基因芯片技术在食品致病菌检测中的应用

基因芯片技术作为一种新的技术平台,已广泛地应用于食品研究领域。随着该技术的不断完善,其将在食品研究和食品安全中发挥越来越重要的作用。本文就基因芯片技术检测食品中常见致病菌的基本原理、检测过程、存在的问题、研究进展作一介绍。     

食源性致病病毒基因芯片方法检测

目的 将基因芯片技术用于食源性致病病毒诺如病毒、轮状病毒、甲肝病毒、星状病毒和脊髓灰质炎病毒的检测,达到同时检测2种以上病毒的需求.方法 采用基因芯片方法检测贝类食品中引起人类腹泻的5种食源性致病病毒.结果 所研制的检测5种病毒的基因芯片具有良好的特异性,在5种病毒之间无交叉反应;其灵敏度与荧光PCR方法基本一致;芯片在4℃条件下,保存7.5个月,性能稳定.结论 建立了检测5种食源性病毒的基因芯片方法,同时该方法也可用于医疗检验目的 .为基因芯片在微生物检测领域的应用提供基础依据.     

运用基因芯片技术检测三种寄生虫方法的研究

目的:利用基因芯片技术建立高效、特异的检测食品中绦虫、弓形虫和旋毛虫的方法。方法:本文选用弓形虫B1基因、旋毛虫SB2基因、绦虫12SrDNA上的可变区设计引物及探针,点样于玻片制成基因芯片。寄生虫DNA经过引物扩增后与芯片上的探针杂交,然后通过扫描图象对结果进行判断。对基因芯片检测的特异性、灵敏性进行了评价,并对模拟污染样本进行了检测,以验证所建立的方法。结果:设计的引物能够扩增三种寄生虫,而且探针的特异性很高。本体系的基因芯片杂交检测敏感度约为15 ng/m l。以食品中旋毛虫为例,可以检测出1条旋毛虫/200 mg。实际检测模拟污染的样本的正确率达到100%。结论:成功制备了检测弓形虫、旋毛虫和绦虫的基因芯片,具有快速、灵敏、特异等特点。     

基因芯片在乙肝病毒检测中的应用

[目的]评价基因芯片技术在同时进行乙肝病毒基因分型及耐药突变基因检测中的准确性、敏感性和临床应用价值.[方法]50例血清标本都用荧光定量PCR和基因芯片两种方法进行检测,然后对两种方法的结果进行比较,同时对基因芯片技术检测结果中乙肝病毒基因分型和耐药突变基因的情况进行分析.[结果]荧光定量PCR的阳性检出率为46%.基因芯片的阳性检出率为38%,其中10例为B型,9例为C型,结合荧光定量的结果,在整个基因芯片的检测结果中检测到的最低拷贝数为1.387e3 copies/ml.19例阳性都存在拉米夫定敏感位点,共检测到3例对拉米夫定耐药的患者(2例为rt204I突变,1例为rt108M、rt204V突变).[结论]基因芯片技术在同时进行乙肝病毒基因分型和耐药突变基因的检测中,结果准确、灵敏度高、通量性好,适合各大临床单位开展应用.     

基因芯片技术及其应用

<正> 基因芯片技术是20世纪90年代初半导体技术和生物技术“联姻”的结晶,它是随着人类基因组计划的诞生而发展。它将半导体光刻的微缩技术与现代生物学研究中的样品制备、化学反应和定量检测等技术集成于硅芯片上,使得全部分析过程连续化、微型化和自动化,从而大大提高了基因组研究的精确度和效率。目前,基因芯片技术已逐步应用在分子生物学、基础医学研究、临床医学、新药开发和司法鉴定等诸多领域。 基因芯片技术的发展 基因芯片技术与传统的仪器检测方法相比,具有高通量、微型化、自动化、防污染等显著特点。目前,最常用的基因芯片技术是以基因序列为分析对象的微阵列(microarray)技术,     

甲型肝炎病毒检测方法研究进展

本文综述了甲型肝炎病毒的病原学、食品中甲肝病毒检测情况、ELISA方法和基因芯片检测甲肝病毒研究进展.     

