石家庄市男男性接触者HIV-1毒株亚型研究

[目的]了解石家庄市男男性接触者(MSM)HIV-1感染者HIV-1毒株亚型类型,为制定MSM人群干预措施提供科学依据. [方法]提取36例HIV感染阳性者外周血单个核细胞(PBMC)的核酸,利用套氏PCR方法扩增env基因部分片断,并对扩增片断进行序列测定和分析. [结果]36例阳性者中21份毒株与国际标准株B亚型聚在一起,而与其他国际标准株远离,其组内基因距离为10.3±1.0;与国际标准株的基因距离为15.7±1.6,与其他亚型国际标准株间的基因距离均在25以上,亚型分类属于B亚型.14份毒株与国际标准参考株01-AE.TH.90.CM240 ACCU54771最近,基因距离为9.6±1.9,组内距离为5.6±0.9,属于CRF01-AE亚型.1份毒株与08-BC亚型国际参考株08 BC.CN.97.97CNGx 6F ACC AY008715聚在一起,基因距离为9.7±1.2,属于CRF08-BC亚型. [结论]HIV-1在石家庄市MSM中的流行株以B亚型和重组亚型CRF01-AE最常见,也存在CRF08-BC重组亚型.     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

中国HIV-1基因亚型分布文献分析

目的了解中国国内不同感染人群人类免疫缺陷病毒I型(HIV-1)亚型及分布特点。方法计算机检索中国知网、万方数据资源和维普科技期刊全文数据库,下载题录,并按纳入和排除标准选择文献,提取资料,分析HIV基因亚型在不同感染人群中和不同年代的分布。结果纳入62篇文章,共2091例病例;中国主要流行的HIV-1基因亚型为B(12.4%)、B’(23.9%)、CRF01-AE(30.0%)、CRF-BC(27.2%);HIV的基因亚型与传播途径相关;近年来,中国流行的重组毒株增多。结论中国HIV基因亚型流行日趋复杂,为其监测、防控和治疗带来了更大的困扰。     

2000-2012年中国HIV基因亚型时空分布的系统综述

目的了解2000年以来我国艾滋病病毒(human immunodeficiency virus,HIV)基因亚型的时间和空间分布特征。方法计算机检索中国知网期刊全文数据库和PubMed数据库,按纳入和排除标准选取文献,提取资料,描述分析HIV亚型在不同时间、不同地区和不同传播途径感染人群中的分布。结果纳入78篇文献,涵盖我国20个省、直辖市和特区。研究结果显示:我国目前存在A、B、B’、C、D、E、G、K、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_AG、CRF03_AB、CRF12_BF、CRF14_BG、CRF02_AG/CRF01_AE、CRF08_BC/B、CRF07_BC/CRF01_AE、G/CRF12_BF、A/CRF10_CD、CRF01_AE/B’、U/CRF01_AE、B/C、U/G等多种亚型,其中CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B’、B为主要流行亚型;HIV的基因亚型与传播途径相关,近年来,我国流行的重组毒株增多且出现多种独特重组型。结论过去10年,随着HIV流行形势的变化,我国HIV基因亚型分布特征发生变化并日趋多样化...     

山东省HIV-1感染者分子流行病学研究

目的了解流行于山东省境内艾滋病病毒(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对93例HIV感染者进行详细的流行病学调查，并采集外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B’、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF02-AG和CRF01-AE 4种重组毒株，B’亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者、二者的配偶和性乱人群，分布在山东省10个地市；CRF07-BC、CRF08-BC亚型以吸毒人群为主，分布在5个地市；CRF01-AE和其他亚型则主要为性乱人群，集中在几个经济发达的城市。结论山东省HIV-1亚型众多，各亚型在我省高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

