长链非编码RNA在人脑胶质瘤中的研究进展

近些年,一类转录副本较长的非编码RNA——长链非编码RNA(LncRNA)被发现参与了遗传信息的表达调控,尤其在肿瘤细胞中。LncRNA在胶质瘤中的作用已成为神经外科研究的新热点。该文通过检索近期发表的有关LncRNA在胶质瘤中作用的文献,重点总结了部分LncRNA的新特点;通过探究LncRNA在胶质瘤中的作用机制,了解胶质瘤的起源、生长、进展、转移、侵袭,并判断其等级、分期及预后,为胶质瘤的临床治疗提供了理论基础。     

长链非编码RNA在胶质瘤中的生物功能及临床意义

胶质瘤是神经系统最常见、侵袭性最强的恶性肿瘤,具有较高的复发率和死亡率。尽管手术切除、放疗和化疗等多模式治疗取得了进展,但大多数胶质瘤患者的总体生存率仍然很低。2016年,世卫组织确立了中枢神经系统肿瘤分子诊断的新概念。为了更好地理解和找到更有效的治疗方法,识别新的生物标志物和治疗靶点是很重要的。人类基因转录组的复杂性颠覆了对RNA潜能的传统认识,大量的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)在转录中发挥着极其重要的作用。本文旨在探讨lncRNA在胶质瘤中发生发展的分子生物学机制及其在胶质瘤研究中的临床意义。     

长链非编码RNA的保守性及其在非模式生物长链非编码RNA筛选中的应用

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的保守性表现在一级结构、空间结构、转录位置、剪接模式及组织分布等方面,是目前lncRNA研究的热点和难点.不断深入的lncRNA保守性研究可应用于参考基因组相对匮乏的非模式生物lncRNA的筛选过程,并且极大地提升了非模式生物lncRNA数据库建立的完整性和准确性.借助针对开放阅读框长度、密码子分布与出现频率、功能性结构域等保守信息开发而来的lncRNA筛选工具或流程如CPC、PLAR(pipeline for lncRNA annotation from RNA-seq data)等,已成为目前非模式生物lncRNA的筛选及其参考数据库构建的新策略.本文就lncRNA的保守性及其在非模式生物lncRNA筛选中的应用作一综述,并简要介绍了一种运用其保守性的筛选方法——PLAR.     

长链非编码RNA RAB11B-AS1在胶质瘤中的表达及预后价值研究

目的:检测长链非编码RNA(lncRNA) RAB11B-AS1(RAB11B-AS1)在脑胶质瘤中的表达特征,分析其在不同临床病理特征中的表达差别,探讨其预后价值。方法:应用生信分析数据库(GEPIA)对RAB11B-AS1的表达特征(163例胶质瘤、207例正常脑组织)进行预测。选择68例确诊为脑胶质瘤并行手术治疗的患者作为研究对象,留取术后肿瘤组织,选择68例因脑出血行手术治疗后留取的边缘正常脑组织作为对照。选择人脑胶质瘤细胞株U87和T98G,选择人脑正常胶质细胞株HEB。应用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测RAB11B-AS1的表达,应用免疫组化EnVision检测增殖细胞核抗原(PCNA)的表达。结果:GEPIA预测到RAB11B-AS1在胶质瘤中的表达可能升高。脑胶质瘤术后组织中RAB11B-AS1的表达明显高于正常脑组织(P=0.0001)。胶质瘤中RAB11B-AS1表达在不同肿瘤最大径、WHO分级、有无坏死方面比较差异有统计学意义(均P<0.05)。胶质瘤中RAB11B-AS1与PCNA具有正相关性(r=0.62,P=0.0341)。生存分析显示RA...     

