不可分型流感嗜血杆菌外膜蛋白P6的生物信息学分析

目的克隆不可分型流感嗜血杆菌ATCC49247外膜蛋白P6基因,并对其编码蛋白进行分析。方法以标准菌株ATCC49247NTHI DNA为模板,PCR扩增P6目的基因,构建重组质粒pGEX-6P2/P6并测序,利用生物信息软件和GenBank数据库对编码外膜蛋白P6进行同源性分析,预测其主要理化性质、结构功能、B细胞抗原表位和T细胞抗原表位。结果 ATCC49247 P6基因核苷酸序列长度为462 bp,与不可分型流感嗜血杆菌外膜蛋白P6基因核苷酸同源性为99.17%～100%,编码蛋白氨基酸同源性为96.18%～100%。编码蛋白含有153个氨基酸,相对分子质量为16.137 94×10~3,等电点6.09,为亲水性蛋白;该蛋白含有信号肽和3个结构域,无跨膜结构域;综合蛋白质的二级结构、亲疏水性、柔性、表面可及性和抗原指数预测该蛋白含有6个优势B细胞抗原表位,有7个CTL细胞抗原表位及16个Th细胞抗原表位。结论成功克隆外膜蛋白P6基因,生物信息学方法预测分析ATCC49247外膜蛋白P6高度保守,免疫原性强,可作为流感嗜血杆菌候选疫苗和疫苗载体。     

多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因的克隆及T、B细胞表位预测

目的采用RT-PCR方法克隆多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因(EmSEVERIN),并进行T、B细胞表位等生物信息学分析。方法根据细粒棘球绦虫SEVERIN基因序列设计特异引物,以多房棘球绦虫原头蚴cDNA为模板扩增目的基因并测序。利用ProtParam、SMART、MotifScan、SWISS-MODEL等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测Emseverin基因编码蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、三维结构及T、B细胞表位。结果成功克隆了长度为1 002 bp的EmSEVERIN基因,该基因编码蛋白由333 aa组成,等电点为6.10,含有3个类凝溶胶蛋白结构域,属于凝溶胶蛋白超家族。多房棘球绦虫SEVERIN蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为34-49 aa、78-97 aa、160-187 aa、251-272 aa、295-314 aa。结论通过生物信息学方法筛选出多房棘球绦虫SEVERIN蛋白的5个T、B细胞联合表位,为抗棘球蚴病短肽疫苗的研制提供了理论基础。     

多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因的克隆及T、B细胞表位预测北大核心CSCD

目的采用RT-PCR方法克隆多房棘球绦虫SEVERIN蛋白基因(EmSEVERIN),并进行T、B细胞表位等生物信息学分析。方法根据细粒棘球绦虫SEVERIN基因序列设计特异引物,以多房棘球绦虫原头蚴cDNA为模板扩增目的基因并测序。利用ProtParam、SMART、MotifScan、SWISS-MODEL等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测Emseverin基因编码蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、三维结构及T、B细胞表位。结果成功克隆了长度为1 002 bp的EmSEVERIN基因,该基因编码蛋白由333 aa组成,等电点为6.10,含有3个类凝溶胶蛋白结构域,属于凝溶胶蛋白超家族。多房棘球绦虫SEVERIN蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为34-49 aa、78-97 aa、160-187 aa、251-272 aa、295-314 aa。结论通过生物信息学方法筛选出多房棘球绦虫SEVERIN蛋白的5个T、B细胞联合表位,为抗棘球蚴病短肽疫苗的研制提供了理论基础。     

