基于网络药理学的黄柏-知母药对药效物质基础及作用机制研究

目的基于网络药理学探讨黄柏-知母药对的药效物质基础和作用机制。方法从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及化学专业数据库中寻找与这两味中药相关的所有化学成分。选择药物口服生物利用度(OB值)≥30%,类药性(DL值)≥0.18作为黄柏-知母中化合物分子的筛选条件。通过TCMSP平台寻找与候选化合物相关的潜在靶点,构建药物靶点相互作用的网络图和靶点疾病相互作用网络图。结果通过筛选,得出51个候选活性分子,相应靶点141个,相关疾病517种。度值前3的候选化合物分子分别是槲皮素(85)、四氢非洲防己碱(53)、山柰酚(53);度值前3的靶点蛋白为雄激素受体(AR,39),雌激素受体Ⅰ(ESR1,35),凝血因子Ⅱ(F2,27);度值较高的相关疾病依次是精神分裂症、糖尿病、阿尔茨海默症、非特异性癌症、哮喘、前列腺肿瘤、乳腺肿瘤、肥胖、心血管疾病等。结论分析结果初步验证了黄柏-知母药对的基本药理学作用和相关机制,为深入探讨其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学的复方鱼腥草合剂清热解毒药效物质基础及作用机制研究

探索复方鱼腥草合剂清热解毒功效的药效物质基础及网络调控机制.首先利用网络药理学的方法,选取复方鱼腥草合剂中25个化合物为研究对象,依据反向药效团匹配方法和TCMSP、UniProt等数据库预测化合物作用靶点,借助Omicsbean软件及KEGG数据库对获得靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析...     

基于网络药理学探讨蒙药锁阳促智作用的物质基础

目的基于前期课题组对锁阳促智作用部位的研究结果,运用网络药理学工具辅助探讨锁阳乙酸乙酯部位促智作用的有效成分及作用靶点。方法通过建立锁阳乙酸乙酯部位药靶点数据集、阿尔茨海默疾病靶点数据集,构建锁阳乙酸乙酯部位促智的成分-靶点-疾病交互网络,通过可视化分析,预测锁阳乙酸乙酯部位促智的有效成分及作用靶点。结果目前,锁阳乙酸乙酯部位已知的化学成分10个,与促智作用最密切的成分为2个,分别是:儿茶素和表儿茶素没食子酸酯;其促智作用的主要作用靶点共12个,分别是:β-分泌酶1、胆碱酯酶、MAP激酶P38α、6-磷酸葡萄糖脱氢酶、葡萄糖-6-磷酸1-脱氢酶、7-脱氢胆固醇还原酶、二氢叶酸还原酶、细胞色素P450 2C9、细胞色素P450 2C19、细胞色素P450 17A1、细胞色素P450 19A1、蛋白激酶Cα;促智的直接作用靶点相关通路共3条,分别是:Alzheimer disease pathway、metabolic pathway和calcium signal pathway。结论蒙药锁阳促智作用的物质基础是儿茶素和表儿茶素没食子酸酯,通过作用到β-分泌酶1、胆碱酯酶等12个靶点产生作用。     

基于网络药理学分析的橘红痰咳液主治“痰、咳、喘”的药效物质基础与作用机制研究

应用网络药理学的方法研究橘红痰咳液组方发挥止咳、平喘、化痰作用可能的药效物质基础及其分子机制。对橘红痰咳液8味药中共24个目标化合物的潜在作用靶点和作用通路进行搜集、筛选和预测,根据功效进行分组,结合文献数据库的佐证分析,对该方不同组分作用于不同病症的分子机制进行探究,剖析其配伍作用规律,并运用分子对接软件对部分关键靶点及其对应成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果发现橘红痰咳液中的主要活性成分可能为柚皮苷、L-麻黄碱、白前苷元C、苦杏仁苷、五味子甲素、新对叶百部碱、茯苓酸和甘草酸,3个功效组或通过作用于毒蕈碱型胆碱受体M1、乙酰胆碱酯酶、β2肾上腺素能受体、前列腺素内过氧化物合酶2、肿瘤坏死因子、表皮生长因子受体等关键基因靶点以及神经活性配体-受体相互作用、胆碱能突触、Ca²⁺信号通路、NF-kappa B信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等重要生物通路来发挥止咳、平喘、化痰的作用。本课题分析得到橘红痰咳液发挥功效可能的药效物质基础及其作用机制,为该方提升质量控制标准奠定了研究基础,为其进一步二次开发、在临床上扩大使用范围的潜在可能提供了参考...     

