2016-2017年盐城地区手足口病病原谱构成及EV71型肠道病毒VP1基因特征

目的 了解2016-2017年盐城地区手足口病肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为EV71型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法 通过实时荧光RT-PCR方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病咽肛拭子标本进行肠道病毒阳性标本的筛选,对非EV71非CVA16其他肠道病毒进行分子分型,RT-PCR扩增EV71型肠道病毒VP1基因片段并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016-2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,EV71和CVA16仍占有一定比例。共有12个基因型肠道病毒的流行,分别为EV71、CVA16、CVA2、CVA4 、CVA6、CVA8、CVA9、CVA10、ECHO3、ECH09、ECHO13、CVB4。其中,CVA6型为绝对优势流行株。遗传进化树显示,盐城地区EV71型代表株属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,盐城代表株在C4a基因亚群进化谱中进化为两个主流分支。其中,盐城地区2016年8株代表株和2017年26株共34株处于较强传播链中。重症病例EV71型代表株在进化树呈散在性分布,没有单独聚集成簇。结论 2016-2017年盐城市手足病病原有多种基因型的肠道病毒同时流行,CVA6是优势病原体,EV71型属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,EV71型肠道病毒仍是引起重症的主要型别。     

2016年盐城市手足口病病原学特征及EV71和CVA16型肠道病毒VP1基因特征

目的了解2016年盐城市手足口病肠道病毒病原谱分布特征,并对鉴定为EV71、CVA16型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法收集疑似手足口病咽肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR方法检测通用、EV71和CVA16型肠道病毒核酸,以RT-PCR法扩增其VP1基因全长编码区并进行序列分析,采用MegAlign、mafft、MEGA等软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016年盐城市共收集疑似手足口病标本504份,检出肠道病毒核酸阳性165份,阳性率32.74%,EV71型、CVA16型、其他型别分别占4.37%、6.94%、21.43%。对EV71、CVA16型肠道病毒遗传进化树分析显示,盐城地区EV71和CVA16代表株分别属于C4a、B1b基因亚群进化分支,未发生基因亚群的转换,在各自进化分支中形成3条传播主链,远离各自原型株。结论 2016年盐城市手足病病原谱为多种基因型的肠道病毒共同流行。其他肠道病毒为优势病原体,EV71和CVA16仍占有一定比例。     

2016-2017年盐城市手足口病CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征

目的研究2016—2017年盐城市手足口病病原CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征。方法对2016—2017年盐城市疑似手足口病例标本进行病原体分子分型分析;以RT-PCR法扩增CVA9型肠道病毒VP1基因全长编码区并测序,采用生物信息学软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果2016—2017年盐城市共检测1 002例疑似病例标本,肠道病毒核酸阳性率38.32%,主要型别为EV71型112例(占29.17%),CVA16型94例(占24.48%),其他肠道病毒共178例(占46.35%)。检出2株CVA9型,其核苷酸、氨基酸同源性分别为94.7%、99.3%,与原型株Griggs(D00627)核苷酸、氨基酸同源性分别为80.4%～81.3%、92.7%;与引起其他症状各代表株(包括无症状健康儿童携带者)的核苷酸、氨基酸同源性为81.1%～97.2%、94.0%～99.3%。遗传进化树分析显示2毒株在C4分支中构成2条明显的传播链:CVA9/JS-yancheng/122/2016位于单独的小分支,CVA9/JS-yancheng/419/2016与2016年无症状健康儿童携带者四川株(LC361283)聚集成簇构成另一传播链。共检测31例重症病例,13例肠道病毒通用核酸阳性,阳性率41.93%,其中EV71型11例、CVA型2例。结论 2016—2017年盐城市引起手足口病的CVA9病毒属于散在流行,非手足口病流行的主要基因型别,与国内部分省市引起手足口病的毒株共进化共循环,与引起其他症状类型的CVA9毒株存在差异。     

吉林省2018—2021年柯萨奇病毒A组16型病毒基因特征分析

目的 探讨2018年、2019年和2021年流行于吉林省的柯萨奇病毒A组16型肠道病毒流行特征、种系进化及基因变异特征。方法 收集2018年、2019年和2021年吉林省手足口病例临床标本,通过病毒分离筛选出60株CVA16的阳性毒株,并对其VP1编码区全基因组核苷酸序列进行测定和分析。结果 60株CVA16分离株中有15株为B1a基因亚型,45株为B1b基因亚型;CVA16分离株氨基酸序列的14、23、164、235、251及266位点发生了氨基酸突变。结论 CVA16为吉林省手足口病的主要病原体之一,15株CVA16分离株为B1a基因亚型,45株CVA16分离株为B1b基因亚型,与2008年青海株相比共发生了6处氨基酸位点突变。     

