基于ITS2序列鉴别维吾尔药材薰衣草及其混伪品

建立了基于ITS2序列鉴别维吾尔药材薰衣草及其混伪品(全叶青兰和夏枯草)的方法.对维吾尔药材薰衣草及其混伪品的ITS2 序列进行PCR扩增和双向测序,使用CodonCode Aligner软件对测序峰图进行序列拼接,用MEGA 6.0 软件对拼接后的序列进行多重比对.并计算种内、种间遗传距离,构建NJ 系统聚类树,预测...     

ITS2+psbA-trnH复合序列鉴定徐长卿、白薇和白前

目的：建立以ITS2+psbA-trnH复合序列鉴定徐长卿、白薇和白前及其同属近缘混伪品的DNA条形码鉴定方法。方法：搜集徐长卿、白薇、白前及其近源混伪品,采用改良的CTAB法提取DNA,通过实验分别获得ITS2和psbA-trnH序列,将同一样本的ITS2序列与psbA-trnH序列整合得到43条ITS2+psbA-trnH复合序列,从GenBank数据库中下载来源于同一样本的ITS2序列与psbA-trnH序列整合得到14条ITS2+psbA-trnH 网上复合序列,用MEGA 6.05软件分析徐长卿、白薇、白前及其近源混伪品的复合序列变异位点,计算种内、种间的K2P距离,并构建NJ系统聚类树。结果：徐长卿、白薇和白前药材ITS2+psbA-trnH复合序列比对后产生17个变异位点;徐长卿、白薇和白前基源物种种内最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树能准确将徐长卿白薇和白前及其近缘混伪品。结论：该研究建立了应用ITS2+psbA-trnH复合序列鉴定徐长卿、白薇、白前及其近缘混伪品的DNA条形码鉴定方法。     

基于ITS序列鉴别特色民族药材土牛膝及其混伪品的研究

目的:利用DNA条形码对特色民族药材土牛膝(粗毛牛膝、野生牛膝和柳叶牛膝)及其混伪品进行分子鉴定.方法:利用DNA条形码方法,分别对土牛膝及其混伪品的ITS和MatK基因片段进行扩增并双向测序,使用Codon?Code?Aligner软件对扩增序列进行拼接,用MEGA软件对数据比对分析,并基于K2P模型进行遗传距离分析...     

羌活药材ITS/ITS2条形码鉴定及其稳定性与准确性研究

为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件与其混伪品进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ Tree)。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMMer)的注释方法获得。结果表明,羌活药材ITS序列长度为603～604 bp,ITS2序列长度均为228 bp,羌活药材ITS/ITS2序列单倍型与其基原植物叶片序列一致。两种基原植物ITS/ITS2序列种内平均kimura 2-parameter(K2P)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;NJ树结果显示羌活、宽叶羌活与其混伪品均可明显区分,表现出良好单系性。因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别羌活药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。     

基于ITS2序列的三棱及其混伪品的分子鉴定

摘 要 目的：通过分析三棱及其混伪品的ITS2条形码序列,探索鉴定三棱及其混伪品的新方法。方法: 采集三棱及其混伪品共5个物种8个样本,并从Genbank网上下载三棱及其混伪品共6个物种23条ITS2序列,用MEGA5.0软件计算上述ITS2序列的种间、种内遗传距离,并构建系统发育树。结果: 三棱种内最大K2P距离为0.038,与混伪品种间最小K2P距离为0.697。由所构建的系统发育树可以看出,正品三棱的不同样品聚在一支,并能很好地与混伪品区分开。结论:ITS2条形码序列能够成功鉴定三棱与其混伪品,为三棱及其混伪品的鉴别提供了新的方法。     

