基于网络药理学、分子对接及体内实验探讨二至丸改善认知障碍的作用机制

目的 基于网络药理学、分子对接及体内实验探讨二至丸改善认知障碍的潜在作用机制。方法 (1)通过TCMSP数据库检索并结合文献资料补充,筛选二至丸的活性成分;通过TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库进行二至丸活性成分作用靶点预测;通过OMIM、DisGeNET和GenCards数据库筛选认知障碍疾病相关靶点;取二至丸活性成分作用靶点和认知障碍疾病相关靶点的交集靶点(共同靶点),作为二至丸治疗认知障碍的潜在作用靶点;将交集靶点导入STRING平台进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选出关键靶点;采用Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-关键靶点”网络,筛选出二至丸治疗认知障碍的关键活性成分及核心靶点;利用DAVID 6.8数据库对关键靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;采用Discovery Studio 2.5软件的CDOCKER模块对前3位关键活性成分与前5位核心靶点进行分子对接验证。(2)将昆明种小鼠随机分为6组：空白组、模型组、多奈哌齐组(3 mg·kg^-1·d^-1)及二至丸低、...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨半夏泻心汤治疗胃食管反流病的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨半夏泻心汤治疗胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease, GERD)的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索半夏泻心汤组方中药活性成分,并通过Swiss Target Prediction数据库筛选活性成分相关作用靶点。在DisGeNET数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)和GeneCards数据库中检索疾病相关靶点及潜在作用靶点。将潜在作用靶点与其对应的活性成分导入Cytoscape 3.9.0软件构建“半夏泻心汤-活性成分-靶点”网络并进行拓扑分析筛选核心活性成分,构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,拓扑分析筛选关键靶点,并构建关键靶点的PPI网络筛选核心靶点。将关键靶点导入DAVI...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨沉香治疗胃溃疡的作用机制

目的 基于网络药理学方法结合动物体内实验探讨沉香治疗胃溃疡的作用机制。方法 (1)通过TCMSP数据库检索并筛选沉香的活性成分及其潜在作用靶点;通过OMIM数据库、GeneCard数据库检索胃溃疡的疾病相关靶点;通过Venny平台对沉香的活性成分作用靶点与胃溃疡的重要疾病靶点取交集,获得沉香治疗胃溃疡的关键靶点(共同靶点);采用Cytoscape 3.7.1软件构建沉香治疗胃溃疡的“药物-活性成分-关键靶点”网络,分析关键活性成分;将共同靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心靶点;将共同靶点导入DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析;通过AutoDock软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。(2)将SD大鼠随机分为正常组、模型组、阳性药组(奥美拉唑,0.2 g·kg^-1)及沉香提取物低、中、高剂量组(0.1、0.3、0.9 g·kg^-1),每组7只;灌胃给药(10 mL·kg^-1),每天1次,连续7 d;末次给药1 h后,大鼠灌胃给予无水乙醇(5 mL·kg^-1     

六味地黄汤干预肾纤维化作用机制的网络药理学分析

目的 基于网络药理学方法 及体内外实验探讨六味地黄汤(LWDHD)干预肾纤维化的潜在作用机制。方法 (1)通过TCMSP平台检索筛选LWDHD的活性成分及其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、TTD数据库检索肾纤维化疾病相关靶点;利用R语言VennDiagram包对LWDHD活性成分靶点和肾纤维化疾病相关靶点取交集,得到共同(交集)靶点,即为LWDHD治疗肾纤维化的关键靶点;运用Cytoscape 3.9.1软件构建LWDHD治疗肾纤维化的“活性成分-关键靶点”网络,分析核心活性成分;通过STRING平台构建共同靶点蛋白互作(PPI)网络;分别通过DAVID数据库、R语言软件的Pathview包对共同靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;采用AutoDock Vina软件对核心活性成分与核心靶点进行分子对接。(2)体内实验：将24只雄性SD大鼠随机分为4组：假手术组、模型组、LWDHD组(6.75 g·kg^-1)及依那普利组(10 mg·kg^-1),每组6只。采用单侧输尿管结扎术(UUO)建立肾纤维化大鼠模型。各组以相应药物灌胃给...     

