多重PCR快速检测5种重要致病性弧菌

目的建立一种快速检测霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌、拟态弧菌和溶藻弧菌5种重要致病性弧菌的多重PCR方法。方法以霍乱弧菌omp W基因、副溶血性弧菌toxR基因、创伤弧菌vvh A基因、拟态弧菌VMH基因和溶藻弧菌gyr B基因为靶基因设计特异性引物,优化建立多重PCR反应体系,系统评价其特异性和检测下限值。结果成功构建致病性弧菌多重PCR检测方法。评价结果显示其特异性为100%,霍乱弧菌、副溶血性弧菌和拟态弧菌的检测下限值为100 CFU/ml,创伤弧菌和溶藻弧菌的检测下限值为1 000 CFU/ml;多重PCR的弧菌检出率明显高于传统分离培养方法(56%vs 17%)。结论该多重PCR方法快速、灵敏、特异性好,可用于海环境和水产品中致病性弧菌的监测。     

新型细菌耐药基因NDM-1实时PCR检测方法的建立

目的 建立灵敏、特异、快速的TaqMan荧光定量PCR方法用于快速检测新型细菌耐药基因NDM-1.方法 根据NCBI数据库中β-内酰胺酶类相关耐药基因的序列,详细进行比对,选择特异性最高的片段设计引物和TaqMan探针,建立基于TaqMan探针的实时荧光PCR方法.对所建立的实时荧光PCR检测方法进行灵敏度和特异度评价.结果 本方法对各种细菌病原体的新型细菌耐药基因NDM-1的检测具有高度特异性和灵敏度.优化后的引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为100 nmol/L,灵敏度和特异度均为100％.该方法的检测下限能达到1.0×102拷贝/μl,远远高于普通PCR1.0×105拷贝/μl的检测下限.结论 所建立的方法能够特异和敏感地检测携带NDM-1基因的超级细菌,能够作为携带有该基因细菌的灵敏快速的检测方法.     

霍乱毒素基因(ctx)和耐热直接溶血素基因(tdh)双重TaqMan实时PCR检测方法的建立

[目的]建立霍乱毒素和耐热直接溶血素基因双重TaqMan实时-PCR实验室检测方法。[方法]根据霍乱毒素基因(Cholera toxin gene,ctx)和耐热直接溶血素基因(thermostable direct hemolysin,tdh)的保守序列设计引物和TaqMan探针,建立检测霍乱毒素和耐热直接溶血素两种毒力基因的双重TaqMan实时PCR方法。对所建立的霍乱毒素基因和耐热直接溶血素基因双重TaqMan实时PCR检测方法进行灵敏度和特异度评价。[结果]建立了霍乱毒素基因和耐热直接溶血素基因双重TaqMan实时PCR的实验室检测方法。优化的tdh和ct双重TaqMan实时PCR反应体系中,ct引物和探针的浓度分别为200nmol/L和100nmol/L;tdh引物和探针的浓度分别为200nmol/L和100nmol/L。反应体系的灵敏度和特异度均为100%。优化的反应体系对两种质粒模板的检测下限均为1.0×102拷贝/μl,扩增效率分别为94%和97.7%。[结论]本研究建立了基于TaqMan探针的tdh和ct双重实时PCR检测方法,具有令人满意的灵敏度和特异度。检测下限能达到1.0×102拷贝/μl,高于普通PCR100倍。并且双重实时PCR能够在一个反应体系中同时检测两种毒力基因,这为费时又繁琐的传统检测方法提供了一种可靠又快速的替代选择。     

河弧菌Taqman实时荧光PCR检测方法建立

目的 建立以Taqman实时PCR检测河弧菌的方法.方法 根据河弧菌toxR基因的保守序列设计引物和Taqman探针,建立检测河弧菌的实时PCR方法;对引物和探针的浓度进行优化,对优化后建立的方法分别进行实验室内的灵敏度和特异性评价,并与常规PCR比较.结果 建立了检测河弧菌的实时PCR方法,经优化该方法选择引物的浓度为100 nmol/L,探针浓度为200 nmol/L;该方法对纯菌的检测下限为4.17×102cfu/mL,比常规PCR高1000倍;针对toxR基因建立的河弧菌实时PCR方法,对8种其他弧菌和肠道细菌的染色体无扩增.结论 建立的方法能够特异和敏感地检测河弧菌,可用于河弧菌的快速筛检.     

溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系的建立

目的:建立溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系。方法:根据溶藻弧菌胶原酶基因colH的保守序列设计一对引物和一条TaqMan探针,优化反应体系中的引物浓度和探针浓度,评价此反应体系的特异度,并确定其检测下限。结果:优化的反应体系中,引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为200 nmol/L,检测下限为1.0×102拷贝/μl,较普通PCR提高了100倍。特异度为100%。结论:本研究所建立的检测体系能够灵敏和特异地检测溶藻弧菌,可以作为溶藻弧菌的快速检测方法。     

分子信标实时荧光PCR检测登革病毒方法初步建立

目的建立登革病毒分子信标实时荧光PCR检测方法。方法针对登革病毒3’-UTR保守区设计引物和分子信标探针,构建阳性参考质粒,建立登革病毒分子信标实时荧光PCR检测方法。应用建立方法对血清标本进行检测,检测结果与Taq Man探针法进行比较。结果所建立的分子信标荧光PCR检测方法灵敏度达102copies/μL,与其它病毒无交叉反应;对70份血清标本检测结果与Taq Man探针法一致。结论所建立的分子信标荧光探针法具有较高的灵敏度和特异度。     

嗜水气单胞菌TaqMan实时PCR检测方法的建立

目的 建立嗜水气单胞菌TaqMan实时PCR实验室检测方法.方法 根据嗜水气单胞菌主要黏附素基因(aeromonas hydrophila major adhesion gene,ahe)的保守序列设计引物和TaqMan探针.引物选取200～700 nmol/L 6个浓度梯度,探针选取100～400 nmol/L 4个浓度梯度,以完全随机设计资料的方差分析分别优化引物和探针的浓度.以45株霍乱弧菌、20株副溶血弧菌、10株河流弧菌、4株拟态弧菌、5株创伤弧菌、1株溶藻弧菌、1株弗尼斯弧菌、5株沙门菌属细菌、10株志贺菌属细菌和2株类志贺邻单胞菌为对照,评价该方法的特异性.对所建立的方法进行菌液灵敏度检测和DNA灵敏度检测,并将嗜水气单胞菌人工污染健康人的粪便,实验室内评价该方法从粪便中检测嗜水气单胞菌的能力.结果 6组引物浓度所得的循环阈值(cycle threshold,Ct)分别为(x±s):20.69±0.33、20.72±0.21、20.81±0.12、20.74±0.12、20.51±0.16和20.69±0.11,选择上下游引物的浓度为200 nmol/L(F=1.33,P=0.28),4组探针浓度所得的Ct值分别为(x±s):20.56±0.08、20.82±0.05、20.82±0.11和20.9±0.09,选择探针的浓度为100 nmol/L(F=5.26,P=0.01).该方法DNA的榆测下限为100 fs/μl,纯菌液的检测下限为80 CFU/ml,粪便中嗜水气单胞菌的检测下限为8×103CFU/ml,人工粪便标本增菌8 h后的检测下限为8 CFU/ml.该方法对其他细菌的染色体无扩增.结论 以aha基因为目标检测片段建立的嗜水气单胞菌实时PCR方法灵敏度高、特异度强,可用于纯菌和粪便标本中嗜水气单胞菌的快速检测.     

实时荧光定量PCR快速检测腺病毒方法的建立与评价

目的建立针对人腺病毒Hexon基因的实时荧光定量Taq Man PCR检测方法,用于腺病毒感染的早期诊断及病毒核酸定量分析。方法根据人腺病毒Hexon基因高度保守区设计引物和Taq Man探针,建立人腺病毒实时荧光定量Taq Man PCR快速检测方法。对方法的灵敏度及特异性进行评价;选取3个浓度的标准品,进行5次重复检测,对方法的重复性进行验证;用该方法对90份临床标本进行检测。结果建立的检测方法对人腺病毒的检测与其它呼吸道病原无交叉反应;检测灵敏度为10拷贝/μl;对103、104、105拷贝/μl 3个浓度标准品分别进行5次重复检测,其Ct值的变异系数均小于5%。对临床90份发热病例的咽拭子标本检测的腺病毒阳性率为90%,与普通PCR检测法的结果(90%)一致;检测准确率达100%。结论本研究建立的Taq Man荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度和重复性均好,适用于人腺病毒的日常监测和暴发疫情的应急诊断。     

