一个新的等位基因:HLA-A~*1114克隆和序列分析

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　使用PCR SSP以及以测序为基础的分型 (SBT)技术 ,在HLA分型常规工作中发现 1个与HLA A 110 2基因相关的新基因 ,以基因克隆及DNA测序 ,分析该基因和A 110 2基因序列的差异。结果　该基因和A 110 2基因序列的差异在于外显子 3区域中 ,5 2 4A >G ,5 2 6G>C以及 5 2 7C >G等 3个碱基的取代 ,使密码子 175由组氨酸变为精氨酸 ,密码子 176由丙氨酸变为精氨酸。结论该基因为HLA新等位基因 ,2 0 0 2年 9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA A 1114。用PCR SSP方法 ,在 30 0 0名随机造血干细胞供者中 ,未发现其他带有A 1114基因的个体。     

一个HLA-A抗原三联体家庭的分子遗传学研究

目的　研究江苏省骨髓库供者SZHD1及其 4名家庭成员的HLA A抗原HLA三联体表型的分子遗传学基础。方法　使用标准微量淋巴细胞毒试验和特异性单克隆抗体 ,测定淋巴细胞HLA血清学抗原特异性。使用PCR SSP方法作HLA基因分型 ,并进一步采用分子克隆和DNA序列方法分析测定相应的基因结构。结果　供者SZHD1的淋巴细胞带有HLA A2、A11.2和A2 4等 3个抗原。分子克隆和DNA序列分析表明相应等位基因为HLA A 0 2 0 6、A 110 2和A 2 4 0 2 0 10 1。家系调查表明该供者的 1条单体型为HLA A 2 4 0 2 0 10 1,A 110 2 ;B 38;DRB1 15。同一条单体型带有 2个表达的HLA A等位基因 ,该单体型按孟德尔定律分离 ,稳定地传递了 3代。供者的父亲、哥哥、妹妹、及其孩子也带有该单体型。结论　供者SZHD1及其 4名家庭成员的 1条HLA单体型上 ,带有 2个表达的HLA A等位基因 ,该单体型稳定地遗传 ,表现出HLA遗传多态性的一种新形式。HLA A座位表达 3种抗原的家庭为世界上首次报告。     

6965名汉族骨髓供者HLA多态性分析

目的　分析中国汉族骨髓供者的人类白细胞抗原 (HLA)多态性 ,并寻找和鉴定新的HLA等位基因。方法　采用序列特异性引物聚合酶链反应、DNA测序技术以及分子克隆等以DNA为基础的HLA基因分型技术。结果　共鉴定 6 96 5人份无关汉族骨髓供者的HLA A、B、DRB1座位上的等位基因 ,其中 4 70 7人份为南方汉族个体 ,2 2 5 8人份为北方汉族个体。在受检群体中共检出 72种HLA特异性 ,包括过去很少在汉族人群中被检测到的HLA A2 5、A34、A74、B4 1、B4 2、B5 3、B73、B81等。HLA A、B、DRB1座位上尚未被检测出的空白基因频率分别小于 0 .2 0 % ,0 .2 5 %和 0 .70 %。发现 3个新等位基因 ,已被WHO命名为HLA A 0 2 5 3N ,HLA A 1114和HLA B 5 6 10。结论　在骨髓供者HLA分型中使用以DNA为基础的基因分型技术 ,可以得到精确可靠的基因频率以及发现新的等位基因。一些HLA基因在南北汉族人群中的分布有明显的差异 ,为了能最大限度地募集到带有不同HLA分型的骨髓供者 ,有必要在我国南北多个地区筛选骨髓供者     

HLA新等位基因HLA-A~*2451的认定

目的发现和认定1个HLA新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析基因序列及与最同源HLA等位基因序列的差异。结果检出1样本,其HLA-A位点显示出多种不一致的结果,其中包括与已知所有HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型,其HLA-A位点第3外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致。软件分析表明该基因序列与同源性最高等位基因A*2415的差异只是在外显子3区域中的363位碱基发生了G→A1个碱基替代,并导致相应的121密码子由ATG(M)→ATA(I)。结论该等位基因为HLA-A位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2451。     