弓形虫ROP31基因克隆及生物信息学分析

目的构建弓形虫ROP31基因重组真核表达载体,对其编码的蛋白进行生物信息学分析。方法提取弓形虫RH株速殖子总RNA,采用PCR扩增ROP31基因,构建其真核表达载体pET30a-ROP31。通过生物信息学软件结合在线程序分析ROP31基因编码蛋白的理化性质、抗原表位、空间结构等。结果 ROP31基因PCR扩增产物大小约1500bp,与预期一致,构建的重组质粒经双酶切鉴定表明目的基因插入正确。生物信息学分析ROP31基因编码蛋白有多个磷酸化修饰位点,具备多个跨膜区域;二级结构和空间结构分析ROP31蛋白与ROP家族优秀DNA疫苗ROP5、ROP17、ROP18在结构上相似;IEDB在线程序及DNA MAN软件分析ROP31蛋白具备比SAG1更为优秀的线性T、B细胞表位。结论成功构建重组真核表达载体pROP31,生物信息学分析其编码的ROP31蛋白具备优秀的细胞表位,这将为弓形虫ROP31DNA疫苗的研究提供理论依据。     

HIV-1 gp41蛋白的主要特性及B/T细胞表位预测

目的采用生物信息学方法分析HIV-1 gp41跨膜糖蛋白的基因序列及其编码蛋白的结构特征,并预测可能的B/T细胞表位,为艾滋病疫苗及多肽药物开发提供理论依据。方法从NCBI GenBank数据库获取gp41基因及其编码蛋白序列,综合运用ExPASy ProtParam tool、SOPMA、TMpred、Motifscan、ABCpred、Bepipred、CTLPred和IEDB等在线软件分别预测其低级结构、跨膜区、翻译后修饰位点、B/T细胞表位。结果 HIV-1 gp41基因ORF长度为666 bp,编码222个氨基酸。该gp41蛋白共3 627个原子,相对分子质量为25.642 5×10~3,分子式为C_(1164)H_(1815)N_(317)O_(325)S_6。理论等电点为8.60,是稳定的疏水性蛋白。gp41蛋白具有无规则卷曲55个,占24.77%;13个翻译后修饰位点,存在N-糖基化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化、N-酰胺化、蛋白激酶C磷酸化等修饰。gp41蛋白N-末端存在跨膜螺旋区,分别位于第2-20,80-97和171-192位氨基酸处,这3个螺旋区的总评分为4 614。预测gp41蛋白含有23个B细胞抗原表位,优势表位依次是87-102、93-108、113-128、78-93、151-166等;含有NKTYKEIWD、VERYLRDQR和EPDRPERIE 3个优势CTL细胞表位,分别位于第103-111、70-78、213-221位氨基酸处。结论预测gp41蛋白的B/T细胞表位进行预测,可为艾滋病疫苗及多肽药物的开发提供了理论依据。     

华支睾吸虫多药物/代谢产物外排蛋白样基因的识别和生物信息学分析

目的预测华支睾吸虫假想的多药物/代谢产物外排蛋白的结构及功能及其应用前景。方法利用多种生物信息学分析软件,从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库中识别出多药物/代谢产物外排蛋白样基因,分析蛋白的拓扑学结构、生物学和免疫学功能特征,根据结构与功能预测其应用前景。结果该基因编码189个氨基酸;含有5段跨膜区,N端在胞内,C端在胞外,具有主要协助因子超家族的结构特征。与日本血吸虫同源蛋白(一致性为67%,相似性为80%)相比,该蛋白的4段跨膜区中含有保守的精氨酸和组氨酸残基。该蛋白含有多个磷酸化位点和T、B细胞表位,且线性B细胞表位均位于胞外区。结论所克隆的华支睾吸虫基因可能编码一个小蛋白型阴离子多药物/代谢物外排蛋白;该蛋白可能定位于华支睾吸虫皮层表膜,是一个潜在的诊断和疫苗候选抗原和药物靶标分子。     

结核分枝杆菌GLCB蛋白的生物信息学分析

目的对结核分枝杆菌Rv1837c基因编码蛋白GLCB的结构和功能进行生物信息学分析和预测。方法自GenBank数据库中获取Rv1837c全部基因信息,运用ProtParam及ProtScale分别预测其编码的glcB蛋白理化性质和亲疏水性;使用SignalP,NetPhos和TMHMM分析glcB的信号肽、磷酸化位点、跨膜螺旋;分别利用SOPMA,SWISSMODEL分析glcB蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Vaxijen v2.0进行抗原性分析并用ABCpred预测glcB蛋白的B细胞抗原表位。结果 Rv1837c基因全长2 226bp,其编码的glcB蛋白含有741个氨基酸残基,疏水系数-0.1545,为亲水性蛋白,不稳定指数为33.81,定义其为稳定蛋白。glcB蛋白无信号肽和跨膜蛋白,含有大量磷酸化位点及B细胞抗原表位。结论生物信息学分析glcB蛋白为亲水性蛋白,具有潜在多个抗原表位,可作为结核病疫苗研发的候选蛋白。     

