2015-2017年盐城市乙型流感病毒HA1、NA基因分子特征

  目的   对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。   方法   将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型, 对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因, 扩增产物经纯化测序, 采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。   结果   盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致, 2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支, 属Phuket/3073类毒株; 2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支, 属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异; Victoria系毒株共涉及2个抗原表位, 120-loop抗原表位的117、129位点, 190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。   结论   2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累, 这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移, 降低与流感疫苗株的匹配度, 减弱流感疫苗的保护作用。     

2007年江西省乙型流感病毒流行的分子基础

目的 了解江西省2007年乙型流感病毒流行情况的分子基础.方法 采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit(Version5.0)、Mega生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析.结果 2007年分离到B型流感病毒91株,其中68株Yamagata系和23株Victoria系;6株Yamagata系和4株Victoria系B型流感病毒分别与WHO推荐的疫苗株B/Shanghai/361/2002(Yamagata系)和B/Malaysia/2506/2004(Victoria系)的HA1序列比对,结果为:Yamagata系B型流感病毒HA1区域核苷酸平均替换数为23.3个,平均点突变率为2.30%,氨基酸替换数在7～9个,同源性为95.2%～96.3%,所有毒株均在6个相同的氨基酸位点发生了相同的替换;Victoria系B型流感病毒HA1区域核苷酸平均替换数为8.5个,平均点突变率为0.84%,氨基酸替换数在3～4个,同源性为98.95%～99.48%,所有毒株均在3个相同的氨基酸位点发生了相同的替换.结论 2007年Victoria系B型流感病毒HA1基因特性有所改变,疫苗仍有预防效果,但是B型流感流行趋势发生了改变,Yamagata系比Victoria系更活跃,B/Malaysia/2506/2004(Victoria系)疫苗推荐株对江西省B型流感保护效果不佳.     

2004～2006年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的：了解江西省2004～2006年分离的B型流感病毒株HA1基因变异特征。方法：采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果：2004年和2005年分离到的B型流感病毒均为B型的Yamagata系;2006年以Victoria系为优势株,但有Yamagata系的活动。9株Yamagata系B型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1014 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,与疫苗推荐株B/Shanghai/361/2002 HA1区相比较,不同毒株氨基酸同源性为96.4%～97.3%,替换数在10～11个,所有毒株均在9个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,在196位增加了一个糖基化位点。12株Victoria系B型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为1017 bp,未发现核苷酸的丢失和插入,与疫苗推荐株B/Malaysia/2506/2004的HA1区相比较,不同毒株氨基酸同源性为98.4%～99.5%,替换数在2～4个,所有毒株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,在197位增加了一个糖基化位点。结论：江西省2004～2006年Yamagata系B型流感病毒HA1基因特性已发生改变,从基因水平说明Yamagata系B型流感病毒抗原性发生了改变。2006年Victoria系B型流感病毒HA1基因特性有所改变,疫苗仍有预防效果。     

2008-2009年珠海市乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解珠海市2008-2009年乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法按照采样时间,选取珠海市2008-2009年每月用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的第1、2株乙型流感毒株共25株,没分离到毒株的月份不选,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA1基因片段,产物纯化测序,推导氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果 2008年珠海市乙型流感毒株在8月达到分离高峰,晚于A型流感毒株分离高峰时间7月,2009年其在4月达分离高峰,早于A型流感毒株分离高峰时间5月。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒。与北半球国际疫苗株B/Florida/4/2006 like-virus(GenBank序列号CY033876.1)相比,2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒HA1片段有7个氨基酸位点发生替换:分别是103 K→R,212D→N,其中08-1267、09-0233和09-0240毒株的218N→S,08-190毒株的123P→A、245S→G、270P→S,除08-190外另5株毒株的181N→Y、245S→D,氨基酸同源性高于97%。其中有2个参与构成抗原决定簇的氨基酸位点发生替换,没有发生病毒抗原漂移。Victoria系毒株与疫苗代表株的同源性低于89%。结论 2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒与疫苗代表株同源性极高,本年度的流感疫苗株对珠海市乙型流感病毒流行的防治起了一定作用。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,故本年度的流感疫苗株不能对珠海地区流行的乙型流感提供最佳保护。珠海市2008年乙型流感病毒流行时间较长,2009年流行高峰提前可能与此有关。     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

2004年云南省部分地区流感暴发的病因研究

目的分析2004年云南省流感暴发的病因,探讨流感流行优势株抗原性和基因特性变异特征。方法从暴发疫情中采集标本,用MDCK细胞分离流感病毒,对所分离的毒株用血清学方法进行抗原分析,并对其编码HA1区进行序列测定和分析。结果从146份标本中分离到54株流感病毒,其中A3亚型27株,B型27株。62%的A3亚型毒株与A/福建/411/2002(H3N2)的血凝抑制效价有4倍或以上差别;5.8%的Yamagata系毒株与B/上海/361/2002的血凝抑制效价有4倍或以上差别;10.8%的Victoria系毒株与B/浙江/2/2001的血凝抑制效价有4倍或以上差别。无论是A3亚型还是B型毒株HA1区的某些位点均发生了氨基酸的替换。结论2004年云南省流感暴发点分离的A3和B型毒株其抗原性和基因特性与疫苗株相比发生了变异。     

