NDRG1基因在乳腺癌转移中的表达及意义

目的 探讨乳腺癌组织中NDRG1基因的表达及意义,分析NDRG1基因在原发癌组织及淋巴结转移癌组织中表达的变化.方法 乳腺癌患者74例分为两组:有淋巴结转移组33例,无淋巴结转移组41例,采用免疫组化半定量积分法比较两组病例癌组织NDRG1基因的表达,探讨其与临床病理的关系;分析NDRG1基因在原发癌组织及淋巴结转移癌组织中表达的变化.结果 淋巴结转移组比无淋巴结转移组癌组织NDRG1基因表达明显降低(P<0.01);NDRG1基因表达与淋巴结转移呈负相关(rs=-0.415),与年龄及肿物大小无关.淋巴结转移癌组织中,NDRG1基因表达比原发癌组织明显降低(P<0.01).结论 NDRG1表达的下调参与了乳腺癌的转移机制,NDRG1基因过表达可能对乳腺癌转移起抑制作用.     

利用mRNA差异显示和基因芯片技术联合筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌患者的差异表达基因

目的 通过乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的比较研究筛选乳腺癌转移相关基因。方法 首先利用mRNA差异显示（mRNA DD）技术筛选乳腺原发癌与其配对的淋巴结转移癌的差异表达基因片段,将差异基因片段克隆、测序并与GenBank同源性比较;然后利用同位素标记的反向斑点杂交和荧光标记的基因芯片杂交方法验证筛选得到的差异基因;采用实时定量逆转录聚合酶链反应（real-time RT—PCR）方法检测差异表达基因在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的mRNA表达。结果 乳腺癌的淋巴结转移癌与其原发癌的基因表达谱具有高度一致性,但也有少量差异表达的基因;mRNADD筛选得到16个差异基因,包括4个未知基因并已登录在GenBank,序列号为BG518428、BG518429、BM005520、BM005521,4个已知序列未知功能基因和8个已知基因。其中驱动蛋白样DNA结合蛋白（KNSL4）和二氢嘧啶脱氢酶（DYPD）为在同位素标记的反向斑点杂交和基因芯片杂交的验证结果中证实在转移癌中的表达较原发癌下调的基因。KNSL4 mRNA在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的表达,随着细胞转移能力的增强呈下调趋势。结论 乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的相似性证实,淋巴结转移癌是其原发癌的转移亚克隆,二者的差异表达基因可能与细胞的转移表型相关;KNSL4和DYPD为3种方法均证实的在转移癌中表达下调的基因,是潜在的乳腺癌转移相关基因;KNSL4与乳腺癌细胞转移的生物学行为相关,提示其可能在乳腺癌转移中起重要作用。     

NDRG1基因在乳腺癌转移中的表达及其意义

目的 探讨乳腺癌组织中NDRG1基因的表达及其意义,分析NDRG1基因在原发癌组织及淋巴结转移癌组织中表达的变化。方法 选取我院2005-2006年的乳腺癌病例74例,分为两组：有淋巴结转移组33例,无淋巴结转移组41例,采用免疫组化半定量积分法比较两组病例癌组织NDRG1基因的表达,探讨其与临床病理的关系;分析NDRG1基因在原发癌组织及淋巴结转移癌组织中表达的变化。结果 淋巴结转移组比无淋巴结转移组癌组织NDRG1基因表达明显降低（P<0.01）;NDRG1基因表达与淋巴结转移呈负相关（rs=-0.415）,与年龄及肿物大小无关。淋巴结转移癌组织中,NDRG1基因表达比原发癌组织明显降低（P<0.01）。结论 NDRG1表达的下调参与了乳腺癌的转移机制, NDRG1基因过表达可能对乳腺癌转移起抑制作用。     

