实验感染蚊虫及来亨鸡体内西尼罗病毒的RT-PCR检测

根据已发表的西尼罗病毒Chin-01株基因序列,参照文献资料选择合成一对引物,建立西尼罗病毒的RT-PCR检测方法,对反应条件进行了系列优化后,应用于感染蚊虫样本及来亨鸡血液样本中的病毒核酸检测。该方法的检测敏感性达到1·0PFU,感染蚊虫样本和来亨鸡血液样本均能够扩增出与预期值大小一致的特异性区带,经序列测定证明,与实验感染所用病毒株序列完全相同。可见RT-PCR是检测实验感染蚊虫和来亨鸡体内西尼罗病毒行之有效的方法。     

阿瓦朗病毒和休斯病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的建立可以检测阿瓦朗病毒(Avalon virus,AVAV)和休斯病毒(Hughes virus,HUGV)两种内罗病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并进行初步的评价。方法收集、整理、比对、分析在公共数据库发布的两种病毒基因组核苷酸序列,确定检测靶标,设计特异性引物、探针,优化检测程序,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法。利用体外转录技术制备的模拟样本、其他病毒感染标本、病毒株和正常人血标本比较评价所建方法的检测限、特异性、重复性特征。结果所建实时荧光定量RT-PCR检测方法可有效扩增检测AVAV和HUGA靶标RNA,检测限分别约为20拷贝/μl和70拷贝/μl,检测科萨努尔森林病毒、乙型流感病毒BV和BY型、甲型流感病毒H3N2、黄热病毒、乙型脑炎病毒、克里米亚-刚果出血热病毒、发热伴血小板减少综合征、内罗毕羊病毒和塔西那病毒样本无非特异性扩增,两种内罗病毒相互间无交叉反应,重复性比较分析显示变异系数小于2%。结论本研究建立的检测AVAV和HUGV的实时荧光定量RT-PCR方法,可用于临床样本检测和媒介生物、宿主动物标本筛查,便于病原的快速识别和疾病诊断。     

扎伊尔型埃博拉病毒的实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的 建立扎伊尔型埃博拉病毒的核酸检测方法,以期用于埃博拉出血热临床标本的检测.方法 针对扎伊尔型埃博拉病毒核蛋白和糖蛋白基因设计引物和探针,建立单重和双重实时荧光RT-PCR检测方法,利用体外转录病毒RNA和埃博拉病毒系列参考品RNA评价其敏感性,利用马尔堡病毒、健康人、登革热患者和发热伴血小板减少综合征患者血清评价其特异性.结果 所建立的实时荧光RT-PCR检测方法扩增效率在95％～105％,可特异性地检测扎伊尔型埃博拉病毒核蛋白和糖蛋白基因,与马尔堡病毒、登革热和发热伴血小板减少综合征病毒均无交叉反应,体外转录的病毒RNA可检出10～100拷贝/μl.双重检测方法通过细胞培养的扎伊尔型埃博拉病毒RNA验证,可检出100 pfu/ml病毒.结论 本研究建立的检测扎伊尔型埃博拉病毒的实时荧光RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于埃博拉出血热临床标本的检测.     

人感染高致病性禽流感病毒H5N1核酸检测方法的建立及应用

目的 建立人感染高致病性禽流感病毒H5N1的核酸检测方法,用于人感染高致病性禽流感病毒疑似病例临床标本的检测.方法 针对甲型流感病毒保守基因M设计RT-PCR和real-time PCR引物检测是否为甲型流感病毒,同时针对H5N1禽流感病毒设计针对H5和N1基因的特异性RT-PCR和real-time PCR引物作亚型检测,建立禽流感H5N1病毒RT-PCR和real-time PCR检测方法.结果 本研究建立的RT-PCR和real-time PCR方法可以特异性地检测H5N1病毒,并且与人流感病毒H1、H3没有交叉反应.RT-PCR检测方法灵敏度可到1TCID50,real-time PCR灵敏度可达0.01TCID50.利用上述方法检测人感染高致病性禽流感病毒H5N1疑似病例临床标本,从42例不明原因肺炎病例中检测出阳性标本13例.结论 本研究建立的RT-PCR和real-time PCR方法可以用于人感染高致病性禽流感病毒H5N1临床标本的实验室检测.     