基于网络药理学研究鸡眼草治疗2型糖尿病的药效物质基础

目的 研究鸡眼草治疗2型糖尿病的药效物质基础,为鸡眼草的应用提供新的方向.方法 以口服生物利用度(OB)≥20％、类药性(DL)≥0.18％为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选鸡眼草的活性成分;通过检索蛋白质数据库(Uniprot)和GeneCards数据库获取鸡眼草治疗2型糖尿病的作用靶点;利...     

网络药理学联合灰色关联分析黄芩抗呼吸道合胞病毒小鼠肺炎的药效物质基础研究

目的 探讨黄芩抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)的药效物质基础。方法 运用网络药理学分析黄芩抗RSV的作用靶点;UPLC-QTOF-MS/MS定量表征黄芩的共有成分,建立RSV肺炎小鼠模型,检测小鼠体质量、肺指数、肺部病理切片以及IL-6的含量,采用灰色关联度方法对50批次黄芩样品谱-效数据进行关联分析,挖掘黄芩抗RSV肺炎小鼠的有效成分。结果 蛋白互作网络结果确定黄芩抗RSV核心靶点为AKT1、IL-6、TNF、MAPK3、SRC、HSP90AA1、PTGS2;整体动物实验证明,黄芩可不同程度地下调肺指数及炎性因子IL-6含量;灰色关联度分析显示黄芩中抗RSV的化学成分主要为黄酮苷类成分。结论 采用网络药理学方法确定药效靶点,灰色关联度分析成分-靶标数据,挖掘药效物质基础的方法可行,黄芩苷、汉黄芩苷、白杨素-6-C-阿拉伯糖-8-C-葡萄糖苷、白杨素-6-C-阿拉伯糖-8-C-阿拉伯糖苷、白杨素-7-O-葡萄糖醛酸苷等黄酮苷类成分可作为黄芩的Q-Markers用于质量评价。     

基于谱-效相关黄芩提取物抑菌药效物质基础及质量评价系统的研究

目的： 建立黄芩提取物抑菌谱-效相关质量评价系统,对其药效物质基础进行分析。方法： 自制黄芩提取物,建立HPLC指纹图谱检测方法;采用微量稀释法测定黄芩提取物样品水提液的抑菌率。利用灰色关联分析、相关分析及偏最小二乘回归分析对谱-效数据进行关联分析,挖掘药效物质基础;同时采用最小二乘支持向量机（LS-SVM）方法建立数学模型。结果： 成分4,7,8,9,10与抑菌率呈正相关关系;相关分析显示,成分3,7,4,5,6,9与抑菌率药效呈（非常）显著的相关关系;偏最小二乘回归分析显示,成分3,4,5,6,7,9的标准化回归系数绝对值较大,VIP值大于或接近于1,对抑菌率贡献率较大;数学模型预测值与实测值相对误差在6%以下。结论： 初步确定黄芩提取物抑菌药效物质基础主要为汉黄芩苷、汉黄芩素以及白杨素-7-O-葡萄糖醛酸苷;数学模型的建立,达到了从抑菌作用评价黄芩提取物质量的目的,并为中药谱-效相关质量评价系统的建立提供了详细的数据支撑。     

代谢组学在中药药效物质基础和药物作用研究中的进展

中药药效物质基础和药物作用机制研究是中药实现现代化的关键。代谢组学强调把人体作为完整的系统来研究,从整体出发来考察疾病和药物对人体产生的影响,与中医学的思想相一致^[1],它在继承和发扬中医药特色和优势的基础上,研究生命的内在规律,认识疾病的本质,从而阐明中药的效应物质基础和作用机制,     

基于网络药理学的参苓扶正方治疗胃癌生物学物质基础及药效机制研究

目的：采用网络药理学方法研究参苓扶正方治疗胃癌的生物学物质基础及其药效机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）、GeneCards等数据库及相关文献构建参苓扶正方（主要药物为人参、半夏、黄连、茯苓、白术）治疗胃癌的"药物-疾病-靶点"网络,利用STRING及CentiScape插件构建上述药物治疗胃癌的蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,同时对关键靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析以及京都基因与基因组百科全书通路富集（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路富集分析,并以细胞实验进一步验证网络药理学所得结论。结果：参苓扶正方治疗胃癌的"药物-疾病-靶点"网络共涉及139个共同靶点,GO功能富集提示参苓扶正方治疗胃癌的生物学过程及功能集中在泛素化、核受体功能、转录相关功能、激素受体功能、细胞凋亡、细胞周期等;KEGG通路富集分析提示参苓扶正方治疗胃癌主要涉及细胞凋亡、细胞周期、肿瘤抑制信号通路（p53）、内分泌抵抗、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/AKT）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路。细胞实验结果显示,参苓扶正方可有效抑制胃癌BGC-823细胞的增殖并促进其凋亡。Western blotting结果显示参苓扶正方能够调控胃癌BGC-823细胞增殖、凋亡以及细胞周期相关蛋白的表达水平。结论：参苓扶正方治疗胃癌的作用靶点和药效机制,可能与其调控细胞增殖、凋亡和细胞周期的生物学过程及信号通路相关。     

