构建编码基因-非编码RNA调控网络挖掘前列腺癌潜在致病因子

目的 基于前列腺癌的编码基因-非编码RNA调控网络识别潜在的生物标记物.方法 利用前列腺癌的lncRNA、miRNA和mRNA表达谱数据及它们与转录因子之间的靶向关系,构建编码基因-非编码RNA三维调控网络,挖掘ceRNA子网,识别潜在竞争性的lncRNA并筛选前列腺癌潜在的致病因子.结果 从ceRNA子网中识别出4个lncRNA竞争性的结合了5个miRNA间接调控了63个基因的表达,功能预测这些lncRNA参与了激素调节;基于网络拓扑属性,挖掘出一个包含了16个lncRNAs、2个miRNAs、4个mRNAs的生物标记物.结论 多种调控因子如TF、lncRNA、miRNA、mRNA共同作用影响前列腺癌的发生发展,其中有些lncRNA作为ceRNA来发挥基因表达调控的作用.     

基于全转录组技术研究慢性应激抑郁模型中微小RNA、长链非编码RNA及环状RNA的表达谱及调控网络

目的 筛选慢性应激抑郁模型大鼠海马组织中微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱及其竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络，探讨抑郁症潜在的病理生理机制。方法 12只SD大鼠分为空白组和模型组，采用慢性温和不可预测性应激(CUMS)构建抑郁症大鼠模型，取大鼠海马组织进行全转录组分析，并用生物信息学方法找出可能存在的lncRNA-miRNA-mRNA、circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果 根据|差异倍数(fold change)|≥1.5和P≤0.05共鉴定出29个差异miRNAs(上调21个，下调8个),686个差异lncRNAs(上调163个，下调523个),8个差异circRNAs(上调3个，下调5个)。基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析显示，miRNAs的靶基因主要富集于细胞膜内的高尔基体和钙离子结合过程；LncRNAs靶基因的功能涉及核酸结合的调节、细胞因子和蛋白质泛素化等；CircRNAs的宿主基因主要集中在细胞刺激反应、代谢进程、催化活性等过程中。LncRNAs和circRN...     

CCl4诱导的小鼠纤维化肝组织微小RNA差异表达谱及初步功能分析

 目的：应用微小RNA(miRNA)芯片技术研究miRNAs在四氯化碳（CCl4）诱导的小鼠纤维化肝脏中的差异表达谱,并基于基因本体论（gene ontology,GO)分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs的主要功能。方法：实验分为正常组及模型组,皮下注射 CCl4复制小鼠肝纤维化模型;应用Agilent 小鼠 miRNA 寡核苷酸基因芯片检测各组肝脏miRNA表达谱。用随机方差模型t检验筛选2组间的差异miRNAs,并预测其靶基因。对靶基因进行GO分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs发挥的主要功能。结果：正常组与模型组间共筛选出39个差异miRNAs,其中模型组较正常组上调的23个,下调的16个。GO分析及信号转导通路分析结果提示差异miRNAs可能调控的靶基因及其参与的生物学功能包括细胞的增殖与活化、细胞凋亡、细胞周期、细胞黏附、细胞迁移、炎症反应、转化生长因子β（TGF-β）/Smads信号转导通路、Wnt受体信号转导通路、蛋白代谢过程的调控等。GO分析发现关键的上调miRNA包括mmu-miR-322、mmu-miR-15b、mmu-miR-195、mmu-miR-200b、mmu-miR-214等,关键的下调miRNA包括mmu-miR-16、mmu-miR-130a、mmu-miR-101b、mmu-miR-30a和mmu-miR-30e等。对显著性GO与显著性信号通路所属的靶基因取交集,对网络中miRNA在网络中的调控地位进行评价,结果发现关键的上调miRNAs包括mmu-miR-200b、mmu-miR-322、mmu-miR-106b、mmu-miR-23a、mmu-miR-15b等,关键的下调miRNAs包括mmu-miR-16、mmu-miR-30e、mmu-miR-30c、mmu-miR-30a、mmu-miR-130a等。结论：纤维化肝组织miRNAs表达较正常肝组织发生明显变化;肝纤维化形成的各个环节,包括细胞的增殖与活化、细胞黏附、细胞凋亡、细胞迁移与分化、物质代谢、TGF-β信号通路等都可能受miRNAs的调控。     

