登革病毒(NGC株)C与prM全长基因的扩增与克隆

目的　从登革病毒 (NGC株 )中快速分离基因组RNA ,RT -PCR扩增及克隆C和 prM全长基因 ,从而为研究蚊虫细胞对登革病毒的细胞内免疫研究奠定基础。方法　以Trizol试剂从C6 / 36细胞培养上清中提取基因组RNA ,RT -PCR扩增全长C和 prM基因 ,T -A重组入pGEM -T载体 ,重组质粒的双酶切、PCR与测序鉴定。 结果与结论　应用Trizol试剂从蚊细胞培养液上清中快速分离到高纯度和完整登革病毒RNA基因组 ,成功扩增与克隆出全长登革病毒C和 prM基因     

逆转录-套式PCR鉴定福建省登革Ⅰ型病毒

目的检测急性感染者血清中的登革病毒,并判定其型别。方法从血清中提取病毒RNA,使用通用引物和型特异性引物,用逆转录-套式PCR方法扩增登革病毒特异性核酸片段,电泳后观察判定型别。同时还将扩增产物进行测序分析。结果用通用引物扩增5份标本,均出现511bp扩增带,在型特异性引物的扩增下均出现482bp的扩增带,初步判断为DVⅠ病毒。经测序分析进一步确定为DVⅠ病毒。结论运用此方法证实2004年福建省登革热流行系DVⅠ病毒引起。     

登革4型病毒深圳分离株E基因序列测定及其系统发生分析

目的对深圳市2005年从登革热患者急性期血液中分离到的1株登革病毒进行型别鉴定,从分子水平分析分离株的生物学特征,追踪其可能的地域来源。方法用C6/36细胞培养增殖病毒株SZ0524,收集病毒液。用逆转录-半套式PCR(RT-semi-nested-PCR)方法和荧光PCR方法对其进行型别鉴定。扩增病毒E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革病毒株进行同源性比较和进化树分析。结果深圳市登革病毒分离株用4型特异性引物扩增出392bp的特异性条带,荧光PCR进一步证实了分离的病毒株为登革4型病毒。SZ0524与登革病毒4型国际标准株H241株在E基因上核苷酸同源性为99.7%,而与登革病毒1、2、3型国际标准株HAWAII、NGC、H87同源性分别为57.0%、59.2%和56.2%。基因进化树显示SZ0524株与D4-73NIID株和D4-61NIID株亲缘关系最近,其次为H241,在进化树的同一分支上,属基因Ⅰ亚型。结论从分子水平证明从深圳市登革热患者血清中分离到的毒株确为DEN-4型病毒。结合流行病学调查资料,证实此病例为输入性感染病例,该毒株最有可能来源于东南亚一带。     

福建省1株登革Ⅱ型病毒的鉴定

目的对2005年福建省分离的1株登革病毒(DV)进行鉴定,并从分子水平追踪其可能的传染源。方法采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测疑似登革热患者血清中DV(IgM、IgG抗体;同时应用C6/36细胞、单克隆抗体间接免疫荧光(McAb-IFA)、逆转录(套式PCR法分别进行病毒的分离和鉴定,并对分离株的部分基因进行核苷酸序列分析。结果患者血清登革病毒特异性IgM抗体阳性、IgG抗体可疑,表明该患者在近期感染过登革病毒。患者血清接种C6/36细胞,观察到登革病毒特有的CPE。受感染的C6/36细胞能与登革病毒Ⅱ型单克隆抗体反应,表明分离的病毒株为登革Ⅱ型病毒。分离株的核酸提取物经RT(PCR扩增,登革病毒通用引物可扩增出511bp的特异性条带,型特异性引物扩增出119bp的特异性条带,进一步证实分离的病毒株为登革Ⅱ型病毒。分离株RT(PCR扩增产物的核苷酸序列与30株不同地域来源的登革Ⅱ型病毒相应序列构建的系统发生树表明,此毒株与东南亚地区的毒株比较接近。此次分离株的序列与1999年登革Ⅱ型病毒福建株的对应序列在亲缘关系上有一定程度距离。结合流行病学调查资料,进一步确定此病例为输入性感染病例。结论福建省首次从输入性登革热患者血清中分离出登革Ⅱ型病毒,该病毒来源于东南亚地区。     