基于网络药理学与数据挖掘的中医药治疗心力衰竭物质基础及用药规律研究

目的：基于网络药理学与数据挖掘研究中医药治疗心力衰竭(HF)的物质基础及用药规律,为临床治疗HF及相关实验研究提供参考。方法：通过GeneCard、OMIM、DrugBank、DisGeNET获取HF作用靶点,然后在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选与靶点关联的化合物,构建“靶点-化合物”网络,并进一步筛选包含关联化合物的中药,构建“靶点-化合物-中药”网络。基于中药分类和性味归经对潜在可治疗HF的中药进行用药规律分析。使用AutoDock Vina进行分子对接以进一步评估核心靶点与成分的结合活性。结果：共获得HF相关靶点323个,其中能匹配到满足ADME和Lipinski规则化合物的靶点有35个,核心靶点有PTGS2、SCN5A、ADRB2、KCNH2、NR3C2等。共筛选得到891个候选化合物和445味中药,核心化合物有丹参酮ⅡA、槲皮素、木犀草素等,较重要的中药有丹参、甘草、银杏叶、延胡索等。潜在可治疗HF的中药类别以清热药、补虚药、化痰止咳平喘药等为主,药味以苦、辛、甘频率较高,药性寒温并重,主归肝、肺二经。分子对接网内99个组合中有60组Affinity<...     

基于UPLC-Q-TOF-MS和网络药理学探讨冬凌草复方增强免疫功能作用及机制

目的：研究冬凌草复方的化学成分及其增强免疫功能的作用机制。方法：采用鸡红细胞吞噬、淋巴细胞转化、脾细胞抗体生成实验研究冬凌草复方增强小鼠免疫功能活性。运用UPLC-Q-TOF-MS对冬凌草复方化学成分进行分析鉴定。利用TCMSP、SEA和Swiss Target Prediction数据库获得化学成分靶点,通过GeneCards、OMIM和TTD数据库收集免疫相关靶点,使用Venn在线网站获得药物和疾病的交集靶点,并结合String数据库和Cytoscape软件构建核心靶点网络图。采用David数据库对核心靶点进行GO和KEGG分析,使用Cytoscape软件绘制“活性成分-靶点-通路”网络图,通过Autodock vina软件对核心靶点和关键成分进行分子对接验证。结果：与空白组相比,冬凌草复方中剂量组可明显提高小鼠腹腔巨噬细胞吞噬百分率和吞噬指数（P<0.01）、脾淋巴细胞增殖能力（P<0.01）和溶血空斑个数（P<0.01）,表明冬凌草复方具有增强小鼠非特异性和特异性免疫功能的作用。从复方中共鉴定120个化学成分,网络药理学获得药物关键成分为6-醛基异麦冬黄烷酮A...     

基于网络药理学探讨蒙药锁阳促智作用的物质基础及作用靶点

摘要：目的:基于网络药理学,初步探讨预测锁阳乙酸乙酯部位促智作用的有效成分及作用靶点。方法:通过相关数据库、网站及软件进行靶点筛选、蛋白互作及通路富集。结果:通过对病靶和药靶的分析,得到2个共靶及3条通路。结论:蒙药锁阳可通过多成分-多靶点-多通路的调控网络发挥促智作用,对锁阳促智作用的网络药理学研究可以为蒙药对阿尔茨海默病治疗的分子机制研究提供参考。     

基于网络药理学研究梅花入骨丹治疗骨性关节炎的潜在靶点和作用机制

目的 采用网络药理学和生物信息学方法探讨中药梅花入骨丹治疗骨性关节炎的主要成分、潜在作用靶点和作用机制.方法 收集获取梅花入骨丹化学成分及SDF结构,利用Swiss ADME和Swiss Target Prediction数据库筛选其有效活性成分并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、TTD数据库检索骨性关...     

