转录组测序分析非酒精性脂肪肝的重要调控分子

目的 探讨非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)细胞与正常肝细胞中差异表达的基因。方法 建立NAFLD细胞模型。采用棕榈酸诱导人正常肝细胞LO2细胞;油红O染色观察细胞脂肪蓄积情况;流式细胞仪检测棕榈酸对LO2细胞的凋亡影响。对正常LO2细胞和模型细胞组进行转录组测序,筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行KEGG功能富集分析和GO功能富集分析。采用RT-PCR检测差异基因的表达。结果 随着棕榈酸浓度的增加,细胞脂肪蓄积越明显,结合凋亡率筛选出最优棕榈酸诱导浓度用于后续研究。转录组结果显示,与对照组相比,模型组差异表达基因数目有780个,上调基因数目447个,下调基因数目333个,GO富集通路分析具有显著富集意义,KEGG富集通路主要涉及了20条信号通路,主要包括TNF、蛋白输出、NOD等信号通路。RT-PCR结果显示FGF21、AMBP、GOLGA7B和DDIT3在NAFLD中高表达,SPTLC3、PALM2和SPTSBB在NAFLD中低表达。结论 NAFLD可引起相关差异基因表达,可能通过脂质代谢中的关键靶基因调控NAFL...     

单细胞转录组测序及其在心血管疾病中的应用进展

单细胞转录组测序（scRNA-seq）是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术。研究表明,scRNA-seq除了可以揭示心血管细胞多样性、鉴定干细胞分化轨迹及明确细胞间的通讯外,还可以描述心脏发育及遗传学图谱,进而有助于促进心血管研究领域取得突破性进展。本文主要综述了scRNA-seq的流程、应用扩展、与其他单细胞技术的比较及其在心血管疾病中的应用进展,旨在为心血管疾病发病机制及治疗靶点研究提供一定参考。     

缺氧对人肝癌细胞株SMMC7721中HCCR表达的影响及其调控机制

背景：缺氧是实体瘤微环境的基本特征之一。人宫颈癌基因（HCCR）是新近发现的一种癌基因．在多种人类肿瘤中过表达。然而,尚缺乏HCCR在肿瘤缺氧环境中的表达及其调控机制的研究。目的：探讨缺氧对人肝癌细胞株SMMC7721中HCCR表达的影响及其调控机制。方法：SMMC7721细胞分别接受缺氧培养以及LY294002（P13K特异性抑制剂）和PD98059（MEK1特异性抑制剂）预处理＋缺氧培养,以蛋白质印迹法检测HCCR表达：将含HCCR启动子片段的荧光素酶报告基因质粒转染SMMC7721细胞,检测缺氧对HCCR启动子转录活性的影响。结果：缺氧环境下SMMC7721细胞中HCCR蛋白表达和转录活性均较常氧环境中升高,LY294002和PD98059可抑制缺氧环境下HCCR蛋白表达。结论：缺氧状态下人肝癌细胞株SMMC7721中HCCR蛋白表达和启动子转录活性增高。可能是肿瘤细胞在缺氧实体瘤组织中存活和快速增殖的重要机制之一。缺氧状态下HCCR蛋白表达受P13K／Akt和MAPK这两条信号通路的调节。     

BCG感染树突状细胞的转录组测序和分析

目的 通过转录组学筛选DC2.4细胞内BCG感染相关的差异表达基因和信号通路,为探索DC细胞抗分枝杆菌的胞内免疫机制提供科学依据。方法 以小鼠DC2.4细胞作为细胞模型,设置感染组和未感染组,感染组经BCG(MOI=2)感染,培养24 h后收集细胞,采用转录组测序技术(RNA-Seq)检测感染组和未感染组mRNA表达谱并结合生物信息学分析方法,筛选树突状细胞内与BCG感染相关的差异表达基因并进行qRT-PCR验证。结果 与未感染组相比,感染组差异表达基因共有27个(P<0.05),其中26个上调基因,1个下调基因。通过GO和KEGG富集分析发现差异基因参与炎症反应、免疫系统过程等;TNF信号通路、IL-17信号通路以及细胞因子与细胞因子受体信号通路等参与BCG胞内感染过程。qRT-PCR验证与BCG感染相关的差异表达基因与转录组数据趋势一致。结论 BCG感染树突状细胞后,能够激发宿主细胞炎症反应和免疫应答,TNF、IL-17等信号通路参与BCG胞内感染过程。     