DNA条形码鉴定洋金花及其伪品

为建立有毒中药洋金花及其伪品DNA条形码鉴定方法,采用国际通用的条形码序列ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL对洋金花原植物白花曼陀罗及其伪品毛曼陀罗、曼陀罗和木本曼陀罗4个种共计20份材料进行了比较研究。PCR及测序成功率分别为ITS2(100%)、matK(100%)、psbA-trnH(90%)、rbcL(85%)。采用CodonCode Aligner进行序列拼接,采用MEGA 4.1计算白花曼陀罗及其伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树。结果显示ITS2序列共有30个单核苷酸多态性(SNPs)位点、psbA-trnH序列有33个单碱基的插入和缺失I。TS2和psbA-trnH序列种间遗传距离大于种内,matK和rbcL种内和种间没有明显Barcoding Gap。4个条形码序列及其组合获得的分子系统树(ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL、matK+rbcL)均分成了两大支,木本曼陀罗单聚为一支,该分子证据支持将Brugmansia提升为属水平。实验结果表明ITS2及psbA-trnH序列可以作为洋金花及其伪品鉴定用的条形码序列。     

25份燕窝样品的线粒体细胞色素氧化酶I基因序列分析

目的 对多种燕窝进行DNA条形码鉴别，为确定燕窝的基原提供分子依据。方法 对25份燕窝样品的细胞色素氧化酶I（mitochondria cytochrome oxidase subunit I gene，COI）条形码序列进行PCR扩增和测序，分析燕窝正品来源的种内变异，与混伪品的种间变异，以及序列相似性和进化树研究，用Taxon DNA软件评估"Barcoding Gap"。结果 金丝燕种内COI序列变异小，种间存在较多的变异位点，种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离。通过构建的系统聚类树图可以看出，燕窝不同来源个体均聚在一起，能够与其混伪品区分开。结论 基于COI序列的DNA条形码技术可以用于鉴定燕窝的正品来源及其混伪品。     

基于ITS2条形码鉴定粤产竹根薯及其易混淆品

目的 采用DNA条形码分子鉴定技术鉴定粤产竹根薯（又名竹芋）Marantak arundinacea L.与及其易混淆品（包括飞羽竹芋、苹果竹芋和双线竹芋）,以确保竹根薯药材质量。方法 收集药材样品,对其ITS2序列进行PCR扩增并正向测序,所得序列用Codon Code Aligner软件校对拼接后,利用MEGA 6.05对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法（NJ）构建系统聚类树。结果 竹根薯种内遗传距离明显小于它与其同属的种间遗传距离,基于ITS2序列建立了NJ树,能准确将竹根薯与其混淆品区分。结论 基于ITS2序列可以科学准确地对竹根薯及其易混淆品进行鉴定,为竹根薯的生药鉴别提供新的科学依据。     

市售覆盆子药材DNA条形码鉴定研究

目的基于ITS2条形码序列检测市场销售覆盆子药材,为保证覆盆子药材使用的正确性和安全性提供一种新的鉴定手段。方法获取掌叶覆盆子及其5种常见同属易混种ITS2序列,以及GenBank上下载的共计48条序列。使用Gene Tool软件分析ITS2序列长度,GC含量和变异位点等情况,利用Clustal X和MEGA 7.0软件计算遗传距离和构建邻接系统发育聚类树。同时随机检测24份市售覆盆子药材,利用中药材DNA条形码鉴定系统和构建邻接系统发育聚类树确定物种,鉴别真伪。结果掌叶覆盆子基原植物可与其同属易混种进行明显区分;市售药材中正品22份,伪品1份,混合物1份。结论基于ITS2序列的DNA条形码技术能够成功鉴定市场销售的掌叶覆盆子及其混伪品。     

基于DNA条形码ITS2序列对阿魏属药用植物的鉴别研究

目的:建立一种快速、准确和标准化的中药材阿魏属植物DNA条形码鉴别方法。方法:提取新疆阿魏(Ferula sinkiangensis K.M.Shen)和阜康阿魏(Ferula fukanensis K.M.Shen)基因组DNA,扩增ITS2序列并测序;运用分析相似性搜索法,下载Gen Bank数据库中阿魏属植物13个物种26个样本基因ITS2序列并进行比对分析,计算种间种内遗传距离并构建系统进化树进行聚类分析。结果:通过计算,15个物种遗传距离分布范围为0.009~0.230,平均遗传距离为0.018;聚类分析结果显示DNA条形码ITS2序列能够将阿魏属32种植物聚为不同的类。结论:建立的阿魏药材DNA条形码ITS2序列鉴别方法可准确、快速地鉴别出阿魏属药材的正品和混淆品。     

