黄芪多糖修复LPS诱导的内皮祖细胞功能损伤机制的实验研究

目的运用microRNA芯片方法检测黄芪多糖对脂多糖(LPS)刺激下人内皮祖细胞(EPCs)细胞功能损伤的诱导作用及相关的miRNA表达变化,分析其分子机制。方法将EPCs分为3组:对照组、LPS处理组(LPS组)和黄芪多糖预处理组(APS组),进行miRNA表达谱分析与验证,并利用生物信息方法分析miRNA调控的靶基因功能与信号通路。结果有15个miRNA与LPS诱导的细胞功能损伤相关。19个miRNA在黄芪多糖预处理后表达发生了改变。7个miRNA分子即hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-7977、hsa-miR-19a-3p、hsa-miR-377-3p、hsa-miR-7114-5p及hsa-miR-424-5p在LPS组与APS组比较,差异有统计学意义(P0.05)。其中3个miRNA经RT-PCR验证结果与芯片结果相符。7个miRNA的靶基因主要参与蛋白泛素化调节等基因本体(GO)功能分类以及PI3K-Akt等信号通路。结论 APS对LPS诱导的EPCs功能损伤有保护修复作用,该作用可能与miRNA分子的表达改变相关。     

非小细胞肺癌不同中医辨证分型患者血清microRNA表达谱分析研究

目的:研究不同中医辨证分型晚期肺癌患者血清microRNA (miRNA)表达谱差异。方法:将经病理诊断明确为非小细胞肺癌患者共9例,并按肺癌中医证型诊断标准分为气阴两虚型3例、脾虚痰湿型3例、气滞血瘀型3例,以同期健康体检者3例作为对照组,应用高通量测序法检测各组血清中miRNA的表达谱,筛选出差异表达的miRNA,实时荧光定量PCR验证结果,并进行靶基因预测及生物信息学分析。结果:在健康对照组及气阴两虚型、脾虚痰湿型、气滞血瘀型患者中分别鉴定得到791、707、773、846个已知miRNA成熟体。通过miRNA差异分析,发现hsa-miR-103a-3p、hsa-miR-103b、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-532-5p等4个miRNA仅在气阴两虚型患者血清中呈显著表达;hsa-miR-142-3p、hsa-miR-15b-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-18a-3p等15个miRNA仅在气滞血虚型患者血清中显著表达;hsa-let-7d-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-17-5p等18个miRNA...     

袁氏生脉成骨片对激素干预后大鼠成骨细胞的差异表达miRNA的实验研究

目的:成骨细胞和骨细胞凋亡学说是激素性股骨头坏死的机制之一,袁氏生脉成骨片已被证实在临床治疗激素性股骨头坏死有一定疗效,但两者具体作用机制有待深入,实验研究袁氏生脉成骨片对激素干预后大鼠成骨细胞的差异表达miRNA,预测其靶基因以推测作用机制。方法:取乳鼠(大鼠)的成骨细胞进行培养、传代,将第三代成骨细胞分为空白组,激素组,中药组;分别提取总RNA并进行质检;采用RNA标记与芯片杂交,采集数据及标准化,找出三组间的差异表达miRNA并对其表达谱进行分析。利用miranda、microcosm、mirdb 3个靶点预测软件对最明显的miR-672-5p进行靶基因预测。结果:和空白组相比,激素组中倍数>2.0倍的miRNA共有6个(4个miRNA表达上调,2个miRNA表达下调);和空白组相比,中药组中倍数>2.0倍miRNA共有63个(19个miRNA表达上调,44个miRNA表达下调);和激素组相比,中药组中倍数>2.0倍的miRNA共有56个(11个miRNA表达上调,45个miRNA表达下调)。在激素组与空白组对照中上调,在中药组与激素组对照中相对应下降的倍数>2.0倍的miRNA共4个(miR-672-5p、miR-3559-3p、miR-98-3p、miR-92a-1-5p),并预测出Angptl4、Ccdc51、RGD1306991、Ssbp3作为miR-672-5p的靶基因。结论:袁氏生脉成骨片对激素干预后大鼠成骨细胞的miRNA表达发生了明显变化,以miR-672-5p最为显著。这表明了它有可能参与了成骨细胞的凋亡,为袁氏生脉成骨片治疗激素性股骨头坏死提供理论依据。     