基因芯片技术及其在医学中的应用

基因芯片是在承载基片上,通过微加工技术构建不同的基因片段阵列。基因芯片可用于杂交测序、基因突变检测、RNA表达分析及基因诊断和基因治疗的设计。综述基因芯片的种类、作用原理、在医学中的应用及其发展趋势。     

高特异性基因芯片法检测结核分枝杆菌的临床应用评价

目的探讨结核分枝杆菌基因芯片法直接检测在结核病临床诊断中的应用价值。方法应用基因芯片法检测76例结核病临床确诊病例和96例非结核病患者痰液、骨脓、胸腹水、脑脊液等标本中的结核分枝杆菌DNA,并对基因芯片的影响因素如标本的液化和样本浓度等进行探讨。结果标本液化对基因芯片法的检测结果影响较大,而样本浓度对检测结果影响不大。结论基因芯片法直接检测结核分枝杆菌具有简便快速,灵敏度高,特异性好等特点,可以作为临床结核病诊断的重要检测手段。     

基因芯片技术及其在医学中的应用

基因芯片是在承载基片上,通过微加工技术构建不同的基因片段阵列.基因芯片可用于杂交测序、基因突变检测、RNA表达分析及基因诊断和基因治疗的设计.综述基因芯片的种类、作用原理、在医学中的应用及其发展趋势.     

基因芯片技术及其在医学中的应用

基因芯片是在承载基片上，通过微加工技术构建不同的基因片段阵列。基因芯片可用于杂交测序、基因突变检测、RNA表达分析及基因诊断和基因治疗的设计。综述基因芯片的种类、作用原理、在医学中的应用及其发展趋势。     

基因芯片对超声筛查胎儿畸形的诊断效果及其染色体核型异常对比

目的:利用基因芯片技术分析超声筛查胎儿畸形染色体异常情况。方法:回顾性选取2016年11月-2019年10在本院行超声筛查异常行基因芯片分析的312例孕妇资料。收集临床资料并统计基因芯片分析及染色体核型分析结果。结果:312例孕妇中,超声筛查异常类型中神经系统异常(65例)、NT/NF增厚(57例)、心血管畸形(45例);基因芯片分析异常63例,多发畸形检出率最高(54.6%);260例成功行染色体核型分析,染色体核型异常29例,肿瘤(36.8%)及多发畸形中检出率占比最高(30.0%),其中2例47,XN,+mar,1例平衡易位,1例罗氏易位,1例性染色体嵌合,23例核型异常结果与芯片结果一致,另有1例芯片结果提示性染色体嵌合经染色体核型分析确证。结论:基因芯片可提高胎儿畸形染色体异常检出率,且基因芯片检出率高于染色体核型检出率。     

纳米金基因芯片结合通用引物1次PCR法同时检测多个病原菌的研究

目的基于基因分型技术构建通用引物1次PCR法的样品制备技术,并结合纳米金基因芯片检测系统实现1次对多个病原菌的检测分析。方法针对rDNA保守序列设计通用引物,实现1次PCR完成对各靶细菌ISR序列的扩增;设计针对各靶细菌的特异探针,构建纳米金新型基因芯片,并用芯片进行实际检测。结果设计的通用引物可实现对12种待检靶细菌的正确扩增;选用的各探针特异性强、可靠性好;芯片具有较好的灵敏度、特异性及可靠性;检测敏感性达到50 fmol/L;临床检测显示本方法准确可靠。结论与多重PCR样品制备法芯片比较,本芯片检测的步骤和复杂性大为减低,且有较好的检测性能,可用于各靶病原菌的检测。     

食品中单增李斯特菌PCR检测方法建立与评价

目的建立单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes，LM）快速、敏感、特异的PCR诊断方法。方法采用聚合酶链式反应技术（PCR）特异性扩增单核细胞增生李斯特菌溶血素基因（hlyA），并评价该方法的特异性与敏感性。结果在706bp处出现nuc基因的目的片断，只有单增李斯特菌的目的片段获得扩增，其他菌种扩增均呈阴性；该方法可以检测到3．3ng／L的DNA。结论PCR方法比传统细菌检测方法更特异、快速、灵敏和简便。为食品中单增李斯特菌的快速检测提供了新的手段。     

基因芯片技术在泌尿系统结核诊断中的应用

目的 引入一种新方法对尿液中的结核分枝杆菌进行检测.方法 留取患者24 h尿液标本,离心,收集沉淀,并从中提取DNA,用晶芯分枝杆菌菌种鉴定试剂盒对样本DNA进行检测.结果 5例尿液中的结核分枝杆菌可以被基因芯片检测出,用以辅助抗痨治疗.结论 用基因芯片方法对尿液中的结核分枝杆菌进行快速检测是可行的.     