幽门螺杆菌OmpP1蛋白的生物信息学分析

目的应用生物学软件预测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)ompP1基因编码蛋白(OmpP1)的结构与功能。方法从NCBI数据库中获取ompP1基因的相关信息,应用软件MEGAX 10.0.5构建Hp进化树,应用生物信息学软件分析OmpP1蛋白的氨基酸序列、理化性质、跨膜区、信号肽、糖基化和磷酸化位点、空间结构以及抗原表位。结果 ompP1基因核苷酸序列编码区长1 764 bp,编码587个氨基酸;生物信息学分析显示ompP1基因在不同菌株间的同源性为96.2%~97.17%,其编码的OmpP1蛋白是一种性质稳定、偏碱性的亲水蛋白;该蛋白无跨膜区和信号肽,含有糖基化和磷酸化位点;OmpP1二级结构中含α-螺旋178个,延长链162个,β转角37个,无规则卷曲210个,分别占30.32%、27.60%、6.30%和35.78%;三级结构分析显示OmpP1含有OM_channels蛋白家族特征性结构域;BepiPred1.0和SYFPEITHI9预测该蛋白含有22个B淋巴细胞和28个CTL淋巴细胞相关抗原表位。结论 Hp OmpP1为碱性亲水性蛋白,含有T、B细胞抗原表位,可为其抗原性研究和高效表位疫苗的研发提供理论参考。     

结核分枝杆菌BfrB蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学软件分析及预测结核分枝杆菌Rv3841基因编码蛋白BfrB的结构与功能。方法从NCBI数据库中获取Rv3841基因及其编码序列;利用ProtParam及ProtScale预测BfrB蛋白的理化性质及亲疏水性;应用SignalP 4.0及TMHMM分析BfrB蛋白的信号肽及跨膜区;应用SOPMA及SWISS MODEL工具分析蛋白的二级结构,建立三级结构模型;利用Bepired1.0、ABCpred及SYFPEITHI、NetMHCIIpan预测蛋白的细胞表位,寻找最佳B细胞与T细胞抗原表位。结果 Rv3841编码的BfrB蛋白具有181个氨基酸残基,平均疏水系数为-0.277,为亲水性蛋白。BfrB蛋白无信号肽序列及跨膜区域,二级结构中α螺旋约占65.19%,β折叠6.63%,β折角4.97%,无规则卷曲23.2%。预测的B细胞、CTL细胞及Th细胞抗原表位分别为7、9、11个。结论生物信息学方法预测BfrB蛋白为亲水性蛋白,具有潜在的B、T细胞抗原表位,可作为研发新的结核病疫苗靶标。     

结核分枝杆菌PhoP蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学软件预测结核分枝杆菌PhoP基因编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库获取PhoP基本的基因信息及其编码序列氨基酸信息;应用ProtParam软件预测PhoP蛋白的理化性质;利用SignalIP4.1和TMHMM分析其信号肽和跨膜区;利用在线分析Expasy工具分析蛋白二级结构,建立蛋白三级结构模型;采用Bepipred 1.0Server和SYFPEITHI分析蛋白的B细胞及T细胞抗原表位。结果 PhopP蛋白共250个氨基酸,分子式为C1226H1974N346O364S4,原子总数3 914,半衰期为30h,预测该蛋白为稳定性亲水性蛋白;二级结构中α-螺旋、β-转角、β-折叠、无规则卷曲分别占36.03%、10.58%、24.7%和27.94%,预测的B细胞、CTL细胞抗原表位分别为21个和7个;PhoP基因与天蓝色链霉菌同源性较高;其编码蛋白的相互作用蛋白为PhoR、senX3、trcS等。结论生物信息学分析PhoP为稳定蛋白,且含有潜在的B、T细胞抗原表位,是结核病诊断及治疗的潜在候选因子。     

