2014—2019年东莞市Ⅰ型登革病毒E基因进化特征分析

目的了解东莞市2014—2019年登革热流行情况和血清型Ⅰ型登革病毒(DENV-1)基因型及E基因特征。方法收集2014—2019年东莞市各镇街医院上送的经临床诊断为疑似登革热病例血清样本共962份,其中的729份样本应用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行登革IgM抗体检测,全部962份血清样本采用实时荧光PCR进行检测,核酸阳性样本中的血清型Ⅰ型样本用细胞培养方法进行病毒分离鉴定,并对其E基因序列进行测序及系统进化树分析。结果2014—2019年东莞市登革热7—11月为流行期,9—10月为发病高峰。检出IgM抗体阳性样本261份,阳性率35.90%。962份急性期血清中登革病毒核酸阳性362份,阳性率37.6%,其中DENV-1阳性311份,占85.9%。分离获得35株DENV-1毒株,E基因序列比对和系统进化分析显示,35株DENV-1分离株间核苷酸相似度为89.8%~100.0%,分属基因Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅴ型,分别为29、1和5株。所有35株分离株与广州、浙江等地及越南、菲律宾、印度等东南亚国家当年或往年流行株同源性较高。结论2014—2019年东莞市流行的DENV-1优势型别为基因Ⅰ型。流行方式可能为广州等周边城市及东南亚国家输入病例引起的本地暴发流行。须警惕基因Ⅴ型DENV-1输入引起登革热暴发流行。     

广州市2009-2010年DENV-3型病毒分子生物学特征分析

目的探讨广州市DENV-3型病毒的基因变异及传播模式,为登革热疫情防控提供科学建议。方法对2009-2010年采集的疑似登革热病例早期血标本进行检测RT-PCR,阳性标本血清接种至C6/36细胞进行病毒分离培养。对登革病毒E基因进行测序,并与基因库中全球和中国其他省份DENV-3代表病毒株进行比对,对广州病毒分离株的来源和同源性进行分析。结果共分离获得13份DENV-3型病毒样本(2009年7份,2010年6份),基因树系谱分析显示DENV-3型病毒包括3个基因型(Ⅰ,Ⅲ,Ⅴ),其中基因Ⅰ型来源于印度尼西亚,基因Ⅲ型的2个节点族中,A节点族来源于科特迪瓦,B节点族来源于坦桑尼亚,基因型Ⅴ来源于菲律宾。2009年和2010年病毒株E基因核酸分别存在1.3%~9.0%和0.5%~3.9%的差异。结论 2010年分离病毒株并非2009年的延续,不同基因型的DENV-3型病毒可能是通过不同的地理路径传入。     

云南省中缅边境2015年一起登革热暴发的分子特征分析

目的 对2015年云南省中缅边境一起登革热暴发查明病因,对流行的登革病毒(DENV)进行分子特征分析,为疾病防控提供病原学证据。方法 采用半巢式RT-PCR方法检测2015年7月云南省耿马县孟定镇DENV NS1抗原阳性血清中的DENV特异核酸(CprM基因),对阳性标本用DENV E基因特异引物进行扩增,并将PCR产物送测序,经拼接剪切后的序列在NCBI网站进行BLAST比对,在Megalign中计算核苷酸相似性;在GenBank中选出不同国家和地区不同年度的DENV E基因序列作为参考序列,在Mega 5.05 软件中采用邻接(NJ)法构建系统进化树。结果 对25份中国云南省耿马县孟定镇本地病例和14份缅甸输入病例DENV NS1抗原阳性的血清标本进行DENV特异核酸检测,共有21份本地和10份缅甸输入病例标本为DENV-1阳性,其余8份为DENV阴性。测序得到13株(8株来源于本地病例,5株来源于输入病例)1 485 bp的E基因序列,核苷酸相似性为100%,12株(9株来源于本地病例和3株来源于输入病例)406 bp的CprM基因序列,核苷酸相似性为100%。系统进化分析显示,13株E基因序列均属于DENV-1的基因Ⅰ型,位于独立的进化分支。结论 本次登革热暴发由DENV-1的基因Ⅰ型引起,该病毒与相邻缅甸区域流行的DENV进化关系最近,当地需加强对登革热防控的综合措施,以防止登革热疫情的进一步扩散。     

