1株LpsB突变致多黏菌素B耐药鲍曼不动杆菌的全基因测序分析

目的 研究1株多黏菌素B高水平耐药的多重耐药鲍曼不动杆菌的全基因组测序的分子特点。方法 将1株分离自脑脓肿患者脑脊液标本的多黏菌素高水平耐药鲍曼不动杆菌Z198株作为目标研究菌，通过Nanopore PromethION和Illumina NovaSeq PE150测序平台对其进行全基因组测序，再通过各数据库进行比对分析检测菌株的多位点序列分型(MLST)、抗菌药物耐药基因、毒力基因，同时采用Circos软件对样品基因组组装和注释结果进行可视化分析。Z198基因组上交NCBI数据库。结果 全基因组测序发现该菌株含有1个染色体、1个固有质粒，11个基因岛、4个前噬菌体。通过数据库比对，本菌为ST2型，共携带高达34种抗菌药物耐药基因，主要为LpsB、bla_OXA-23、bla_OXA-66、bla_ADC-73等，同时含有OmpA、磷脂酶C、包膜、溶血素、生物膜调控系统等19种主要毒力因子。结论 本研究检出1例LpsB四点突变导致多黏菌素B耐药的鲍曼不动杆菌。该菌株同时携带多重耐药基因及毒力因子。多黏菌素耐药鲍曼不动杆菌外膜脂...     

1株LpsB突变致多黏菌素B耐药鲍曼不动杆菌的全基因测序分析*

摘要:目的研究1 株多黏菌素B高水平耐药的多重耐药鲍曼不动杆菌的全基因组测序的分子特点。方法将1株分离自脑脓肿患者脑脊液标本的多黏茵素高水平耐药鲍曼不动杆菌Z198株作为目标研究菌，通过Nanopore PromethION和llumina No- vaSeq PE150测序平台对其进行全基因组测序,再通过各数据库进行比对分析检测菌株的多位点序列分型(MLST)、抗菌药物耐药基因、毒力基因,同时采用Circos软件对样品基因组组装和注释结果进行可视化分析。Z198基因组上交NCBI数据库。结果全基因组测序发现该菌株含有1 个染色体、1个固有质粒,11个基因岛、4个前噬菌体。通过数据库比对,本菌为ST2型,共携带高达34种抗菌药物耐药基因,主要为IpsB、blaoxA.23、blaox.6、blaxDc-.-3等,同时含有OmpA、磷脂酶C、包膜、溶血素、 生物膜调控系统等19 种主要毒力因子。结论本研究检出 1例LpsB四点突变导致多黏菌素B耐药的鲍曼不动杆菌。该菌株同时携带多重耐药基因及毒力因子。多黏菌素耐药鲍曼不动杆菌外膜脂质修饰的耐药机制及分子流行病学需高度持续关注。     

单增李斯特菌动物源性食品分离株对苯扎氯铵的抗性及分子特征分析

目的了解不同血清型、ST型单增李斯特菌动物源性食品分离株对苯扎氯铵抗性及携带耐消毒剂基因情况。方法采用多重PCR结合血清凝集法对单增李斯特菌动物源性食品分离株进行血清分型,用多位点序列分型(MLST)技术进行分子分型,用平板法检测苯扎氯铵对单增李斯特菌的最小抑菌浓度(MIC),使用PCR检测其耐消毒剂相关基因qacH、bcrABC、MdrL、emrE。结果58株单增李斯特菌动物源性食品分离株包含4种血清分型,以1/2a血清型为主;可分为2个谱系,10个克隆群(CC),ST9、ST8、ST87为主要序列型;8株菌株的苯扎氯铵MIC为15μg/mL,其中6株为1/2a血清型,5株序列型为ST8。48株菌株的苯扎氯铵MIC为10μg/mL。75.86%菌株携带MdrL基因,1.72%菌株携带qacH基因。未检出耐消毒剂基因bcrABC、emrE。结论单增李斯特菌动物源性食品分离株对苯扎氯铵的敏感性下降,其中血清型1/2a、序列型ST8的单增李斯特菌对苯扎氯铵的MIC值更高。     

