硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3对肿瘤患者生存预后的影响

目的 探讨硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3(TXNRD3)在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响。方法 利用基因型-组织表达研究项目数据库、癌症细胞系百科全书数据库和癌症基因组图谱数据库,从硒蛋白基因TXNRD3出发,探讨其在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响,探讨TXNRD3与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性,以及与免疫新抗原、免疫检查点、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性等的相关性,根据TXNRD3基因表达水平将人类肿瘤样本分为高、低表达组,并且对其进行生物功能和信号通路的富集分析。结果 多个数据库的差异分析结果显示TXNRD3在15种肿瘤中高表达。生存分析显示TXNRD3与胰腺癌患者预后不良显著相关。此外,TXNRD3的表达水平与肿瘤免疫浸润相关,也与免疫新抗原、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性相关。TXNRD3影响DNA错配修复基因的表达。通过基因集富集分析显示TXNRD3参与调节许多涉及肿瘤代谢和肿瘤免疫的信号通路。结论 TXNRD3在肿瘤中广泛表达,TXNRD3对多种肿瘤的生存预后和治疗具有临床价值,揭示了TXNRD3在肿瘤靶向治疗中的潜力,表明TXNRD3在多种肿瘤中是一种很有前景的肿瘤预测生物标志物。     

肾透明细胞癌hsa-miR-193a的生物信息学分析及靶基因预测

目的：分析肾癌组织中miR-193a的表达情况,预测其靶基因,探讨其参与恶性肿瘤调控的分子机制。方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库,分析miR-193a在肾透明细胞癌组织与正常组织之间的表达差异。利用Kaplan-Meier plotter数据库,对存在差异表达miR-193a的肾透明细胞癌患者进行生存分析。采用TargetScan7.2、miRDB、PicTar和miRTarBase进行靶基因预测,利用metascape网络在线分析数据库对hsa-miR-193a-3p的靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果：miR-193a在肾透明细胞癌等多种肿瘤中表达上调,且其表达量与患者总生存时间存在显著负相关。hsa-miR-193a-3p靶基因GO功能主要包括发育过程、细胞成分组织或生物发生、生物过程的正负调节、节律过程等,KEGG信号通路主要富集在肾细胞癌、PI3K-Akt信号通路等方面。结论：hsa-miR-193a-3p可能通过调控多个靶基因参与肾透明细胞癌发生发展相关信号通路的调节,是一个非常具有研究价值的生物学靶标。     

GTSE1在肝癌中的表达及其对预后和免疫浸润的影响

目的 研究G₂/S期应答相关蛋白1(G₂ and S phase-expressed protein 1,GTSE1)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达、免疫学作用和预后分析,及其潜在作用机制。方法 使用公共数据库癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)提供的数据,用Kaplan-Meier、肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库和基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库进行GTSE1基因表达、免疫学作用及预后分析,通过免疫组化实验验证GTSE1在临床样本中的表达,应用R软件对GTSE1相关差异基因进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析。结果 GTSE1在人类癌组织中显著高表达,且与肝细胞癌预后不良显著相关(P＜0.05);GTSE1基因表达与HCC中浸润性免疫细胞的丰度显著相关(P＜0.001)。GTSE1相关的差异表达基因主要富集于核分裂、细胞器裂变、离子通道活性等基因模块;其参与的信号通路主要包括神经活性配体-受体的相互作用、细胞周期等。结论 GTSE1在HCC中的表达显著上调并与患者预后不良显著相关,且在免疫细胞浸润中发挥重要作用,可作为HCC的预后标志物和免疫治疗靶点。     