广州与佛山地区2014年登革病毒基因型特征研究

目的对2014年广州与佛山地区登革病毒C-prM区进行基因测序,从分子水平与相关国际流行株进行同源性比较,构建系统发育树,追踪其可能输入来源。方法收集本院2014年9月-11月447例登革热疑似患者急性期血清,随机选取其中广州与佛山地区不同区域的24例标本,提取病毒RNA,RT-PCR法扩增C-prM基因,并将其克隆到p MD19T载体,测序并利用生物信息学软件进行分析。结果成功测序登革病毒11株,BLAST分析表明均为登革1型病毒(DENV-1)。系统发育树结果显示GZ2014-01等序列与2010年印度德里流行株同源性高(相似度为99.21%),GZ2014-02等序列与2013年广州流行株相近(相似度为97.64%~98.82%)。广州株GZ2014-01等和佛山株GZ2014-23属于基因型Ⅴ,而广州株GZ2014-02等和佛山株GZ2014-20属于基因型Ⅰ。结论 GZ2014-01等株可能来源于印度德里,而GZ2014-02等株可能来源于中国广州。登革病毒多基因型流行可能是造成2014年登革热大暴发的原因之一。     

2019年珠海市登革病毒流行情况及E基因演化分析

目的 通过对2019年珠海市登革热流行病学数据及及登革病毒包膜蛋白基因（E基因）序列进行分析,了解珠海市登革热流行规律和病毒遗传进化特点。方法 2019年珠海疾病预防控制中心采集登革热临床诊断病例的血液标本,对病例进行流行病学调查,磁珠法提取病毒核酸,用Real-time RT-PCR进行检测,阳性标本用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型获得的基因序列,采用MEGA6.0软件进行系统进化分析。结果 共收集登革热临床诊断病例185例,实验室诊断病例99例,实验室诊断病例较2018年同期增长154%。其中输入性病例53例,本地感染病例46例,男性61例,女性38例,进入9月份本地感染病例增多,以散发状态为主,其中本地暴发疫情2起;75例成功测序,以DENV-1型为主,占88.00%,全部属于基因Ⅰ亚型,分布在3个不同分支上,分别与2017年越南、2015柬埔寨、2014年马来西亚、新加坡,2012、2014年斯里兰卡等流行株高度同源;DENV-2和DENV-3病例均为输入病例。结论 珠海市登革热主要由东南亚输入,极易发生输入性病例引起本地暴发流行,定期对流行的登革病毒进行序列分析有利于分析该病毒的基因进化方向。     

重庆口岸输入性登革热病例的分子流行病学调查

目的对2014年重庆口岸首起输入性登革热疫情进行分子流行病学调查,确定病毒的基因型别及感染来源。方法采集2014年重庆口岸首起聚集性输入登革热疑似病例血清样本,进行IgM/IgG抗体检测、核酸检测(实时荧光RTPCR)以及病毒分离;用RT-PCR方法扩增病毒分离株E基因,进行核苷酸序列测定和进化分析。结果共采集21份血清样本,其中4份样本IgM抗体阳性,阳性率为19%,IgG均阴性;9份样本为登革热病毒1型核酸阳性。分离得到4株登革病毒,4株病毒的E基因序列同源性为100%,与印度尼西亚的毒株进化关系最近,同源性为99.1%。结论输入性登革病毒与印度尼西亚的登革病毒1型亲缘关系最近,提示其传染源极有可能在印度尼西亚。     

浙江省2013年输入性登革热病例病原分子溯源

目的对2013年浙江省登革热病例进行实验室确诊与病原的分子溯源。方法对患者血清样本同时进行登革热病毒Ig M抗体和核酸检测及病毒分离,阳性分离株采用RT-PCR方法扩增E基因,进行核苷酸序列测定和同源性与进化分析。结果 18例患者发病前均有在境外登革热流行区暴露史,从患者18份血清样本中检测到登革热病毒Ig M抗体阳性15份(83.3%),核酸阳性8份(44.4%),分离到登革热1型病毒6株,4型1株。6株登革热1型株之间E基因核苷酸和氨基酸同源性分别为90.9%~99.7%和96.8%~100%,与浙江省2004年登革热1型株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为91.4%~98.5%和96.6%~99.0%;E基因进化树显示,登革热1型株位于GⅠ、GⅣ和GⅤ基因亚型上,登革热4型株位于GⅠ亚型上,2013年7株登革热病毒与浙江省2004-2009年登革热病毒之间亲缘关系较远。结论证实2013年浙江省登革热病例均为输入性,输入国为菲律宾、安哥拉、斯里兰卡和巴西等;登革热1型株基因亚型分别为亚洲型、南太平洋型和美洲/非洲型,登革热4型株为东南亚型;登革热4型病毒为浙江省首次分离。     