基于网络药理学探索射麻止喘液治疗哮喘的作用机制

目的:运用网络药理学探讨射麻止喘液治疗哮喘的潜在机制。方法:利用中药分子机制的生物信息学分析工具、中药系统药理数据库和分析平台查找射麻止喘液的成分及其靶点,从比较毒理基因组学数据库(CTD)获取与哮喘相关的基因;将射麻止喘液-基因和哮喘-基因的数据集导入Draw Venn Diagram进行交集分析,得出射麻止喘液-哮喘-基因数据集;使用String 11. 0进行射麻止喘液-哮喘-基因数据集的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,运用Cytoscape 3. 6. 1进行可视化,用其插件MCODE分析重要模块;采用DAVID 6. 8分析射麻止喘液-哮喘-基因的通路富集和生物学过程。结果:获得射麻止喘液399个化合物与2 099个潜在的靶点;同时检索出98个与哮喘相关靶点;应用交集和PPI分析筛选出45个共同基因和关键基因16个,包括转化生长因子-β_1,血红素氧合酶-1,白细胞介素-4等;富集分析显示射麻止喘液和哮喘的共同生物学过程与炎症反应、气道的收缩与重塑、细胞增殖与凋亡等相关,共同生物学通路包括肿瘤坏死因子信号通路、免疫球蛋白E(IgE)的高亲和力受体信号通路、核转录因子-κB信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域样受体信号通路等。结论:射麻止喘液是通过多靶点、多通路治疗哮喘,可为其深入研究和临床应用提供参考。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

基于16S rRNA测序与网络药理学探讨葛根芩连汤干预抗生素相关性腹泻的作用机制

目的：通过16S rRNA测序与网络药理学探究葛根芩连汤(GQT)对抗生素相关性腹泻(AAD)肠道菌群的作用机制。方法：将60只SD大鼠随机平均分为空白组、模型组、丽珠肠乐组(0.15 g·kg^-1)、葛根芩连汤高、中、低剂量组(10.08、5.04、2.52 g·kg^-1),除空白组外,各组每日均给予克林霉素(250 mg·kg^-1)灌胃造模,连续7 d。造模成功后,各给药组按剂量灌胃对应药物,1次/d,持续14 d,空白组与模型组给予等体积生理盐水灌胃。通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选GQT活性成分及作用靶点,利用人类基因数据库GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、药物遗传学与药物基因组学知识库(PharmGKB)、药品生物信息学和化学信息学数据库DrugBank、疾病相关的基因与突变位点数据库DisGeNET检索AAD疾病靶点,通过R软件分析获得“药物-疾病”共有靶点。利用STRING数据库分析靶点蛋白质-蛋白质相互作用关系,并进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨药食两用中药栀子致肾损伤的毒理机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索栀子导致肾损伤的毒理机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库筛选栀子活性成分和潜在靶点，同时用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点。利用NCBI临床突变数据库、人类基因注释数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库检索肾损伤的靶点。通过Venny软件对药物相关靶点与疾病靶点取交集，认为是栀子导致肾损伤的潜在靶点。在Cytoscape 3.8.0中构建“中药-化学成分-潜在靶点-疾病”网络并进行拓扑分析。在STRING平台构建潜在靶点的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks, PPI)。通过Metascape平台对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.0构建“关键通路-潜在靶点-化学成分”网络，并进一步筛选栀子导致肾损伤的关键靶基因及有效...     

基于网络药理学探讨痛泻要方治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的：运用网络药理学探讨痛泻要方对腹泻型肠易激综合征(diarrhea predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)的潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获得痛泻要方中四味中药的药物活性成分，并通过TCMSP、Swiss Target Prediction及Pharmapper数据库得到各活性成分的潜在作用靶点。使用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、Gene Cards数据库获取IBS-D疾病对应的靶点，将疾病靶点与药物靶点取交集，获得痛泻要方治疗IBS-D的潜在作用靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-潜在靶点”网络图，并进行拓扑分析筛选关键成分。利用String数据库对潜在作用靶点进行蛋白质相互作用分析，构建蛋白质相互作用(protein-p...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨四逆散治疗勃起功能障碍的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨四逆散治疗勃起功能障碍(erectile dysfunction, ED)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四逆散组方中药的活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape3.9.1软件可视化“四逆散-活性成分-靶点”网络图。利用治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、人类基因数据库(GeneCards?:the human gene database)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、DisGeNET数据库筛选疾病相关靶点。通过Venny2.1.0将药物活性成分靶点与ED相关靶点进行映射,取交集,即为四逆散治疗ED的潜在靶点。将交集靶点与对应药物活性成分导入Cytoscape3.9.1软件,构建“四逆散-活性成分-潜在靶点-疾病”网...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣散对新型冠状病毒肺炎的多组分协同作用机制

目的 探讨防风通圣散(FFTSP)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点协同作用机制,并分析潜在药物靶点和关键通路.方法 基于网络药理学研究方法,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)筛选FFTSP的活性成分及靶点,利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病相关靶点,运用String...     

