滇西鼠疫疫源地野外鼠形动物斑点热群立克次体和莫氏立克次体感染调查

目的了解滇西鼠疫疫源地野外鼠形动物斑点热群立克次体(spotted fever groupRickettsiae, SFGR)和莫氏立克次体(Rickettsia mooseri, R.mooseri)感染情况。方法应用磁珠法提取2015-2016年自滇西梁河县、剑川县和玉龙县鼠疫疫源地捕获的2 512只野外鼠形动物肝脏样本DNA, 选用热休克蛋白groEL基因引物进行巢式PCR扩增。分别采用DNAStar 7.1软件和美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GenBank进行基因序列剪切、拼接和Blast同源性比对分析, 同时采用DNAStar 7.1软件和MEGA 6.0软件构建系统发育树。结果感染SFGR的野外鼠形动物有锡金小鼠、斯氏家鼠、灰麝鼩和臭鼩鼱(各1只), 总感染率为0.16%(4/2 512);未检出R.mooseri感染。梁河县和剑川县鼠疫疫源地野外鼠形动物SFGR感染率分别为0.49%(3/611)和0.10%(1/1 029), 玉龙县鼠疫疫源地野外鼠形动物未检出SFGR感染。同源性分析显示, SFGR阳性样本的基因序列与参考序列同源性为95.45%～100.00...     

北京市昌平区西伯利亚立克次体的分离和鉴定

目的 对北京市昌平区中国疾病预防控制中心园区内刺猬携带的中华革蜱进行斑点热群立克次体（SFGR）的分离和鉴定。方法 采用形态学和分子生物学方法对SFGR进行鉴定,并进行系统进化特征分析。结果 SFGR对DH82细胞产生明显细胞病变;Gimenez染色后,可见较多清晰的立克次体被染成紫红色;细菌16S基因测定后,西伯利亚立克次体246株和西伯利亚立克次体BJ-90株相应核苷酸序列的同源性均为100%;系统进化分析显示,SFGR位于西伯利亚立克次体进化分支内,确认其为西伯利亚立克次体。结论 北京市昌平区存在西伯利亚立克次体,该地区存在北亚热自然疫源地的可能性。     

中朝边境地区鼠中斑点热立克次体的调查研究

目的了解中朝边境地区鼠类感染斑点热群立克次体(SFGR)情况。方法运用聚合酶链式反应(PCR)和间接免疫荧光(IFA)对吉林、辽宁采集的野鼠样本进行ompA基因片段检测和血清抗体调查。结果 PCR检测鼠脾样本共132份,阳性14份,阳性率10.61%。其中,集安和宽甸阳性率分别为7.58%、13.64%,二者差异无统计学意义(P=0.3964)。不同鼠种检测阳性率以黑线姬鼠为高13.79%,次为林姬鼠8.0%。IFA检测鼠血清115份,阳性20份,阳性率17.39%。其中集安、宽甸、珲春阳性率阳性率分别为11.76%、14.63%、25%,三地鼠抗体阳性率差异无统计学意义(P=0.2755)。不同鼠种中,除褐家鼠和鼩鼱外,其余鼠种检出阳性率均较高(16.88%~33.33%)。结论调查地区野鼠中SFGR感染普遍,说明存在SFGR自然疫源地。     

PCR技术在西沙恙虫病流行病学调查中的应用

应用PCR技术首次同时检测西沙群岛现场采获的媒介恙螨及其宿主体内恙虫病立克次体(Rt)DNA.地里纤恙螨阳性率15.15%;宿主血阳性率11.48%,脾脏阳性率13.89%,其中臭鼩鼱的阳性率为12.77%和17.39%,褐家鼠为11.11%和12.5%,黄胸鼠未检出.     

贵州省成人流行性乙型脑炎病毒中和抗体水平调查

  目的  调查贵州省成人流行性乙型脑炎（乙脑）病毒中和抗体水平。  方法  采用多阶段随机抽样的方法,在2017年5~6月采集3个市（州）6个年龄组健康成人血清共360份,应用蚀斑减少中和试验法检测乙脑病毒中和抗体。  结果  360名调查对象中乙脑病毒中和抗体阳性率为55.28%,几何平均滴度（GMT）为1 ∶17.52。不同性别（χ2=10.798,P=0.001）、不同发病率地区（χ2=6.090,P=0.048）成人乙脑病毒中和抗体阳性率差异具有统计学意义（均有P<0.05）;不同年龄成人乙脑病毒中和抗体阳性率在45.00%~60.00%之间（χ2=4.236,P=0.516）;不同民族中,布依族成人乙脑病毒中和抗体阳性率最高（79.17%）。  结论  贵州省成人乙脑病毒中和抗体水平较低,存在成人乙脑流行风险。     