红细胞生成相关长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA（lncRNA）是一类转录本长度>200nt的非蛋白质编码RNA。lncRNA是一种功能性RNA分子,参与了细胞分裂、分化、生存等重要过程的调控。近年来红细胞生成相关长链非编码RNA的功能也相继被揭示,本文就相关研究进展进行综述。     

长链非编码RNA与肺癌

长链非编码RNA(1ong noncoding RNA,lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非编码RNA分子,其数量众多,但缺少蛋白质编码功能。研究发现,lncRNA能在表观遗传学、转录及转录后等多种水平调控基因表达,在各类生物过程中起重要的调节作用,并与多种肿瘤等疾病相关,已经成为现代遗传学的研究热点。近期研究证据显示,肺癌中有多种lncRNA的表达水平发生了变化,并在肺癌的发生、发展及预后中起着重要的调控作用,本文就lncRNA的定义、分类、功能机制及与肺癌的相关性研究作一综述。     

长链非编码RNA UCA1在神经胶质瘤中的表达及与临床预后的关系

目的：探讨UCA1在神经胶质瘤组织中的表达及其与临床预后的关系。方法：实时荧光定量PCR 法检测64例神经胶质瘤组织（WHO Ⅰ～Ⅱ级22例,Ⅲ～Ⅳ级42例）及10例对照正常脑组织中UCA1 mRNA 的表达,分析其与神经胶质瘤患者临床病理特征及预后之间的关系。结果：神经胶质瘤组织中UCA1 mRNA 的表达水平明显高于对照正常脑组织（P＜0.001）;UCA1 的表达与患者的WHO分级明显相关（P＜0.05）,而与患者的年龄、性别、肿瘤大小和KPS评分等无关（P＞0.05）。结论：lncＲNA UCA1与胶质瘤恶性程度及预后密切相关,可能成为胶质瘤预后判断的一个独立因子及治疗新靶点。     

基于 TCGA 数据库确定低级别胶质瘤免疫 相关lncRNA并构建预后模型

目的 筛选低级别胶质瘤(LGG)预后相关的免疫lncRNA,构建免疫相关lncRNA 预后风险模型。方法 从 公共数据库 TCGA 下载 LGG转录组数据及相应的临床信息,用 R 语言以共表达法获取免疫相关lncRNA,单因素和多 因素 Cox回归分析筛选得到有预后价值的免疫相关lncRNA,并以其构建风险模型。根据风险值将患者划分为高风险 组和低风险组,采用 Kaplan-Meier法进行生存分析并绘制生存曲线图,使用 ROC曲线对风险模型的准确性进行评估。 同时采用单因素和多因素 Cox回归法分析风险评分和其它临床因素与 LGG患者生存预后的关系。通过 Cibersort软件 计算22种免疫浸润细胞在高、低风险分组中的相对比例。最后对风险模型中4个lncRNA 与主要的免疫检查点分子进 行相关性分析。结果 通过免疫基因-lncRNA 共表达网络筛选出79个免疫相关lncRNA,利用单因素 Cox回归筛选出 8个有预后价值的免疫相关lncRNA,基于 多 因 素 Cox回 归 分 析 最 终 确 定 4 个 关 键lncRNA(RFPL1S、AC145098.1、 AC090559.1、TGFB2-AS1),并构建风险模型。根据中位风险值将患者分为高风险组和低风险组,生存分析显示两组生 存时间存在显著差异(P<0.01),预后风险模型曲线 AUC值为0.788。多因素 Cox回归分析显示患者年龄、肿瘤级别和 风险分数均是预后不良的独立危险因素。Cibersort法分析结果显示高风险组 LGG 患者肿瘤中有较多的单核细胞和 M2型巨噬细胞浸润。相关性分析显示模型中的4个lncRNA 与 PD1、PD-L1、CD47及 CTLA4之间存在较强的相关性 (均P<0.05)。结论 通过生物信息分析技术成功构建基于lncRNA 表达水平的 LGG患者预后模型,所确定的4个关键lncRNA 有望成为判断 LGG患者预后的指标和潜在治疗靶点。     