肺腺癌相关基因及其与代谢通路关系的研究

目的利用基因芯片技术研究肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常及胚胎肺组织中的基因表达差异,并利用代谢通路数据库分析这些基因与代谢通路相关性信息。方法分别抽取肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常和胚胎肺组织的总RNA并纯化mRNA,用逆转录的方法,将各mRNA的两种荧光Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,并与含有1152条人类全长基因芯片上进行杂交。用计算机处理和分析。将实验所得基因映射到（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路数据库的基因表达调控通路上,检测同一基因表达调控通路内基因的共表达趋势。结果4例肺腺癌组织和癌旁正常组织比较共表达差异基因25个;3例肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较共表达差异基因8个;1例胚胎肺组织和癌旁正常组织比较差异表达基因316个,且与肺腺癌组织和癌旁正常组织比较16个基因有共同表达差异。在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中的基因与疾病组织中的基因显著相关（P〈0.05）,而与癌旁组织和淋巴结组织中的基因无关（P〉0.05）。结论肺腺癌组织与癌旁正常组织比较、肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较均存在共表达差异基因,这些基因可能与肺腺癌的发生、发展有关。代谢通路分析结果提示,在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中存在着肺腺癌疾病相关的基因,且在同一通路中的基因有共表达趋势。     

RNPC1通过抑制Snail表达影响乳腺癌转移

目的：研究人乳腺癌细胞BT474中RNPC1对Snail表达的调控,及其与乳腺癌淋巴结转移等生物学行为的关系。方法：采用免疫组化（SP法）检测42例伴有淋巴结转移及39例无淋巴结转移的乳腺癌组织中RNPC1蛋白的表达,并计算差值;通过TCGA数据库分析伴有或不伴有淋巴结转移的乳腺癌组织中RNPC1基因表达差异;采用慢病毒转染法干扰或过表达RNPC1基因,实时荧光定量PCR (qRT-PCR) 和Western blot法检测BT474细胞中Snail的表达量;以双荧光素酶报告基因实验证实RNPC1与靶基因Snail的结合。结果：与有淋巴结转移的乳腺癌组织相比,RNPC1的表达量在无淋巴结转移的组织中相对较高;干扰RNPC1能够明显增加BT474细胞中Snail的表达,过表达RNPC1可以显著降低Snail的表达;RNPC1通过结合Snail 3′-非编码区（3′-UTR）降低其表达水平。结论：RNPC1可以通过降低Snail的表达,影响乳腺癌的转移能力。     

乳腺癌肿大腋窝淋巴结中BCSCs相关基因表达与肿瘤复发、转移的关系

目的：探索乳腺癌干细胞（BCSCs）相关基因CD44、Twist1、OCT4在乳腺癌患者癌组织、腋窝肿大淋巴结中的表达与乳腺癌转移及复发的关系。方法以免疫组化法和组织免疫荧光聚合酶链反应（RT-PCR）分别检测乳腺癌患者癌组织、腋窝淋巴结中BCSCs相关因子CD44、CD24、Twist1和OCT4的基因和抗原表达。结果在术前和术中确诊为乳腺癌的14例患者中均有癌细胞腋窝淋巴结转移。免疫组化法测得乳腺癌癌组织、腋窝肿大淋巴结BCSCs相关因子CD44、Twist1和OCT4抗原阳性过表达,而CD24呈低表达;RT-PCR检测乳腺癌组织、腋窝淋巴结中BCSCs相关因子CD44、Twist1和OCT4的基因表达增强（P＜0.05）,CD24基因低表达（P＞0.05）。结论乳腺癌伴腋窝淋巴结肿大者BCSCs相关因子CD44、Twist1和OCT4的基因、抗原表达明显增高,可能表明BCSCs相关因子与乳腺癌细胞易早期转移、复发有关。     

