基因表达谱芯片筛查子宫内膜癌相关基因的研究

目的 应用基因芯片技术研究子宫内膜癌的基因表达谱,探讨子宫内膜癌的发生、发展与肿瘤相关的基因群及其功能.方法 应用TRIZOL一步法抽提11例子宫内膜癌患者的子宫内膜和3例子宫肌瘤患者的正常增殖期子宫内膜组织的总RNA,并纯化mRNA,将等量的子宫内膜的mRNA反转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,混合后在含有8 064条双点人类全长基因的芯片上进行杂交,再经芯片扫描、图像分析处理后,分析子宫内膜癌组织及其与正常增殖期子宫内膜基因表达谱的差异.结果 11例子宫内膜癌组织和3例正常增殖期子宫内膜组织比较,含8 064个基因的基因芯片中共筛选出差异基因274条,其中上调92条,下调182条.结论 子宫内膜癌的子宫内膜组织和正常增殖期子宫内膜组织的基因表达谱存在差异,这些差异基因涉及细胞外基质调节基因、细胞因子、促癌基因/抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等,提示这些基因与子宫内膜癌的发生和发展有关.     

EBVaGC肿瘤差异表达的基因表达谱芯片筛选

目的应用全基因组表达谱芯片技术,分析EB病毒(EBV)阳性胃癌细胞系与EBV阴性胃癌细胞系基因表达谱差异,筛选EBV相关胃癌(EBVaGC)相关基因。方法采用TRIzol一步法提取3种EBV阳性胃癌细胞系(GT38、PT、SNU-719)和3种EBV阴性胃癌细胞系(SGC7901、HGC-27、MKN-45)总RNA并纯化,逆转录合成cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据扣除本底和归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选差异表达的基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能。将处理前后差异表达倍数>2.0或<0.5,且在不同样本间的具有统计学差异的基因判断为差异表达基因。选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果聚类热图及矩阵图分析显示,EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间表达谱存在明显差异。EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间有322条基因的表达有明显差异,其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增殖和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异基因进行验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论 EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系基因表达存在明显差异,提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达,分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制,为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。     

基因表达谱及其在人体肿瘤研究中的应用

肿瘤发生是遗传、环境等多种致瘤因子共同作用的结果,经历了多个不同的发展阶段。每一阶段中机体机能的改变必然反应一系列基因功能的变化,构成机体在每一种机能状态时的特征性基因表达。要揭示肿瘤发生、发展的规律,最终找到攻克肿瘤的可靠途径,必须从研究肿瘤相关基因入手。基因芯片提供了一种大通量研究手段,通过基因芯片构建肿瘤相关基因表达谱,研究肿瘤相关基因在肿瘤发生、发展过程中的功能,就是找到了研究肿瘤发生、发展规律的金钥匙,为肿瘤病原、病因、病理学研究,各种肿瘤的临床诊断、治疗药物筛选、预后判断、治疗效果监测甚至肿瘤预防等领域的研究开辟了广阔的前景。     

转移宫颈鳞癌中Ets基因表达差异的研究

目的　使用cDNA芯片技术研究转移宫颈鳞癌中Ets突变基因表达的变化。方法　应用Ets突变基因的cDNA表达谱基因芯片技术测定IB期浸润性宫颈鳞癌的基因表达水平 ,比较正常、未转移和淋巴转移的三组宫颈组织中Ets突变基因的差异表达。结果　与无淋巴转移癌组织比较 ,有淋巴转移癌组织中Ets突变基因的表达上调了 2倍。结论　使用基因芯片技术检测癌组织中Ets突变基因的表达水平可以作为预测宫颈癌淋巴转移和判断宫颈癌预后的指标。     

基因表达谱芯片在原核生物研究中的应用

基因表达谱芯片技术作为一种高通量分析方法，已成为“后基因组时代”中进行序列分析的重要工具之一。本文简述了基因表达谱芯片技术在原核生物适应环境、致病性和与宿主间相互作用等方面的应用；同时对其在应用中的缺陷和应用前景进行了简要的概述。     

用寡核苷酸芯片研究血虚小鼠造血相关细胞因子基因表达谱

目的 应用细胞因子寡核苷酸表达谱芯片检测血虚小鼠不同脏器组织内造血相关细胞因子差异表达情况，寻找差异表达基因，为血虚证治疗药物机制研究及治疗药物筛选奠定基础。方法 采用5．5Gy^60Co-γ射线照射Balb／c小鼠，制备血虚模型。在不同时间点提取正常和血虚小鼠不同组织总RNA，反转录成不同荧光标记的cDNA探针，与表达谱芯片进行杂交，对扫描数据进行分析获得血虚小鼠造血相关细胞因子基因的差异表达情况。结果 在各组织中共发现21个差异表达的基因。这些基因的功能大致分为3类：促细胞生长或增殖，免疫调节，诱导血细胞形成或促造血祖细胞形成集落。结论 照射后上述细胞因子基因的下调，使机体的造血功能下降，造成血虚，证明细胞因子间形成造血调节网络，整体调节机体造血。这与中医的全局理论是一致的。实验证明应用芯片技术，从分子水平研究血虚形成的机制是可行的，可为进一步的血虚证治疗药物的筛选提供依据。     