人头颈鳞癌中ceRNA网络构建及表达趋势

目的分别比较4例HNSCC患者癌和癌旁组织的环状RNA、微小RNA和mRNA芯片表达谱,构建hsa_circRNA_103580/hsa-miR-9-5P/PRDM15相关的ceRNA网络,探讨其表达趋势。方法利用芯片筛选HNSCC组织中差异表达的circRNA、miRNA和mRNA基因,根据miRwalk3.0在线软件预测的结果,构建HNSCC中的circRNA/miRNA/mRNA-相关的ceRNA网络。采用qRT-PCR方法检测HNSCC组织中hsa_circRNA_103580/hsamiR-9-5P/PRDM15基因的表达。结果芯片技术检测4例HNSCC患者癌和癌旁组织中差异表达的circRNA、miRNA及mRNA基因,获得显著差异的环状RNAs转录本311个,microRNAs转录本52个及circRNA433个。结合以上数据,构建了一个包含48种circRNAs,21种miRNAs和79种mRNAs的ceRNA网络并验证has-circRNA_103580、has-miR-9-5p与PRDM15的基因表达水平与芯片中表达趋势一致。结论 hsa_circRNA_103580/hsa-miR-9-5P/PRDM15轴可能是HNSCC预后和治疗新的靶点。     

基于生物信息学分析探讨类风湿关节炎与骨关节炎之间的关系北大核心CSCD

目的:利用生物信息学分析探讨类风湿关节炎(RA)与骨关节炎(OA)之间的关系。方法:通过GEO数据库获取RA和OA血清基因芯片表达谱,筛选两者之间的差异miRNA并取交集,利用FunRich软件对交集miRNA进行转录因子预测及功能富集分析。应用String及Cytoscape软件对交集miRNA作用的靶基因进行蛋白互作网络构建,并筛选出核心mRNA,最后利用DAVID数据库对mRNA进行GO功能分析及KEGG信号通路分析。结果:共获得hsa-miR-4281、hsa-miR-98-5p、hsamiR-3613-3p及hsa-miR-6858-3p 4个差异miRNA,其生物过程主要涉及肽代谢、转录、翻译等,涉及10个核心转录因子:LHX3、SP4、NFIC、VSX2、HOXA7、TCF3、MYC、HOXB4、ETS1、SP1。蛋白互作分析提示CDC5L、HNRNPU、GATAD2A、CHD4、ACTB为互作网络中的核心靶点;GO富集分析结果显示交集miRNA所调控mRNA的生物学过程主要涵盖mRNA代谢过程的调控、细胞周期过程的负调控、有丝分裂细胞周期等,KEGG富集结果信号通路主要涉及调控干细胞多能性的信号通路、Hippo信号通路、FoxO信号通路、Apelin信号通路、p53信号通路等。结论:RA与OA两者之间交集miRNA和核心基因的发现有助于了解两种疾病发病机制的相关性,为治疗两种疾病的共同药物研发及治疗方式提供一定的参考。     

基于miRNA芯片对系统性红斑狼疮的生物信息学分析

目的运用生物信息学分析系统性红斑狼疮(SLE)患者单核细胞起源的树突状细胞(moDCs)中miRNA与健康人的表达差异。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载GSE79240数据集,R语言筛选差异miRNA,Funrich软件分析差异miRNA的GO富集、KEGG信号通路及转录因子,MiRTarBase数据库进行靶基因预测。结果筛选出19个差异miRNAs,其中11个上调,8个下调。GO富集显示差异miRNA的生物学功能主要集中在信号传导及细胞间通讯;细胞组成主要位于细胞核及细胞质;分子功能主要集中在转录因子、泛素特异性蛋白酶及受体信号复合物支架。KEGG信号通路主要集中在蛋白多糖信号通路、TRAIL信号通路及S1P信号通路。与miRNA有关联的转录因子主要包括:SP1、SP4、EGR1及POU2F1。14个miRNA经实验验证有靶基因。结论在SLE患者的moDCs中发现19个差异miRNAs,可能在SLE的发病机制中起到了重要作用,为SLE的诊断提供新的思路。     

