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1.
目的:运用计算机虚拟筛选技术寻找湖北道地药材中抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的小分子抑制剂。方法:以药材名为关键词,在知网和PubMed数据库中搜索湖北道地药材的主要化学成分,从Pubchem数据库下载相应化合物结构,以新型冠状病毒3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)为靶点,利用Sybyl软件中蛋白质预处理工具确定活性区域,应用Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score打分函数筛选出活性成分,采用Discovery Studio软件分析结合最好的蛋白复合体的相互作用力。结果:分子对接结果显示苍术苷A、厚朴木脂素C、异鼠李素是与SARS-CoV-2 3CL水解酶结合最强的3个化学成分,木兰苷B、3,4-O-二咖啡酰奎宁酸、木兰苷D是与ACE2结合最强的3个化学成分,与抑制剂洛匹那韦、利托那韦得分接近,可能为中药苍术、厚朴和菊花抗SARS-CoV-2的潜在活性成分,化合物与蛋白之间的相互作用力以氢键、疏水作用力为主。结论:基于分子对接技术虚拟筛选潜在的抗新型冠状病毒的中药化学成分,为湖北道地药材抗击SARS-CoV-2提供了科学指导与理论依据。  相似文献   

2.
目的 基于血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)和适配体CoV2-RBD-1C,结合DNA自组装技术,构建了一种简单、廉价和灵敏的比色传感方法,用于新型冠状病毒刺突蛋白(S蛋白)的检测.方法 通过ACE2特异性捕获新型冠状病毒S蛋白,再利用适配体CoV2-RBD-...  相似文献   

3.
目的基于UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS技术阐明树舌灵芝主要成分,结合网络药理学探讨其防治新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法采用UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS技术鉴定树舌灵芝的主要成分;采用Swiss Target Prediction数据平台对鉴定成分进行靶点预测,对核心靶基因进行GO和KEGG富集分析,运用Cytoscape 3.8.0绘制关联网络图,同时通过分子对接评价树舌灵芝核心成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及3种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白的结合作用。结果该研究从树舌灵芝中鉴定化合物62个;30个活性化合物主要作用在IL-6、PTGS2和MAPK1等32个核心靶点,通过PI3K/Akt、TNF及肺结核等多条与肺损伤保护相关通路,发挥防治COVID-19的作用;分子对接显示小白菊内酯、1,4-二羟基-2-萘甲酸和瑞香素等核心成分与ACE2及3种SARS-CoV-2蛋白的亲和作用较好。结论该研究初步阐明树舌灵芝的化学成分及潜在作用机制,为筛选树舌灵芝防治COVID-19的药效成分及深入阐明作用机制提供了科学的理论依据。  相似文献   

4.
目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。  相似文献   

5.
目的 采用分子对接技术筛选新型冠状病毒S蛋白与血管紧张素转化酶2(ACE2)小分子抑制剂。方法 化合物库采用Selleck中国天然产物库(目录号L1400,2 054种天然产物)。新型冠状病毒S蛋白与ACE2蛋白共晶采用周强研究员课题组发表结果(PDB:6M17)。采用Discovery Studio软件进行分子对接。结果 通过虚拟氨基酸突变实验确定了关键氨基酸,并在此基础上确定了结合空腔,进而从天然化合物库中筛选出11个具有潜在抑制新型冠状病毒S蛋白与ACE2作用的化合物:毛地黄皂苷、灰毡毛忍冬皂苷甲、连翘酯苷B、灰毡毛忍冬皂苷乙、川续断皂苷乙、常春藤苷D、桔梗皂苷D、松果菊苷、人参皂苷Rb2、人参皂苷Rc、异绿原酸C。结论 从天然产物库中筛选出潜在的新型冠状病毒S蛋白-ACE2小分子抑制剂,为抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)药物研究及处方筛选提供参考。  相似文献   