TaqMan探针双重荧光PCR法检测副溶血性弧菌毒力基因

目的建立同时检测副溶血性弧菌毒力基因tdh和trh的双重荧光PCR方法。方法筛选副溶血性弧菌tdh和trh毒力基因的特异性引物和探针,建立基于TaqMan探针双重荧光PCR扩增体系,进行特异性、灵敏度实验,并对本实验室保存的54株副溶血性弧菌进行tdh、trh毒力基因的检测,以了解不同来源的副溶血性弧菌携带毒力基因的状况。结果建立的双重荧光PCR方法特异度强(100%),最低检测浓度达到20 cfu/ml,对本实验室保存的副溶血性弧菌进行毒力基因的检测结果显示,从临床分离的10株副溶血性弧菌和海产品样品中分离的1株副溶血性弧菌均为tdh扩增阳性,trh扩增阴性。结论所建立的方法特异性好,灵敏度高,适用于副溶血性弧菌的毒力基因检测。     

Taq-Man实时荧光定量PCR同时检测O1和O139群霍乱弧菌

目的针对霍乱弧菌血清群各自编码O抗原的特异性基因建立能够快速、准确地同时检测O1和O139群霍乱弧菌的荧光PCR检测方法,并克服常用PCR检测方法中经常出现的假阳性现象。方法分别以rfbM和wbfR基因作为O1和O139群霍乱弧菌的模板设计引物和探针,通过优化反应条件建立了能够同时检测O1群和O139群霍乱弧菌的二联实时荧光定量PCR方法(FQ-PCR)。对该方法的特异性、灵敏度进行评估,并对10份模拟食品样品和133份临床样品进行了检测。结果特异性试验表明,该方法能选择性检测O1和O139群霍乱弧菌,能有效地避免O141群霍乱弧菌和拟态弧菌的假阳性,特异性为100%;灵敏度试验表明,O1群霍乱弧菌和O139群霍乱弧菌检出限分别为92cfu/ml和116cfu/ml;另外,试验建立的检测方法对模拟样品和临床样品检测结果与国标法的检测结果完全一致,符合率为100%。结论该实时荧光PCR检测方法能够同时检测O1和O139群霍乱弧菌,而且特异性好、灵敏度高,能有效克服假阳性,适用于基层疾病控制、口岸检疫单位日常疫情监测和临床诊断。     

金黄色葡萄球菌coa基因实时荧光PCR的建立及应用研究

目的建立金黄色葡萄球菌coa基因Taq Man-MGB探针实时荧光PCR,并在食品安全风险监测中应用。方法根据金黄色葡萄球菌coa基因序列设计引物与Taq Man-MGB探针,建立并优化实时荧光PCR反应体系,并在食品安全风险监测中应用,同步进行传统细菌分离,比较2种检测方法的符合性。结果建立金黄色葡萄球菌coa基因Taq Man-MGB探针实时荧光PCR仅需42 min可完成检测,与表皮葡萄球菌、链球菌等非目标细菌无交叉反应,对重组质粒的灵敏度达5 copy/μl;对200份食品安全风险监测标本进行快速筛查,检测出15份阳性,传统方法也从相应样本中分离出15株金黄色葡萄球菌。结论针对金黄色葡萄球菌coa基因建立的Taq Man-MGB探针实时荧光PCR,可提高食品检测速度和灵敏度。     

应用SYBR Green Ⅰ荧光PCR快速检测副溶血弧菌及其毒力基因

目的利用SYBR Green Ⅰ荧光PCR反应检测副溶血弧菌及其trh和tdh毒力基因。方法根据副溶血弧菌tlh基因设计引物,建立检测副溶血弧菌SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法,利用33株副溶血弧菌分离株以及22株其他种属细菌进行特异性和灵敏度评价。根据副溶血弧菌trh和tdh毒力基因序列设计引物,建立检测副溶血弧菌毒力基因的单重和双重SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法,并对这两种方法进行特异性和灵敏度评价。结果本研究中基于tlh基因的荧光PCR检测对全部33株副溶血弧菌检测为阳性,检测下限为5×101拷贝/μl,而22株其他种属细菌均为阴性。毒力基因trh和tdh均能特异性检测,其单重荧光PCR检测下限为5×101拷贝/μl,双重荧光PCR检测下限为5×102拷贝/μl。结论本研究建立了tlh作为靶基因检测副溶血弧菌的单重SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法和同时检测副溶血弧菌trh和tdh毒力基因的双重SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测方法,简化了毒力基因检测,有良好的实际应用前景。     