RNA测序综合分析唐氏综合征胎儿中mRNA和长链非编码RNA表达谱

目的 探讨唐氏综合征胎儿的羊水细胞与匹配妊娠胎儿的羊水细胞中mRNA和长链非编码RNA的差异表达。方法 通过羊膜腔穿刺获得羊水细胞，采用RNA测序进行转录组分析，并将差异表达的转录本进行富集分析。结果测序结果发现，与正常妊娠胎儿相比，唐氏综合征胎儿中存在1432个转录本差异表达，其中779个转录本表达下调（611个蛋白质编码的mRNAs和168个lncRNAs）,653个转录本表达下调（543个蛋白质编码的mRNAs和110个lncRNAs）。这些转录本在唐氏综合征的免疫系统、血管发育、衰老及癌症发展等多方面中发挥作用。结论 唐氏综合征胎儿中mRNA和lncRNA表达谱发生显著变化，其可能在唐氏综合征发病进程中发挥重要作用。     

多囊卵巢综合征相关miRNA调控网络的构建及生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法对多囊卵巢综合征（PCOS）患者卵巢颗粒细胞差异表达的miRNA靶基因进行分析,通过构建miRNA-mRNA调控网络,为PCOS潜在发病机制研究提供新思路。方法 选择PCOS患者卵巢颗粒细胞miRNA表达数据集GES84376作为分析对象,并利用Limma分析差异表达miRNA。利用在线分析网站对差异表达的miRNA靶基因进行预测。应用DAVID网站进行生物信息学分析,并利用SRTING网站及Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。结果 共筛选出251个miRNAs,其中3个miRNA显著上调（miR-3188、miR-4433及miR-3135b）。富集通路（KEGG）分析显示,miR-3188、miR-4433及miR-3135b的靶基因在mTOR信号通路、MAPK信号通路及PI3K/Akt信号通路中富集程度最高。通过STRING网站进行蛋白互作分析,其互作程度最高的前10位关键基因分别为：MAPK1、MDM2、FRS2、AGT、IGF1R、HDAC1、AGO1、AKT3、MTOR及CREB1。通过构建miRNA-mRNA调控网络图,结果显示...     

血管肉瘤相关miRNAs的生物信息学预测及分析

目的探讨血管肉瘤相关miRNAs及其靶基因在其恶性生物学行为中的作用。方法从GEO数据库中下载血管肉瘤miRNAs表达谱芯片数据,应用GEO2R筛选出差异表达的miRNAs并进行靶基因预测,对靶基因进行GO及KEGG生物功能富集分析及蛋白互作分析。结果筛选出53个差异表达的miRNAs (P0.05,|log fold-change|≥4),其中上调者51个,下调者2个;GO功能富集分析发现差异表达miRNAs的靶基因主要参与细胞通讯、信号转导等生物学过程;KEGG信号通路富集分析发现靶基因主要参与肿瘤信号通路、代谢通路、环腺苷酸(cAMP)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、PI3K/AKT信号通路、Ras信号通路等重要通路;String蛋白互作分析发现,STAT3、TP53、MAPK1、SRC等在蛋白互作网络中处于核心地位。结论异常表达的miRNAs在血管肉瘤的恶性生物学行为中发挥着关键作用,为进一步探讨血管肉瘤发生、发展的具体分子机制、分子标志物的筛选及靶向药物的开发奠定基础。     

阿尔茨海默病小鼠脑组织长链非编码RNA与信使RNA表达谱及调控网络的分析

目的 分析阿尔茨海默病（AD）小鼠脑组织长链非编码RNA（LncRNA）和信使RNA（mRNA）表达谱,构建竞争内源性RNA（ceRNA）调控网络,探讨差异表达LncRNA在AD发病机制中的潜在作用。方法 选取3只10月龄雄性APP/PS1转基因小鼠作为AD组,3只年龄及体质量相匹配的普通C57小鼠作为对照组。使用基因芯片技术检测2组小鼠脑组织LncRNA和mRNA的表达,筛选出差异表达的LncRNA和mRNA。对部分差异表达的LncRNA进行实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR）。对差异表达的mRNA进行基因本体论（GO）和京都基因、基因组百科全书（KEGG）通路分析。随机挑选6个差异表达LncRNA构建ceRNA网络,进行AD的靶基因功能预测分析。结果 与对照组相比,AD组小鼠脑组织差异表达1.5倍以上的LncRNA有933个,其中上调222个,下调711个;差异表达1.5倍以上的mRNA有529个,其中上调189个,下调340个。qRT-PCR检测结果显示,AD组与对照组比较,7个差异表达的LncRNA上调或下调趋势与基因芯片结果一致,差异均有统计学意义（P值均<0.05）。GO和KEGG通路分析结果显示,差异表达基因主要参与氨基酸代谢、炎症反应和免疫反应。ceRNA调控网络靶基因的功能富集分析显示,LncRNA在胰岛素抵抗以及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路中显著富集。结论 AD小鼠脑组织LncRNA表达谱发生显著变化,由LncRNA Dgkb、Svip等构建的ceRNA调控网络有助于增进对AD发病分子机制的研究,差异表达的LncRNA或通路有可能成为潜在的治疗靶点。     