基于生物信息学方法分析R-spondin3在乳腺癌中的表达及其预后价值

目的 探讨R-spondin3(RSPO3)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法 应用TIMER、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profilling in-teractive analysis 2, GEPIA2)、人类蛋白质表达图谱(Human Protein Atlas, HPA)等数据库分析RSPO3在乳腺癌组织和癌周正常组织中的差异表达,并分析其表达水平与乳腺癌病理学参数之间的相关性;GEPIA2数据库探讨RSPO3转录本在乳腺癌中的表达及其结构特征;Kaplan-Meier Plotter绘制RSPO3与乳腺癌患者的预后生存曲线;运用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等对其进行基因功能富集分析和代谢通路分析;应用TIMER数据库分析RSPO3的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。结果 RSPO3在乳腺癌中呈低表达,且其表达水平与乳腺癌患者的年龄、肿瘤最大径、分子分型相关,在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的预后不良相关;GO功能富集分析显示,RSPO3相互作用的基因主要富集于免疫细胞及其受体等参与的生物学过程;免疫细胞浸润分析结果显示,RSPO3在乳腺癌组织中的表达水平与CD8⁺ T细胞、CD4⁺ T细胞、CD4⁺记忆T细胞、巨噬细胞、B细胞等的浸润水平呈正相关,而与调节性T细胞(Treg细胞)的浸润水平呈负相关;KEGG代谢通路分析显示,RSPO3可能参与Wnt/β-catenin通路。结论 在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的不良预后相关,其可能通过抑制免疫细胞浸润及活化Wnt/β-catenin通路参与乳腺癌的进展。     

泛癌中SLC7A7表达的预后意义及其与免疫微环境的关系

SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标.     

PLCE1表达对肝细胞癌、乳腺癌、肺癌患者预后的评价意义

目的:探讨PLCE1与肝细胞癌、乳腺癌和肺癌的临床病理特征的关系;评价PLCE1对肝细胞癌、乳腺癌和肺癌预后评价的意义。方法:收集NCBI的肿瘤公共数据集,对手术患者肿瘤样本表达谱资料及其对应的临床信息进行病理指标的回顾性分析(卡方检验)和生存期分析(Kaplan-Meier法);利用基因集富集分析(GSEA)方法分析预测受PLCE1调控的相关基因。结果:在肝细胞癌中,高表达PLCE1的样本与高转移能力预测特征表达谱显著相关;在肺癌中,在不同性别、T分期、淋巴结浸润状态的分组中,PLCE1的表达均有显著差异;PLCE1高表达的肝细胞癌和乳腺癌患者预后更差,PLCE1低表达的肺癌患者预后更差;在不同肿瘤中,PLCE1高表达的肿瘤样本富集了不同的癌症相关基因。结论:PLCE1在不同类型肿瘤中的功能不同,其在肝癌和乳腺癌中为癌基因,在肺癌中为抑癌基因;造成PLCE1功能异质性的原因可能是PLCE1在不同类型组织中调控了不同的癌症相关基因和信号通路。     

肾透明细胞癌组织VEPH1表达降低并与不良预后相关

目的: 研究心室区表达PH域的蛋白质同源物1 (ventricular zone-expressed PH domain-containing protein homolog 1,VEPH1)在肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）组织中的表达及其对患者预后的预测价值。方法: 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集KIRC数据集,下载VEPH1基因表达谱资料及临床信息资料。人类蛋白质图集数据库下载VEPH1免疫组化结果,比较肿瘤和正常组织中VEPH1蛋白表达。分析VEPH1表达与KIRC患者预后的关系。Cbioportal数据库分析VEPH1表达降低的原因。基因集富集分析（GSEA）方法预测KIRC组织中VEPH1 mRNA表达高低相关的通路。结果： KIRC肿瘤组织中VEPH1 mRNA与蛋白表达水平显著低于癌旁组织;且表达越低,患者总生存期越短。VEPH1 mRNA在KIRC患者肿瘤组织中表达降低,不是由基因的错译或者突变引起。高表达VEPH1的KIRC样本,在KEGG通路富集分析显示,VEPH1在多种氨基酸、糖以及脂肪代谢相关的通路上显著富集。结论： VEPH1在KIRC肿瘤组织中低表达,可能是通过影响肿瘤微环境多种代谢通路,进而影响患者的预后。     