高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络

目的:筛选冠心病血瘀证相关差异表达非编码RNA(lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA),信使RNA(mRNA),构建基因间调控网络,从转录组层面研究冠心病血瘀证物质基础和病理机制。方法:使用高通量测序技术,分别检测冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证和正常(各5例)lncRNA,miRNA和mRNA表达情况,通过交联分析筛选冠心病血瘀证相关的差异基因表达谱。对获得的差异基因进行功能通路分析,根据基因间Pearson相关分析和star Base靶基因预测平台,构建基因间调控网络,通过网络拓扑分析,筛选其中的关键基因。在另一匹配队列中(每组各15例)对基因调控网络中的关键节点进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证。结果:39个lncRNA,229个miRNA和221个mRNA与冠心病血瘀证密切相关。功能与通路分析结果显示,冠心病血瘀证差异表达基因主要与免疫和炎症相关。共有9个lncRNA(均为下调),31个mRNA(11个上调,20个下调)和24个miRNA(14个上调,10个下调)构成共调控网络,包括76个基因间调控关系。CTA-384D8.35,CTB-114C7.4,RP11-567M16.6和hsa-miR-3158-3p是冠心病血瘀证基因调控网络中的关键节点。Real-time PCR结果验证了上述结果。结论:冠心病血瘀证存在lncRNA-miRNA-mRNA差异表达基因谱,其与免疫和炎症密切相关;差异表达基因间存在相互调控关系,并可依此构建冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。对冠心病血瘀证的物质基础进行深度挖掘,可为从转录组层面开展中医证型相关研究提供了一定的科学基础。     

基于miRNA测序技术探讨黄芪-丹参药对干预自发性高血压大鼠肾损害的机制研究

目的基于微小RNA (microRNA,miRNA)高通量测序技术,探讨黄芪-丹参药对通过调控miRNA改善高血压肾损害的作用机制。方法以9只WKY大鼠作为对照组,将自发性高血压大鼠随机分为模型组和黄芪-丹参药对(3.4 g/kg)组,每组9只;黄芪-丹参药对组给予黄芪-丹参药对进行干预,观察各组大鼠血压及肾组织病理变化,并对各组大鼠肾组织进行miRNA测序。结果经黄芪-丹参药对干预4周后,与模型组比较,大鼠血压显著降低(P0.01),大鼠肾小球分叶不明显,系膜区增生减轻。与对照组相比,模型组共筛选出115个差异表达miRNA,其中68个差异表达miRNA上调、47个差异表达miRNA下调;与模型组相比,黄芪-丹参药对组筛选得到91个差异表达miRNA,其中67个差异表达miRNA上调、24个差异表达miRNA下调。差异表达miRNA的qRT-PCR验证结果显示,各组大鼠肾组织miRNA-142-5p、miRNA-3585-5p、miRNA-219a-5p、miRNA-122-5p和miRNA-125b-1-3p表达与miRNA测序结果趋势一致。差异表达miRNA的靶基因预测及功能富集结果显示,基因本体(gene ontology,GO)功能主要富集于阴离子跨膜转运、突触前、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性等方面;京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路主要富集于哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、自噬、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(adenosine monophosphate-activated protein kinase,AMPK)信号通路等途径。结论miR-219a-5p、miR-3585-5p和miR-142-5p可能是黄芪-丹参药对延缓高血压肾损害进程的直接靶点。     

