基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨枸杞子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）,并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果：通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论：本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。     

基于网络药理学的四君子汤治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的通过网络药理学预测四君子汤治疗2型糖尿病(T2DM)的主要活性成分和作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制;并选取AMPK信号通路中的Ins R、PI3K进行动物实验验证。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、文献挖掘和本课题组已有研究收集四君子汤及其4味中药党参、白术、茯苓、甘草的化学成分,经口服生物利用度(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)3个条件筛选得到药物的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库进行有效成分靶点预测;同时从TTD、Drugbank和Dis Ge NET数据库对T2DM的靶点进行检索及筛选;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape3.2.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析筛选节点自由度(degree)≥平均自由度的节点得到核心有效成分-核心靶点网络,同时使用String数据库绘制核心靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;对核心靶点基因利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图,探讨四君子汤治疗T2DM的潜在作用机制。采用系统对接网站进行相关度前3蛋白对相关度前5成分的分子对接。并进一步采用动物实验进行验证:选取SD大鼠,运用高糖高脂饲料联合小剂量链脲佐菌素(STZ)诱导T2DM模型,5.65 g/kg四君子汤ig给药28 d,检测各组大鼠的空腹血糖(FBG)及口服葡萄糖耐量(OGTT),RT-PCR法检测AMPK信号通路中Ins R、PI3Km RNA的表达量。结果从四君子汤中筛选出113个化学成分,涉及治疗T2DM的47个靶点;根据节点自由度≥平均自由度,筛选出核心成分22个,核心靶点27个;GO分析结果表明其涉及血糖稳态、脂肪组织发育的正调控等7个生物过程,涉及类固醇激素受体活化、药物结合等4个分子功能,包括质膜、核常染色质2个细胞组成;KEGG分析结果表明其可能通过AMPK信号通路、PPAR信号通路、胰岛素抵抗等14个信号通路治疗糖尿病。分子对接60%成分具有强烈的结合活性,40%成分具有较强的结合活性。四君子汤可显著改善T2DM大鼠OGTT(P<0.001),同时降低FBG(P<0.01),显著升高Ins R、PI3K mRNA(P<0.001)的表达量,验证了网络药理学的部分预测结果。结论四君子汤通过多靶点、多通路治疗T2DM,为其分子机制的研究奠定一定的基础。     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎分子机制的网络药理学分析及初步验证

该文通过网络药理学分析白头翁汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子机制,并通过动物实验对相关靶点作初步验证。应用Cytoscape软件,通过TCMSP,GeneCards,Uniprot数据库构建"活性成分-靶点-疾病"网络。通过STRING数据库构建蛋白互作网络,推测核心靶点。使用R软件对靶点进行GO,KEGG富集分析。使用Autodock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接。用白头翁汤干预葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导UC小鼠,通过HE染色法观察小鼠结肠的病理改变,通过免疫组化分析相关基因的表达情况。结果表明,通过网络药理学从白头翁汤中找到26个有效成分,30个核心靶点。GO富集分析显示,这些基因主要影响核受体的活性、转录因子的活性、类固醇激素受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、蛋白质异二聚化活性、转录辅助因子的结合等生物过程。KEGG富集分析显示,P53信号通路、EGFR信号通路、TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路和一些癌症相关通路基因富集较多。分子对接显示,与有效成分对接较好的基因有EGFR,PPARG,CASP3,NOS3,caspase-9,CCND1,ADH,IL6,NFKB1。实验验证白头翁汤对小鼠结肠病理有改善作用,EGFR是其作用的靶点之一。该研究证明白头翁汤可通过多靶点、多通路治疗UC,为未来研究提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接研究淫羊藿治疗抑郁症的抗炎作用机制

目的:采用网络药理学方法预测淫羊藿治疗抑郁症的抗炎靶点及相关信号通路,探讨其抗抑郁作用的潜在机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集和筛选淫羊藿的活性成分;利用PharmMapper服务器,TCMSP数据库对蛋白靶点进行预测和筛选;利用OMIM数据库,CTD数据库和GeneCards数据库筛选抑郁症的相关靶点以及抗炎靶点;通过DAVID数据库对关键抗炎靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape 3.6.0软件构建淫羊藿"活性成分-作用靶点-信号通路"网络图,并对网络拓扑结构分析;采用GOLD分子对接软件对活性成分与关键抗炎靶点进行结果验证。结果:筛选得到淫羊藿与抑郁症相关的12个活性成分,30个作用靶点,5个关键抗炎靶点;GO功能富集得到生物过程65个,细胞组成4个,分子功能1个,KEGG通路富集分析得到41条,其中与炎症相关的信号通路9个;分子对接验证淫羊藿苷与关键抗炎靶点能够形成最佳复合体。结论:揭示了淫羊藿通过抗炎靶点及其相关信号通路网络作用于抑郁症的分子机制,为进一步研究淫羊藿抗抑郁作用提供了基础。     