基因芯片技术在雅安市结核分枝杆菌耐药检测中的应用

目的评价基因芯片技术在雅安市结核分枝杆菌耐药检测工作中的应用价值。方法收集2016-06/2018-11雅安市结核病可疑患者痰培养分离株190株进行基因芯片菌种鉴定、耐药检测和比例法药敏试验。以比例法药物敏感试验为金标准,分析基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼和耐多药诊断的敏感度、特异度、正确指数。采用McNemar检验比较两方法有无差异;采用Kappa检验比较两方法的一致性。两方法有差异的部分样本用基因测序的方法进行比对。结果基因芯片技术进行菌种鉴定,190株分离株中,有186株为结核分枝杆菌,4株为非结核分枝杆菌。以传统比例法药敏试验为金标准,186株结核分枝杆菌对利福平检测的敏感度和特异度为90.0%和96.6%,正确指数为0.866;对异烟肼检测的敏感度和特异度分别为89.5%和99.4%,正确指数为0.889;对耐多药的敏感度和特异度分别75.0%和99.4%,正确指数0.744。两种检测方法比较差异均无统计学意义(McNemar检验,P值分别为0.125、1.000和1.000)。两种检测方法具有较高的一致性(Kappa值分别为0.701、0.910、0.792)。基因芯片技术检测利福平耐药相关rpoB基因突变率最高的位点为531;异烟肼耐药相关katG基因主要突变位点为315。结论基因芯片技术与比例法药敏试验具有较好的一致性,灵敏度高、特异性好,是一种值得推广的耐药结核病诊断方法,在地市级结核病检测中具有重要的应用价值。     

常见7种食源性致病菌xMAP液相芯片快速筛查方法的建立及应用

目的采用xMAP液相悬浮芯片检测方法,建立一管同时检测金黄色葡萄球菌、沙门菌、副溶血弧菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157∶H7、创伤弧菌和空肠弯曲菌的快速筛查方法。方法根据GenBank公布的金黄色葡萄球菌肠毒素nuc基因、沙门菌侵袭性基因ssaR、副溶血弧菌通用基因toxR、单增李斯特菌的hlyA基因、大肠杆菌O157∶H7的rfbE基因、创伤弧菌的vvh基因和空肠弯曲菌的gyrA基因,设计特异性引物和探针,利用上游引物和生物素标记的下游引物对7个靶序列进行不对称实时PCR扩增,7重实时PCR扩增产物和制备的7种偶联探针的微球在同一体系中进行杂交,最后利用藻红蛋白和生物素的亲和作用报告荧光,从而建立7种食源性致病菌的xMAP液相悬浮芯片检测法。结果 xMAP液相悬浮芯片体系检测140株菌株,均出现特异性荧光中值信号,7种食源性致病菌检测互不干扰。DNA和菌液检出限分别为1～100ng和105～108cfu/ml对56份各类食品标本进行检测,检出金黄色葡萄球菌2份、沙门菌4份、副溶血弧菌7份、单增李斯特菌1份、创伤弧菌3份,未检出大肠杆菌O157∶H7和空肠弯曲菌,此结果与传统方法分离结果相一致。结论xMAP液相悬浮芯片技术从样品处理到检测结果需3.5h左右,该方法可应用于食品安全风险监测中食源性致病菌的快速筛查和食源性致病菌的分型鉴定。     