中国CRF01_AE亚型人类免疫缺陷病毒毒株的分子流行病学研究

目的　通过对两次全国范围人类免疫缺陷病毒 (HIV)毒株分子流行病学研究 (NationalMolecularEpidemicStudy ,NMES)中发现的CRF0 1_AE重组HIV 1毒株的分析 ,研究该重组型毒株在我国的流行特点和基因变异特征。方法　从HIV感染者血液中提取前病毒DNA ,使用套式聚合酶链反应 (nested PCR)扩增HIV 1的env基因C2～V4区 ,PCR产物直接测序并使用GCG软件包进行序列分析。结果　到 2 0 0 2年底 ,从全国 31个省市自治区采集的标本中发现CRF0 1_AE重组型样本 16 9份 ,分布在 17个省。虽然CRF0 1_AE重组型仍然以性传播人群为主 [NMES1为 6 2 2 % (2 3/ 37) ,NMES2为5 5 3% (73/ 132 ) ],但吸毒人群中感染该重组型的比例明显增加 ,由NMES1的 2 7% (10 / 37)增加到NMES2的 4 1 6 % (5 7/ 137)。系统树分析可明显看到NMES2吸毒人群流行毒株远离NMES2中性传播人群和NMES1吸毒人群流行毒株。NMES2吸毒人群流行毒株的V3区氨基酸较保守 ,但C3区第 6、8、9、10、12、15、16位氨基酸呈现出规律性变化。结论　CRF0 1_AE亚型已从东南沿海和西南边境扩散至内陆 ,吸毒人群中该亚型比例不断上升。NMES2吸毒人群和NMES1吸毒人群中流行的CRF0 1_AE重组毒株序列明显不同 ,显示其可能有新的来源 ,并呈现扩大流行的态势。     

辽宁省HIV-1株的基因序列测定和亚型分析

目的　通过DNA序列分析 ,确定辽宁省HIV -1流行毒株的亚型。方法　从辽宁省HIV -1抗体阳性者中选择 16例 ,其中经性接触感染者 8例 ,经静脉吸毒和血液途径感染者 7例 ,垂直传播者 1例 ,采集全血提取DNA作为PCR扩增的模板 ,套式引物扩增HIV -1前病毒DNA的C2～V 3区用于测序。所测序列与国际标准株及国内外参考序列进行比较 ,确定被检标本的亚型。结果　辽宁省流行的HIV -1病毒分属A、B、C、G4种亚型 ,其中经性途径传播者 8例分别为B′亚型和A亚型 ,静脉吸毒者 4皆为C亚型 ,经血途径感染者分别属B′和G亚型 ,垂直传播者为A亚型。亚型内基因离散率分别为 :A亚型 (7 5± 1 0 ) % ,B′亚型 (8 5± 0 9) % ,C亚型 (5 4± 0 9) % ,G亚型 (13 5±2 1) %。结论　辽宁省目前HIV -1的流行株亚型较为复杂 ,不同传播途径感染HIV毒株亚型有所不同 ,C亚型毒株只见于静脉吸毒者 ,经性途径和血途径感染主要为B′亚型 ,而A亚型和G亚型只见于非洲劳务输出人员及其配偶子女。     

2000—2012年中国HIV基因亚型时空分布的系统综述

目的了解2000年以来我国艾滋病病毒（human immunodeficiency virus,HIV）基因亚型的时间和空间分布特征。方法计算机检索中国知网期刊全文数据库和PubMed数据库,按纳入和排除标准选取文献,提取资料,描述分析HIV亚型在不同时间、不同地区和不同传播途径感染人群中的分布。结果纳入78篇文献,涵盖我国20个省、直辖市和特区。研究结果显示：我国目前存在A、B、B’、C、D、E、G、K、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_AG、CRF03_AB、CRF12_BF、CRF14_BG、CRF02_AG／CRF01_AE、CRF08_BC／B、CRF07_BC／CRF01_AE、G／CRF12_BF、A／CRFIO_CD、CRF01_AE／B’、U／CRF01_AE、B／C、U／G等多种亚型,其中CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B’、B为主要流行亚型;HIV的基因亚型与传播途径相关,近年来,我国流行的重组毒株增多且出现多种独特重组型。结论过去10年,随着HIV流行形势的变化,我国HIV基因亚型分布特征发生变化并日趋多样化,必须予以高度重视。     

山东省HIV/AIDS流行状况分析及预测

目的分析山东省艾滋病流行状况,为政府制定艾滋病控制策略提供依据.方法依据全省的艾滋病病例报告、各类监测报表、专项流行病学调查等资料;用SPSS软件进行分析;用工作簿（WORKBOOK）对全省高危人群基数和艾滋病疫情进行预测;采集HIV感染阳性者外周静脉防凝血,提取核酸,进行基因序列测定和亚型分析.结果截止2004年底,山东省累计报告艾滋病病毒感染者436例,艾滋病病人152例,死亡65例;预测全省现有感染者7000余人.17个省辖市有16个市的68个县（市区）有疫情报告;感染方式仍以血液途径传播为主,但性传播呈明显上升趋势,HIV感染人数呈快速增长趋势,近2年检出数占13年总数的68.2%.全省存在多种HIV病毒株亚型,已检出B、B′C等3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRFD1-AE等4种重组毒株.结论山东省HIV感染已进入快速增长阶段,艾滋病在我省人群、地域分布广泛,同时具有明显的地区和人群聚集性;艾滋病发病和死亡人数将持续增加;艾滋病流行由吸毒、献血员、卖淫嫖娼等高危人群向一般人群传播;女性感染者所占比例有较大幅度增加,母婴传播危险性增大.     