基于ceRNA探讨白藜芦醇干预肾透明细胞癌的有效机制

目的 利用从肾透明细胞癌（ccRCC）数据集中筛选的差异表达基因、差异lncRNA及其上游miRNA，探索白藜芦醇可能的作用靶点，构建ccRCC的ceRNA网络。方法 从基因表达综合数据（GEO）及转录组数据库（TCGA）中检索并筛选ccRCC基因及lncRNA表达数据集，对差异表达基因（DEGs）进行富集和功能注释，使用在线数据库预测miRNA及长链非编码RNA（lncRNA），通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定该机制中可能的lncRNA，建立竞争性内源性RNA（ceRNAs）调控网络，并通过网络药理学分析确定白藜芦醇的药物靶点，探索白藜芦醇治疗ccRCC的分子作用机制。结果 构建了AL136040.1、SNHG17与上游hsa-miR-25-3p、hsa-miR-23a-3p及COL1A2、HRG的ceRNA调控网络，白藜芦醇与两个mRNA均显示良好的对接打分。结论 可能存在AL136040.1、SNHG17两个lncRNA与hsa-miR-25-3p、hsa-miR-23a-3p竞争性调控COL1A2、HRG，进一步影响ccRCC预后，可能是白藜芦醇治疗ccRCC的潜在机制。     

基于外泌体miRNA探讨针刺“内迎香”穴治疗变应性鼻炎的作用机制

目的：筛选针刺内迎香穴治疗变应性鼻炎(AR)大鼠血浆外泌体中差异表达的miRNA,并对其进行生物信息学分析,探讨针刺内迎香穴治疗AR的可能作用机制。方法：将30只SPF级SD大鼠随机分为空白组(Ko组)、模型组(Mu组)和针刺组(Zh组),每组各10只。模型组和针刺组采用卵清蛋白腹腔注射及鼻黏膜刺激法建立变应性鼻炎大鼠模型,造模后对针刺组大鼠予针刺内迎香穴进行干预,每周2次,连续3周。HE染色观察鼻黏膜病理形态改变;超速离心法提取大鼠血浆外泌体,透射电镜(TEM)和粒径分析(NTA)检测外泌体形态和粒径浓度;高通量测序以P<0.05的标准筛选大鼠血浆外泌体中显著差异表达的miRNA;利用miRanda和Targetscan得出差异表达miRNA靶基因,进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果：针刺作用关键miRNA共有10个,其中5个上调,5个下调,共得出7 408个靶基因,涉及1 130个生物过程、158个细胞组分、166个分子功能,KEGG信号通路有31条(P<0.05)。结论：针刺内迎香穴可明显改善AR大鼠鼻黏膜组织炎性细胞浸润情况,其机制可能与通过调节rno-miR-92a-3p、rno-let-7d-3p、rno-miR-328a-3p、rno-miR-223-3p、rno-miR-23a-3p、rno-miR-451-5p、novel＿314、rno-miR-144-5p、rno-miR-23b-3p及rno-miR-144-3p的表达,进而调控MAPK信号通路有关。     

中西医联合治疗对晚期NSCLC miRNA表达谱的影响

目的对中西医联合治疗晚期非小细胞肺癌(NSCLC)获益血清miRNA表达谱进行初步研究,探讨晚期NSCLC疗效监测和预测分子标记物。方法选取5例接受中西医联合治疗且疗效获益的晚期NSCLC患者(简称治疗组)和3例晚期NSCLC初治患者(简称肺癌组)及3名健康体检者(简称对照组),采集血清标本并用Trizol法提取总RNA,运用Exiqon公司microRNA PCR ARRAY芯片技术筛选检测肺癌组血清与对照组血清中差异miRNA表达谱、治疗组血清与肺癌组血清差异miRNA表达谱,基于聚类分析及对比分析,进一步得到中西医联合治疗晚期NSCLC获益miRNA表达谱。结果经microRNA PCR ARRAY检测和数据分析处理后,肺癌组与对照组共筛选出42个差异在2倍以上的miRNAs,其中29个为上调的miRNAs,13个为下调的miRNAs;且miR-10b-5p、miR-21-5p、miR-182-5p、miR-361-3p、miR-382-5p差异有统计学意义(P0.05)。治疗组与肺癌组筛选出45个差异在2倍以上的miRNAs,其中12个上调的miRNAs,33个下调的miRNAs;miR-137-3p、miR-182-5p、miR-376a-3p、miR-382-5p、miR-409-3p、miR-10a-5p、miR-21-5p、miR-29a-3p、miR-141-3p、miR-150-5p、miR-200c-3p、miR-342-3p、miR-365a-3p、miR-375、miR-502-3p 15个miRNAs差异有统计学意义(P0.05)。治疗组与肺癌组差异倍数2倍,与对照组差异倍数≤2倍的血清miRNA共筛选出22个,其中7个为上调miRNAs,15个为下调miRNAs;miR-127-3p、miR-182-5p、miR-382-5p、miR-409-3p、miR-10a-5p、miR-21-5p、miR-141-3p、miR-342-3p 8个miRNAs差异有统计学意义(P0.05)。结论包括miR-21-5p、miR-182-5p、miR-382-5p在内的差异miRNAs有望成为中西医联合治疗晚期NSCLC疗效监测和预测分子标记物;为中西医联合治疗晚期NSCLC个体化治疗提供参考。     

