利用Primer Premier 5.0进行引物设计

目前,PCR引物设计大都通过计算机软件进行。本文详细的介绍了怎样利用"Primer Premier 5.0"软件进行PCR引物设计。     

pres基因打靶载体同源臂的PCR引物设计

目的：设计pres基因打靶载体同源臂的PCR引物。方法：在对pres基因结构和功能进行分析之后,选取目标扩增区域进行针对性的酶切位点分析,基于引物设计原则,在符合酶切位点要求的区域内设计同源臂PCR引物。结果：用于构建打靶载体同源长短臂的引物设计符合研究要求。结论：在考虑引物设计原则和酶切位点分析的基础上,可成功设计打靶载体同源臂PCR引物。     

从GenBank获取基因序列及PCR引物设计的方法

去年9月,我参加中组部、团中央组织的“博士服务团”来到青海医学院工作,适逢格日力教授从美国回到青海组建高原医学研究中心,我发挥自己所长协助格教授筹建该中心所属的基因工程与分子生物学实验室。在青海半年多的工作实践中,我发现青海地区在医学科研方面与内地存在很大差距:缺乏进行深入研究必需的基本设备,人才严重缺乏,现有人员缺乏一些重要的基础知识,不能利用网络获     

大肠杆菌asd基因PCR引物设计及其长模板PCR扩增

目的 获得大肠杆菌全长ａｓｄ基因，方法 采用计算机引物设计软件，长模板ＰＣＲ扩增法及限制性内切酶切分析。结果 设计一对Ｅ．ｃｏｌｉａｓｄ基因ＰＣＲ引物，经长模板ＰＣＲ扩增获得１５１０ｂｐＰＣＲ扩增片段，经限制性内切酶酶切分析，证明该片段与电脑查询的Ｅ．ｃｏｌｉａｓｄ基因酶切谱相同。结论 本文设计的引物用长模板ＰＣＲ扩增法得到的片段初步确认为Ｅ．ｃｏｌｉａｓｄ基因。     

四种基因甲基化特异性PCR引物设计探讨

目的: 对甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)引物设计进行探讨.方法: 使用Methyl Primer Express Software Version 1.0软件、"methprimer"和"MSPprimer"的网上在线软件设计的引物以及参照国外文献的MSP引物对CCAAT/增强子结合蛋白ζ(CEBPζ),CCAAT/增强子结合蛋白δ(CEBPδ)、脆性组氨酸三联体(FHIT)和死亡相关蛋白激酶(DAPK)基因启动子进行MSP扩增,然后对其MSP产物进行测序验证以比较MSP引物设计的可靠性.结果: 对于CEBPζ,CEBPδ,FHIT和DAPK启动子基因所设计的MSP引物经MSP后均获得了所需要的目的条带,但经测序鉴定Methyl Primer Express和methprimer设计的CEBPδ,CEBPζ-1的MSP扩增产物为假阳性产物,而MSPprimer设计的CEBPζ-2的MSP产物为正确序列.结论: MSP引物设计的质量是保证MSP扩增成功的关键因素.     

多重引物与共有引物PCR法检测宫颈癌组织中的HPVDNA的比较及意义

人子宫颈鳞状上皮癌(简称宫颈癌)是妇女死亡的主要原因之一,近年来,实验室的研究证明了某些类型的人乳头瘤病毒(Human Papillomavirus,HPV)与宫颈癌以及其它几种生殖肿瘤病有明显的关系。本文应用多重引物与共有引物PCR法对山西60例宫颈癌活检组织人乳头瘤病毒的检测,结果表明,多重引物PCR检出率为81.66％;共有引物PCRHPV检出率为85％,两法符合毕为93.33％。共有引物PCR法比多重引物PCR法检出率高。两种方法各有其特点。本文认为大规模普查最好采用共有引物PCR法,它的特点是广谱,费用低。对临床HPVs感染的鉴别诊断最好选用多重PCR法。     