6.
目的利用中药网络药理学和分子对接技术,探讨清瘟汤作用靶标与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)之间的关联以及多成分、多靶标的治疗机制。方法通过建立化学成分、靶点,筛选主要活性成分和靶标,用Cytoscape软件构建和分析网络,使用String对靶标进行GO及KEGG功能富集分析,采用Autodock软件对“清瘟汤”(QWT)主要活性成分与SARS-CoV-2的3C类似蛋白酶(3CLpro)和血管紧张素转换酶2(ACE2)蛋白进行分子对接。结果QWT中共有172个活性成分涉及480个靶标,其中大多数中药归胃经、肺经和脾经,27个活性成分(琥珀酸、香豆素、γ-氨基丁酸、谷氨酰胺、槲皮素、山柰酚、脯氨酸、赖氨酸、木犀草素、色氨酸、L-缬氨酸、胆碱、芹菜素、β-谷固醇、苯丙氨酸、丙氨酸、水杨酸、DL-缬氨酸、羽扇豆酚、腺苷、谷氨酸、熊果酸、大黄素、异鼠李素、黄豆苷元、柠檬酸、阿魏酸)与靶标关系最密切;QWT关键靶点涉及CASP3,CYP1A1,JUN,TP53,HMOX1,ICAM1,FOS,PPARG,CXCR4,SRC,TYR,B2M,MMP9,RPS27A,PSMD3,NPEPPS,CNDP2,TNF,AKT1,APP,NPY1R,CTSS,PTGER3,GGCT,UBB,HLA-A,PTGS2,CXCL8,FUM,PSMC4等,重要靶标富集在感染性疾病、肺部疾病和免疫性疾病三大类疾病通路上,GO分类和KEGG通路富集主要调控抗炎、免疫、血管生成、钙通道等相关。分子对接结果显示,槲皮素、芹菜素、熊果酸、异鼠李素、羽扇豆酚与3CLpro和ACE2蛋白具有一定的亲和力。结论QWT中的活性化合物主要作用于CASP3,CYP1A1,JUN,TP53,HMOX1等靶点,其中有5种化合物可与SARS-CoV-2的2种主要蛋白进行分子对接,QWT总体通过调节多条信号通路,从而可能产生抗SARS-CoV-2作用。  相似文献   

7.
目的 利用中药数据库寻找抑制血管紧张素转化酶2(ACE2)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在中药成分。方法 借助SYMMAP、TCMID、ETCM数据库,以ACE2为搜索词,筛选中药成分及中药材,利用GCBI平台来筛选与靶点相关的炎症因子,得到相关疾病及核心网络图。将ACE2输入到STITCH数据库中,查询阳性对照药物。运用Sybyl(2.0)软件处理受体,中药成分与阳性对照药均和ACE2(1R42)及新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL pro(6LU7)进行对接分析。应用Swiss ADME平台为对接结果较好的中药成分和阳性对照药构建雷达图。结果 从数据库中找到7种具有抑制SARS-CoV-2潜在活性的中药成分和相关中药材。网络分析图中连接基因数最多的是CXCR4基因,它涉及到细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路可能是发挥治疗COVID-19的潜在机制。分子对接的结果表明,2'',4'',3,4-四羟基查尔酮、葛根素与SARS-CoV-2相关蛋白结合最好。结论 2'',4'',3,4-四羟基查尔酮等中药成分可能是治疗COVID-19的潜在成分。  相似文献   