用DNA芯片检测结核分枝杆菌耐利福平基因突变的初步研究

目的研制一种新型DNA芯片，用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片，PCR掺入法荧光标记根据结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的目的片断，与DNA芯片杂交，同时以DNA测序法为对照。结果18株结核分枝杆菌临床分离株中，1株敏感株DNA芯片杂交结果与标准株完全相同；17株耐RFP临床分离株中有17株检测到rpoB基因突变，其中14株单位点突变，1株511和516位双位点突变，与测序结果完全一致。另有两株为517和518、526和517位双位点突变，因为芯片上未点517位突变的探针，所以只检测到518和526位的突变，该突变与测序结果完全一致、结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变，可用于临床耐药性的检测，指导临床用药。     

基因芯片法与线性探针法对痰标本中结核分枝杆菌检测的应用价值

目的探讨基因芯片法与线性探针法检测痰标本中结核分枝杆菌(MTB)的应用价值。方法海南医学院第二附属医院2018年3—7月门诊和住院的106例疑似肺结核患者纳入研究,采用基因芯片法、线性探针法对患者送检的痰进行检测,并与改良罗氏培养法进行比较;以比例法药敏试验为金标准,分析上述两种方法检测利福平和异烟肼耐药性的效能。结果对106份痰标本进行改良罗氏培养,阳性率为52.83%(56/106),经鉴定其中46份标本为MTB阳性。基因芯片法和线性探针法分别检出MTB46、53株,基因芯片法、线性探针法与改良罗氏培养法检测MTB结果比较,差异均无统计学意义(均P0.05)。基因芯片法、线性探针法与比例法检测MTB对利福平的耐药性比较,差异均无统计学意义,且具有较好一致性(均P0.05,均Kappa0.75)。对利福平的耐药性检测,基因芯片法的灵敏度、特异度分别为84.62%、90.00%,线性探针法分别为84.62%、85.00%。基因芯片法、线性探针法与比例法检测MTB对异烟肼的耐药性比较,差异均无统计学意义,但一致性一般(均P0.05、均Kappa0.75)。对异烟肼的耐药性检测,基因芯片法的灵敏度、特异度分别为69.23%(18/26)、95.00%(19/20),线性探针法分别为65.38%(17/26)、85.00%(17/20)。结论基因芯片法和线性探针法均可准确、快速地从大部分疑似结核病患者的痰标本中鉴定出MTB,也适用于利福平和异烟肼耐药结果的快速检测,从而指导临床用药,值得临床推广。     

导流杂交基因芯片技术检测高危型人乳头瘤病毒在宫颈癌筛查中的应用

目的:研究导流杂交基因芯片技术(HybriMax)检测高危型人乳头瘤病毒(HPV)在宫颈癌筛查上的应用价值,评估其灵敏度及特异性。方法:取150例妇科住院及门诊病人标本,采用导流杂交基因芯片技术检测高危型HPV-DNA,同时作宫颈TCT细胞学检查及行阴道镜下活体组织学检查。结果:导流杂交基因芯片技术检测高危型HPV-DNA检测检出阳性标本49例,阳性率32.6%,子宫颈癌和癌前病变筛查(HybriMax)的灵敏度为93.7%,特异性81.6%,细胞法筛查灵敏度为81.3%,特异性91.3%。结论:导流杂交基因芯片技术HPV-DNA检查可作为常规方法用于子宫颈癌的筛查。     

结核杆菌耐药基因膜芯片检测

目的建立一种快速检测结核杆菌对异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、喹诺酮类耐药的基因的方法。方法应用Oligo 6.0设计12对引物、54条探针,构建多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reac-tion,多重PCR)结合反向斑点杂交膜芯片检测结核耐药基因的方法,并对52株结核杆菌临床分离株进行检测。结果12对引物分4个反应管建立了同一条件下PCR反应体系,54条探针组成的膜芯片中包含36条野生型检测探针、16条突变型检测探针、阳性和阴性对照探针各1条;利用膜芯片检测结核杆菌耐药性的灵敏度为95.4%(41/43),特异度为100%,与药敏试验耐药种类的完全一致率为53.5%(23/43)。结论多重PCR联合膜芯片技术能有效地检测结核杆菌耐药基因,并有助于结核杆菌耐药性判断,具有灵敏度高、特异性好、简便、快速等优点,适合于基层应用。