基于数据库挖掘探究JAK3在头颈鳞状细胞癌中的预后评估价值

目的通过生物信息学方法分析Janus激酶3(JAK3)在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达及预后的评估价值。方法从TCGA数据库获取正常组织及HNSCC组织中JAK3的表达数据,分析JAK3在HNSCC中的共表达基因,利用GSEA算法,分析确定JAK3参与的生物学过程及功能采用Survival和Survminer R软件包进行Kaplan-Meier分析,评估预后价值。通过CIBERSORT对免疫细胞浸润进行量化,分析免疫细胞浸润与JAK3表达的关系,JAK3基因与免疫检查点基因表达量的相关性,使用Estimate包对肿瘤样品免疫微环境打分。分别运用TCIA数据库和pRRophetic包评估PD-1、CTLA4免疫治疗的反应和4种化疗药物的疗效。结果JAK3在HNSCC中存在高表达现象,与JAK3的共表达基因主要涉及免疫系统中淋巴细胞CD6、LCK等相关基因,GO富集提示JAK3分布于核糖体,与细胞因子受体相互作用,富集的KEGG信号通路主要与B细胞受体通路、抗原受体介导的信号等通路相关,患者的生存时间与JAK3表达量呈正相关。免疫治疗PD-1对于JAK3高表达组更敏感。结论JAK3在HNSCC中高表达,与HNSCC预后密切相关,并与免疫治疗的疗效相关,可作为HNSCC预后预测的标志物之一,并指导个体化治疗。     

基于生信数据的Toll样受体4泛癌分析

目的 探讨Toll样受体4(toll-likereceptors,TLR4)在不同癌症类型的表达水平、预后结果、免疫浸润等。方法使用GEO数据库、TCGA数据库、人类蛋白质图谱(humanproteinatlas,HPA)和多种生物信息工具对TLR4进行泛癌分析,从分子水平、基因表达水平、生存状态、免疫浸润、基因突变以及相关细胞代谢途径等方面来探讨TLR4在不同类型癌症发生发展和癌症患者临床预后中的作用。结果 TLR4在大多数癌症中呈现低表达(P<0.05),并且与癌症患者的预后有一定的相关性(P<0.05),TLR4在多数癌症的表达与癌相关成纤维细胞(cancer-associatedfibroblasts,CAFs)浸润有关。TLR4参与到免疫应答、DNA转录调控、肿瘤增殖、凋亡、翻译后修饰和自噬等多种生物过程。结论TLR4表达与癌症患者临床预后和免疫细胞浸润存在统计学相关性,这将有助于人们从临床角度认识TLR4在癌症发生发展中所扮演的角色。     

泛癌中FGFR3表达的预后意义及其免疫调节作用

目的 通过生物信息学方法研究FGFR3基因在人肿瘤组织内基因及蛋白表达,探究其对肿瘤临床预后评估价值。方法 利用TIMER2和GEPIA2数据库分析FGFR3基因在肿瘤组织中的表达情况和预后情况;利用cBioPortal数据库和R包分析FGFR3基因变异数据;利用TIME2分析FGFR3表达与肿瘤细胞免疫浸润之间的关系;使用STRING,GEPIA2,Veen网站和R包进行FGFR3相关基因富集分析。结果 FGFR3在绝大多数肿瘤中高表达,与膀胱尿路上皮癌、肺腺癌等肿瘤的临床分期呈正相关。FGFR3最主要的变异类型是错义突变,在膀胱尿路上皮癌中的突变频率最高,FGFR3突变与膀胱尿路上皮癌患者预后差有关,FGFR3扩增与肾上腺皮质癌、子宫癌肉瘤患者预后差有关。在结肠癌、睾丸癌等肿瘤中FGFR3表达与癌相关成纤维细胞的浸润呈负相关。FGFR3可能通过“MAPK信号通路”和“PI3K-Akt信号通路”参与肿瘤的发生发展。结论 FGFR3表达与临床预后、基因突变、肿瘤细胞免疫浸润间存在相关性。FGFR3可能成为肺腺癌、子宫癌肉瘤、结肠癌、肝癌等肿瘤的新的预后标志物及诊疗的潜在靶点,并在一定程...     