福建省福州市食源性疾病暴发事件副溶血弧菌基因组遗传特征分析

目的 获得福建省福州市四起暴发事件分离的副溶血弧菌序列分布特点，并分析不同菌株间遗传关系。方法 对19株副溶血弧菌进行全基因组序列测定，使用相应的生物信息学软件对测序数据进行基因组装和基因预测，借助相关数据库获得不同菌株的多位点序列分型、耐药基因和毒力基因情况，采取最大似然法构建系统发育树。结果 19株副溶血弧菌依据7个管家基因分型，得到4种序列型（ST），其中ST3为优势型，1株菌暂定为未知型。全部菌株均携带β-内酰胺类和四环素类抗生素耐药基因，同时携带影响宿主细胞致病力的重要毒力基因。2种喹诺酮类耐药基因和trh毒力基因仅在F265菌株中检出。全基因组系统发育树进化分析结果显示，暴发菌株被分成3个进化分支，E2019、E2020-1和E2020-2的菌株主要集中在lineage B进化分支，E2018的菌株均在lineage C进化分支。结论 四起暴发事件由ST3克隆复合体主导，并伴随其他ST型别菌株的影响。同起暴发事件分离菌株具有遗传多样性，菌株测序数据为暴发事件溯源提供技术支持。     

23株临床分离单核细胞增生李斯特菌菌株的分子特征

摘要:目的分析 23株临床分离单核细胞增生李斯特菌菌株的分子特征。方法收集 2013年3月至2021年5月南京鼓楼医院临床分离的23株单核细胞增生李斯特菌,通过全基因组测序技术分析菌株毒力基因、耐药基因、谱系、序列分析(ST)、克 隆群(CCs);采用多重PCR进行血清分型;采用E-Test 试验和纸片扩散法检测菌株药物敏感性。结果23 株菌株分属2个谱系,以谱系I为主,共12株(52.2%);分为8个ST分型,其中ST8为优势ST型,占39.1% ;分为7个CCs( CC87.CC1、CC3、CC5、 CC224、CC11和CC8),优势CC型为CC8,共9株(39.1%);所有分离株均携带李斯特菌毒力岛LIPI-I(ActA、hlyA、mpl .plcA、plcB和prfA)和inlA、inlB基因;23株菌株均检出fosX耐药基因,其中1株同时携帶tet(M)和dfrG耐药基因;血清群分为1/2a.1/2b及4b,以1/2a为主,共13株(56.5%);所有菌株对青霉素、氨苄西林、美罗培南和万古霉素等9种抗茵药物敏感,仅1株对复方新诺明和四环素耐药菌株。结论临床分离 单核细胞增生李斯特菌耐药性较低,并具有遗传多样性,携带多种毒力基因是其致病性重要因素。     

4株单核细胞增生李斯特菌分子特征分析

摘要：目的?分析4株临床分离单核细胞增生李斯特菌菌株分子特征。方法?收集2018—2019年4株临床分离单核细胞增生李斯特菌菌株，用纸片扩散法检测菌株的药物敏感性；分别用PCR和多重PCR方法进行李斯特菌毒力岛(LIPI-1)、inlA、inlB基因扩增和血清分型；用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型。结果?4株单核细胞增生李斯特菌分为1/2a-3a和1/2b-3b-7 2种血清型且对青霉素、氨苄西林等10种抗菌药物敏感；所有分离株均携带李斯特菌毒力岛LIPI-1(prfA、actA、plcB、plcA、hly、hly2、mpl)和inlA、inlB基因；PFGE和MLST将4株菌分为4个不同的脉冲场凝胶电泳分型和ST型，包括ST121、ST619、ST621以及1株新型ST1474。结论?4株单核细胞增生李斯特菌ST型菌株均为江苏地区首次检出，菌株的致病力与其携带的毒力基因有关。     

斯氏弓形杆菌基于基因组序列遗传特征分析

  目的  获得斯氏弓形杆菌的遗传特征,并对其耐药基因及毒力相关基因进行预测分析。  方法  对本实验室分离培养的8株斯氏弓形杆菌进行基因组测序并从NCBI和PATRIC数据库中下载全部已完成基因组测序的15株斯氏弓形杆菌的全基因组序列,应用生物信息学软件对23株不同地域、不同宿主来源的斯氏弓形杆菌进行遗传特征分析。  结果  23株斯氏弓形杆菌中仅3株菌携带耐药基因,且均为β-内酰胺类抗生素耐药基因。 所有菌株均含有与免疫逃避、侵袭及运动等相关的毒力基因。 与其他菌种弓形杆菌常见的10种毒力基因比对分析发现,本研究中所有斯氏弓形杆菌菌株均含有ciaB、tlyA、cj1349、pldA和mviN基因,2株菌（CNAS12-1和F28）含有iroE基因,均不携带另外4种毒力基因。 21.7%（5/23）的菌株包含Ⅵ型分泌系统（T6SS）基因簇,且其与弯曲菌属内的T6SS存在基因组成及排列的差异。  结论  斯氏弓形杆菌有较高的遗传多样性,部分菌株可能有潜在的耐药和致病特征。     