基于miRNA组学探讨慈菇消脂方调控TGF-β1诱导LX2细胞活化的作用机制北大核心CSCD

目的:运用生物信息学方法筛选慈菇消脂方干预人肝星状LX2细胞中差异表达微小RNA(micro RNA,miRNA),并进一步探讨差异miRNA对活化LX2细胞刺猬(Hedgehog, Hh)信号通路的影响及慈菇消脂方含药血清的干预机制。方法:CCK-8法检测不同浓度含药血清,不同时间处理对细胞活性影响,筛选最佳作用时间和作用浓度。6%慈菇消脂方含药血清干预LX2细胞72 h,以空白血清组作为正常对照,进行总RNA提取、RNA质检、文库构建,使用测序平台为illumina HiSeqTM2500进行高通量测序,以P<0.05的标准筛选差异miRNA,利用miRanda和RNAhybrid两个软件进行miRNA靶基因预测,得到miRNA和靶基因间的对应关系。对差异miRNA靶基因分别进行Gene Ontology和KEGG富集分析,筛选Hh信号通路差异表达miRNA。转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导建立LX2细胞活化模型。试验随机分为正常对照组、模型对照组、6%慈菇消脂方含药血清组、环靶明脂组、微小RNA-199a-5p(miR-199a-5p)过表达组及其阴性对照组。CCK-8法检测细胞增殖情况;Q-PCR和Western-blot技术检测细胞中miR-199a-5p、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、Ⅰ型-胶原(Col-I)及Hh信号通路相关蛋白表达,以此探究miR-199a-5p对活化LX2细胞Hh信号通路的影响及慈菇消脂方含药血清的干预机制。结果:与正常对照组比较,模型对照组细胞活力显著升高(P<0.01),miR-199a-5p表达上调(P<0.01),Sonic刺猬信号通路(Sonic Hedgehog, Shh)、脑胶质瘤相关癌基因1(Glioma related oncogene homology-1,Gli-1)、Gli-2、Col-I、α-SMA蛋白及mRNA表达显著上调(P<0.01);与模型对照组比较,6%慈菇消脂方含药血清组细胞活力显著降低(P<0.01),miR-199a-5p表达显著下调(P<0.01),Gli2、α-SMA蛋白表达显著下调(P<0.05)。结论:慈菇消脂方含药血清可以抑制TGF-β1诱导的LX2细胞活化,其机制可能通过下调miR-199a-5p进而抑制Hh信号通路蛋白表达发挥作用。     