2016 - 2017年银川市手足口病CVA16亚型序列特征及分子流行病学分析

目的 分析银川市2016 - 2017年手足口病（HFMD）CVA16亚型的序列特征及分子流行病学特征,为银川市HFMD的防治提供科学依据。方法 使用qPCR技术,检测2016 - 2017年银川市哨点医院送检的880份疑似标本,进行肠道病毒通用型和CVA16型核酸检测。随机选取每年5份CVA16标本,分离病毒,扩增VP1区基因片段病测序,对CVA16型的同源性进行分析,并构建系统进化树进行基因进化分析。结果 880份疑似标本中,阳性率为79.5%（700/880）,其中CVA16阳性率为21.0%（147/880）,2016年CVA16阳性率为40.3%（124/308）;2017年CVA16阳性率为5.9%（23/392）。2016 - 2017年CVA16亚型发病高峰集中在2016年7月 - 12月,占全年CVA16阳性总数的86.3%（107例/124例）,CVA16在2016年为优势亚型,而在2017为劣势亚型（P＜0.01）。进化分析显示,10株CVA16与原型株（CVA16 - G10 - 1951）核苷酸序列同源性为75.9%～80.1%,10株间同源性为95.2%～99.7%,均集中于B2亚型进化分支,与中国大陆近年来CVA16流行的基因型一致。与同时期国内广东、福建、南京、云南等地的毒株序列亲缘关系较近,处于同1分支。结论 银川市HFMD CVA16亚型流行年龄集中于＜5岁儿童,流行时间分布特征明显。2016 - 2017年银川市CVA16毒株未出现独立进化,而是与国内其他省份处于1个共循环状态。     

2014-2016年昆明市手足口病非EV-A71、非CV-A16肠道病毒流行情况及基因特征

目的 探讨 2014-2016年昆明市引起手足口病的非 EV-A71、非CV-A16肠道病毒的病原构成及优势型别基因特征,从而为本地区手足口病防治提供科学依据。方法 收集 2014-2016 年昆明市手足口病病例标本3767份,应用Real-time PCR法检测非EV-A71、非CV-A16肠道病毒并用RT-PCR方法扩增其阳性分离株的VP1基因片段,对扩增产物进行测序。利用序列结果进行型别鉴定,分别与各型代表株进行核苷酸、氨基酸同源性比较,构建系统进化树。结果 2014-2016年共检测标本3676份,检出908份非EV-A71、非 CV-A16肠道病毒核酸阳性病例标本,其中CV-A6型545例,CV-A10型158例,未分型205例。与引起手足口病的肠道病毒流行特征一致,非EV-A71、非 CV-A16肠道病毒高发季节为4-7月;发病人群以6岁及以下儿童为主,尤以1～3岁儿童发病率最高;男、女病例比例为1.65[DK]∶1,男性明显高于女性。进化分析显示,昆明市CV-A6 型和CV-A10型肠道病毒的 VP1序列与其各自的原型株同源性相对较低,与国内分离株有较高同源性。 结论 2014-2016年昆明市的非EV-A71、非CoxA16型肠道病毒型别多样,优势型别主要是CV-A6型,处于F4亚分支;其次是CV-A10型,为C基因型。     

2016～2018年梅州市手足口病病原学监测分析

目的了解梅州市手足口病肠道病毒类型和手足口病流行特征,为预防和控制手足口病暴发提供科学依据。方法采集2016～2018年梅州市哨点医院临床诊断的手足口病病例标本(咽拭子或肛拭子或粪便),采用荧光PCR法进行EV、EV71、CVA16、CVA6病毒的核酸检测,分析感染病毒类型及流行趋势。结果共检测1 022例病例标本,EV阳性786例,男女比例为2∶1。2016和2018年以CVA16型流行为主,阳性率分别为56.62%和43.30%;2017年以CVA6型流行为主,阳性率为44.33%。2016～2018年检测手足口病肠道病毒阳性高峰分别集中在7月(30.77%)、9月(15.27%)和6月(23.02%)。阳性检出年龄集中在5岁以下儿童(占阳性总数的95.67%),EV、EV71、CVA16及CVA6型均以1～2岁为阳性检出最高峰年龄,分别占34.48%、38.85%、21.97%、50.42%。3年EV71型、CVA16型、CVA6型阳性率差异均有统计学意义(P0.01)。结论 2016～2017年梅州市手足口病病例以5岁以下儿童为主,每年流行病毒类型不同,总体以CVA16型为引起手足口病的优势流行毒株。     