8.
目的:通过蛋白水平和基因分子水平分别测定鞣花酸、连翘酯苷B、橙皮苷、连翘酯苷A、绿原酸、槲皮素、黄芩苷、连翘苷、苦参碱对血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)表达的影响,初步筛选出具有抗新型冠状病毒受体ACE2活性的单体化合物,为从中药中研发具有抗新型冠状病毒的活性化合物提供依据。方法:以具有人Ⅱ型肺泡细胞(ATⅡ)特征的A549细胞为实验模型,分别采用噻唑蓝(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)法、蛋白免疫印迹法(Western blot,WB)、实时荧光定量PCR (real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)法检测鞣花酸、连翘酯苷B、橙皮苷、连翘酯苷A、绿原酸、槲皮素、黄芩苷、连翘苷、苦参碱对A549细胞增殖及ACE2蛋白表达、ACE2 mRNA表达的影响。结果:实验检测到上述药物对A549细胞的增殖有一定的抑制作用(P<0.05),且呈现出浓度依赖性和时间依赖性;同时能够下调ACE2蛋白及其mRNA的表达(P<0.05)。结论:筛选出的鞣花酸、连翘酯苷B、橙皮苷、连翘酯苷A、绿原酸、槲皮素、黄芩苷、连翘苷、苦参碱能通过调节A549细胞的增殖、下调ACE2蛋白及其mRNA的表达,发挥潜在抗新型冠状病毒活性作用。  相似文献   

9.
由严重急性综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起的2019年新冠病毒(COVID-19)疫情目前仍在全球范围内流行.血管紧张素转换酶2是新冠病毒的受体,介导病毒进入靶细胞.此文对ACE2的相关研究成果进行文献调研,从A...  相似文献   

10.
目的通过网络药理学方法研究雷公藤多苷片主要活性成分治疗肾病综合征的作用机制。方法通过检索雷公藤多苷片的主要活性成分及其对应人体作用靶点、肾病综合征相关靶点,找到雷公藤多苷片治疗肾病综合征相关靶点,进行分子对接验证化合物与靶点的结合活性。绘制蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络图、化合物–靶点网络图、化合物–靶点–通路网络图,并分析作用机制。结果得到雷公藤甲素、雷公藤乙素等主要活性成分14种,获得肾病综合征相关靶点1 124个,共同靶点136个。分子对接验证结果化合物与靶点具有较好的结合活性。通过GO富集分析获得11种主要分子功能(MF)、10种主要细胞组分(CC)、12种主要生物学过程(BP)。获得核心靶点间相互作用网络、化合物–核心靶点–信号通路网络图。结论雷公藤多苷片中14种主要活性成分通过作用于人体内肾病综合征相关靶点,影响体内信号通路传导,从而起到干预肾病综合征疾病进程的作用。  相似文献   

11.
目的 基于网络药理学的方法探索银翘解毒软胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法 将银翘解毒软胶囊所含1 418个化合物与48个COVID-19炎症相关靶蛋白进行分子对接,构建药物-靶蛋白网络,阐明银翘解毒软胶囊的关键活性成分和潜在作用靶点。结果 通过网络分析获得银翘解毒软胶囊的活性成分有50个,主要为黄酮类和三萜类化合物;潜在作用靶点37个,主要为MTOR、JAK3、ACE、ACE2、PIK3CA、TNF、AKT2和MAP2K1等炎症靶点。分子对接结果显示连翘酯苷及牡荆素-2″-O-鼠李糖苷与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶具有较好的亲和力,甘草酸与血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较好的亲和力。结论 银翘解毒软胶囊通过干扰SARS-CoV-2病毒复制、调节炎症信号通路表达及炎症因子分泌发挥治疗COVID-19作用。  相似文献   

12.
目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集,使用String数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分,1 627个靶点,新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个,两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目(P<0.05),与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路,与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实,筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。  相似文献   

13.
目的:以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2) Mpro水解酶为靶标,从TCMSP数据库中筛选SARS-CoV-2-ACE2结合阻断剂和SARS-CoV-2 Mpro水解酶抑制剂,指导以中药小分子为前体的抗SARS-CoV-2新药的研发。方法:根据文献报道,确定SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和SARS-CoV-2 Mpro水解酶晶体结构模型上的活性位点,利用LibDock分子对接技术虚拟筛选TCMSP数据库中的小分子化合物,结合打分值以及化合物与靶蛋白受体的相互作用模式优化筛选结果,获得具有抗SARS-CoV-2潜在活性的中药小分子化合物。结果:确定SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白结构中位于结合表面上的ASP38,GLN42,GLN325,GLU329,TYR436和TYR491以及SARS-CoV-2 Mpro水解酶结构中的THR24,THR25,THR26,LEU27,ASN28和ASN119为本次分子对接的关键氨基酸;...  相似文献   