G蛋白信号传导调控因子17在肝癌细胞中的表达及意义

目的探讨RGS17在原发性肝癌(HCC)发生发展中的作用。方法采用real-time PCR法检测正常肝细胞株THLE-2和肝癌细胞株HepG2、HuH7中RGS17 mRNA表达。结果 HepG2和HuH7细胞中RGS17 mRNA水平明显高于THLE-2细胞,P<0.05。结论 RGS17在HCC的发生发展中可能起促进作用;其具体机制尚需进一步研究。     

信号传导和转录激活因子3调控肝癌侵袭转移的研究进展

信号传导和转录激活因子(STAT3)是一种信号转导蛋白和转录激活物,可被多种细胞因子激活。被活化的STAT3能转录并激活下游靶基因,引起一系列细胞相关因子的异常表达,与多种恶性肿瘤的发生、发展和侵袭转移关系密切。STAT3在肝癌的发生和发展中同样起着非常重要的作用。本文就其结构、功能及其与肝癌侵袭、转移的研究进展进行综述。     

Hippo通路在原发性肝癌发生发展中的作用

原发性肝癌在全球范围内发病率持续上升,发病年龄趋于年轻化,并且总体预后不良。Hippo通路作为最经典的感知细胞极性和密度、机械信号转导并促进细胞增殖、器官发育的调节器,能够促进包括原发性肝癌在内多种癌症的发生发展。YAP作为Hippo通路的经典核效应器在原发性肝癌中显著上调,并且促进原发性肝癌耐药的发生。原发性肝癌中Hippo信号通路的失调与肝癌的发生发展相联系,Hippo信号通路作为原发性肝癌发生的早期事件,影响原发性肝癌耐药的发生机制,这对于探索新的原发性肝癌临床治疗策略具有重要意义。     

腐食酪螨转录组测序及生物信息学分析

目的　获得腐食酪螨转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础。方法　基于Illumina HiSeqTM 2000高通量测序平台,对腐食酪螨雌雄混合螨体进行测序,采用Trinity软件组装转录本获得单基因簇（Unigenes）。将单基因簇与非冗余蛋白质序列（RefSeq non?redundant protein sequence,NR）数据库、核苷酸序列（nucleotide sequence database,NT）数据库、Swiss?Prot数据库、京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）数据库、直系同源簇（clusters of orthologous groups,COG）数据库中的蛋白质序列进行比对,对其进行功能注释。将单基因簇按照NR、Swiss?Prot 蛋白库优先级顺序进行编码序列（coding sequence,CDS）比对、预测。利用MISA软件对腐食酪螨Unigenes进行简单重复序列（simple sequence repeats,SSR）位点分析。使用SOAPsnp技术检测螨虫单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）。结果　转录组测序数据质控后获得4.67 Gb高质量数据,组装后获得51 271个单基因簇,总长度为41 848 995 个核苷酸（nucleotide,nt）、平均长度为816 nt。将单基因簇与公共数据库进行比对和功能注释后,得到29 053个有功能注释的Unigenes。预测发现27 443条CDS,检测到23 092个SSR位点信息和148 027个SNP位点信息。结论　通过测序技术建立了腐食酪螨转录组数据库,获得了大量腐食酪螨转录本信息,为后续过敏相关基因功能学研究奠定了基础。     