Ⅱ型登革病毒E基因的克隆及其酵母表达

目的　克隆 2型登革病毒E基因并用酵母真核表达 ,获得全长的重组E蛋白 ,为其结构与功能的研究提供条件。方法　从感染DEN2 (NGC株 )后病变的C6 /36细胞上清中提取RNA ,通过RT -PCR扩增E基因片段 ,与载体pPICZαB连接筛选得到重组质粒 ,电穿孔法将重组体整合入酵母菌P pastoris,经抗生素Zeocin筛选产生的转化子进行表型鉴定 ,取Mut+菌诱导表达 ,SDS -PAGE、免疫印迹检测表达产物。结果　RT -PCR得到 1 5kb的E基因片段 ,酶切鉴定与测序显示重组质粒含DEN2全长E基因 ;Mut+ 酵母转化菌可分泌表达约 6 9kDa的蛋白 ,与DEN2E单抗的免疫印迹证实它为型特异的重组E蛋白。结论　成功将克隆的全长DEN2E基因在酵母菌中表达 ,获得的重组E蛋白具有免疫反应性。     

南海市登革病毒流行株结构基因序列测定及结构分析

目的对我国登革2型病毒1998年广东省南海市流行株GD08/98结构蛋白基因进行序列测定及分析,为追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT—PCR扩增,分别克隆到pMD18—T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果此登革病毒株结构蛋白基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株ThNH81/93、NGC、44、TSV01、04及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为98％、94％、94％、92％、92％、90％。结论GD08/98病毒株的结构基因序列基本类似于已发表的其它登革2型病毒株。GD08/98株与ThNH81/93株同源性最高,推测其可能来源于泰国。     

SARS病毒核酸检测中不同引物对灵敏度的影响

目的筛选灵敏、特异的SARS病毒核酸检测方法。方法采用世界卫生组织(WHO)和中国疾病预防控制中心(中国CDC)推荐的9对SARS病毒核酸检测引物，同时又选择市售的2种SARS荧光定量PCR试剂，分别对不同稀释度的SARS病毒核酸进行RT—PCR、巢式PCR和荧光定量PCR扩增，比较其检测灵敏度和特异性。结果两种荧光定量PCR试剂可检测SARS病毒核酸灵敏度均为0．1TCID50，与普通RT—PCR方法检测灵敏度(0.1TCID50)相同，而较巢式PCR法(0．01TCID50)略低；采用RT—PCR方法扩增SARS核酸时，以WHO推荐的SAR1s／SAR1as、BNIinS／BNIAs、BNIoutS/BnoutAs与中国CDC推荐的CDC-P1 ／P1-灵敏度最高。结论RT—PCR扩增时各引物对之间存在明显差异；荧光定量PCR可作为SARS疑似样本检测的首选方法，必要时再采用RT—PCR和巢式PCR法加以确认。     

黄病毒属病毒RT-heminested-PCR方法的建立并用于蚊虫检测

目的 建立适合检测蚊虫携带黄病毒属病毒通用引物反转录半巢式PCR(RT-heminested-PCR)方法.方法 根据GenBank黄病毒属病毒非结构蛋白基因(nonstructuralproteins gene) NS5序列,在保守区设计2对(3条)黄病毒属病毒通用引物,以日本脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV) cDNA、登革病毒(Dengue virus,DENV)Ⅰ～Ⅳ型cDNA为模板优化条件建立RT-heminested-PCR方法;以日本脑炎病毒减毒活疫苗(SA14-14-2 strain)测定该方法的敏感度,并用于野外采集蚊虫检测.结果 在50只淡色库蚊中RT-heminested-PCR方法检测减毒活疫苗JEV最低检出浓度为1×10-2 PFU/mL.用该方法检测云南省普洱市采集的54组(540只)蚊虫,扩增产物经测序确认9组含有乙型脑炎病毒、3组含有登革病毒Ⅱ型、1组合有登革病毒Ⅰ型、1组含未报道的黄病毒属病毒,该病毒与Quang Binh virus同源性最高.结论 黄病毒属病毒通用引物RT-heminested PCR方法适合于蚊虫种群黄病毒属病毒监测.其不但适应已知黄病毒属病毒的检测,而且具备检测新型黄病毒属病毒的潜能.     