丹参多酚酸盐干预非ST段抬高心肌梗死患者microRNA与靶基因

目的:高通量检测非ST段抬高性心肌梗死(NSTEMI)患者药物干预前后的微小RNA(microRNA)表达谱,对比中西药物治疗前后microRNA表达变化,分析活血化瘀药物干预靶标与机制。方法:选取符合西医疾病诊断标准和中医证侯诊断标准的患者,分为2组,包括NSTEMI中药治疗组,NSTEMI西药组,每组纳入35例,抽取外周血,分离外周血单核细胞(PBMC),提取总RNA。根据各组差异表达的microRNA和基因的通路和网络分析结果,确定各组中起关键调控作用的microRNA及其靶基因。结果:在microRNA表达谱中,中药治疗组治疗前后、中药治疗组与西药组两组治疗后比较均存在差异;中药治疗组治疗后hsa-miR-92a,hsa-miR-363,hsa-miR-499,hsa-miR-30b,hsa-miR-454-3p,hsa-miR-933表达下调,hsa-miR-144,hsa-miR-451,hsa-miR-494,hsa-miR-320表达上调。表明这10个microRNA是丹参多酚酸盐干预NSTEMI的靶标。实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证,与西药组比较,中药治疗组治疗后hsa-miR-92a,hsa-miR-30b,hsa-miR-499,hsa-miR-454表达下调;中药治疗组治疗后hsa-miR-494的表达上调(P0.05)。结论:NSTEMI患者治疗前后,中药治疗组与西药组microRNA的表达谱均存在差异,筛选的miRNA可能是活血化瘀药物干预的靶标。     

基于miRNA差异性探讨化毒三阴方对气虚质三阴乳腺癌PI3K/Akt/NF-κB通路的调控作用

目的 该研究旨在基于miRNA差异性探讨化毒三阴方对气虚质三阴乳腺癌（TNBC）患者磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/核转录因子-κB（PI3K/Akt/NF-κB）信号通路的调控作用。方法 基于前期研究成果及利用生信分析方法,预测气虚质与平和质患者差异表达miRNA调控的靶基因,与TNBC靶基因取交集,并将交集靶基因进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,分析其差异表达miRNA调控TNBC关键通路及靶基因。纳入完成西医标准治疗后气虚质TNBC患者,予化毒三阴方干预3年,收集服药前后患者外周血,检测其服药前后关键通路上基因的表达情况。结果 气虚质与平和质差异表达的miRNA共有49个,上调16个,下调33个,调控TNBC共1 445个靶基因,PPI和KEGG通路富集分析显示,关键基因主要有肿瘤蛋白p53（TP53）,蛋白激酶B1（Akt1）,表皮生长因子受体（EGFR）,丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）,血管内皮生长因子A（VEGFA）,肿瘤坏死因子（TNF）等,关键通路有PI3K/Akt,丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）,RAS信号通路等。共纳入11例气虚质TNBC患者,与服药前相比,服药后患者PI3K/Akt信号通路上NF-κB1,Akt1表达下调,编码PI3K基因（PIK3CA）,B细胞淋巴瘤-xL（Bcl-xL）表达上调。其中治疗前后NF-κB1,Akt1表达差异具有统计学意义。结论 化毒三阴方可调控气虚质TNBC患者的PI3K/Akt/NF-κB信号通路上的基因表达,使NF-κB1,Akt1表达下调,PIK3CA,Bcl-xL表达上调。     

基于转录组数据挖掘和生物分子网络分析整合的雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎疗效标志的发现研究

基于转录组数据挖掘和生物分子网络分析的整合研究策略,发现雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的候选疗效标志,并构建其疗效预测模型。从临床收集接受雷公藤多苷片治疗的RA患者外周血样本,提取外周血单个核细胞(PBMC),整合全基因组表达谱特征分别获得雷公藤多苷片治疗RA疗效差异mRNA 360个(185个上调,175个下调)、miRNA 24个(7上调,17下调)。基于miRanada和Target Scan数据库共获得206个差异miRNA靶基因,建立miRNAs-靶mRNA共表达调控网络及miRNA介导的基因表达调控网络,并通过网络拓扑特征计算,筛选到3个候选疗效标志miRNAs(hsa-miR-4720-5p,hsa-miR-374b-5p,hsa-miR-185-3p)。基于上述3个候选标志在RA患者外周血样本中的表达量,采用偏最小二乘法,构建雷公藤多苷片治疗RA药效预测模型。通过5轮的交叉验证,该模型对雷公藤多苷片治疗RA的疗效预测准确率(ACC)分别为100. 00%,100. 00%,100. 00%,66. 67%,66. 67%,受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线下面积(AUC)均为1. 00,表明该模型的预测性能良好且稳定。雷公藤多苷片治疗RA的疗效预测模型有助于临床筛选适用雷公藤多苷片治疗的RA患者,为临床制定RA个体化精准治疗方案提供一种新型、高效且无创的辅助工具。     