基于UPLC-HRMS/MS和网络药理学探讨芍甘附子汤入血成分治疗类风湿关节炎的物质基础及作用机制

目的采用超高效液相色谱-高分辨串联质谱(UPLC-HRMS/MS)技术结合网络药理学、分子对接方法, 探讨芍甘附子汤入血成分治疗类风湿关节炎可能的药效物质基础和作用机制。方法利用UPLC-HRMS/MS技术分析芍甘附子汤的入血成分;通过PubChem数据库和SwissTargetPrediction数据库预测芍甘附子汤入血成分的作用靶点;通过DrugBank数据库、Therapeutic Target Database(TTD)数据库和GeneCards数据库筛选类风湿关节炎相关靶点, 通过韦恩图获得共同靶点;通过STRING数据库构建PPI网络, 筛选得到关键靶点和关键成分;通过DAVID 6.8数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过Cytoscape 3.2.1软件构建"入血成分-靶点-通路"网络;利用AutoDock软件将网络中预测到的关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果得到芍甘附子汤入血成分26个及相关作用靶点526个, 类风湿关节炎相关靶点478个, 共同靶点111个;筛选出桔皮素、山柰酚、甘草次酸、甘草素、皂皮酸、光果甘草内酯等关键成分, 作用于TNF、IL6、...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学和实验验证探究黑果小檗花色苷防治AD的作用机制

基于网络药理学、分子对接技术和体外实验验证探究黑果小檗花色苷防治阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的潜在作用机制。借助数据库和在线平台筛选黑果小檗花色苷活性成分的潜在靶点和AD相关作用靶点，运用STRING数据库和Cytoscape软件对两者共同靶点进行蛋白相互作用网络构建和拓扑学分析，利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，对活性成分和NF-κB/TLR4通路相关靶点进行分子对接，然后利用脂多糖诱导BV2细胞构建AD神经炎症模型进行体外实验验证。该研究共筛选出黑果小檗活性成分潜在作用靶点426个，药物-疾病共同靶点329个，蛋白-蛋白网络互作筛选出14个关键靶点，富集分析得到623个GO功能富集条目和112个KEGG通路富集条目；分子对接结果显示活性成分和NF-κB、IκB、TLR4和MyD88有较好的结合能力，其中结合能力最强的是锦葵素-3-O-葡萄糖苷；同时，与模型组比较，不同剂量锦葵素-3-O-葡萄糖苷在不影响BV2细胞存活率的情况下，一氧化氮浓度均显著下降；同时锦葵素-3-O-葡萄糖苷可下...     

基于GC-MS技术及网络药理学探讨醒脑静注射液入脑成分抗脑缺血损伤的作用机制

目的基于气相色谱-质谱联用技术(gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS)、网络药理学及分子对接技术识别并探究醒脑静注射液入脑成分及其治疗脑缺血损伤的作用机制,为其药效物质基础研究提供参考依据。方法调研文献获取醒脑静入脑成分并采用GC-MS技术对其入脑成分进行补充,在此基础上,利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和Swiss数据库对醒脑静注射液入脑成分进行靶点预测;同时通过CTD、OMIM、Gene Cards等数据库获取脑缺血靶点;进一步利用Omic Share平台对药物与脑缺血共有靶点进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络图及"入脑成分-脑缺血靶点-通路"网络图,并对入脑成分与核心靶点进行分子对接验证。结果鉴定出龙脑、麝香酮、樟脑、莪术二酮等13种醒脑静注射液入脑成分;通过网络药理学技术得到93个醒脑静注射液治疗脑缺血的作用靶点,包括MPO、PPARG、HMOX1、MMP2等。通路富集分析表明神经营养蛋白信号通路(neurotrophin signaling pathway)、雌激素信号通路(estrogen signaling pathway)及血管内皮生长因子信号通路(vascular endothelial growth factor signaling pathway)等可能是醒脑静注射液发挥抗脑缺血损伤的主要途径。通过分子对接技术验证得出代表性成分(栀子苷、莪术二酮、麝香酮)与治疗脑缺血潜在靶点具有较好的亲和。结论明确了醒脑静注射液的入脑成分,预测了入脑成分治疗脑缺血损伤的作用机制并初步验证了其靶点,为深入阐明醒脑静注射液的药效物质基础及作用机制提供了实验及理论依据。     

