基于网络药理学探讨姜黄-白芍治疗类风湿关节炎协同机制

目的 基于网络药理学方法探讨姜黄-白芍药对治疗类风湿关节炎(RA)的协同机制.方法 通过TCMSP平台和文献资料筛选姜黄-白芍药活性成分及对应的靶点蛋白,应用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-成分-靶点网络.在 GeneCards、OMIM、CTD 数据库中检索"Rheumatoid Arthri-tis",获取RA疾病靶点.对药对和RA共同靶点进行PPI网络分析,GO富集和KEGG通路富集分析.结果 获取药对13种活性成分及445个潜在靶点,RA疾病2 060个相关靶点,得到姜黄、白芍、RA三者共同靶点53个,PPI网络中根据自由度(degree)靠前的3个靶点基因为AKT1、TNF、PTGS2,GO富集结果为225个,姜黄与RA相关通路28条,白芍与相关通路74条,其中24条信号通路重合.结论 姜黄-白芍药对可能通过调节AKT1、TNF、PTGS2等靶点,发挥抗氧化、抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡等功能协同防治RA.     

基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制

目的基于网络药理学分析桂枝治疗类风湿关节炎的作用机制。 方法采用GeneCards数据库获取类风湿关节炎的靶点,中药靶点采用中药系统药理学分析平台(TCMSP),依据OB≥30%,DL≥0.18为桂枝活性成分的筛选条件,获取相应靶点信息。将类风湿关节炎的疾病靶点和桂枝的靶点做交集分析,将得到的共同靶点进行蛋白PPI互作分析,利用DAVID数据库分析靶点的GO基因功能和富集通路。 结果TCMSP数据库共筛选出桂枝48个靶点。进行交集分析,共得到30个共同靶点;共同靶点PPI蛋白互作网络图显示,关键靶点之间联系密切;基因富集分析显示,30个共同靶点与146个基因功能相关,与56条信号通路相关。 结论本研究通过网络药理学发现,桂枝能作用于BAX、CASP3、CASP8、CASP9、TGFB1、JUN和PIK3CG,通过TNF通路,抑制炎症反应发挥其抗炎活性。     

基于网络药理学分析补阳还五汤治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的:利用网络药理学从整体水平探讨补阳还五汤治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选补阳还五汤中的有效活性成分及相关靶点。利用GeneCards数据库检索动脉粥样硬化疾病相关靶点,获取补阳还五汤与动脉粥样硬化的共同靶点。应用DAVID对共同靶点进行东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:由7种中药组成的补阳还五汤共有86个活性成分和4346个潜在靶点,其中该方与动脉粥样硬化97个共同靶点,富集到143条KEGG相关通路,涉及白介素-17(IL-17)信号通路、T细胞受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Th17细胞分化、乏氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等炎症通路,与自噬相关的PI3K-Akt信号通路等。结论:补阳还五汤发挥多成分、多靶点、多途径的作用特点,通过免疫调节、抗炎、激活自噬等干预动脉粥样硬化进程。     

基于网络药理学研究苇茎汤治疗急性肺损伤机制

目的运用网络药理学方法分析苇茎汤治疗急性肺损伤(ALI)的潜在靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),检索苇茎、桃仁、薏苡仁、冬瓜子的有效活性成分及潜在靶点。以"acute lung injury"为关键词,通过人类基因数据库(GeneCard)检索获得急性肺损伤的相关靶基因,并与药物有效成分的靶点相映射得到共同靶点。利用Cytoscape3.7.1构建活性成分-靶点网络图,借助STRING在线数据库构建蛋白互作(PPI)网络。通过生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点进行生物过程(GO-BP)富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出苇茎汤25个有效化合物及51个作用靶点,其中药物与疾病的共同靶点有51个,根据度值的大小确定MAOA、MAOB、CASP3、JUN、GABA、HTR2A为关键靶点;GO富集分析发现苇茎汤治疗ALI的生物过程主要富集在神经递质受体活动、细胞凋亡、氧化应激、炎症反应等方面。KEGG分析显示苇茎汤可能作用于p53信号通路、Ca~(2+)信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路、VEGF信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等以治疗ALI。结论苇茎汤在治疗ALI过程中具有"多靶点、多通路"的特点,苇茎汤中豆甾醇、β-谷甾醇、常春藤皂苷元等有效成分通过调控p53信号通路、Ca~(2+)信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路、VEGF信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路治疗ALI。     

