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相似文献
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1.
目的 探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法 采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达,采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响,进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性,采用基因集富集分析(GSEA) CD276的生物学功能,最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果 肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异(P <0.05)。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论 全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物,可将其作为新的免疫调节靶点,用于开发新的免疫治疗靶向药物,为肿瘤治疗提供新思路。  相似文献   

2.
目的 通过生物信息学技术分析细胞周期蛋白A2 (CCNA2)在泛癌中的表达和预后价值,并深入探索CCNA2与免疫浸润的关系。方法 从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱计划数据库中33种肿瘤的数据,分析CCNA2在33种肿瘤中的表达和预后价值。利用TISIDB数据库计算免疫浸润丰度,分析CCNA2与免疫检查点基因的相关性及其与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性。利用GEPIA数据库获取肿瘤中与CCNA2相关的基因,进行基因本体以及京都基因和基因组数据库富集分析。结果CCNA2在多种肿瘤中普遍高表达,且CCNA2表达与生存率显著相关。同时,CCNA2表达与肿瘤免疫浸润和免疫检查点基因相关。CCNA2表达与不同类型肿瘤的肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。结论 CCNA2可作为肿瘤不良预后和免疫浸润的生物标志物,为癌症治疗提供了新的思路。  相似文献   

3.
目的 探讨CPEB4基因在肿瘤中是否为一种肿瘤标志物并评估CPEB4在泛癌中的预后状况、临床相关性分析及肿瘤微环境之间的关系。方法 在线检索PubMed、中国知网、维普和万方数据库中存在CPEB4关于人体肿瘤表达的相关文献,纳入并汇总相关肿瘤细胞中表达情况的研究,对符合标准的文献提取出相应的临床数据并进行Meta分析。提取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的样本信息进行泛癌分析并拓展CPEB4高低表达组对不同肿瘤患者的临床相关性研究、预后程度与免疫之间的关系。结果 荟萃分析结果显示CPEB4为晚期肾透明细胞癌、非小细胞肺癌、神经胶质瘤、结直肠腺癌、胃腺癌患者的不良预后因子;对泛癌差异分析结果统计,CPEB4在肿瘤中为两极化因子,针对泛癌中CPEB4表达与肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、免疫细胞相关性与其他免疫相关基因之间的关系并进行GSEA通路富集分析,验证并拓展荟萃分析的结果。结论 CPEB4作为泛癌中的矛盾因子,可作为肿瘤患者病情的检测指标及预后的重要参考因素。  相似文献   

4.
目的 探讨硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3(TXNRD3)在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响。方法 利用基因型-组织表达研究项目数据库、癌症细胞系百科全书数据库和癌症基因组图谱数据库,从硒蛋白基因TXNRD3出发,探讨其在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响,探讨TXNRD3与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性,以及与免疫新抗原、免疫检查点、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性等的相关性,根据TXNRD3基因表达水平将人类肿瘤样本分为高、低表达组,并且对其进行生物功能和信号通路的富集分析。结果 多个数据库的差异分析结果显示TXNRD3在15种肿瘤中高表达。生存分析显示TXNRD3与胰腺癌患者预后不良显著相关。此外,TXNRD3的表达水平与肿瘤免疫浸润相关,也与免疫新抗原、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性相关。TXNRD3影响DNA错配修复基因的表达。通过基因集富集分析显示TXNRD3参与调节许多涉及肿瘤代谢和肿瘤免疫的信号通路。结论 TXNRD3在肿瘤中广泛表达,TXNRD3对多种肿瘤的生存预后和治疗具有临床价值,揭示了TXNRD3在肿瘤靶向治疗中的潜力,表明TXNRD3在多种肿瘤中是一种很有前景的肿瘤预测生物标志物。  相似文献   

5.
吕泊宁  宋红权  焦晓辉 《黑龙江医学》2021,45(15):1573-1578
SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标.  相似文献   

6.
目的 分析层粘连蛋白3(Laminin subunit alpha 3,LAMA3)在泛癌中的表达水平及其与泛癌患者预后、免疫微环境之间的关系。方法 本研究从多个数据库中收集转录组、预后、免疫相关数据,可视化分析LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性。结果 与正常组织相比,LAMA3在11种肿瘤中显著高表达,如结肠癌(colon adenocarcinoma,COAD),肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC),胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)等;在11种肿瘤中显著低表达,如胶质母细胞瘤(glioblastoma multiforme, GBM)、脑低级别胶质瘤(brain lower grade glioma,LGG)、皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)等。LAMA3表达水平不仅与包括PAAD在内的多种肿瘤预后显著相关,还与SKCM等多种肿瘤的肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)、微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)和肿瘤免疫浸润显著相关。此外,基因共表达分析结果表明LAMA3与多种常见的免疫基因表达显著相关。结论 LAMA3可作为泛癌预后、免疫治疗反应评估的生物标志物。  相似文献   