高GC含量DNA序列PCR扩增的引物设计

目的建立一种高GC含量DNA序列PCR扩增的引物设计方法。方法共设计了15对高GC含量（66.0%~84.0%）DNA序列PCR扩增引物,引物Tm值均≥79.7℃,引物Tm差值（△Tm）均≤1℃。对本研究所设计引物及相关参考文献中部分引物的参数进行统计学分析。另外,基于本研究方法,设计了26对引物,以验证该方法在非高GC含量（35.2%~53.5%）DNA序列PCR扩增中的实用性。结果采用本研究方法,所有15对高GC含量DNA序列均成功扩增;统计结果显示,Tm值和△Tm是影响高GC含量DNA序列扩增的主要因素。结论设计具有较高Tm值和较低△Tm的引物可有效的解决高GC含量DNA序列的PCR扩增问题。另外,在较高的退火温度下,引物或DNA序列的二级结构无法形成。     

DNA甲基化PCR引物的设计

DNA甲基化是哺乳类动物一个重要的基因外遗传信号。有研究表明,DNA甲基化与大多数肿瘤的发生相关,抑癌基因启动子CpG岛的高甲基化可引起抑癌基因表达沉默,细胞出现无节制生长,导致肿瘤的发生[1]。目前,甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MS-PCR)是研究DNA甲基化最为常用且准确度较高的方法之一,而理想的引物设计则是其成功的关键因素之一。国外互联网上有1个提供免费在线引物设计程序“MethPrimer”,它能够预测CpG岛,根据实验者要求设计硫化测序PCR(bisulfate-sequencing PCR,BSP)和甲基化特异性PCR(methylation-sp…     

型特异性引物PCR研究HBV基因型与临床表现的关系

目的：研究乙肝病毒（HBV）基因型与临床表现的关系。方法：收集湖南省慢性携带、慢性轻度、慢性中度、慢性重度和慢性重型等5种临床类型的慢性乙肝病人的血清220例,采用型特异性引物进行巢式PCR,对血清中的HBV进行基因分型,比较不同基因型的临床资料。结果：发现B,C两种基因型,比例分别为86.4% 和13.6％。随着病情加重,基因C型的比例增加（P＜0.05）。C型的谷丙转氨酶（ALT）、总胆红素（TBIL）、HBV-DNA等平均水平均较B型高,但无统计学意义。C型的ALT升高率（96.7％）显著高于B型（75.2％）（P＜0.05）。B,C两型的HBeAg阳性率总体无差别,但在慢性重型以及21~30岁年龄段的患者中,C型的HBeAg阳性率（35.0％和50.0％）均显著高于B型（14.4％和24.5％）（均P＜0.05）。结论：湖南省HBV基因型以B,C型为主,基因型与临床表现有相关性,C型引起的病情较B型重。     

不同溶解液对CYP1B1 432密码子PCR引物稳定性的影响

引物是所有聚合酶链式反应（Polymeraseehain re8edon,PER）中必须使用的主要材料之一,引物的稳定性对PCR的结果有着重要影响,可以说是决定PCR成败的关键因素,而不同的引物溶解溶液对引物的稳定性有着重要影响,     

通用引物PCR法在人乳头瘤病毒基因检测中的应用

目的 建立通用引物PCR法检测人乳头瘤病毒(HPV)基因的方法,探讨其在临床辅助诊断中的应用.方法 收集787份标本,其中来自男性160份,女性标本627份.标本均使用通用引物对MY11/09扩增HPVL1基因片段.同时扩增β球蛋白(β-globin)基因作为内对照.结果 787份标本中,191份标本HPVL1基因阳性,阳性率为24.3%.男性20～岁组HPV的检出率最高,女性30～岁组HPV的检出率最高,但均无年龄上的显著性差异.患有性病(淋病、尖锐湿疣)、不孕症、宫颈炎、非淋菌性阴道炎等疾病的女性,HPVL1基因的检出率分别为83.3%、20.9%、22.7%、28.0%.男性性病(淋病、尖锐湿疣)、前列腺炎、非淋菌性尿道炎、不育症患者的HPVL1基因检出率分别为42.9%、18.9%、12.5%、7.8%.结论 HPVL1基因的检出率较高.通用引物PCR法在临床检验中具有较高的敏感性和特异性.     

