基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.     

基于网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果：筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论：罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚...     

基于网络药理学和分子对接探讨四物汤治疗复发性流产的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接探讨四物汤治疗复发性流产(recurrent spontaneous abortion, RSA)的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四物汤组方中药的活性成分及作用靶点,通过Cytoscape 3.9.0绘制四物汤“活性成分-作用靶点”网络图;从Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中检索RSA的疾病靶点,运用Venn Diagram获取共同靶点,并导入STRING数据库构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI),使用Cytoscape软件筛选核心靶点。将共同靶点导入DAVID数据库进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia ...     

基于网络药理学和分子对接探讨石斛合剂治疗糖尿病的作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨石斛合剂治疗糖尿病的作用机制。方法 运用TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库及文献报道搜集石斛合剂中的化学成分,并以PharmMapper平台预测化学成分靶点;运用GeneCards、TTD、OMIM、DrugBank筛选糖尿病相关靶点,将获取的化学成分靶点与糖尿病相关靶点取交集得到石斛合剂与糖尿病的共同靶点;利用STRING平台对交集靶点进行PPI网络构建,筛选出核心靶点;利用DAVID数据库对交集靶点进行KEGG富集分析与GO富集分析,应用微生信平台绘图;应用Cytoscape 3.7.2软件构建石斛合剂治疗糖尿病的成分-靶点-通路网络关系图;最后利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果从石斛合剂中筛选得到199种活性成分,对应291种潜在靶点。石斛合剂抗糖尿病的核心成分39个,包括表小檗碱、新隐丹参酮Ⅱ、小檗红碱等,核心靶点14个,包括ALB、Akt1、IGF1、EGFR、PPARG、ESR1等。GO富集分析得到179个生物过程（BP）、58个分子功能（MF）、16个细胞成分（CC）,主要涉及凋亡过程的负调控、类固醇激素介导的信号通路...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于网络药理学及分子对接探讨怀牛膝治疗高血压的物质基础和作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨怀牛膝治疗高血压的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选怀牛膝的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库获取高血压的靶点,利用Venn在线软件获取怀牛膝-高血压交集靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库和R语言3.6.3中clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,通过分子对接技术将怀牛膝主要活性成分与关键靶点进行对接验证。结果 共筛选出怀牛膝潜在活性成分16个,有效作用靶点183个。通过Venn图获得76个药物疾病共同靶点,PPI网络发现IL6、AKT1、VEGFA、CCL2、MMP9、NOS3、PTGS2等可能是怀牛膝治疗高血压的关键靶点。GO分析共包含396条富集结果,其中生物过程307条,分子功能54条,细胞组成35条。KEGG通路分析发现60个条目。分子对接筛选得到与靶点有结合潜力的化合物。结论 怀牛膝通过“多成分-多靶点-多途径”发挥降压作用,为深入研究其物质基...     

基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素抗肿瘤作用机制

目的：基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素的潜在抗肿瘤作用机制。方法：借助Pharm Mapper在线服务器,以姜黄素为研究对象,反向分子对接筛选其作用的潜在靶点。利用STRING数据库软件绘制蛋白相互作用网络,并运用Cyto Hubba插件筛选关键靶点。对潜在靶基因进行KEGG通路分析获得与肿瘤机制相关的靶标,进一步采用Cytoscape软件构建姜黄素“化合物-靶点-通路”网络关系图。最后用Autodock Tools 1.5.6对核心靶点进行分子对接验证。结果：反向筛选得到43个与姜黄素具有较高亲和性的人源靶蛋白,KEGG通路富集到17条与肿瘤相关的通路。姜黄素抗肿瘤作用的核心靶标有SRC、EGFR、GSK3B、RXRA,通路富集结果显示姜黄素主要作用于肿瘤、前列腺癌和胃癌通路;其次姜黄素靶标还相对显著的富集在非小细胞肺癌、大肠癌及乳腺癌等癌症通路,主要通过PI3K/Akt、Cytokine-cytokine receptor interaction、Wnt等信号通路发挥抗癌作用。分子对接结果显示姜黄素与核心靶点SRC、EGFR、GSK3B及RXRA均具有较好的结合活性。结论：姜...     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨保元汤治疗扩张型心肌病的作用机制