深圳市一起输入性登革热疫情的分子流行病学研究

摘 要：目的 对2007年深圳市报告的一起输入性疑似登革热病例查明病因。分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征。方法 对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和实时荧光定量PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒。采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析。结果 从患者血清标本中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革3型病毒核酸,并首次成功分离到登革3病毒,将其命名为DEN3-SZ0739。深圳市登革3型病毒分离株SZ0739与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为94.1%、93.9%、96.9%,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为66.1%、59.1%、58.2%。进化树显示SZ0739株与2007年新加坡分离株SGEHI(D3)0235Y07亲缘关系最近,在进化树的同一分支上,和1416株(India 1984)、1326株(Sri Lanka 1981)、1696株(Samoa 1986)等同属基因Ⅲ亚型。结论 从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革3型病毒引起,该毒株最有可能来源于新加坡。     

肾综合征出血热患者血清中汉坦病毒的检测及其序列分析

目的　为了进一步探讨RT -PCR用于HFRS临床标本中病毒基因检测的可行性及陕西西安地区近年主要流行汉坦病毒 (HV)毒株的分子流行病学特点。方法　本研究设计并合成了两套分别互补于HVM基因片段和S基因片段的引物 ,建立了检测HFRS患者临床血清标本中HV基因的RT -nestedPCR方法 ,并对扩增的部分HV靶基因进行了测序分析和比较。结果　 119份HFRS病人血清 (经临床和IFA确诊 )经用S基因片段引物的RT -nestedPCR检测 ,阳性率分别为 :6 0 .5 % (<1w) ,34.1% (1～ 2w) ,4% (2～ 3w) ,0 % (>3w) ,31份HFRS急性期病人血清用M基因片段引物的RT -nestedPCR检测 ,仅 12份阳性 ,阳性率 40 %。结论　表明S基因片段引物的扩增效果优于M基因片段引物。 6份S基因片段引物扩增产物的测序结果显示 ,陕西西安地区HFRS感染的主要毒株为汉滩型 ,将PCR扩增的 6个靶基因序列与 76 - 118株S基因片段相应的核苷酸序列进行分析比较 ,同源性为 87.2 %～ 96 .0 % ;其推导的氨基酸序列与 76 - 118株核衣壳蛋白相应的氨基酸序列比较 ,同源性为 89.0 %～ 96 .0 %。     

广州市2010年1、2、3型登革病毒E基因进化分析

目的 测定广州市2010年1、2、3型登革病毒的E基因序列,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2010年85例登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发育树,结合流行病学资料进行信息学分析.结果 85份血清标本中分离到1型和3型登革病毒株各6株,2型登革病毒2株,测序获得E基因序列.进化分析发现,1型和3型登革病毒分别来自不同的亚型,即亚洲型和南太平洋型,印度次大陆型和东南亚/南太平洋型;2型登革病毒来自马来西亚/印度次大陆型.结论 推测广州市2010年2型登革病毒为输入性.1型和3型登革病毒中各有4株为输入性,余各2株广州本地病例毒株尚须从蚊媒介来进一步证实其来源.     