食物中毒中副溶血性弧菌和沙门菌双重荧光PCR检测方法的建立

目的建立双重荧光PCR用于检测食物中毒中副溶血性弧菌和沙门菌。方法设计特异性引物和探针用于扩增副溶血性弧菌tlh基因和沙门菌invA基因(invA),采用倍比稀释法检测方法的DNA灵敏度和菌液灵敏度,采用9株其他肠道致病菌验证方法的特异性。结果两种病原菌DNA检测灵敏度分别为65 fg/PCR和56 fg/PCR体系,菌液检测灵敏度分别为11 cfu/ml和9 cfu/ml,特异度100%。用建立的方法对4起食物中毒进行检测,共检出副溶血性弧菌15株和沙门菌8株。结论该方法高效并具有很高的灵敏性和特异性,在副溶血性弧菌和沙门菌引起的食物中毒的快速检测中具有广阔的应用前景。     

饮用水大肠菌群Taqman-MGB荧光定量PCR检测方法研究

[目的]建立快速、灵敏、特异的饮用水大肠菌群荧光定量PCR定量检测方法.[方法]以大肠菌群的lacZ基因为检测靶基因,设计荧光定量PER引物和Taqman-MGB探针,建立荧光定量PER定量反应体系,并评价荧光定量PER方法的灵敏度、特异性、重复性.[结果]建立大肠菌群的荧光定量PER检测方法.25μl荧光定量PER反应体系主要成分浓度分别为Mg2+5.0 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.2μmol/L,探针0.5μmol/L,4xROX参比荧光染料0.5μl,Taq DNA聚合酶2.0 U,模板5μl.方法可检出每微升单个拷贝大肠菌群模板,方法的特异性、重复性良好.[结论]荧光定量PER方法可快速、灵敏、特异地检出水质中大肠菌群,可为饮用水大肠菌群快速检测标准方法的建立提供参考.     

多重荧光定量PCR甄别霍乱弧菌方法的建立

目的 利用多重荧光定量PCR技术,建立一种快速、准确、特异甄别霍乱弧菌的定量方法.方法 分别根据霍乱弧菌霍乱毒素A亚单位基因(ctxA)和糖基转移酶基因(LPSgt)作为检测的靶基因,设计引物和TaqMan-MGB探针,探针的5'端分别用FAM和VIC进行荧光标记,3'端标记MGB.优化PCR扩增体系,对多重实时荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度、重复性评价,同时进行一定数量临床样本考核鉴定,与常规方法进行比较.结果 该方法可准确、特异地鉴定霍乱弧菌,同时能够甄别O139群霍乱弧菌.全部的霍乱弧菌用ctxA基因对应引物和探针检测均为阳性,其中只有O139群霍乱弧菌出现LPSgt基因阳性,其他菌株均无阳性结果.检测的灵敏度为2×102 cfu/ml.同时对收集的45例临床样本进行鉴定,结果显示10例为霍乱弧菌,其中O139群有4例,其余均为阴性结果,与常规鉴定方法一致.结论 研究建立的多重荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速,可有效鉴定产毒霍乱弧菌及甄别O139群霍乱弧菌,可用于霍乱监测和防制工作中的实验室诊断.     