中国部分食品分离单增李斯特菌的抗菌药物敏感性及耐药基因检测

目的 了解我国部分食品中分离单增李斯特菌的抗菌药物敏感性和耐药性,探讨单增李斯特菌耐药基因的携带与耐药表型的关系。 方法 采用微量肉汤稀释法对2005-2011年从我国7个省市/地区食品分离的203株单增李斯特菌进行庆大霉素、氨苄西林、头孢噻吩、青霉素、四环素、强力霉素、亚胺培南、红霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、利福平、万古霉素、氯霉素、氨苄西林/舒巴坦、复方新诺明、诺氟沙星、头孢呋肟、多粘菌素B、呋喃妥因、氯林可霉素共20种抗菌药物药敏试验,采用PCR方法对实验菌株进行9种耐药基因及接合型转座子Tn916检测,并对阳性基因产物进行序列测定分析。 结果 食源性单增李斯特菌对多粘菌素B、呋喃妥因、头孢呋肟、氯林可霉素、四环素、强力霉素、环丙沙星、诺氟沙星和氯霉素的耐药率分别为98.52%、55.66%、50.25%、12.81%、2.46%、1.97%、0.99%、0.99%和0.49%。203株单增李斯特菌中,5株对四环素耐药的菌株均检测出tetM基因,其中3株菌的tetM基因位于接合型转座子Tn916上。 结论 食品中分离的单增李斯特菌存在不同程度的耐药情况,并有83株多重耐药株存在,具有引起食源性单增李斯特菌感染的风险存在,应加强对抗生素使用的管理以保证食品安全及公众健康。     

利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌耐药机制分析

目的调查临床分离金黄色葡萄球菌对利奈唑胺的耐药情况及耐药机制。方法用Vitek 2系统GP67卡对2019年1月至12月南京鼓楼医院临床分离905株金黄色葡萄球菌进行药敏试验,对检出的利奈唑胺耐药菌株用E-test法复测利奈唑胺最低抑菌浓度(MIC);用PCR扩增及测序技术分析利奈唑胺耐药决定基因cfr、optr A及23S rRNA基因V区;对菌株基因组DNA进行全基因组测序分析,对耐药基因、毒力基因进行生物信息学分析;用多位点序列分型(MLST)技术获得菌株ST分型。结果 905株金黄色葡萄球菌检出1株(0.1%)利奈唑胺耐药株(MIC为16 mg/L),该菌株除对万古霉素和复方磺胺甲噁唑敏感外,对其余常用抗菌药物均耐药。PCR及测序技术显示该菌株携带cfr基因,23S rRNA V区存在T2337G和C2370G核苷酸突变位点;全基因组序列分析显示基因组包含碱基数为2 949 411 bp,总基因数为3 023个,包含59个tRNA编码基因以及7个完整的rRNA基因编码操纵子,获得Gen Bank登录号JAANYO000000000,且该菌株携带包括cfr在内的多种耐药决定基因和毒力基因; MLST分型为新型ST5985。结论利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌临床分离率较低。检出由cfr基因和23S rRNA V区突变介导的新ST型利奈唑胺耐药株。     

单增李斯特菌感染一例患者的病因溯源

目的对一例单增李斯特菌感染患者的致病因素进行调查和溯源分析。方法在现场流行病学调查的基础上,对患者、患者家庭食品、厨房用具等进行样本采集并进行单增李斯特菌的菌株分离鉴定。对分离菌株的6个毒力基因（prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA）进行检测,使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）技术进行分子分型分析,对分离菌株进行同源性分析。结果19份样本中共分离出6株单增李斯特菌,1株来自患者,2株来自厨房环境用具样本（冰箱冷藏室内壁涂抹1份和小号菜板涂抹1份）,3株来自患者家庭中食物（分别是猪肝1份、甜玉米粒罐头1份和红焖牛肉罐头1份）。除冰箱冷藏室内壁涂抹和甜玉米粒罐头2个样本检出的菌株plcB毒力基因阴性外,另外5个毒力及其他菌株的所有毒力基因全部为阳性。分离菌株均为ST121型,PFGE带型100%一致。结论患者家庭厨房食用食物和环境皆被单增李斯特菌污染,引起交叉感染,致使患者感染发病。     