胃癌和癌旁组织ECM 1基因水平检测及其临床意义

目的检测细胞外基质蛋白1基因在胃癌和癌旁组织中的表达,并分析及其临床意义。方法基于TagMan-MGB荧光探针技术,建立实时荧光定量RT-PCR方法,检测胃癌癌旁组织(n=38),胃癌(淋巴结未转移)(n=18)和胃癌(淋巴结转移)(n=20)中ECM1基因的表达。结果癌旁组织、淋巴结未转移和淋巴结已转移的胃癌组织ECM1基因的表达均值分别为(6.67±2.29)×108拷贝/gRNA,(7.41±2.65)×108拷贝/gRNA,(5.01±2.22)×109拷贝/gRNA。淋巴结未转移的胃癌组织ECM1基因表达均值高于癌旁组织,但两者差异无统计学意义(P>0.05);淋巴结已发生转移的胃癌组织ECM1基因表达明显高于癌旁和淋巴结未转移的胃癌组织,差异有统计学意义(P<0.01)。结论ECM1基因在转移性胃癌中表达升高,可能与胃癌转移相关。     

The significance of mRNA expression and methylation of SFRP1 promoter in invasive breast cancer

目的 探讨浸润性乳腺癌及相应癌旁乳腺组织中分泌型卷曲相关蛋白1(the secreted frizzled-related protein 1,SFRP1)基因的表达及其启动子CpG岛的异常甲基化状态,并分析其临床意义.方法 采用实时荧光定量PCR技术及甲基化聚合酶链反应(MSP)技术检测58例浸润性乳腺癌组织和相应癌旁乳腺组织中SFRP1基因的mRNA表达及其启动子CpG岛的异常甲基化情况,并分析其与临床病理参数之间的关系.结果 浸润性乳腺癌组SFRP1基因的甲基化显著高于癌旁乳腺组织组(P<0.05);腋窝淋巴结有转移的浸润性乳腺癌组SFRP1基因的甲基化显著高于腋窝淋巴结无转移组(P<0.05),而与其他临床病理参数无关.SFRP1在浸润性乳腺癌组的mRNA表达量与乳腺癌旁组比较,差异有统计学意义(P<0.05);在23例SFRP1基因启动子CpG岛发生异常甲基化的浸润性乳腺癌组,均未检测到SFRP1的mRNA表达.结论 SFRP1基因异常甲基化可能影响其 mRNA的转录水平;SFRP1基因启动子的甲基化与浸润性乳腺癌的发生发展有关,对其进行检测有可能为浸润性乳腺癌的早期诊断和判断预后提供帮助.     

用肿瘤转移基因芯片筛查乳腺癌转移相关基因表达谱

目的：研究人乳腺癌组织转移相关基因表达谱，观察乳腺癌转移过程中有关基因的功能。方法：挑选399个与肿瘤转移相关的基因克隆，经PCR纯化后，点布于多聚赖氨酸包备的玻片上。提取正常乳腺组织及乳腺癌组织的总RNA，反转录后标记cDNA探针，与cDNA微阵列杂交。使用ScanArray4000共聚焦激光扫描仪扫描芯片。结果：81个基因与乳腺癌组织转移相关，包括癌基因、抑癌基因、运动因子、粘附因子、细胞凋亡调节因子、基质金属蛋白酶、血管形成因子等。结论：多个基因参与乳腺癌转移过程，它们共同作用，调节肿瘤细胞的生物学特性，促使乳腺癌转移和进展。     

BIRC5的表达与大肠癌淋巴结转移的关系

目的探讨凋亡抑制基因BIRC5是否参与大肠癌发病过程及是否与淋巴结转移相关。方法利用免疫组织化学方法分析比较40例大肠癌组织及其自体正常大肠组织,以及35例癌细胞淋巴结转移组织中BIRC5蛋白的表达情况。结果BIRC5蛋白在癌组织中的表达程度与非癌组织(正常大肠组织)比较,差别有统计学意义(P<0.001)。在淋巴结转移的癌组织中,BIRC5蛋白的表达与非淋巴结转移的大肠癌组织比较,差别亦有统计学意义(P<0.01)。结论BIRC5参与了大肠癌发病过程,并与癌细胞淋巴结转移相关。     

