ODC1基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达影响的初步观察与分析

目的 探讨鸟氨酸脱羧酶1(ODC1)基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达的影响,为进一步研究其作用及调控机制提供一些实验基础和线索。方法 以前列腺癌细胞PC-3作为研究对象,敲低ODC1基因,经q-PCR检测及WB检测验证后采用Illumina Novaseq 6000,PE150模式进行高通量测序,测序结果应用编码潜能分析方法(CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、LGC分析)进行预测筛选,对筛选出的lncRNAs行差异分析、顺式作用元件分析以及GO和KEGG富集分析。再选择文献报道中与前列腺癌关系密切的几个功能lncRNAs,采用q-PCR进行验证。结果 (1)在ODC1敲低PC-3细胞中筛选到341个lncRNA,差异表达的lncRNA中上调154个,下调128个。符合条件的差异lncRNA与差异表达基因共表达的顺式调控靶标有38个。(2)差异表达lncRNAs行GO和KEGG富集分析显示,lncRNA靶标基因参与体内多种生物学通路,如磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路(PI3K-Akt信号通路)、Ras信号通路等,还与肿瘤血管生成、细胞群增殖、正调控细胞分裂等密切相...     

基于生物信息学分析LncRNA AC005479.2在甲状腺乳头状癌中的表达及相关分析

目的 通过生物信息学分析探讨甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma, PTC)的关键基因及其潜在调控分子靶标,探索其在PTC中的分子调控机制。方法 通过TCGA数据库检索并下载甲状腺乳头状癌的基因表达谱,使用Rstudio中的“Limma”软件包寻找甲状腺乳头状癌与癌旁组织之间的是否存在差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。使用WGCNA构建及临床相关性分析。通过GSEA进行富集分析和注释。结果 经TCGA数据库筛选,共510例甲状腺乳头状癌的肿瘤组织与58例癌旁组织被纳入分析,共得到了58个差异表达lncRNA,其中包括36个高表达基因与22个低表达的基因。使用动态树切割法识别基因模块,设定模块内最低基因个数为100,最终得到11个相应的模块,结果显示,蓝色模块与甲状腺乳头状癌显著相关。蓝色模块内差异lncRNA共有34个,对Blue模块内34个差异lncRNA进行单因素和多因素Cox回归分析,得到AC005479.2。随后对AC005479.2绘制受试者工作特征曲线,曲线下面积为0.838。通过GO和KEGG...     

甲状腺微小乳头状癌患者血浆microRNA差异表达谱的研究

目的比较甲状腺微小乳头状癌患者与甲状腺良性结节患者血浆小分子RNA（miRNA）表达谱的差异,初步分析差异miRNA靶基因的功能。方法收集并分离5例甲状腺微小乳头状癌和5例甲状腺良性结节患者的血浆,采用miRNA-seq方法筛选出两组差异表达miRNA,进一步采用mirdbV5和TaregetScan7.1对差异表达miRNA进行靶基因预测,并运用GeneOntology（GO）分析和KEGG信号通路数据库初步分析靶基因功能。结果与甲状腺良性结节相比,甲状腺微小乳头状癌共有11个miRAN表达有显著差异,其中上调3个,下调8个;3个上调的miRNA通过两个软件共同预测到靶基因76个,8个下调miRNA共同预测到靶基因298个。上调miRNA靶基因GO分析提示与蛋白质修饰和细胞分解代谢有关。下调的miRNA靶基因GO分析结果提示与代谢以及生物合成有关。KEGG分析提示差异miRNA与RNA降解以及HIF-1信号通路相关。结论甲状腺微小乳头状癌与甲状腺良性结节miRNA表达谱存在明显差异,这些差异表达的miRNA可能与蛋白质修饰、细胞代谢以及生物合成、HIF-1信号通路有关。     