基于cDNA末端快速扩增的刚地弓形虫核仁G蛋白-1的克隆

目的　克隆弓形虫核仁G蛋白- 1(NOG1)基因的全长cDNA序列。方法　根据NCBIGeneBank中登录的弓形虫NOG1基因的唯一EST序列设计引物,利用cDNA 5’-末端快速扩增法(5’-RACE)和cDNA 3’-末端快速扩增法(3’-RACE)分别对已知序列进行延伸,将扩增获得的3’-端和5’-端未知序列与位于中间位置的已知序列进行拼接,然后经Blast检验全长序列的正确性。结果　5’-RACE扩增获得3个不同长度的片断,最长片断全长12 87bp ,去除引物和夹杂的已知序列后,通过5’-RACE在5’端扩增获得未知序列为1196bp。3’-RACE扩增后得到一条特异性条带,位于大约1.7kb左右,测序全长为16 34bp ,去除引物和已知序列,经3’-RACE扩增获得的3’-端未知序列为12 0 4bp。Blast全长为316 7bp的3段拼接序列,发现其覆盖NOG1基因cDNA的完整ORF或者CDS序列(6 5 0bp 2 80 9bp)。推导翻译出的蛋白质一级结构包含719个氨基酸(aa) ,在所有已发现物种的NOG1中,弓形虫NOG1基因的cDNA和相应的aa序列都是最长的。该序列已登录NCBIGeneBank ,核酸序列登录号AY6 86 734,对应蛋白质的aa序列登录号为AAT94 2 90。结论　本研究首次克隆获得了弓形虫NOG1基因的全长cDNA序列,并对相应的aa序列进行了推导翻译和简单分析。     

结核分枝杆菌Rv3407蛋白抗原表位的预测

目的预测结核分枝杆菌Rv3407的抗原表位。方法利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3407氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv3407蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,潜在的B细胞抗原表位较少,可能位于11-26、28-43、50-61、66-74、76-99位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较多,可能位于2-12、22-26、34-37、40-44、56-60、75-79、86-93位氨基酸残基或其附近。结论结核分枝杆菌Rv3407是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,B细胞抗原表位略少,预测结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与应用奠定了基础。     

日本血吸虫SjGrpE蛋白的表达 纯化 及多克隆抗体制备

目的　分析日本血吸虫核苷酸交换因子（SjGrpE）蛋白生物学特性,表达与纯化重组SjGrpE蛋白并测定其免疫原性。方法　采用生物信息学方法预测SjGrpE蛋白的氨基酸组成、分子量、亲/疏水性、跨膜区、信号肽、定位、磷酸化位点、泛素化位点、糖基化位点、二级和三级结构及B细胞表位。以日本血吸虫cDNA为模板,PCR扩增SjGrpE基因,将其双酶切后连接到pET28a载体得到重组质粒pET28a?SjGrpE。将pET28a?SjGrpE转化大肠埃希菌BL21,用IPTG诱导目的蛋白表达,并用镍离子亲和层析法纯化蛋白。将重组SjGrpE蛋白免疫小鼠,分离血清并鉴定获得的抗多克隆抗体。结果　 SjGrpE蛋白分子量约为24.3 kDa,是一种亲水性蛋白,无跨膜区、无信号肽,定位在线粒体;该蛋白含有18个磷酸化位点和2个泛素化位点,无糖基化位点,含有5个B细胞表位。SjGrpE基因全长为660 bp,成功构建重组质粒pET28a?SjGrpE并纯化获得重组SjGrpE蛋白。重组SjGrpE蛋白能够刺激小鼠分泌高滴度抗体。结论　成功制备重组SjGrpE蛋白,该蛋白具有良好免疫原性,为后续研究其作为日本血吸虫病疫苗候选分子的价值奠定了基础。     

