两种氨基修饰的基因芯片表面制备方法比较

目的 探讨两种氨基化方法修饰玻片表面的过程及其在基因芯片制备中应用的可行性。方法 玻片经清洗、硅烷化后,一种用多组分多氨化合物包被,经次亚苯基二异硫氰酸盐表面活化;另一种方法采用的包被剂是丙烯酸-丙烯酰胺单体,活化剂是碳二亚胺/N-羟基琥珀亚胺酯官能团分子。将被修饰好的玻片用于λ噬菌体基因组DNA芯片的制备,并进行杂交检测分析。结果 经两种方法修饰后玻片表面分别形成分支结构和聚合物涂层,与商业化的芯片比较发现,两种芯片杂交、扫描检测后显示所得点阵的杂交信号均匀、稳定、清晰,杂交点饱满、同一性好。结论 两种方法修饰的玻片用于制备基因芯片均取得了成功,其中丙烯酸-丙烯酰胺聚合物包被法处理过程简单、成本低廉、能大规模生产,是一种较理想的芯片表面制备方法。     

Poly-L-Lysine玻片在寡核苷酸芯片制备中的改进

目的 为了制得适合固定未修饰寡核苷酸的芯片，提高检测灵敏性，对Patrick Brown实验室的多聚左旋赖氨酸包被玻片的方法进行改进。方法 玻片经清洗后用缩水甘油-丙氧基三甲氧基硅烷进行硅烷化，然后应用Poly-L-Lysine在玻片表面形成聚合物涂层，经次亚苯基二异硫氰酸盐表面活化后可使寡核苷酸共价连接在芯片表面。设计了各种实验考察方法改进前后芯片表面的性能，并将改进后的玻片初步应用于SARS冠状病毒寡核苷酸芯片检测中。结果 方法改进后芯片表面性能优良：固定效率高、点的同一性好、杂交效率和热稳定性好、寡核苷酸结合牢固、芯片可以重复利用。结论 利用共价连接，方法改进后的芯片表面适合固定未修饰的寡核苷酸，解决了寡核苷酸与玻片之间物理结合不稳定、易剥离的缺陷，提高了芯片检测的灵敏性。     

Poly-L-Lysine玻片在寡核苷酸芯片制备中的改进

目的为了制得适合固定未修饰寡核苷酸的芯片,提高检测灵敏性,对Patrick Brown 实验室的多聚左旋赖氨酸包被玻片的方法进行改进。方法玻片经清洗后用缩水甘油-丙氧基三甲氧基硅烷进行硅烷化,然后应用Poly-L-Lysine在玻片表面形成聚合物涂层,经次亚苯基二异硫氰酸盐表面活化后可使寡核苷酸共价连接在芯片表面。设计了各种实验考察方法改进前后芯片表面的性能,并将改进后的玻片初步应用于SARS冠状病毒寡核苷酸芯片检测中。结果方法改进后芯片表面性能优良:固定效率高、点的同一性好、杂交效率和热稳定性好、寡核苷酸结合牢固、芯片可以重复利用。结论利用共价连接,方法改进后的芯片表面适合固定未修饰的寡核苷酸,解决了寡核苷酸与玻片之间物理结合不稳定、易剥离的缺陷,提高了芯片检测的灵敏性。     

60 mer长寡核苷酸微阵列构建的优化

目的　优化长寡核苷酸芯片方阵的构建。方法　采用4种不同玻片表面,4种点样液溶解经设计高度特异性探针,制备长寡核苷酸芯片。样品经RD -梯度PCR扩增标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果　点样液3×SSC与丙烯酰胺聚合物表面(国产玻片)联合使用杂交效果最佳。结论　该研究优化了长寡核苷酸芯片微阵列的构建,为芯片的下游技术发展提供支持。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

结核杆菌检测基因芯片的制备研究

目的 建立结核杆菌检测基因芯片的制备技术。方法 制备和标记靶基因，用点样仪将靶基因点于玻片介质上，并给点样后处理制成基因芯片，用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化。计算DNA固定率，同时测定和比较两种不同破片，不同点样液和三种不同点样后处理方法的DNA固定率。结果 制备结核杆菌检测基因芯片，用醛基修饰玻片作为介质，用DMSO溶液作为点样液，点样后芯片处理以水合1小时再干燥30分钟为佳。结论 本研究所建立的结核杆菌检测基因芯片制备技术具有较高的效率和可靠的实用性能。     

结核杆菌检测基因芯片的制备研究

目的　建立结核杆菌检测基因芯片的制备技术。方法　制备和标记靶基因 ,用点样仪将靶基因点于玻片介质上 ,并经点样后处理制成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率 ,同时测定和比较两种不同玻片、不同点样液和三种不同点样后处理方法的 DNA固定率。结果　制备结核杆菌检测基因芯片 ,用醛基修饰玻片作为介质 ,用 DMSO溶液作为点样液 ,点样后芯片处理以水合 1小时再干燥 30分钟为佳。结论　本研究所建立的结核杆菌检测基因芯片制备技术具有较高的效率和可靠的实用性能     

