基于网络药理学与分子对接探讨黄芪治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:预测黄芪对溃疡性结肠炎(UC)的可能作用靶点与机制,为临床应用黄芪治疗UC的后续研究提供参考.方法:经中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)和UniProt KB数据库检索黄芪的活性成分及其对应靶点基因,经Gene Cards数据库检索UC疾病相关靶点基因,借助Venny 2.1.0在线作图工具获取黄芪与UC...     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学探讨李氏溃结方治疗溃疡性结肠炎的分子机制

利用网络药理学及分子对接方法探究李氏溃结方治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)分子机制。从中药系统药理学分析平台TCMSP挖掘李氏溃结方中13味中药相关的化学成分和作用靶点;通过OMIM数据库、DisGeNet数据库及GeneCards数据库筛选UC的预测靶点。利用Cytoseape 3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络;基于String数据库,构建李氏溃结方治疗UC靶点互作网络,根据拓扑学参数筛选李氏溃结方治疗UC的核心靶点。利用R包clusterprofile对交集基因进行转换,对疾病与药物交集靶点进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路注释分析。结果发现,李氏溃结方化合物-UC-靶点网络包含149个化合物和相应靶点108个,核心靶点涉及信号转导与转录激活因子3、白介素6、肿瘤坏死因子、C-X-C趋化因子配体8、白介素2等。GO功能富集分析得到2 371个GO条目; KEGG富集筛选得到155条通路,主要涉及炎症性肠病信号通路、PI3K-AKT信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路等。结果显示:关键药效分子与核心靶点...     

基于网络药理-分子对接研究附子理中丸治疗溃疡性结肠炎的作用机制

利用网络药理学和生物信息学技术预测附子理中丸治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的作用机制。选取附子理中丸中26个入血成分(23个原型化合物及3个代谢产物)为研究对象,利用PharmMapper数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和OMIM数据库筛选及预测附子理中丸入血成分的潜在作用靶点;运用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络模型;运用DAVID平台、KEGG及Reactome数据库对潜在靶点进行GO分析和通路分析;应用Cytoscape软件构建"药物成分-作用靶点-作用通路"网络;使用AutoDock vina软件对入血成分与关键靶点进行分子对接。结果得到附子理中丸治疗UC的潜在靶点82个,靶点主要涉及有机物反应、细胞凋亡的调节、细胞程序性死亡的调控等生物过程,通过参与癌症、结直肠癌、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor, VEGF)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)...     

体外培育熊胆粉对小鼠中枢神经系统作用的一般药理学研究

目的 观察体外培育熊胆粉对小鼠中枢神经系统的影响。方法 小鼠分别灌胃低（0.8 g·kg^-1）、中（2.5 g·kg^-1）和高（8.0 g·kg^-1）剂量的体外培育熊胆粉,观察药物对小鼠一般行为和自发活动、协调运动及阈下睡眠剂量戊巴比妥钠协同作用的影响。结果 在本试验条件下,给予体外培育熊胆粉后小鼠无异常行为,对自发活动及协调运动无明显影响,与阈下剂量的戊巴比妥钠无协同作用。结论 在所设计的剂量水平下,体外培育熊胆粉对小鼠中枢神经系统未见明显影响。这些结果进一步扩展了我们对体外培育熊胆粉安全性的认识。     

