MORC2基因新发变异导致DIGFAN综合征1例的遗传学分析

目的探讨1例发育迟缓、生长落后、面部畸形和轴突神经病变(DIGFAN)患儿的临床表现和遗传学病因。方法选取2021年3月22日因"身材矮小、智力发育落后"就诊于广西医科大学第二附属医院儿童内分泌遗传代谢门诊的1例患儿作为研究对象, 收集其临床资料。采集患儿及其父母的外周血样, 进行全外显子组测序, 确定候选变异, 并对其家系进行Sanger测序验证。利用生物信息软件对变异位点进行致病性评估及蛋白模拟分析。结果患儿为10岁9月龄男性, 存在身材矮小、智力发育落后、语言和运动发育迟缓、面部畸形等临床特征。基因测序提示患儿MORC2基因存在c.800T>C(p.Leu267Pro)杂合变异, Sanger测序验证为新发变异。该变异所在的氨基酸Leu267在不同物种间高度保守。Leu267位于MORC2蛋白的ATP酶结合区的核糖体蛋白S5结构域, Leu267Pro可能通过影响ATP酶的空间构象和活性, 从而影响MORC2蛋白的功能。根据美国医学遗传学与基因组学学会基因变异评级相关指南, c.800T>C评级为可能致病性变异(PS2+PM2_Supporting...     

一个KBG综合征家系的 ANKRD11基因变异分析

目的对1个KBG综合征家系进行ANKRD11基因变异分析, 明确其遗传学病因。方法采集家系成员外周血样行全外显子基因测序( whole exome sequencing, WES), 用Sanger测序进行验证。结果 WES测序结果显示先证者ANKRD11基因存在c.4398₄401de(p.Glu1467AsnfsTer63)杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南, 判断该变异为"致病性变异"。Sanger测序结果显示先证者妹妹和母亲的ANKRD11基因也存在c.4398₄401de(p.Glu1467AsnfsTer63)杂合变异, 父亲未检测到该变异。提示先证者及其妹妹和母亲均患者ANKRD11基因变异所致的KBG综合征。结论 ANKRD11基因c.4398₄401de(p.Glu1467AsnfsTer63)变异可能为该KBG综合征家系的遗传学病因。     

一个Bainbridge-Ropers综合征家系的遗传学分析及产前诊断

目的探讨一个Bainbridge-Ropers综合征(Bainbridge-Ropers syndrome, BRPS)患儿的临床表型和遗传学特征。方法回顾分析患儿的临床资料, 分别应用低深度高通量全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)和家系全外显子组测序(trio-whole exome sequencing, trio-WES)技术进行遗传学分析, 对该家系的胎儿进行产前诊断, 并总结国内已报道的BRPS患儿的表型和遗传学特征。结果患儿为男性, 6岁, 表现为出生后喂养困难、特殊面容、全面发育迟缓和智力障碍, 康复治疗效果不佳。trio-WES检测提示其携带ASXL3基因c.1448dupT(p.T484Nfs*5)杂合致病变异, 父母和胎儿均未携带该变异。连同国内既往报道的13例患儿, 所有患儿均存在特殊面容、运动和语言发育迟缓, 共检出12种ASXL3基因变异, 均为新发的功能缺失变异, 位于第11和12外显子。结论 ASXL3基因c.1448dupT(p.T484Nfs*5)杂合变异为本例BRPS患儿的遗传...     

无义变异所致X连锁精神发育迟缓患儿的基因分析

目的报道1例由IQSEC2基因变异所致的X连锁精神发育迟缓患儿,并分析IQSEC2基因的致病变异。方法先证者为男性,1岁6月龄,以"精神发育迟缓伴双眼内斜视"为主要表现。提取患儿及其双亲外周血DNA物,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,并通过Sanger测序法验证。对可疑变异进行生物信息学预测。结果经全外显子基因组测序分析发现,患儿IQSEC2基因第12外显子存在一个c.3163C>T (p. Arg1055*)杂合无义变异,该变异为国内未见报道的新发变异。c.3163C>T(p.Arg1055*)变异经Mutation Taster、PROVEAN、SIFT等变异预测软件预测,结果均提示为有害变异,并经HomoloGene及BLAST系统分析IQSEC2基因编码蛋白第1055位Arg在哺乳动物及无脊椎动物中均高度保守,该氨基酸的提前终止编码可严重影响PH结构域(951-1085)的形成进而导致IQSEC2蛋白完整性严重破坏。同时经UCSF chimera软件对蛋白3D结构建模分析发现,该氨基酸的提前终止编码可导致编码蛋白结构中α螺旋、β折叠及无规卷曲等蛋白二级结构...     

