1例GNPTAB基因变异致黏脂贮积症Ⅲ α/β型患儿的临床和遗传学分析

目的 对1例表现为骨骼畸形，关节异常，特殊面容，运动障碍，智力障碍的患儿进行遗传学分析，明确其病因。方法 提取患儿及其父母、妹妹外周血DNA，应用全外显子组测序技术结合临床表型系统分析相关基因的致病变异，通过Sanger测序对先证者及父母、妹妹进行验证。结果 全外显子组测序结果显示患儿的GNPTAB基因第13外显子存在c.2715+1G>A和第9外显子存在c.1090C>T(p.Arg364*)复合杂合变异，分别遗传自父亲和母亲，且变异为已报道的致病性变异，患儿妹妹存在c.1090C>T(p.Arg364*)变异，遗传自母亲。结论 GNPTAB基因c.2715+1G>A和c.1090C>T复合杂合变异可能为患儿的致病原因。我们的结果为家系的遗传咨询提供了依据。     

一例琥珀酸半醛脱氢酶缺陷症患儿的基因变异分析CSCD

目的探讨1例琥珀酸半醛脱氢酶缺陷症患儿的遗传学病因。方法采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,用Sanger测序和全外显子组测序对患儿及其父母进行检测,分析变异位点的致病性。结果Sanger测序结果提示患儿携带ALDH5A1基因c.1529C>T(p.S510F)纯合变异,其母亲为杂合型,父亲未检测到此变异。全外显子组测序发现患儿及其父亲均携带ALDH5A1基因片段缺失(chr6:24403265-24566986)。结论ALDH5A1基因c.1529C>T变异及缺失是患儿的致病原因。全外显子组测序能同时检测碱基变异和基因片段缺失,为患儿的诊断和遗传咨询提供依据。     

一例ASXL1基因变异致Bohring-Opitz综合征患儿的分析

目的 分析1例Bohring-Opitz综合征（BOS）患儿的临床特征及ASXL1基因突变情况,明确其遗传学病因。方法 收集患儿的临床资料,采集患儿及父母的外周血,提取基因组DNA行家系全外显子组测序（WES）,对候选可疑致病性变异进行生物信息学分析及Sanger测序验证。针对检出的致病变异,对该家系行羊水产前诊断。结果 先证者,女,8岁,临床主要表现为全面性发育迟缓、重度智力障碍、小头畸形、额头鲜红斑痣、毛发浓密、肘和膝关节挛缩、宫内发育迟缓（IUGR）。家系WES提示先证者ASXL1基因c.4243C>T杂合突变（NM＿015338.5）,导致提前引入终止密码子（p.R1415*）。Sanger测序确证先证者存在c.4243C>T杂合变异,其父母均为c.4243C野生型。根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）指南并结合临床表现,推测ASXL1基因c.4243C>T变异为致病性变异（PVS1＿Moderate+PS2＿Moderate+PM2＿Supporting）,可导致BOS。随后进一步为先证者的再孕母亲进行羊水产前诊断,结果提示胎儿不携带该致病变异,随访...     

一个婴儿神经轴索营养不良家系的基因变异分析

目的对1个临床拟诊婴儿神经轴索营养不良(infantile neuroaxonal dystrophy,INAD)家系的患儿及父母进行基因变异分析,明确其致病原因为遗传咨询及产前诊断提供依据。方法应用高通量测序方法对患儿相关致病基因进行初步筛查,再通过直接测序对患儿及父母可疑致病基因进行验证,寻找可能的致病突变位点,采用SIFT及PolyPhen-2生物信息学软件对变异位点进行致病性预测。结果高通量测序筛查显示患儿PLA2G6基因第5和第16外显子存在可疑致病突变;Sanger测序结果显示患儿PLA2G6基因第5外显子c.668C>A(p.Pro223Gln)和第16外显子c.2266C>T(p.Gln756Ter)复合杂合变异,父亲携带c.668C>A杂合变异,母亲携带c.2266C>T杂合变异。c.668C>A变异导致PLA2G6基因编码的第223位脯氨酸被谷氨酰胺替代,为已报道的致病变异;c.2266C>T变异导致编译第756位谷氨酰胺的密码子变为终止密码,使肽链合成提前终止,该变异尚未见文献报道,蛋白功能预测为有害变异;患儿的复合杂合变异分别来自父母。结论PLA2G6基因第5外显子c.668C>A(p.Pro223Gln)和第16外显子c.2266C>T(p.Gln756Ter)变异可能是患儿的致病原因,新变异的发现丰富了PLA2G6基因变异谱。     