单增李斯特菌1/2c血清型菌株生物膜相关基因分析及耐药性研究

目的 了解单增李斯特菌1/2c血清型菌株与其他血清型菌株的生物膜相关基因和抗生素耐药性是否有差异。方法 采用聚合酶链反应技术对19个生物膜相关基因全长扩增测序分析,并与参考菌株EGD-e序列进行比对确定基因变异情况;根据K-B纸片法对选取的实验菌株进行药敏实验。结果 氨基酸序列比对发现1/2c血清型菌株的flaA基因编码的氨基酸在141位点发生突变,其他血清型菌株则没有,1/2c血清型菌株在prfA基因编码的89氨基酸位点、luxS基因编码的112和140氨基酸位点都不发生突变,其他血清型菌株则发生突变。78.43%的1/2c血清型菌株对头孢西丁中度敏感,对氨苄西林、米诺环素、利福平和呋喃妥因有不同程度的耐药。结论 不同血清型单增李斯特菌的flaA、luxS、prfA 3个基因编码的氨基酸在某些位点突变有一定的规律性;1/2c血清型单增李斯特菌对某些抗生素呈现不同程度的耐药。     

儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布研究

目的 对GenBank的1620株大肠埃希菌基因组中儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布进行研究. 方法 下载GenBank现存并公开释放的1620株大肠埃希菌基因组数据,构建数据库,通过序列比对程序BLAST查找分析各菌株携带ibeC情况,使用Clustal X1.83软件对大肠埃希菌代表菌株的ibeC基因序列进行多序列比对.同时应用多位点序列分型方法(multi locus sequence typing, MLST)对1620株大肠埃希菌菌株的分布特点进行分析.用BioNumerics V4.0软件,对342株不同来源、不同致病性代表菌株及MLST数据库中已经明确分群的72株大肠埃希菌菌株的不同ST型别构建最小生成树,分析菌株之间的种群结构. 结果 1620株大肠埃希菌基因组中全部携带ibeC基因,ibeC序列平均相似值为98.21%,MLST将1620株大肠埃希菌菌株分成261个已知ST型,ECOR菌株共有49个ST型别,菌株ST型别与菌株来源关联性不强,不同来源、不同致病型别的菌株分布在不同家系. 结论 ibeC基因广泛分布在各类大肠埃希菌中,脑膜炎相关大肠埃希菌与其他致病型大肠埃希菌所携带ibeC基因差异微小,菌株MLST聚类分析显示所有菌株分布广泛,来源复杂,进一步说明ibeC基因非常保守.     

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

  目的  对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析，查明事件暴发原因。  方法  采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养，用VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株，并进行血清学分型，耐药性敏感试验；采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析；提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序，通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因，结合多位点序列分型，变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。   结果  共分离出5株肠炎沙门菌，其中2株来自食物样本，3株来自患者粪便和肛拭子样本。 5株检出菌的PFGE带型完全相同，均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶–磺胺甲恶唑耐药，携带相同的耐药基因和毒力因子，均为ST11型。 本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。 检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。   结论  肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析，此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。 全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。     

携带blaNDM-1耐药基因高毒力肺炎克雷伯菌的耐药和毒力分析

目的 了解携带blaNDM-1耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）对常用抗菌药物耐药和毒力特征分析，为有效防控医院感染提供依据。方法 采用细菌分离鉴定和药敏试验方法，对成都地区部分医院临床分离CR-hvKP耐药和毒力情况进行统计分析。结果 收集的160株耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（CRKP）中，有41株携带blaNDM-1耐药基因，其中8株为CR-hvKP。携带blaNDM-1基因的CR-hvKP对头孢菌素类、喹诺酮类和酶抑制剂类药物耐药率为100%，对阿米卡星和庆大霉素耐药率较低。CR-hvKP血清荚膜分型以K1和K2型为主，主要携带rmpA和aerobactin毒力基因，多位点序列分型以ST11和ST307型为主。结论 成都地区部分医院临床分离的CRKP菌株blaNDM-1携带率较高，CR-hvKP具有高耐药性和高毒力，应加强防控措施。     

