利用基因芯片和RT-PCR检测MBD1在胰腺癌中的表达

目的:利用基因芯片和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分析胰腺癌中甲基化CpG结合域蛋白MBD1mRNA的表达;探讨MBD1调控胰腺癌基因异常转录表达的分子机制。方法:利用含18000个cDNA克隆的芯片,对3份胰腺混合标本样品(来自2例正常胰腺组织和4例中分化胰腺癌标本)进行基因表达谱对比分析研究;通过RT-PCR验证阳性结果;并进一步检测MBD1在4对胰腺癌和癌旁组织中的表达。结果:两份混合癌组织样品分别有1484和1353条差异表达基因,包括抑癌基因、细胞周期蛋白基因、生长因子及其受体基因、信号传导相关基因、转录调节因子基因等,其中同为上调表达的102条基因中MBD1差异最为显著,而甲基化相关基因如上皮细胞钙黏蛋白CDH1、视网膜母细胞瘤Rb和E2F转录因子5E2F5则呈下调表达,与RT-PCR验证结果一致。MBD1在胰腺癌中的表达明显高于癌旁组织(P<0.01)。结论:基因芯片技术为分析胰腺癌相关基因表达谱提供了有力的工具。MBD1在胰腺癌中的表达高于正常和癌旁组织。MBD1可能是多个甲基化相关抑癌基因转录表达下降的关键调控点。     

Rb在骨肿瘤细胞中的作用及其对转录因子E2F1的影响

目的观察Rb基因及其产物在骨肉瘤细胞中的作用及其对转录因子E2F1的影响。方法转染pRb质粒进入骨肉瘤细胞系UMR-106，用噻唑蓝（MTT）法检测转染前后细胞增殖的变化，用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测转染前后E2F1mRNA的表达变化，用Western blot检测转染前后E2F1蛋白的表达变化。结果转染pRb质粒的骨肉瘤细胞UMR-106与未转染pRb质粒者相比细胞增殖受到抑制。转染pRb质粒的骨肉瘤细胞UMR-106与未转染者相比，转录因子E2F1mRNA和蛋白的表达均减弱。结论Rb能抑制骨肉瘤细胞的增殖，这种增殖抑制作用与Rb对转录因子E2F1的表达抑制有关。     

胶质细胞源性神经营养因子及神经黏附分子在胰腺癌神经浸润中的作用

近年来分子生物学研究表明神经营养因子家族成员及神经黏附分子在嗜神经浸润的肿瘤中常有异常表达.同时研究结果显示,神经营养因子家族成员--胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)可以通过神经黏附分子(NCAM)作为其受体发挥作用[1].但对于其两者在嗜神经浸润肿瘤中的相关性缺乏进一步研究.本实验选择GDNF作为切入点,结合其最新发现的受体NCAM探讨其与胰腺癌的关系及两者在胰腺癌中的相关性.     

胶质细胞源性神经营养因子及神经黏附分子在胰腺癌神经浸润中的作用

近年来分子生物学研究表明神经营养因子家族成员及神经黏附分子在嗜神经浸润的肿瘤中常有异常表达.同时研究结果显示,神经营养因子家族成员--胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)可以通过神经黏附分子(NCAM)作为其受体发挥作用[1].但对于其两者在嗜神经浸润肿瘤中的相关性缺乏进一步研究.本实验选择GDNF作为切入点,结合其最新发现的受体NCAM探讨其与胰腺癌的关系及两者在胰腺癌中的相关性.     

胶质细胞源性神经营养因子及神经黏附分子在胰腺癌神经浸润中的作用

近年来分子生物学研究表明神经营养因子家族成员及神经黏附分子在嗜神经浸润的肿瘤中常有异常表达.同时研究结果显示,神经营养因子家族成员--胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)可以通过神经黏附分子(NCAM)作为其受体发挥作用[1].但对于其两者在嗜神经浸润肿瘤中的相关性缺乏进一步研究.本实验选择GDNF作为切入点,结合其最新发现的受体NCAM探讨其与胰腺癌的关系及两者在胰腺癌中的相关性.     

