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1.
目的研究2008年甘肃省从手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)患儿分离的柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的VP4~VP2区特征。方法采集门诊就诊的两例HFMD患儿的临床标本,接种人横纹肌肉瘤细胞(Human Rhabdomyosarcoma,RD细胞)分离病毒,然后对阳性病毒分离物使用逆转录-聚合酶链反应法扩增病毒VP4~VP2区,并进行核苷酸序列测定和分析,通过生物信息学的方法进行分子定型,最后与其它16株基因数据库中登录的CVA4株构建亲缘进化树图。结果使用RD细胞成功地从两例HFMD患儿的临床标本中分离到病毒,分子定型鉴定为CVA4。2株CVA4在VP4~VP2区核苷酸同源性为94.6%,氨基酸同源性为100%;与CVA4原型株High Point/USA/1948株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.5%~85.8%和99.3%。在亲缘进化树图中显示,2株CVA4分离株位于独立的进化支中。结论与基因数据库中登录的在日本、蒙古分离的CVA4株相比,从甘肃省2008年HFMD病例分离的两株CVA4,在VP4~VP2区核苷酸序列上差异很大。同源进化分析结果表明,甘肃省CVA4属于独立的进化支。  相似文献   

2.
目的对从龙岩市手足口病患者分离的其他肠道病毒柯萨奇A10型进行分子鉴定,并对其VP1区序列进行基因特征分析。方法肠道病毒通用阳性未分型咽拭标本,用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离,对分离株的VP1区进行扩增并测序。通过BLAST程序比对,鉴定病毒的血清型。与GenBank中其他已知基因亚型的核酸序列进行同源性分析,构建遗传进化树。结果 55份未分型标本中,2株鉴定为CVA10病毒株。VP1区片段核苷酸序列长度分别为289bp和290bp,编码96个氨基酸。遗传进化分析显示,2株CVA10毒株为D组基因亚型。第93个氨基酸位点发生变异,由异亮氨酸(I)取代缬氨酸(V)。结论龙岩市手足口病原除EV71和CVA16外,还包含CVA10等。应加强对其他肠道病毒引发手足口病的监测,掌握其流行及病毒遗传进化特征,为防控提供科学依据。  相似文献   

3.
目的研究柯萨奇病毒A组2型(CVA2)分离株基因特征和遗传进化规律。方法利用分子信息学软件对GenBank核苷酸数据库收录CVA2分离株进行全长VP1区基因序列分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性,计算核苷酸分子进化速率。采用Datamonkey在线软件预测正向选择位点,用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值。结果共纳入CVA2分离株108株,主要为基因型D分离株;与原型株Fleetwood相比,各基因型分离株核苷酸和氨基酸同源性为79.3%~83.0%和94.6%~97.3%;基因型D分离株核苷酸进化速率为4×10~(-3)位点/年;选用SLAC模型发现1个正向选择位点,氨基酸置换熵值分析合计6个熵值大于0.6的位点。结论 CVA2分离株VP1区未出现明显的基因变异,与原型株亲缘性关系较远,需加强对CVA2分离毒株的实验室和分子流行特征监测。  相似文献   

4.
目的分析四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征。方法对2014-2015年德阳市手足口病咽拭子标本进行病毒分离和核苷酸测序,VP1区序列与世界各地的CV-A4参考株序列构建进化树并分析基因特征。结果德阳市5株CV-A4分离株之间,VP1区核苷酸序列一致性91.5%~96.8%(推导氨基酸序列一致性97.7%~99.3%);同CV-A4原型株(High Point)比较,核苷酸序列一致性≥84.0%(推导氨基酸序列一致性≥97.0%);进化树分析显示,德阳市CV-A4分离株均为G1B基因亚型,分别与云南、上海和浙江分离株有较近的亲缘关系。G1B基因亚型内的平均核苷酸遗传距离为10.4%。结论德阳市CV-A4为G1B基因亚型,为中国大陆的优势基因亚型;VP1区核苷酸变异较大,形成不同的进化分支并在德阳市循环传播。  相似文献   

5.
目的 了解江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CA16)流行毒株基因型概况。方法 收集江苏省2012-2014年儿童手足口病标本并送样,进行病毒分离培养获取相应毒株,用CA16特异性引物通过反转录聚合酶链反应技术进行VP1区基因片段扩增和测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,并与CA16参比株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果 分离得到82株CA16毒株,测序结果显示全部属于基因亚型B1,VP1基因分析显示其中9株毒株序列的基因亚型为B1a,另外73株毒株序列的基因亚型为B1b。CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%~100.0%和97.5%~100.0%;与CA16国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别为75.2%~78.2%和90.5%~91.9%。结论 江苏省2012-2014年分离获得CA16毒株属于基因亚型B1,以B1a和B1b两个分支共同进化和流行,其中又以B1b为优势亚型。  相似文献   

