山东省2017—2018年B型流感病毒药物敏感性检测及神经氨酸酶基因特征分析

目的 检测山东省2017-2018流感监测年度B型流感病毒对神经氨酸酶抑制剂的药物敏感性,分析其神经氨酸酶(NA)基因特征。方法 选取山东省2017—2018年分离的18株B型流感病毒(Yamagata系16株,Victoria系2株),通过生物学耐药实验检测病毒对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性。提取病毒核酸后一步法RT-PCR扩增NA基因片段,双向测定核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列特征比对分析。结果 在检测的18株B型流感病毒中,有1株Yamagata系病毒对奥司他韦和扎那米韦2种药物的敏感性均降低,此株病毒的NA基因发生H274Y位点突变。其余15株Yamagata系病毒和2株Victoria系病毒均为奥司他韦及扎那米韦的敏感株。结论 随机选取的18株B型流感病毒中大多数病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感,临床上可继续使用此类药物对流感患者进行治疗。应加强耐药性监测,警惕耐药株的出现。     

珠海市2007-2008年乙型流感病毒基因特性分析

目的了解珠海市近两年乙型流感病毒的基因变异情况。方法采集珠海市流感样病例样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用Mega、DNA Star、GeneDoc软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株基因序列进行比对。结果 2007-2008年分离的乙型流感毒株分属于Yamagata系和Victoria系两个谱系,谱系内毒株间距离很近。Yamagata系毒株与B/Brisbane/3/2007的核苷酸同源性极高,在99.4%~99.7%之间;Victoria系乙型流感病毒株与B/Malasia/2506/2004的核苷酸同源性亦很高,在98.6%~99.1%之间。与疫苗株和其它流行株相比,本次分离的两个谱系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入,但均增加一个潜在的糖基化位点。结论珠海市人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒,病毒的基因发生了变异。2007-2008两年WHO推荐的乙型流感疫苗株与我地区当年流行株为不同谱系毒株,预防保护效果不好。     

2016年福建省B型流感病毒基因特征分析

目的 分析2016年福建省B型流感病毒(Influenza Virus)血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)的基因变异。方法 从中国疾病预防控制信息系统采集日期2016.1.1至2016.12.31的福建省流感监测数据。毒株来源2016年福建省流感网络监测流感样病例,提取病毒(犬肾传代细胞或鸡胚培养分离)核酸进行RT-PCR扩增HA和NA基因片段并测序,MEGA5.0分析基因特征。结果 测序51株B型流感病毒HA、NA片段,与疫苗株核苷酸同源性在97.8%~100%。 研究发现2株重配株(BY-NA/BV-NA)、耐药株1株、Victoria系HA片段新增一个糖基化位点(197),酶活性中心和周围的相关位点氨基酸仍保持高度保守。结论 2016年福建省B型流感毒株少数发生变异与疫苗株不匹配。     

青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性研究

目的 了解2011-2012年青海省乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法 随机选择2011-2012年流感病原监测中分离到的乙型流感毒株,提取病毒RNA,通过RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,采用DNA Star 5.0 MegAlign和MEGA4.0生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列并进行基因特性分析。结果 12株Victoria系乙流感病毒HA1区域核苷酸序列与2009-2011年WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008同源性为88.6%~95.7%,氨基酸替换数在2~5个,所有分离株均在1个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,部分分离株在320位减少了一个糖基化位点。5株Yamagata系乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列与2011-2012年WHO推荐疫苗株B/Wisconsin/01/2010HA1区相比较同源性为97.7%~99.3%,氨基酸替换数在2-3个,所有分离株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换(N116K,D196N),在196位增加了一个糖基化位点。结论 青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性正在逐渐发生变异,但尚未形成抗原漂移,今后在流感监测工作中要加强流感病原学的监测,及时发现新的乙型流感病毒变异株。     

两株B型流感病毒的基因组序列分析

目的 了解两株B型流感病毒的基因组序列特征。方法 对两株B型流感病毒进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析。结果 成功扩增出两株B型流感病毒的全基因组序列,并且两毒株的基因组均属于Yamagata系类似株Ⅱ系。两株病毒的基因组序列与疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)以及Victoria系代表株B/Brisbane/60/2008、B/Malaysia/2506/2004相比,HA基因同源性为89.7%～97.3%,NB基因同源性则为95.4%～98.4%。两株病毒的HA蛋白与WHO推荐的疫苗株B/Florida/4/2006(Yamagata系)相比,存在11处氨基酸突变,其中HA的N131K氨基酸位点突变,可能对抗原性产生影响。NB的S198N氨基酸位点突变可能影响神经氨酸酶抑制剂的灵敏度。结论 两株B型流感病毒的遗传进化状态稳定,但是与同分支中的毒株基因序列部分位点存在差异。     