山豆根致大鼠肝损伤外周血microRNA早期变化特征研究

目的 探讨山豆根致肝损伤外周血微小RNA（microRNA,miRNA）的早期变化特征,寻找肝损伤早期外周血miRNA标志物。方法 60只Wistar大鼠随机分为山豆根组和对照组,每组30只,分别给予山豆根水煎液12 g/kg（2 mL/100 g）和等容量蒸馏水灌胃。于给药3、7、14、28天和停药后28天分批处理动物,取血清,测定常规血液生化指标ALT、AST、TBIL、碱性磷酸酶（ALP）、总蛋白（TP）和白蛋白（ALB）水平,计算球蛋白（GLO）水平;取肝组织进行HE染色,观察病理形态学变化。同时分别取两组大鼠给药7、14、28天全血进行miRNA芯片检测,筛选差异表达miRNA,并进行RT-PCR验证。结果 山豆根组给药7～28天ALT明显升高（P<0.05）,组织病理学检查显示肝组织于给药28天出现肝细胞变性肿大。外周血miRNA芯片检测中,给药7、14、28天上调差异表达miRNA分别有11个、22个、13个,下调差异表达miRNA分别有1个、13个、2个。对给药7、14、28天共有差异表达miRNA通过靶基因预测和pathway分析发现,参与调控信号转导、细胞间相互作用、细胞骨架、免疫相关的差异表达miRNA可能参与了肝损伤的进程。时效高峰在7天的miR-291a-5p的RT-PCR验证显示,miR-291a-5p在外周血和肝组织的表达基本一致。结论 miR-291a-5p可在早期提示肝脏的损伤,可作为山豆根致肝损伤早期标志物之一。     

艾灸足三里穴对自然衰老大鼠睾丸miRNA表达谱的影响

摘要目的：观察艾灸足三里穴对自然衰老大鼠睾丸组织miRNA 表达谱的影响,从 miRNA的角度探讨艾灸延缓衰老的效应机制。 方法：以自然衰老大鼠（20月龄）为衰老模型,随机分为老年对照组、艾灸足三里穴组;另设青年对照组（9月龄）。采用HE染色观察艾灸足三里穴干预自然衰老大鼠的效应,并采用高通量测序的方法检测各组大鼠睾丸组织miRNA表达谱,运用生物信息软件对靶基因进行预测分析。 结果：病理结果提示,艾灸能明显改善自然衰老大鼠睾丸组织的形态结构。与青年组对比,老年对照组差异表达的miRNA有67个,其中上调3个,下调64个;与艾灸足三里组比较,老年对照组差异表达的miRNA有39个,其中上调4个,下调35个。表达量改变的 miR-1-3p, miR-19a-3p 和 miR-202-5p等28种miRNA,均可被艾灸足三里穴干预后逆转,其预测靶基因与涉及衰老和睾丸功能相关的多条调控通路密切相关。 结论：艾灸足三里穴对自然衰老大鼠睾丸组织衰老相关的结构变化具有改善作用,这与其影响睾丸组织miRNA表达谱相关,主要调节了睾丸组织异常表达的miRNAs,推测这可能是艾灸延缓睾丸衰老的部分作用机制。     