连云港地区2017—2018年乙型流感病毒HA1基因特征分析

目的了解连云港地区2017—2018年乙型流感病毒表面血凝素HA1基因特征及抗原变异情况。方法随机选取2017—2018年连云港地区分离的6株乙型流感病毒株,用一步RT-PCR法对HA1基因进行扩增测序,采用Lasergene软件包中MegAlign进行核苷酸和氨基酸同源性分析,用MEGA6.0软件进行基因种系进化分析。结果 2017—2018年连云港地区人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。分离的Yamagata系毒株与B/Brisbane/9/2014比较,在血凝素基因HA1区发生3个氨基酸替换,在248位少了一个糖基化位点;分离的Victoria系毒株与B/Brisbane/63/2014、B/Florida/33/2014比较,在血凝素基因HA1区发生6个氨基酸替换,在248位增加一个糖基化位点。结论连云港地区人群中流行的乙型流感病毒与疫苗推荐株相比,基因特性已发生一定改变。     

浙江省乙型流感病毒HA1基因分析

目的：了解浙江省近几年乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对浙江省人体的保护情况。方法：采集浙江省类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定，并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取，采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定，用DNAMAN和BioEdit生物软件对测序结果进行分析处理，并与WHO推荐疫苗株基因进行比对。结果：分离到Yamagata系和Victoria系两个进化系的乙型流感病毒，两系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入，糖基化位点没有太大改变。毒株之间核苷酸的同源性为95.25%，氨基酸的同源性为95.28%。Yamagata系毒株HA1区域核苷酸序列长度为1038 bp，推导的氨基酸序列长度为346个，氨基酸变异替换数在6-8之间；Victoria系毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1041 bp，推导的氨基酸序列长度为347个，氨基酸变异替换数在2-8之间，相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺（N）。基因进化树上可见明显的Yamagata系和Victoria系两个分支。结论：浙江省人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒，病毒的基因发生了变异，抗原已发生漂移。2001、2006两年WHO推荐乙型流感疫苗株与我省当年流行株为不同谱系毒株，预防保护效果不够理想，其余年份为同一谱系毒株，预防保护效果较好。     

2014 - 2015年盐城地区乙型流感病毒Yamagata系HA1基因变异分析

目的 研究盐城市2014 - 2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系。方法 将盐城市2014 - 2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO 推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇。绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010 亲缘关系较近。 结论 2014 - 2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。     

2014年-2015年北京某区H3N2亚型流感病毒HA基因特性分析

目的了解北京市门头沟区H3N2亚型流感病病毒HA基因变异规律和进化趋势。方法随机选择2014年-2015年流感病原学监测中分离到的H3N2型毒株10株,采用RT-PCR法扩增病毒HA基因后序列测定,并与WHO推荐疫苗株进行比对、构建系统进化树。结果 2014年-2015年流感监测期间,北京市门头沟区人群中流感病毒以H3N2型占优势,通过分离到的10株病毒HA基因绘制种系发生树,表明这些毒株与WHO推荐的疫苗株A/Texas/50/2012相比,处于同一大分支上,不同的小分支上。结论北京市门头沟区2014年-2015年H3N2流感病毒HA基因特性与疫苗株虽然接近,但当年疫苗株大部分滞后流行株。     

Concurrent outbreaks of influenza A and influenza B

During the winter of 1982 concurrent outbreaks of influenza A and influenza B occurred. The epidemiology and clinical features of 151 cases referred during this time are described, and patients are discussed according to age and presenting clinical syndrome: croup was the commonest presentation in young children, a typical influenza syndrome predominated in young adults, while older patients were more likely to have lower respiratory tract infection. There was no significant difference between the clinical features of influenza A and influenza B. Unusual clinical features include rash, exudative tonsillitis and the need for myringotomy during the course of influenza.     

Concurrent outbreaks of influenza A and influenza B.

During the winter of 1982 concurrent outbreaks of influenza A and influenza B occurred. The epidemiology and clinical features of 151 cases referred during this time are described, and patients are discussed according to age and presenting clinical syndrome: croup was the commonest presentation in young children, a typical influenza syndrome predominated in young adults, while older patients were more likely to have lower respiratory tract infection. There was no significant difference between the clinical features of influenza A and influenza B. Unusual clinical features include rash, exudative tonsillitis and the need for myringotomy during the course of influenza.     

流感病毒变异与流行性感冒流行和预防

流感病毒不断变异是导致流行性感冒反复流行的基本因素。变异的表达是多方面的,但最经常并与流行关系最密切的是病毒抗原性变异．主要是指病毒包膜表面血凝索（H）的改变。抗原性变异分2类：即“抗原性漂移”和“抗原性转换”。另外毒力的变异在“抗原性漂移”过程中并不明显,但在“抗原性转换”时是至关重要的。病毒毒力可能是多基因综合的表现,在强毒株传播过程中基因节段核苷酸序列的改变,均可引起病毒原有的毒力下降。病毒“抗原性漂移”是在病毒亚型范围内的抗原性改变,它与人群感染后的免疫力有关,有明显的连续过程,一般较久的抗原性漂移,引发较大的流行性感冒流行,较小的抗原性漂移只能引起一些主要在儿童中的流行。但偶尔也可发现一些抗原性改变较大但传播力较差的病毒,不能成为流行的主流．短期内在人群中消失。经过流行后,人群对它的免疫水平很快提高,又促使病毒抗原性不断向前演变。