采用单引物扩增法标记的基因芯片技术筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌的差异表达基因

目的比较乳腺原发癌与淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选乳腺癌转移相关基因。方法采用单引物扩增(SPA)标记方法和含21000个人功能基因的Oligo芯片,比较10例淋巴结转移阳性乳腺癌患者的原发癌及淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选至少5对样本中有1．5倍以上相同差异表达趋势的基因;采用实时定量RT—PCR方法对差异表达基因进行病例验证。结果SPA方法标记靶标可使用于一张芯片杂交的起始总RNA模板量减少至0．25μg;共筛选出57个基因在至少5对样本中有1．5倍以上相同的差异表达趋势,其中19个基因在转移癌中表达上调,38个基因下调,8个差异表达基因与细胞黏附和运动能力有关,14个与信号传导有关,14个与细胞生长代谢有关;实时定量RT—PCR检测30例乳腺癌原发癌与配对的淋巴结转移癌中纤维粘连蛋白(FN)的mRNA表达,转移癌中FN的mRNA表达平均相对表达量较原发癌下调3．6倍,配对t检验差异有统计学意义(t=-3．188,P=0．003)。结论(1)单引物扩增标记靶标的方法灵敏度高、重复性好。(2)以乳腺癌的淋巴结转移癌作为原发癌的转移亚克隆进行基因表达的差异比较,筛选得到的基因涉及了细胞黏附和运动能力、细胞信号传导、细胞生长代谢等与转移相关的生物学过程。(3)FN可能参与乳腺癌的转移过程,是潜在的预测乳腺癌转移和预后的分子标志。     

紧密连接蛋白claudin-6在人乳腺癌细胞和组织中的表达及其与乳腺癌淋巴结转移的关系

目的：探讨紧密连接蛋白claudin-6在人乳腺癌细胞株、乳腺癌组织中的表达及与淋巴结转移的关系,为判定乳腺癌淋巴结转移及估计预后提供依据。方法：应用RT-PCR和免疫组织化学S-P法,对人乳腺上皮细胞株HBL-100、低侵袭性乳腺癌细胞株MCF-7、高侵袭性乳腺癌细胞株MDA-MB231和38例人乳腺癌组织claudin-6的表达进行检测,同时以30例乳腺良性肿瘤作为对照。结果： claudin-6在HBL-100细胞株中有表达,在乳腺癌细胞株MCF-7和 MDA-MB231中均无表达;乳腺癌组织中claudin-6表达明显低于对照组（P<0.05）;claudin-6表达与乳腺癌组织的病理分级及淋巴结转移有关联（P<0.05）,与患者年龄和临床分期无关（P＞0.05）。结论：claudin-6可能在乳腺癌的发生和转移中起一定的负性调控作用,并可作为判断乳腺癌淋巴结转移和估计预后的参考指标。     

HOXB7调控NKX3—1促进大肠癌转移机制分析

目的分析HOXB7基因的过表达表达谱数据,探索HOXB7基因在大肠癌发生和转移过程中可能参与的分子机制。方法 主通过对HOXB7基因过表达的大肠癌细胞株对比空载对照组中表达具有差异的基因,进行转求因子结合位点富集分析,富集的转录因子结合位点与差异基因取交集,得到表达具有差异的转求因子结合位点,对具有此转录因子结合位点的差异表达基因进行共表达分析,明确这些基因可能具有的共表达特性,并对这些共表达基因对应的蛋白进行蛋白相互作用网络调控分析,明确这些基因可能参与的细胞信号通路。结果转录因子NKX3-1结合位点在HOXB7过表达的上调差异基因中的转录调控区域富集程度较高,且其本身为上调的差异基因,推测其可能在部分上调基因中具有调控作用。而NKX3-1基因与具有其转录因自结合位点的14个基因存在着共表达关系,且这14个基因所主导的细胞信号子网络主要参与肿瘤相关通路、Wnt信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、细胞间连接、细胞与细胞外基质连接等与肿瘤发生及转移密切相关的信号通路。结论HOXB7基因可能通过调控NKX3-1基因促进大肠癌的发生和转移。     