湖北省HIV-1分子流行病学研究

目的了解湖北省HIV-1基因型分布特征。方法对湖北省HIV-1主要流行区域进行流行病学调查，应用巢式聚合酶链反应对其中102例HIV-1感染者的env基因V3～V4区、gag基因P17/P24区和tat基因第一外显子区进行扩增，对各基因区阳性扩增样本进行序列测定，并对各基因区核苷酸进行序列分析。结果所有目标人群中共存在B^＋、C2种亚型以及CRF08-BC和CRF01-AE2种重组毒株，B^＋亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者以及二者的配偶和性乱人群，主要分布既往有偿献血员集中的地区。CRF08-BC、CRF01-AE重组主要涉及性乱人群，分布于经济发达的城市或地理位置偏南方的地区。C亚型为离散病例，主要涉及静脉毒品注射者。结论湖北省已由既往单一HIv-1 B^＋亚型转变为多种亚型、重组亚型流行的复杂局面，各亚型在省内高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在湖北省有加快流行和进一步复杂化的趋势。     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

山东省HIV-1流行株多基因区亚型分析

目的 了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型,尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况,分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白（env）、核心蛋白（gag）、tat区基因的核酸片段,并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B,、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRF01-AE4种重组毒株,其中B’亚型数量最大71株（占77．2％）,CRF01-AE9株（占9．8％）,CRF07-BC、CRFOB-BC各3株（均占3．3oA）,B、C和CRF02-AG各2株（占2．2％）。3个基因区env区变异最大,gag和tat相对保守。3种优势亚型中,A／E变异最大,B’次之,B’／C最保守。结论山东省HIV-1流行毒株亚型众多。各优势毒株发生了不同程度的变异,在山东省有流行加快的趋势,应加强防控。     

浙江省HIV-1 CRF01_AE流行株的分子特征分析

目的 分析艾滋病病毒1型(HIV-1)CRF01_AE重组毒株在浙江省的分子流行特征.方法 提取234例HIV-1感染者基因组DNA用巢式聚合酶链反应(nPCR)方法扩增gag部分基因片段,测定序列以后分析核苷酸和氨基酸序列.结果 在扩增阳性并成功测序的192个序列中HIV-1CRF01 AE有81个,占42%,是浙江省HIV主要的流行毒株之一.系统进化树中存在3个bootstrap值＞60的分支簇,其中MIX组包括47个序列,内部基因离散率为2.4%±0.7%,与参考株CM240的基因离散率为3.4%±0.5%;SEX组包括7个样本,组内基因离散率为3.0%±1.2%,与参考株的基因离散率为3.9%±1.0%;MSM组包括12个样本,组内基因离散率为2.8%±1.1%,与参考株的基因离散率为4.9%±0.6%,三者差别有统计学意义.特征性氨基酸分析表明MIX组、SEX组、MSN组共享序列与国际参考株共享序列之间分别存在2个、4个和8个位点的差异.结论 浙江省内HIV-1 CRF01 AE流行株中主要存在三个进化簇,其中两个簇与广西来源株密切相关.CRF01_AE毒株在浙江省内主要以异性性途径和注射吸毒形式传播.     

Genetic characterization and recombinant history of a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF101_01B) identified in Yunnan,China

The high frequency of multiple HIV-1 recombinant events among the B, C and CRF01_AE were constantly occurring in Yunnan China. Here, we characterized a novel HIV-1 circulating recombinant form (CRF) consisting of CRF01_AE and subtype B (CRF101_01B) from three epidemiologically unlinked individuals. Phylogenetic analysis based on near full length genome (NFLG) sequences revealed that CRF101_01B formed a distinct monophyletic cluster supported by a high bootstrap value of 100%, distantly related to all known HIV-1 CRFs. CRF101_01B had a CRF01_AE backbone with two B segments inserted, respectively, in the gag and pol region. Further, subregion tree analysis showed that CRF01_AE backbone and subtype B segment inserted originated from a Thailand lineage. In addition, our study found that CRF101_01B originated around the year 1996–1998. This findings described a novel HIV-1 CRF, and highlighted the importance of continual monitoring of genetic diversity and complexity of HIV-1 strains in Yunnan, China.     