2013-2017年西安市食物中毒中金黄色葡萄球菌分型分析

  目的  了解2013-2017年西安市食物中毒中分离的金黄色葡萄球菌（staphylococcus aureus,S.aureus）分子流行特点。  方法  通过脉冲场凝胶电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）、多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）和spa分型方法对八起食物中毒标本的26株金黄色葡萄球菌进行分子分型,运用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测相关肠毒素基因。  结果  26株S.aureus PFGE可分为7种型别（A-G）;MLST可分为3种序列型（ST6,ST5和ST59）。其中,ST6占65.38%,为主要型别;spa可分为4种型别（t437,t701,t11363和t5923）,优势型别为t701,占65.38%。肠毒素基因检测中,sea基因占76.92%（20/26）;sed-seg基因占23.08%（6/26）;其它肠毒素基因未检出。  结论  2013-2017年西安市食物中毒标本中分离培养的S.aureus的主要流行型别为ST6-t701-sea,并首次检出含有seg新型肠毒素基因。PFGE、MLST和spa分型三种方法相结合全面的了解菌株的分子流行特点。     

肺炎克雷伯菌中CRISPR调控耐药机制及其分布特征与分离地点的关系

  目的  了解呼吸道标本肺炎克雷伯菌中成簇规律间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR）对耐药的调控机制,并分析其CRISPR分布特征与分离地点的关系。  方法  收集并提取120株肺炎克雷伯菌的基因组DNA,通过扩增CRISPR/Cas（clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated）系统相关基因CRISPR 1、CRISPR 2来确定CRISPR阳性菌株。CRISPR阳性菌株的耐药表型用BD Phoenix-100细菌鉴定仪进行检测,利用CRISPR Target寻找间隔序列同源噬菌体或质粒,并在Center for Genomic Epidemiology上查找同源质粒或噬菌体的耐药信息并检测间隔序列所在菌株的耐药基因,分析两者携带耐药基因的关系。采用CRISPR Finder分析CRISPR并运用多序列比对分析间隔序列的一致性。  结果  CRISPR1、CRISPR2阳性率分别为12.50%和13.33%;间隔序列同源质粒与其所在菌株均携带共同的耐药基因,且菌株的耐药表型与其携带的耐药基因高度符合;相同地点菌株的CRISPR分布具有极高相似性。  结论  肺炎克雷伯菌通过将外来质粒的耐药基因片段整合到菌株的基因组中实现对菌株耐药性的调控;CRISPR中间隔序列的分布与菌株分离地点密切相关,为临床治疗和感染控制工作提供理论依据。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

  目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。  方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。  结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。  结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

山东地区不同季节优势恙螨自然感染恙虫病东方体的分子流行病学调查

目的从分子水平探讨山东地区不同季节优势恙螨自然感染恙虫病东方体（Ot）情况及其作为恙虫病传播媒介的可能性.方法根据Ot-Sta56 kDa外膜蛋白基因部分序列设计Ot种和型特异性引物,对标本提取的DNA先采用种特异性引物扩增,然后再采用型特异性引物扩增分型,并对部分标本进行序列测定.结果从不同季节优势恙螨幼虫共得到11株Ot分离株和16份恙螨匀浆,从这27份标本提取的DNA经首轮PCR扩增后,18份标本有预期的目的带.对首轮PCR产物采用nested PCR扩增分型,结果17份为Kawasaki型,1份（LHGM2株）为Karp型.序列同源性分析结果证实了nested PCR分型结果：XDM2株首轮PCR产物碱基序列与Kawasaki型相应DNA片段的碱基序列同源性最高,为97.00%,在系统发育树上与Kawasaki株位于同一分支,应属于Kawasaki型;LHGM2株首轮PCR产物碱基序列与Karp型相应DNA片段的碱基序列同源性最高,为96.45%,在系统发育树上与Karp株位于同一分支,应属于Karp型.结论山东地区不同季节优势恙螨中存在Ot自然感染,Ot主要基因型为Kawasaki型.     