68例智力低下/发育迟缓患儿基因组拷贝数变异分析

目的应用单核苷酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphism microarray technology, SNP array)对不明原因智力低下/发育迟缓患儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variations, CNVs)分析, 明确致病性CNVs所致染色体失衡, 并分析CNVs的致病机制, 为遗传咨询及产前诊断提供理论基础。方法根据入组标准, 收集智力低下/发育迟缓患儿68例, 应用SNP array对患儿进行染色体基因组CNVs检测, 对检出的CNVs通过对比国际公认基因组数据库, 参考美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异分类指南(2019), 判断CNVs的临床意义。结果 68例不明原因智力低下/发育迟缓患儿中, 24例患儿明确诊断, 共检出27个致病性CNVs, 包括11个重复和16个缺失, 分布于16条染色体, 涉及11种综合征。SNP array技术对不明原因的智力低下/发育迟缓患儿的诊断率为35.3%(24/68)。结论染色体基因组CNVs是导致不明原因智力低下/发育迟缓发生的主要遗传学致病原因, SNP ar...     

癫痫伴全面性发育迟缓患儿1例的临床特征及 PAK1基因变异分析

目的探讨1例癫痫伴全面性发育迟缓患儿的临床特征与遗传学病因。方法选取2021年4月1日于四川大学华西第二医院小儿神经科就诊的1例癫痫伴全面性发育迟缓患儿为研究对象。收集患儿临床资料, 抽取患儿及其父母外周静脉血样, 应用全外显子组测序(WES)对患儿进行基因检测, 采用Sanger测序进行家系验证, 并对候选变异进行生物信息学分析。设定检索年限为2000年1月1日至2021年5月31日, 在万方数据知识服务平台、中国知网、PubMed、ClinVar、Embase等数据库中, 检索PAK1基因变异相关性癫痫病例报道, 对该病患儿临床表型及PAK1基因变异情况进行总结。结果患儿为男性, 2岁2个月, 临床表现为癫痫、全面运动发育迟缓与大头畸形。WES检测结果提示, 患儿携带PAK1基因c.1427T>C变异。经Sanger测序验证, 患儿父母PAK1基因均为野生型, 提示患儿为新发变异。生物信息学分析:PAK1基因c.1427T>C变异在dbSNP、OMIM、HGMD及ClinVar等数据库中, 仅见1篇文献报道。在ExAC、1000 Genomes及gnomAD等数据库中,...     

一例 UBE3A基因移码变异所致Angelman综合征的临床特征和遗传学分析

目的对1例临床表现为发育迟缓、癫痫的患儿进行临床和遗传学分析。方法对患儿进行临床和实验室检查, 抽取患儿及其父母的外周血, 应用高通量测序技术对患儿进行全外显子基因变异检测, 并对疑似致病性变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证及生物信息学分析。结果基因检测结果显示患儿的UBE3A基因存在c.1470delA(p.V491Ffs*6)杂合变异, 父母均未携带此杂合变异, 为新生变异。结论 UBE3A基因c.1470delA(p.V491Ffs*6)杂合变异为患儿的遗传学病因。     

BCL11A相关智力障碍一个家系的遗传学分析

目的探讨1家系中2例BCL11A相关智力障碍(BCL11A-ID)患者的遗传学病因。方法选取2020年6月19日, 于临沂市人民医院遗传咨询门诊就诊的1个BCL11A-ID家系为研究对象。分析先证者及家系成员的临床资料, 并进行染色体核型分析、家系全外显子组测序(trio-WES)、拷贝数变异测序(CNV-seq), 可疑变异经Sanger测序验证并进行致病性评估。结果先证者及其母亲表现为智力障碍及语言发育迟缓, 二者的胎儿血红蛋白(HbF)显著升高。WES发现先证者BCL11A基因第4外显子存在c.1327_c.1328delTC(p.Ser443Hisfs*128)杂合变异, 导致编码蛋白截短表达, Sanger测序验证该变异遗传自母亲。检索相关数据库未见报道, 为新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南判定为致病性变异(PVS1+PM2+PP1)。先证者及其父母、哥哥的染色体核型分析未见异常, 先证者及其父母的CNV-seq未见异常。结论本研究确诊了先证者及其母亲为BCL11A-ID患者, c.1327_c.1328delT...     