组织芯片及其在肿瘤分子病理学中应用

在肿瘤分子病理学研究中 ,现行的癌基因序列分析和 c DNA芯片技术使我们能够在一次实验中检测一个肿瘤样品中上千个乃至上万个基因变化 ,揭示出许多新的潜在的重要基因。然而 ,对成百上千个肿瘤标本的测量需要重复同样次数的实验、耗时费力 ,并且需要大量的实验经费及收集新鲜的肿瘤组织。近期 ,美国国家人类基因研究所的 Kononen教授等建立了一种新的高通量的组织芯片技术 ,使我们一次能够检测几百个乃至上千个来自不同病人的肿瘤组织 [1]。这种芯片可以连续切成上百张 ,用于不同肿瘤的 DNA、m RNA和蛋白质的原位分子标记检测 ,在肿瘤分子病理学中有其广泛的应用前景。1　组织芯片的原理组织芯片技术 ,也称组织微阵列或组织阵列( tissue microarrays or tissue array) ,最早于 1 998年由 Kononen等报道 ,是不同于基因芯片和蛋白芯片的新型生物芯片 [1]。组织芯片采用了与基因芯片和蛋白芯片完全相反的设计策略。基因芯片和蛋白芯片是为检测同一样本中的不同实验指标而设计的 ,而组织芯片技术是针对在原位检测不同样本中同一实验指标设计的。每张玻片上可同时排列几十到几百个小组织样本 ...     

基因表达系列分析技术在消化道肿瘤研究中的应用

基因表达系列分析技术(SAGE)是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段。它不需要事先知道其基因序列,能同时对数千个转录体的丰度进行定量研究。近年来人们利用此技术对正常和疾病组织细胞的基因表达信息进行了广泛的研究,作者就SAGE在消化道肿瘤研究中的应用进展作一综述。     

光气吸入对大鼠肺组织基因表达谱的影响

目的:研究光气吸入染毒前后大鼠肺组织基因表达的差异,探讨光气肺损伤作用相关的基因谱.方法:提取正常对照组和光气染毒组肺组织的总RNA,并以此为模板制备荧光标记的cRNA靶物,经杂交、洗涤后,通过扫描荧光强度和计算机软件分析,寻找染毒前后上调和下调的差异表达基因.结果:在大鼠20500个靶基因中,初步筛选出801条差异表达基因,表达上调的有557条,下调的有254条.根据基因的生物学功能,差异表达基因被分为9类:G1自由基\电子传递相关;G2应激炎症相关;G3物质代谢相关;G4细胞增殖\分化\凋亡相关;G5基因表达调控相关;G6受体和信号转导相关;G7蛋白质修饰\分解相关;G8细胞骨架\运动相关;G9离子通道与物质转运相关等.结论:光气可以引起肺组织基因的多发性改变,其差异表达基因的功能分类为进一步探讨光气中毒发生、发展的机制和有效救治提供新的线索和思路.     

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的：探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理变化中的应用价值。方法：应用含有４０９６条人类全长基因的ｃＮＤＡ表达谱芯片,对３例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。结果：在３例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因３９８条,其中新基因２８９条,老基因１０９条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因３７条,其中在胰腺癌组织中上调基因２０条,下调基因１７条。结     

肿瘤血管的基因表达型

研究人员最近获得了有关癌瘤如何确保其生长所必需的血液供给的详细资料。约翰霍普金斯大学医学院的Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler在近期出版的《科学》杂志上报告了他们的研究结果,他们对大量的人结肠癌血管和正常结肠组织血管中的基因表达进行了比较。研究人员发现这     

捕获显微切割及基因芯片技术对前列腺病变基因表达谱的分析

目的:应用基因芯片技术,分析前列腺上皮内瘤变(PIN)及前列腺癌的基因表达谱,并将其与良性增生(BPH)前列腺组织的基因表达谱进行对比,探讨与前列腺癌的发生、发展密切相关的基因,检测PIN及前列腺癌的肿瘤标志物。方法:采用美国Affymetrix公司的HG-U133A基因芯片,检测了5例良性标本,6例PIN以及5例前列腺癌标本;采用激光捕获显微切割技术,分别得到了3组纯的上皮细胞群。结果:3组间基因表达谱存在非常显著的差异。与良性增生及前列腺癌相比,PIN有其独特的基因表达谱。有些基因的表达强度在从良性增生到PIN再到癌的过程中,呈逐渐改变的趋势,表现为逐渐上调或逐渐下调。结论:基因表达谱中显著改变的特异性基因可以将PIN和BPH及前列腺癌中区分开来;在从良性增生到PIN再到癌的过程中,有些基因的改变呈渐进性发展。     