14.
目的:初步考察5种中药成分黄芩苷、穿心莲内酯、橙皮苷、茶多酚及黄豆苷元在体外对羧酸酯酶1(CES1)和羧酸酯酶2(CES2)活性的影响。方法:采用CES1、CES2特异性探针咪达普利和伊立替康(CPT-11)及其代谢产物咪达普利拉和SN-38,在大鼠肝微粒体孵育体系中初步考察上述5种中药成分抑制两种CESs活性强度。结果:上述5种中药成分在100μmol·L-1浓度下对CES1、CES2活性均无显著抑制作用(P<0.05)。结论:黄芩苷、穿心莲内酯、橙皮苷、茶多酚及黄豆苷元在体外不影响CESs活性,体内实验有待进一步开展。  相似文献   

15.
血管紧张素转换酶2(ACE2)是肾素-血管紧张素系统负向调节血压的关键因子,主要分布在心脏、肾脏和胃肠等部位。最新研究发现ACE2是新型冠状病毒(SARS-CoV-2)入侵的功能性受体。新型冠状病毒和SARS相关冠状病毒(SARS-CoV)都能利用宿主细胞表面ACE2作为受体,与病毒刺突糖蛋白(Spike)受体结合结构域(RBD)结合发生相互作用,介导病毒入侵宿主细胞。回顾性分析ACE2在抗SARS-CoV中的研究进展,结合目前对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防治的认识及Spike-ACE2蛋白相互作用的最新研究成果,对ACE2抗新型冠状病毒的药理作用机制研究进行简要综述,以期为新冠肺炎抗病毒特效药的研发提供参考。  相似文献   

16.
新冠肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)是一种由新型严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的急性传染性疾病,已给社会经济造成了沉重负担。由于突变体的不断出现,疫苗和单克隆抗体仅对SARS-CoV-2部分毒株导致的感染有效,因此寻找广谱高效的小分子药物以应对SARS-CoV-2感染及未来可能暴发的疫情依然具有重要意义。组织蛋白酶L (cathepsin L,CatL)切割SARS-CoV-2刺突蛋白(spike glycoprotein,S),在病毒进入宿主细胞的过程中发挥着不可或缺的作用,因此CatL是广谱抗冠状病毒药物开发的理想靶标之一。在本研究中,以荧光标记的底物建立CatL酶抑制剂筛选模型,通过高通量筛选获得两个具有CatL抑制活性的化合物IMB 6290和IMB 8014,其半数抑制浓度(half inhibitory concentration,IC50)分别为11.53±0.68和1.56±1....  相似文献   