自发性高血压大鼠延髓microRNA差异表达分析

目的　探讨自发性高血压大鼠延髓microRNA（miRNA）差异表达谱及其靶基因生物信息学分析。 方法　采用自发性高血压大鼠模型（SHR组）,同周龄SD大鼠为对照组（Control组）。利用miRNA芯片检测大鼠延髓中miRNAs差异表达谱。 结果　与对照组比较,SHR组尾动脉收缩压显著升高（P＜0.0001）;SHR组延髓组织miRNAs有显著差异表达谱,16个miRNAs表达上调和7个miRNAs表达下调（1.5-fold change cutoff, P<0.05）。qRT-PCR验证结果显示,与对照组比较,SHR组延髓miR-153、miR-193及miR-301a表达显著下降,与芯片结果一致。生物信息学分析显示,差异表达miRNAs可能调控2775个靶基因（target score≥83）。这些靶基因主要富集在12个信号通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶（Phosphatidylinositide3-kinase,PI3K）通路等。 结论　自发性高血压大鼠延髓组织中miR-153、miR-193及miR-301a明显下调,且生物信息学分析提示PI3K通路介导神经炎症可能作为高血压中枢相关差异表达miRNAs调控靶基因介导的主要致病通路。     

清络通痹方调控miRNA 网络干预类风湿关节炎的研究

目的:观察清络通痹方(QLT)对胶原性关节炎(CIA)小鼠miRNA网络的调控作用,探讨其干预类风湿关节炎的机制。方法:DBA/1小鼠,复制CIA模型,随机分为空白对照、CIA、QLT组,采用miRCURYTM LNA Array芯片技术筛选外周血miRNA异常表达谱,以Realtime PCR对异常变化的miRNAs进行验证,并利用多种生物信息学软件进行分析。结果:与空白对照组比较,CIA小鼠具有差异表达的miRNAs有221个;与CIA比较,QLT差异表达的miRNAs有169个。RT-PCR验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性。PCR结果显示CIA中miR-143下调明显,而QLT干预可明显上调miR-143的表达水平。miR-143靶基因显著富集在VEGF、T细胞受体、MAPK信号通路等信号通路中。结论:多种miRNA的异常表达参与CIA的病理过程,QLT可能通过干预miRNA调控网络,多环节、多途径干预RA免疫、炎症、疼痛等多种病理过程,miR-143可能作为QLT治疗RA的重要环节。     

竞争性内源RNA与肿瘤发生的研究进展

微小RNA(miRNA)可与信使RNA(mRNA)的3'端非翻译区(3'UTR)互补结合,降低mRNA的稳定性或抑制mRNA的翻译,负性调节靶基因的表达。然而一些mRNAs、假基因、长链非编码RNA(LncRNA)以及环状RNA(circRNA)含有某些miRNA结合位点,可通过miRNA应答元件(MREs)竞争性结合相同的miRNA,解除或减轻miRNA对靶基因的抑制作用,调节靶基因的表达,这种作用机制称为竞争性内源RNA(ceRNA)假说。在肿瘤的发生过程中,mRNAs、假基因转录物、lncRNA、circRNA可作为ceRNA,通过竞争性结合相同的致瘤性或抑瘤性的miRNA,起到抑制或促进肿瘤发生的作用。     