CTSD基因表遗传学修饰与乳腺癌转移的关系

目的:检测乳腺癌组织CTSD基因增强子区遗传和表遗传学改变,探讨其与乳腺癌转移的关系?方法:取152例乳腺癌标本及对应的癌旁组织,采用PCR扩增技术对CTSD基因增强子区进行扩增,产物进行基因测序?应用甲基化特异性限制性内切酶酶切联合PCR扩增技术,观察乳腺癌组织CTSD基因增强子区去甲基化状态?结果:遗传学改变研究表明,CTSD基因增强子区基因片段测序结果显示未发现有意义的突变位点?表遗传研究表明,转移乳腺癌组织中增强子区去甲基化发生率为85.3%,癌旁组织为0,两者差别有显著统计学意义(P < 0.05)?未转移乳腺癌去甲基化发生率为 51.9%,相较于癌旁组织,差别有统计学意义(P < 0.05)?转移和未转移乳腺癌去甲基化发生率相比,差别也有统计学意义(P < 0.05)?结论:CTSD基因增强子区的功能调控不受遗传学突变的影响,其去甲基化率与乳腺癌的转移有关,有望成为乳腺癌的一个预后指标?     

乳腺癌患者肿瘤转移相关基因1和基质金属蛋白酶9的表达及意义

目的 研究乳腺癌组织中肿瘤转移相关基因1(MTA1)和基质金属蛋白酶9(MMP-9)的表达及其与肿瘤侵袭转移之间的关系.方法 运用荧光实时定量PCR技术检测56对乳腺癌组织和配对的正常乳腺组织中MTA1、MMP-9 mRNA的表达.结果 83.9%(47/56)的乳腺癌原发灶标本MTA1基因的表达高于其配对的正常乳腺组织.85.7%(48/56)的乳腺癌原发灶MMP-9基因的表达高于配对正常乳腺组织.MTA1、MMP-9基因表达与乳腺癌的浸润、转移呈正相关(P<0.05).MTA1与MMP-9基因表达呈正相关(P<0.05).结论 联合检测MTA1、MMP-9基因表达水平,可以预测乳腺癌的浸润转移,为临床治疗和判断预后提供依据.     

KIAA0101调控胃癌细胞周期的相关基因筛选

目的筛选KIAA0101 基因对细胞周期影响的相关基因。方法以RT-PCR方法分析胃癌组织相对于配对癌旁组织中 KIAA0101基因表达量,利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用KEGG绘制通路 图,将与KIAA0101表达模式相关的基因列表回带入TCGA cBioPortal进行基因之间相互网络作用的关系研究,并借由系统生 成基因拓扑关系图。最后采用RT-PCR方法对候选基因进行筛选。结果癌组织中KIAA0101 mRNA表达水平为1.104±0.379, 显著高于配对癌旁组织（0.421±0.172;P=0.0179）。系统通过汇总分析全部基因探针的表达强度,对来自478 例组织中与 KIAA0101相关的基因进行了筛选。GO功能分析显示差异基因主要富集在蛋白磷酸化、RNA加工、细胞周期、DNA代谢过程、 蛋白质转运、乙酰化、细胞凋亡、蛋白质水解、氧化还原等功能。KIAA0101表达水平的改变主要影响的胃癌相关通路有：细胞周 期、剪接体、DNA复制、p53 信号转导通路等。KEGG通路图及基因拓扑图显示,BUB1B、MAD2L1、CDC45、CDK1、CCNE1、 CCNB2等与KIAA0101相关的基因也与细胞周期相关,RT-PCR结果证实BUB1B、MAD2L、CDK1、CCNE1、CCNB2 mRNA表 达水平显著高于配对癌旁组织（P<0.05）,CDC45 mRNA表达水平无显著性差异（P>0.05）。结论KIAA0101 可能通过影响 BUB1B、MAD2L1、CDK1、CCNE1、CCNB2 表达产生对细胞周期的影响,这个结果可以为KIAA0101 影响细胞周期的作用机 制、肿瘤标志物的筛选和药物靶点的选择提供参考。     