基于二代测序技术ghrelin作用后人卵巢癌细胞差异表达lncRNA的生物信息学分析

目的 分析二代测序技术ghrelin作用后的人卵巢癌细胞株SK-OV-3中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达。方法 从对照组（不添加ghrelin）和实验组（添加600 ng/mL ghrelin 24 h）的人卵巢癌细胞株SKOV-3中分别提取RNA进行测序,筛选出实验组发生差异表达的lncRNA,对其进行靶基因预测并将预测结果与差异mRNA取交集,对取交集后的基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果 筛选获得差异表达的lncRNA有236个（上调130个,下调106个）;差异表达mRNA有71个（上调66个,下调5个）。差异表达lncRNA靶基因与差异表达mRNA取交集筛选获得57个基因。GO和KEGG通路富集分析结果显示：这些差异表达lncRNA主要与精、赖氨酸跨膜转运,氧化应激反应及发育过程相关,并且主要富集在细胞因子受体信号通路、胰高血糖素和胰岛素信号通路及癌症相关信号通路上。结论 ghrelin作用后的人卵巢癌细胞中lncRNA的表达有差异,其可能参与卵巢癌的发生、发展,提示ghrelin可能在卵巢癌治疗中具有重要作用。     

妊娠期糖尿病患者外周血长链非编码RNA表达谱的差异性分析

目的 探讨妊娠期糖尿病(GDM)患者外周血中长链非编码RNA(lncRNAs)的差异表达谱及其功能。方法 分别收集2020年7月至2021年12月在宣汉县人民医院妇产科入院治疗的妊娠期糖尿病患者(GDM组)、门诊健康体检孕妇(对照组)外周血标本各3例。使用高通量测序技术筛选获得差异表达的lncRNA，并通过GO富集分析和KEGG Pathway富集分析查明差异表达的lncRNAs靶向调控的m RNA转录本的生物信息学功能。结果 与对照组比较，GDM组共筛选出差异表达的lncRNAs 333个，mRNA 2 036个，其中上调的lncRNAs 169个，m RNA645个；下调的lncRNAs 164个，m RNA 1 391个；GO生物学功能富集分析结果显示：差异表达的lncRNAs靶向调控的mRNA转录本主要富集在转录因子AP-1复合物、蛋白质复合物分解的调控、免疫系统调节、防御反应、细胞解剖实体、大分子代谢过程的调控、氮化合物代谢过程的调控、胞浆、代谢过程调节等；KEGG信号通路富集分析结果显示：差异表达的lncRNAs靶向调控的m RNA转录本参与的信号通路主要包括B细胞受体信号...     

甲状腺乳头状癌中CK19表达与其生物学行为的关系

目的:检测细胞角蛋白19(CK-19)在甲状腺乳头状癌组织中的表达,探讨其在甲状腺乳头状癌发生发展中的作用。方法:用RT-PCR和免疫组织化学(EnvisionTM)法检测36例甲状腺乳头状癌,19例良性甲状腺疾病及8例正常甲状腺组织中CK19mRNA和蛋白的表达。结果:CK19基因mRNA和蛋白表达一致,在甲状腺乳头状癌组与其他非癌组间的表达差异均具有显著性;CK19mRNA在有淋巴转移组的表达水平明显高于无淋巴转移组,差异有显著性。结论:CK19基因在甲状腺乳头状癌中表达明显增加且与转移有关,提示CK19可能参与了甲状腺乳头状癌的发生发展,并对肿瘤的肿瘤转移有促进作用。     

基于生物信息学筛选甲状腺乳头状癌相关预后基因

目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌和癌旁组织样本的RNA测序数据,通过差异分析获取差异基因;利用基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes Genomes, KEGG)进行差异基因生物学功能和通路富集分析;通过蛋白交互网络分析法(protein-protein interaction, PPI)筛选出关键基因;通过生存分析研究关键基因对甲状腺乳头状癌患者生存预后的影响。结果:在TCGA数据库中共筛选出甲状腺乳头状癌患者237例,其中甲状腺乳头状癌组织212例,甲状腺癌旁组织25例。通过差异基因分析后共筛选出715个差异基因;通路富集分析显示,神经信号转导活性、逆行内源性大麻素信号为主要的信号通路;通过PPI法共筛选出18个关键基因,包含9个上调基因和9个下调基因;通过生存分析发现高表达...     