霍乱弧菌中VSP-Ⅰ岛的分布和变异特征研究

目的 探讨霍乱第7次大流行基因岛1(VSP-Ⅰ)在霍乱弧菌中的分布和变异特征. 方法 从美国国立生物技术信息中心的GenBank数据库中下载所有霍乱弧菌基因组数据,以霍乱第7次大流行代表菌株N16961的VSP-Ⅰ作为参考序列,筛查所下载霍乱弧菌基因组中的VSP-Ⅰ.使用MUMmer软件进行单核苷酸多态性(SNP)分析,OrthMCL软件进行同源基因分析,BLAST软件进行序列结构变异分析和功能注释. 结果 VSP-Ⅰ广泛存在于霍乱弧菌中,其中霍乱第7次大流行的105株菌株中均携带VSP-Ⅰ,且其序列高度保守;其中94株菌的VSP-Ⅰ完全一致,仅在11株菌中分别存在1~14个SNP位点.而2株非O1非O139群菌株携带VSP-Ⅰ,但和大流行菌株相比,存在插入缺失等序列变异.同时,VSP-Ⅰ有9个共有保守基因, VC0183 虽在所有菌株中均存在,但在2株非O1非O139菌株中长度发生改变.此外,VSP-Ⅰ携带5个与该岛的转移和整合相关的基因(VC0181~VC0185), VC0178 编码马铃薯糖蛋白类似物, VC0180 编码蛋白水解酶,二者可能与毒力相关. 结论 作为霍乱第7次大流行菌株中的特异性基因簇,VSP-Ⅰ已转移至非O1非O139群菌株中,并发生序列的变异.     

银色棒状杆菌健康携带株耐药性及毒力基因分析

  目的  首次从健康人呼吸道分离到银色棒状杆菌,可进一步探究这一细菌的耐药性和致病性获得此种细菌更加全面的信息。  方法  采用生化鉴定和16S rRNA全长基因序列分析法对2020年大学生健康体检中采集的咽拭子样本进行银色棒状杆菌的分离鉴定,同时对鉴定菌株进行抗生素耐药性测定、基因组测序和耐药基因、毒力基因分析。  结果  从717份健康大学生咽拭子分离到5株银色棒状杆菌。 药敏结果表明这5株菌均对青霉素、莫西沙星、庆大霉素耐药;4株菌对环丙沙星、克林霉素耐药,存在多重耐药情况。 基因组序列分析发现,对克林霉素耐药的菌株均含有耐药基因erm(X),分离菌株携带有Sigma A、GroEL(Hsp60)/Cpn60.2、Nucleoside diphosphate kinase（NDK）、EF-Tu、 MprA/B、 DtxR以及Irp6和 HmuTUV等毒力因子,致病性分析结果表明5株银色棒状杆菌均携带glyA1、mihF、CarD等10个与结核分枝杆菌的毒力密切相关的基因。  结论  首次从健康人咽部分离到银色棒状杆菌,其携带耐药及毒力基因。     

肛周感染疾病来源肺炎克雷伯菌的分子特征及耐药性分析

摘要:目的了 解衢州市人民医院肛周感染患者来源肺炎克雷伯菌(KP)的分子及耐药性特征,为临床诊断及治疗提供依据。方法对该院 2018年1月至2022年6月肛周感染患者分离的46株KP进行药敏试验;利用llumina测序平台对KP分离株进行全基因组测序,明确其分子血清型、多位点序列分型(MLST)、毒力与耐药基因等分子特征;基于核心基因组cgMLST构建最小进化树(MST),分析菌株间亲缘关系。结果感染 KP的肛周疾病患者主要为40~64岁男性(56.52%),合并糖尿病者(41.30%)易感。46株KP中筛选出2株碳青霉烯类耐药菌株(CRKP)和4株产ESBLs 菌株,大多数KP对临床常用抗生素敏感。01K1-ST23 KP是主要的分子血清型和MLST分型菌株,MST显示菌株间亲缘较远。毒力和耐药基因显示,50%KP毒力.评分≥4分,Aerobactin、Yersiniabactin .Salmochelin .rmpADC及rmpA2携带率均大于50%。2株CRKP中,1株同时携带blarpc.2和blaDN.,另1株携带blaxD和较多的毒力基因,其他耐药基因与其表型一致性较高。结论该院肛周感染来源 KP大多为高毒力菌株,且已出现高毒力合并多重耐药菌株,临床需要高度专注并进行持续性监测。     