7.
王宏伟  董严  梁后杰 《重庆医学》2022,51(9):1569-1577
目的 探讨泛癌中Raf激酶家族成员表达对患者预后及肿瘤微环境的影响。方法 从TCGA数据库下载泛癌的基因组、转录组及临床数据。分析泛癌中Raf激酶家族的表达水平,在细胞系及组织中验证,并探讨Raf激酶家族基因的表达与肿瘤基质、免疫评分、RNA干性评分(RNAss)、DNA干性评分(DNAss)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)及药物敏感性的相关性。结果 多种肿瘤中,A-Raf、B-Raf、Raf-1癌细胞系和癌组织中的表达与正常细胞系、癌旁组织有差异,Raf激酶家族成员表达水平与患者的预后、肿瘤基质、免疫评分、RNAss、DNAss、MSI及TMB呈显著相关。Raf激酶家族基因的表达水平与某些药物的敏感性有关。结论 Raf激酶家族成员在多种肿瘤进展中起重要作用。  相似文献   

8.
目的 分析血红素加氧酶1(HMOX1)在泛癌中的表达及其在肿瘤预后中的作用。方法 采用肿瘤免疫数据库TIMER2.0和GEPIA2工具分析HMOX1在各癌症中的表达,探讨不同癌症中HMOX1表达与癌症相关纤维细胞浸润水平的关系;采用GEPIA2数据库分析不同癌症中HMOX1表达与癌症总生存期和无病生存期的关系;采用STRING和GEPIA2数据库得到HMOX1的相关蛋白互作网络图。结果 HMOX1在癌症中的发病机制与炎症反应、细胞黏附有关,大多数基因编码定位在质膜上,并发挥三磷酸鸟苷结合和蛋白结合的分子功能。HMOX1在多种癌症中高表达,并且与肿瘤患者预后存在相关性;HMOX1的表达与膀胱尿路上皮癌、结肠癌、头颈鳞状细胞癌、脑低级别胶质瘤、胰腺癌、胃癌、睾丸生殖细胞癌等癌症相关成纤维细胞浸润水平呈正相关。结论 HMOX1的表达与多种癌症临床预后、免疫浸润等存在相关性,通过泛癌分析,有助于从临床肿瘤样本角度阐述HMOX1在肿瘤发生中的作用。  相似文献   

9.
目的 探究ATP柠檬酸裂合酶(ACLY)在肝细胞癌(HCC)发生发展中的作用及其对HCC免疫微环境的影响。方法 采用美国阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析网站和肿瘤基因表达谱交互分析数据库在线检索ACLY在癌症基因组图谱数据库收录的不同肿瘤中的表达情况和预后改变,选取HCC为疾病模型,分析ACLY在基因表达数据库HCC标本中的表达情况,并采集HCC患者临床标本在mRNA、蛋白水平进行表达验证;同时在细胞水平敲减ACLY,并利用转录组测序分析差异表达基因,进行细胞增殖实验等功能验证;探讨ACLY与肿瘤微环境中免疫细胞及免疫浸润的相关性,以及与免疫新抗原、免疫检查点基因的相关性。结果 ACLY基因在包括HCC在内的多种实体瘤中高表达(P均<0.05),且ACLY高表达与HCC的总体存活率具有显著相关性(P=0.005)。ACLY的高表达可影响包括肿瘤相关成纤维细胞在内的多种免疫细胞的数量以及脂代谢基因的表达(P均<0.05)。结论 ACLY与HCC的发生发展及脂代谢异常密切相关,并对HCC的免疫微环境造成一定程度的影响。  相似文献   

10.
陈熹  宋红权  焦晓辉 《黑龙江医学》2021,45(15):1590-1594
目的:CMTM基因是人类趋化因子样基因超家族的新成员.已有研究表示CMTM6在不同的肿瘤中发挥着不同的作用.本研究旨在探讨CMTM6在泛癌中的预后,并研究CMTM6表达与免疫浸润的关系.方法:在本研究中,我们在TIMER、PrognoScan、Kaplan-Meier Plotter等多个数据库中,研究了CMTM6在泛癌中的表达模式和预后价值.然后,利用TIMER数据库及ESTIMATE算法,研究了CMTM6在癌症中的表达与免疫浸润的相关性.结果:总体来说,与正常组织相比,在多个肿瘤组织中CMTM6异常表达.生存分析表明,CMTM6在4种癌症中预后较差,包括肾透明细胞癌(KIRC),肝细胞癌(LIHC),胰腺导管腺癌(PDAC),嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG).在另外5种癌症中,CMTM6则预后较好,包括膀胱癌(BLCA),乳腺癌(BRCA),胸腺瘤(THYM),甲状腺腺瘤(THCA),子宫体子宫内膜癌(UCEC).CMTM6的表达与B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞的免疫浸润情况呈显著正相关.ESTI-MATE算法来计算TCGA队列中每个样品的免疫评分.结论:CMTM6可作为泛癌的预后生物标志物,并且与免疫浸润有关.  相似文献   