基因芯片技术在肺癌研究中的应用

基因芯片技术是一项新的生物学技术,该技术以其迅速、高通量、大规模等特点在恶性肿瘤的分子生物学研究中具有广泛用途。本文综述了新近用基因芯片技术在肺癌基因表达及基因功能、基因诊断等研究方面的应用。     

生物芯片技术在肿瘤研究中的应用

恶性肿瘤是一类严重威胁人类健康的多发病和常见病。根据世界卫生组织2003年公布的数据,2000年全球共有恶性肿瘤患者1 000万,其中男530万,女470万,因恶性肿瘤死亡者高达620万,占总死亡人数的12%,在多数发达国家可达     

顺铂腹腔注射对小鼠卵巢相关基因表达谱的影响

目的：应用基因芯片技术研究顺铂（Clsplatin）腹腔注射给药对小鼠卵巢相关基因表达的影响,探讨顺铂对卵巢功能损伤的作用机制。方法：建立化疗损伤后卵巢功能低下小鼠模型,按一步法抽提顺铂给药后的小鼠及对照组小鼠卵巢组织的总RNA;经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组小鼠卵巢cDNA的探针,再与cDNA基因表达谱芯片杂交,结果由激光扫描仪扫描,并用计算机软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析和聚类分析。结果：顺铂给药后的小鼠与对照组小鼠卵巢组织基因表达谱分析发现,109个差异表达基因有19个基因低表达,90个基因高表达。结论：本研究从顺铂给药后的小鼠卵巢组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与顺铂对卵巢功能损伤的发生、发展过程,从而为化疗药物损伤性卵巢功能减退的诊治提供依据。     

蛋白质芯片质谱仪及其在肿瘤研究中的应用

表面加强激光解析电离飞行时间质谱仪(SELD I-TOF MS)是一种新的蛋白质检测技术,与传统的蛋白质组学方法相比,该技术具有快速、灵敏、高通量等特点。运用该技术制成的蛋白质芯片质谱仪已成为蛋白质组学研究中的重要工具。本文简要介绍了该技术及其在恶性肿瘤诊断、治疗及预后等方面的应用。     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

基因表达谱芯片技术筛选β干扰素基因转染细胞的反式调节基因

目的:筛选能被β干扰素反式调节的靶基因,研究β干扰素的生物学功能及其机制。方法:设计并合成β干扰素(IFNβ)特异性引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增IFNβ基因片段,以常规的分子生物学技术将获得的IFNβ编码基因片段克隆到TA载体中,进行测序鉴定后构建真核表达载体pcDNA3.1(-)-IFN-β。以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,转染HepG2细胞,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA。应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析。结果:HepG2细胞经转染IFN-β之后,有70条差异基因表达,其中40条基因表达增强,30条基因表达降低。这些差异表达基因与细胞的增生、分化和细胞的信号转导密切相关。结论:应用基因表达谱芯片技术筛选到IFN-β的反式调节基因,为进一步探索IFN-β可能的调节机制及其生物学功能提供了新的依据。     

基因表达芯片技术在肝癌研究中的应用

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC;简称肝癌)是世界上最常见、恶性程度最高的肿瘤之一.近年发展的基因表达分析平台--基因表达芯片技术能克服传统方法的缺点,已成为肝癌发生发展中的基因表达研究的强有力工具,其在肝癌发生的分子机制研究和临床诊断治疗中都具有非常重要的应用价值.     

基因表达芯片在心血管分子生物学研究中的应用

目前 ,基因芯片技术的应用已非常广泛 ,尤其是对基因表达的检测[1 ] 。用于检测与分析基因表达情况 ,进而阐明基因功能、特性及状态的基因芯片称为基因表达芯片或基因表达微阵列 (ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｃｈｉｐ ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｍｉｃｒｏａｒｒａｙ)。从 1 995年 ,Ｓｃｈｅｎａ等[2 ] 首次报道利用基因芯片对拟南芥菜的基因表达进行分析至今 ,该技术已使我们能够获得大量不同来源组织细胞的基因表达谱及由特殊的刺激或治疗而导致的基因表达改变的信息。同时 ,微阵列技术商业化程度的不断提高更使其运用变得越来越广泛…