸虫病的防治提供候选疫苗和药物靶点。方法 构建日本血吸虫成虫cDNA文库，随机挑取重组阳性克隆进行测序，将获取的EST登录GenBank，并进行生物信息学分析。结果 随机挑取382个阳性克隆进行测序，获得149个EST(登录号分别为：CA747382～CA747391，BU917055～BU917058，CA305307～CA305309，BU581980，BU582400～BU582403，BU666906和(A946548～CA946666)，同源性比较发现，部分序列与血吸虫的生活史的不同阶段和不同性别序列有一定的同源性。结论 EST技术有助于快速、经济地获取和研究日本血吸虫表达基因。     

日本血吸虫thioredoxin基因的克隆和表达

目的 结合分子生物学和生物信息学方法筛选鉴定日本血吸虫新基因。方法 从日本血吸虫(Schistosoma japonicum，大陆株)成虫cDNA库中获取表达序列标签(expressed sequence tag，EST)，用电子拼接的方法延伸序列，用NCBI提供的BLAETx程序和Genbank数据库进行同源性分析以筛选基因；设计特异性引物从日本血吸虫成虫mRNA中扩增筛选基因并预测和分析；扩增产物克隆到原核表达载体并表达。结果 筛选出日本血吸虫Thioredoxin全长基因并对其进行了序列分析，克隆全长cDNA至PET原核载体并表达成功。结论 结合EST、电子延伸和传统的分子生物学方法是高效筛选S.jiaponicum功能基因的有效策略。     

小鼠衰老相关新基因Arzc的克隆

目的鉴别和克隆与小鼠衰老相关的新基因.方法采用改进的差异显示反转录聚合酶链反应(DDRT-PCR)技术分析正常老化和年轻BALB/C小鼠大脑皮层mRNA的差异表达,差异显示的新表达序列标签(EST)经Northern杂交验证后,作为出发序列,利用生物信息学方法设计引物,以小鼠大脑皮层总RNA的反转录产物为模板通过PCR克隆全长cDNA.结果差异显示分析共获得表达差异明显的EST 42条,序列同源性分析显示其中29条为已知基因cDNA片段,13条可能为新EST.对新EST进行Northern杂交验证后,对确证在正常老化鼠皮层表达明显下调的1个EST,通过生物信息学方法克隆全长cDNA,得到1个新的1 382 bp的cDNA序列,命名为Arzc,获得GenBank注册号AY344585.该序列含有1个261 bp的开放阅读框,推测的编码多肽包含86个氨基酸残基,与噬菌体编码的重组酶/整合酶的一段氨基酸序列有较高同源性.结论鉴别并克隆到一个可能与小鼠衰老相关的新基因Arzc.     

凋亡素基因序列重组及其真核表达载体的构建

目的:提高凋亡素基因在肿瘤细胞中的表达效率,增强其诱导肿瘤细胞凋亡的生物学活性.方法:通过两次PCR,以pcDNA-VP3质粒为模板,扩增出带Kozak序列(真核核糖体结合位点)的凋亡素基因VP3.将其克隆到真核表达载体pRevTRE的多克隆位点,构建成凋亡素的真核表达载体pRevTRE-VP3,将该质粒分别以限制性内切酶BamHI和XhohI进行酶切鉴定,将初步鉴定显示可能克隆有目的基因的质粒进行测序鉴定.结果:测序结果表明,本研究合成的凋亡素基因与Noteborn报告的凋亡素基因序列一致,同源性为l 00%.在其起始密码子前添加了Ko zak序列的凋亡素基因已成功克隆到真核表达载体pRevTRE.结论:采用两次PCR法可提高表达效率的真核核糖体结合位点添加到凋亡素基因序列起始密码子前端,并构建成凋亡素真核表达载体.     

高凝状态大鼠主动脉表达上调新基因HCR2的克隆及生物信息学分析

目的 获得高凝状态大鼠主动脉上调表达新基因HCR2的全长cDNA,并对该基因进行生物信息学分析。方法 从高凝大鼠主动脉中表达显著上调的序列标签（EST,GenBank登录号为BQ901227）出发,利用cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA end,RACE）和巢式PCR技术扩增其全长cDNA,利用NCBI的数据库对其进行生物信息学分析。结果 成功地获得了HCR2的全长cDNA,在GenBank中的登录号为AY234417。用RT-PCR证实HCR2是高凝大鼠表达上调基因。生物信息学分析显示,该基因cDNA序列全长为1275bp,定位于大鼠染色体4q11,编码由78个氨基酸组成、相对分子质量为8841．7、pI为8．59的蛋白质;无信号肽序列和跨膜序列,很可能是一种核蛋白;与已知蛋白无明显同源性。结论 HCR2的成功克隆为进一步研究其生物学功能及其在高血凝的发生、发展中的作用奠定了坚实基础。     