子痫前期胎盘中差异表达的长链非编码RNA的研究

目的通过筛选及验证在子痫前期患者胎盘组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),探讨lncRNA与子痫前期的关系。方法收集18例子痫前期胎盘样本和同期出生的20例正常妊娠产儿胎盘样本,采用lncRNA芯片进行研究,筛选出差异表达的lncRNA及基因,采用国际通用的基因本体(GO)功能注释分析法和KEGG通路分析法,对差异表达基因进行功能注释与分析,并进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果检测到显著差异表达的lncRNA共有14个,其中表达上调的有9个,表达下调的有5个;检测到显著差异表达基因212个,表达上调的93个,表达下调的119个。对212个差异表达的基因进行GO功能注释分析,显示差异表达基因主要参与染色质结合、γ-谷氨酰转移酶的活性和SMAD结合等信号途径;KEGG通路分析结果显示,差异表达的基因包括细胞周期相关、补体和凝血级联反应相关、全身性红斑狼疮相关等与信号通路相关的作用基因。对显著差异表达的3个lncRNA:linc-ASCL1-3、linc-KLF6-2和linc-ROBO1-3进行qRT-PCR验证,其结果与lncRNA芯片检测结果相符。结论子痫前期的胎盘组织与正常胎盘组织相比,lncRNA表达谱发生了显著变化,可能与子痫前期的发生有关。     

原发性大隐静脉曲张中lncRNAs的差异表达

目的 比较大隐静脉（great saphenous vein, GSV）曲张血管与正常血管差异表达的lncRNA对大隐静脉曲张的影响,并预测其可能潜在的功能。方法应用表达谱芯片检测6对配对的曲张静脉（varicose vein, VV）和相邻正常节段大隐静脉（normal vein, NV）组织lncRNA表达差异,以qRT-PCR对32例患者样本进行验证;同时以基因芯片lncRNAs和mRNA差异的分层聚类分析、基因本体及通路分析注释差异表达的mRNA通路。结果在6对VV和NV中,存在557个lncRNAs和980个mRNA表达差异;其中6个通路与代谢相关,均得到了qRT-PCR验证。编码-非编码基因共表达网络提示,这6个lncRNA中有4个可能与11个mRNAs相关,且可能与8个代谢通路有关。结论曲张大隐静脉中存在lncRNA异常表达,为lncRNAs生理功能和静脉曲张病理发生提供了新视角。     

βB2基因敲除小鼠睾丸组织长链非编码RNA的差异性表达分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P＜0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.     

乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNA和mRNA表达谱筛选

目的:分析紫杉醇诱导的乳腺癌MCF-7耐药细胞（MCF-7/PR）中长链非编码RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）表达谱的变化,研究筛选出调控乳腺癌紫杉醇耐药的关键lncRNAs,为逆转紫杉醇耐药的分子靶点提供理论依据。方法:利用ArraystarlncRNA芯片技术检测MCF-7/PR细胞中lncRNAs和mRNAs的表达谱;使用Agilent GeneSpring GX v12.1软件筛选差异表达的lncRNAs和mRNAs,对差异mRNAs进行GO和KEGG通路分析,得到mRNA参与的生物学途径;并同时进行lncRNAs与相应mRNAs联合分析推断lncRNAs功能。结果:通过MCF-7/PR细胞和MCF-7亲本细胞相比,共有1 504个lncRNAs和2 264个mRNAs存在差异性表达（差异倍数>2.0）;通过GO聚类分析表明:上调的mRNAs和下调的mRNAs分别参与多种不同的生物过程;差异性lncRNAs可能通过影响相应mRNAs发挥其生物学功能。结论:乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNAs和mRNAs的表达存在差异,差异表达的基因可以为寻找新的化疗敏感靶点或生物标志物提供线索。     