高尔基体蛋白73定量测定对肝细胞癌的诊断价值

目的：探讨血清高尔基体蛋白（GP73）检测用于肝细胞癌（HCC）辅助诊断的可行性。方法选择HCC患者145例（ HCC组）、肝炎与肝硬化患者128例（良性肝病组）、其他消化系统恶性肿瘤患者87例（肿瘤对照组）及健康体检者99例（健康对照组）,应用ELISA方法测定血清GP73,化学发光法测定甲胎蛋白（AFP）,计算二者单独检测与联合检测诊断HCC的敏感度和特异度。对HCC患者进行手术切除治疗,比较治疗前后血清GP73的变化情况。结果 HCC组血清GP73水平明显高于良性肝病组、肿瘤对照组和健康对照组（ P均＜0．01）。单项检测GP73的敏感度和特异度分别为71．0％、85．4％,AFP分别为46．2％、80．3％;联合检测GP73和AFP的敏感度和特异度分别为82．8％、78．3％。 HCC治疗后GP73水平较治疗前显著降低（P＜0．01）。结论 GP73对HCC有较好的诊断性能,可作为恶性肝病的独立指标与AFP互补应用于临床。     

高尔基体蛋白73在肝癌诊断中的意义

肝细胞癌(HCC)是我国常见的恶性肿瘤之一,其恶性程度高、进展快、预后差、侵袭性强,死亡率高,临床诊断时多属中晚期,及早诊断发现对提高患者存活率至关重要.甲胎蛋白(AFP)被认为是诊断HCC的重要指标,但其敏感性并不理想,30％～40％ HCC患者呈阴性或低浓度.高尔基体蛋白73( GP73)是一种新近发现的HCC相关蛋白,研究表明其是肝癌诊断和鉴别诊断中一种潜在的肿瘤标志物[1-2].本研究通过分析HCC患者血清GP73( GP73)和AFP水平,探讨它们在HCC诊断中的意义.     

单细胞转录组测序在心血管疾病中的文献计量学分析

目的 心血管疾病是世界范围内的主要死亡原因之一。单细胞转录组测序（scRNA-seq能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。然而,这一领域的文献计量学研究较少。本研究提供了该领域的研究现状、研究热点和未来研究发展趋势,以期为今后的相关研究提供参考。方法 从Web of Science核心集检索相关文献,检索时间不限,检索日期为2021年11月8日,利用CiteSpace和VOSviewer软件从发文量、国家、作者和研究机构、学科分布、期刊分布、高被引文献、共被引文献和关键词进行可视化分析,并生成知识图谱。结果 共检索相关文献366篇,被引频次9407次。2004～2016年的发文量增长缓慢,2017～2021年发文量迅速增加。美国、中国和德国发文量最多,美国和其他国家的合作很紧密,拥有强大的合作网络,涉及心血管系统心脏病学、细胞生物学和生物化学分子生物学等学科相关。德国心血管研究中心、哈佛医学院、加利福尼亚大学、清华大学这4个机构对该领域的研究较深入。在该领域发表文章最多的杂志是CIRCULATION RESEARCH,其次是CIRCULATION、NATURE ...     

肝纤维化中转录因子的调控作用

肝纤维化是继发于各种形式的慢性肝损伤之后的组织修复过程中的代偿反应,他也是慢性肝病发展为肝硬化的必经病理过程.各种病因所引起的慢性肝病绝大多数都有肝纤维化,其中25%-40%最终发展为肝硬化乃至肝癌.因此,肝纤维化的发生机制成为目前慢性肝病的研究热点之一.肝纤维化的形成是一个多因素、多细胞参与的复杂过程,涉及多种细胞因子和蛋白成分表达的改变,而基因转录水平的调控可能在影响其表达中起到了关键作用.现就几种重要的转录因子在肝纤维化发生、发展过程中的可能调控作用作一综述.     