基于GenBank核酸数据库ITS2序列鉴定一枝蒿与其混淆品种

目的:利用GenBank核酸数据库中ITS2序列鉴定维吾尔传统药材一枝蒿与其混淆品种。方法:提取一枝蒿药材基因组DNA、扩增ITS2序列并测序,采用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,并提交至GenBank核酸数据库;运用分析相似性搜索法(BLASTI)进行序列鉴定,下载易混淆品种的ITS2序列,再应用MEGA5.0软件计算种内种间(K2P)遗传距离和构建邻接(NJ)系统聚类树。结果:一枝蒿与其混淆品种之间的K2P遗传距离分布于0.019⁰.254之间,远大于一枝蒿种内遗传距离(0.008);NJ系统聚类树结果表明能将一枝蒿与其混淆品种区分开来,单独聚为一类。结论:ITS2序列适用于维吾尔药材一枝蒿与其混淆品种的鉴别,可为一枝蒿的质量和用药安全提供鉴定依据。     

RP-HPLC法同时测定艾叶及其炮制品中棕矢车菊素和异泽兰黄素的含量

目的：建立同时测定艾叶及其炮制品（醋艾叶、艾叶炭、醋艾炭）中棕矢车菊素和异泽兰黄素含量的方法,为控制艾叶及其炮制品质量提供新的评价指标。方法：采用反相高效液相色谱法。色谱柱为Agilent Eclipse XDB-C18（250mm×4．6mm,5gm）,流动相为乙腈-0．2％磷酸溶液（37：63,V/V）,流速为1．0ml／min,柱温为25℃,检测波长为330nm。结果：棕矢车菊素和异泽兰黄素的质量浓度分别在0．0140．20、0．01～0．16mg／ml范围内与各自峰面积积分值呈良好的线性关系（r分别为0．9995、0．9999）;精密度、稳定性、重复性试验的RSD〈3％;平均加样回收率分别为99．72％、101．19％,RSD分别为1．48％、0．90％（n均为6）。两种成分在艾叶、醋艾叶中含量较高,在艾叶炭和醋艾炭中含量极低或未检测到。结论：该方法简便、易行,测定结果准确、重复性好,可用于评价和控制艾叶和醋艾叶饮片的质量。     

4个地区独一味的ITS基因片段序列分析

目的：检测独一味的ITS基因序列片段,并利用ITS序列作为遗传标记分析了来自4个不同地区（甘南玛曲、西藏林芝、四川若尔盖道班、四川若尔盖热当坝）的独一味的遗传变异情况。方法：采用Plant DNA Mini Kit法作为基因组DNA提取的最佳方法,提取植物独一味的核基因组DNA,并且建立了适合独一味的PCR反应体系,利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区序列进行套式扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳得到电泳图谱,并进行分析,测序。经Clusta 1X软件排序,MEGA3软件统计分析和分支分析,建立系统发育树,并计算各类群间的遗传距离。结果：琼脂糖电泳图谱及所测序列显示,来自于植物独一味的核DNA中rRNA基因内转录间隔区全长为670bp左右．甘南玛曲和西藏林芝的独一味遗传距离较小,四川与甘南玛曲和西藏林芝的独一味遗传距离较大。结论：基于ITS序列分析,作为品质突出的甘南玛曲独一味和其他地区的独一味相比,并未形成一个区别于其他地区独一味的一个独特的种。根据ITS序列特征所构建的系统树,与传统分类有所不同。     