2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析

目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CVA16）VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性。方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树。对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性（Mantel检测）。结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染（咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41%和15.69%）,其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 ∶1和2.0 ∶1。VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系（均有P<0.05）。结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点。     

2014-2019年琼山区儿童重症手足口病病原学与流行病学特征

目的探讨2014-2019年海南省海口市琼山区重症手足口病儿童的流行病学、病原学分布及VP1基因特征。方法收集海南省海口市琼山区2014-2019年手足口病、重症手足口病病例一般资料,采用实时荧光逆转录-聚合酶链反应检测通用肠道病毒、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)及肠道病毒71型(EV71)核酸,扩增VP1基因编码区并进行测序。结果 2014-2019年海南省海口市琼山区共报告手足口病11 248例,重症病例75例,死亡病例4例,2014-2019年海南省海口市琼山区手足口病总体发病率呈现先升高后下降趋势,其中2016年发病率最高;手足口病及重症病例在各个月份均有分布,其中5～8月发病率最高。随时间推移,EV71型病毒比例降低,其他肠道病毒比例升高。经培养、分离得到EV71毒株7株,毒株序列之间核甘酸、氨基酸同源性为97.1%～100.0%、99.1%～100.0%;7株毒株序列与C4a亚型同源性最高,核苷酸、氨基酸同源性为93.8%～96.0%、99.4%～99.8%。经培养、分离得到CVA16毒株6株,毒株序列之间核甘酸、氨基酸同源性分别为97.7%～100.0%、99.2%～100.0%;6株毒株序列与B1b亚型同源性最高,核苷酸、氨基酸同源性分别为92.7%～97.2%、96.5%～99.9%。结论 2014-2019年海南省海口市琼山区手足口病发病呈现先升高后降低趋势,其病原菌谱随时间推移也发生改变,在临床预防中应加强对病原菌的监测,密切观察,更好的开展手足口病防控工作。     

2014年湖南省郴州市手足口病病原谱及CVA16基因特征分析

目的 了解2014年湖南省郴州市手足口病病原谱和优势毒株的基因特征,为郴州市手足口病的防治提供科学依据。 方法 采集2014年郴州市手足口病监测病例标本,应用荧光PCR方法检测HEV71、CVA16、CVA6、CVA10和其他肠道病毒。未能分型的其他HEV阳性标本进行RT-PCR扩增,通过基因测序鉴定病原体型别。 结果 共检测854份标本,阳性检出率为55.62%。病原谱中已知型别的前5位分别为CVA16(28.00%)、HEV71(25.05%)、CVA6(13.89%)、CVA10(12.42%)、CVB5(0.84%),仍有20.63%的其他HEV未分型。不同月份、不同年龄组、不同病例类型的病原体型别的构成比差异均有统计学意义(均P<0.05);男女性别的病原体型别的构成比差异无统计学意义(P>0.05)。郴州市的6株CVA16分离株均为B1基因亚型。 结论 2014年郴州市的手足口病流行毒株显示了一定的季节性分布特征,主要的几种优势毒株相互交替流行,并与人群的免疫基础相互作用体现在月份和年龄组的分布上。郴州市的CVA16分离株与国内流行株的基因型别一致。     