17.
目的 利用超高效液相色谱(UPLC)对黄芩茎叶中的黄酮类、酚酸类成分进行分析与评价,基于网络药理学和分子对接探讨黄芩茎叶防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法 采用UPLC测定11个产地黄芩茎叶样品中9种黄酮类、3种酚酸类成分的含量,并利用SPSS 19.0对不同产地样品进行主成分分析。利用TCMSP数据库获取上述12种化学成分的作用靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点,导入Cytoscape 3.7.0软件建立药物-化学成分-靶点-疾病网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,导入Bioconductor进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina将化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶II(ACE2)蛋白酶结构域复合物(SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2)进行分子对接。结果 不同产地黄芩茎叶中均含有丰富的黄酮类、酚酸类成分,但含量差异较大,野黄芩苷为黄芩茎叶中含量最高的成分,相同产地黄芩茎叶化学成分相似度较高,不同产地黄芩茎叶化学成分相似度较低,表明不同产地黄芩茎叶样品化学成分含量差异可能与产地生态环境诸多生态因子密切相关。网络药理学结果显示黄芩茎叶10种成分可通过干预30个靶点、127条通路发挥防治COVID-19的作用。分子对接结果显示,10种化学成分与SARS-CoV-2-SRBD-ACE2均有较好的结合活性,其中8种成分的结合活性优于诊疗方案中4种COVID-19治疗药物。结论 研究建立了简单快速、全面可靠分析评价不同产地黄芩茎叶中黄酮类、酚酸类成分的方法,可为黄芩茎叶质量控制、资源综合利用提供思路。黄芩茎叶治疗COVID-19具有多成分、多靶点、多途径的特点,对COVID-19引起的免疫系统紊乱、炎症等具有潜在的防治作用。黄芩茎叶中多种黄酮类、酚酸类成分具有潜在的抗SARS-CoV-2活性及COVID-19治疗作用。黄芩茎叶、黄芩茎叶解毒胶囊和由黄芩茎叶制得的黄芩茶可用于COVID-19的防治中,黄芩茎叶亦可作为原料提取用于治疗COVID-19的活性成分。  相似文献   

18.
目的中药现代化的一个关键瓶颈问题就是弄清其分子靶点是什么,靶点是药物发挥疾病治疗作用最为重要的功能发挥者,是药物作用的源头。所以,中药活性成分的直接作用靶点的揭示与阐明是诠释中药作用机理的关键突破口,也是当前中药现代化研究的热点问题。方法本课题组长期致力于传统中药活性成分的直接作用靶点发现及分子药理机制研究,通过建立特色的中药成分修饰磁性纳米芯片,率先将现代靶点"钩钓"技术应用于中药作用靶点鉴定中,深入解析了多个中药活性成分的直接靶点及分子机制。结果中药苏木抗炎活性成分苏木酮A的靶点蛋白为IMPDH2,苏木酮A可以直接共价修饰靶点蛋白IMPDH2的140位半胱氨酸,进而引起IMPDH2蛋白变构而发生失活,发挥抗神经炎症作用;中药野菊花内酯的抗炎靶点为Hsp70,野菊花内酯可以共价修饰Hsp70的603位半胱氨酸,进而引起Hsp70变构,实现抗神经炎症作用;此外通过靶点"钩钓"技术还鉴定了中药淫羊藿神经保护活性成分淫羊藿苷的靶点蛋白为Bax,淫羊藿苷通过直接靶向Bax进而抑制其二聚化并抑制线粒体去极化,最终发挥神经保护作用。结论建立了一种"靶点驱动"的中药药理研究新思路,为阐明中药传统功效的分子机制提供了一种全新的研究范式与全新视角,对于促进中医药现代化和国际化具有重要科学意义。  相似文献   

19.
新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)正在世界范围内流行.作为冠状病毒,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)和严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)都通过人血管紧张素转化酶2(ACE2)受体侵入宿主细胞.面对疫情异常严峻的现状,目前尚缺乏疫苗和尚无特异性针对该病毒...  相似文献   

20.
2019年12月,中国湖北武汉出现了一种新型冠状病毒引起的肺炎,并扩散传播。中国疾病预防控制中心及相关研究部门快速鉴定、公布其序列,研究并阐述了其流行病学特点。该冠状病毒被WHO命名为2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV),所感染的疾病命名为2019冠状病毒病“COVID-19”,国内简称“新冠肺炎”(novel coronavirus pneumonia,NCP)。中国政府及相关部门快速采取措施阻止疫情的进一步扩散,并采用老药新用策略以及中西结合的方式对病人开展救治工作。本文检索近期所发表的新冠肺炎相关论文,综述其研究进展,提出可能的新药研发思路。  相似文献   

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