蛋白质-蛋白质相互作用数据库的研究进展

随着人类蛋白质组学的飞速发展,出现了大量的蛋白质相互作用及其网络数据,因此寻找和预测蛋白质相互作用的生物信息学方法成了研究蛋白质互作必不可少的工具之一,本文主要从生物信息学角度对蛋白质相互作用数据库做一下简单的介绍,包括各数据库的来源、主要功能、应用范围、目前的发展状况及将来的发展方向等方面.     

蛋白质相互作用的文本挖掘研究进展

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质调控,因此研究蛋白质间的相互作用成为理解生命活动的基础。使用文本挖掘方法研究蛋白质相互作用可以充分利用现有的大量文献揭示出与蛋白质相关的潜在知识,构造蛋白质相互作用网络。着重从相关的语料集和工具、所涉及的技术和方法等方面,对蛋白质相互作用的文本挖掘进行综述,并对研究前景进行展望。     

原子力显微镜在DNA和蛋白质相互作用方面的研究进展

评述了原子力显微镜在研究DNA和蛋白质相互作用领域的应用进展。AFM可在空气和液体中对静态的DNA-protein复合体进行成像,也可在液体中实时观察DNA和protein的反应过程。而且,力模式AFM还可获得DNA和protein分子间作用力的信息。AFM已揭示了许多基因调控的机制,也必将在生命科学的研究中起到越来越重要的作用。     

免疫系统蛋白质相互作用的研究方法

对于相互作用蛋白的研究,有助于了解蛋白在细胞内如何发挥其生理功能.在人类基因组计划草图公布以后,基于蛋白质组学的蛋白谱研究逐渐得到重视,在此背景下,蛋白质相互作用的研究也逐步受到关注.对于蛋白质组学研究范围内所有蛋白质的相互作用的研究,被称作"相互作用组"[1].     

HBx与宿主蛋白质的相互作用

HBx是哺乳动物嗜肝性 HBV的 X读码框所编码的 HBV中唯一具有多种调控功能的病毒蛋白质。这些调控作用包括 :激活宿主细胞和病毒自身基因的转录、调控凋亡、抑制细胞中受损 DNA的外切修复反应以及激活细胞中信号转导通路如 :MAPK、JAK、STAT的级联反应等 ;HBx通过这样的多种调控作用直接或间接地对病毒自身的复制与增殖以及宿主细胞中基因的表达与调控、细胞的凋亡与癌变等过程都产生了广泛的影响     

表达克隆技术在蛋白质相互作用研究中的应用

相互作用蛋白的发现与研究有助于精确地掌握蛋白质相互作用网络中各个蛋白之间的联系以及这些联系产生的生理功能。表达克隆筛选技术是经典的相互作用蛋白筛选技术之一,其基本原理是选择可能还有目的基因的文库,根据实验需要设计不同的筛选方式,经过反复筛选富集目的基因,再通过大规模测序获得目的基因序列。本文着重对报告基因筛选、黏附筛选、血清学筛选等不同筛选方法进行概括总结,为更好地利用这一方法进行相互作用蛋白筛选提供参考。     

基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合

研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。     

发现蛋白质相互作用的新途径—酵母双杂交系统

酵母双杂交系统又称相互作用陷阱，是研究蛋白质相互作用，发现新基因的新兴的分子遗传传学技术，文中介绍了该技术的基本原理，操作程序和应用前景。     

TPR基序——一种介导蛋白质相互作用的结构域

TPR蛋白家族成员功能复杂,均含有TPR基序。该基序是一个含有34个氨基酸的重复序列,通常串行排列。通过形成特殊的空间结构,介导蛋白质的相互作用,并在一些重要的蛋白复合物形成中非常重要。本文拟就TPR基序的结构及功能作一简要综述。     

运动神经元生存蛋白及其相互作用蛋白研究进展

运动神经元生存蛋白(survival of motor neurons，SMN)是脊肌萎缩症的基因产物．目前对SMN蛋白的功能研究已成为探讨脊肌萎缩症发病机理的热点。本文就SMN蛋白的结构、组织分布及功能研究现状作一综述。     

14-3-3蛋白的研究进展

14-3-3是一个在真核生物中广泛表达的酸性蛋白家族,主要以同源/异源二聚体形式存在,通过磷酸化丝/苏氨酸作用与靶蛋白或靶蛋白的2个结构域结合。7种不同亚型的高度保守的14-3-3蛋白与人类细胞中多种不同的信号通路有密切的关系。14-3-3通过调节靶蛋白间的相互作用在信号转导途径中发挥调控作用。     

Role of midkine-progranulin interaction during angiogenesis of hepatocellular carcinoma