戊型肝炎病毒诊断基因芯片制备的初步研究

目的制备戊型肝炎病毒诊断基因芯片并进行杂交验证。方法利用Oligo6.0软件针对戊型肝炎病毒诊断基因保守区域设计多对寡核苷酸探针,用芯片点样仪将其按照阵列设计打印在玻片上制备成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术,样品标记后进行杂交,进而在芯片扫描仪中对得到的探针数据进行分析并实验验证。结果芯片杂交后得到的探针荧光强度好,信噪比高,符合临床样品的基因亚型,RT-PCR验证后得到的电泳结果与芯片实验一致。结论实验设计并制备的寡核苷酸戊型肝炎病毒诊断芯片能用于戊肝的检测,为这项疾病的实验室诊断提供了一种快速平行的检测方法。     

HIV基因芯片的初步研究

目的：建立HIV基因检测芯片的分析技术，方法：分离HIV 1U26942基因限制性显示片段作探针，应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片，然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交，以分析限制性显示基因片段的杂交动力学，经杂交后清洗和干燥，扫描芯片进行检测。结果：对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论：建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

基因芯片的制备研究

目的：建立基因芯片的制备技术。方法：基因样本准备,将带荧光标记的ＰＣＲ产物用点样仪点于玻片介质上,并经过点样后处理制备成基因芯片,用扫描仪测定前后芯片上荧光强度的变化,计算ＤＮＡ固定率,分别设计了５种玻片３种固定条件和６种点样后处理方法的固定率测定。结果：对芯片制备的各种条件和方法优化实验表明,ｃＤＮＡ的氨基修复,点样后的ＵＶ交联和芯片室温干燥处理能有效提高ＤＮＡ的固定率。结论：本研究建立的基因芯     

Research on preparation of mycobacterium tuberculosis DNA microarray]

OBJECTIVE: To optimize and develop the technique for mycobacterium tuberculosis DNA microarray. METHODS: The process included preparation of DNA samples, spotting and past-spotting treatment of arrays. DNA microarrays were prepared by spotting fluorescence labeled PCR products of target genes onto specially treated glass slides with robotics. The fluorescent signals before and after treatment were scanned with a scanner, and the DNA attachment rate was calculated from the obtained data by software. RESULTS: A foundation for optimizing the conditions of Mycobacterium tuberculosis DNA microarrays has been laid. The support aldehyde-modified glass slide is useful for anchoring DNA at Some distance. DMSO as spotting solution is of benefit to preparation of Mycobacterium tuberculosis DNA microarray. Drying the chip at 37 degrees C temperature after spotting can enhance the DNA combination rate. CONCLUSION: Several key steps of this technique have been optimized. This study has provided a foundation for optimizing the DNA attachment conditions in creating mycobacterium tuberculosis DNA microarray.     

电离辐射相关低密度寡核苷酸基因芯片的制备

目的：构建一种适用于辐射研究领域的低密度寡核苷酸基因芯片．方法：根据以往的研究报告,筛选参与辐射生物效应的基因和相关基因,从GenBank获取mRNA序列,使用Mprobe软件设计特异的探针,构建低密度辐射相关的基因芯片．在不同辐射敏感性肺癌细胞系中对该芯片的灵敏度和特异性进行评价,并对一些差异表达基因进行RT—PCR验证,以确认芯片检测结果的可信性．结果：构建出了辐射相关的寡核苷酸基因芯片,该芯片共含有143个基因,即127个辐射相关基因和16个对照基因．在不同辐射敏感性的A549和NCI—H446细胞中,筛选出18个差异表达基因．经RT—PCR对4个基因的验证,结果与芯片资料较一致．结论：辐射相关低密度寡核苷酸基因芯片可以检测不同辐射敏感性肿瘤细胞的差异表达基因,为辐射领域的研究提供了一种技术平台．     

临床常见致病菌快速诊断用芯片的初步构建

目的:构建针对21种常见致病菌的快速诊断用芯片.方法:针对细菌的高度保守区域设计特异探针,优化条件下与细菌的PCR扩增产物进行杂交.结果:得到特异的杂交结果.结论:芯片方法可用于快速鉴别不同种类的细菌,该方法简便可行,优于传统诊断方法.     

利用荧光标记的通用引物检测基因芯片的制备质量

【目的】报告一种新的基因芯片质量控制方法。【方法】采用限制性显示技术制备一种两端具有1段特异通用引物互补序列的探针,分别以不同浓度梯度的荧光标记通用引物（Cy3-UP）和随机引物（Cy3-RP）与芯片杂交,比较两者杂交效率。【结果】Cy3-UP的杂交结果显著优于Cy3-RP的杂交结果,在较低浓度就可显示较强的荧光信号。【结论】这种新的基因芯片质量控制方法具有较好的敏感性和特异性,可以用于基因芯片的质量控制。