一个 MECP2重复综合征家系的遗传学病因分析

目的对1个以智力发育落后、肌张力低下为主要表现的家系进行遗传学分析, 明确其遗传学病因。方法抽取该家系两例男性患者及其家系成员的外周血, 提取基因组DNA;先对1例患儿行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq), 然后用荧光定量PCR验证重复片段;随后对另1例患者及其家系成员行CNV-seq或单核苷酸多态性徽阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP array)检测。结果 2例男性患者均表现为严重肌张力低下, 运动、智力发育落后, 特别是语言发育障碍。CNV seq及SNP array分析结果提示2例男性患者存在染色体Xq28重复, 片段大小分别为0.26 Mb及0.42 Mb, 重复区间内包含MECP2基因, 确诊为MECP2重复综合征, CNV seq验证显示先证者母亲及一姐均存在Xq28区域重复, 为MECP2重复女性携带者, 1名正常男性家系成员不携带Xq28区域重复。结论染色体Xq28区域重复可能为该家系智力发育落后、肌张力低下患者的遗传学病因, 确诊为MECP2重复综...     

Menkes病一个家系的临床特征及 ATP7A基因变异分析

目的对1例Menkes患儿及其家系的临床特征及ATP7A基因变异进行分析, 明确其致病原因, 为临床诊断提供依据。方法选择2022年3月在四川大学华西第二医院确诊的1例Menkes患儿及其家系作为研究对象, 分析其临床表现、实验室检查及ATP7A基因变异检测的结果。结果患儿主要表现为癫痫发作、全面发育落后, 特殊面容、毛发稀疏、卷曲、乳酸、丙酮酸增高, 铜兰蛋白明显降低;脑电图示多灶性尖、棘、多棘(慢)、多形性慢波频繁发放;头颅磁共振成像可见多发迂曲走行的血管影。全外显子组测序显示其ATP7A基因存在c.3076delA(p.Ile1026*)半合子变异, 该变异遗传自母亲, 可导致蛋白质翻译提前终止。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南判定为致病变异(PVS1+PM2+PP4)。结论 ATP7A基因c.3076del系新发变异, 可能是本研究患儿的致病原因。基因检测为患儿的临床诊断提供了依据, 并进一步丰富了ATP7A基因的变异谱。Menkes病患者的乳酸及丙酮酸水平显著升高, 可用于指导诊断和管理。携带者的头发在显微镜下与患者相似, 可能有助于诊断。     

一例 DIAPH1基因复合杂合变异所致小头畸形-皮质盲综合征患儿的遗传学分析

目的探讨一例小头畸形-皮质盲综合征患儿的遗传学病因。方法收集患儿的临床资料, 应用高通量测序技术对患儿及其父母进行全外显子组测序(whole exome sequencing, WES)与Sanger测序验证。结果 WES显示患儿DIAPH1基因存在c.1051C>T及c.609delA复合杂合变异。结论 DIAPH1基因c.1051C>T(p.R351X)与c.609delA(p.E203Efs*19)复合杂合变异可能是该患儿小头畸形-皮质盲综合征的遗传学病因。     

基因生殖腺嵌合变异的分析

目的 对1例亲代表型正常但反复妊娠骨骼发育异常胎儿(可疑成骨不全)的家系进行遗传学分析,探讨胎儿的发病原因。方法 对胎儿标本及亲代DNA进行全外显子组测序(whole exome sequencing, WES),针对WES检测到的阳性位点进行Sanger测序验证。采集提取丈夫精液与单精子DNA,对致病位点进行PCR扩增并Sanger测序。结果 WES检测到胎儿COL1A2基因c.1378G>A(p.G460S)杂合变异,为致病变异,夫妻双方外周血DNA均未检测到该变异。精液DNA检测到该位点野生型与变异型序列,在15个精子中有4个检测到该位点变异。结论 为1例骨骼发育异常的胎儿明确了成骨不全的遗传学诊断。亲代的生殖腺嵌合是该家系反复妊娠骨骼发育异常胎儿的原因。在临床遗传咨询过程中,对于表型和和基因型均正常但反复生育或妊娠相同异常表型后代的案例,需要考虑到生殖腺嵌合的可能原因。     