乙脑病毒嵌套式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

目的　建立适用于检测人用猪源性生物制品中外源性乙脑病毒(JEV)的嵌套式RT- PCR方法。方法　根据已公布的JEV序列(GenBank登录号为M5 5 5 0 6 ) ,设计合成两对引物,对JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞抽提RNA进行RT PCR和RT nestedPCR ,将PCR产物进行了克隆测序;同时对猪细小病毒(PPV)、猴空泡病毒4 0 (SV4 0 )及正常乳鼠脑组织、正常BHK 2 1细胞、PK15细胞、BSC 1细胞提取核酸进行PCR ,并对2 10份临床样品进行了检测。结果　PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测,JEV感染的乳鼠脑组织和培养JEV的BHK 2 1细胞均扩增出10 15bp和6 2 2bp目的基因片段,而PPV、SV4 0及未感染JEV的乳鼠脑组织、正常BHK 2 1细胞、PK15细胞、BSC 1细胞均未见特异性扩增条带,2 10份猪组织样品中未检出阳性样品。RT nestedPCR检测的最低限度为10PFU病毒。从样品核酸的提取到PCR扩增及检测结果的报告可在8小时内完成。结论　本研究建立的RT NestedPCR方法具有快速、特异、敏感、可靠的特点,可用于人用猪源性生物制品中外源性JEV的污染检测。     

福建省2004~2010年登革病毒E蛋白基因序列分析

目的 通过登革病毒包膜蛋白基因序列测定与进化分析,确定2004~2010年间福建省登革病毒的主要来源地。方法 提取登革病毒分离株的RNA,扩增病毒外膜蛋白基因,扩增产物经TA克隆后提取质粒并测序,应用相关专业软件做序列分析。结果 在测定的12株登革病毒外膜蛋白基因核酸序列中,1、2型病毒的序列长度均为1485bp,3型为1479bp。BLAST比对与序列进化树均表明,2004~2010年期间,福建省所分离的登革病毒分离株与东南亚一带流行的毒株一致性最高,福建省与东南亚流行的毒株间具有高度的同源性。结论 2004~2010年福建省流行的登革病毒应当是由东南亚一带输入,应加强对该地区入境人员的监测工作。     

应用含内参的多重实时荧光RT-PCR方法快速检测登革病毒和基孔肯雅病毒

目的 建立一种登革病毒、基孔肯雅病毒并含人类基因内参检测的多重实时荧光RT-PCR方法,能在同一反应管内同时检测目前发现的所有来源的登革病毒或基孔肯雅病毒。方法 针对登革病毒3′端非编码区和基孔肯雅病毒结构蛋白E2-6K-E1区以及人体各类组织细胞中均能稳定表达的RNAse P基因,设计了3套特异性引物和探针,建立了1套能同时检测登革病毒、基孔肯雅病毒及含有人类基因检测内参的多重实时荧光RT-PCR方法,对其灵敏性和特异性进行了验证,并对临床发热病人标本进行了应用评估。结果 该方法对检测体外转录合成的登革病毒和基孔肯雅病毒RNA的灵敏性可达最低每个反应10～100拷贝,对检测登革1型病毒和基孔肯雅病毒的灵敏性分别可达最低每个反应0.1 TCID₅₀/mL和1 TCID₅₀/mL。用20株登革病毒、4株基孔肯雅病毒和日本脑炎病毒、西尼罗病毒、黄热病毒、盖塔病毒、辛德毕斯病毒各1株进行检测,方法的特异性均为100%。方法应用于189份发热病人血清标本检测,可准确地鉴定出其中登革病毒或基孔肯雅病毒核酸阳性的标本,且所有血清标本均能被内参引物和探针有效地扩增和杂交。结论 本研究建立了一种高灵敏性、高特异性且含人类基因内参检测的登革病毒和基孔肯雅病毒多重实时荧光RT-PCR检测方法,可作为登革热或基孔肯雅热病人早期快速鉴别诊断的有效工具,也可用于蚊媒携带登革病毒或基孔肯雅病毒的高通量快速筛查。     