胶质细胞源性神经营养因子及神经黏附分子在胰腺癌神经浸润中的作用

近年来分子生物学研究表明神经营养因子家族成员及神经黏附分子在嗜神经浸润的肿瘤中常有异常表达.同时研究结果显示,神经营养因子家族成员--胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)可以通过神经黏附分子(NCAM)作为其受体发挥作用[1].但对于其两者在嗜神经浸润肿瘤中的相关性缺乏进一步研究.本实验选择GDNF作为切入点,结合其最新发现的受体NCAM探讨其与胰腺癌的关系及两者在胰腺癌中的相关性.     

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A基因拷贝数变异及其与胰腺癌患者预后的关系

目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A(CDKN2A)基因在胰腺癌中的拷贝数变异(CNV)情况及其与胰腺癌患者预后的关系。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库CNV与RNA Seq V2数据分析CDKN2A基因CNV与其mRNA表达水平的相关性,以及CDKN2A基因CNV对其他基因表达的影响。通过比对TCGA数据库及GTEx数据库比较CDKN2A基因在正常人与胰腺癌患者的表达差异,并分析CDKN2A基因CNV与胰腺癌患者预后的关系。应用DIVAD中基因本体分析(GO分析)联合KEGG对CDKN2A和其相关共表达基因进行功能基因富集分析。结果:通过对TCGA数据库挖掘发现,CDKN2A基因CNV与其mRNA表达呈正相关(Pearson:r=0.102,Spearman:r=0.257)。CDKN2A基因CNV胰腺癌中HOXC6、SLC2A1 mRNA表达水平明显升高,GGA2、MTAP mRNA表达水平明显降低(均P0.05)。相关性研究发现,CDKN2A基因与MTAP mRNA呈明显正相关(Pearson:r=0.42,Spearman:r=0.55)。通过对GTEx数据库分析,发现CDKN2A基因在胰腺癌组织中表达明显高于正常胰腺组织(P0.05)。携带CDKN2A基因CNV的胰腺癌患者总生存率与无瘤生存率均明显低于不携带该基因CNV的胰腺癌患者(均P0.05)。通过对包括CDKN2A相关共表达基因功能富集分析发现,这些共表达基因的功能主要集中于细胞周期的信号通路。结论:CDKN2A基因CNV在胰腺癌中是一种不良预后因素,可作为预测胰腺癌预后的指标。     

胶质细胞源性神经营养因子及神经黏附分子在胰腺癌神经浸润中的作用

近年来分子生物学研究表明神经营养因子家族成员及神经黏附分子在嗜神经浸润的肿瘤中常有异常表达.同时研究结果显示,神经营养因子家族成员--胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)可以通过神经黏附分子(NCAM)作为其受体发挥作用[1].但对于其两者在嗜神经浸润肿瘤中的相关性缺乏进一步研究.本实验选择GDNF作为切入点,结合其最新发现的受体NCAM探讨其与胰腺癌的关系及两者在胰腺癌中的相关性.     

胶质细胞源性神经营养因子及神经黏附分子在胰腺癌神经浸润中的作用

近年来分子生物学研究表明神经营养因子家族成员及神经黏附分子在嗜神经浸润的肿瘤中常有异常表达.同时研究结果显示,神经营养因子家族成员--胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)可以通过神经黏附分子(NCAM)作为其受体发挥作用[1].但对于其两者在嗜神经浸润肿瘤中的相关性缺乏进一步研究.本实验选择GDNF作为切入点,结合其最新发现的受体NCAM探讨其与胰腺癌的关系及两者在胰腺癌中的相关性.     

染色体结构维持蛋白4在胰腺癌中表达的临床与生物信息学分析

目的 研究染色体结构维持蛋白4(structural maintenance of chromosome 4,SMC4)在胰腺癌组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关系,并探讨其可能发生相互作用的蛋白网络及调控的可能信号通路.方法 采用Western blotting检测中国人民解放军中部战区总医院收集的12例胰...     