6.
目的鉴定引起2012年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎暴发的病原体,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(coxsackie virus A4,CVA4)的VP1基因进行全长的序列测定和遗传进化特征分析。方法采集罗湖区某幼儿园疱疹性咽峡炎暴发期间患儿的4份咽拭子样本和1份粪便标本,采用荧光RT-PCR法鉴定CVA4病毒,对阳性样本采用RT-PCR方法扩增CVA4病毒VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析。结果病原学检测结果显示,引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为CVA4病毒。同源性分析显示,引起深圳疱疹性咽峡炎的CVA4病毒SZ-SK12030005、SZ-SK12030007与山东省2010株(KF150144)进化关系最近,核苷酸和氨基酸同源性分别为96.4%和99.5%;与2006年吉林株(JQ715708)的同源性最低,核苷酸和氨基酸同源性分别为87.9%和96.6%。VP1区亲缘进化树显示CVA4-SZ-SK12030005和CVA4-SZ-SK12030007属于GⅠB亚型。结论 GⅠB型CVA4病毒是引起此次深圳市疱疹性咽峡炎疫情的病原体。  相似文献   

7.
宁夏地区2008年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
目的 研究宁夏地区2008年引起手足口病(HFMD)暴发的柯萨奇病毒A组16型(CVA16)的基因特征.方法 对宁夏地区2008年HFMD患者临床标本中分离到的CVA16,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析.根据VP1区核苷酸序列与国内其他省份以及国际报道的CVA16株序列(来源于基因库)构建基因亲缘关系树.结果 共分离到70株CVA16,其在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%~100.0%和98.9%~100.0%.亲缘进化树显示全部CVA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型.宁夏地区CVA16全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支,提示存在两大传播链.结论 宁夏地区分离的CVA16株与国内其他地区CVA16株类似,有B1a和B1b两个进化分支在共同循环,且与周边国家和地区流行的CVA16在基因亲缘关系和流行时间关系上都很接近,存在共同进化和循环.  相似文献   

8.
目的明确邯郸市2010-2012年EV71流行株的基因型及其VP1区基因特征,为手足口病防治提供分子生物学依据。方法用RD细胞分离培养EV71病毒,RT-PCR方法扩增VP1区基因片段,进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析,构建系统进化树。结果邯郸市EV71分离株VP1区核苷酸同源性为96.4%~100.0%,与A、B基因型代表株VP1区核苷酸同源性在81.8%~82.7%与83.6%~84.5%之间。与已知基因型C1、C2、C3、C4代表株的核苷酸同源性分别在89.9%~90.3%、89.3%~90.1%、87.9%~88.7%和96.0%~96.9%之间,与1998年台湾分离株同源性为92.4%~93.2%,与2008年阜阳、2009年河南、2010年河北和2011年陕西分离的EV71代表株同源性在96.6%~99.1%之间。基于VP1区构建的EV71系统进化树显示,这14株EV71均为C4a亚型。结论邯郸市2010-2012年EV71流行株为C4a亚型,与中国大陆近年流行株分离结果一致。  相似文献   

9.
长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的了解2010年长沙市手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)重症和普通病例肠道病毒71型(human Enterovirus 71,EV71)VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株(3254-TAI-98)的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性(分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%);12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性:同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性(92.6%-93.3%和91.8%-92.7%)。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。  相似文献   

10.
目的 分析贵州省柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CVA4)分离株的基因特征。方法 对2009—2017年贵州省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)病例中分离到的19株CVA4,采用反转录-聚合酶链反应(RT - PCR)方法进行VP1区扩增并对扩增产物测序,通过MEGA 7.0软件采用邻位相接法(neighbor joining method)构建遗传进化树进行基因特征分析,可靠性通过1 000 Bootstrap值评估。结果 19株CVA4贵州分离株之间的的核苷酸同源性为92.0%~100.0%,氨基酸同源性为96.1%~100.0%,与原型株high point株之间的核苷酸同源性为83.3%~85.7%,氨基酸同源性为95.1%~98.4%; 19株CVA4均为C2基因亚型,主要聚集在Cluster1和Cluster 2分支,其中Cluster1是2009年后贵州地区持续传播的优势群体。结论 2009—2017年贵州省AFP病例中CVA4贵州分离株为C2基因亚型。  相似文献   