云南省输入性登革热病例登革病毒1型的分离研究

目的对2011年8月采集的从老挝输入的登革热病人急性期血清进行登革病毒分离,以找出病原学证据。方法用C6/36白纹伊蚊细胞进行病毒分离,对有细胞病变的标本进行RT-PCR,检测登革病毒RNA及型别,对PCR产物测序,进行比对分析和进化树分析。结果从8例输入登革热病人的血清中分离到4株能引起细胞病变的病毒,均为登革病毒1型,与泰国毒株的同源性99%。结论云南省首次从输入登革热病人血清中分离到登革病毒1型,为云南省登革热的防控提供了依据。     

柯萨奇B组病毒的RACE扩增与序列分析

目的探讨3'RACE(rapidamplificationofcDNAends)技术检测柯萨奇B组病毒(CVB)的可行性,并建立相应的实验检测方法。方法首先自行设计柯萨奇B组病毒6个型别病毒基因组的一条通用引物sp1;然后从柯萨奇病毒(CVB1￣CVB6)感染的Hela细胞,提取总RNA,用引物sp1结合OligodT进行3'RACE扩增,将产物克隆到pGEM-T载体上,挑取阳性菌落进行序列测定,与标准株进行同源性比对。结果获得了柯萨奇B组病毒6个型别的3'末端扩增产物及其核苷酸序列,同源性分析的结果显示扩增毒株与标准株之间的核苷酸同源性在95%￣99%之间,氨基酸同源性在98%￣100%之间。结论设计的引物“sp1”是柯萨奇B组病毒6个型别病毒基因组的一条通用引物;该引物结合OligodT进行的3'RACE扩增可用于柯萨奇B组病毒的检测。     

日本血吸虫黏蛋白样蛋白部分基因的扩增及测序

目的　体外扩增日本血吸虫中国大陆株黏蛋白样蛋白(SjMLP)抗原的部分基因序列。　方法　利用PCGENE软件查找SmMLP的抗原决定簇;特定寡核苷酸引物的设计与合成;Trizol抽提日本血吸虫成虫总RNA,逆转录聚合酶链反应(RTPCR)扩增目的基因,测序后与SmMLP进行同源性分析。　结果　RT PCR特异性扩增出SjMLP编码区基因序列,其片段大小为756bp,测序结果与SmMLP具有高度同源性。　结论　RTPCR扩增的SjMLP抗原编码区基因序列与预期相符合。     

支原体通用PCR引物的设计及在诊断的应用

目的　快速全面检测感染人体、动物和细胞培养的多种常见支原体。方法　从 12种支原体的 16S与 2 3SrRNA核酸序列中选择了两段高度保守的核酸序列 ,作为支原体通用引物 ,一次PCR扩增就能检测出 12种支原体。结果　用这对通用引物检测了 41份临床标本 ,16份细胞培养物和 2 0只大白鼠 ,阳性率分别为 14 6 %、 43 7%和 2 0 0 %。结论　用通用引物检测支原体具有覆盖面广、检测种数多、不易发生漏检等优点。     

铜绿假单胞菌重组Bb-OprF疫苗构建及鉴定

目的构建和鉴定铜绿假单胞菌重组双歧杆菌(rBb) OprF疫苗。方法以铜绿假单胞菌PAOl标准株提取总RNA为模板,自行设计引物,RT PCR扩增获得OprF抗原编码基因,经酶切、连接定向克隆入大肠埃希菌 双歧杆菌穿梭表达载体pGEX 1λT,构建重组质粒pGEX OprF。转化E.coli BL21(DE3)感受态细胞,抽提质粒行酶切电泳和测序验证后,电穿孔转化到Bb中,构建铜绿假单胞菌rBb OprF疫苗,抽提质粒进行PCR扩增鉴定。结果RT PCR扩增出1 016bp的OprF编码基因;重组质粒经双酶切鉴定,切出4 947bp的载体片段和10 16bp的目的基因片段;以rBb抽提质粒为模板进行PCR扩增可得到1 016bp的oprF基因片段。结论成功构建了铜绿假单胞菌rBb OprF疫苗,为该疫苗的进一步研究奠定基础。