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目的:基于网络药理学方法探究二至丸治疗白癜风的作用机制.方法:通过TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库获取"墨旱莲"、"女贞子"的主要化学成分,根据ADME筛选出其活性成分及作用靶点,并上传至Cytoscape 3.8.2软件构建"药物-成分-靶点网络".同时通过Gencards、OMIM和DRUGBANK数据库... 相似文献
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目的:运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在GeneCards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络... 相似文献
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目的:借助网络药理学研究人参-三七药对治疗无症状性心肌缺血的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),以"人参""三七"为检索词获取药物成分及作用靶点,运用UniProt对基因靶点标准化处理,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘SMI作用靶点;... 相似文献
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目的 利用网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲抗癫痫的有效成分及作用机制。方法 运用中药系统药理数据库及分析平台检索石菖蒲有效成分及主要靶点,通过GeneCards数据库收集癫痫疾病的相关潜在作用靶点,运用Cytoscape.3.7.1和 String绘制石菖蒲-癫痫靶点互作关系图,运用Metascape数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。运用AutoDock Vina 1.1.2软件对石菖蒲主要有效成分与癫痫相关靶标进行分子对接验证;通过构建戊四唑诱导的癫痫模型初步评价石菖蒲提取物及潜在有效成分的抗癫痫作用。结果 由 TCMSP 筛选得到4个有效成分及76个主要靶点。癫痫疾病以“Score”大于1.5分进行筛选得到3685个靶标。GO富集分析得到BP条目10个,细胞CC条目9个,MF条目10个(P<0.01),主要涉及核受体活性、离子通道活性、激素结合、神经递质受体活性、蛋白激酶活性、钙调蛋白结合等。KEGG 富集得到14条通路,主要涉及c型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路、Ca2+信号通路、逆行内源性大麻素信号通路等。分子对接结果显示,桉脂素、山奈酚和8-异戊烯基山奈酚与癫痫关键靶标GABRA2、PPARG等具有良好的结合活性。动物实验结果表明,石菖蒲水提取物及主要潜在有效成分桉脂素和山奈酚在PTZ致小鼠癫痫模型上显示出较好的抗癫痫活性。结论 本研究通过动物实验验证了石菖蒲提取物和潜在有效成分的抗癫痫活性,并且运用网络药理学和分子对接技术探讨了其抗癫痫作用机制,发现石菖蒲可通过多个成分如桉脂素、山奈酚、8-异戊烯基山奈酚,多靶点如GABAA、PPARG等,多条通路如雌激素信号通路、钙信号通路对机体产生协调效应从而抑制癫痫的发作。该研究提示石菖蒲治疗癫痫具有多成分、多靶点、多通路特点,为石菖蒲的进一步研究提供数据支撑。 相似文献
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目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-... 相似文献
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目的通过网络药理学和分子对接探究钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的药理作用机制。方法通过TCMSP、TCMIP数据库搜集钩藤、全蝎的活性成分及其作用靶点,并使用Cytoscape软件进行可视化分析成分-靶点网。通过OMIM、GeneCards数据库搜集支气管哮喘的疾病靶点,整合钩藤-全蝎药对与支气管哮喘的共有靶点。利用String平台构建对共有靶点互作PPI网络,并进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络模型。最后通过Autodock分子对接进行验证。结果经过筛选发现钩藤-全蝎药对37个活性化合物和234个药物靶点,与哮喘6010个靶点取交集得到35个共有靶点。钩藤-全蝎包含槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等重要活性成分;根据PPI网络分析,核心网络连接度高的潜在治疗靶点有IL6、CASP3、ECFR、ESR1、MAPK8等;根据KEGG富集分析结果显示,钩藤-全蝎药对主要通过PI3 K-Akt信号通路、TNF信号通路,HIF-1信号通路、M APK信号通路、NF-κB信号通路等来治疗哮喘;钩藤-全蝎药对活性成分与核心靶点的分子对接结果均显示出较好的结合活性。结论钩藤-全蝎药对治疗哮喘呈现出多成分、多靶点、多通路的特点,其核心成分槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等可能通过CASP3、MAPK8、ESR1、IL6、ECFR等靶点调节多条通路发挥抗炎、调节免疫、抗氧化应激、改善气道重塑等作用,从而对哮喘达到有效的治疗。 相似文献
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目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点,通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点,将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点;再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作(PPI)网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析,找出核心成分及枢纽基因,通过分子对接,进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分,36个关键靶点,GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路,主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路,分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用,异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点,调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路,达到治疗动脉粥样硬化的作用。 相似文献