2012-2014年辽宁省大连市某医院分离粪肠球菌耐药性及多位点序列分析

目的 了解大连市某医院2012-2014年住院患者分离粪肠球菌耐药性、携带毒力基因情况和多位点序列分型（MLST）的型别。方法 使用自动化仪器法对分离菌株的耐药性进行鉴定。应用聚合酶链式反应（PCR）方法检测4种常见毒力基因的携带情况。应用MLST对分离菌株进行分型。结果 分离的55株粪肠球菌中耐药菌株比例为92.72%,其中多重耐药菌的比例为65.45%。分离的粪肠球菌对四环素的耐药率最高,对红霉素、高浓度庆大霉素和利福平也有较高的耐药率。对青霉素耐药率为7.27%,未发现对糖肽类和脂肽类抗生素耐药的菌株。55株粪肠球菌共有28个MLST型别,其中CC （Clonal complex）16为优势克隆群,占菌株总数的43.64%。有多株同一克隆群的粪肠球菌具有相似的耐药谱和毒力携带情况。结论 大连市某医院分离到多株属于同一克隆、多重耐药且携带多种毒力基因的粪肠球菌,需要针对优势克隆菌株的特点指导临床用药和院内感染的预防控制。     

广东地区医院分离铜绿假单胞菌整合子及其携带耐药基因的研究

目的研究广东地区医院分离铜绿假单胞菌整合子携带现状及其耐药基因与菌株耐药的关系。方法采用基因扩增法,对广东省5所医院临床分离的铜绿假单胞菌三类整合子及耐药基因进行了检测,并检测阳性菌株整合子可变区。结果在30株铜绿假单胞菌中检出23株携带Ⅰ类整合子,有7株携带Ⅱ类整合子,有1株携带Ⅲ类整合子的基因。随机选取三类整合子携带菌各1株进行测序及序列分析,Ⅰ类整合子得到aac-3+aad2的组合形式;Ⅱ类整合子得到CmlA耐药基因盒;Ⅲ类整合子得到bla-MAP耐药基因盒。结论广东地区医院分离铜绿假单胞菌Ⅰ类整合子的检出率最高,检出1株携带Ⅲ类整合子基因。     

利用基因芯片技术分析空肠弯曲菌的遗传特征

目的 为分析我国弯曲菌遗传特征,本研究根据已发表多株弯曲菌的全基因组测序特征及比对结果自行设计基因芯片,利用芯片对我国不同宿主来源菌株进行遗传特异性分析。方法 根据前期基因组水平比对分析的结果,利用Combimatrix tilingCustomArrayTM 90K芯片,设计DNA芯片。芯片包含已测序菌株 ICDCCJ07001、269.97、NCTC11168、81-176、81-116和RM1221共3384个CDS的探针序列,以及空肠弯曲菌耐药及致病性相关2个质粒共80个CDS的探针序列,与脂寡糖的合成相关基因簇16种共219个CDS的探针序列、荚膜多糖合成相关基因簇7种共160个CDS的所有序列。对我国不同宿主来源27株分离菌株提取DNA,利用芯片进行杂交,获得杂交信息并分析不同菌株CDS分布特征分析及聚类特点。结果 中国菌株的主要变异区域主要存在于与脂寡糖、荚膜多糖合成相关的基因簇、鞭毛修饰相关的基因簇、DNA限制/修饰相关的基因簇以及空肠弯曲菌Mu样噬菌体基因簇。基因组水平不同来源菌株CDS分布的聚类结果没有发现显著的宿主归因特点,但GBS相关菌株脂寡糖合成相关基因组成具有共性特征。结论 通过验证以及与过去研究的比较,本次研究中的基因芯片技术结果准确可信,本研究所用基因芯片在分析空肠弯曲菌基因多态性方面具有很好的优势,可用于弯曲菌遗传特征和重要毒力因子的分析和检测。