用微小卫星引物PCR鉴定红色毛癣菌和须癣毛癣菌

目的：观察红色毛癣菌和须癣毛菌临床离株DNA PCR指纹的差异,找出一种区分红色毛癣菌和须癣毛癣菌的基因分类方法。方法：采用寡核苷酸重复序列（GACA）4、（GTG）5及M13中心序列（5′-GAGGGTGGCGGTTCT-3′）3上物,对23株红色毛癣菌和11株须癣毛癣菌临床分离株的DNA进行PCR扩增,观察产物电泳带型的差异。结果：在3种引物的扩增产物中,均可见红色毛镁菌和须癣毛癣菌呈现出不同的DNA指纹,其中,以引物（GACA）4扩增的条带差异最为清晰。结论：X工色毛癣菌和须癣毛癣菌可以用PCR方法加以鉴别,以（GACA）4作引物 区这两种菌较为合适。     

HCV NS-5区分型引物法检测新疆两城市HCV基因型

目的：了解新疆两城市丙型肝炎病毒感染者中存在哪些基因型，以便为今后防治ＨＣＶ感染提供依据。方法：用ＲＴ－ＰＣＲ技术，选择ＨＣＶＮＳ－５区设计的分型引物（１ａ、１ｂ、２ａ和２ｂ）进行基因分型。结果：我们检测了１２８例（乌鲁木齐市９７例，克拉玛依市３１例）已证实为丙型肝炎病毒感染者的血清，其中基因分型检测出的９８例中可分为１ａ型１４例（１４．３％）、１ｂ型５８例（５９．３％）、２ａ型１１例（１１．８％）、２ｂ型１０例（１０．３％），混合感染５例（５．２％）（１ａ＋１ｂ型４例，１ｂ＋２ａ型１例）。在乌鲁木齐市和克拉玛依市的ＨＣＶ感染者中１ａ型分别为１１／７３例和３／２５例，１ｂ型分别为４６／７３例和１２／２５例。结论：表明新疆至少存在ＨＣＶ１ａ、１ｂ、２ａ和２ｂ基因型，但以１ｂ基因型感染为主。比较乌鲁木齐市和克拉玛依市两城市的ＨＣＶ基因型分布显示１ａ型和１ｂ型分布有明显差别（χ２＝３６，Ｐ＜０．００１）。另３０例用本方法未能检出分型，提示可能还有其它基因型存在     

淋球菌RAPD分型的引物筛选与应用

目的为了研究不同淋球菌菌株的基因多态性,了解不同菌株之间的亲缘关系,选择适当的随机引物。方法以淋球菌基因组DNA为模板,对淋球菌进行RAPD扩增,选择多态性好、重复性好、稳定性强的随机引物,并用S38号引物对不同淋球菌基因组DNA进行指纹图谱区分。结果从Sagon公司50条RAPD随机引物中筛选出8条扩增效果良好的引物,经RAPD扩增出的淋球菌指纹图谱间有明显不同的DNA多态性,可对不同菌株进行聚类分析。结论利用RAPD技术对淋球菌进行随机引物的筛选,可为今后淋球菌的分子流行病学研究奠定基础。     

PCR试纸条检测乙肝病毒DNA新方法研究

目的通过和荧光定量PCR法的对比,试验一种乙肝病毒DNA检测的新方法（PCR试纸条）的特异性和敏感性,并评价其应用前景。方法对比检测4组不同HBV—DNA拷贝数的标本,分析PCR试纸条法检测HBV—DNA的敏感性和特异性。结果在18例〉10^7／ml的标本中检出了强阳性结果17例,27例10^5～10^7标本检出了中等阳性结果23例,在27例10^3-10^5标本中检出弱阳性结果22例,经统计学检验均有显著差异。而28例〈10^3标本检测结果均为阴性。结论研究结果显示该PCR杂交试纸条法检测HBV—DNA能够简便快速地获得HBV—DNA半定量结果,不需荧光定量PCR仪,检测成本低,易于在基层医院推广使用。