基于网络药理学和实验验证探讨感咳颗粒干预急性肺损伤的作用机制

依据感咳颗粒在大鼠体内的入血成分研究基础,结合网络药理学、分子对接和动物实验验证探究感咳颗粒干预急性肺损伤(acute lung injury, ALI)的潜在作用机制。将感咳颗粒的大鼠入血成分导入SwissTargetPrediction平台预测药物靶点,从疾病数据库收集ALI相关靶点,取交集并构建蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络筛选核心靶点,随后进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Gnomes, KEGG)通路富集分析。构建“入血成分-靶点-通路-疾病”网络,根据其拓扑参数筛选感咳颗粒干预疾病的核心成分。借助分子对接预测核心成分与关键靶点的结合能力。通过脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)诱导的ALI小鼠模型验证感咳颗粒干预急性肺损伤的关键靶点。PPI拓扑参数分析得到与ALI有关的STAT3、SRC、HSP90AA1、MAPK3、HRAS、MAPK1前6个关键靶点。GO功能分析可知主要与ERK1和ER...     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。     

淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病分子机制的网络药理学及分子对接研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM生物信息学分析工具收集3味中药主要成分及潜在的作用靶点,并将其与阿尔茨海默病(AD)相关基因进行映射,得出3味中药治疗AD的作用靶标,构建蛋白-蛋白相互作用网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG通路富集并构建"重要活性成分-靶标-作用通路"图。将蛋白-蛋白相互作用网络图中排名前5位的靶标及目前已知与AD发病密切相关的四个基因(淀粉样前体蛋白、Tau蛋白、乙酰胆碱酯酶、糖原合成酶激酶-3β)与3味中药主要有效成分进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到77个有效成分,428个靶基因及56个信号通路。分子对接表明3味中药有效成分和靶基因的结合效果与西药去铁胺、盐酸多奈哌齐和靶基因的结合效果相似。系统对接显示中药有效成分与靶基因结合性较好。结论:淫羊藿、黄芪、葛根均有直接治疗AD的作用,且效果与西药类似;治疗的分子机制与钙信号通路、Toll样受体信号通路、mTOR信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接研究三仁汤治疗肺癌的分子机制

目的：采用网络药理学方法筛选三仁汤君药药对（SRJMP）的活性成分及核心靶点,探讨三仁汤君药药对治疗肺癌的作用机制。方法：依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）,检索三仁汤 3 味中药相关的所有化学成分及预测作用靶点,采用STRING 数据库与 Cytoscape 软件构建“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络,通过 ClusterProfiler、ClueGO、DAVID 数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集。把候选作用靶点映射在 KEGG 通路图上分析结果,最后应用 AutoDock 软件进行分子对接。结果：共筛选出 40 个活性成分和 222 个相应蛋白靶点。首要分析核心靶点47 个,GO 分析共包含 117 条富集结果,KEGG 通路富集筛选出 30 条通路。结论：通过网络药理学验证了 SRJMP 多成分、多靶点、多通路的特点,其可能是通过调控免疫细胞分化,肿瘤相关信号通路以及干预细胞代谢过程,达到抗肿瘤作用。     

基于血清药物化学与网络药理学探究麝香通心滴丸治疗冠心病的机制

目的基于血清药物化学与网络药理学探究麝香通心滴丸治疗冠心病的机制。方法采用HPLC-Q-TOF/MS联用技术分析麝香通心滴丸的入血成分。条件为Hydro-RP C_(18)色谱柱(250 mm×4.6 mm,4μm);流动相0.4%甲酸乙腈-0.2%甲酸,梯度洗脱;体积流量1.3 mL/min;进样量10μL。利用PharmMapper服务器、GeneCards数据库预测和筛选麝香通心滴丸入血成分治疗冠心病的作用靶点,String数据库绘制蛋白相互作用网络,Cytoscape软件构建成分-疾病-靶点网络图,借助David数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,使用Autodock Vina软件对入血成分和核心靶点进行分子对接。结果共得到8种入血成分,涉及134个交集靶点,可能通过ErbB signaling pathway、VEGF signaling pathway、PPAR signaling pathway等信号通路治疗冠心病,且分子对接显示入血成分与核心靶点结合性较好。结论麝香通心滴丸8种入血成分可能是其治疗冠心病的物质基础,可为深入阐明该制剂作用机制提供一定的依据。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨降糖消渴颗粒治疗糖尿病作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术预测降糖消渴颗粒治疗糖尿病的作用靶点和信号通路, 分析可能的作用机制。方法通过ETCM数据库筛选降糖消渴颗粒的活性成分及作用靶点;检索DisGeNET、GeneCards数据库获得糖尿病靶点, 绘制韦恩图取交集靶点;利用STRING数据库进行基因转换和网络相互作用分析;采用Cytoscape 3.6.0构建PPI网络;运用分子对接技术进行验证;通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选出降糖消渴颗粒128个活性成分, 对应靶点607个。糖尿病相关靶点1 240个, 核心靶点53个。分子对接提示, 活性成分和核心靶点有良好的结合能力。GO功能分析得出46个功能条目, KEGG分析得出15条通路。结论降糖消渴颗粒通过多成分、多靶点参与多种生物过程, 包括影响脂质代谢和动脉粥样硬化、AD、AMPK信号通路、Apelin信号通路、胰高血糖素信号通路, 调节葡萄糖稳态。     