一例 UBR1基因新变异所致Johanson-Blizzard综合征患儿的分析

目的对一例表现为发育迟缓、营养不良及特殊面容的患儿进行临床检查和遗传学分析。方法收集患儿的临床资料, 对患儿及其父母进行家系全外显子组测序, 对候选变异用Sanger测序进行验证。结果患儿具有特殊面容, 包括鼻翼发育不全、头皮缺损和牙齿畸形, 并有胰腺外分泌不足导致的反复腹泻。基因测序显示患儿携带UBR1基因c.3167C>G(p.S1056X)和c.1911+14C>G复合杂合变异, 分别遗传自其父亲和母亲。生物信息学分析显示c.3167C>G为无义变异, 既往未见报道;c.1911+14C>G为已知剪接变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南, 两个变异分别判断为致病和疑似致病变异。结论患儿被确诊为UBR1基因复合杂合变异导致的Johanson-Blizzard综合征。新发现的变异扩展了UBR1基因的变异谱, 并为该家系的遗传咨询及再生育指导提供了依据。     

一个先天性小眼畸形家系的全外显子组测序分析及产前诊断

目的分析1个先天性小眼畸形家系的临床表型及遗传学病因。方法应用高通量测序技术对先证者及其父母进行全外显子组测序,筛选候选致病位点,对其家系进行Sanger测序验证,并通过羊水穿刺和Sanger测序为先证者母亲提供产前诊断。结果全外显子组测序和Sanger测序发现家系中的3例患者均携带OTX2基因c.289C>T(p.R97*)杂合变异,先证者母亲亦携带该变异,但无小眼畸形。先证者的父亲、舅母和胎儿未携带上述变异。结论OTX2基因c.289C>T(p.R97*)杂合变异很可能是该家系的发病原因。上述诊断将有助于该家系的遗传咨询和产前诊断。     

一例 DIAPH1基因复合杂合变异所致小头畸形-皮质盲综合征患儿的遗传学分析

目的探讨一例小头畸形-皮质盲综合征患儿的遗传学病因。方法收集患儿的临床资料, 应用高通量测序技术对患儿及其父母进行全外显子组测序(whole exome sequencing, WES)与Sanger测序验证。结果 WES显示患儿DIAPH1基因存在c.1051C>T及c.609delA复合杂合变异。结论 DIAPH1基因c.1051C>T(p.R351X)与c.609delA(p.E203Efs*19)复合杂合变异可能是该患儿小头畸形-皮质盲综合征的遗传学病因。     

两例Mowat-Wilson综合征患者的ZEB2基因变异分析CSCD

目的:分析两例疑似Mowat-Wilson综合征(Mowat-Wilson syndrome,MWS)患儿的遗传学病因,帮助确诊并为家系遗传咨询提供依据。方法﹑采集2例无亲缘关系患儿及其家系成员静脉全血提取基因组DNA,应用家系全外显子组测序及基因组拷贝数变异测序进行变异检测,可疑变异位点利用Sanger测序对先证者及其家系成员进行验证。结果︰患儿1携带ZEB2基因c.2769C>A(p.Y923*)杂合变异,为新发变异,表型正常的父母和姐姐均未检测到。患儿2携带ZEB2基因c.315delC(p.A105Afs*3)杂合变异,为未报道过的新发变异,表型正常的父母未检测到。这两个变异均属于致病性变异,导致终止密码子提前出现。结论ZEB2基因c.2769C>A(p.Y923*)和c.315delC(p.A105Afs*3)变异可能分别是导致两例患儿MWS的病因,基因检测有助于明确诊断并为患儿家系的遗传咨询提供依据。     