转录组测序分析PM2.5与小鼠肠道疾病发生的关系

目的通过转录组测序分析颗粒物(PM)2.5是否会在肠道中积累并引起基因表达的异常。方法采用BALB/c品系小鼠,将处理过的PM2.5硅胶颗粒采用直接饲喂方式进行培养,分别取喂食10 d和30 d的小鼠大肠黏膜进行转录组测序并进行基因表达分析。结果对显著性差异基因进行GO富集分析和KEGG富集分析,结果显示PM2.5硅胶颗粒喂食10 d的小鼠大肠黏膜中基因表达多处于下调状态,喂食30 d的小鼠大肠黏膜在免疫相关、代谢等类别中有明显上调,炎症相关的信号通路也处于上调状态。结论 PM2.5硅胶颗粒能够在肠道中累积并刺激机体的免疫反应,诱发机体的炎症反应并导致疾病发生。     

肝富集转录因子对HBV基因转录和复制的调控作用

目的建立乙型肝炎病毒（HBV）在非肝源细胞的复制体系,探讨肝富集转录因子对HBV基因转录和复制的调控作用。方法用复制型HBV重组质粒pHBV4.1与肝富集转录因子HNF3、HNF4和RXRα/PPARα的表达质粒分别共转染非肝源细胞株NIH3T3。用Northern吸印杂交检测HBV 3.5 kb、2.4/2.1 kb、0.7 kb mRNA的转录情况,Southern吸印杂交检测HBV DNA复制中间体水平。结果复制型HBV重组质粒pHBV4.1在肝癌细胞中能检测到3.5 kb HBV RNA转录产物和HBV DNA复制中间体;用pHBV4.1转染NIH3T3细胞后,在没有肝富集转录因子表达质粒共转染时未能检出3.5 kb HBV RNA转录产物,也无HBV DNA复制中间体;当用肝富集转录因子共转染时,HNF4和RXRα/PPARα的表达能够激活3.5 kb HBV RNA转录和HBV DNA复制,而HNF3未能激活HBV复制,但在HNF4或RXRα/PPARα介导的病毒复制体系中,均见3.5 kb HBV mRNA的转录和HBV DNA复制水平下降。结论利用肝富集转录因子成功地建立HBV在非肝源细胞中的转录与复制。其中,HNF4和RXRα/PPARα可支持HBV在非肝源细胞中转录与复制;HNF3抑制HBV肝特异性基因转录与复制。     

AFP和高尔基体糖蛋白-73联合检测诊断原发性肝癌临床评价

目的探讨甲胎蛋白（AFP）和高尔基体糖蛋白-73（GP73）在PHC诊断中的指导意义。方法采用电化学发光法分别对64例肝癌组和72例对照组进行血清AFP及GP73的含量检测,分析AFP、GP73及AFP和GP73联合检测时在PHC诊断时的敏感性和特异性。结果 64例PHC癌患者中,57例（89.01%）为肝细胞癌。AFP和GP73在肝癌组患者血清中的含量分别为（318.27±169.32）ng/ml和（262.74±168.98）ng/ml,明显高于对照组血清中的（14.16±8.45）ng/ml和（37.04±20.56）ng/ml,P均〈0.01。AFP和GP73联合检测敏感性及特异性可达88.39%和86.36%,与单项检测相比,可明显提高诊断的准确性。结论血清中AFP及GP73是PHC发生、发展的重要检测指标,两者联合检测对肝癌患者诊断及预后具有重要。     

蚊虫血餐前后转录组分析研究进展

吸血是蚊虫传染疾病的主要途径.吸血前后,蚊虫体内的代谢途径会发生一系列变化.转录组分析可以从整体水平上反映细胞中基因表达情及调控规律.特对蚊虫吸血前后基因表达及代谢途径等变化进行综述.     

高尔基体蛋白73(GP73)对慢性肝病的诊断价值

早期诊断并准确评估肝脏炎症和纤维化程度对慢性肝病的治疗干预及预后尤为重要。本文通过回顾高尔基体蛋白73(GP73)与肝癌、肝纤维化及肝脏炎症的诊断、预后方面的研究,归纳总结了目前GP73对于慢性肝病的诊断效能。分析表明除了与肝癌有关外,GP73与肝纤维化程度及预后密切相关,也可较好地反映肝脏炎症损伤。GP73与其他血清标志物联合,可提高慢性肝病的无创诊断效能。