目的利用网络药理学方法探讨保元汤治疗扩张型心肌病（dilated cardiomyopathy,DCM）的作用机制。 方法应用中药系统药理学分析平台（TCSMP）及中药分子作用机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）、 Pubchem、SwissTargetPrediction、Uniprot 等数据库筛选保元汤活性成分及其作用靶点,基于人类基因数据 库（GeneCards）、在线《人类孟德尔遗传》数据库（OMIM）获取扩张型心肌病相关靶点,二者相互映射获得药物 与疾病共同靶点。利用Cytoscape 软件构建“保元汤成分-靶点”“保元汤-成分-DCM-靶点”网络图。采用 String、Cytoscape 软件构建蛋白相互作用（PPI）网络及筛选关健基因（Hub 基因）。通过R 软件进行基因本 体（GO）聚类分析及京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。使用PDB、PubChem 数据库,PyMOL、 ChemBio3D 及AutoDock vina 软件进行分子对接。结果共筛选出保元汤活性成分120 个,保元汤治疗扩张型 心肌病潜在靶点91 个,富集分析显示102 条GO 条目,152 条KEGG 通路。主要活性成分包括五味子酯乙、 花生四烯酸、脱氧三尖杉酯碱、槲皮素、原花青素B1 等;关键靶点有丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管 内皮生长因子α（VEGFA）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、表皮生长因子（EGFR）、肿瘤蛋白P53（TP53）、 胱天蛋白酶3（CASP3）、肿瘤坏死因子（TNF）等;主要涉及MAPK 信号通路、cGMP-PKG 信号通路、PI3K-Akt 信号通路、癌症中的蛋白聚糖等通路。分子对接初步验证了保元汤主要活性化合物与核心靶点有较高的结合活 性,与临床治疗DCM 的药物相当。结论保元汤可能通过保护心肌线粒体、调节心肌能量代谢、调控心肌细 胞凋亡及自噬、抑制心肌纤维化等机制,发挥治疗扩张型心肌病的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨清感冬饮治疗流行性感冒的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨清感冬饮治疗流行性感冒(简称流感)的作用机制.方法:查询TCMSP、ETCM及相关文献获取清感冬饮的药物成分,在Swiss Target Prediction预测筛选后药物成分的作用靶点;运用Genecards及OMIM获取流感的疾病靶点,利用Venny 2.1获取清感冬饮治疗流感...     

基于网络药理学探讨酸枣仁汤的作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨酸枣仁汤的作用机制.方法:借助TCMSP平台预测酸枣仁汤中药成分的作用靶点与通路,利用Cytoscape软件分别构建成分-靶点网络、PPI网络,使用DIVID数据库进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果:经筛选获得酸枣仁汤中五味中药酸枣仁、川芎、知母、茯苓、甘草含有的135种活性成分,332个相应靶点;PPI网络包括293个节点;GO条目146个,其中生物过程为94个,分子功能条目34个,细胞组成条目18个;KEGG通路22条.结论:酸枣仁汤不仅可以用于治疗失眠、焦虑等精神系统疾病,还可以用于治疗肿瘤、循环系统等疾病,同时参与5-羟色胺、氮素代谢等生物过程,揭示了酸枣仁汤多成分、多靶点、多通路的药理作用特点.     

基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选补肾骨蚀方的活性成分及相关靶点,通过Genecards、OMIM数据库获取KOA相关基因数据.使用R软件获取补肾骨蚀方与疾病的交集靶点,利用STRING数据库对交集靶点构建蛋白互作网络,利用R软件进行GO与K...     

基于网络药理学及分子对接研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术研究桃仁-红花治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:采用TCMSP及Uniprot数据库收集整合桃仁、红花的活性成分及其药理作用靶点,在GeneCards数据库检索KOA的靶点基因,通过Venny获取疾病-药物交互靶点,借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨石菖蒲治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的:借助网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制.方法:以"石菖蒲"为关键词在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索其活性成分和作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点蛋白信息进行标准化,构建中药、成分、靶点网络.利用GeneCards、TTD、OMIM和DRUGBANK 4个...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产(RSA)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索杜仲-续断的活性成分和基因靶点.在GeneCards、OMIM和PharmGkb数据库收集RSA疾病靶点,在Cytoscape 3.7.2软件中构建活性成分-靶点网络,基于STRING数据...