基于网络药理学及生物信息学探讨防风治疗骨关节炎的物质基础及作用靶点研究

摘要：目的:运用网络药理学及生物信息学方法探讨防风治疗骨关节炎的物质基础及作用靶点。方法:通过相关数据库获得了防风的活性成分、预测靶点以及骨关节炎相关基因,并对有效成分-疾病交集靶点进行了蛋白互作、网络构建和富集分析;同时从基因表达综合数据库（GEO）中获得人骨关节炎的差异基因,进行通路富集,以验证防风作用于骨关节炎的可能通路。最终将可能有效成分与潜在靶点进行分子对接验证。结果:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,筛选获得了防风中18种有效成分,共对应82个靶点。通过Gene Cards数据库筛选,获得了2 496个骨关节炎相关基因,最终得到52个有效成分-疾病交集靶点。GEO数据集分析后得到688个骨关节炎的差异基因。最终预测防风中的汉黄芩素可能通过蛋白激酶Bα（AKT1）作用于磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-AKT）通路以调节骨关节炎。结论:本研究探讨了防风治疗骨关节炎可能的活性成分及靶点,为研究防风治疗骨关节炎机制提供了理论基础。     

基于UPLC-Q-TOF/MS探讨感咳方药效物质基础及作用机制的研究

目的 探讨感咳方的药效物质基础及其止咳作用的相关机制。方法 用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF/MS),分析鉴定感咳方入血成分。将30只大鼠随机分为对照组、模型组和低、中、高剂量实验组,每组6只。用烟熏法+冷刺激建立急性支气管炎大鼠模型。低、中、高剂量实验组分别按1.86、4.66、9.32 g·kg^-1(生药/体质量)的剂量灌胃给予感咳方,对照组和模型组均灌胃给予等体积0.9%NaCl,每天给药1次,连续7 d。用酶联免疫吸附试验法检测大鼠肺组织中白细胞介素-1β(IL-1β)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量,用蛋白质印迹法检测大鼠肺组织中磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和磷酸化蛋白激酶B(p-Akt)蛋白的表达水平。结果 UPLC-Q-TOF/MS分析鉴定得到26个入血成分。对照组、模型组和中、高剂量实验组的IL-1β含量分别为(57.80±7.67)、(186.48±8.50)、(166.05±9.90)和(143.19±6.31)pg·mL^-1,TNF-α含量分别为(47.14±8.55)、(316.22±...     

基于系统虚拟药理学与归经理论研究归大肠经中药 抗结直肠癌药效物质基础

目的:基于系统虚拟药理学与归经理论研究归大肠经中药抗结直肠癌(CRC)药效物质基础,对该类中药在分子网络层面上进行探析.方法:选择了10个CRC相关靶点,构建归大肠经中药化学成分分子数据库,探讨数据库分子与CRC靶点间相互作用关系,并应用Western blot对部分数据进行了验证.结果:共筛选出30个归大肠经中药活性分子与10个CRC靶点有一定的潜在协同效应.结论:本实验从分子层次上阐释了归大肠经中药抗CRC药效物质基础,为该类中药的临床应用提供了科学依据,同时也为寻找抗CRC药物提供一定的参考和借鉴.     

大黄附子汤治疗慢性肾衰竭的网络药理学研究及初证

目的:本研究采用网络药理学的方法,探讨大黄附子汤治疗慢性肾衰竭的药效物质基础、具体作用靶点及相关通路,构建"成分-靶点-通路"网络阐述大黄附子汤治疗慢性肾衰竭的作用机制。方法:通过文献和数据库查找大黄附子汤化学成分,采用类药性、药物动力学特征及适当的补偿机制对成分进行评估筛选;再依据反向药效团匹配预测大黄附子汤活性成分靶点,将筛选得到的活性成分和潜在靶点进行反向分子对接;通过DAVID数据库对靶点基因及相关通路注释分析,使用Cytoscape软件构建大黄附子汤抗CRF作用的"成分-靶点-通路"网络;最后通过ELISA的方法初步验证本研究结果的科学性和可靠性。结果:从大黄附子汤中共筛选出45个潜在活性化合物,预测存在17个潜在作用靶点。通过一系列的评估分析,最终筛选得到大黄附子汤治疗慢性肾衰竭的16个有效成分,6个作用靶点以及最具研究价值的5个通路;验证结果表明,所筛选成分中大黄素-8-葡萄糖苷、大黄酚-8-O-葡萄糖苷可与EGFR结合,初步证明本研究的意义。结论:大黄附子汤复方的配伍科学严谨,本研究为其治疗慢性肾衰竭提供现代研究支持,为其后续的开发提供科研基础,为中药复方的网络药理学的研究提供新参考。     