一株西尼罗病毒株的生物学特征研究

目的对引进的西尼罗病毒(WNV)毒株的形态学、致病性、细胞敏感性、免疫原性等生物学性状进行探讨，为进一步开展WNV的相关研究奠定基础。方法选择Vero-E6与C6／36细胞观察WNV的细胞病变效应(CPE)，并制作电镜负染标本和组织切片标本进行病毒形态学鉴定；通过乳鼠脑内接种WNV确认其致病性；以灭活的感染乳鼠脑悬液免疫BALB／c小鼠，以间接免疫荧光试验(IFA)测定其血清WNV IgG抗体；用RT-PCR检测病毒核酸，扩增的核苷酸序列通过BLAST作同源性比较。结果WNV所致Vero-E6与C6／36细胞的CPE分别以细胞圆缩和融合为主要特征；电镜下所见病毒体为有包膜、直径约30～50nm的球形颗粒；脑内接种WNV可致全部乳鼠死亡；灭活病毒可诱导小鼠产生WNV抗体；经RT-PCR扩增，在WNV培养液及感染乳鼠脑组织中均检测到目的基因片段，且仅与WNV有较高的同源性(94％～100％)。结论本研究使用的WNV毒株可供进一步开展WNV的相关研究。     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒（DV）及DV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达1×103copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.792。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DVRNA载量。     

LNA探针同时检测人副流感病毒1,2,3型多重荧光定量RT-PCR方法的建立

目的 人副流感病毒1,2,3型是呼吸道感染的主要病原.本研究建立了特异、快速、灵敏的多重荧光定量RT-PCR方法用于人副流感1,2,3型病毒临床标本检测.方法 针对人副流感1,2,3型病毒设计特异性引物探针,优化荧光RT-PCR反应条件.应用体外转录方法分别制备人副流感1,2,3型病毒的标准品.验证荧光定量RT-PCR方法的特异性,敏感性和稳定性.结果 该方法对人副流感1,2,3型病毒核酸检测有高度特异性,检测的灵敏度HPIV1为10个拷贝,HPIV2为100个拷贝,HPIV3为100个拷贝.可从临床患者鼻咽吸出物标本中直接检出.结论 本研究建立的LNA探针同时检测人副流感病毒1,2,3型多重荧光定量RT-PCR方法具有较高的特异性和敏感性.适用于临床早期诊断和实验室病原谱筛查.     

肠道病毒71型实时荧光RT-PCR检测方法的建立及临床评价

目的利用实时荧光RT-PCR技术,并通过系统的分析性能和临床性能评价,建立一种早期快速检测肠道病毒71型（EV71）的方法。方法根据EV71基因组中编码衣壳蛋白VP1基因保守区序列设计一对引物和一条荧光探针,利用实时荧光RT-PCR技术建立了检测EV71的方法,并对扩增产物进行分析,同时进行灵敏度、特异性、精密度评价,在此基础上利用不同标本类型共1104例临床样本对本方法和RT-PCR方法进行对比分析。结果本方法可以特异性的检测EV71,而对种属相近的或引起症状相似的其他病毒均无交叉反应。本方法检测灵敏度达到9.22×102PFU/ml,不同浓度样本的Ct值的变异系数在1.4%～2.9%之间。1104例临床样本的研究显示本方法与RT-PCR方法检测结果的总符合率达到96.74%,阳性样本的检出率要高于RT-PCR方法。结论本方法检测EV71具有灵敏度高、特异性强、精密度高、快速简便的特点,并与RT-PCR方法具有很好的符合率,在手足口病的早期快速诊断和疫情监测方面具有很好的应用前景。     