结核分枝杆菌Rv3134c蛋白抗原表位的预测

目的 预测结核分枝杆菌Rv3134c的抗原表位,了解其免疫学特性。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3134c氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位,最后BLAST分析其与人类抗原表位的同源性。结果 Rv3134c蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有较多潜在的B细胞抗原表位,可能位于1-7、30-37、65-81、89-100、111-120、138-148、184-195、209-216、233-238位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较少,可能位于62-76、89-97、185-195、203-213、219-231、248-255位氨基酸残基或其附近。BLAST分析结果显示,其与人类抗原表位的同源性很低。结论 结核分枝杆菌Rv3134c是一个即含有较多B细胞抗原表位又含有较多T细胞抗原表位的蛋白抗原,实验结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与合成肽疫苗奠定了基础。     

细粒棘球蚴内蒙株FABP基因cDNA的克隆与核酸疫苗的构建

【提要】 根据GenBank中细粒棘球蚴脂肪酸结合蛋白(FABP)基因cDNA序列设计引物, 并在起始密码子前加上Kozak 序列(CCACC),提取细粒棘球蚴(内蒙株)的原头蚴总RNA,RT-PCR扩增目的基因。回收其纯化的产物克隆到 pMD19-T载体后进行序列分析。克隆到的FABP基因cDNA序列长402 bp,开放阅读框(ORF)编码133个氨基酸。FABP基因cDNA亚克隆到pcDNA3.1(+)中,构建核酸疫苗pcDNA3.1-FABP-NM, 经测序验证, 结果正确。     

鸟分枝杆菌MAV2928基因编码蛋白的生物信息学分析

目的运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取MAV2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0和PSORT Prediction工具预测PPE25-MAV蛋白的信号肽、跨膜区、亚细胞定位;采用NetPhos 3.1 Servera预测磷酸化位点,采用NCBI-Conserved domains分析蛋白的保守域结构;采用SPOMA软件在线分析PPE25MAV蛋白二级结构,使用SWISS-MODEL建立三级结构模型。运用ABCpred软件和IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位。结果MAV2928基因全长为1266 bp,编码蛋白PPE25-MAV含有421个氨基酸,为不稳定疏水蛋白,脂肪系数为72.66,无信号肽及跨膜区,定位于细胞质中。该蛋白含有52个磷酸位点,有1个保守域结构属于PPE超家族蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,结构较松散。预测该蛋白含有7个B细胞优势抗原表位和24个Th细胞表位。结论PPE25-MAV蛋白含有多个磷酸化位点,参与细胞信号的转导,含有7个优势B细胞抗原表位,为该蛋白作为候选疫苗抗原提供了理论基础。     

刚地弓形虫LDH-Like MDH cDNA的克隆和序列分析

目的获取弓形虫RH株速殖子苹果酸脱氢酶(MDH)的cDNA全长序列，并对推导翻译出的氨基酸(aa)序列进行分析。方法将NCBI GenBank中登录的弓形虫MDH EST序列进行比对、拼接和电子延伸，发现近5’末端的部分核酸序列缺失。基于分析，设计的上游、下游引物分别包含起始密码子ATG和终止密码子TGA(TGA→UGA)，使经RT-PCR扩增出的片段对应完整的CDS或者ORF。之后对MDHCDS推导翻译出的aa序列进行了保守功能域和同源性分析。结果本研究克隆的MDH的cDNA全长951bp，推导翻译出的蛋白质有316个aa组成，约35kDa，与预期大小接近。保守功能域分析表明，弓形虫MDH最接近类-乳酸脱氢酶型(lactate dehydrogenase-like)MDH，其准确定名缩写为LDH-like MDH，同时弓形虫MDH还具有其它脱氢酶类的特征。弓形虫MDH除与隐孢子虫和恶性疟原虫高度同源外，还与很多细菌等物种同源，但与人的同源性最低(22％)。弓形虫MDH cDNA序列在NGBI GenBank中登录号为AY650028，对应aa序列的登录号为AAT67462。结论本研究首次获得了弓形虫MDH基因的全长cDNA序列和对应的aa序列。MDH是三羧酸循环中的重要酶类，该酶活性的改变。将直接影响弓形虫的存活。弓形虫MDHaa序列与人MDH蛋白间的同源性很低，提示基于MDH蛋白作为药靶，经高通量技术筛选抗弓形虫药具有可行性。     