天冬氨酰基葡萄糖胺尿症患儿1例的基因变异分析

目的分析1例天冬氨酰基葡萄糖胺尿症(AGU)患儿的临床表型及遗传学病因。方法选取2021年1月25日于贵阳市妇幼保健院儿童内分泌科就诊的1例AGU患儿为研究对象。收集患儿的临床资料, 对患儿进行全外显子组测序(WES)和基因组拷贝数变异测序(CNV-seq), 用Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果患儿携带AGA基因c.319C>T(p.Arg107*)纯合无义变异, 其父母均为同一变异的杂合子。患儿CNV-seq分析未见异常。上述变异在人群数据库及HGMD数据库中均未见收录, 根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南判断为致病性(PVS1+PM2+PP3)。结论 AGA基因c.319C>T纯合变异可能是本例AGU患儿的遗传学病因, 上述发现为患儿父母的再次生育和产前诊断提供了依据。     

一个常染色体隐性多囊肾家系的PKHD1基因变异分析

目的 对一个常染色体隐性多囊肾(ARPKD)家系进行基因变异分析,推断出可能的遗传学病因。方法 收集胎儿及父母的临床资料及样本DNA,应用高通量测序技术对胎儿进行测序分析,筛选候选基因变异位点,以Sanger测序验证变异位点并对父母进行溯源检测。结果 测序结果显示胎儿PKHD1基因存在第4外显子c.279＿281+13delinsA(p.Arg94fs)和第58外显子c.9769C>T(p.Gln3257^*)的复合杂合变异,分别来自父亲和母亲。结论 该ARPKD家系的遗传学病因可能为PKHD1基因的复合杂合变异,新变异的检出扩展了PKHD1基因的变异分布谱系,并为家系的遗传咨询和再生育指导提供了分子依据。     

高通量测序确诊一例ASXL3基因变异所致的Bainbridge-Ropers综合征

目的对1例表现为精神发育迟滞、语言运动发育迟缓的患儿进行临床及遗传学分析。方法对患儿进行常规染色体G显带核型以及高通量测序分析,对疑似致病变异进行Sanger测序验证和生物信息学分析。结果患儿ASXL3基因存在c.4090G>T(p.Gly1364X)杂合变异,其父母均未携带相同变异,为新生变异。结论ASXL3基因c.4090G>T(p.Gly1364X)变异可能是患儿的遗传学病因。     

KMT2A基因新发无义变异导致Wiedemann-Steiner综合征一例

目的:对1例原因不明发育迟缓伴面部畸形患儿进行分子遗传学分析,明确其致病原因。方法:二代全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)筛选符合表型并可能致病的基因变异,应用Sanger测序在患者及其父母中进行变异验证。结果:WES结果显示患儿 KMT2A基因(NM_001197104...     

NDUFS1基因复合杂合变异致线粒体呼吸链复合物Ⅰ缺陷一家系

目的:探讨1个疑似线粒体病家系的遗传学病因。方法:收集患者及其家系成员的临床资料;抽取家系成员外周血,应用二代测序进行家系全外显子组、基因组拷贝数变异和线粒体基因组检测,对候选基因变异位点进行Sanger测序验证。结果:全外显子组家系检测发现患儿存在 NDUFS1基因父源c.64C>T(p.R22X)和母源...     

一例 DIS3L2基因变异所致Perlman综合征患儿的临床表型及遗传学分析

目的:分析1例Perlman综合征患儿的临床表型及 DIS3L2基因变异,了解其可能的致病原因。 方法:抽取患儿及其父母外周血,对患儿进行全外显子测序分析,根据筛出致病基因变异对患儿及其父母进行Sanger测序验证。按照美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medi...     