地皮菜抗三阴性乳腺癌作用活性成分的发现与靶点验证

目的 采用网络药理学方法和分子生物学实验探究地皮菜抗三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer,TNBC）的活性成分与靶点。方法 查阅文献并结合实验室前期研究收集地皮菜的活性成分,采用Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测,TTD、Genecards和OMIM数据库获取TNBC靶点。应用STRING在线平台进行蛋白互作,使用Metascape数据库进行KEGG信号通路和GO基因功能富集分析。通过AutoDock软件将地皮菜成分N-乙酰基色胺与靶点AKT1进行分子对接。采用Annexin V-FITC/PI双染色法检测地皮菜活性成分对乳腺癌细胞凋亡的影响。利用RT-qPCR和Western blotting检测地皮菜活性成分抗TNBC的作用机制。结果 网络药理学结果发现N-乙酰基色胺、Scytonemin和Nostocionone等8个有效成分,涉及细胞信号传导和AKT1、STAT3、CCND1等75个关键靶点。KEGG信号通路和GO基因功能富集分析结果涉及癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示N-乙酰基色胺与AKT1的亲和作用较好。N-乙酰基色胺对乳腺癌细胞没有明显的促凋亡作用,Western blotting结果显示N-乙酰基色胺下调了AKTI的蛋白表达量。RT-qPCR结果显示N-乙酰基色胺可以有效降低乳腺癌细胞AKT1的mRNA表达。结论 N-乙酰基色胺可能通过抑制AKT1信号通路抑制TNBC细胞增殖,从而发挥抗TNBC作用。     

冻干熊胆粉的降脂作用谱效关系及分子对接研究

目的：通过谱效关系分析,探究冻干熊胆粉(NBBP)降脂作用的物质基础,为其质量控制提供一定参考。方法：建立7个厂家12批次冻干熊胆粉的HPLC指纹图谱,通过相似性分析和系统聚类分析评价产品的质量差异性;油酸钠/棕榈酸钠诱导HepG2体外高脂模型考察冻干熊胆粉的降脂药效;采用偏最小二乘回归分析（PLSR分析）和灰色关联分析（GRA分析）进行谱效学研究;最后利用分子对接技术验证了冻干熊胆粉的降脂作用。结果：建立了冻干熊胆粉的HPLC指纹图谱,标定了9个共有峰,指认其中的3个共有峰;质量分析和体外降脂实验表明,不同厂家冻干熊胆粉共有峰峰面积及药效作用存在一定差异;谱效关系研究显示,指纹谱图中的峰3（牛磺熊去氧胆酸,TUDCA）、峰7（牛磺鹅去氧胆酸,TCDCA）、峰1和峰2对应的物质具有降脂作用。分子对接结果显示TUDCA、TCDCA和过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)、肝X受体（LXRs）等靶点有较强的结合活性。结论：通过谱效关系和分子对接技术,阐明了冻干熊胆粉降脂的药效物质基础,为其临床合理应用和质量控制提供了一定的参考依据。     

红景天苷对缺血性脑损伤大鼠的作用

目的 基于超高效液相色谱-电喷雾-串联质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术研究红景天苷(salidroside, Sal)的血脑屏障(blood brain barrier, BBB)穿透性,并通过网络药理学、分子对接技术和动物实验探讨Sal治疗缺血性脑卒中(ischemic stroke, IS)的作用靶点及机制。方法 利用UPLC-ESI-MS/MS技术研究Sal的BBB穿透性;运用多个数据库预测Sal的作用靶点和IS的疾病靶点,构建PPI网络并筛选核心靶点,进行GO和KEGG富集分析,并通过分子对接技术和动物实验进行验证。结果 Sal给药正常大鼠和MCAO大鼠后,血浆和脑组织中均检测到Sal原形和代谢物酪醇;网络药理学共筛选出Sal治疗IS的作用靶点191个,GO功能富集分析主要涉及蛋白水解、细胞迁移的正调控等生物过程;KEGG通路分析提示PI3K-Akt、MAPK、FOXO等信号通路在Sal治疗IS过程中发挥关键作用;分子对接结果显示,Sal与对接的核心靶点均有良好的结合能力;动物实验结果表明,Sal可以明显改善MCAO大鼠的神经功能损伤,明显增加缺血侧Nissl阳性细胞的...     