基于DNA条形码技术鉴定蒙药材刺柏叶及其混淆品

目的：基于DNA条形码技术鉴别蒙药材刺柏叶及其混淆品。方法：采用国际通用的条形码序列 ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL,对刺柏叶及其混淆品圆柏叶共计11份样品进行DNA提取、扩增,采用CodonCode Aligner进行序列拼接,并用MEGA软件对拼接序列进行变异位点分析、邻接(NJ)聚类分析,并计算其平均种内、种间遗传距离。结果：4对引物的PCR扩增产物测序成功率分别为ITS2 100%、 psbA-trnH 100%、rbcL 100%、matK 0%;ITS2序列和psbA-trnH序列均可通过变异位点比较区分刺柏叶及其混淆品;NJ聚类分析的结果显示,psbA-trnH序列的NJ聚类树中刺柏叶与圆柏叶均能分别聚为一支,且psbA-trnH序列的平均种间遗传距离明显大于平均种内遗传距离。结论：psbA-trnH序列能有效区分圆柏叶与刺柏叶,可作为鉴别刺柏叶及其混淆品圆柏叶的条形码序列,为蒙药材刺柏叶及其混淆品的鉴别提供支持。     

基于matK和ITS2及二级结构对药材香薷及其混伪品的鉴别研究

目的 快速、准确鉴别药材香薷及其混伪品，保障香薷的药材质量和用药安全。方法 收集石香薷、江香薷和香薷植物材料分别进行matK和ITS2序列的扩增与测序，测序结果经Codon Code Aligner软件校对，同时从GenBank下载石香薷、江香斋及其易混品种海州香薷、香薷、密花香薷、牛至等物种的matK和ITS序列。其中，ITS序列经隐马尔可夫模型去除两端的5.8S和28S序列，共得到16个物种的ITS2序列50条；经Clustal软件校对共获得9个物种的matK序列28条。通过Mega7.0软件分析matK和ITS2序列，计算所有物种种内和种间遗传距离，构建邻接法(neighbor joining，NJ)聚类树，通过ITS2 Database预测ITS2二级结构，采用4Sale软件比对二级结构，通过ProfDistS软件构建基于联合ITS2一级序列及其二级结构的剖面邻接(profile neighbor-joining，PNJ)系统发育树。结果 基于matK和ITS2序列的遗传距离均表明香薷正品与其各种混伪品之间存在明显barcoding gap。NJ和PNJ进化树的拓扑关系一致，可以区分药材香薷及其混伪品。香薷的ITS2二级结构与其各混伪品具有显著差异。结论 建议matK和ITS2序列均可以作为鉴别香薷与其混伪品的DNA条形码，ITS2二级结构信息的加入可丰富鉴定结果，为香薷药材的准确鉴别、香薷属与石荠苎属植物的科学分类提供参考。     

通关藤及其常见混伪品的ITS2条形码鉴别研究

目的:采用ITS2序列分析,对通关藤及其混淆品进行鉴别,确保用药安全。方法:从GenBank下载通关藤序列,使用MEGA5.0软件对测序序列及下载序列进行对比分析,统计变异位点、计算遗传距离、构建样品NJ树,运用NCBI Blast进行物种鉴定,并与性状鉴别结果进行核对。结果:ITS2序列分析与遗传距离计算结果显示各通关藤样品间有明显差异,NJ树聚类结果能明显区分通关藤正品与伪品。结论:ITS2可准确鉴别通关藤及其伪品,可用于中药材真伪的快速鉴别,应用前景广阔。     

艾叶中抗神经炎症的成分研究

本文对艾叶的化学成分进行了研究。利用各种色谱和波谱学方法分离得到六个化合物, 分别是： clemaphenol A （1）,aurantiamide acetate （2）, camelliagenin A （3）, japonica acid （4）, labd-13（E）-ene-8α,15-diol （5） 和3β-acetoxy-20-oxo-21-nordammaran-23-oic acid （6）。化合物1和3 6均首次从蒿属中分离得到, 化合物2首次从该植物中分离得到。此外对分离到的部分化合物进行了抑制脂多糖诱导的BV-2小胶质细胞NO释放实验, 发现化合物5具有良好的抑制活性, 其IC50值为6.68 μM。