Raf激酶家族在泛癌中的表达、预后及功能研究

目的 探讨泛癌中Raf激酶家族成员表达对患者预后及肿瘤微环境的影响。方法 从TCGA数据库下载泛癌的基因组、转录组及临床数据。分析泛癌中Raf激酶家族的表达水平,在细胞系及组织中验证,并探讨Raf激酶家族基因的表达与肿瘤基质、免疫评分、RNA干性评分(RNAss)、DNA干性评分(DNAss)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)及药物敏感性的相关性。结果 多种肿瘤中,A-Raf、B-Raf、Raf-1癌细胞系和癌组织中的表达与正常细胞系、癌旁组织有差异,Raf激酶家族成员表达水平与患者的预后、肿瘤基质、免疫评分、RNAss、DNAss、MSI及TMB呈显著相关。Raf激酶家族基因的表达水平与某些药物的敏感性有关。结论 Raf激酶家族成员在多种肿瘤进展中起重要作用。     

PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术分析PDLIM2对前列腺癌（PCa）预后的影响，并深度挖掘其基因功能。方法利用UCSCXena数据库下载癌症基因组图谱PCa数据，分析并验证PCa组织与癌旁正常组织中PDLIM2表达差异，比较PDLIM高、低表达组患者总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。利用LinkedOmics数据库对PDLIM2共表达基因进行基因本体富集分析，利用相关数据库基因模块分析PDLIM2与肿瘤免疫细胞浸润程度、肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫检查点（ICP）基因表达及肿瘤干性评分的相关性。结果与癌旁正常组织相比，PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平较低（P＜0.05），而PDLIM2启动子区域甲基化水平较高（P＜0.05）；且PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与Gleason评分、分子分型均有关（均P＜0.05）。生存分析显示，PDLIM2高表达者PFS明显短于PDLIM2低表达者（P＜0.05）；而PDLIM2高、低表达者OS比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。PDLIM2mRNA表达与TSPAN4、LGALS1、GAS6、GYPC、LYL1等12198个基因均呈正相关（均P＜0.05），与SMARCC1、HOOK1、ZNF24、DNAJC16、FOXA1等7852个基因均呈负相关（均P＜0.05）。与PDLIM2相关的基因主要富集在胶原代谢过程、整合素介导的信号通路、体液免疫反应、白细胞迁移、IFN-γ产生、急性炎症反应、血管生成等生物学过程。PCa组织中PDLIM2mRNA表达水平与肿瘤免疫细胞浸润程度、TMB、MSI、38个ICP基因表达及肿瘤干性评分均呈正相关（均P＜0.05）。结论PDLIM2可能成为评估PCa预后的生物学标志物和肿瘤免疫治疗的新靶点。     

基于TCGA数据库探索miR-4746-5p在肝癌中的表达及其临床意义

目的 探讨miR-4746-5p在肝癌中的表达与临床意义。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取375例肝癌组织与50例癌旁组织RNA-seq数据及对应患者的临床信息，比较其miR-4746-5p表达水平与肝癌患者临床病理特征及预后的相关性；使用单、多因素Cox回归模型评估肝癌患者预后的危险因素；应用ROC曲线评估miR-4746-5p诊断肝癌的敏感性；利用ssGSEA评估miR-4746-5p表达水平与肝细胞癌(HCC)免疫浸润水平的相关性。结果 miR-4746-5p在肝癌组织中的表达显著高于正常肝组织及癌旁组织(P<0.01),并且miR-4746-5p表达水平与肝癌患者TMN分期、组织学水平、甲胎蛋白水平、是否伴血管侵犯及年龄密切相关(均P<0.05)。高表达miR-4746-5p的肝癌患者总生存率与疾病特异性生存期明显低于miR-4746-5p低表达患者(均P<0.05)。TNM分期与miR-4746-5p表达水平是相互独立的影响肝癌患者预后的危险因素(P<0.01)。GO生物功能及KEGG富集分析提示，miR-4746-5p可能参与调节细胞分化、小GTP酶结合活性和轴突部组装等过程，其靶基因主要富集于MAPK信号通路、轴突引导信号通路、自噬信号通路；miR-4746-5p的表达水平与多种免疫细胞浸润水平(如巨噬细胞、Th2细胞、CD8 T细胞、NK细胞、中性粒细胞等)相关。此外，miR-4746-5p可能通过调控ASPG/CXCL12/IGF2/c11orf96/SEC31B轴促进HCC的发生发展并导致不良预后。结论 miR-4746-5p可作为诊断早期肝癌的标志物并对肝癌患者临床治疗及预后预测具有重要意义。     