2018-2020年克拉玛依市甲型H3N2流感病毒分子特征分析北大核心CSCD

目的了解克拉玛依市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因特征,为防控提供科学依据。方法收集2018-2020年克拉玛依市甲型H3N2流感毒株进行HA和NA基因序列测定,运用Mega软件与疫苗株进行序列比对和分析。结果 18株毒株HA基因与A/Hong Kong/4801/2014同源性高于A/Kansas/14/2017,NA基因与A/Hong Kong/4801/2014同源性低于A/Kansas/14/2017。相对疫苗株,克拉玛依市毒株已出现氨基酸同时在2个及以上抗原决定簇发生替换;HA蛋白均发生了糖基化位点的改变;未发现与耐药相关位点突变。结论 2019-2020年克拉玛依市毒株与当年度疫苗推荐株匹配度降低且HA已发生抗原漂移,可能导致本地区H3N2毒株流行,神经氨酸酶抑制剂类药物依旧能够有效治疗流感,应加强对流感病毒HA和NA基因进行监测。     

2019年南宁市季节性甲型H3N2流感病毒流行情况及HA和NA遗传特性分析

目的分析南宁市2019年H3N2流感病毒流行情况及血凝素(HA)基因和神经氨酸酶基因(NA)分子特征,及时掌握本地流感病毒流行动态和进化方向,为流感治疗及疫苗株的筛选提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据倡议组织(GISAID)数据库获得2019年南宁市H3N2 HA和NA全长核苷酸序列。用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5 (iTOL V5)软件构建系统发育树,利用NetN Glyc1.0软件预测HA、NA基因糖基化位点,用DNAstar V8.1.3软件对流感病毒的HA和NA同源性、氨基酸变异情况进行分析。结果 14株流感病毒的HA和NA基因在系统发育树上均聚成4个类群,进化分类基本一致。本地毒株HA、NA基因与2019-2020年疫苗毒株A/Kansas/14/2017同源性较低。与A/Kansas/14/2017相比,14个毒株HA基因449位点发生突变,导致糖基化位点的减少,1个毒株在142位点增加一个糖基化位点;NA基因无糖基化位点的变化。相对于A/Kansas/14/2017,南宁毒株HA1区蛋白分子上有6(135、137、144、159、160和190)个的氨基酸发生了替换,且涉及到2～3个抗原决定簇位点;受体结合位点突变主要集中在2个位点;NA基因有1个抗原位点整体发生突变,耐药位点非常保守。结论南宁市2019年H3N2亚型流感病毒在流行过程中相对2019-2020疫苗株发生了一定的变异,其匹配度低于2018-2019及2020-2021年疫苗毒株,尤其是HA的变异可能导致疫苗对本地区人群保护作用降低,导致流感流行。     

内蒙古自治区2015-2018年B Yamagata系流感病毒全基因组序列分析

目的 了解2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒的全基因组序列特征。方法 采集流感样病例呼吸道标本进行流感病毒分离,提取病毒RNA,采用一步法RT-PCR扩增病毒全基因组序列并测序,通过生物信息学软件分析病毒基因特征。结果 本次研究的B Yamagata系流感病毒全基因与B/Phuket/3073/2013疫苗株的核苷酸同源性在97.7%~99.9%之间;B/Inner Mongolia/1200/2015和B/Inner Mongolia/1178/2015毒株发生抗原漂移,并出现HA-BY/NA-BV系间重配现象;所有毒株对神经氨酸酶抑制剂敏感。结论 2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒抗原性和基因特征在逐渐发生变异,出现系间重配株,部分流感流行株与疫苗匹配性不佳。     

一起学校聚集性感染B型流感病毒的病原学特征分析

目的对引起淮安市一起聚集性流感疫情的B型流感病毒病原学特征进行分析,为B型流感的防控提供参考。方法收集15例患者的咽拭子标本,利用实时荧光RT-PCR方法进行流感病毒的快速检测,对流感病毒核酸阳性的标本进行HA1基因扩增、测序,利用Lasergene软件进行序列比对及核苷酸同源性分析,并分析血凝素主要的抗原决定簇位点;利用Mega6.0软件构建系统进化树。结果引起聚集性感染的病原体为B型流感病毒,进化树分析显示该病毒为Yamagata系流感病毒,淮安株间的核苷酸同源性为98.2%~99.8%,与江苏株B/Jiangsu-Tianning/11011/2014和浙江株B/Zhejiang-Liandou/11000/2014等的同源性为96.1%~99.7%。与疫苗株相比,淮安株10个氨基酸位点的替换有普遍性,其中有4个位点位于抗原决定簇。结论引起淮安市学校聚集性B型流感的病原体均为Yamagata系B型流感病毒,应加强学校疫情监测并督促防控措施落实。     