化瘀通络汤对大鼠实验性溃疡性结肠炎黏附分子的影响

为观察化瘀通络汤治疗大鼠实验性溃疡性结肠炎(UC)的疗效及其对黏附分子的影响,探讨化瘀通络汤治疗UC的机制和UC的发病机制,将大鼠按体重随机分为化瘀通络组、柳氮磺胺吡啶(SASP)组、模型对照组和正常对照组。除正常对照组外其余3组均采用复合法制作UC大鼠模型。各组连续治疗4周后,取外周血测血清P-选择素、细胞间黏附分子-1(ICAM-1)和白介素-6(IL-6)水平,并对肠黏膜损伤评分进行比较。结果表明,模型对照组大鼠血清P-选择素(38.5±4.40 ng/ml)、ICAM-1(147.6±27.3 nmol/L)和IL-6水平(345.3±41.65 g/ml)及肠黏膜损伤评分(5.88±1.89)较正常对照组、化瘀通络组(分别为18.1±3.8 ng/ml、49.0±16.0 nmol/L、99.2±14.0 pg/ml和3.25±0.89)和SASP组(分别为19.4±4.1 ng/ml、46.5±14.7 nmol/L、101.4±19.6 pg/ml和3.14±1.07)显著升高,而化瘀通络组和SASP组(分别为15.8±2.3 ng/ml、30.7±9.4 nmol/L、43.7±9.1 pg/ml和0)无显著差异。结论:黏附分子在UC的发病中,扮演重要角色。化瘀通络汤治疗UC有效,其治疗机制可能为下调黏附分子的表达和阻抑血小板的活化,进而调整免疫炎症反应。     

芒果苷对实验性结肠炎小鼠的保护作用

目的 探讨芒果苷对小鼠实验性溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的保护作用和机制.方法 将C57BL/6小鼠随机分为4组(n=10):正常对照组、模型组、柳氮磺胺吡啶组(SASP,350 mg·kg-1,腹腔注射)以及芒果苷组(MA,50 mg·kg-1,灌胃).除正常对照组外,其他组小鼠均以饮用水中添加葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)造模.SASP组和MA组分别于造模前2 d每日给予SASP和MA直到实验结束.于造模7 d处死小鼠,对结肠行HE染色后进行组织损伤和炎性细胞浸润评分,以ELISA方法检测结肠黏膜髓过氧化物酶(MPO)活性和TNF-α水平.结果 模型组小鼠的病理损伤和评分、MPO活性和TNF-α水平均明显高于正常对照组,MA组上述指标比模型组明显改善,但改善效果不如SASP组明显.结论 芒果苷可以减轻实验性UC小鼠的结肠黏膜损伤,其UC保护作用机制可能与其抑制中性粒细胞浸润和减少炎症细胞因子产生有关.     

基于网络药理学和分子对接探究葛根调控溃疡性结肠炎的分子机制

目的 通过网路药理学和分子对接探讨葛根调控溃疡性结肠炎的作用机制.方法 通过TCMSP数据库、Uniprot数据库检索葛根有效成分及靶点,通过OMIM、DisGeNET、DrugBank及GeneCards数据库检索溃疡性结肠炎的靶点.采用Cytoscape 3.8.2软件构建"药物–成分–靶点–疾病"关系网络,并将葛...     

基于网络药理学及分子对接探讨山楂改善代谢性高血压的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨山楂改善代谢性高血压（metabolic hypertension,MH）的物质基础及作用机制。方法 利用HERB、ETCM数据库并结合文献调研收集山楂成分;通过SwissTargetPrediction、GeneCards等数据库筛选山楂的全部成分改善MH的靶点;借助Cytoscape软件构建山楂“活性成分-靶点-疾病”网络;利用DAVID进行GO富集及KEGG通路分析;并借助Autodock软件对核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 从山楂中筛选出89个活性成分,作用于84个靶点,其中山楂改善MH的核心活性成分为山楂酸、阿里红酸B、亚麻酸、亚油酸、甲基正壬酮、芹菜素、熊果酸等;核心靶点为CYP19A1、PPARA、ESR1、PTGS2、PPARG、NR3C1、MMP9、TNF等;作用机制主要涉及炎症、糖脂代谢、血管内皮功能等多条信号通路;分子对接显示山楂核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 山楂可能通过多成分调节TNF、IL-17、AGE-RAGE、HIF-1、cGMP-PKG等多条信号通路,进而抑制炎症反应、改善糖脂代谢异常、改善血管内皮功能等综合发挥改善MH的作用。     