基于数据库挖掘5种胃癌干性基因在胃癌中潜在价值研究

目的 挖掘异常表达的胃癌干性基因LGR5、CD44、ASPM、ABCG2及PSCA在胃癌诊断、治疗及预后中的潜在生物学价值。方法 UALCAN和Oncomine数据库分析LGR5、CD44、ASPM、ABCG2及PSCA的基因表达水平;借助cBioPortal分析干性基因变异及其与患者生存之间的影响;Kaplan-Meier plotter分析干性基因表达与患者生存之间的关系;LinkedOmics分析干性基因正负相关的网络基因;MetaScape数据库分析干性基因及网络基因功能注释及基因通路;IMER数据库研究干性基因与免疫细胞浸润的相关性,并分析免疫细胞对胃癌患者生存的影响。结果 胃癌组织中LGR5、CD44及ASPM mRNA水平及DNA拷贝数高于相应的正常组织（P<0.05）,ABCG2和PSCA mRNA水平低于正常组织（P<0.05）,而PSCA的DNA拷贝数高于正常组织（P<0.05）,ABCG2的DNA拷贝数无统计学意义;LGR5、CD44、ABCG2高表达组的总生存期明显短于低表达组（HR>1,P<0.05）;ASPM高表达组长于对照组（...     

ATP柠檬酸盐裂合酶在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:通过GEO公共数据库,探讨ATP柠檬酸盐裂合酶(ACLY)在多种肿瘤中的表达情况,并进一步探索其与肝细胞癌临床病理特征的关系,评价ACLY对肝细胞癌术后患者预后评价的意义,预测ACLY推动肝细胞癌发展的机制。方法:收集NCBI的肿瘤公共数据集,对表达谱资料及临床信息进行分析;利用基因富集分析(GSEA)方法,分析受ACLY调控的相关基因。结果:ACLY在多种肿瘤中高表达(P<0.05);在不同年龄、AFP、肿瘤大小、T分期、BCLC分期的肝细胞癌患者中,ACLY的表达均有显著性差异(P<0.05);ACLY的表达状态与肝细胞癌患者术后的总体生存和复发相关(P<0.05);ACLY高表达样本富集了与有丝分裂、细胞周期调控、血管生成、E2F1信号通路、myc信号通路相关的基因集。结论:ACLY在多种肿瘤中高表达,且可以作为潜在的判断肿瘤患者预后的标志物和治疗肿瘤的靶标。     

Trop-2基因在膀胱尿路上皮癌中的遗传表达和临床意义

目的 通过对癌症基因组图谱（TCGA）数据库中膀胱尿路上皮癌（BLCA）的数据挖掘，探讨Trop-2基因的表达及其临床意义，为Trop-2作为临床治疗靶点提供理论依据。方法 利用GEPIA2、cBioPortal等在线工具分析Trop-2在泛癌中的表达情况。采用HPA数据库比较正常膀胱组织与BLCA组织Trop-2的免疫组织化学染色结果，分析其蛋白表达差异。利用R4.1.2对从TCGA数据库中提取的BLCA的基因表达信息进行富集分析，以发现潜在通路。采用共表达基因分析和肿瘤免疫浸润分析，研究Trop-2在BLCA发生中的可能作用。结果 免疫组织化学染色结果证实，BLCA组织中Trop-2表达呈上调趋势，且通过参与细胞周期、p53信号通路等过程促进BLCA细胞生长、增殖和转移。肿瘤免疫浸润分析显示，Trop-2及共表达基因与B细胞呈显著正相关，而与T细胞（CD4+T细胞、CD8+T细胞）呈显著负相关，一定程度上说明了免疫过程在肿瘤发生中的作用。结论 Trop-2在BLCA中呈高表达，同时通过多种通路和免疫过程调控肿瘤的发生，因此可能成为BLCA诊断和治疗的潜在靶点。     

基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

目的：通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法：采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心（TISCH）数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源（TIMER2.0）、肿瘤免疫共基因小鼠（TISMO）、肿瘤免疫功能障碍与排斥（TIDE）和基因集癌症分析（GSCA）数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果：与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌（BRCA）、结肠腺癌（COAD）、食道癌（ESCA）、多形性胶质母细胞瘤（GBM）、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）、肾透明细胞癌（KIRC）、肾性肾乳头状细胞癌（...     