弓形虫GRA1基因核酸疫苗的实验研究

目的构建弓形虫致密颗粒蛋白GRA1基因的真核重组表达质粒,研究其在Hela细胞中的表达情况及其对动物弓形虫感染的免疫保护作用。方法以弓形虫总RNA为模板,利用设计合成的一对引物,通过RT-PCR方法体外扩增GRA1基因cDNA片段,构建pVAX1-GRA1重组真核表达质粒,并将其转染Hela细胞,验证其在真核细胞中的表达;用pVAX1-GRA1真核表达质粒注射免疫小鼠,通过检测血清特异IgG水平及血CD4+、CD8+细胞百分率并观察弓形虫感染小鼠的存活时间,评价其免疫保护力。结果 PCR扩增出573bp的GRA1开放阅读框,成功构建重组表达质粒pVAX1-GRA1。用间接免疫荧光方法在重组质粒转染后的Hela细胞中检测到特异蛋白,Western blot证实该蛋白具有反应原性,SDS-PAGE检测该蛋白分子质量单位为24ku。用构建的核酸疫苗免疫小鼠,随着免疫次数的增加血清特异性IgG抗体滴度逐渐增加,CD4+与CD8+T淋巴细胞百分率与对照组相比差异有统计学意义(P<0.01)。弓形虫RH速殖子攻击感染疫苗免疫组小鼠存活时间为(165±23.1)d,PBS对照组、pVAX1对照组分别为(144±16.3)d和(148±16.3)d,差异有统计学意义(P<0.05)。结论构建的真核表达质粒pVAX1-GRA1有一定的免疫保护性,为弓形虫基因疫苗的进一步研究奠定了基础。     

免疫筛选弓形虫速殖子cDNA文库

目的　为弓形虫疫苗研制提供新的候选分子。　方法　用弓形虫免疫兔血清作为探针筛选弓形虫速殖子cD NA文库 ,对阳性克隆的插入片段分别进行PCR扩增及DNA序列测定。　结果　筛选出 6个阳性克隆 ,其插入片段大小约为 45 0～ 2 0 0 0bp ,随机选取Toxo D2、Toxo D3、Toxo D5三个阳性克隆进行测序 ,将所得的序列与GenBank进行对比分析 ,发现Toxo D3与狒狒的线粒体DNA同源 ,Toxo D5与弓形虫致密颗粒蛋白 1序列同源 ,而Toxo D2为一新基因 (GenBank登录号为AY2 2 3 5 3 8) ,编码 3 68个氨基酸 ,有完整阅读框 ,PROSCAN分析显示该新基因含有 1个N 糖基化位点 ,9个蛋白激酶C磷酸化位点 ,7个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点 ,7个肉豆蔻酰化位点。　结论　新基因的获得为弓形虫病疫苗和免疫诊断的进一步研究奠定了基础。     

结核分枝杆菌Rv1419蛋白抗原表位的预测

 目的 预测结核分枝杆菌Rv1419蛋白的抗原表位。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv1419氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、可及性、柔韧性、电荷分布等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv1419蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有少数潜在的B细胞抗原肽表位（可能在67～70、72～82、142～154、131～137位氨基酸残基或其附近）,这些表位抗原性较好,都含有β转角和无规则卷曲结构,呈现在表面的可能性和柔韧性都较大。该蛋白含有较多潜在的T细胞抗原肽表位（可能在5～15、18～22、29～32、43～55、58～62、64～68、86～97、99～109、110～114、117～123、126～128、136～140位氨基酸残基或其附近）。结论 结核分枝杆菌Rv1419蛋白是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,也存在B细胞抗原表位,本研究结果为该蛋白抗原表位的进一步研究、应用奠定了基础。