新的HLA等位基因B~*5610的发现和序列分析

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　经基因克隆和DNA测序 ,分析该基因和B 5 6 0 2基因序列的差异。结果　该基因和B 5 6 0 2基因序列的差异只是在外显子 3区域中 5 5 9C >A以及 5 6 0T >C 2个碱基取代 ,并导致相应的密码子 187由亮氨酸变为苏氨酸。结论　该基因为HLA新等位基因 ,2 0 0 2年 9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA B 5 6 10。在大约 30 0 0名随机献血者中 ,未发现其他带有B 5 6 10基因的个体。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

HLA新等位基因HLA-B~＊5145的确认

背景：作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能。目的：发现和认定1个HLA新等位基因。方法：采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列。结果与结论：PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A＊02XX,A＊33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1＊1202,DRB1＊1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B＊44XX,B＊53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂（Dynal,PCR-SSO）分型方法进行分析,也显示无法判定的结果。等位基因HLA-B＊5145是HLA-B＊5106的变异体,该基因和B＊5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N（天冬酰胺,Asn）→D（天冬氨酸,Asp）,346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y（酪氨酸,Tyr）→S（丝氨酸,Ser）,362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K（赖氨酸,Lys）的变化。该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B＊5145。     

HLA新等位基因HLA-B*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能.目的:发现和认定1个HLA新等位基因.方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列.结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型疗法进行分析,也显示无法判定的结果.等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化.该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145.     

新等位基因HLA-DRB1＊1462的核苷酸序列分析

本研究验证一个新的HLA等位基因DRB1＊1462的核苷酸序列。应用MR-SSO和MR-SSP基因分型技术对HLA分型,对怀疑是HLA新等位基因进行DNA测序。结果发现,该序列与已知的所有HLA-DRB1等位基因序列不一致,与HLA—DRB1＊140101的序列差异仅表现在第2外显子区域中256位碱基发生了G-〉A的替换,导致相应的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸。结论：该基因是HLA-DRB1位点的一个新等位基因,已经被WHOHLA命名委员会于2006年1月30日正式命名为HLA-DRB1女1462。     

PCR-SSP基因分型技术检出HLAB新等位基因B~*5516一例

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　使用PCR SSP以及以测序为基础的分型技术 ,分析HLA新等位基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异及血清学方法分析特异性。结果　在四川成都骨髓供者中检测出一例新的HLA B等位基因。该基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异 ,只是在外显子 2区域中 97C >A一个碱基取代 ,导致相应的密码子 33由酪氨酸变为组氨酸。血清学分析表明B 5 5 16与B2 2特异性相关。并由此建立起PCR SSP方法鉴定B 5 5 16基因。结论　四川成都骨髓库中检出的HLA B等位基因是HLA新等位基因 ,2 0 0 3年 8月已被世界卫生组织 (WHO)命名为HLA B 5 5 16。在大约 14 0 0例随机骨髓供者中 ,未发现其他带有B 5 5 16基因的个体。     

一个无效新等位基因C*01∶37N的鉴定及其序列分析

目的 鉴定中国汉族人群中新发现的一个HLA-C无效等位基因,并对国际上业已公布的HLA-C无效等位基因的突变情况进行分析.方法 采用分子克隆和单倍体测序的方法,鉴定1例HLA-C基因测序分型结果异常样本的分子生物学基础.结果 检出了一个C*01新变异等位基因,其序列与C*01∶02∶01最相近,但存在编码区nt 363 G＞A点突变,位于第三外显子的第97密码子由TGG直接变成终止密码子TGA,导致一个无效等位基因,其序列提交国际GenBank(序列号:GU592508)和IMGT/HLADatabase(HWS10010188).结论 该无效等位基因已被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为C*01∶37N.