长链非编码RNA在宫颈癌中的表达及预后价值*

的 研究长链非编码RNA（lncRNA）在宫颈癌中的表达水平,鉴定在宫颈癌组织中异常表达的lncRNA,初步分析其功能,并评估其预后价值。方法 宫颈癌组织和癌旁组织的转录组数据下载自癌症基因组图谱（TCGA）,结合Genecode数据库中lncRNA注释信息,获取lncRNA的表达数据。通过limma软件包鉴定在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA;同时对存在差异表达的lncRNA进行生存分析和功能预测。结果 在宫颈癌组织和癌旁组织中差异表达的lncRNA有554个,其中在宫颈癌组织中表达下调245个,上调309个（校正后P?<0.05,倍数变化绝对值>2）。生存分析鉴定出11个与宫颈癌患者总体生存率相关的差异表达lncRNA（P?<0.01）。京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢途径富集分析显示这些lncRNA参与到环磷酸鸟苷酸-环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶（cGMP-PKG）信号通路、钙信号通路和细胞间隙连接等肿瘤发生、发展相关代谢途径。结论 通过对宫颈癌lncRNA数据的分析,鉴定11个具有预后意义的lncRNA,这些lncRNA有可能为宫颈癌治疗提供新的靶点和预后监测标志物。     

鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

目的 分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。方法 体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型,诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR,应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs,对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。结果以Log2FC>1或<-1, FDR <0.05为差异表达标准,和CNE1相比,CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个（358个上调,2 063个下调）;和CNE2相比,CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个（265个上调,520个下调）;此外,387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调,49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现,2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程（biological process,BP）、分子功能（molecular f...     

结直肠癌中差异性表达的外泌体lncRNA功能富集及通路分析

目的 通过探讨差异性表达的外泌体lncRNA及其调控的信号通路在结直肠癌发生、发展中的作用,以期为结直肠癌的诊断和治疗提供新的靶点.方法 使用R软件线性回归模型软件包limma包进行差异表达分析,根据筛选阈值得到显著差异表达的lncRNA和mRNA;通过计算差异表达lncRNA与mRNA皮尔逊相关性系数,获得其之间协同...     

基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选

目的：应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA（lncRNA）。方法：从开放的癌症基因图谱（TCGA）和基因型组织表达（GTEx）数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果：通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个（211个上调,213个下调）,mRNA 3 827个（1 618个上调,2 209个下调）。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论：筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。     

LncRNA44372在卵巢癌中的差异表达及生物信息学分析

目的:探讨lncRNA44372在卵巢癌中的表达及其在卵巢癌发生发展过程中的作用机制.方法:从NCBI GEO数据库中下载卵巢癌样本及其对照样本的基因芯片数据GSE119054,选用在线工具CRN分析在卵巢癌中差异表达的lncRNA;利用在线工具Annolnc筛选与lncRNA44372有关的共表达基因,然后使用Dav...     

草酸钠结晶肾损伤肾小管上皮细胞中骨桥蛋白相关长链非编码RNA的差异表达

目的 检测草酸钠诱导的人肾小管上皮细胞结晶肾损伤模型中与骨桥蛋白(OPN)相关的长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达,并探讨OPN相关lncRNA在结晶肾损伤发病中的作用.方法 利用草酸钠(20 mmol/L)刺激人肾近曲小管上皮细胞HK-2建立草酸钠诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型.运用RNA干扰技术对其转染OPN小干扰RNA构建OPN敲低细胞模型(OPN-siRNA组),对照组细胞转染阴性随机对照序列(NC-siRNA组).采用Arraystar公司提供的人类全基因组lncRNA芯片(V4.0)检测两组结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中与OPN相关的lncRNA和mRNA的差异表达水平,并采用生物信息学方法分析lncRNA芯片结果.结果 全基因组lncRNA芯片结果显示草酸钠诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中与OPN相关的差异表达lncRNA共583个,其中OPN-siRNA组表达上调354个、下调229个;差异表达mRNA共235个,上调139个,下调96个.生物信息学分析结果显示差异表达lncRNA参与结晶肾损伤中细胞生长、酶活性调节等多种生物学过程.结论 草酸钠体外诱导的结晶肾损伤肾小管上皮细胞模型中存在OPN相关的差异表达的lncRNA.