基于代谢组学和网络药理学方法探讨芪参益气滴丸改善心衰大鼠心脏能量代谢的作用机制

组学与生物信息学为中药机制研究带来了新的思路。本研究采用代谢组学和网络药理学联合策略探讨芪参益气滴丸(Qishen Yiqi dropping pill, QDP)改善心力衰竭(heart failure, HF)大鼠心脏能量代谢的药效物质基础及网络调控机制。1H NMR代谢组学分析从HF大鼠心脏组织中发现肉碱、谷氨酰胺、肌酸、脯氨酸、高瓜氨酸、乳酸、牛磺酸和丙氨酸等8个代谢物在QDP治疗后显著回调,表明QDP调控糖、脂、ATP和蛋白质代谢等过程。动物实验操作均遵循中国医学科学院药物研究所实验动物管理与动物福利伦理委员会的规定。利用网络药理学建立“药物-成分-靶点-疾病”网络,并结合代谢组学结果提取与上述代谢过程相关的“成分-靶点”子网络,显示了QDP调节能量代谢潜在的47个作用靶点和79个化学成分,提炼了熊果酸、三七皂苷、人参皂苷等关键化学成分与INS、PPARG、AKT1等核心靶点,同时也从能量代谢的角度展示了QDP与HF之间多靶点、多成分的复杂作用关系。分子对接技术验证了部分靶点与化学成分良好的相互作用,其结合能均小于-5 kcal·mol^-1。本研究结果为...     

乌司他丁对大鼠实验性溃疡性结肠炎的作用

目的 探讨乌司他丁对大鼠实验性溃疡性结肠炎(UC)的作用及机制.方法 120只SD大鼠随机分为4组,每组各30只.使用三硝基苯磺酸钠( TNBS)建立UC模型,Ⅰ组不使用乌司他丁,为造膜对照组;Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组分别于造模0、6、12 h使用乌司他丁,剂量为2万单位/kg,为研究组.检测分析各组肠静脉内毒素、肿瘤坏死因子α(TNF-α)和UC模型症状积分(实验开始24、72、168 h各观察10只大鼠).结果 ①在实验各时段,使用乌司他丁组UC大鼠病变积分均低于Ⅰ组(均P＜0.05),且24、72 h时Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组差异均有统计学意义[24 h:(1.8±0.4),(2.7±0.3),(3.0±0.1);72 h:(3.7±2.3),(4.2±1.2),(5.0±0.9),均P＜0.05],但168 h时Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组未见明显差异.②使用乌司他丁组肠静脉内毒素含量在实验各时期内均低于Ⅰ组,24h时Ⅱ组与Ⅲ组、Ⅳ组之间差异均有统计学意义[(97.7±11.7) ng/L比(117.1±9.7) ng/L,( 124.3 ±4.9) ng/L,均P＜0.05],72、168 h时Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组肠静脉血内毒素含量差异无统计学意义.③24h时Ⅱ组TNF-α低于Ⅰ组及Ⅲ、Ⅳ组[(6.7±2.6) pg/100 μg比(13.5±1.7),(11.8±2.8),(12.4±2.7)pg/100 μg,均P＜0.05)],但72、168 h使用乌司他丁各组低于Ⅰ组.结论 乌司他丁对TNBS导致的大鼠UC有明显防护作用,其机制可能通过抑制内毒素水平而降低免疫异常水平.     