长链非编码RNA与宫颈癌预后关系研究进展

宫颈癌是妇科最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着女性健康。虽然近年来其治疗取得了一定进展,但仍有部分患者在治疗后的2年内发生转移,且预后不良。而长链非编码RNA(lncRNA)在多种恶性肿瘤中异常表达,且与肿瘤的预后密切相关。因此,研究lncRNA在宫颈癌中的表达情况及其与宫颈癌预后的关系对宫颈癌的早期诊断、治疗及预后评价具有重要意义。目前关于宫颈癌lncRNA的研究较多,但大多数为lncRNA在宫颈癌中的表达、lncRNA与临床病理特征及预后关系的研究,其具体机制尚不清楚未来需进一步探索。     

LongMan：一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立 数据库LongMan,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显 子的结构;使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索,分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子;分析每个人类长链非编码 RNA是否有同源基因;分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号;构造数据库的搜索引擎和输出界面;实现数据库维护 更新机制。结果LongMan目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA;提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺（indel） 等信息;提供多条件组合查询;提供显示与下载功能。结论LongMan是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库,对长 链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。     

胃癌miRNAs预后风险评分模型的构建与应用

目的 筛选与胃癌预后存在关联性的微小RNAs(miRNAs)生物标志物,构建风险评分模型用于患者预后评估。 方法 基于人类癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库下载胃癌miRNAs表达谱数据及样本相关临床信息,通过“DESeq2”软件包对miRNAs表达谱进行差异分析。采用单因素Cox回归分析和Kaplan-Meier生存分析筛选与预后存在关联性的miRNAs,并将预后miRNAs纳入多因素Cox回归分析用于预后风险评分模型的构建。通过“timeROC”软件包绘制受试者工作特征曲线(ROC),对模型效能进行评价。最后通过在线数据库对miRNAs可能结合的信使RNAs(mRNAs)进行预测,并通过基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)预测其功能。 结果 以log₂ | Fold Change |>1,P<0.05为标准,筛选得到248个胃癌组织中差异表达的miRNAs。通过单因素Cox回归分析及Kaplan-Meier生存分析筛选到6个与患者总体生存率有关联性的差异表达的miRNAs,随后使用多因素Cox回归分析成功构建胃癌miRNAs预后风险评分模型,风险评分=0.048 35×miR-181b-1 +0.112 06×miR-548d-1+0.068 00×miR-675+0.075 87×miR-708+1.175 21×miR-4640+0.089 89×miR-4709。Kaplan-Meier生存曲线结果显示,风险评分高的患者预后较差(P<0.001);模型5年总体生存率ROC曲线下面积(AUC)为0.776,证明该模型能够有效预测胃癌患者预后风险。GO和KEGG功能分析结果显示,模型miRNAs分子参与多个肿瘤相关代谢通路。 结论 成功构建了miRNAs预后风险评分模型,且该模型对胃癌患者生存状态具有良好的预测效能。     

敲减长链非编码RNA ATB抑制胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭

目的 采用shRNA ATB敲减胶质瘤U87细胞中ATB后,研究其对人胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响.方法 本研究采用实时定量PCR(qRT-PCR)方法检测ATB在人胶质瘤细胞系U87与正常人脑胶质细胞HEB中的表达情况.并在此基础上构建了ATB表达载体shRNA ATB 质粒,利用其转染人胶质瘤U87细胞株,获取低表达ATB的U87细胞.应用MTT法检测敲减ATB后对U87细胞增殖的影响;应用细胞克隆实验检测敲减ATB后对U87细胞克隆增殖能力的影响;应用Transwell实验检测敲减ATB后对U87细胞迁移和侵袭能力的影响.结果 qRT-PCR结果显示,与正常人脑胶质细胞HEB相比,人脑胶质瘤细胞系U87中ATB 表达明显上调(P<0.01);与shRNA对照组相比,转染了shRNA-ATB实验组能显著减少ATB 水平(P<0.01);细胞克隆实验显示shRNA-ATB实验组细胞克隆形成能力较shRNA对照组明显降低(P<0.01);MTT结果表明敲减细胞内ATB后细胞增殖的速率明显低于shRNA对照组(P<0.01).此外,Transwell实验进一步验证了敲减胶质瘤U87细胞中的ATB后,细胞迁移和侵袭能力明显受到抑制(P<0.01).结论 靶向敲减U87细胞中的ATB后能够抑制其增殖、迁移和侵袭,表明ATB基因可能是胶质瘤患者的潜在治疗靶点.     