基于TCGA数据库分析BIRC5在肾透明细胞癌中的表达及预后

目的通过分析杆状病毒凋亡抑制蛋白5(BIRC5)在肾透明细胞癌(ccRCC)组织中的表达,阐明BIRC5对其早期诊断及作为预后预测因子的作用。方法利用GEO、TCGA数据库和HPA分析BIRC5在ccRCC组织中mRNA和蛋白质水平的变化。运用UALCAN和LinkedOmics数据库阐述BIRC5表达与ccRCC临床病理学参数的相关性及对预后的影响。采用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、SurvExpress分析BIRC5表达与ccRCC预后的关系。结果BIRC5 mRNA在ccRCC中高表达,并且与ccRCC患者TNM分期相关(P<0.05),与ccRCC进展高度相关,高表达BIRC5mRNA是ccRCC患者不良预后指标。免疫组织化学结果证实,与正常肾组织相比,ccRCC中BIRC5蛋白表达量显著升高。结论在ccRCC中,BIRC5高表达是一种重要的早期诊断及不良预后指标,有望成为ccRCC早期诊断和预后预测标志物。     

乳腺癌组织中cIAP1、XIAP和caspase-3的表达及其临床意义

目的:探讨cIAP1、XIAP、caspase-3在乳腺癌组织中的表达与患者临床病理参数及预后的关系。方法:应用免疫组化法检测cIAP1、XIAP、caspase-3蛋白分子在99例乳腺癌、10例乳腺纤维腺瘤及6例癌旁正常乳腺组织中的表达,结合Kaplan-MeierPlotter数据库中的乳腺癌患者资料,分析3种蛋白与乳腺癌临床病理参数及其预后的关系。结果:免疫组化结果显示,乳腺癌组织中cIAP1、XIAP、caspase-3蛋白的表达水平均明显高于各自在正常乳腺组织中的表达(均P0.05),但3种蛋白表达水平在乳腺癌组织与乳腺纤维腺瘤组织中均无统计学差异,且在接受过与未接受过新辅助化疗乳腺癌患者的癌组织中也无统计学差异(均P0.05)。cIAP1的表达与患者的月经状态、年龄明显有关,而XIAP的表达与Ki-67的表达强度明显有关(均P0.05)。Kaplan-MeierPlotter数据库分析结果显示,cIAP1表达量与乳腺癌患者的无复发生存期关系不明显(P0.05),XIAP高表达乳腺癌患者的无复发生存期长于低表达乳腺癌患者,而caspase-3高表达乳腺癌患者的无复发生存期短于caspase-3低表达乳腺癌患者(均P0.05)。结论:cIAP1、XIAP和caspase-3的表达可能与乳腺癌的发生、发展密切相关,XIAP和caspase-3可作为评估乳腺癌预后的潜在指标。     

长链非编码RNA-linc00092在胃癌组织的表达及其临床意义

目的观察长链非编码RNA(lncRNA)-linc00092在胃癌组织中的分布特点,探讨linc00092表达高低对胃癌患者多种生存特点的影响,并对其与胃癌常见临床病理学特点的相关性进行分析。方法在13例胃癌患者中,分析癌组织和正常组织中的linc00092的表达差异;在线生存数据库中,分析胃癌组织中的linc00092表达水平对胃癌患者总生存(OS)、疾病进展后生存(PPS)、首次进展后生存(FP)的影响;收集90例胃癌患者癌组织新鲜冰冻组织标本,行实时定量聚合酶链反应(Real-time PCR)检测linc00092水平,分析癌组织中的linc00092与胃癌患者常见临床病理特点的关系。采用χ²检验或者Fisher′s确切概率法分析。结果13对胃癌组织和正常组织中,linc00092的表达水平在胃癌组织的表达水平是胃正常组织中的2.316倍(t=3.195,P<0.05),差异有统计学意义;linc00092高表达的胃癌人群的OS在数据库胃癌总体人群、Ⅲ~Ⅳ期胃癌患者、女性患者、男性患者、仅接受手术患者、人表皮生长因子受体2(Her-2)阴性和阳性患者中明显低于linc00092低表达者(P<0.05);linc00092高表达的胃癌人群的FP在总体人群、Ⅱ~Ⅲ期胃癌患者、Her-2阴性和阳性患者中显著低于linc00092低表达组(P<0.05),差异均有统计学意义;linc00092高表达的胃癌人群的PPS在总体人群、Ⅰ~Ⅳ期胃癌患者、女性和男性患者、仅接受手术患者、Her-2阴性和阳性患者中显著低于linc00092低表达组(P<0.05),差异均有统计学意义;胃癌中的linc00092的表达水平越高,癌组织分化越差(P<0.05),肿瘤越容易出现淋巴结转移(P<0.05)、更容易出现深部浸润(P<0.05),差异均有统计学意义。结论较高的linc00092提示胃癌患者预后较差,同时linc00092在胃癌组中显著高表达,和患者的组织学分级、浸润深度和淋巴结转移情况明显相关。     

肝细胞癌发生发展关键基因及其功能的生物信息学分析

背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差.基因的激活与失活可促进HCC的发生发展.本研究基于生物信息学HCC发生发展的关键基因及功能并进行临床样本表达验证.方法:从公共基因GEO数据库中筛选HCC及癌旁组织基因芯片,通过GE02R在线工具及Venn图筛选出差异表达基因(DEGs),对筛选出来的DEG...     