高脂饮食诱导胰岛素抵抗小鼠血浆microRNA 表达谱及其与TLR4 的关系

目的:筛选高脂饮食诱导的胰岛素抵抗小鼠,以及应用Toll 样受体4(Toll-like receptor4,TLR4)抑制剂TAK-242 干预的胰岛素抵抗小鼠血浆差异表达的微小RNA(microRNA,miRNA),探讨胰岛素抵抗、TLR4 和差异表达miRNAs 的关系。方法:血浆标本来自前期实验的3 组小鼠,即以普通基础饲料喂养(Low fat diet,LFD)的正常对照组、给予TAK-242 的高脂饮食组(Treated high fat diet,HFD-T)和单纯高脂饮食组HFD-C,应用小鼠miRNA 芯片检测血浆miRNA 表达谱,筛选差异表达的miRNAs;采用实时荧光定量PCR 方法验证芯片结果。应用生物信息学方法,以TLR4 及其信号传导通路为中心,预测差异表达miRNAs 的靶基因,并对靶基因分别进行GO 和KEGG 富集分析,以判定差异miRNAs 主要影响的生物学功能或者通路。结果:miRNA 基因芯片筛查结果显示,单纯高脂饮食组与正常饮食组比对,筛选出差异显著的miRNAs 共计185 种,其中6 种miRNAs 表达上调,179 种miRANs 表达下调;给予TAK-242 的高脂饮食组与正常饮食组比对,筛选出差异显著的miRANs共计171 种,均表达下调;给予TAK-242 的高脂饮食组与单纯高脂饮食组比对,筛选出差异表达的miRNAs 共计13 种,均为下调。生物信息学分析结果显示,以TLR4 为中心挖掘与其互作的蛋白质,共发现有10 种蛋白;在TAK-242 给予的高脂饮食组与单纯高脂饮食组中差异表达倍数均在1 000 以上的4 种miRNAs (mmu-miR-3095-3p、mmu-miR-5113、mmu-miR-709 和mmu-miR-335-3p),可在TLR4 的互作蛋白质或Toll 样受体信号通路中找到其作用的靶基因,发现这些靶基因74% 属于生物过程基因,其中转录调控因子占82%。实时荧光定量PCR 检测mmu-miR-3095-3p、mmu-miR-5113、mmu-miR-709 和mmu-miR鄄335鄄3p水平,变化趋势与芯片结果一致。结论:胰岛素抵抗发生时,血浆miRNAs 表达谱存在改变,此变化与TLR4 及其信号通路相关。该研究结果丰富了胰岛素抵抗发生的机制,为寻找胰岛素抵抗血浆miRNAs 诊断标志物提供了实验依据。     

肾透明细胞癌中lncRNA和miRNA差异表达及相关ceRNA调控网络的分析研究

本文旨在通过大样本基因组学分析技术,评估lncRNA、miRNA、mRNA及ceRNA在肾透明细胞癌中的差异表达情况及其预后价值。利用R软件对TCGA数据库中肾透明细胞癌RNA和miRNA数据进行基因差异表达分析和生存分析,并通过cytoscape软件得到差异表达的lncRNA-miRNA-mRNA之间的ceRNA调控关系网。结果发现共有1 570个lncRNA、54个miRNA和17个mRNA在肾透明细胞癌组织中存在异常表达,且其表达水平以上调为主(错误发现率0.01;对数差异表达倍数变化绝对值 2)。ceRNA调控网显示共89个差异表达的lncRNA和9个差异表达的miRNA之间存在相互作用关系,生存分析共鉴定出COL18A1-AS1、TCL6、LINC00475、UCA1、WT1-AS、HOTTIP、PVT1等38个有预后价值的lncRNA和2个有预后价值的miRNA(miR-21和miR-155)(P 0.05)。本研究将为肾透明细胞癌靶向治疗与预后评估提供新的理论依据。     

博来霉素诱导肺纤维化小鼠中差异表达的lncRNA筛选及生物信息学分析

目的:探讨博来霉素(BLM)诱导的肺纤维化小鼠模型肺组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),并对其进行生物信息学分析。方法:将12只6～8周龄的C57BL/6小鼠随机分为对照组和实验组,每组6只,实验组小鼠气管内滴注BLM构建肺纤维化模型,取小鼠肺组织进行芯片微阵列分析,筛选出差异表达的lncRNA,对差异表达的lncRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO(gene ontology)富集与KEGG(Kyoto Encyclope-dia of Genes and Genomes)信号通路分析。结果:与对照组相比,肺纤维化模型组小鼠肺组织识别出差异表达的lncRNA共1 384个,其中表达上调的lncRNA有645个,表达下调的lncRNA有739个,并通过对差异表达lncRNA的靶基因预测,对靶基因进行GO富集与KEGG信号通路分析提示差异表达的lncRNA可能通过钙信号通路、PI3KAKT信号通路、Ras信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路和TGF-β信号通路等对肺纤维化进行调控。结论:基于芯片微阵列分析技术,lncRNA在BLM诱导的肺纤维化模型小鼠与正常小鼠肺组织中的表达存在差异,并在调控肺纤维化过程中可能涉及多个信号通路。     