The third case of Marbach-Rustad progeroid syndrome caused by a de novo LEMD2 variant

Marbach-Rustad progeroid syndrome is an extremely rare disease caused by a heterozygous variant in the LEMD2 gene. To date, only two patients and one LEMD2 pathogenic variant have been reported in Marbach-Rustad progeroid syndrome. Here we describe the third case of Marbach-Rustad progeroid syndrome worldwide, which is also the first case in China. The proband was affected with premature birth, failed to thrive, facial abnormalities, feeding difficulties, skull defects and delayed motor milestones, but had a normal intelligence and speech. Whole exome sequencing (WES) initially did not find a phenotype-causing variant when the proband was 1 year of age. The reanalysis of WES data 4 years later revealed the proband harbored a de novo heterozygous c.1436C>T(p.Ser479Phe) variant in the LEMD2 gene, which is known responsible for Marbach-Rustad progeroid syndrome. Sanger sequencing confirmed the presence of this variant in the proband and absence in his parents and two elder sisters. Our study provides accurate clinical diagnosis for the proband and adds a new patient with Marbach-Rustad progeroid syndrome. Our study suggests the LEMD2 c.1436C>T(p.Ser479Phe) variant as a hotspot. Our work also indicates reanalysis of WES data of negative cases might identify pathogenic variant and improve diagnostic efficiency.     

GPNMB基因纯合变异导致色素异常性皮肤淀粉样变性一家系

目的:对1个色素异常性皮肤淀粉样变性家系的3例患者的 GPNMB基因进行变异分析,明确其致病原因。 方法:对先证者行高通量测序,采用生物信息学方法寻找致病基因变异,并通过Sanger测序对家系内成员是否携带变异进行验证。结果:先证者及其哥哥、妹妹 GPNMB基因的第5外显子均存在c.5...     

一例视网膜色素变性患者 C2ORF71基因的变异分析

目的:分析1例视网膜色素变性(retinitis pigmentosa, RP)患者的基因变异,明确其可能的遗传学病因。方法:应用全外显子测序技术对先证者进行致病基因筛查,结合临床表型确定可疑变异,应用Sanger测序法验证检出的变异,分析双亲携带变异位点的情况。采用多种软件对所检出的变异进行致病性分析。结果:全外显子...     

一个淋巴水肿-双行睫综合征家系的FOXC2基因变异分析

目的对1个淋巴水肿-双行睫综合征(lymphedema-distichiasis syndrome,LDS)家系患者的FOXC2基因进行变异分析,明确患者的致病原因。方法采集家系成员血液样本并提取DNA和蛋白,对先证者进行全外显子组测序及生物信息学分析,确定可疑致病变异后应用Sanger测序进行家系验证、Western印迹技术检测蛋白表达量的变化。结果测序结果显示先证者和患病母亲均携带FOXC2基因c.177C>G(p.Tyr59X)杂合无义变异,该变异目前尚未被报道过,Western印迹检测显示FOXC2蛋白表达下降。其母在早孕期B超提示胎儿NT增厚,孕21+1周行羊水穿刺对胎儿进行产前诊断,产前基因诊断结果提示胎儿也携带c.177C>G变异。结论FOXC2基因c.177C>G无义变异是患儿的致病原因,并导致Foxc2蛋白表达下降,胎儿NT增厚可能和Foxc2表达量下降有关。本研究结果扩大了FOXC2基因变异谱。     

三例Kleefstra综合征患儿的基因变异分析

目的对3例Kleefstra综合征患儿进行EHMT1基因变异分析,探讨其可能的致病原因。方法采集患儿及其父母的外周血进行全外显子测序(whole exome sequencing,WES),其中基因拷贝数变异(copy number variation,CNV)应用Realtime-PCR验证,基因变异应用Sanger测序方法验证。结果基因测序结果显示例1的EHMT1基因存在c.823+1G>T剪接位点杂合变异,父母均未检测到变异,变异影响该基因的表达水平,根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)遗传变异分类标准与指南,判定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2);例2的EHMT1基因存在c.439C>G(p.Leu147Val)杂合变异,父母均未检测到变异,根据ACMG遗传变异分类标准与指南,判定为可能致病性变异(PS2+PM1+PM2+PP3)。芯片结果提示例3在染色体9q34.3区域存在约520 kb的缺失,该缺失区域包括EHMT1基因,逆转录-PCR结果显示其父母该区域未见异常。结论EHMT1基因变异可能是3例患儿的致病原因,基因检测可以为临床诊断提供依据。