基于网络药理学和分子对接技术研究清胆胶囊对胆囊结石患者血脂代谢和胆囊收缩素的影响机制研究

目的 探讨基于网络药理学和分子对接技术研究清胆胶囊对胆囊结石患者血脂代谢和胆囊收缩素的影响机制。方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)获得清胆胶囊所含中药的主要化学成分,收集其相应的靶点,借助Draw Venn Diagrams工具完成交集基因的绘制,利用Gytoscape 3.7.1软件进一步确定交集基因,完成核心靶蛋白相互作用(PPI)、基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析。采用Auto Dock tools 1.5.6、Auto Dock cina1.1.2完成分子对接。结果 清胆胶囊主要由虎杖、陈皮、大黄中药共同组成,共收集药物有效化学成分23种,预计清胆胶囊靶点461个;通过UniProt数据库将蛋白转换为基因名,通过R软件获得32个共有靶点;GO富集分析获得条目1332个;KEGG通路富集分析提示主要参与血脂代谢和胆囊收缩素等,并伴有相关信号通路异常;借助Auto Dock tools 1.5.6、Auto Dock cina1.1.2对核心蛋白与活性成分完成分子对接。结论 清胆胶囊用于胆囊结石患者中效果理想,能改善患者血脂代谢和胆囊收...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学与分子对接探索血必净治疗新型冠状病毒感染所致的ARDS的分子机制

目的:采用网络药理学和分子对接探索血必净治疗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致的急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的分子机制。方法:从数据库中筛选ARDS差异基因及血必净的有效活性成分和靶点,然后对二者的共同靶点进行基因本体(GO)富集分析及基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用STRING平台构建蛋白互作(PPI)网络模型,利用Cytoscape软件构建中药-活性化学成分-靶点-疾病网络图、靶点-富集通路网络图以筛选出核心化合物、靶点以及通路,最后对核心靶点和化合物通过分子对接进行初步验证。结果:得到ARDS差异表达基因349个,在血必净中共有125个主要活性成分和1 447个预测靶点,筛选出7个核心化合物,6个药物-疾病共同靶点,16条富集信号通路。分子对接结果显示血必净中的核心化合物与ACE2、SARS-CoV-2 3CL水解酶、AKT1、MAPK14具有较好的结合活性。结论:血必净可能通过调控AKT1、MAPK14、ACE2、VEGF信号通路、色氨酸代谢、C型凝集素信号通路等多靶点、多途径发挥对SARS-CoV-2导致的ARDS的治疗作用。     

枸杞子-丹参药对治疗视网膜色素变性的分子机制探讨

目的:基于网络药理学和生物信息学方法探讨枸杞子-丹参(LFSMR)药对治疗视网膜色素变性(RP)的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选和预测LFSMR药对可能的入血活性成分和作用靶点;通过疾病基因数据库挖掘视网膜色素变性相关的基因靶点;采用功能蛋白联合网络数据库(STRING)绘制成分-靶点和疾病-靶点的蛋白质-蛋白质交互作用(PPI)网络,并取这两个网络的交集;运用注释、可视化和整合发现数据库(DAVID)对交集网络进行基因本体和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;采用cyto Hubba分析筛选关键靶点。结果:在TCMSP数据库共检索出与LFSMR相关的活性成分390个,根据药代动力学参数筛得活性成分110个,进一步筛选获得19个入血活性成分,并检索出与这些成分相关的靶点208个;从疾病基因数据库获得与RP直接相关的基因206个;成分靶点和疾病靶点PPI网络取交集后得到79个基因;这些基因主要涉及蛋白自体磷酸化、转录调节、细胞增殖等生物学过程,分子功能主要涉及三磷酸腺苷结合、转录因子活性、核心启动子结合等,富集于核质、转录因子复合物、细胞核、细胞质等区域,主要与神经营养素信号通路,细胞周期相关通路,Wnt信号通路有关;进一步分析筛选得到LFSMR治疗RP的8个关键性基因靶点。结论:LFSMR药效作用的物质基础为多孔甾醇、丹参酮ⅡA等19个入血活性成分,其治疗RP的关键靶点包括E2F转录因子1(E2F1),视网膜母细胞瘤基因1(RB1)等8个基因,主要作用机制与调控神经营养素信号通路、细胞周期相关通路等信号网络有关。