11.
目的 探讨Toll样受体4(toll-likereceptors,TLR4)在不同癌症类型的表达水平、预后结果、免疫浸润等。方法使用GEO数据库、TCGA数据库、人类蛋白质图谱(humanproteinatlas,HPA)和多种生物信息工具对TLR4进行泛癌分析,从分子水平、基因表达水平、生存状态、免疫浸润、基因突变以及相关细胞代谢途径等方面来探讨TLR4在不同类型癌症发生发展和癌症患者临床预后中的作用。结果 TLR4在大多数癌症中呈现低表达(P<0.05),并且与癌症患者的预后有一定的相关性(P<0.05),TLR4在多数癌症的表达与癌相关成纤维细胞(cancer-associatedfibroblasts,CAFs)浸润有关。TLR4参与到免疫应答、DNA转录调控、肿瘤增殖、凋亡、翻译后修饰和自噬等多种生物过程。结论TLR4表达与癌症患者临床预后和免疫细胞浸润存在统计学相关性,这将有助于人们从临床角度认识TLR4在癌症发生发展中所扮演的角色。  相似文献   

12.
目的:通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法:采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源(TIMER2.0)、肿瘤免疫共基因小鼠(TISMO)、肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)和基因集癌症分析(GSCA)数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果:与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌(BRCA)、结肠腺癌(COAD)、食道癌(ESCA)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肾透明细胞癌(KIRC)、肾性肾乳头状细胞癌(...  相似文献   

13.
目的 探究序列相似家族111成员A(family with sequence similarity 111 member A,FAM111A)、FAM111B在泛癌中的肿瘤预后、肿瘤免疫及抗癌药物敏感性。方法 在癌症基因体图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库下载和整理FAM111A和FAM111B在33种肿瘤及11 057例样本的mRNA表达水平及临床生存相关数据,下载UCSC Xena数据库中关于33种肿瘤干细胞评分相关数据,下载CellMiner数据库样本的基因表达与药敏结果的数据。对FAM111A与FAM111B在肿瘤中作用进行多方面研究。结果 FAM111A和FAM111B的相关性较强(r=0.42,P<0.05),FAM111A和FAM111B在多种肿瘤中普遍高表达(P<0.05),且FAM111A和FAM111B可以预测多种肿瘤患者的生存率(P<0.05)。泛癌免疫亚型分析显示,FAM111A和FAM111B在6种肿瘤免疫亚型显著表达(P<0.001)。FAM111A和FAM111B的表达与免疫评分、间质评分及总评...  相似文献   

14.
目的 探索睾丸蛋白聚糖2(sparc/osteonectin,cwcv and kazal-like domains proteoglycan 2, SPOCK2)在泛癌中的预后及免疫治疗反应中的作用。方法 基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)和临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium, CPTAC)数据库检测SPOCK2在肿瘤组织与正常组织中的表达差异,并通过人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)数据库SPOCK2进行初步验证。关于SPOCK2对患者生存预后的影响采用Kaplan-Meier方法进行分析。采用基因富集工具进一步分析SPOCK2在肿瘤中参与的通路。最后通过桑格数据库研究SPOCK2与免疫细胞及免疫相关基因的关系。结果 SPOCK2在14种肿瘤中高表达,在12种肿瘤中低表达,且HPA数据库显示在肝细胞性肝癌、甲状腺癌、皮肤黑色素瘤及卵巢浆液性囊腺癌中SPOCK2高表达,与基因表达水平分析结果一致。生存分析结果表明SPOCK2高...  相似文献   

15.
目的 探讨肺腺癌免疫微环境特征基因以及相关基因对患者生存时间及免疫检查点抑制剂(ICB)疗效的预测价值。方法 使用非负矩阵分解(NMF)聚类分析在癌症基因图谱(TCGA)数据库肺腺癌患者测序数据集(TCGA-LUAD)中鉴定不同的免疫亚型,并对免疫亚型进行肿瘤纯度评估、免疫应答评分(TIDE评分)、肿瘤突变负荷(TMB)分析以及基因组DNA拷贝数变异(CNV)分析。对GSE136961数据集和TCGA-LUAD数据集中的基因表达进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)。使用R语言中ClusterProfiler包对获得的基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析;利用Cytoscape的regulon模块进行转录调控网络分析;使用SPSS 25.0统计软件绘制Kaplan-Meier曲线进行生存分析。结果 TCGA-LUAD数据集中鉴定出C1、C2 2种免疫亚型。2种免疫亚型中,C2免疫亚型的免疫应答评分显著高于C1免疫亚型(P <0.05);C2免疫亚型TIDE评分、TMB低于C1免疫亚型(均P <0.05)。对GSE136961数据集...  相似文献   