半夏白术天麻汤对癫痫大鼠海马miRNA-146a-5p表达的影响及生物信息学分析

目的通过对癫痫大鼠海马miRNA-146a-5p进行靶基因预测及信号通路生物信息学分析,为探讨癫痫的可能发病机制及半夏白术天麻汤抗癫痫作用机制的研究奠定基础。方法采用氯化锂-匹鲁卡品诱导制作癫痫发作大鼠模型。将实验大鼠随机分为正常组、模型组、中药组,每组20只。使用miRNA芯片技术分析检测大鼠海马神经元细胞miRNA表达谱。实时荧光定量PCR检测miRNA-146a-5p表达。利用miRDB对miRNA-146a-5p进行靶基因预测,并运用miRTar Base、DAVID进行GO功能和KEGG信号通路的富集分析。结果行为学观察显示,中药组大鼠发作次数和级别均较模型组明显降低。miRNA芯片结果显示,模型组miRNA-146a-5p表达水平是正常组的2.107倍(P0.05),经半夏白术天麻汤治疗后其表达量降至1.377倍(P0.05)。RT-PCR结果与芯片结果一致,表达差异有统计学意义(P0.05)。miRNA-146a-5p靶基因预测结果共有140个靶基因,GO注释共得到14个GO生物学过程注释信息(P0.05),9个细胞组分注释信息(P0.05),11个分子功能注释信息(P0.05)。KEGG生物通路富集显示,其140个靶基因显著富集于EB病毒感染信号通路,以及甲状腺激素信号通路上(P0.05)。结论 miRNA-146a-5p与癫痫发生后的炎症反应密切相关,半夏白术天麻汤可能通过控制癫痫发生后的炎症反应发挥抗癫痫的效应。     

基于生物信息学方法分析不同证型组肝癌组织中差异表达MicroRNA

目的探索肝癌中特异性表达的microRNA与所调控的靶基因网络关系、差异基因与细胞通路改变的关系及不同证型组间的表达差异。方法通过对肝癌组织样本进行miRNA芯片技术进行筛选,获得不同证型肝癌组织与正常肝组织中差异性表达miRNA,再用GO分析对这些miRNA进行靶基因预测和靶基因功能富集分析,得到网络调控的关键miRNA和受调控作用的关键靶基因及其功能,最后用PCR验证相关miRNA及比较不同中医证型组表达的差异。结果初步筛选出肝癌组织中明显上调的关键miRNA12个,下调的关键miRNA10个,GO分析发现靶基因与调控其他基因表达、细胞分化、生长、增殖、凋亡、生长因子受体通路、细胞粘附、血管生成和细胞运动等多项生物学过程有关。进一步的PCR验证也发现不同证型组间存在miRNA表达的差异。结论肝癌组织中差异性表达的miRNA及其所调控的靶基因与肝细胞发生癌变、癌细胞转移和肿瘤内血管生成等多个细胞学进程中的多个靶点起到关键作用,不同证型组肝癌组miRNA表达谱具有独自的特征。     

血塞通对冠心病不稳定型心绞痛血瘀证患者microRNA的干预作用

目的:观察血塞通(XST)治疗及干预冠心病不稳定型心绞痛血瘀证临床疗效及患者外周血hsa-miR-199a-5p,hsa-miR-146b-5p,KIR3DS1,HLA-DPB1,TP53SESN2,NCR1,PRF1表达的影响,阐述XST治疗冠心病血瘀证可能的分子机制。方法:选取心绞痛分级Ⅰ~Ⅲ级的冠心病不稳定型心绞痛血瘀证患者80例,随机分为对照组和治疗组,各40例。对照组给予常规西药治疗+安慰剂,治疗组在常规西药治疗基础上加用血塞通软胶囊,治疗4周。观察治疗前后患者缺血总负荷、西雅图心绞痛质量评分,血流动力学和血脂指标变化,评估XST治疗冠心病血瘀证的临床疗效。实时荧光定量聚合酶链反应(Realtime polymerase chain reaction,Real-time PCR)检测外周血hsa-miR-199a-5p,hsa-miR-146b-5p,KIR3DS1,HLA-DPB1,TP53,SESN2,NCR1,PRF1等基因表达变化。结果:治疗后与对照组比较,治疗组缺血总负荷降低(P0.05);治疗后与对照组比较,治疗组全血黏度、血浆黏度和红细胞刚性指数下降(P0.05);治疗后与对照组比较,治疗组甘油三酯(TG),总胆固醇(TC),低密度脂蛋白-胆固醇(LDL-C)降低(P0.05);治疗后与对照组比较,治疗组KIR3DS1,TP53,SESN2,PRF1上调,hsa-miR-199a-5p,hsa-miR-146b-5p下调(P0.05)结论:XST可有效改善冠心病不稳定型心绞痛血瘀证患者症状,其机制可能与调控hsa-miR-199a-5p,hsa-miR-146b-5p相关。     