2006年福州市乙型流感病毒血凝素基因特性研究

目的探究2006年福州市流行的乙型流感病毒血凝素基因变异特点及种系进化分布。方法采用狗肾传代细胞培养分离流感病毒,用血凝和血凝抑制试验进行流感病毒型和亚型鉴定,选取部分乙型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增乙型流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果2006年福州市人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。Victoria系毒株为主要优势流行株。2006年分离的Yamagata系毒株与B/Shang-hai/361/02比较,在血凝素基因HA1区发生6-7个氨基酸替换,在196位增加一个糖基化位点。2006年分离的Victoria系毒株与B/Zhejiang/2/01比较,在HA1区发生8-9个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点。结论2006年福州市人群中流行的乙型流感病毒与B/Shanghai/361/02和B/Zhejiang/2/01相比基因特性已发生了进一步改变。     

Molecular Markers of Influenza B Lineages and Clades

Co-circulation of two influenza B virus lineages, B/Yamagata and B/Victoria, has been recognized since the late 1980s. The assessment of the prevalent lineage and the group of viruses in circulation is of importance in order to decide on the vaccine composition and evaluate its efficacy. The molecular characterization of influenza B viruses in circulation has been the aim of this study; this was approached by identifying and locating nucleotide substitutions in the influenza B virus hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA), specific for the lineage and/or clade. By the alignment of 3456 sequences from the influenza GISAID EpiFlu database, a high number of lineage- and group-specific nucleotide positions have been observed in the HA gene, but not in the NA gene. Additionally, an RT-PCR method has been developed, applicable directly to clinical specimens, which amplifies a short HA region that includes a group of unique molecular signatures. Twenty eight influenza B virus-positive respiratory specimens, collected in Tuscany in the seasons 2012–2013 and 2013–2014, were analyzed. The results revealed two clearly distinguishable patterns: one, more frequent, was characterized by all of the nucleotide changes associated with the B/Yamagata lineage (in most cases of Group 2), whereas the other exhibited all of the changes associated with the B/Victoria lineage. It can be concluded that the analysis of this short HA sequence can permit a rapid, highly sensitive determination of influenza B virus lineages and clades.     

2012年邯郸市乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异分析

目的研究邯郸市2012年流感监测中分离的Yamagata系乙型流感毒株HA1的抗原性和基因特性,阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR方法特异性扩增病毒HA1基因,进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行分析。结果2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒与2008~2009年代表株B/Florida/4/2006相比亲缘关系较远,核苷酸同源性为96.2%~96.8%,氨基酸同源性为96.5%~97.4%,HA1区9个位点氨基酸发生替换,其中6个参与抗原表位构成;与WHO推荐的2012~2013年疫苗株B/Wisconsin/01/2010相比亲缘关系近,核苷酸同源性为98.8%~99.4%,氨基酸同源性为97.4%~98.5%,有5个位点发生氨基酸替换,其中3个参与抗原表位的构成;与国家流感中心提供的标准抗血清的血凝抑制滴度≥1︰640。结论邯郸市2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒血凝素蛋白HA1与B/Florida/4/2006相比已形成新的变种,与B/Wisconsin/01/2010相比也发生了新的变异,但尚不能确定是否形成Yamagata系有代表性的新变种。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09 流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1) pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据.方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNAST...     

2019—2020年山东省H3N2流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析

目的 了解2019—2020年流感监测年度山东省分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素(hemagglutinin,HA)基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对2019年4月至2020年3月山东省分离的40株H3N2亚型流感毒株进行抗原性分析,并对其中19株待检病毒的HA基因进行序列测定及分析。结果 抗原性分析结果显示检测的H3N2亚型流感病毒中仅仅35%(14/40)与疫苗株A/Kansas/14/2017抗原性类似。系统进化树显示,19株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上全部属于3C.2a分支,与处于3C.3a分支的疫苗株A/Kansas/14/2017亲缘关系较远;与疫苗株相比,所有待检毒株A抗原决定簇有3个位点,B抗原决定簇有2个位点发生改变;受体结合位点均发生T135K位和S137F位变异;19株分离株全部发生133位糖基化位点缺失。结论 抗原性分析及HA基因序列分析结果显示,WHO推荐的 2019—2020 年疫苗株保护效果有可能不理想。应继续密切关注 H3N2 亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

Epidemiology and Molecular Analyses of Influenza B Viruses in Senegal from 2010 to 2019

Influenza virus types A and B are responsible for acute viral infections that affect annually 1 billion people, with 290,000 to 650,000 deaths worldwide. In this study, we investigated the circulation of influenza B viruses over a 10-year period (2010–2019). Specimens from patients suspected of influenza infection were collected. Influenza detection was performed following RNA extraction and real-time RT-PCR. Genes coding for hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) of influenza B viruses were partially sequenced, and phylogenetic analyses were carried out subsequently. During the study period, we received and tested a total of 15,156 specimens. Influenza B virus was detected in 1322 (8.7%) specimens. The mean age of influenza B positive patients was 10.9 years. When compared to reference viruses, HA genes from Senegalese circulating viruses showed deletions in the HA1 region. Phylogenetic analysis highlighted the co-circulation of B/Victoria and B/Yamagata lineage viruses with reassortant viruses. We also noted a clear seasonal pattern of circulation of influenza B viruses in Senegal.