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通过网络药理学和分子对接的方法研究麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹(eczema)的作用机制。首先利用TCMSP数据库挖掘麻黄连翘赤小豆汤中各个药物的活性成分并预测其作用靶点,借用Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化。然后通过GeneCards,OMIM,PharmGkb,DrugBank等数据库获得湿疹的疾病靶点。取药物靶点与疾病靶点共同作用的潜在靶点制作韦恩图,运用Cytoscape 3.6.1软件筛选并构建"活性成分-核心靶点"网络,利用STRING数据库构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,利用R语言对核心作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过AutoDock软件对药物的主要活性成分及核心作用靶点进行分子对接验证。研究结果显示,筛选得到麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹的活性成分74个及靶点103个,主要活性成分为槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、山柰酚等,主要靶点为PTGS1,ESR1,PPARG,MAPK3等,PPI网络主要计算出MAPK8,MAPK3,JUN,MAPK14,TP53,MAPK1,ESR1,RELA等8个关键靶点。GO富集分析共涉及到生物过程2 024个,细胞组分81个,分子功能140个,KEGG通路富集分析筛选得到158条与湿疹相关通路,主要作用于AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、病毒相关通路等。分子对接结果表明,主要活性化合物能够分别与代表性的靶点结合并展现出较好的亲和力。该研究表明麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹涉及多条信号通路及生物学过程,其主要活性成分槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、山柰酚与关键靶点MAPK8,MAPK3,JUN,MAPK14,TP53,MAPK1,ESR1,RELA结合可能是发挥作用的重要机制之一。 相似文献
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基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制。通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点。使用Cytoscape软件,构建"活性成分-靶点"网络图,利用STRING平台绘制PPI网络,使用MCODE插件进行蛋白聚类分析,利用DAVID数据库与ClueGO插件进行GO富集分析和KEGG通路分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。最终得到血府逐瘀汤活性成分226个,对应靶点257个,心肌梗死相关靶点1 340个,药物与疾病的交集靶点109个。GO分析得到208个生物过程条目,38个分子功能条目,33个细胞成分条目;KEGG通路分析得到NF-κB信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等相关通路。分子对接结果显示,血府逐瘀汤治疗心肌梗死的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、豆甾醇、黄芩素与核心蛋白IL6,ALB,VEGFA,TNF,MAPK3,CASP3有较好的结合性。由此推测,血府逐瘀汤可能通过减少炎症反应,降低氧化应激,抑制细胞凋亡,促进血管新生,从而起到治疗心肌梗死的作用。 相似文献
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目的探索补中益气丸治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的分子机制。方法在TCMSP中获取补中益气丸活性成分及靶点;以GEO数据库为主,OMIM数据库为辅获取疾病靶点,使用R软件映射出药物-疾病共同靶点。通过Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-共同靶点-疾病网络图,以及基于共同靶点的PPI网络拓扑分析图。使用R软件对共同靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并利用KEGG通路富集分析结果构建通路-靶点网络图。最后对活性成分及靶点进行分子对接验证。结果共获得163个补中益气丸活性成分及225个可用于后续分析的靶点,1313个COPD靶点,映射得出药物-疾病共同靶点20个。分析得出补中益气丸治疗COPD主要有槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性成分;涉及δ-阿片受体1(OPRD1)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素10(IL-10)、表皮生长因子受体(EGFR)、窖蛋白1(CAV1)、热休克蛋白B1(HSPB1)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)等作用靶点。GO分析提示主要与氧化应激反应相关;KEGG分析提示主要与肿瘤坏死因子、Toll样受体、低氧诱导因子-1、叉头盒O、Janus激酶-转录激活因子等信号通路有关。最后,分子对接结果证实了活性成分与靶点具有较好的结合能力。结论补中益气丸治疗COPD的分子机制可能是以抗炎与抗氧化应激为核心,兼顾调节免疫、低氧耐受、气道黏液高分泌与保护血管内皮细胞多方面。 相似文献