长链非编码RNA CCHE1 在乙型肝炎病毒感染 相关肝癌组织中的表达及其临床意义

目的 探讨长链非编码RNA CCHE1（lncRNA CCHE1）在乙型肝炎病毒感染相关肝癌组织中 的表达及临床意义。方法 选取2012 年1 月—2014 年12 月绍兴第二医院收治的94 例乙型肝炎病毒感染相 关肝癌患者的肝癌组织及其癌旁组织。采用RT-PCR 测定肝癌组织和癌旁组织中lncRNA CCHE1 的表达。 结果 肝癌组织lncRNA CCHE1 表达较癌旁组织高（P <0.05）。肿瘤直径≥ 5 cm,TNM 分期Ⅲ、Ⅳ期,有 门静脉癌栓及有淋巴结转移患者肝癌组织中lncRNA CCHE1 表达较肿瘤直径<5 cm,TNM 分期Ⅰ、Ⅱ期, 无门静脉癌栓,及无淋巴结转移患者高（P <0.05）。lncRNA CCHE1 诊断肝癌的ROC 曲线下面积为0.814（95% CI ：0.811,0.817）,敏感性为72.31%（95% CI ：0.693,0.734）,特异性为79.24%（95% CI ：0.743,0.831）。低表 达组5 年生存率较高表达组高（P <0.05）。两组5 年生存曲线比较,差异有统计学意义（P <0.05）。结论 乙 型肝炎病毒感染相关肝癌组织中lncRNA CCHE1 表达升高,其与临床病理特征关系密切,在疾病诊断、预后 评估中具有一定价值。     

长链非编码RNA与胰腺相关疾病的研究进展

长链非编码RNA是一种长度大于200个核苷酸的非编码RNA,可在表观遗传、转录以及转录后三个水平调控基因的表达,具有多种生物学功能。胰腺作为人体中最主要、最复杂的器官之一,其生理作用和病理变化均与机体健康息息相关。本文通过搜集大量国内外相关文献,描述并归纳了长链非编码RNA在胰腺疾病,如胰腺炎、胰腺癌、糖尿病中所发挥的作用。本综述旨在提高临床医生对胰腺相关疾病的认知及为其提供新的诊疗方向,并为以后LncRNAs在胰腺疾病中的功能研究奠定基础。     

结直肠癌RNA结合蛋白相关长链非编码RNA预后模型的构建与应用

目的 构建RNA结合蛋白(RBP)相关长链非编码RNA(IncRNA)预后模型,为临床预测结直肠癌(CRC)患者的生存提供指导.方法 分析TCGA数据库中的398例结直肠癌组织标本及39例正常对照样本的数据,从EBI-CA网站(https://ebiac.uk/GOA/)获取RBP相关基因列表.应用R软件分析RBP相关...     

长链非编码RNA调控脑缺血/再灌注损伤作用机制的研究进展

缺血性脑卒中（ischemia stroke,IS）具有高发病率和高致死率特征。现有治疗IS的方法临床效果有限,仍需探寻治疗IS的新方法。越来越多的研究证实长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)对脑缺血/再灌注损伤有保护作用,被期望成为治疗IS的潜在靶点。本文就LncRNA对脑缺血/再灌注损伤的保护作用及其机制研究进展作一综述,以期为LncRNA对IS作用的临床研究提供思路;提出在进一步做临床研究前,需要研究LncRNA是否有诱发IS颅内出血转化的安全性问题,并设计研究适合人用的剂型和给药方式。