Abstract：

Objective To identify a novel HLA-C null allele in a Chinese Han individual and characterize the nucleotides mutations of HLA-C null alleles reported currently. Methods The molecular basis of a sample with inconclusive sequencing result was clarified by traditional cloning and haplotype sequencing. Results A novel HLA-C * 01 variant allele was identified. Its sequence was very similar to allele C * 01∶02∶01. There was a single nucleotide mutation at the coding sequence nt 363 G＞ A (codon 97TGG＞TGA) in exon 3. The genomic sequence of this novel allele was submitted to GenBank with the accession number GU592508 and the IMGT/HLA Database (HWS10010188). Conclusions The novel variant null allele has been officially named C * 01∶37N by the WHO Nomenclature Committee for factors of the HLA System.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因。方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific ex-traction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B~*的新等位基因。结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B~*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M)。血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7。家系分析提示,HLA-B~*0740基因来源于其母亲。结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*0740。     

HLA-B无效等位基因B*5408N的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊5408N的分子基础。采用商用抽提试剂盒抽提样本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第2-4外显子,对PCR扩增产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果表明：先证者样本测序得到两个等位基因,其中一个等位基因为HLA-B＊1527,另一个经blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank（DQ295998,DQ295999,DQ296000）。与最接近的HLA-B＊5401等位基因序列相比,新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同,即第553位G→T,这导致第161位氨基酸Glu（GAG）→终止密码（TAG）,蛋白质的翻译提前终止。血清学方法未能检出HLA-B54抗原。结论：该等位基因为HLA-B无效表达等位基因,已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊5408N。     

新的HLA-A等位基因A~*0290的认定

目的确认1个中国人群中的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSP和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-A的新等位基因与A*02010101的差异。结果先证者HLA-A位点有1个等位基因的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因和A*02010101的差异在第2外显子区域的292位碱基C>G,导致74编码子CAC>GAC,编码的氨基酸由组氨酸(His)变成天冬氨酸(Asp)。结论该基因为HLA新的等位基因,2005年10月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*0290。     

Pancytopenia in a newborn due to maternal piperacillin and human leukocyte antigen antibodies

BackgroundPiperacillin antibody-induced immune hemolytic anemia is not rare in adults, and there have been reports of anti-HLA antibody-induced newborn platelet transfusion refractoriness. However, there has been no report of piperacillin-accompanied anti-HLA antibody-induced newborn pancytopenia.Case ReportWe herein present the case of a newborn with pancytopenia from a mother who carried anti-HLA-B55, anti-HLA-DR11, and piperacillin antibodies. The newborn HLA genotypes were HLA*B55:02 and HLA*DRB1*11:01. IgG antibodies can be transferred to the newborn via the placenta and induce the destruction of the platelet and white blood cells, which carry the corresponding antigens. Piperacillin antibodies coupling with newborn red blood cells (RBCs) led to the destruction of the RBCs and hemolytic anemia.ResultsThe direct anti-globulin test was positive for RBCs in the newborn, and piperacillin antibodies were positive in both the newborn and his mother. Anti-HLA antibodies were positive in the maternal serum, whereas homologous antigens were positive in the newborn. The direct anti-globulin test of platelet was weekly positive in the newborn.ConclusionPiperacillin and anti-HLA antibodies can pass through the placenta, induce incompatible blood cell destruction, and cause a series of clinical syndromes in newborns.     