用PCR/RFLP技术对福建省宁化林区鼠蜱类中斑点热群立克次体的检测

目的 了解福建省宁化林区斑点热自然疫源地存在情况.方法 用聚合酶链反应(PCR)对该林区鼠、蜱类中感染斑点热群立克次体(SFGR)进行扩增.用限制性酶切片段长度多态分析(RFLP)法对分离株NH-97进行鉴定,并同已知的西伯利亚立克次体等国际标准株进行比较.结果 从越原血蜱、金泽革蜱、微小牛蜱中扩增出SFGR特异的DNA片段,NH-97分离株的PCR产物经PstI和RsaI酶切后发现它们的酶切图谱与西伯利亚立克次体246国际标准株相同.从社鼠,黄胸鼠脏器中扩增出康氏立克次体DNA片段.由不同来源批次的越原血蜱中扩增出近缘于日本立克体DNA片段和相关序列提示:可能是斑点热群立克次体新成员.结论 福建宁化林区除存在西伯利亚立克次体外,还可能存在康氏立克次体,日本立克次体等多种斑点热群立克次体的疫源地.     

高效液相色谱-质谱联用法同时测定全血中雪上一枝蒿中6种生物碱

目的 采用高效液相色谱-质谱联用法(HPLC-MS/MS)建立一种全血中同时测定雪上一枝蒿中6种生物碱(乌头碱、次乌头碱、新乌头碱、滇乌头碱、雪上一枝蒿甲素及雪上一枝蒿乙素)的快速、灵敏的检测方法.方法 采用Waters C18色谱柱,以甲醇-甲酸(两者体积分数为0.1％)水溶液为流动相,梯度洗脱,流速0.2 mL/m...     

福建省宁化县斑点热群立克次体的研究

「目的」对已知的宁化县斑点热群立克次体疫源地进行全面系统ＳＦＧＲ感染情况调研。「方法」采用微量室温补体结合法（ｍＣＦ）和间接免疫荧光（ＩＦＡ）法;鸡胚卵巢黄囊感染法并用ｍＣＦ、ＰＣＲ／ＲＦＬＰ分子生物学技术进行鉴定。「结果」人群血清阳性率为１２．７％（１２１／９５２）。宿主动物ＳＦＧＥ感染,抗体阳性率０～５５．６％不等。鉴定分类各种蜱５６００余只,共６属１３种。从野兔、麂体表寄生的越原血蜱中分离出     

山东省2011-2014年志贺氏菌分子分型及耐药性分析

  目的  通过对山东省2011-2014年分离的志贺氏菌（Shigella）进行血清、毒力基因、分子分型和药敏等分析,了解山东省志贺氏菌的特性及流行趋势。  方法  用玻片凝集法进行血清分型,PCR方法扩增相关毒力基因,用脉冲场凝胶电泳技术进行分子分型,采用微量肉汤稀释法测定菌株抗生素敏感性。  结果  44株志贺氏菌主要为福氏志贺氏菌（Shigella flexneri）（54.55%）和宋内志贺氏菌（Shigella sonnei）（43.18%）。ipaH、set1、sen、ial毒力基因携带率分别为100%、43.18%、56.82%、50.00%。经脉冲场凝胶电泳分型（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）,福氏志贺氏菌被分为18种带型,且总体相似度偏低;宋内志贺氏菌被分为14种带型,且89.47%的菌株相似度在90%以上。44株志贺氏菌对15种抗生素中的14种均存在不同程度的耐药。93.18%的菌株为多重耐药菌株。  结论  山东省志贺氏菌以福氏和宋内血清群为主,毒力基因携带率高,有聚类分布出现,耐药严重,应加强对志贺氏菌菌型、溯源和耐药性的监测。     

SARS-CoV-2原型株无症状感染对Omicron株BA.1、BA.2与BA.5的保护概率

  目的  评估SARS-CoV-2原型株无症状感染后对奥密克戎株(B.1.1.529,Omicron)BA.1、BA.2与BA.5感染、有症状感染和重症感染的保护概率。  方法  基于前期研究得到的无症状感染原型株者中和抗体动态曲线,利用logistic回归的预测模型估计无症状感染者在确诊后28 d、51 d和261 d对Omicron株BA.1、BA.2和BA.5感染所致的感染、有症状感染、重症三种结局的保护概率。  结果  SARS-CoV-2原型株无症状感染者在确诊后28 d,对Omicron株BA.1、BA.2和BA.5再感染的保护概率分别为30%(95% CI:16%~52%)、23%(95% CI:15%~36%)和8%(95% CI:4%~16%),到261 d分别降至9%(95% CI:3%~21%)、6%(95% CI:3%~12%)和2%(95% CI:1%~4%);确诊后28 d,对Omicron株BA.1、BA.2和BA.5有症状感染的保护概率分别为51%(95% CI:28%~80%)、42%(95% CI:26%~67%)和16%(95% CI:7%~40%),到261 d分别降至16%(95% CI:7%~35%)、12%(95% CI:7%~22%)和3%(95% CI:1%~8%);确诊后28 d对Omicron株BA.1、BA.2和BA.5感染所致的重症结局的保护概率分别为91%(95% CI:72%~98%)、88%(95% CI:70%~97%)和66%(95% CI:35%~90%),到261 d分别降至60%(95% CI:35%~86%)、51%(95% CI:32%~75%)和22%(95% CI:10%~50%)。  结论  SARS-CoV-2原型株无症状感染者体内的中和抗体对Omicron株BA.5的保护概率低于BA.1和BA.2,对重症结局的保护效果较好,有症状感染次之,对感染的保护效果较差。     