肿瘤微环境趋化因子通过与细胞因子受体互作参与HCC诱导的炎症反应

目的探讨肿瘤微环境(TM)中趋化因子参与肝细胞癌(HCC)引起的炎症反应的可能机制。方法提取肿瘤组织(TM组)和癌旁组织(对照组)总RNA并通过RNA-seq和生物信息学手段分析趋化因子相关差异表达基因的功能及其编码蛋白的互作情况,并以RT-qPCR验证实验结果。结果 TM中共有43个趋化因子相关差异表达基因,它们被富集到2个KEGG信号通路、5个生物学过程和2个细胞组分,其中大量趋化因子相关基因参与炎症反应、免疫反应、趋化性、细胞对IL-1的反应和细胞对肿瘤坏死因子的反应过程。尤其值得一提的是,涉及趋化性的7个基因(ACKR3、CCL20、CCL3、CCL5、CCR4、CCR6、PTGDR2)中,有6个参与细胞因子-细胞因子受体信号通路、5个参与免疫反应、4个参与炎症反应;涉及细胞因子-细胞因子受体信号通路的134个基因中有7个参与炎症反应。结论 TM中趋化因子通过与细胞因子受体互作的方式参与HCC诱导的炎症反应。     

生物信息学分析SLC10A1在肝细胞癌的临床意义和作用机制

目的 探讨溶质载体家族10成员1 (SLC10A1)在肝细胞癌(HCC)中的表达、作用机制及免疫浸润特征。方法 利用肿瘤和癌症基因组图谱数据库和高通量基因表达数据库中的HCC数据信息,分析SLC10A1的表达与HCC临床病理特征、生存期之间的关系,Western blotting验证其在HCC组织中的表达水平;利用“DESeq2”差异表达分析和基因集富集分析探讨其潜在作用机制;TISIDB和TIMER数据库用于免疫浸润分析。结果 SLC10A1在HCC中显著低表达,低表达SLC10A1的HCC患者总体生存期、疾病特异性生存期和无进展生存期更短,临床预后不良。组成型雄烷受体通路、硫氨基酸代谢、过氧化物酶体脂质代谢和脂肪酸Ω氧化等胆汁酸代谢相关通路是SLC10A1参与HCC进展的潜在机制。SLC10A1表达与细胞毒性T细胞、辅助型T细胞1、辅助型T细胞2、滤泡辅助性T细胞和巨噬细胞浸润呈负相关关系。结论 SLC10A1在HCC中低表达,其表达降低致使HCC患者预后差、复发率高,胆汁酸代谢相关通路失调、免疫逃逸促进可能是SLC10A1参与HCC发生发展的关键途径。     

基于TCGA和GEO数据库分析FOXD1在口腔鳞状细胞癌中的表达和临床意义

目的通过对TCGA和GEO数据库中口腔鳞状细胞癌(OSCC)的数据挖掘,探讨FOXD1基因的表达及临床意义。方法从TCGA和GEO数据库中提取FOXD1在OSCC组织及正常组织的表达信息,分析FOXD1表达与临床特征的关系及预后相关性。采用ESTIMATE和CIBERSORT算法,评估FOXD1高表达组和低表达组肿瘤微环境中基质评分、免疫评分和免疫细胞浸润水平的差异。利用基因集富集分析(GSEA)预测FOXD1相关的生物学功能和信号通路。结果 TCGA和GEO数据集分析发现FOXD1表达在OSCC组织中显著上调(P <0.001)。FOXD1表达与与不良预后相关(P <0.05)。FOXD1表达变化影响肿瘤微环境中M1型巨噬细胞,未活化树突状细胞、活化肥大细胞和滤泡辅助性T细胞的水平。结论 FOXD1在OSCC中呈高表达,且与不良预后相关,FOXD1基因可能是原癌基因,因此可作为OSCC诊断和治疗的潜在靶点。