一个结节性硬化症家系的临床表现及遗传学分析

目的明确1例临床诊断为结节性硬化症(tuberous sclerosis complex, TSC)患者的致病基因, 为临床诊断及遗传咨询提供依据。方法应用高通量测序分析先证者TSC1与TSC2的外显子区域, 确定候选致病位点, 应用Sanger测序对患者及家系成员的候选位点进行验证, 依据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)指南, 对位点致病性进行判定。结果先证者的TSC2 (NM₀00548.5)存在c.52delC(p.Leu18CysfsTer28)杂合变异, 为移码变异, 该位点在公共数据库均未见频率报道;Mutation Taster软件预测该变异为有害变异;先证者父母均未发现该变异, 依据ACMG指南, 该变异为疑似致病性变异(PVS1 +PM2)。结论 TSC2基因c.52delC变异为为该患者致病的原因, 本研究结果丰富了TSC患者TSC2的变异谱, 为该家系产前诊断和遗传咨询提供理论依据。     

一例基因变异所致精神发育迟滞5型

目的对1例表现为精神发育迟滞、智力低下、语言发育迟缓、癫痫的患儿进行临床表型和遗传学分析。方法对患儿进行外周血常规染色体G显带核型分析。提取患儿及其父母全基因组DNA,应用高通量测序技术对患儿进行测序分析,并对疑似致病变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证及生物信息学分析。结果常规染色体G显带核型分析结果患儿核型为46,XX,高通量基因测序结果显示患儿SYNGAP1基因存在c.1861C>T(p.R621X)杂合变异,该变异为无义变异,导致SYNGAP1蛋白翻译提前终止。经Sanger测序验证,患儿父母均未携带此杂合变异。结论 SYNGAP1基因c.1861C>T(p.R621X)变异可能是患儿的遗传学病因,基因检测结果为明确诊断及遗传咨询提供了依据。     

X连锁α-地中海贫血精神发育迟滞综合征一个家系的临床及 ATRX基因变异分析

目的对1例表现为发育迟缓、特殊面容且具有阳性家族史的患儿进行临床和遗传学分析。方法以1例因"竖头不稳、不会翻身"于2020年就诊于山东大学附属儿童医院的患儿及其家庭作为研究对象。提取患儿及其父母及两个哥哥的基因组DNA, 采用外显子区域捕获及高通量测序技术对其进行变异分析, 对候选变异进行Sanger测序验证及家系分析。结果基因测序显示患儿及症状相似的哥哥均携带X染色体上的ATRX基因的c.5275C>A半合子变异, 既往未见报道。经验证, 其母亲为变异的杂合子携带者。患儿的父亲及未患病的哥哥均未携带上述变异。结论患儿及其患病的哥哥被确诊为罕见的X连锁α-地中海贫血精神发育迟滞综合征。c.5275C>A变异的发现丰富了ATRX基因的变异谱。     

拷贝数变异测序在智力障碍、发育迟缓及孤独谱系综合征的病因学分析中的应用

目的探讨拷贝数变异测序(CNV-seq)对于智力障碍(ID)、发育迟缓(DD)及孤独谱系障碍(ASD)患儿的诊断价值。方法收集2018年9月至2022年1月在深圳市南山区妇幼保健院诊断为ID、DD及ASD的患儿40例, 采集其外周血样, 分别进行染色体核型分析和CNV-seq检测, 查询ClinVar、DECIPHER、OMIM等数据库并结合生物信息学分析评估拷贝数变异(CNVs)的致病性。结果 40例患者检测出ID 16例(40.0%)、DD 15例(37.5%)、ASD 6例(15.0%)、ID合并DD为1例, ID合并ASD为2例。核型分析发现47, XY, +mar、46, XY, inv(8)(p11.2q21.2)、46, XX, del(5)(p14)以及46, XX[76]/46, X, dup(X)(p21.1q12)各1例, 染色体多态性2例。CNV-seq在20例患儿中共检出32处CNVs, 检出率(50.0%)明显高于核型分析。在10例(25.0%)患儿中发现了致病性CNVs(检出率为25.0%), 12例患者中发现了15处意义未明的CNVs(检出率为30.0%...     