福建口岸输入登革I型病毒E基因序列分析

目的研究分析福建口岸输入登革I型病毒E基因序列,为登革热诊断的分子溯源提供参考。方法收集2012—2013年福建口岸截获的7例入境Ⅰ型登革热病例资料及血清标本,用C6/36细胞培养分离病毒,提取病毒RNA,用RT-nested-PCR扩增包含E基因全长的核酸片段,扩增产物经纯化、测序,用生物学软件进行DNA序列比对分析。结果用C6/36细胞从7例登革热病例血清中成功分离出7株登革病毒株,经RT-nested-PCR证实均为DENV-Ⅰ型,构建E基因全长进化树分析发现,分离株与新加坡、越南和菲律宾等地的病毒株同源性最高,与病例入境时进行的流行病学调查资料完全吻合。结论从分子水平证明登革热病例血清中分离到的毒株为DENV-Ⅰ型病毒,结合流行病学调查资料,证实均为输入性感染病例,最有可能来源于东南亚一带。     

广西壮族自治区2014年登革热暴发疫情流行病学特征和病原溯源

目的 了解2014年广西壮族自治区（广西）登革热暴发疫情流行病学特征和病原来源。方法 描述疫情时间、人群和地区分布特征,应用ELISA方法检测血清标本中的登革病毒（DENV）NS1抗原,用RT-PCR方法对NS1抗原阳性标本进行DENV血清分型、E基因序列扩增和测定,分析E基因序列一致性和进化关系。结果 2014年9-12月广西暴发DENV-1和DENV-2引起的本地登革热疫情,报告登革热病例854例（实验室诊断病例712例,临床诊断病例142例）,79.63%（680/854）病例集中在2014年9月22日至10月21日;所有病例均为典型登革热病例,无重症和死亡病例; 83.61%（714/854）病例年龄为15～59岁,46.60%（398/854）病例职业为干部和商业服务;疫情主要发生在南宁市和梧州市,E基因进化分析表明,中国南宁市本地病例分离株属DENV-1基因Ⅰ型,与新加坡分离毒株（SG EHI D1/529Y13）一致性为100.00%;梧州市本地病例分离株与广东省分离毒株（D14005）同源性最高,属DENV-2 Cosmopolitan基因型。结论 2014年广西登革热暴发疫情可能由输入性病例或媒介引起,中国南宁市本地暴发疫情病原为DENV-1,可能来源于新加坡;梧州市本地暴发疫情病原为DENV-2,可能从广东省输入。应加强输入性登革热病例监测和早期检测,做好蚊媒监测,提高疑似登革热病例诊断意识,以有效防控登革热疫情。     

2019年珠海市登革病毒传播影响因素分析

目的 根据2019年珠海市登革病毒（DENV）的流行病学数据统计分析、DENV包膜蛋白（E）基因序列测定、登革抗体水平回顾分析及蚊媒密度监测,分析珠海市登革病毒传播的影响因素。方法 收集2019年登革热流行病学资料开展统计学分析;采集登革热临床诊断病例的血清标本,提取RNA,用RT - PCR方法检测,阳性标本针对E基因测序分型,构建进化树分析样品来源;采集2017—2019年珠海市200份/年的健康人群血清进行登革热抗体IgG检测;开展珠海市2019年蚊媒监测。结果 珠海2019年DENV流行的血清型主要为DENV - 1型,全部属于基因Ⅰ亚型,并分布在3个不同的分支上,分别与2017年越南、2015年柬埔寨,2014年马来西亚、新加坡,2014、2012年斯里兰卡等流行株高度同源;少数感染DENV - 2与DENV - 3病例均为输入病例,核酸序列与分别输入国的流行株序列高度同源;登革病毒IgG抗体阳性率逐年提高（2017年的1.5%到2019年12%）;2019年全市BI指数月平均值处在1.4～3.6之间。结论 目前珠海市登革病毒流行方式属于输入性引起的本地暴发流行,鉴于珠海登革疫情预警机制和蚊媒密度监测等工作推断,我市未来几年大范围暴发本地登革热疫情几率不高。     

2016年-2018年浙江省义乌市输入1型登革病毒分子溯源分析

目的对2016年-2018年义乌市输入1型登革热病例进行实验室检测与分子溯源分析。方法采集登革热病例急性期血清标本进行NS1抗原和核酸检测,用RT-PCR法扩增包膜蛋白(Envelope protein,E)基因,测定核苷酸序列并进行系统进化分析。结果6例登革热病例NS1抗原和核酸检测结果均为阳性。6株毒株之间的E基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~99.3%和98.8%~100%,系统进化分析显示,E基因序列均属于登革病毒1型的GⅠ亚型,与东南亚2003年-2016年分离病毒株亲缘关系最近。结论2016年-2018年义乌市输入登革病毒1型的亚型主要为GⅠ亚型,输入来源主要为东南亚国家。     