急性心肌缺血血瘀证大鼠模型microRNAs差异表达的研究

目的:对急性心肌缺血血瘀证大鼠模型差异microRNAs进行筛选和靶基因的预测,并对相关差异靶基因进行生物信息学分析。方法:采用冠状动脉结扎法结合血液流变学指标制备大鼠急性心肌缺血血瘀证模型,应用表达谱芯片检测病变组织miRNA的差异表达,运用miRNA靶基因数据库筛选靶基因,通过DAVID数据库和GO数据库对筛选出的靶基因进行搜索及注释,并通过VISANT、SPRING数据库进行蛋白相互作用分析。结果:共筛选出27个与急性心肌缺血血瘀证大鼠模型相关的差异miRNAs。初步预测其调控的靶基因数量为46个。差异microRNAs的靶基因主要参与19种生物学过程、9种细胞组分和8类分子途径,发现节点97个,路径映射15个,节点的功能种类包括12类。结论:急性心肌缺血血瘀证大鼠模型差异microRNAs靶基因的功能及相互作用主要体现在信号转导、炎症反应、癌症转录、代谢等方面。急性心肌缺血血瘀证是多环节、多位点、多种生物学进程协同作用的复杂病理反应,利用生物信息学技术可从"整体"、"联系"的角度对中医证侯的机制作出预测。     

清络通痹方对佐剂性关节炎大鼠破骨细胞分化相关miRNA表达的影响

目的观察清络通痹方(Qingluo Tongbi Compound,QTC)对佐剂性关节炎(adjuvant induced arthritis,AIA)大鼠骨破坏相关miRNA表达的影响,探讨其治疗类风湿关节炎的机制。方法建立AIA大鼠滑膜成纤维细胞和单核细胞共培养诱生破骨样细胞模型,应用miRNA芯片的方法初步筛选破骨细胞分化后期miRNA的异常表达谱,并采用实时定量PCR(RT-PCR)对芯片结果进行验证。制备QTC含药血清和空白血清,将破骨细胞随机分为空白组、空白血清组及QTC组,采用RT-PCR检测QTC对差异表达miRNA的影响,并应用生物信息学软件对关键性miRNA进行分析。结果与单核细胞比较,破骨样细胞分化过程中存在明显差异表达的miRNAs共211个,其中表达上调88个,表达下调123个。RT-PCR验证结果与芯片检测结果表达趋势一致。RT-PCR结果显示,QTC干预后miR-140-5p表达明显上调,生物信息学分析结果显示miR-140-5p靶基因显著富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、Ras信号通路、c AMP信号通路和Rap1信号通路等信号通路上。结论破骨样细胞分化后期存在多种miRNAs失调,QTC可能通过影响miR-140-5p的表达参与调控破骨细胞的分化。     

Chir99021联合PD0325901对小鼠胚胎干细胞中miRNAs差异表达的影响

目的通过研究Chir99021联合PD0325901对小鼠胚胎干细胞中miRNAs差异表达的影响,为揭示胚胎干细胞的自我更新和分化的机制提供更多线索。方法采用miRNA基因芯片技术检测Chir99021联合PD0325901处理组和PD0325901处理组miRNAs的表达谱差异。选取3倍以上及通过查文献与胚胎干细胞自我更新相关的1.5倍以上3倍以下的miRNAs,采用实时荧光定量PCR法验证,利用miRDB、Miranda两个数据库交叉预测差异表达的靶基因,并应用KEGG Pathway进行靶基因功能富集分析。结果与PD0325901单独处理相比,Chir99021联合PD0325901处理组有47种miRNAs上调1.5倍以上,75种miRNAs下调1.5倍以上;用实时荧光定量PCR验证差异表达的miRNAs,结果显示13个miRNAs与芯片结果相符。靶基因预测分析显示,miR-466a-5p、miR-466d-5p处于重要位置,Plcb1、Prkcb处于关键基因位置。结论 Chir99021可引起小鼠胚胎干细胞中的miRNAs差异表达,差异表达的miRNAs可能通过调控Plcb1、Prkcb基因而影响胚胎干细胞的自我更新。