一个染色体14q微缺失的遗传学分析

目的 分析1例自闭症、智力低下和癫痫患儿的遗传学病因。方法 应用常规G显带染色体核型分析、单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)技术检测染色体变异,用高通量测序筛选致病变异位点,Sanger测序验证,查阅数据库及文献分析,以明确缺失区及致病变异基因的病理意义。结果 患儿及其父母外周血G显带核型分析结果均未见异常。SNP array检测发现患儿染色体14 q11.2区存在460 kb的缺失,高通量及Sanger测序显示患儿携带NALCN基因新发变异,患儿及其母亲COL4A5基因发生半合子变异。结论 染色体14q11.2微缺失与NALCN变异可能与患儿自闭症、智力低下及癫痫等表型相关。     

一例1型神经纤维瘤病合并全面发展迟缓患儿的遗传学分析

目的对1例全面发展迟缓的1型神经纤维瘤病(neurofibromatosis type 1,NF1)患儿进行基因诊断和遗传学分析。方法对该患儿进行临床检查,并应用全外显子组测序(whole exome sequencing, WES )技术进行致病基因变异筛查。结果患儿全身多发牛奶咖啡斑,背部色素沉着,GeseⅡ评估全面发展迟缓。头颅磁共振显示左侧后颅窝颅板下半球球状异常密度灶。WES检测到与患儿临床表型高度相关的NF1基因的新发变异:c.6513-6515del (p.Tyr2171),父母均未携带该变异,且该变异位点未见文献报道。结论 NF1基因c.6513-6515del变异可能导致NF1患儿全面发展迟缓,及时对症治疗和定期随访非常重要。     

一例性发育异常患儿的临床及遗传学分析

目的报道一例性发育异常患儿的诊疗过程和临床特点, 并对其进行病理学、影像学以及遗传学研究。方法收集患儿的临床资料, 并对其进行染色体核型分析、荧光原位杂交(fluorescencein situ hybridization, FISH)、拷贝数变异分析、SRY基因检测和多重连接探针扩增检测。结果患儿社会性别为男性, 因"尿道下裂术后、乳房发育"就诊。影像学检查显示双乳增生, 变异精囊腺, 幼稚子宫, 右侧睾丸体积小。病理学检查表明患儿左侧性腺为卵睾, 右侧为睾丸。病理结果显示乳腺纤维腺瘤样变。染色体核型为46, XX。FISH结果显示46, XX.ish(DXZ1×2, SRY×0)。基因检测提示NR0B1、PHEX、Cxorf21、GJB1、PQBP1、COL4A5基因重复, SRY基因存在, UYT基因缺失。结论对于生殖器异常、男性乳腺发育的患者应及早进行影像学、内分泌和遗传学检查, 必要时进行基因检测以明确诊断。性发育异常患儿的个体化治疗需要多学科合作。     

一例性发育异常患儿的遗传学分析

目的探讨1例性发育异常(disorders of sex development, DSD)患儿的致病原因。方法应用染色体核型分析技术、荧光原位杂交(fluorescencein situ hybridization, FISH)技术、染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis, CMA)技术和性腺组织病理活检技术对患儿进行遗传学检测及致病原因探讨。结果综合各种检测技术, 患儿分子细胞核型分析结果为46, X, psu idic(Y)(p11.32)[72]/45, X[28]. ish psu idic(Y)(p11.32)(SRY++, DYZ3++). arr[hg19] Yp11.32(118 552-512 055)×0, Yp11.32p11.31(515 916-2 640 819)×1-2, Yq12(59 055 438-59 336 104) ×1-2, Yp11.31q11.23(2 650 425-28 799 654)×1-2。CMA结果显示在Y染色体短臂的拟常染色体区域1(PAR1)末端存在393.5 kb片段的缺失;约...