福建省莆田市2007-2015年登革病毒E基因序列分析

目的 测定登革病毒E基因序列,探讨病毒传播来源及基因型.方法 收集福建省莆田市2007-2015年登革热患者血清样品分离的毒株12份,用RT-PCR法扩增登革病毒E基因测定基因序列,并绘制系统发育树.结果 莆田市登革热4次暴发的病例血清型别均为DENV-2型Cosmopolitan基因型.BLAST分析表明,几次暴发的毒株与东南亚国家或广东有较高的一致性,相似度达99％.结论 结合BLAST和系统发育树分析推测,莆田市2007-2015年DENV-2可能由东南亚国家或广东省输入,应加强出入境人员的疾病监测.     

云南中缅边境一起输入性登革热暴发的分子流行病学研究

目的调查云南中缅边境一起输入性登革热流行状况及其流行病毒株的分子流行病学特点。方法采集医院就诊和口岸入境人员中登革热、疑似登革热和不明原因发热患者血清标本并进行流行病学调查,采用ELISA检测登革病毒IgM抗体,RT-PCR检测登革病毒核酸,核酸阳性标本进行登革病毒PrM．C和NS,区的基因核苷酸序列测定和分析。结果2008年7—11月在云南省瑞丽市共采集急性期患者血清标本103份,经登革病毒IgM抗体和核酸检测,49例确诊为登革热。其中除1例为当地感染病例,其余48例均为输入性病例,其中18例来自缅甸木姐市居民,30例为中国居民到缅甸经商或务工返回后发病者。从缅甸输入病例血清中获得2株病毒(RLB61和RLC31)的PrM．C和NS,区基因核苷酸序列,同源性和系统进化分析表明,RLB61株为登革l型病毒,RLC31株为登革3型病毒,与东南亚登革病毒流行株具有较近的亲缘关系。结论经血清学和分子流行病学证实瑞丽市边境地区发生输入性登革热暴发,并间接证实缅甸木姐市2008年存在登革l和3型病毒流行。     

2015-2017年汕头市登革病毒分子流行病学研究

目的 为了解汕头市登革病毒的分子特征与病毒的来源和传播途径,对汕头市登革病毒进行分子监测,并对登革病毒进行分子流行病学研究。方法 利用2015-2017年间采集的174例登革热疑似患者的血清样本;对样本进行登革病毒IgM和IgG、NS1抗原检测;采用实时rt-PCR进行登革病毒RNA检测和血清分型;PCR扩增病毒的包膜(E)基因并进行序列测定;对序列进行系统发育分析,以推测病毒的基因型、起源和传播。结果 174例登革热疑似病例中,59例(33.9%)检出登革病毒感染。血清型以DENV-2为主(15例,占51.7%),其次为DENV-1(12例,占41.4%),DENV-3和DENV-4各1例;DENV-1型毒株的基因型有I型和IV型,DENV-2型毒株均属于cosmopolitan基因型;序列分析表明,汕头菌株与东南亚国家分离的菌株关系密切。结论 本研究揭示了汕头市登革病毒的血清型和基因型的分布,血清型以DENV-2为主,基因型以cosmopolitan为主;推测汕头登革热流行的病毒株多来源于市外,而非本地流行;病毒毒株的主要起源地为东南亚国家。     

2013年广州市登革热流行病学特征及病毒E基因进化特征分析

目的了解登革热流行病学特征,分析分离毒株E基因分子进化特征。方法采用描述性流行病学方法分析2013年广州市登革热疫情,采用酶联免疫法(ELISA)对登革热疑似病例血清进行抗体检测,阳性病例的急性期血清标本以C6/36细胞进行病毒分离培养;采用RT-PCR扩增分离毒株的E基因,并对扩增产物进行序列分析,应用MEGA 5.05进行进化特征分析。结果 2013年广州市累计报告登革热确诊病例1 270例,发病率为9.96/10万,以本地病例为主(占98.66%),输入病例以东南亚国家为主(占88.24%)。发病高峰为10-11月(占85.28%)。169份登革热病例急性期血清共分离48株登革病毒(Ⅰ型47株,Ⅱ型1株),与近年来广州、东南亚分离株高度同源。结论广州市登革热发病率呈上升趋势,暴发风险较大,须加强监测力度,强化蚊媒的控制,降低登革热传播风险。     