三七主要活性成分作用机制的网络药理学研究

目的 通过网络药理学研究三七的主要活性成分、作用靶点、相关信号通路和疾病等几方面的关联性，揭示其发挥药效的作用机制。方法 从中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库中获得三七的化学成分，并把口服生物利用度（OB）≥ 30%和类药性（DL）≥ 0.15作为筛选条件，获得三七的主要活性成分和相关作用靶点。通过UniProt数据库提取作用靶点的基因名称，并用CTD网络在线分析平台获得与靶点相关的疾病和信号通路。最后用Cytoscape 3.6.1构建"活性成分-靶点""靶点-信号通路"和"靶点-疾病"网络图，采用Cytoscape 3.6.1的Network Analyzer插件分析网络图，探讨三七的多重药理作用机制。结果 共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等9个主要活性成分；这些成分可作用于176个靶点，其主要靶点有PTGS2、PTGS1、HSP90AB1、ER、PDE3A等，这些靶点与肿瘤、高血压、中枢神经系统障碍、自身免疫疾病等45种疾病相关，涵盖癌症、心血管系统、神经系统、免疫系统等几大类疾病。三七的主要活性成分通过作用于靶点而影响相关的信号通路发挥治疗疾病的作用，其影响的信号通路主要包括信号转导通路、免疫通路、Cytokine信号通路、癌症通路等，其中肿瘤、免疫相关的占绝大部分。结论 三七是通过多成分、多靶点、多信号通路的协调作用发挥治疗疾病的作用，其中在治疗肿瘤疾病和增强人体免疫力方面具有潜在的优势。     

基于斑马鱼模型水合橙皮内酯增强免疫作用及基于网络药理学机制探讨

目的 基于模式生物斑马鱼结合网络药理学,研究枳壳的活性成分水合橙皮内酯增强免疫作用及作用机制。方法 建立2种斑马鱼免疫低下模型：以雷帕霉素建立尾部中性粒细胞数目减少模型,以酒石酸长春瑞滨建立静脉血管中巨噬细胞荧光强度减弱模型,检测水合橙皮内酯（10、20、50、100、200 μg·mL^-1）各给药组斑马鱼尾部中性粒细胞数目、斑马鱼尾部静脉血管中巨噬细胞荧光强度,计算中性粒细胞增长率和巨噬细胞改善率。基于网络药理学预测水合橙皮内酯增强免疫作用的机制,使用 Pharm Mapper、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）进行水合橙皮内酯靶点筛选,运用Gene Cards数据库和 OMIM数据库检索增强免疫相关靶点,运用 Venny2.1将上述两组靶点取交集后导入 String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,在 Cytoscape3.9.1软件中构建水合橙皮内酯的增强靶点 PPI网络,并以节点度值的中位数筛选关键靶点。结果 与模型组相比,水合橙皮内酯可显著增加斑马鱼尾部中性粒细胞数目（P＜0.01、0.001）、静脉血管中巨噬细胞荧光强度（P＜0.05）,证明水合橙皮内酯具有抗雷帕霉素、酒石酸长春瑞滨引起的免疫力低下作用,呈剂量相关性。水合橙皮内酯增强免疫的作用机制可能与 AKT1、EGFR、SRC、MMP9、ESR1等关键靶点及 PI3K-Akt、Rap1、AGE-RAGE等信号通路有关。结论 水合橙皮内酯具有增强免疫作用,可能通过调控PI3K-Akt、Rap1、AGE-RAGE等信号通路发挥作用。     

基于网络药理学的理中汤作用机制分析

目的采用网络药理学方法探讨理中汤的作用机制。方法依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索理中汤的4味中药的化学成分、相关作用靶点与疾病。分别采用Cytoscape 3.7.0、STRING10.5软件构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络和蛋白互作(PPI)网络,运用DAVID 6.8软件进行基因本体(GO)富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究理中汤的作用机制。结果通过TCMSP软件筛选,得到22个化合物,相关靶点68个,相关疾病200种。PPI网络包含60个靶点(其中8个靶点未显示相互作用关系),涉及到的关键蛋白有F2、BCL2、CSBP和HTR2等。基因本体GO条目有40个,其中生物过程30个,分子功能7个,细胞组成3个。KEGG富集通路有7条,包括神经活性受体-配体相互作用信号通路、癌症通路、结肠癌通路、非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD)通路、钙信号通路、乙型肝炎通路和c GMP-PKG信号通路。结论采用网络药理学方法初步阐明了理中汤的基本药理作用及其作用机制,挖掘出潜在的作用靶点与疾病,为进一步深入研究提供参考依据。