E2F3在前列腺癌中的表达及意义

目的探讨E2F3在前列腺癌中的表达及临床意义。方法采用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）和免疫组化技术检测26例前列腺癌、20例良性前列腺增生和10例正常前列腺组织中E2F3 mRNA及蛋白的表达。结果E2F3 mRNA及蛋白的表达与临床分期有关,晚期（C＋D期）E2F3 mRNA及蛋白的表达水平明显高于早期（A＋B期,P〈0．05）,低分化癌E2F3 mRNA及蛋白的表达明显高于高中分化癌（P〈0．05）。前列腺癌中E2F3表达水平明显高于良性前列腺增生（P〈0．05）及正常前列腺组织（P〈0．05）。结论E2F3表达可能与前列腺癌的恶性程度有关,E2F3在前列腺癌的发生发展中起到促进作用。     

转移抑制基因nm23-H1在结直肠癌中的表达及其与临床病理因素的关系

目的 探讨人结直肠癌组织中nm23-H1表达及其与临床病理因素的关系。方法 应用逆转录PCR及免疫组织化学(免疫组化)方法,分别测定30例结直肠癌手术切除标本及癌旁2、5cm组织和远端正常对照组织的nm23-H1 mRNA以及蛋白表达水平,分析nm23-H1与结直肠癌临床病理因素的关系。结果 结直肠癌中nm23-H1 mRNA的低表达与淋巴结转移及Dukes分期明显相关(P<0.05)。nm23-H1蛋白表达水平与结直肠癌中淋巴结转移、分化程度、Dukes分期呈明显的负相关(P<0.05),并同基因转录水平一致。结论 nm23-H1的降表达是结直肠癌转移中的重要的分子生物学事件,检测结直肠癌中nm23-H1的表达情况对评估患者的预后可能具有意义。     

环状RNA矮小相关转录因子1在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:探讨胃癌组织中环状RNA矮小相关转录因子1(circRUNX1)的表达及其与临床病理特征和患者预后的关系。方法:收集上海交通大学附属第一人民医院胃肠外科2015年4月至2018年12月接受首次胃癌根治术的35例胃癌患者的胃癌组织(研究组)及癌旁正常组织(对照组),利用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检...     

LAMA3在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的 探讨层粘连蛋白3（laminin 3,LAMA3）在胰腺癌患者中的表达,并分析其临床意义。方法 采用回顾性分析法收集温州医科大学定理临床学院2011年5月至2018年12月胰腺癌病例40例,利用免疫组化、qRT-PCR、Western blotting等方法检测胰腺癌患者手术切除癌组织及癌旁正常组织的LAMA3表达情况,分析LAMA3表达与临床病理特征及肿瘤预后的相关性。利用GEO及Oncomine生物信息数据库验证LAMA3在胰腺癌组织中的表达情况。结果 免疫组化检测结果表明胰腺癌组织中的LAMA3蛋白高表达率比癌旁组织中显著升高（60.0% vs 25.0%,χ² =10.026,P＜0.05）。LAMA3蛋白表达与肿瘤大小、TNM分期显著相关（χ² =9.184,7.111,P＜0.05）,与性别、年龄、CA199、分化程度、淋巴结转移等因素无明显相关（P＞0.05）。生存分析表明LAMA3高表达提示预后不良（P＜0.05）。对GEO及Oncomine数据库分析显示,与正常癌旁组织相比LAMA3在胰腺癌组织中呈明显高表达（GSE16515,P＜0.0001;GSE15471,P＜0.0001;GSE3654,P＜0.0001）。结论 本研究表明LAMA3在胰腺癌组织中表达上调,其表达情况与患者的肿瘤大小、TNM分期显著相关,LAMA3可能是胰腺癌预后不良的预测因子。