2019年湖北省首起登革热本地感染疫情病原分子溯源

目的分离培养及鉴定湖北省2019年首起本地感染登革热病例病原体,以确定病毒的血清型和基因型并进行溯源。方法采集患者血清标本用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行IgM和IgG抗体检测;用荧光定量PCR方法鉴定登革热病毒血清型;采用C6/36细胞分离登革热病毒后获取病毒E基因和全基因组序列进行系统进化分析,追溯可能的感染来源。结果该起疫情病原鉴定为登革热病毒血清Ⅰ型并分离到登革热Ⅰ型毒株5株;经系统进化分析属于登革热Ⅰ型中的基因Ⅰ型,与2019年广州分离株同源性最高。结论湖北省2019年首起登革热本地感染疫情由Ⅰ型登革热病毒的基因Ⅰ型引起。     

南宁市37例登革病毒1型E基因系统进化分析

目的 对南宁市37例登革病毒1型（DENV1）流行株E基因进行序列测定,分析其分子生物学特征,探讨其可能来源。方法 选取2014年12份、2019年25份,共37份经确证为DENV1感染者阳性血浆样本,RT PCR扩增E基因片段,测序后进行同源性比较、系统进化分析。结果 测序后共获得37条长度为1437bp的E基因核苷酸序列,与各参考株E基因序列构建系统进化树后共形成Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,3个较大的进化簇,进化簇Ⅰ包括10条2019年DENV1 E基因序列,与参考序列Singapore 2017遗传距离最近,序列相似度99.4%~99.5%;进化簇Ⅱ包括8条2019年DENV1 E基因序列,与参考序列GuangZhou 2018遗传距离最近,序列相似度99.3%~99.5%;进化簇Ⅲ包括7条2019年DENV1 E基因序列和8条2014年DENV1 E基因序列,与参考序列Vietnam 2016遗传距离最近,序列相似度98.4%~98.8%。结论 2019年南宁市输入性DENV1流行株最有可能来源于广州和越南,推断南宁市2019年出现的DENV1本地流行由2014年以来本地进化毒株和新输入毒株共同引起。     

杭州市2018年-2020年登革热暴发疫情流行病学及病原特征分析

目的 研究杭州市2018年-2020年登革热暴发疫情的流行病学及病原特征.方法 应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,挑选11株代表性病毒株进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及构建进化树,采用描述性流行病学方法分析2018年-2020年疫情流行病学特征.结果 2018年-2020共发生7起登革热暴发...     

广州市2010-2019年4型登革热病例流行特征及其病毒E基因

  目的  了解2010-2019年广州市4型登革热病例的流行病学特征和4型登革病毒的分子生物学特征。  方法  2010-2019年,收集广州市登革热病例相关资料及血清标本,使用RT-PCR法检测血清标本并分型,对4型登革热病例标本进行登革病毒包膜(envelope, E)蛋白基因序列测定,并进行进化树构建及基因重组分析。  结果  2010-2019年,广州市共报告43 174例登革热病例,其中23例为4型登革热病例。4型登革热病例仅分布在5个区,曾在2010年出现本地流行。广州市的4型登革热输入病例主要来自东南亚国家,病毒E基因序列与东南亚国家的序列有较高相似性,病毒基因型归属于印度尼西亚基因型和东南亚基因型,未检测到基因重组。  结论  应加强对广州市4型登革热病例流行状况和输入病例的监测和关注,并进一步加强对东南亚回国人员登革热常识和个人防护的健康宣传。某些区需要预防出现4型登革病毒的扩散和蔓延。登革病毒基因型转换并未引起登革热在广州市流行强度的变化,有待进一步的观察和研究其是否会发生重组。     

南昌市1例输入性登革热病例的型别鉴定及基因特征

目的通过实验室检测技术分析1名输入性发热病例的病毒性病原体,并判定其型别,为临床防治提供实验室依据。方法将采集到的血标本采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real time PCR)检测登革病毒核酸,使用通用引物和型特异性引物行逆转录-套式PCR扩增保守区域特异性核酸片段进行型别鉴定,通过登革病毒E基因扩增和序列测定对登革病毒进行亚型基因分型。结果病例血标本核酸经RT-PCR和逆转录-套式PCR方法鉴定为登革病毒2型(DENV-2),基因分类属于DENV-2全球型。结论该例输入性疑似登革热病例系DENV-2全球型引起。