中国柯萨奇病毒A组6型分离株全基因序列特征分析

  目的  分析中国2007-2019年柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)毒株遗传进化规律,以期为疾病预防及疫苗研发提供理论依据。  方法  收集中国截至2021年3月1日Genbank数据库中454株CVA6毒株全基因序列,分析毒株分离年份、地区信息,构建系统发育树揭示进化规律并进行基因重组分析。  结果  地区信息显示,毒株主要分布于中国沿海及南方地区,时间信息表明,自2013年起,CVA6毒株报告数量逐渐增加。系统进化结果表明,454株CVA6毒株分10个分支,A分支中3株分离自江西省的毒株与CVA6原型毒株Gdula(AY421764)亲缘关系极为接近,核酸序列相似度近乎100%,J分支是中国流行最广泛的毒株群,包含了中国较多省份如山东省、广东省等。基因重组分析显示,基因重组现象较为普遍,大部分CVA6代表毒株在P2区和P3区与其他肠道病毒A组毒株之间存在基因重组现象。  结论  2007-2019年CVA6毒株在中国广泛传播,毒株间基因重组现象普遍存在。     

健康人群肠道中optrA阳性肠球菌的流行率及风险因素

目的 研究深圳市健康人群肠道携带optrA阳性肠球菌流行率及其风险因素。方法 共调取2018―2019年社区健康体检者粪便样本565份,采用肠球菌选择培养基筛选耐氟苯尼考肠球菌,使用MALDI-TOF MS(MALDI Biotyper, Bruker, Germany)进行种属鉴定及PCR鉴定optrA基因。以optrA阳性肠球菌的携带者作为病例,以年龄为匹配条件,按1∶4匹配未携带者作为对照。采用多因素logistic回归分析模型分析optrA阳性肠球菌定植于健康人群肠道的风险因素。结果 2018―2019年深圳市健康人群肠道中optrA基因的流行率为18.10%(102/565,95%CI:14.90%～21.20%),从基因阳性人群粪便中共分离447株optrA阳性肠球菌,粪肠球菌为最主要流行种属(76.06%)。猪肉日摄入量>50.0 g (OR=1.615,95%CI:1.017～2.565,P=0.042)、3个月内住院治疗(OR=11.551,95%CI:2.153～61.963,P=0.004)是optrA阳性肠球菌在健康人群肠道中定植的危险因素。结论 optr...     

图们江流域中朝俄边境地区长角血蜱中SFTS病毒监测分析

  目的  掌握图们江流域中朝俄边境地区长角血蜱分布特征,了解该地区长角血蜱携带发热伴血小板减少综合征（severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS）病毒情况,分离病毒,分析其基因特征。  方法  2017年4月~9月,在吉林省图们江流域中朝俄边境地区珲春市、图们市、和龙市、龙井市采集蜱虫进行形态学分类,选择新鲜长角血蜱对其进行分组,采用实时荧光定量多聚核苷酸链式反应方法检测SFTS病毒。对阳性样品,利用绿猴肾细胞进行病毒分离,并扩增S、M、L基因片段,比对同源性,建立系统进化树,分析其基因特征。  结果  长角血蜱主要分布在图们江下游珲春市和图们市,为该两县优势种,分别达到71.85%和87.62%。在珲春市长角血蜱中分离到一株病毒,命名为YBHC-TICK2-2017/CHINA。该病毒S片段（1 746 bp）、M片段（3 336 bp）、L片段（6 376 bp）基因序列与美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）DNA序列数据库中记录的中国和韩国SFTS病毒分离株基因序列同源性为98.00%~99.00%。系统进化树分析,该病毒株S片段基因序列与中国吉林株（KT890282）分为一簇,M片段和L片段基因序列与中国江苏株（KR230781）分为一簇。  结论  长角血蜱在图们江下游中朝俄边境地区具有广泛的分布。该研究首次在该地区长角血蜱中分离到SFTS病毒,提示该地区为SFTS防控重点区域。