11.
目的 分析济南市导致手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)分离株VP1基因特征及氨基酸变异。方法 2018年济南市HFMD常规监测病例样本经实时荧光RT-PCR检测,随机选择部分CVA6核酸阳性样本进行细胞分离鉴定,扩增阳性分离株VP1基因序列并进行同源性比较、氨基酸变异及系统进化分析。结果 2018年共检测652份样本,其中CVA6核酸阳性率为47.85%(312/652),远高于人肠道病毒A组71型(human enterovirus A 71, EV71)(7.06%, 46/652)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16, CVA16)(8.44%,55/652 ),为济南市HFMD最主要病原体。通过细胞分离成功获得14株CVA6病毒,经VP1基因系统进化分析显示,济南市CVA6分离株均为基因D5亚型,VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.2%~100%和98.0%~100%,与2017年广东株(GenBank 登录号MG385796、MG385815)、广西株(GenBank 登录号MH018512)、云南株(GenBank 登录号LC413143)及2014年江西株(GenBank 登录号KY913482)等亲缘关系较近。VP1蛋白主要存在V174I等位点变异,与国内流行的D5亚型基本一致。结论 2018年CVA6病毒为导致济南HFMD的主要病原,与广东、广西、云南和江西等省分离株亲缘关系较近,属于我国目前流行的基因D5亚型。  相似文献   

12.
目的:分析肠道病毒71型2010年宁波分离株的分子流行病学特征。方法:收集2010年宁波市手足口病患者临床标本177份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定和病毒分离,采用RT-PCR对38株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析。根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71VP1序列进行同源性和亲缘进化分析。结果:88份鉴定为EV71的临床标本中共分离到38株病毒,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.1%~100%和99.3%~100%。与C4a亚型的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.2%~99.3%和98.3%~100%。亲缘进化树显示,宁波分离株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。结论:宁波地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。  相似文献   

13.
目的 探讨重症手足口病肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)5′非编码区(untranslated region, UTR)、VP1区是否存在潜在的毒力位点。 方法 分离培养不同临床症状手足口病患者粪便标本中EV71,提取病毒总RNA,逆转录PCR扩增5′-UTR、VP1区后测定基因序列,对两个区域核苷酸序列及VP1区编码氨基酸序列进行比对和同源性分析,构建VP1区及不同临床症状EV71病毒5′- UTR基因进化树。 结果 本实验共获得9株EV71毒株(5株来源于重症病例,4株来源于轻症),5′-UTR、VP1区核苷酸同源性均为94.5%~ 99.7%,VP1区氨基酸同源性为97.3%~99.9%。9株EV71毒株5′-UTR共有67个核苷酸突变位点,与4株轻症EV71毒株相比,5株重症EV71毒株VP1区编码氨基酸有2处发生替换(S283T、A289T),5′-UTR共有37个核苷酸位点发生突变。VP1区基因进化树显示9个EV71毒株均属于C4a基因亚型,并且两组不同临床症状毒株处于同一较小分支中。5′-UTR核苷酸序列的系统进化树显示临床表现不同的EV71株呈交错分布,相同临床表现不单独聚类。 结论 9株EV71毒株均属于C4a基因亚型,5′-UTR核苷酸突变和VP1区氨基酸替换可能影响病毒毒力,对EV71病毒的全基因组序列特征分析及与宿主之间的相互作用机制进行研究非常必要。  相似文献   

14.
目的了解吉林省2013年柯萨奇病毒A组16型(CVA16)流行特征、种系进化及基因分型。方法对吉林省2013年分离获得的9株CVA16阳性毒株的VP1编码区核苷酸进行扩增及序列测定,使用Mega 4.0和Bioedit软件进行序列分析。结果 9株CVA16流行株中,1株为B1a基因亚型,与3株B1a代表株相比,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为95.6%~96.8%和99.6%;8株为B1b基因亚型,与3株B1b代表株相比较,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为94.1%~96.1%和98.3%~100%。2013年流行株与代表株相比共发生了9处氨基酸位点变异,其中8株B1b亚型中有6株在第23位氨基酸位点发生了亮氨酸→蛋氨酸的变异。结论 B1b是引起吉林省2013年CVA16流行的主要基因亚型,并且有大部分CVA16流行株在第23氨基酸位点发生了共同变异。  相似文献   

15.
目的了解北京市2008年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)流行期间,人肠道病毒71型(Human Enterovirus71,HEV71)分离株的VP1编码区基因特征。方法采集发病1~3d的咽拭子标本33份,采用人横纹肌肉瘤(Human Rhabdomyosarcoma,RD)细胞进行EV分离,用特异引物通过逆转录-聚合酶链反应扩增进行毒株鉴定。对分离到的HEV71进行VP1编码区全长扩增,并对扩增产物采用双脱氧链终止法进行序列测定,Bioedit7.0.5和Mega3.1软件进行序列比对和系统进化树分析。结果从33份咽拭子标本中共分离到16株病毒,经鉴定:HEV7114株,柯萨奇病毒(Coxsackie Virus,CV)A组16型(CVA16)2株,其中1例为HEV71和CVA16混合感染。对10株HEV71进行了VP1编码区全序列测定,10株病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.5%~100%和98.9%~100%;与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.4%~99.1%;与C4基因型代表株的核苷酸序列同源性〉92%。基于HEV71的VP1编码区核苷酸序列构建亲缘性关系树,北京市2008年流行株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型中的C4a分支;且10株病毒处于四个相对独立的进化分支。结论北京市2008年从HFMD患儿分离的HEV71均为C4亚型,且属于2004年以来我国的优势分支——C4a。亲缘性分析提示,此次流行中至少存在4个HEV71传播链。由于近年来HEV71在中国持续大规模流行,迫切需要对HEV71进行连续的分子流行病学监测,及时阐明现阶段流行毒株的基因特征,为疾病预防控制提供病毒学依据。  相似文献   