基于网络药理学方法探讨六君子汤抗肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法研究六君子汤抗肺癌的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)获得LJS活性成分,采用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点,并检索Online Mendelian Inheritance in Man等疾病靶点数据库,以获得LJS抗肺癌的作用靶点。借助String数据库和Cytoscape 3.2.1软件构建PPI网络,筛选degree值排名前10的靶点。采用Metascape平台对LJS抗肺癌作用靶点进行KEGG通路分析。结果:从LJS中筛选出178个活性成分,59个与LJS抗肺癌相关靶蛋白。KEGG通路富集结果显示其参与调节PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、白介素17信号通路等信号通路。结论:LJS通过"多成分-多靶点-多通路"方式发挥抗肺癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法和分子对接技术探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的潜在作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、化学专业数据库及ETCM数据库检索获取消炎利胆片的化学成分,通过Swiss ADME数据库进一步筛选活性成分并导入Swiss Target Prediction数据库预测药物相关靶点。利用Gene Cards数据库和OMIM数据库检索急性胆囊炎相关靶点,通过Venny 2.1在线平台获取“药物-疾病”交集靶点,并将“药物-疾病”共同靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对“药物-疾病”共同靶点进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。运用Cytoscape软件构建“药物成分-靶点-信号通路”网络,计算网络拓扑学参数并筛选消炎利胆片发挥治疗急性胆囊炎作用的重要活性成分及核心靶点,通过Auto Dock平台进行分子对接验证。结果：共获得44个消炎利胆片活性成分及186个药物相关靶点,获得823个急性胆囊炎潜在靶点,取交集后得到“药物-疾病”共同靶点33个,这些靶点主要涉及磷脂酰...     

基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨加味升降散治疗IgA肾病的作用机制

目的:基于网络药理学初步预测加味升降散治疗免疫球蛋白(Ig)A肾病(IgAN)的活性成分、作用靶点及信号通路,通过分子对接及动物实验验证探讨其可能作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),蛋白质数据库(UniProt Knowledge base)数据库,查阅文献及成分靶点预测数据库(Swiss...     

基于网络药理学探讨补骨丸治疗绝经后骨质疏松症的分子作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨补骨丸治疗绝经后骨质疏松症(Postmenopausal Osteoporosis,PMOP)的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索补骨丸中14味药中含有的活性成分,筛选有效活性成分及其潜在作用靶点;运用GeneCards数据库获取与PMOP相关的靶标...     

基于网络药理学探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎的分子作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索新伤丸中16个药味中含有的活性成分,筛选有效活性成分及其潜在作用靶点;运用GeneCards数据库获取与KOA相关的靶标基因,采用Cyt...     

金蝉口服液抗呼吸道合胞病毒感染的网络药理学分析

目的:基于网络药理学方法分析金蝉口服液抗呼吸道合胞病毒感染的主要活性成分、靶点和作用机制.方法 :通过中药系统药理学数据库(TCMSP)和文献资料筛选出金蝉口服液主要活性成分,通过Swiss Target Prediction、STICH数据库预测主要活性成分的作用靶点.利用GAD、DisGeNET数据库查找呼吸道合胞...     

红花治疗白癜风的网络药理学研究

目的：应用网络药理学探讨红花治疗白癜风的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP检索红花的化学成分及靶点。使用UniProt将靶点校正为基因标准名称。通过GeneCards及TTD检索白癜风疾病相关靶点,预测红花潜在作用靶点。将红花活性成分及潜在作用靶点输入到Cytoscape中构建“中药-活性成分-作用靶点”网络,并通过String构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。通过David对潜在作用靶点进行基因本体论（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,并将其可视化。结果：通过筛选得到红花活性化合物22个,作用于66个潜在作用靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析得到细胞肿瘤抗原P53(Tumor Protein p53,TP53)、RELA癌基因（RELA Proto-Oncogene, NF-KB Subunit,RELA）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（Akt Serine/Threonine Kinase,AKT）1、白细胞介素（Interleukin,IL）-6、IL-10、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、IL...     

基于网络药理学的辛夷治疗过敏性鼻炎作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨辛夷治疗过敏性鼻炎的活性成分及作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取辛夷活性成分,并借助SwissTargetPrediction、PubChem进行辛夷成分的作用靶点预测和筛选,构建成分-靶点网络.通过TTD、DrugBank、DisGeNET、OMIM数据库获取...     

黄连解毒汤治疗乙型脑炎的作用机制研究

目的：采用网络药理学和分子对接的方法研究黄连解毒汤治疗乙型脑炎(Japanese encephalitis, JE)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获得黄连解毒汤4味中药的化学成分及相关靶点。在GeneCards数据库、DisGeNET数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中检索JE疾病相关靶点。取活性成分相关靶点与JE相关靶点的交集为黄连解毒汤治疗JE的潜在作用靶点。将潜在靶点导入String数据库进行蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)分析，并采用Cytoscape v 3.8.2软件进行可视化。使用DAVID数据库对潜在作用靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of gen...