2013-2015年郴州市手足口病病原谱及柯萨奇病毒A6基因特征分析

目的 了解2013-2015年湖南省郴州市手足口病(hand, foot, and mouth disease,HFMD)病原谱和优势毒株基因特征,为该病的防控提供科学依据。 方法 采集2013-2015年郴州市HFMD临床诊断病例肛拭子或粪便标本,用荧光定量PCR方法检测人肠道病毒71型(human enterovirus 71, HEV71)、柯萨奇病毒A组16型(coxasckievirus A16, CVA16)、CVA6、CVA10和其他肠道病毒(HEV)。除上述型别外无法分型的其他HEV阳性标本再进行RT-PCR扩增,通过基因测序比对,鉴定病原体型别。 结果 郴州市2013-2015年共检测HFMD标本2 343 份,肠道病毒阳性1 325份,阳性检出率为56.55%;HFMD病原谱包括16种肠道病毒,已知型别中前5位分别为CVA6(31.77%),CVA16(16.45%),HEV71(13.74%),CVA10(11.47%),柯萨奇B组5型(CVB5)(0.30%),仍有25.13%的其他HEV未分型;聚集性病例以CVA16和其他HEV为主,重症及死亡病例以HEV71和其他HEV为主,不同年份(χ²=64.90,P<0.001)、不同类型( χ²=56.41,P<0.001)。郴州市的CVA6分离株均分布于同一进化簇, 与长沙市分离株亲缘关系最近。 结论 2013-2015年,CVA6已成为郴州地区引发手足口病的主要病原型别,在手足口病监测中应加强非HEV71和非CVA16型肠道病毒检测。     

2015-2016年上海市宝山区手足口病流行特征的聚类分析

目的 分析2015-2016年上海市宝山区手足口病流行特征,探讨疫情变化规律,为制定防控策略提供科学依据。 方法 采用系统聚类方法对宝山区2015-2016年手足口病疫情和病原学资料进行分析。 结果 2015-2016年上海市宝山区共报告手足口病9 475例,年均发病率为236.41/10万。不同月份发病数、不同年龄组发病数、不同地区发病率和不同月份聚集性疫情报告数均可聚成3类。5-7月为发病高峰(占44.16%),人群主要集中在1~4岁年龄组(占73.73%),发病率最高的地区为顾村镇、杨行镇和罗店镇;聚集性疫情在5-6月报告最多,2015-2016年期间本区手足口病优势病原为柯萨奇病毒A组6型(coxasckievirus A6,CoxA6)。 结论 2015-2016年上海市宝山区手足口病发病仍处于高强度流行状态,流行特征具有时间、地区、人群差异,优势病原为CoxA6,应采取具有针对性的防控策略和措施。     

广元市手足口病非 EV-A71非CV-A16肠道病毒病原学构成及流行特征分析

目的 了解广元市手足口病非EV-A71非CV-A16肠道病毒病原构成及流行特征,为手足口病精准防控提供科学依据。方法 收集2016-2018年广元市手足口病监测资料,选取非EV-A71非CV-A16肠道病毒临床标本进行VP4-VP2区基因测序分型。结果 广元市2016-2018年共报告手足口病病例6302例,年均报告发病率78.56/10万。对1547例手足口病例进行了实验室检测,肠道病毒通用核酸阳性1137例,其中非EV-A71非CV-A16肠道病毒占62.80%,病原构成以CV-A6为主占86.21%,其次是CV-A10（8.62%）;流行季节主要在4-10月,三岁及以下儿童占86.69%,利州区病例占全部病例的37.82%。结论 非EV-A71非CV-A16肠道病毒是广元市近年来手足口病优势病原体,型别多样,构成以CV-A6 和CV-A10为主,呈季节性流行、全年散发态势,发病高峰与EV-A71、CV-A16有所区别。加强对非EV-A71非CV-A16肠道病毒的病原监测,了解地区内HFMD病原分布及变异情况,对手足口病疫情研判和防控策略制定意义重大。     

2011年无锡市新区手足口病流行病学特征分析

目的分析无锡市新区2011年手足口病疫情特点,为制定预防措施提供依据。方法采用描述流行病学方法,对所报告病例资料进行流行病学分析,病原检测采用RT—PCR进行核酸测定。结果 2011年共报告手足口病1 374例,发病率为227.43/10万,其中重症病例61例,无死亡病例。5—7月和9月份为发病高峰,发病人群以6岁以下儿童为主,占96.72%。男女性别比为1.34∶1。75例监测病例中,EV71阳性22例,占阳性病例的56.41%。结论手足口病发病有明显季节、职业和年龄性别特征,应进一步加强疫情和病原学监测,为控制疫情提供依据。     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

Coxsackievirus A6 and Hand, Foot, and Mouth Disease, Finland

During fall 2008, an outbreak of hand, foot, and mouth disease (HFMD) with onychomadesis (nail shedding) as a common feature occurred in Finland. We identified an unusual enterovirus type, coxsackievirus A6 (CVA6), as the causative agent. CVA6 infections may be emerging as a new and major cause of epidemic HFMD.