基于多重数据库的肾癌转移相关基因生物信息分析及功能初探

［摘要］目的: 通过生物信息学技术探讨肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞基因表达差异，寻找关键的差异基因及与其可能相关的分子机制。方法: 从GEO基因芯片数据库中下载人肾癌转移瘤和原发性肾癌的相关基因芯片数据GSE85258，用GCBI在线工具分析肾癌转移瘤和原发性肾癌的差异表达基因。分析差异表达基因GO及Pathway；筛选出既符合GO又符合Pathway的差异基因；将差异基因之间的相互作用及共表达关系构建基因网络图；构建差异基因Pathway网络图。通过体外细胞侵袭实验验证差异基因在肾癌细胞中的功能。结果： GSE85258数据集中共筛选出3 000个差异基因，其中表面活性蛋白2(SFTPA2)升高最显著，SLC17A3降低最明显。GO分析显示，差异基因主要参与DNA依赖性转录，信号转导，小分子代谢过程等多个生物学功能。Pathway分析显示，差异基因主要参与内质网蛋白质加工，代谢途径，癌症途径等生物学过程。差异基因相互作用分析显示MAPK1为核心信号传递中介，PRKCA、NRAS、NOS1等基因与其直接作用。差异基因间共表达既有正相关也有负相关，其中与周围基因关系最多的10个基因，互为正相关。Pathway网络分析显示MAPK信号通路是上下游通路最多的信号通路，其包含细胞周期、细胞凋亡、P53信号通路、癌症途径等与肿瘤发生相关的信号通路。侵袭实验显示，抑制SFTPA2表达可降低肾癌细胞的侵袭能力(t=18.44，P <0.01)。结论： 肾癌转移瘤细胞与原发性肾癌细胞存在表达差异基因，其中SFTPA2、MAPK1、PRKCA、NOS1可能是关键差异基因，其可能参与MAPK信号通路等，促进肾癌转移。     

超氧化物歧化酶2在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的 评估超氧化物歧化酶2（SOD2）在乳腺癌中表达及预后价值,揭示其在乳腺癌发生发展中可能的作用机制。方法 采 用R 软件对TCGA数据进行生信分析,用Wilcoxon秩和检验和Wilcoxon符号秩和检验分析SOD2在乳腺癌中的表达及临床相 关性,应用KEGG的基因集进行基因富集分析（GSEA）,然后通过STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,用Cytoscape 软件进行关键基因筛选,两基因相关性使用Pearson’s相关性分析。通过免疫组化和 RT-qPCR 法对2018~2019年收治的原发性乳腺癌组织、癌旁组织样本各60例进行临床验证。结果 SOD2在乳腺癌组织中的表达明显低于乳腺正常组织,其表达与乳腺癌TNM分期和腋窝淋巴结转移显著相关（P<0.05）。Kaplan-Meier法生存分析显示SOD2高表达患者的无复发生存、无远处转移生存和后进展生存期均显著低于SOD2低表达者（P<0.05）;GSEA富集分析结果显示SOD2在JAK-STAT信号通路中发挥重要的生物学作用。构建PPI网络筛选出关键基因IL10和STAT4,二者均与SOD2呈正相关性。SOD2在临床乳腺癌组织样本中高表达,其表达与腋窝淋巴结有无转移、雌激素受体表达及雄激素受体表达有显著性差异（P<0.05）。结论 SOD2在乳腺癌中的表达与TNM分期、腋窝淋巴结转移显著相关,SOD2可能通过调控IL10和/或STAT4介导JAK/STAT信号通路影响乳腺癌细胞的增殖、侵袭和转移。