16.
目的 分析ADAP2基因与肺鳞癌患者预后及其与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关联.方法 下载TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库肺鳞癌患者临床信息和癌组织ADAP2基因转录水平,运用KM生存曲线和Cox比例风险模型分析ADAP2基因和患者预后的关联;采用xCell数据库分析ADAP2基因表达和肿瘤...  相似文献   

17.
目的 泛癌分析长链非编码RNA(lncRNA)MIR22HG的表达及其与临床特征的关系。方法 R语言分析癌症基因组图谱(TCGA)中MIR22HG在不同肿瘤组织中的表达及其与临床分期、淋巴结转移、肿瘤突变负荷(TMB)及微卫星不稳定(MSI)的关系;应用TIMER比较MIR22HG表达与免疫浸润的关系;使用cBioPortal分析MIR22HG的突变频率及其与预后的关系;使用GDSC在线数据库分析MIR22HG与化疗药物敏感性的关系。利用GEO数据库肝癌数据集和12对肝癌标本验证MIR22HG在肝癌中的表达及其与索拉非尼治疗反应的关系;分析MIR22HG表达与索拉非尼治疗预后的关系;在肝癌细胞株HCC-LM3中过表达MIR22HG(NC组,MIR22HG过表达组),在肝癌细胞株MHCC-97H中敲除MIR22HG(NC组,sh-MIR22HG组),采用CCK-8检测肝癌细胞中MIR22HG对索拉非尼IC50的影响。结果 MIR22HG在大多数肿瘤中低表达(P<0.05),且多数肿瘤中MIR22HG基因存在缺失突变,其突变与肿瘤不良预后相关(P<0.05)。MIR22HG的表达水平与多种肿瘤的临床分期及淋巴结转移相关(P<0.05)。在多种肿瘤中MIR22HG的表达水平与TBM、MSI、免疫评分、免疫检查点相关基因表达及化疗药的药物敏感性显著相关(P<0.05)。6种常见免疫细胞中,中性粒细胞浸润水平与MIR22HG的表达水平相关性最强,尤其在乳腺癌、直肠癌及肾乳头状细胞癌中明显。多个数据集的分析结果验证MIR22HG在肝癌中低表达,且其低表达与肝癌进展相关(P<0.05)。MIR22HG低表达的患者经索拉非尼治疗后预后较好(HR=2.94, P=0.075),其低表达能有效预测肝癌患者索拉非尼治疗效果(AUC=0.8095)。过表达MIR22HG能降低肝癌细胞对索拉非尼的敏感性(IC50 NC vs IC50 MIR22HG=7.731 vs 15.61);而敲除MIR22HG的表达则能增加肝癌细胞对索拉非尼的敏感性(IC50 NC vs IC50sh-MIR22HG=7.986 vs 5.085)。结论 MIR22HG的表达与多种肿瘤的分期、有否淋巴结转移、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、免疫细胞浸润及化疗药物敏感性相关。  相似文献   

18.
目的:通过生物信息学分析筛选胃腺癌的差异表达免疫相关基因及癌症相关通路,结合免疫细胞微环境预测胃腺癌的预后。方法:从癌症基因图谱数据库(TCGA)和基因表达(GEO)数据库下载RNA测序数据和临床数据通过生物信息学分析,获得343例胃腺癌组织和30例正常组织中差异表达的免疫相关基因;根据单因素和多因素Cox回归分析筛选...  相似文献   

19.
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值.方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析...  相似文献   

20.
目的 利用公共数据库分析胶质母细胞瘤(GBM)免疫微环境,寻找有效评价GBM免疫微环境的方法,以期提高GBM免疫治疗的有效性和准确判断预后。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)网站下载GBM患者的临床信息、转录组数据和基因突变数据。单样本基因富集分析评估免疫细胞浸润程度;K-means法样本聚类;“limma”包计算差异基因;主成分分析法进行免疫浸润细胞(ICI)打分;“ggpubr”和“reshape”R包分析患者肿瘤突变负荷(TMB)与ICI之间相关性;“Survival”包绘制K-M生存曲线;“clusterProfiler”R包做基因GO富集分析;使用Java GESA software(version 4.1.0)和“h.all.v7.2.symbols.gmt”作为参考基因集进行基因功能富集分析。结果 GBM样本可聚类分为5种免疫亚型(A-E);免疫得分与患者生存时间相关,高、低免疫得分组患者间生存时间存在明显差异(P<0.01),ICI高打分组生存时间明显较长;TMB与ICI无相关性,但低TBM-低ICI患者生存最差;高、低ICI组的基因富集情况不同。结论 GBM患者...  相似文献   

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