广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区序列变异分析

[Objective] To study the genetic variations of V3-V4 and flanking regions of the env gene from the circulating recombinant form （CRF） of human immunodefieiency virus type 1 （HIV-1） in Guangxi. [Methods] 24 samples were collected from the prevailing area of HIV-1 in Guangxi. Fragments of the HIV-1 env gene were amplified by nest-PCR from proviral-DNA templates of HIV-1 infected individuals. The PCR products were then directly sequenced by using ABI 310 DNA SEQUENCER. The sequencesof V3-V4 region and flanking region of the env gene from CRF were carried out amino acid mutations by CLUSTAL. MEGA and dnatools software. [ Results] Of the 24 samples, 21 samples （ 87.5% ） were infected with CRF01-AE. 3 （12.5%） were infected with CRF08-BC. Phylogenetic tree analysis showed that 21 CRF01-AE strains clustered with 97CNGX2F andTHCM240, while 2 CRF08-BC strains were closely related to CRF08-BC.98CN006 and CRF08-BC. 97CNGX6f, and 1 CRF08-BC clustered with C.95IN21068. Nueleotied sequence analysis showed that DNA distances in V3-V4 regions of the env gene of 24 samples were closely related to the normal strains in Guangxi, and majority of amino acid substitution occurred in C3 and V4 regions rather than V3 region. [Conclusions] Majority of genetric variation in V3-V4 regions of the env gene from recombinant form of CRF01-AE occur in the C3 and V4 regions rather than V3 region.     

HIV-1重组毒株gag区快速基因分型方法

目的建立一种简便、快速基因分型方法,对广西人类免疫缺陷病毒（HIV-1）重组毒株gag基因区进行亚型鉴定。方法从HIV阳性样本中提取核酸,使用HIV-1 M组通用引物对gag区进行第1轮扩增,第2轮使用分别检测C亚型和CRF01-AE重组型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的带位置不同判断亚型。另外设计了一套引物,专门用于检测B’/C重组毒株。扩增出的所有样本均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果54份样本中,经基因测序和系统树分析证实CRF08-BC样本4份（7.41%）,CRF01-AE样本46份（85.18%）,4份（7.41）无法确定亚型。经亚型特异性引物PCR法检测出4份（100%）B’/C重组毒株,45份（97.83%）CRF01-AE重组毒株,灵敏度为98%,特异性为100%。2种方法检测结果经差异性检验显示,P〉0.05,差异无统计学意义,结果一致性高达98.15%。与基因分析结果吻合。重复实验显示,B’/C的平均重复性为100%（20/20）,CRF01-AE为98.3%（59/60）。结论该方法具有简便、快速,高度灵敏度和特异性的特点,可直接对广西HIV-1重组毒株CRFO 1-AE gag基因区进行分型。     

深圳地区1992--2008年HIV-1分子流行病学研究

目的 了解1992-2008年深圳地区HIV-1亚型的流行特点.方法 抽取1992-2008年深圳地区HIV确认阳性患者血清489份,应用巢式PCR扩增膜蛋白基因(env基因),并对PCR产物进行序列测定和分析.结果 共有464份样本获得分型结果,主要为CRF01 AE亚型(64.4％,299/464),其次是CRF BC( 17.5％,81/464)、B'(14.7％,68/464)和B亚型(2.4％,11/464),还发现C(0.4％,2/464)、A1 (0.2％,1/464)、CRF02_AG(0.2％,1/464)和CRF06_cpx (0.2％,1/464)亚型/重组亚型.CRF01 AE和CRF BC主要流行于异性性传播、同性性传播和静脉吸毒人群,B'亚型主要经异性、同性性传播和血液传播.另外经系统进化分析发现,不同时间段的样本出现明显的时间汇聚现象,并伴随传播途径的聚集以及交叉感染现象;各亚型/重组株样本组内及与标准参考株间的基因离散率随着时间的增加有明显增大趋势.结论 CRF01 AE重组株是深圳地区HⅣ-1的主要流行株,CRF_BC、B、B'、C、A1和CRF02_AG、CRF06_cpx亚型/重组亚型也在深圳地区少量流行,各亚型在流行过程中发生较大变异.