荧光实时定量PCR检测溶藻弧菌方法的建立

目的 建立荧光实时定量PCR(qPCR)定量检测溶藻弧菌的方法,检测该方法的灵敏度并与传统细菌培养比较其特异性吻合率。方法 选择溶藻弧菌的鞭毛基因fliC为目的基因设计探针引物,建立Taqman探针qPCR体系。采用双盲法设计,分别用qPCR和Biolog Microstation System对溶藻弧菌和10株相关细菌进行鉴定,以考核qPCR检测体系的特异性。同时,通过梯度稀释和绘制标准曲线,评价利用qPCR检测溶藻弧菌的灵敏度。结果 本试验建立的qPCR方法能特异、准确、快速鉴定溶藻弧菌,敏感度达102CFU/ml。结论 qPCR方法能够有效快速检测溶藻弧菌。     

荧光PCR检测副溶血性弧菌

[目的]建立荧光PCR检测副溶血性弧菌的快速方法。[方法]根据基因库公布的副溶血性弧菌的耐热直接溶血素基因（TDH）的保守序列,设计一对引物,用FAM荧光剂标记探针的5＇,进行特异性和灵敏性分析,使用于食物中毒样品的快速检测。[结果]检测灵敏度为170.8fg/μl,菌液的灵敏度为30~70cfu/ml。用此反应体系检测53株副溶血性弧菌均出现特异的荧光信号,未见与其它试验种属细菌交叉。对3起食物中毒样品45份用荧光PCR法和国标法检测副溶血性弧菌,荧光PCR检测阳性22份,国标法阳性20份。荧光PCR检测从样品处理到结果只需8h。[结论]荧光PCR检测副溶血性弧菌灵敏度高、特异性强、简便快速,可用于副溶血性弧菌引起食物中毒的快速诊断和海产品副溶血性弧菌的快速检测。     

产气荚膜梭菌实时荧光定量PCR方法的应用

目的利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的产气荚膜梭菌检测方法。方法以产气荚膜梭菌基因作为靶序列,设计一对引物和探针,以产气荚膜梭菌菌株提取核酸DNA作为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的灵敏度、特异性、重复性。结果反应体系在上、下游引物浓度均为1μmol/L,探针浓度为0.1μmol/L时,具有良好的特异性和灵敏度,与创伤弧菌等24种相关细菌均无交叉反应,对纯菌检测的灵敏度为9×102CFU/ml,重复性试验证实该体系重复性好,稳定性高;3例临床样本检测结果与细菌培养结果相符。结论建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对临床气性坏疽做出快速准确的报告,实现对气性坏疽战时高发性疾病安全、快速和定量检测。     

实时荧光定量PCR检测O139群霍乱弧菌研究

目的：利用荧光定量PCR技术,建立一种快速、准确、特异检测O139群霍乱弧菌的定量方法。方法：选取O139群霍乱弧菌糖基转移酶基因（LPSgt）作为检测的靶基因,设计引物和TaqMan探针,探针的两端均进行荧光标记。对PCR扩增体系进行优化,进一步评价实时荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度、重复性后,对收集的临床样本进行鉴定。结果：本文所建立的实时荧光定量PCR方法可准确、特异的检测和鉴定O139群霍乱弧菌,其他菌株均无阳性结果产生;该方法的灵敏度可达到10 cfu/ml;定量检测的批间和批内的变异系数均小于5%;对85例临床样本进行评价,结果获得9例O139群霍乱弧菌阳性,与常规培养法结果完全一致。结论：本文建立的检测O139群霍乱弧菌实时荧光定量PCR方法快速、准确,结果可靠,实用性强,可对结果进行定量分析,为O139群霍乱弧菌的实验室诊断和现场流行病学调查提供了较好的分析手段。     

荚膜型和非荚膜型流感嗜血杆菌双重PCR检测方法的建立和临床应用

目的建立基于流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae,Hi)外膜蛋白P6编码基因omp6和荚膜编码基因bex A的双重PCR检测方法,并确定其检测限、灵敏度和特异度。方法根据Gen Bank公布流感嗜血杆菌的omp6和bex A基因核苷酸序列设计引物,用Hi标准菌株确定其检测限,双重PCR检测289例鼻窦炎患者鼻咽部分泌物(NPS)确定方法的灵敏度与特异度。结果 289例NPS培养阳性率为50.5%,14株为荚膜型;双重PCR检测omp6的阳性率为54.7%,bex A阳性16株。双重PCR与细菌培养及血清凝集试验符合率分别为95.8%和99.3%。检测时模板的下限为3.8 pg/μl。双重PCR检测omp6和bex A基因的灵敏度均为100.0%,特异度分别为91.6%和99.3%。结论建立的双重PCR是一种快速、特异和敏感的Hi感染的检测和分型方法,可代替细菌培养和血清凝集试验用于临床标本诊断。