基于网络药理学的秦艽-威灵仙药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的基于网络药理学分析秦艽-威灵仙药对治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法通过TTD和DrugBank数据库检索与RA相关的疾病靶点;基于中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索秦艽-威灵仙药对的成分,并以生物口服利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准筛选活性成分;运用Swiss Target Prediction数据库检索各活性成分的作用靶点,通过映射筛得治疗RA的重要靶点并构建秦艽-威灵仙药对的"活性成分-重要靶点"网络以筛选重要成分和核心靶点;将核心靶点通过STRING数据库建立蛋白互作网络图;利用DAVID平台进行KEGG信号通路及GO生物过程富集以整理重要通路和重要生物过程。结果通过筛选共挖掘出秦艽-威灵仙药对活性成分13个、重要靶点30个、核心靶点12个、生物过程3条及重要信号通路8条。结论初步揭示了秦艽-威灵仙药对治疗RA的药效物质基础,为秦艽-威灵仙药对治疗RA的临床应用及实验研究提供了参考依据。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

二仙汤治疗卵巢早衰作用网络与机制研究

目的:运用网络药理学方法探析二仙汤治疗卵巢早衰(POF)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选二仙汤活性成分和其作用相关靶点,然后通过毒性与基因比较数据库(CTD)、药物基因组学知识库(PharmGKB)、药物作用靶点数据库(TTD)、基因卡片数据库(Gene Cards)、遗传关联数据库(GAD)等建立POF靶标数据库。基于二仙汤潜在靶标与POF靶标之间的匹配结果,通过Cytoscape软件构建网络图以分析这些靶标之间的相互作用并通过拓扑筛选核心靶标。采用基因组注释数据库(DAVID)对核心靶标进行基因本体(GO)、信号通路富集分析。结果:二仙汤中筛选得到94个活性化合物,及126个与POF对应的靶标。拓扑分析最终得出15个关键靶标,经过GO富集分析显示15个关键基因主要被集中在细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)级联的正调控、血管生成、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联、凋亡过程的积极调控、磷脂酰肌醇-3-激酶信号转导的调控、炎症反应、对氧化应激的反应等59个显著生物过程,而二仙汤治疗POF可能涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、MAPK信号通路、叉头样转录因子(FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路、Wnt信号通路等55条信号通路。结论:二仙汤治疗POF具有多成分-多靶标-多通路的特点,为进一步拓展POF的药物治疗及二仙汤的临床应用提供了参考方向。     

基于网络药理学研究十全育真汤治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的运用网络药理学方法预测十全育真汤治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubMed等相关数据库,筛选出十全育真汤的活性成分及对应靶点;通过GeneCards等疾病数据库筛选出NSCLC相关靶点;将药物靶点与疾病靶点相映射得到十全育真汤治疗NSCLC的靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件筛选出关键活性成分,并构建"药物-靶点-疾病"网络;采用DAVID 6.8数据库分析基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路;采用STRING V11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。结果筛选出十全育真汤治疗NSCLC的关键活性成分26个,包括槲皮素、木犀草素和山柰酚等,关键活性成分对应的靶点182个; GO功能及KEGG富集分析显示,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等15条通路; PPI网络分析显示,十全育真汤治疗NSCLC的核心靶点主要集中在细胞增殖、凋亡、细胞周期、炎症及血管生成等方面。结论十全育真汤治疗NSCLC的作用机制可能与提高免疫、抑制血管生成及促进细胞凋亡等有关。     

基于网络药理学和分子对接分析黄芩治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接探索黄芩治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选黄芩的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库筛选出RA的靶点,利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点,并使用Cytoscap...