RA 患者外周血和关节炎大鼠破骨细胞miRNAs 异常表达谱比较及特征性miRNA 功能分析

目的:筛选类风湿关节炎(RA)患者外周血与关节炎大鼠破骨细胞的miRNAs 异常表达谱,分析RA 的特征性miRNAs 及其功能。方法:采用miRNAs 芯片,筛选RA 患者与正常人外周血、共培养诱生的关节炎大鼠破骨细胞与正常基质细胞的miRNAs 表达谱的差异;Real time PCR 对芯片结果进行验证;生物信息学方法对关键miRNA 进行功能分析。结果:与正常人相比,RA 患者外周血中具有差异表达的miRNAs 有189 个;与单核细胞比较,破骨细胞中具有差异表达的miRNAs 有211 个,其中miR-15b-5p 等10 个miRNAs 在RA 患者外周血及大鼠破骨细胞中均异常表达。Real time PCR 验证结果与芯片检测结果具有一致性。生物信息学分析结果显示特征性miRNA 的靶基因显著富集在VEGF,MAPK 信号通路等信号通路。结论:部分miRNAs 在RA 患者外周血及关节炎大鼠破骨细胞中的异常表达具有一致性,其可能作为RA 的特征性miRNAs,通过调控相关信号通路干预破骨细胞分化等病理过程。     

长链非编码RNA通过ceRNA在乳腺癌中的调控机制

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一种长度大于200 nt的不具有编码蛋白质功能的RNA。lncRNA在多种肿瘤中存在差异性表达,通过转录调控、转录后调控等方式影响肿瘤的增殖、侵袭、转移、耐药等。多项研究表明,lncRNA可通过竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)机制与miRNA相互作用,并影响其它RNA、蛋白的表达,影响疾病进程;提示lncRNA可能是一种肿瘤标志物和潜在的治疗靶点。该文现就lncRNA通过ceRNA调控乳腺癌的研究进展进行综述。     

RA患者外周血和关节炎大鼠破骨细胞miRNAs异常表达谱比较及特征性miRNA功能分析北大核心CSCD

目的:筛选类风湿关节炎(RA)患者外周血与关节炎大鼠破骨细胞的miRNAs异常表达谱,分析RA的特征性miRNAs及其功能。方法:采用miRNAs芯片,筛选RA患者与正常人外周血、共培养诱生的关节炎大鼠破骨细胞与正常基质细胞的miRNAs表达谱的差异;Real time PCR对芯片结果进行验证;生物信息学方法对关键miRNA进行功能分析。结果:与正常人相比,RA患者外周血中具有差异表达的miRNAs有189个;与单核细胞比较,破骨细胞中具有差异表达的miRNAs有211个,其中miR-15b-5p等10个miRNAs在RA患者外周血及大鼠破骨细胞中均异常表达。Real time PCR验证结果与芯片检测结果具有一致性。生物信息学分析结果显示特征性miRNA的靶基因显著富集在VEGF,MAPK信号通路等信号通路。结论:部分miRNAs在RA患者外周血及关节炎大鼠破骨细胞中的异常表达具有一致性,其可能作为RA的特征性miRNAs,通过调控相关信号通路干预破骨细胞分化等病理过程。     

柯萨奇病毒B组5型感染的人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系lncRNA表达谱分析

目的探索柯萨奇病毒B组5型(CVB5)感染人恶性胚胎横纹肌肉瘤细胞系(RD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,为研究CVB5与宿主之间相互作用分子机制提供参考。方法 CVB5按感染复数(MOI)为1接种RD细胞24 h后提取总RNA。采用转录组测序技术获取细胞中lncRNA差异表达谱;通过聚类分析、GO分析和KEGG通路富集对差异表达转录本进行了生物信息学分析。同时,利用RNAfold软件对lncRNA进行了二级结构预测。结果与对照组相比,CVB5感染RD细胞后,共有1 754个mRNAs和508个lncRNA呈上调表达,3 106个mRNAs和760个lncRNA呈下调表达。差异表达lncRNA的共表达基因主要富集在分子结构活性、蛋白质分子结合和体液免疫反应等生物过程;lncRNA靶基因主要参与嗅觉传导途径、细胞因子受体相互作用和神经活性配体受体相互作用等通路。此外,实时荧光定量PCR验证的7个差异表达lncRNA与测序结果一致。结论 CVB5感染RD细胞后,差异显著性lncRNA主要参与了免疫相关过程,为充分理解lncRNA在CVB5感染中的调控作用奠定了基础。