16.
目的 了解2019-2020年深圳市大鹏新区手足口病(hand-foot-mouth disease, HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CVA6)流行情况及VP1区基因特征,为HFMD的预防和控制提供科学依据。方法 收集临床诊断为HFMD病人的肛拭样本,采用实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸,以RT-PCR法扩增CVA6 VP1全长基因并测序,利用生物信息软件在分子水平分析毒株的进化特征。结果 在检出的156份肠道病毒阳性样本中,CVA16、CVA6、CVA10阳性率分别为4.49%、83.33%、3.21%,8.97%未能分型。其中15株CVA6分离毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为91.85%~99.86%和85.81%~100.00%。系统进化树显示,15株CVA6位于同一分支,均属于D基因型中的D3基因亚型,与2018年黑龙江分离株MN845847、长春分离株MN845816、2015年上海分离株KX064297和2017年广东分离株MN845823进化关系较近,而与CVA6原型株Gdula进化距离较远。结论 2019-2020年深圳市大鹏新区HFMD病原CVA6型为绝对优...  相似文献   

17.
目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。  相似文献   

18.
目的分析埃可病毒11型(Echovirus 11,Echo11)分离株全长VP1区序列的遗传进化规律和流行趋势。方法从GenBank下载全球Echo11型病毒分离株全长VP1区序列,采用生物信息学技术手段构建进化树、测算序列同源性、预测正向选择位点、计算氨基酸置换熵值。结果合计纳入433株Echo11型病毒分离株,毒株来源于34个国家,时间跨度为1953—2018年;上传地区前3位是中国(143株,占33.0%)、俄罗斯(91株,占21.0%)和日本(36株,占8.3%);基因型A和D为流行优势株。433株分离株VP1区核苷酸和氨基酸序列平均同源性分别为81.9%和92.0%。不同基因型间平均同源性分别为75.6%~81.1%和86.8%~93.0%。核苷酸碱基总突变数10 844bp,总突变率2.9%;276位氨基酸为正向选择位点,存在34个氨基酸易突变位点,易突变率11.6%。结论全球Echo11型病毒存在不同基因型分离株循环流行,分子亲缘性较远。  相似文献   

19.
开封地区病毒性脑炎病原分离株Echo30的分子流行病学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的研究开封地区2008年病毒性脑炎病原分离株Echo30VP1区基因特征及其分子流行病学特点。方法对开封地区2008年病毒性脑炎监测病例脑脊液标本中分离到的8株Echo30病毒进行VP1区全基因序列测定,与GeneBank上发表的ECHO30型VP1区进行同源性比较,通过构建进化树对其进行遗传进化分析。结果所测8株Echo30VP1区基因全长均为876bp,翻译的氨基酸全长292aa。8株病毒VP1区核苷酸同源性为92.8%~99.7%,氨基酸同源性为93.0%~99.7%;与GenBank相关毒株基因组序列比对显示开封地区2008年分离株均与江苏省2003年分离株同源性较高;进化分析表明属于第7组。结论 2008年开封地区Echo30分离株与2003年江苏省分离株亲缘关系最近,可能具有相同来源。  相似文献   

20.
目的 检测分析引发浙江省急性出血性结膜炎(AHC)爆发流行的病原学及毒株的分子特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应方法直接从AHC患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物扩增病毒VP1基因和3C区片段,测定核苷酸序列,应用DNAMAN和MEGA软件进行同源性和进化分析.结果 3株浙江CA24v分离株VP1基因全长915个核苷酸(nt).3C区全长549 nt,均没有nt的插人和缺失;浙江分离株Zhejiang/13/08与CA24v原型株EH24/70在VP1和3C区核苷酸同源性分别为85.3%和86.5%,与2005年新加坡分离株Singapore/DSO-26/05和2007年广东分离株Guangdong/332/07株在VP1区和3C区的核苷酸同源性分别为97.0%~99.1%和96.7%~99.5%;浙江CA24v分离株在3C区进化树的Ⅲ基因亚型B分支上(GⅢ/B),在VP1进化树的CA24v Group2分支上.结论 引起2007-2008年浙江省急性出血性结膜炎爆发流行的病原为CA24v GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于新加坡.  相似文献   

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