一种新型单羧酸转运体基因的分离与克隆

目的 分离、克隆编码肾脏甲酸盐（formate)和（或）草酸盐（oxalate)转运体的cDNA,以研究Cl^-在近端肾小管转运的机制。方法 根据细菌Oxlt(formate-oxalate交换体）的基因序列在哺乳动物表达序列标签（express sequence tag,EST)数据库中查找与其相似的cDNA。按筛选到的cDNA设计探针,应用小鼠多组织杂交膜分析该基因的组织表达谱。结果 在小鼠肾cDNA文库中有一个与Oxlt极其相似的EST,序列分析显示了其有一编码429个氨基酸蛋白质的开放阅读框。从编码的顺序中可发现该序列与单羧酸转运家族（monocarboxylate transporter,MCT)极为相近,与小鼠MCT1的氨基酸一致性为30％,与小鼠MCT2为33％,与大鼠MCT329％。其中第14－158个氨基酸中有25％与OxlT相同。Northern印迹发现,新的基因在小鼠肾脏中表达最多,肝脏和心脏中极少表达。结论 该基因是一新型的MCT家族成员,主要在肾脏中表达,其功能可能是介导肾小管的formate转运。     

人脐静脉内皮细胞脂多糖刺激后上调基因表达谱的分析

目的 对人脐静脉内皮细胞(HUVEC)受脂多糖(LPS)刺激后上调基因表达谱进行筛选及分析。方法 以受LPS刺激HUVEC为实验方，末刺激别HUVEC为驱使方，进行抑制消减杂交(SSH)建立消减cDNA文库，经菌落原位斑点杂交筛选文库后将阳性克隆测序和同源性分析，并用RT-PCR验证新的cDNA序列。结果 共获得25条上调表达的基因，分别与炎症反应、细胞骨架重构、细胞生长和凋亡、胞内信号转导相关，并克隆到3条新基因表达序列标签(EST)，RT-PCR验证了这些新EST序列只在LPS刺激的内皮细胞中表达。结论 抑制消减杂交有效地克隆了人脐静脉内皮细胞LPS刺激后上调表达基因，有助于阐明LPS直接激活血管内皮细胞的分子机制。     

一个参与血糖调节的新基因

目的克隆血糖调节基因。方法按本室以往建立的方法制备大鼠血糖自动调节模型,以灌输生理盐水为对照;取其骨骼肌,采用差异显示技术(DDRT-PCR),获得差异表达基因片段,经狭缝杂交和Northern杂交分析,排除假阳性片段,确定真正的差异表达序列标签(EST),并以其为探针筛选大鼠骨骼肌cDNA文库。结果获得一个新的全长cDNA,命名为Fang-2,GenBank收录号为AF399874。经采用Blast软件(NCBI)分析显示,Fang-2是人类troponinT在大鼠中的同源物,其同源性为78%,表明该家族蛋白具有保守性。在高浓度的葡萄糖刺激大鼠后,和对照大鼠相比,Fang-2的表达下降。结论从大鼠骨骼肌中克隆到一个参与血糖调节的新基因,该基因可能通过其表达下调控制或部分控制某些目前未知的机制而达到调节血糖水平的作用。     

SSH法获取大鼠小脑特异表达cDNA片段

目的获取大鼠小脑特异表达的cDNA序列,比较SSH方法的特点。方法以大鼠大脑和脑干mRNA逆转录cDNA作为driver(驱动)cDNA,大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为Tester(测试)cDNA,经抑制性消减杂交法,去除与大脑及脑干相同的cDNA,从而获得大鼠小脑特异表达基因.然后克隆制备成大鼠小脑特异表达cDNA文库.结果经消减杂交、克隆,挑选出32个阳性质粒.最后用反Northern杂交去除假阳性,筛选出8个有意义的差异表达cDNA基因片段.同时,将测序结果进行同源性比较,发现其中6个cDNA是新EST序列.结论用SSH方法筛选差异表达序列非常有效,特异表达序列分析有助于从分子水平探讨小脑功能.     

荧光差异显示PCR克隆大鼠脑缺血相关基因KIAA0280

[目的]研究大鼠急性局灶性脑缺血时缺血组织与非缺血组织中基因表达的差异，克隆出与脑缺血相关的基因。[方法]应用荧光差异显示PCR(FDD PCR)从同一例大鼠大脑皮层缺血组织和非缺血组织中筛选出有表达差异的基因片段，经反向Northern blot杂交，将杂交阳性的片段且经RT—PCR反复验证，选取差异明显的片段进行克隆测序：经生物信息学分析处理，选取同源性低的EST片段R6，利用cDNA5′端快速扩增PCR(5′RACE法)进行基因全长的克隆。[结果]利用5′RACE法成功地克隆EST片段R6至编码区，扩增并获取全长4821bp及完整的可读框(ORF)，RT—PCR及Northern blot印迹结果证实了克隆的结果，同源性分析发现该基因ORF与人大脑中已知的KIAA0280基因高度同源，同源性96％，编码166个氯基酸，为结构及功能未明确蛋白质，该基因定位于大鼠第11号染色体长臂(11q．13)。[结论]应用荧光差异显示PCR成功地自大鼠体内克隆到与人KAA0280相似的基因，其在大鼠急性局灶性脑缺血中明显上调，该蛋白质结构及功能均未见报道及研究，其显著地差异表达提示其在脑缺血病理过程中具有重要作用。