甘草酸对幼鼠实验性结肠炎的治疗作用及其机制研究

目的探究甘草酸对幼鼠实验性结肠炎的治疗作用及其作用机制。方法将75只SD大鼠幼鼠随机分为对照组、模型组、柳氮磺胺吡啶组(0.5 g/kg)和甘草酸40、160 mg/kg组,每组各15只,制备实验性结肠炎模型的同时分别灌肠给药,连续7 d。观察大鼠一般情况,HE染色法观察大鼠结肠组织病理学变化并进行疾病活动指数(DAI)评分、黏膜损伤指数(CMDI)评定,酶联免疫法测定血清中白介素-4(IL-4)、白介素-17(IL-17)、白介素-1β(IL-1β)水平,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、Western blotting法检测大鼠结肠组织中NLRP3、白介素-1β(IL-1β)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)、半胱天冬酶(caspase-1)表达。结果与模型组比较,甘草酸组幼鼠体质量逐渐增加,症状改善;炎症细胞浸润有所减少,腺体破坏程度降低;DAI评分、CMDI评分均降低,呈剂量相关性(P0.05);IL-4水平升高,IL-17、IL-1β水平降低,呈剂量相关性(P0.05);NLRP3、ASC、caspase-1、IL-1βmRNA表达和蛋白表达均降低,呈剂量相关性(P0.05)。结论甘草酸能够治疗大鼠实验性结肠炎,可能与抑制NLRP3通路蛋白表达、降低炎症因子水平有关。     

基于网络药理学探讨龙血竭治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 基于网络药理学初步探讨预测龙血竭治疗溃疡性结肠炎的主要有效成分、潜在作用靶点及信号通路,为实验研究及临床应用提供参考依据.方法 2021年3月通过网络药理学的各大数据库获取龙血竭成分及靶点、溃疡性结肠炎靶点,筛选出二者的共同靶点,构建蛋白互作网络和龙血竭治疗溃疡性结肠炎的"成分-靶点-疾病"交互网络图并加以处理分...     

基于网络药理学和分子对接技术解读川皮苷改善代谢综合征的作用机制（英文）

采用网络药理学方法探讨川皮苷改善代谢综合征的作用机制。首先利用TCMSP、TCMIP、TCMID、ETCM、HERB、NPASS和NPACT等数据库获取川皮苷作用靶点;在Dis Ge NET、Drug Bank等6个数据库中获取代谢综合征的相关靶点,筛选出与川皮苷作用靶点的共同部分构建PPI网络,并利用R语言对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;最后对川皮苷和关键疾病靶点进行分子对接验证。结果收集到川皮苷作用靶点105个,代谢综合征相关靶点1975个。上述靶点取交集,获得了60个川皮苷改善代谢综合征的潜在靶点。PPI分析发现,川皮苷改善代谢综合征的关键靶点为TP53、MAPK8、AKT1、GSK3B、HSP90AA1、CTNNB1、JUN、AR、ESR1、CCND1、HRAS、TNF和PPARA。功能富集分析发现,脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路在川皮苷改善代谢综合征过程中发挥重要作用。分子对接结果显示,川皮苷与上述13个核心基因具有很强的亲和力。综上所述,推测川皮苷通过脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路发挥改善代谢综合...     

基于网络药理学探究银杏叶治疗脑梗死的潜在作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨银杏叶治疗脑梗死(CI)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶高度活性化学成分,预测潜在靶点;通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传数据库、DisGeNET、治疗靶点数据库和Drugbank数据库检索CI相关靶点.通过Uniprot数据库转换银杏叶有效成分潜在...     

基于网络药理学与分子对接技术研究刺五加总苷改善睡眠的药理机制

目的 通过网络药理学与分子对接技术探讨刺五加苷改善睡眠的药理机制。方法 通过文献归纳刺五加总苷的化学成分，借助GeneCards数据库预测刺五加苷以及失眠的相关靶点；使用Cytoscape软件构建成分-靶点图；利用Metascape对相关靶点进行GO和KEGG富集分析。使用AutoDock和PyMOL软件对成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 刺五加总苷中共筛选49种已知结构的化合物成分以及其对应的168个靶点，67个靶点与改善睡眠相关。核心靶点主要有TNF、GAPDH、VEGFA等，涉及的主要信号通路有神经活性配体-受体相互作用、血清素突触、钙离子信号通路等；分子对接结果表明核心成分与关键靶点均可自发结合，并且有较高的结合活性。结论 刺五加苷类成分与TNF、GAPDH、VEGFA等靶点相互作用，通过血清素突触、钙离子信号通路、PI3K-Akt等多个信号通路参与炎症、神经内分泌调节等发挥改善睡眠的作用。