Midkine (MK) is a heparin-binding growth factor involved in growth, survival, migration, and differentiation of various target cells and dysregulation of MK signaling is implicated in a variety of inflammatory diseases and cancers. Although MK has been reported to act on endothelial cells and to have proangiogenic effects, the exact role of MK in angiogenesis is poorly defined. Progranulin (PGRN) is a secreted glycoprotein that functions as an important regulator of development, cell cycle progression, cell motility, tumorigenesis, angiogenesis. We screened the PGRN from the hepatic cancer cell cDNA library which was interacted with MK, and confirmed the binding by co-immunoprecipitation and co-localization. During our study, the interaction between MK and PGRN had the important role on the HUVECs proliferation, migration, and tubulogenesis, which indicated the interaction may regulate the angiogenesis, also the in vivo angiogenesis model CAM showed the promotion effect stimulated by MK and PGRN. These findings provide the first evidence linking the association of MK and PGRN and may identify the mechanism of MK during the hepatocellular carcinoma angiogenesis.     

Molecular interaction between prion protein and GFAP both in native and recombinant forms in vitro

Gliosis of glial fibrillary acidic protein (GFAP) associated astrocytes is considered to be one of the hallmarks of transmissible spongiform encephalopathies (TSEs). In the present study, remarkable GFAP-PrP(Sc) or GFAP-PrP(C) complexes were separately detected in the brain homogenates of 263 K (Scrapie)-infected or normal hamsters by co-immunoprecipitation assay. To get more exact molecular evidences for interaction between prion protein (PrP) and GFAP, various recombinant PrP or GFAP proteins were expressed using prokaryotic-expressing and in vitro translation system. Using pull down and co-immunoprecipitation assays, reliable molecular interaction between PrP and GFAP was observed, and proteinase K (PK)-digested PrP(Sc) molecules were confirmed to be able to bind the recombinant GFAP specifically as well. The region within PrP that was responsible for interaction with GFAP was narrowed to PK-resistant core of PrP (i.e. aa 91-230). The study of the association of PrP with GFAP supplies the molecular evidence for the observation of co-localization of PrP(Sc) and GFAP in the brains of TSEs and may further provide insight into a potential role of GFAP in the biological function of PrP and the pathogenesis of prion diseases.     

蛋白质精氨酸甲基转移酶的研究进展

蛋白质精氨酸甲基转移酶（protein arginine methyltransferases,PRMTs）是一种在哺乳动物中常见的酶类,负责对蛋白质底物中的精氨酸进行甲基化。精氨酸甲基化是一种广泛的翻译后修饰方式,涉及RNA加工、转录调控、信号转导、DNA修复等多种细胞过程,并参与调节蛋白质与蛋白质之间的相互作用。 PRMTs表达异常与肿瘤、病毒感染、心血管系统疾病等密切相关。     

酵母双杂交系统在膜蛋白相互作用研究中的应用

膜相关蛋白约占细胞总蛋白质中的1/3,它们大都参与了细胞的诸多生理、病理过程和药物反应机理.研究膜蛋白的相互作用对于揭示细胞的生命活动规律及寻找药物作用靶标都有重要的意义.由于膜蛋白本身的特性及其难以进入核内等原因,经典的酵母双杂交技术并不适用于检测膜蛋白间的相互作用.针对在活细胞中研究膜蛋白相互作用的需要,近年来国际上先后发展了一系列用于膜蛋白相互作用研究的酵母双杂交新系统,并取得了许多重要发现.     

脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白的研究进展

脂肪酸结合蛋白( fatty acid binding protein, FABP)是低分子质量胞浆蛋白超家族， 脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty-acid binding protein, A-FABP/ aP2)为该家族成员之一。A-FABP可逆性地结合饱和及不饱和长链脂肪酸，促进脂肪酸的代谢和转运，调控脂类生成及降解。近年来研究表明, A-FABP生物反应在脂类代谢和各种疾病中显示出重要作用，尤其与代谢综合征、动脉粥样硬化关系密切。     

Formation of a complex of human plasma myeloperoxidase and opsonins

Human neutrophil myeloperoxidase adsorbs on immobilized fibronectin or IgG under conditions approaching the physiological ones. Immobilized myeloperoxidase binds liquid-phase plasma fibronectins and thermoaggregated IgG, but not native IgG. Protein-myeloperoxidase interaction is thought to be the mechanism arming phagocytes with this enzyme in the course of phagocytosis of pathogenic microorganisms and to be one means of preventing tissue injury by oxidants generated by extracellular myeloperoxidase. Translated fromByulleten' Eksperimental'noi Biologii i Meditsiny, Vol. 120, N ^o . 9, pp. 320–322, September, 1995 Presented by A. N. Klimov. Member of the Russian Academy of Medical Sciences     

表皮型脂肪酸结合蛋白的研究进展

表皮型脂肪酸结合蛋白（epidermal fatty acid binding protein,E-FABP）是脂肪酸结合蛋白家族中的成员,已经证实E-FABP不仅在皮肤组织中的角质形成细胞有表达,还在多种细胞和组织中有表达。最近研究表明,E-FABP与包括肿瘤在内的多种疾病的发生发展密切相关。