一个罕见HLA-C等位基因间重组家系的遗传背景研究

目的 研究HLA-C等位基因座位上的交换重组,探讨HLA新等位基因产生的分子遗传背景.方法 采集拟进行造血干细胞移植的1例慢性粒细胞白血病患者、患者父母以及2名哥哥的静脉血,采用AlleleSEQR HLA 测序分型试剂进行HLA-A、C、B、DRB1和DQB1共5个位点的高分辨基因分型;再采用Protrans S4 HLA单倍体测序技术分离2个HLA-C等位基因,以确定序列异常的1个C等位基因;进一步采用分子克隆和测序方法进行患者及父母HLA-C等位基因的全长单倍体序列分析.按遗传规律分析该家系的HLA 5个位点的连锁单倍型,同时将HLA-C等位基因全长序列经IMGT/HLA Database中的"BLAST"程序进行序列的对比,以确定C等位基因重组发生的精确位置.结果 经HLA测序及遗传家系分析,该家系中父亲的2条HLA连锁单倍型分别为a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302与b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DQB1*0601;母亲的分别为:c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DQB1*0401与d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DQB1*0601.患者的2名哥哥均分别正常遗传了父母的2条单倍体a、d及b、c.患者的2条单倍体分别为母源单倍体c及父源重组单倍体a/b,其中A*240201来自父亲的1条染色单体b,而B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302则来自父亲的另1条染色单体a.对比患者携带的C未知新等位基因与父亲的1对C*010201 、C*120202等位基因的全长单倍体序列,推断父亲的2条染色单体在减数分裂时,由于HLA-C等位基因的第273位至330位碱基区域之间发生了交换,重组后形成新的C等位基因及单倍型并遗传给了患者.该C新等位基因的全长序列已递交GenBank,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为C*0121.结论 本研究发现了1个罕见的中国汉族人群HLA-C基因座位上的基因重组家系,阐明了HLA-C*0121新等位基因及单倍型的产生来源,为更深入研究基因重组及HLA多态性形成机制提供了理论依据.

Abstract：

Objective To study the inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus in a family of Chinese Han nationality, and to evaluate the molecular genetic background of the new HLA allele.Methods Peripheral blood samples were collected from a Chinese leukemia woman patient, as well as her healthy parents and two brothers.HLA-A, C, B, DRB1 and DQB1 alleles were typed by high-resolution PCR-sequence-based typing (SBT) method using Atria Genetic AlleleSEQR HLA SBT kits.The Protrans S4 HLA-C single allele-specific sequencing strategy was used to separate the two HLA-C alleles and to determine novelty of the allele.The full length sequences of HLA-C alleles of the patient and her parents were further analyzed using cloning and haplotype sequencing method. The HLA five loci linked haplotypes and the recombination site were analyzed by family study, meanwhile the full length sequences of the five HLA-C alleles were compared with the IMGT/HLA database by the program "BLAST".Results The two haplotypes of the father and mother were a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 and b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DRQ1*0601, c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DRQ1*0401 and d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DRQ1*0601,respectively.The two brothers inherited their parent′s haplotypes a, d and b, c respectively.The two haplotypes of the patient were the maternal c and paternal recombinant a/b haplotype.The recombinant a/b haplotype A*240201-C*new-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302, A*240201 came from the paternal haplotype b,while B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 came from the other paternal haplotype a.When comparing the full length sequences of the HLA-C new allele with the father′s allele C*010201 and C*120202, it could deduce that the recombinant a/b haplotype derived from a recombination event occurring between the paternal chromosome 6 during meiosis.The crossover site was between genomic nt273 and nt330 of HLA-C alleles, which created a HLA-C new allele and the fifth haplotype of the family, and inherited it to the patient.The full length sequences of the new allele had been submitted to Genbank, and officially named C*0121 by WHO nomenclature committee.Conclusion This study demonstrates a rare inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus within a Chinese Han family and illustrates the process of novel allele and haplotype, and provides direct theory for further studying the mechanisms of gene recombination and HLA polymorphism.     

HLA-B新等位基因B*3936的确认和测序分析

本研究确认HLA新等位基因HLA—B％3936并分析其序列。先证者为脐血造血干细胞捐献者，样本DNA抽提采用PEL—FREEZ抽提试剂盒，利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA—B基因的第2—4外显子，对PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示：先证者样本中存在2个HLA—B等位基因，其中1个等位基因为HLA—B％4002，另1个经Blast验证确定为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ242650，DQ24265l，DQ242652）。与最接近的B％3901等位基因比较，新的等位基因在第3外显子上有4个核苷酸的差异，其中第527位T→A、第538位C→T、第539位T→G、第544位A→G，这引起氨基酸第152位缬氨酸（Val）→谷氨酸（Glu）、第156位异壳氨酸（Ile）→色氨酸（Trp）、第158位苏氨酸（Thr）→丙氨酸（Ala）。实验结果提示该等位基因为新的HLA-B等位基因，已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—B％3936。