Banna病毒TaqMan探针法RT-PCR检测方法的建立

目的 建立Banna病毒核酸特异的快速、敏感的TaqMan探针RT-PCR检测方法。方法 首先对从GenBank中检索到的所有Banna病毒的序列进行同源性分析及引物、探针的设计。病毒在BHK21细胞或C6／36细胞上繁殖扩增后提取病毒RNA和逆转录。以cDNA为模板分别进行TaqMan探针法RT-PCR和传统的PCR检测，并对方法的种内广谱性和特异性、检测灵敏性以及用于蚊虫和临床标本的适用性等进行评价。结果 Banna病毒核酸特异的TaqMan探针RT-PCR检测方法具有较好的种内广谱性和特异性，可以检出所有12株Banna病毒，而其他虫媒病毒如辛德毕斯病毒、乙型脑炎病毒、bated病毒和环状病毒检测结果均为阴性。与传统PCR相比，敏感性高100倍以上，可以检出每50止标本中含有0.5CCID50的Banna病毒。单链RNA变性条件（65℃）进行逆转录使检测结果的敏感性比99℃变性法最少低10倍。病毒在室温保存1天和4℃保存1周后，检出敏感性会比原来低10倍左右。该方法在检测模拟感染Banna病毒的人血清标本以及蚊虫标本时，均显示出较好的特异性。112份蚊标本中检出6份标本阳性，4份可疑阳性，病毒分离结果3份阳性。结论 本实验成功建立了Banna病毒特异性核酸的TaqMan探针RT-PCR检测方法，并初步证实可用于血清标本和媒介蚊虫标本的检测，为开展Banna病毒的流行监测及临床早期诊断提供了新的技术手段。     

多重RT-PCR方法检测甲型流感病毒

目的建立一种快速、敏感、特异的多重RT-PCR,同时检测甲型流感病毒中的3个分型:甲型H1N1流感病毒,季节性H1N1流感病毒,季节性H3N2流感病毒,并将此方法应用到实验室流感病毒核酸检测技术中。方法利用甲型流感病毒3个分型病毒的引物,在同一个RT-PCR反应体系中,对疑似流感咽拭子标本进行检测。结果多重RT-PCR对甲型流感病毒中分型病毒有较高的灵敏度和特异性,可直接从疑似流感标本中同时进行甲型流感病毒分型检测。结论此实验中采用的多重RT-PCR具有与常规RT-PCR一样的特异性和敏感度,而且比普通RT-PCR和病毒分离法更快速,也更简便。     

The use of real-time RT-PCR (TaqMan) and post-ELISA virus release for the detection of Beet necrotic yellow vein virus types containing RNA 5 and its comparison with conventional RT-PCR

Real-time RT-PCR (TaqMan) assays were developed for the specific detection of Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV). The two assays designed were a broad-spectrum one that detected RNA 2 from all types and a second designed to detect types containing RNA 5. The assays were validated against a range of different isolates from Europe and the Far East. These real-time assays were compared to a conventional RT-PCR assay for the detection of RNA 5. Sensitivity comparisons showed that for the detection of RNA 5, TaqMan was 10,000 times more sensitive than the conventional RT-PCR assay. Further improvements were made to the test procedure by using post-ELISA virus release (VR), as an alternative to RNA extraction. This significantly increased the speed of processing samples and reduced the staff input required, allowing the TaqMan assay to be used routinely as part of an annual survey of UK field samples.     

Development of a semi-quantitative real-time RT-PCR for the detection of measles virus.

Real-time detection of polymerase chain reactions allows convenient detection and quantification of virus-derived nucleic acids in clinical specimens. We have developed a real-time RT-PCR assay for the detection of measles virus (MV) genomic RNA, and compared it to a well-established conventional RT-PCR assay. Based on a serial dilution of the live-attenuated MV Edmonston Zagreb vaccine, the detection limits were approximately 0.1 and 0.02 cell culture infectious dose 50% units (CCID50) per test for the conventional and TaqMan RT-PCR assays, respectively. Furthermore, tissue materials spiked with known quantities of MV were equally well detected in both assays. The TaqMan assay was linear within a range of 10(4.4) to 10(-0.6)CCID50/ml, with an intra-assay variability lower than 3% and an inter-assay variability ranging from 1.5% at 10(4.4)CCID50/ml to 8.7% at 10(-0.6)CCID50/ml. The TaqMan assay could detect representative wild-type viruses from the currently active MV clades, and could detect MV genome in clinical specimens obtained from measles patients. Finally, quantification of MV RNA in peripheral blood mononuclear cells or broncho-alveolar lavage cells from cynomolgus macaques collected at different time points after experimental infection showed a good correlation with virus isolation data. In conclusion, the TaqMan assay developed is specific, sensitive, rapid and reproducible, and can be of use for diagnostic purposes or for studies on the pathogenesis of measles.